2QHYA

Crystal structure of protease inhibitor, mit-1-ac86 in complex with wild type hiv-1 protease
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title HIV-1 protease inhibitors from inverse design in the substrate envelope exhibit subnanomolar binding to drug-resistant variants.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2007-07-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2qhyA00
4OBHA 1AXAA 1D4KA 4DQHA 4B00A 2FLEA 3PWWA 5SXNA 2WF3A 5OYVA 4Y5CA 4HZTA 5HCOA 5P6XA 5P8VA 5P5TA 5P4FA 1T3RA 4F75A 2FMBA 1AVFA 3ST5A 4EXHA 2AVQA 4Y3GA 4Y4JA 5KR1A 1PPME 3IN3A 2RKFA 1D4JA 3N4LA 4FLGA 2R5QA 1XL2A 3PI0A 5P68A 4R5NA 4H3GA 5P1IA 4Y43A 3OOZA 5P82A 4PHVA 5OYYA 3OQ7A 4NJSA 3FNTA 1UH9A 3LPIA 2ZYEA 4B77A 5P5CA 4OC6A 4LP9A 2G24A 5P81A 3K5FA 4DQGA 3R1GB 4HDFA 3VFAA 5I3YA 4LBTA 2OHQA 2IGYA 3LPKA 4Y5GA 3PLDA 5C9DA 5P2DA 4PZXA 4JPCA 2I4WA 2QI7A 4KB9A 3OAGA 5OZXA 5P2RA 4OD9B 2VIJA 5P2OA 3HAWA 1XL5A 3OXWA 2BKTA 5P2UA 2RKGA 3I25A 5OZ9A 1META 1EPOE 4Y5LA 4Y4AA 1OEXA 2G94A 5P3PA 1Z8CA 5P23A 1BVGA 1YTGA 3UDNA 5P2IA 3HVPA 4Y5MA 4D8CA 3OUBA 5P24A 5P4IA 1K2CA 4GJ6A 4YOAA 5OYZA 1YTIA 4AUCA 1DP5A 2QI1A 2WL0A 5P1BA 1N49A 5P6NA 5P0JA 1BV7A 5P4DA 3C9XA 5P1FA 2F80A 1ZP8A 5P2SA 5P52A 3NDWA 2R9BA 3CIBA 2JJJA 5P7VA 2R38A 2V12C 1AM5A 5OZBA 4J1CA 5P3IA 4Y4UA 5P07A 5JFPA 2Q11A 5P5AA 3M9FA 1HSIA 2AZ8A 3O99A 4MC9A 1IZEA 1RNEA 4DJYA 2IRZA 5P1KA 1C6YA 3AUPA 3O9FA 3LPJA 1MTRA 5P72A 3KDBA 4MC2A 1BXQA 2ANLA 3U7SA 5P2TA 3ZPTA 1QDMA 4Z50A 1W50A 5P1NA 3BUHA 1XN2A 5P0MA 3IA9A 5P8MA 1CMSA 4FRKA 2H6SA 3NDUA 3PRSA 2NXMA 5P3CA 3G72A 1FLHA 5P1JA 2PK5A 4Z22A 5P0HA 4J1KA 9HVPA 1APWE 4DJQA 5P1VA 2JE4A 3S85A 1XN3A 2PMAA 4ZSRA 2IL2A 1JLDA 1ZJ7A 2B42A 5P09A 1LS5A 3QBFA 2F81A 1GKTA 4Y41A 4EQ0A 4RVJA 2ZHRA 5P3FA 3TPJA 5P60A 1BWAA 3UCBA 3MSJA 5OZQA 2Z54A 3VF3A 3QVCA 4DUSA 2OHRA 5P4EA 5P7TA 3IN4A 4FAFA 5P76A 1FQ8A 5P6RA 4WY1A 1LF2A 3L5BA 5P4NA 5COOA 4K9HA 1D4LA 1HHPA 2ER9E 1G0VA 5P0CA 3ZKQA 3D1ZA 3LIYA 1BVEA 2IEOA 1AZ5A 1IZHA 2B7FA 5P3OA 3LZYA 4I8WA 3RSXA 4ZPFA 3BUGA 1AIDA 3BGCA 3NSHA 1SMEA 5P5RA 2H6TA 5P4VA 5AH8A 5P5SA 5P6YA 2ZHUA 2AVMA 4ER4E 2P83A 3I7EA 4GJBA 4ER2E 2WF2A 5P75A 2FDPA 2V11C 3OTYA 2IKUA 5P6EA 5P27A 4F76A 5HU0A 2F3KA 5P4SA 2O40A 3K1WA 4R91A 3TOHA 3ECGA 5P8FA 2BPZA 3MSLA 5IVQA 5I70A 4U8WA 3ZKGA 4Y54A 2HB4A 5P4GA 4Y4GA 1PPKE 4A6BA 1BIMA 1UPJA 3PWRA 2WF4A 2HB2A 3S56A 2QK5A 5P61A 3AIDA 2HAHA 2VNNA 5P5VA 5P06A 3K5DA 4YHQA 2V10C 5IVSA 3H0BA 1D4YA 5P1HA 4Y9WA 5P4UA 5P6WA 1APTE 5P5UA 3PBDA 1MTBA 4ACUA 1HTFA 1PPLE 2P3BA 1FEJC 3FNUA 4FIVA 2PSVA 3EKPA 5P7NA 1K6TA 4J55A 2AZ9A 1RL8A 2IGXA 5P8BA 2J9KA 5P4CA 5P7RA 1EBZA 3NWXA 4LL3A 2AZCA 4FRSA 3B7VA 3SPKA 4RVIA 4Y56A 4B1EA 5KAOA 2HPFA 2P8HA 3ER3E 2QHYA 3G6ZA 2G22A 5SY3A 1MT8A 4TRZA 3EKQA 3QS1A 2V16C 5P62A 2JJIA 4RZ1A 3D20A 5P8KA 3NU6A 5P1QA 5P7IA 3U6AA 5EZZA 2G1RA 3EKWA 4TVHA 5P7XA 2I4UA 1E80E 2Q5KA 5P5IA 5P71A 3LINA 5J25A 3NUOA 3OK9A 2AOFA 3QAAA 1ODWA 2ZJLA 3NUJA 3CYWA 5P1WA 3OWNA 4QJ2A 3PCWA 5P65A 4XX4A 5OZHA 3SLZA 5P4JA 1IIQA 4YE3A 1GVWA 5P8SA 5JFUA 3LIQA 2VS2A 3Q4BA 3ZLQA 1B11A 1BDRA 1BDLA 3RTMA 3SM2A 5P17A 2XFJA 5P3AA 4J0TA 3HBOA 2MIPA 4J0ZA 3UDHA 3UDRA 1FG6C 3RTNA 5E5KA 5P5BA 5AGZA 2VIEA 4Y50A 2PQZA 4GJ8A 4JP9A 1VIJA 4LXAA 5P55A 5P3MA 5P8QA 3UFLA 4I12A 3SABA 4HVPA 4I0DA 1LYAB 5P6CA 2P4JA 1ZSRA 1A94A 3OY4A 3OU4A 2WEBA 5IE1A 1MSMA 2R8NA 4J0YA 4Y3PA 1TQFA 3CYXA 4FSEA 4K4QA 3KMYA 5P11A 5P7GA 3PCZA 3ZPUA 1LYBB 5P87A 3HVGA 3S7LA 2IKOA 1IZIA 3OQAA 2J9JA 3LZUA 1QRPE 2BPVA 1EBYA 4DQBA 2FIVA 4PZWA 4Y3MA 3Q5HA 4EP2A 4Y47A 4J54A 2BKSA 5SZ9A 3KDCA 3O9HA 4B70A 1XE6A 1W5WA 3RTHA 4Q1WA 1HPXA 1K1TA 5HE5A 4AMTA 3DCRA 5P5QA 4LAPA 2CEMA 4DPFA 4DJPA 3QRMA 3OHFA 3S43A 4F74A 5OZVA 4Y6MA 2WHHA 4GMIA 2QI5A 3D1XA 4Z4XA 1BBSA 2ZGAA 5P2ZA 2B60A 5COKA 3F9QA 5P4WA 1D4HA 5P6OA 4ZPGA 3QP0A 2NPHA 1HTEA 6APRE 3IVIA 4QJ8A 2HPEA 3TH9A 3EKXA 3PSGA 4GJ7A 3TKGA 2I4VA 2ER6E 3ZKIA 1EPLE 4ZSQA 5P4KA 1C6ZA 1AJXA 2ER7E 5P7PA 1BV9A 4ZSMA 5DR1A 5P3DA 1ZLFA 4FM7A 2XFKA 3DJKA 2PH6A 2Q54A 3O9LA 1HVRA 3HZCA 4Y3DA 4QJ6A 4I1CA 2AIDA 3KA2A 4R8YA 3UQWA 2CENA 5HVPA 3GGVA 4Y4DA 5OZEA 3BHEA 1GVTA 3O9CA 2Q63A 1W5VA 4D88A 2VNMA 4D83A 3FIVA 2WKZA 2R43A 2WF0A 5P5HA 1EAGA 4Y3HA 1HXBA 3KFPA 3DV1A 4GJCA 3IXJA 4L7JA 4L7GA 1T6EX 5P8GA 4J1HA 1IZDA 5OZLA 3KDDA 4TRWA 3T3CA 5P4OA 3ZKXA 1SDVA 4M8YA 5P6AA 2PWCA 4Q1YA 1VIKA 2QNPA 1BXOA 4I0JA 5P7SA 5P25A 5P86A 5BS4A 5P5NA 1SIPA 2IQGA 5P3UA 3SKFA 2NNKA 1NSOA 5P3JA 5P0ZA 1EEDP 1TSQA 5P2WA 8HVPA 4APRE 2Z4OA 5P88A 2ER0E 4GJAA 2ZJJA 3NXNA 4DJWA 1EC1A 3RVIA 3OAGB 1YT9A 4GJDA 2HIZA 3VYDA 1HVJA 4QLHA 5OZFA 4Z2ZA 5P8HA 3Q3TA 2QZKA 5P0NA 1UH7A 1U8GA 4J5JA 4L7HA 4OBGA 2OHKA 3EL5A 1XS7D 4KE1A 5P4ZA 1RV7A 2NXDA 3TOGA 4WY6A 4XKXA 4S1GA 5P80A 5CLMA 2BPWA 3PSUA 1HTRB 1ZBGA 2AOGA 5P43A 3EKVA 5P5GA 2PYNA 5P3ZA 1FKNA 5P30A 4X7IA 3MWSA 3OQDA 5P3KA 2JXRA 5P6LA 5ISJA 1SIVA 3ZL7A 4Y4XA 5P33A 3I6OA 3BVBA 3EL1A 2VA7A 2Q3KA 4CPRA 4DJXA 3DK1A 3BC4A 3GI4A 5OZNA 3O9AA 5OZSA 1HPSA 2O4NA 3WSJA 1GNNA 3TOFA 1M0BA 2QMGA 5DQ4A 4HDBA 1CZIE 5KOSA 5C9BA 4N00A 1K2BA 5P19A 5KOQA 2ASIA 3OGPA 4YDFA 2QAKA 3GW5A 1HIVA 5OZ1A 4CPQA 4I0FA 3WZ7A 2CEJA 5KQFA 3NDXA 1EBKC 5P5XA 5OZZA 5OYTA 1NPWA 5P29A 4DJRA 3RU1A 5P1XA 3WZ6A 1AJVA 4Y45A 1W5YA 3NU9A 2ZJNA 1HVSA 5P83A 5P0GA 5AHBA 5P46A 4M8XA 4L1AA 3QRSA 5P2HA 1C6XA 4RROA 4Y51A 1K6PA 5P1OA 5P51A 5OYQA 1CPIA 3SKGA 1ME6A 5P02A 5P63A 2OAHA 2I0DA 1NPAA 1MSNA 3VSXA 4Y44A 4ZSPA 1A30A 5P7UA 1FFIC 2AZBA 4I0HA 3N3IA 4FAEA 4YD4A 4DI2A 3KYRA 1D4SA 5DR3A 3UQRA 5P1SA 1DMPA 4H3IA 1T6GA 5P4YA 4CPTA 1PSOE 5OZGA 5P7ZA 5P8JA 3DV5A 4Y4ZA 2A4FA 3VFBA 1RQ9A 3T7PA 1FQXA 5P39A 1XDHA 3OQFA 2FNTA 3PM4A 5P66A 5OZDA 4DFGA 4FRIA 5P6SA 5P2AA 3VEUA 3L59A 1FQ7A 2I4QA 2ZJIA 5P3TA 3OU1A 5P31A 3RSVA 2V00A 3BXSA 4DJUA 5OYRA 5HE4A 4DJVA 1FMBA 1KJFA 5P8NA 5OZPA 5P0BA 1G35A 2R3WA 3R0YA 2F3FA 4LXMA 1B6MA 4Y58A 3PVKA 2IENA 4TRYA 1TCWA 1A9MA 1HVKA 3QROA 3L3AA 5ISKA 1B6KA 2PC0A 2JYSA 5HDUA 1Z1RA 5DPZA 3O9GA 4R95A 2RMPA 5P8RA 3IAWA 4Q1NA 1HVIA 5DR4A 3VLAA 4FCOA 3OGQA 3EKTA 5P0RA 4YBIA 5P5LA 2G26A 2O4KA 3INDA 4Y39A 5P8PA 1WBKA 4I0GA 2NXLA 5OZYA 5C9FA 4EJ8A 1FQ5A 1K6CA 4DQFA 5DR8A 2PSUA 5OZIA 3VF5A 5P34A 1OEWA 2OF0A 1W51A 3L58A 3EL0A 1B5FB 3VYFA 3FSMA 5P49A 1GNMA 3GGAA 5P4PA 1DPJA 4RRNA 5P7JA 3EBZA 1FQ4A 2QCIA 1MRXA 4J17A 5P1ZA 3GI5A 2HS1A 2AQUA 3INFA 5P01A 1M43A 3ZMGA 3OUCA 2B7ZA 2QZLA 1MT7A 4EJDA 3KF0A 3SA8A 3SA6A 1GVXA 2BQVA 5P0FA 1A8GA 4J0PA 5P8EA 3S45A 3GI0A 5P4MA 2Q15A 3DCKA 5P5DA 4U7QA 2OHPA 4QGIA 4I0EA 3UDMA 3OTSA 1KJGA 4WTUA 1TCXA 1F34A 5F01A 2AOCA 5KQXA 3GGUA 4CPWA 4CPXA 5P0DA 3PI5A 3EC0A 5P6GA 4F73A 4OBKA 5P69A 3S8IA 4EP3A 1YX9A 5P4BA 4FSLA 4DH6A 2ZHVA 5P18A 5P36A 5P4HA 4QJAA 4ER1E 1IVPA 2QU2A 1MERA 3VG1A 3DUYA 3CICA 4FGXA 2R5PA 5P0KA 2G1SA 1G6LA 2NR6A 3T7XA 5P8AA 5OZ6A 1PROA 5P0QA 3QIHA 2PWRA 5P3YA 4DQCA 4A4QA 4QJ9A 3IXKA 5P59A 5P2NA 4DQEA 2XYEA 5P2YA 7HVPA 1KZKA 2G1OA 2I4DA 5ENMA 2BPXA 2PK6A 5P7AA 3EL9A 5P45A 1F7AA 5P1PA 2IS0A 1EPQE 1EBWA 1EC0A 1SGUA 1T7JA 3FNSA 5P6ZA 2V0ZC 5P4LA 3OU4B 5P56A 4FS4A 1EC3A 3VV6A 3SACA 1EPPE 1A8KA 2VJ9A 5E5JA 3T11A 5OZ3A 3URLA 3EM6A 3OXVA 5DR7A 5JODA 5P1CA 2J9JB 5P1YA 1WBMA 5P74A 5P8TA 3S7MA 4U7VA 1KJ7A 5P1AA 5P8LA 4GJ5A 5P6PA 3HDKA 5OZCA 4AA8A 1MRWA 1UH8A 2VIZA 5P2GA 5P0AA 4UPJA 6UPJA 3KFRA 5P7OA 5P0XA 1HRNA 5P5MA 2G1NA 5P2CA 4FM8A 2P3DA 1FMUA 1SGZA 5P20A 1MESA 5P0LA 1IBQA 4YD5A 3LIVA 3QI1A 3SQFA 4FE6A 4BFDA 4EHCA 3CKPA 5P8UA 4APEA 4OBDA 4Q1XA 2QD7A 4Q5MA 3UQUA 2AVVA 3SO9A 5P1GA 1T7KA 3R2FA 4DJOA 5P5FA 3S43B 3EXOA 3ZKNA 3UPJA 4KE0A 3UHLA 5P67A 3OUDB 1W6HA 5OYWA 4J1FA 2FXEA 4PPHA 5OZUA 5P3VA 4Y5EA 3R0WA 5P6IA 3PEPA 3PWMA 5OZ8A 4X2LA 2WEDA 1LF3A 4R92A 3HLOA 3NWQA 3DOXA 5DQ2A 4CMSA 5P64A 4LXKA 5P1LA 5OZ5A 5P32A 3S2OA 3LHGA 4I0ZA 5P38A 3GGXA 5P4AA 3NU5A 4B05A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4OBH A;  1AXA A;  1D4K A;  4DQH A;  4B00 A;  2FLE A;  3PWW A;  5SXN A;  2WF3 A;  5OYV A;  4Y5C A;  4HZT A;  5HCO A;  5P6X A;  5P8V A;  5P5T A;  5P4F A;  1T3R A;  4F75 A;  2FMB A;  1AVF A;  3ST5 A;  4EXH A;  2AVQ A;  4Y3G A;  4Y4J A;  5KR1 A;  1PPM E;  3IN3 A;  2RKF A;  1D4J A;  3N4L A;  4FLG A;  2R5Q A;  1XL2 A;  3PI0 A;  5P68 A;  4R5N A;  4H3G A;  5P1I A;  4Y43 A;  3OOZ A;  5P82 A;  4PHV A;  5OYY A;  3OQ7 A;  4NJS A;  3FNT A;  1UH9 A;  3LPI A;  2ZYE A;  4B77 A;  5P5C A;  4OC6 A;  4LP9 A;  2G24 A;  5P81 A;  3K5F A;  4DQG A;  3R1G B;  4HDF A;  3VFA A;  5I3Y A;  4LBT A;  2OHQ A;  2IGY A;  3LPK A;  4Y5G A;  3PLD A;  5C9D A;  5P2D A;  4PZX A;  4JPC A;  2I4W A;  2QI7 A;  4KB9 A;  3OAG A;  5OZX A;  5P2R A;  4OD9 B;  2VIJ A;  5P2O A;  3HAW A;  1XL5 A;  3OXW A;  2BKT A;  5P2U A;  2RKG A;  3I25 A;  5OZ9 A;  1MET A;  1EPO E;  4Y5L A;  4Y4A A;  1OEX A;  2G94 A;  5P3P A;  1Z8C A;  5P23 A;  1BVG A;  1YTG A;  3UDN A;  5P2I A;  3HVP A;  4Y5M A;  4D8C A;  3OUB A;  5P24 A;  5P4I A;  1K2C A;  4GJ6 A;  4YOA A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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