2QHZA

Crystal structure of protease inhibitor, mit-1-ac87 in complex with wild type hiv-1 protease
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title HIV-1 protease inhibitors from inverse design in the substrate envelope exhibit subnanomolar binding to drug-resistant variants.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords Protease
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2007-07-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2qhzA00
4Y3QA 1FLHA 2FDDA 5P4DA 2IL2A 4D88A 4FM6A 4L6BA 4ACUA 3KM4A 3CIBA 2P3BB 1FF0C 3OWNA 5OZPA 4KUPA 3PSYA 3TTPA 3MSKA 3Q4BA 4ZSQA 2QHCA 3VSXA 1YTIA 3HVPA 5ER1E 2WF2A 1SIVA 1B6KA 5P55A 5P8BA 4Y38A 1EPLE 3K5CA 2IENA 3HW1A 3D1YA 4R93A 4DQFA 5P1QA 1FQ8A 3UQWA 3B7VA 3PWMA 1N49A 5P4ZA 4OBJA 2G26A 3QRVA 5P1DA 2CEMA 5UPJA 4Y43A 2AOGA 4LBTA 1GVWA 3UQXA 4B78A 1AZ5A 2I4VA 5E5JA 5P5SA 1ZAPA 3O9AA 2Q15A 3KT2A 4Y3SA 4Y4XA 5P51A 2QMGA 3O9BA 5P1BA 4DQGA 2RKFA 1BXQA 5OZ9A 2OHSA 3T11A 5P7WA 1LF2A 4Y56A 4B0QA 4ZPFA 1AJXA 2BPWA 4FAEA 2UY0A 3LZUA 3NXEA 4HLAA 2R3TA 4Y3LA 5P8JA 2ANLA 3T7QA 2Q64A 5KR0A 2QZXA 4DJWA 1IZHA 1FB7A 5DGWA 5OYRA 5OYXA 3T7PA 5JODA 2QNQA 5P56A 5OYYA 1K2BA 5P7HA 2BPXA 1FQXA 3A2OA 3ZKMA 4GJBA 5P7VA 5P7SA 5P8OA 1YG9A 2QNPA 1K6PA 2QI6A 1UH8A 5P69A 5OZTA 3OTYA 5P5CA 5P7GA 5AH9A 3VLAA 5P80A 3H5BA 4PZXA 4KE0A 5JFUA 1PSNA 1G2KA 4GJ8A 3RSXA 1MRXA 1AM5A 3S8IA 5P84A 2ZHRA 3I8WA 5P2KA 3OUCA 5P46A 3EKXA 2HS1A 2RMPA 5SY3A 3LITA 5DQ2A 2XFIA 2NXLA 4HZTA 4DFGA 1HOSA 2FMBA 5APRE 3ZLQA 5P23A 2ZDZA 5P6JA 3EKVA 1U8GA 2G1RA 3CYXA 5OZ6A 1CPIA 3L5EA 5P47A 3LINA 5P31A 2R5PA 4K4QA 1AVFA 5P83A 2ZHTA 4GJ5A 5P2CA 1D4KA 2BPYA 4TRWA 3UDYA 2AVOA 4Y3RA 5P33A 1GVVA 2ER7E 5P7JA 2O4SA 5P0KA 5P58A 4CPWA 4RCEA 1UPJA 2QU3A 2VS2A 2F8GA 4I0EA 4OC6B 4FM7A 5P1LA 3OADA 3IN3A 1IBQA 4NJUA 5P6PA 5P2YA 4RGHA 3NU6A 5P75A 2IQGA 4NJSA 5P0AA 1TCXA 4FSEA 1FMUA 5P7FA 1AXAA 3DM6A 4IVSA 3OUDB 5OZFA 3D20A 3MXDA 8HVPA 3FX5A 1FG8C 3SABA 3CKTA 4DJOA 5P6XA 5P0YA 4I0JA 2WF4A 5P53A 2J9JA 4AZYA 1ZJ7A 3D1ZA 4Y3MA 5P0HA 1FQ6A 1YM2A 4QJ9A 5P4QA 1HPVA 1IVQA 3C9XA 3SA7A 4Q1WA 3ZKSA 3L59A 5AHBA 5P1NA 5P0BA 3WSJA 3OTSA 5P5ZA 3UDKA 4CMSA 1D4LA 1FGCC 5P6TA 4YE3A 5P29A 3HD8A 1SP5A 5OYUA 4LHHA 3M9FA 2AODA 4DVFA 4Y3XA 1A94A 2NXDA 1LYBB 1SDTA 5P44A 3EXOA 5P27A 5P4TA 2JJIA 5HTZA 1MSNA 4RCFA 2AOFA 3QS1A 3URLA 4Y5PA 1TZSA 3NLSA 5P77A 5P79A 3ST5A 1MT9A 4Y39A 2R5QA 5P01A 3NU3A 3OOTA 5P20A 1FMXA 3U71A 2RENA 1KJGA 3OAGB 5OZZA 1QDMA 3EBZA 5OYSA 3T7XA 2EWYA 4I0IA 1EEDP 4L7JA 1MESA 2ZJHA 5P7NA 2WHHA 2I0DA 4I11A 3QBHA 1DPJA 2B42A 3UFLA 1LYWB 1HXBA 1VIJA 5I3XA 4R95A 2VIYA 3BGCA 5KR2A 1T3RA 2F80A 2G1NA 5P1ZA 4YD5A 2PC0A 5P2OA 1W5XA 2ER0E 2QMFA 5P7CA 4GJ9A 4J17A 4DQHA 3QI1A 2WF0A 4Y35A 2BKSA 5OZAA 1J71A 1BDRA 5P11A 2O4NA 3KYRA 5P6BA 1HPXA 1D4SA 4DUSA 3KMXA 4Y3YA 5DQ1A 1Q9PA 5P8VA 5P6HA 5P1PA 4F73A 1B6PA 5P50A 3KDCA 1IDAA 1QBTA 4TVHA 5P8NA 2AOHA 2AZBA 3EMYA 5P3ZA 1CZIE 2ZJKA 3KFNA 1SDVA 5P2VA 3IA9A 2V12C 4RZ1A 1BDLA 3QVIA 2WKZA 4H3FA 4FAFA 5P6GA 2AVVA 2I4XA 3EKQA 3QRMA 2PYMA 3O9FA 3DCKA 5P4EA 4J0TA 5P7UA 3SLZA 2WEDA 3EL4A 5P2GA 5P30A 3PEPA 3SA4A 4JPEA 5AHCA 2XYEA 2QK5A 5P15A 5P3MA 4I0ZA 1EBWA 1YT9A 3VF7A 3FNUA 5KAOA 3VSWA 4J1FA 3NWXA 5P2EA 3DCRA 3KT5A 3EL0A 1YTHA 5P0OA 4YD7A 4GJAA 5P8QA 3TOFA 3FKTA 1GVUA 2O4PA 4HDPA 5OYTA 4Y4BA 5AH8A 2VIJA 2ZJIA 2VKMA 1IIQA 4OBZB 3UDRA 4FM8A 4ZPEA 3TNEA 5P1HA 2HC0A 3K4VC 3GGUA 4LP9A 3GGXA 5P7ZA 3TPLA 5HDZA 3O9GA 3K1WA 5P3LA 2OHRA 4IVTA 4YD4A 2QCIA 5P6MA 5P8EA 4Y4ZA 4CPRA 3OU3A 2PYNA 3OQAA 3UDHA 1EPNE 3DV1A 4Y3EA 5P0TA 5T4SA 5KQZA 1HPOA 4AUCA 4ACXA 3EKPA 5P5DA 2IGYA 3S56A 1W5YA 5P5VA 4OD9B 1PPME 4Q1YA 3QIHA 5P0ZA 5P6ZA 4J1EA 1M43A 5P7IA 5EZZA 4Y5NA 5P49A 3RTNA 2QI4A 5P03A 1IVPA 4DJVA 5P6QA 3OU4B 4DI2A 2VIEA 3G72A 4GJ7A 1LEEA 5P8KA 5P57A 5P0PA 3SA5A 3UQPA 2I0AA 2VJ6A 5CLMA 2FXDA 4BFDA 4GJ6A 5P6KA 1G0VA 5P52A 2SAMA 4NKKA 1BVEA 4J5JA 3OXWA 5DR7A 4JP9A 5OZUA 2P4JA 5P2RA 5P36A 4DJQA 3SAAA 3BC4A 4DPFA 5P39A 1G6LA 1LZQA 3OUAA 5P3TA 2F81A 5P5YA 5P4LA 3VV7A 3CKRA 3D91A 5KR1A 4COEA 2CEJA 1K2CA 1KJ4A 5P3CA 3ZKGA 3HDKA 5P85A 3G6ZA 5P1UA 2NNPA 5P0MA 5P5RA 5B18A 5OZ7A 1M0BA 3RTHA 2IEOA 2AQUA 3NDUA 5P1IA 5P4CA 3CYWA 1HTGA 5P1EA 4QGIA 5P8FA 1ZP8A 3UF3A 2G1YA 5P5LA 2G27A 4DH6A 3S85A 1FEJC 1YTGA 5P71A 2R8NA 4FS4A 4XKXA 1ODWA 4EP3A 5P4YA 2OHMA 3O9IA 2HAHA 5P2LA 3GI6A 2VIZA 5P38A 3I6OA 2APRA 2QU2A 5P67A 3PWRA 3GW5A 1K6CA 3NWQA 1DP5A 5KOSA 3PI5A 1MT7A 3S53A 3URJA 4RROA 1W5WA 2QD6A 5AH7A 3ER3E 3QP0A 5HE7A 3K5FA 3BUGA 3OHHA 2IS0A 4KB9A 4Y3AA 5P63A 2QMPA 5P3BA 2AZ8A 4DPIA 5P8SA 1T7JA 5P0CA 5P70A 2PQZA 1SDUA 3OGPA 4YOAA 2HPFA 2Q63A 4Z22A 5P76A 2QI7A 5P8UA 2G1OA 5SY2A 1HVSA 4TRYA 3PWWA 3ZKXA 3BXRA 1NPWA 5P1TA 4YCKA 5P5BA 2G24A 2G1SA 4Y3JA 5P5GA 3DUYA 3KFSA 1LYAA 2AVSA 1IDBA 3LIVA 4Y4GA 3ZKIA 4ER2E 1XDHA 1HVKA 5OZ3A 1FFFC 2G20A 3TPPA 5KOQA 1RQ9A 5TOLA 1HEFE 5P82A 5P22A 1EBYA 3CICA 4GYEA 4L7GA 5P59A 5OYVA 5OZ4A 1XN2A 4Z4XA 4YCTA 3S45A 3UPJA 5PEPA 4Y3NA 5P3XA 1HVJA 2NXMA 3CKPA 1EPOE 1ME6A 3JW2A 5OZ1A 4Y4AA 4DJYA 4I10A 3N4LA 4I0GA 4UPJA 2WF1A 2PK6A 3VCMA 3BHEA 5P62A 3PLDA 4RYGA 2R3WA 5P4XA 5AHAA 2BPVA 4A6CA 4U8WA 1IZEA 1XS7D 1YM4A 3UTLA 4Z2ZA 3NYGA 2HS2A 2PSUA 4Y47A 3R4BA 2NTRA 2A4FA 4WTUA 3INDA 3OY4A 4KE1A 3SM1A 1K6VA 2PH8A 3ECGA 4CPXA 5DR1A 3K5GA 3TOGA 5DQ4A 5P4HA 3L5CA 1XL5A 5P3WA 3BXSA 1B6JA 2AZ9A 5P13A 2F3FA 4ZSRA 3INEA 5P5IA 5OZMA 3FSMA 1PPKE 4HVPA 3B80A 5P2XA 5F00A 3LIYA 1E81E 5P7TA 5OZ8A 1B6MA 4OBHA 3PMYA 1Z1HA 4Y41A 1HRNA 5OZOA 2QI5A 5JFPA 1LYWA 1FMBA 3S7MA 3ZPSA 2WECA 5OZ5A 5P5EA 4BFBA 4DJXA 2I4DA 4J54A 3NUOA 5P0XA 3MSLA 4RVXA 4J0YA 2B8LA 5P6DA 3QRSA 1AJVA 5I3WA 5P18A 3PRSA 5P0SA 3S2OA 6UPJA 3O9DA 1GKTA 4OBDA 5OZGA 1MUIA 5P0DA 3LPKA 3O9HA 2VNMA 5ENKA 1MTBA 5P3DA 3KFRA 3Q70A 5OZIA 5P45A 3TKGA 3ZMGA 1D4JA 5P7PA 3QBFA 5P4KA 4ZPGA 5OZJA 3NUJA 1HSHA 3IGBA 3QROA 3HLOA 1HVRA 3ZKQA 2R38A 5P5WA 3LPIA 4Y9WA 5P64A 1B11A 5P8HA 5P02A 5P2HA 1B6LA 4Y3WA 1XN3A 2IDWA 1M4HA 5P4AA 3G70A 5P5TA 1FKNA 2QI0A 5P6FA 2QHYA 4M8XA 5P1JA 4DV9A 5HDVA 5P88A 5P8MA 4CPQA 3RVIA 4DQEA 2HB3A 1D4YA 2FXEA 1E80E 5P26A 1ZPAA 4Y5GA 1T6GA 5IE1A 5P2TA 3WZ6A 2ZHUA 5P61A 3Q3TA 4HDFA 3NR6A 5P10A 3QPJA 4D8CA 2ZE1A 5P6EA 5DR4A 4BELA 3OADB 1ZBGA 4L1AA 2Q11A 2JXRA 1APTE 4RLDA 2OHLA 4B72A 5P3RA 3WB5A 5OZRA 4AA9A 3KDBA 3U6AA 3QN8A 3KF0A 4K4RA 3KDDA 1A8KA 5P8AA 1MVPA 5ISJA 2ZHVA 3L5FA 3PLLA 2J9JB 4EXHA 5P6YA 4D89A 4OBZA 2ER9E 4Y3DA 5EZXA 4HA5A 3VYEA 1FFIC 1BV9A 3APPA 3TPRA 5C9FA 4CPSA 1SMRA 2OAHA 5SXNA 2NR6A 5P09A 2ZJNA 5P0RA 5P3PA 1ZPKA 1KZKA 5P40A 3TOHA 3ZOVA 1PSOE 1CMSA 5P3JA 4FRJA 1EPQE 4H3JA 3HZCA 1SIPA 4LXMA 5P0NA 2QAKA 5P4BA 1QS8A 1D4HA 2AVQA 2Q5KA 5IS4A 5P6CA 1GNOA 1SGZA 1TW7A 1MPPA 2WJOA 3BUHA 3ZKNA 2QNNA 4GMIA 7HVPA 2AOCA 2FIVA 2PMAA 3IXOA 1BV7A 1HTRB 1G35A 4J55A 1EAGA 2O4LA 5J25A 4Y6MA 4K9HA 3S7LA 3PM4A 1HVLA 3NDWA 1FQ4A 1QRPE 5HDUA 3VV8A 5P5XA 5DR8A 3S43B 4GB2A 5P07A 4FRIA 1PROA 1BVGA 5OZSA 3SFCA 5OZWA 6APRE 3VUCA 2AIDA 1HVIA 5P0LA 1NPVA 3D3TA 3BVBA 1BWAA 2BPZA 2FGVA 7UPJA 3O99A 5P0VA 5P4JA 1HIIA 4ZLSA 1ENTE 3JVWA 5DQ5A 3UDPA 2B60A 1Z8CA 2WEZA 1EPME 4Y5MA 3OXXA 4QJ6A 4Y3PA 3SA6A 4YHQA 6FIVA 2BB9A 3LPJA 4Y3ZA 5OZ2A 1RPIA 2PWCA 4M8YA 1B5FA 3INFA 5P2JA 4MC1A 3H0BA 1OHRA 5P2BA 3TPJA 3PBZA 5P81A 3EM4A 2QD7A 3O9LB 5P4SA 4XX4A 2ZGAA 2V16C 5P00A 5P0JA 2I4QA 3OU1A 1KJ7A 5P8GA 5P1SA 4Y4TA 4TRZA 2B7FA 4MC6A 4NJVA 5KQXA 2QZKA 3KMYA 3CMSA 1W6IA 2OHPA 5P3FA 1T7IA 1GNNA 5P5JA 2G94A 5P87A 4GZFA 3T3CA 3GI4A 4APEA 2OHKA 5OZXA 5P7MA 5P06A 1IZDA 1APVE 2QHZA 4FIVA 4Q1NA 5IVSA 5P7AA 2JYSA 5HE4A 5BS4A 3AUPA 4U7QA 2G21A 2RSPA 4J0VA 2R43A 2P3BA 3L58A 5P1AA 5OYQA 1TSQA 1TQFA 1LV1A 3VF3A 4ZEAA 2A1EA 1IZIA 2IKOA 4FRSA 5AGZA 5P28A 4YCYA 4I12A 5JG1A 1ZTZA 5P7OA 2Q54A 3L38A 1WBKA 4OBKA 2ZHSA 5P34A 3BVAA 3IXKA 3LIQA 3SA8A 5ISKA 5P14A 1W51A 5P0EA 1OEXA 4CKUA 4PPHA 5P65A 1MT8A 4U7VA 2BKTA 1QBSA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Y3Q A;  1FLH A;  2FDD A;  5P4D A;  2IL2 A;  4D88 A;  4FM6 A;  4L6B A;  4ACU A;  3KM4 A;  3CIB A;  2P3B B;  1FF0 C;  3OWN A;  5OZP A;  4KUP A;  3PSY A;  3TTP A;  3MSK A;  3Q4B A;  4ZSQ A;  2QHC A;  3VSX A;  1YTI A;  3HVP A;  5ER1 E;  2WF2 A;  1SIV A;  1B6K A;  5P55 A;  5P8B A;  4Y38 A;  1EPL E;  3K5C A;  2IEN A;  3HW1 A;  3D1Y A;  4R93 A;  4DQF A;  5P1Q A;  1FQ8 A;  3UQW A;  3B7V A;  3PWM A;  1N49 A;  5P4Z A;  4OBJ A;  2G26 A;  3QRV A;  5P1D A;  2CEM A;  5UPJ A;  4Y43 A;  2AOG A;  4LBT A;  1GVW A;  3UQX A;  4B78 A;  1AZ5 A;  2I4V A;  5E5J A;  5P5S A;  1ZAP A;  3O9A A;  2Q15 A;  3KT2 A;  4Y3S A;  4Y4X A;  5P51 A;  2QMG A;  3O9B A;  5P1B A;  4DQG A;  2RKF A;  1BXQ A;  5OZ9 A;  2OHS A;  3T11 A;  5P7W A;  1LF2 A;  4Y56 A;  4B0Q A;  4ZPF A;  1AJX A;  2BPW A;  4FAE A;  2UY0 A;  3LZU A;  3NXE A;  4HLA A;  2R3T A;  4Y3L A;  5P8J A;  2ANL A;  3T7Q A;  2Q64 A;  5KR0 A;  2QZX A;  4DJW A;  1IZH A;  1FB7 A;  5DGW A;  5OYR A;  5OYX A;  3T7P A;  5JOD A;  2QNQ A;  5P56 A;  5OYY A;  1K2B A;  5P7H A;  2BPX A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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