2QI1A

Crystal structure of protease inhibitor, mit-1-kk81 in complex with wild type hiv-1 protease
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title HIV-1 protease inhibitors from inverse design in the substrate envelope exhibit subnanomolar binding to drug-resistant variants.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords Protease
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2007-07-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2qi1A00
4Y45A 5P82A 3UDJA 3PLLA 3OADB 1HIIA 3LIVA 5P1ZA 1T6GA 4Y9WA 5OZ1A 5P3TA 2I4QA 5EZXA 3UFNA 1EBZA 5P3NA 5OZHA 5P55A 2QHYA 4AZYA 5P2JA 2ZJLA 5P4GA 5P7GA 3TPRA 4DQGA 4RVXA 5P23A 4Y3YA 3FKTA 4Q1NA 1A30A 4FM8A 3LHGA 4AMTA 1FMXA 2O4PA 3D91A 3LIZA 4Q1XA 5BWYA 4F76A 1OEXA 1PPLE 4RLDA 5AH9A 4FRIA 2VS2A 4GJ8A 3IXKA 1EC0A 4OBDA 3LPJA 5P6VA 2UY0A 4NJUA 4Y58A 5P7QA 2AZ8A 5P0WA 4A6CA 4FAEA 4AA8A 3TKGA 5P0YA 5P41A 5P0EA 3VF7A 3IXOA 3O9AA 4Y4GA 5P0LA 3JVWA 1APVE 5P6RA 3VF5A 4MC9A 5P62A 5P0AA 3IVHA 1APTE 2QI1A 2XYEA 3WSJA 5P6IA 5P4SA 3SM2A 3PSUA 5I3VA 5P2IA 3OWNA 4KB9A 5P8VA 5P4RA 1ODWA 3S45A 2B60A 2I4UA 4BELA 4J1KA 2IKOA 3PEPA 3HLOA 3Q5HA 3BXSA 2RKFA 3OGQA 2BPXA 5OZIA 4Y4XA 2Q15A 4B05A 1W5WA 5OYSA 4EXHA 4H3IA 5P5VA 2IL2A 3U6AA 5DR8A 5OZEA 4RVIA 4RRNA 4DJWA 1RPIA 3N4LA 1EC2A 3K4VC 4A6BA 4FS4A 5P1FA 4GIDA 5P37A 5P4HA 5OZJA 3PWMA 3MWSA 3TOFA 5P3PA 2QU2A 3TOHA 3SA5A 2VKMA 3GW5A 5P68A 4PHVA 4R95A 5P3IA 3OOTA 3S53A 1FMUA 4LXKA 1QDMA 3D20A 5P7KA 4FAFA 1PSOE 5P1KA 5P7OA 5P2GA 1YTJA 5P6NA 2R8NA 5P8FA 2G1RA 3EBZA 1AZ5A 5OZDA 3QVCA 2G21A 3MSKA 4I0GA 2XFKA 5E5KA 5P0DA 3T11A 4L7HA 5P8MA 1AVFA 5P7JA 3NWXA 3TLHA 5P2MA 4ER4E 4E43A 2PSGA 5P2TA 5I3YA 3UDKA 5P74A 4FE6A 3ZOVA 2HC0A 3KM4A 4Y5EA 5DQ2A 4OD9A 4ZPEA 2HB4A 5ENKA 4JPCA 5ER1E 1TSQA 5OZZA 4X7IA 5KQZA 5DQCA 5OZ2A 2QI3A 4FRJA 4J1FA 2QP8A 3OU1A 5P67A 3R0WA 5P1OA 4OBGA 5P7YA 3K1WA 4GB2A 2I4VA 4EJDA 5P63A 4Y47A 4R93A 5OYVA 5OZFA 5P02A 5P2LA 1G2KA 1HVHA 5P7DA 3NDWA 2QHCA 5P3SA 5P49A 3EMYA 5P6ZA 2A1EA 2ZJIA 2AVMA 4EQ0A 4HA5A 4Y5BA 4Y3JA 5P0NA 5P8PA 4WY6A 3MSLA 2VNNA 3L5DA 2VIJA 2OHPA 1KZKA 1K2CA 1NSOA 3BGCA 1C6ZA 2P3BB 3H0BA 5P15A 2O4KA 3GGAA 4Z22A 2Q64A 1HXWA 2R43A 3JVYA 1ZBGA 1T3RA 3IGBA 3EM6A 1FQ6A 3KDDA 5P6LA 2WHHA 5P4ZA 5P4FA 2ER0E 4GMIA 2QZXA 3DOXA 1B5FB 4YCYA 3NU3A 2OHQA 1M4HA 3BUGA 5OYUA 5P1LA 2CENA 3BGBA 5P8GA 2VNMA 5P27A 4D88A 4OC6A 3CMSA 5P4JA 1TCXA 4IVTA 5P2AA 3SM1A 4OBFA 3SABA 5P10A 2PSVA 1EC3A 5HE7A 5P30A 2I1AA 3I25A 3EKQA 4ER1E 2RMPA 5P2VA 3D1YA 3ZKMA 5P5KA 1DP5A 5P4WA 1EEDP 3KFSA 4TRYA 4BFBA 5OZ5A 5P73A 5AHBA 4CPSA 3IVIA 1SMRA 5P3DA 1YTIA 3KYRA 1W50A 3EL0A 2CEJA 5P6GA 3OGPA 1HWRA 5OZ7A 3AUPA 1BV7A 4GJ5A 4Y56A 1HVLA 3URJA 4EQJA 4Y51A 1SIPA 3OQDA 3UQRA 4Y4BA 1MPPA 5P75A 5OYTA 5P1CA 3QI1A 2QZLA 2F3EA 3GI0A 3C9XA 4Y3XA 1HVKA 4J17A 1IDAA 5C9DA 5P2EA 4CKUA 4Y3QA 4Y39A 4FRSA 6UPJA 5P13A 1XN3A 2F3FA 5P7VA 3PHVA 1BV9A 3EXOA 1LYBA 2HPEA 3SA8A 3QPJA 5P6AA 3OU3A 5HCTA 4DJVA 3VF3A 3UDNA 5P3KA 5P7LA 5FIVA 1K2BA 2R5PA 2PK6A 5OYQA 2B8VA 3PI0A 3VLAA 3S85A 5P3MA 2B7ZA 1IZDA 2ZHRA 2HS2A 5P45A 1SGZA 3NYGA 3VYFA 3VYDA 5P0OA 4B00A 3IA9A 3T7XA 5IVRA 5P7CA 5P8JA 2H6TA 3BHEA 5P48A 4Y4TA 4D89A 5P2NA 3UDMA 3QRSA 1SDUA 1SMEA 5F00A 5P09A 1LS5A 5P5UA 2O4NA 3HD8A 4D85A 5P3YA 3BUFA 5P8UA 1C70A 5P43A 3VV6A 4EP3A 3DV5A 4QJ8A 5OZLA 4BEKA 4QLHA 1W5VA 1ZJ7A 1WKRA 2OF0A 2F80A 3R0YA 1BDRA 5P46A 2G20A 3RSVA 4L6BA 1BAIA 3S7LA 2A4FA 4K9HA 1F7AA 2PH6A 5T4SA 1HVJA 5P2RA 5P1SA 1IZIA 5DQ4A 2O4LA 3B7VA 4NKKA 5HU1A 6FIVA 3EL1A 2QNPA 3GI4A 4Y44A 1GVWA 4U8WA 5P0VA 2J9KA 1XE5A 2BPZA 3IXJA 3OHFA 4R5NA 3SKFA 2R3WA 4NJVA 2AZ9A 3APPA 1XE6A 1VIKA 3HAWA 2I0DA 2AOEA 3T7PA 1META 4J1EA 5PEPA 5P3QA 5DPZA 5P5EA 1SH9A 5P54A 4HVPA 4WY1A 4QJAA 1MT8A 3T3CA 1PPKE 2ZHSA 2B7FA 4YDGA 3L5CA 4FGXA 2FDPA 5P18A 5P1IA 5OZTA 3OXXA 3SO9A 1BXQA 2WECA 1MVPA 1LYAB 2AVOA 5P5AA 5DGUA 3NU5A 4Y3RA 3UQWA 3APRE 3NU6A 5P4DA 3VFAA 4OBZA 5E5JA 3TNEA 2QHZA 3SA4A 1M0BA 1K1UA 1E82E 3OAGA 5P4EA 1JLDA 2QI7A 5P5GA 1T6EX 2V16C 4Y4DA 2NMZA 3TH9A 1MSMA 3INFA 3DV1A 4QJ6A 2ZJMA 5P0QA 1MT9A 1ENTE 3QIHA 4I8WA 2QAKA 4PPHA 4TVHA 2UXZA 5P3AA 4DVFA 3HBOA 2VJ6A 5P6EA 1LV1A 3O9GA 2H6SA 3RTNA 1D4SA 3UTLA 4Y38A 5COOA 5P3FA 3T7QA 5P47A 1LF2A 1FKNA 5P1MA 1XDHA 1FG6C 4OD9B 5COPA 3H5BA 4YA8A 5AHAA 2P3CA 4OBHA 3PB5A 4I1CA 3OU1B 1K1TA 2AVQA 5P08A 2Q55A 4EWOA 4DQBA 2NNPA 3EM4A 1Z1RA 4B78A 2B8LA 1EPME 4B77A 2UPJA 5IS4A 1IDBA 5P26A 3VV8A 2RKGA 4Y3NA 1GNNA 2I4DA 4NPTA 2V12C 4I11A 5SY2A 3GI5A 1BILA 4M8YA 5P1BA 2F81A 3S7MA 5OZYA 1HSIA 3VLBA 3KFPA 1B11A 4M8XA 2WEDA 2WJOA 3EKXA 1AAQA 2HB2A 3S56A 4GJ7A 5P42A 2ZJNA 5P81A 3IN4A 2VJ9A 1Z8CA 2QNQA 3SLZA 4Z50A 1QS8A 3OOZA 3UDHA 3K5FA 5P8RA 4ZSMA 5J25A 3GGVA 5P5SA 5P1DA 4J0PA 4U7QA 1B6KA 5P5BA 2AOIA 5P3GA 2BPWA 4ZSPA 5P29A 4PZXA 3L58A 1ZSFA 5P40A 3CICA 4EP2A 3ECGA 4XKXA 3HDKA 3N3IA 4Z4XA 1FMBA 3ZKSA 3VYEA 1YT9A 2ZYEA 1MUIA 5P4YA 5ISKA 5P1NA 5P6HA 1QRPE 2PWRA 5OZNA 5P80A 3BRAA 5P4AA 3UQXA 3HW1A 4OC6B 3KFNA 1KJGA 5P53A 3PSGA 3OQAA 3O9IA 2Z54A 4H3GA 3HVPA 2ER6E 4N00A 4Y4AA 5P31A 3K4VA 3QROA 2P3AA 5DR3A 3GI6A 3U7SA 2HS1A 1UH7A 5P03A 4APRE 2WKZA 2V11C 2QI6A 3VFBA 4CPRA 1XN2A 4B1DA 5P87A 4XXSA 1BVGA 1ODYA 4HDBA 2BJUA 5P6UA 4H3FA 3L38A 3MSJA 3LPKA 3CYXA 3O9CA 5P7WA 4Y3SA 4J1IA 1IIQA 5P1HA 3SPKA 2NMYA 5AH8A 3GGUA 2ASIA 4Y3FA 3VSXA 1ODXA 5P01A 4B1CA 3INDA 2WF4A 1M43A 5P2QA 5P5YA 1T7IA 3FNTA 1UH8A 2PWCA 5IVSA 2XYFA 5DR7A 4D8CA 2V10C 5P8AA 5KQYA 1PPME 4KE0A 5P3JA 5P6WA 1LYWA 1LYBB 2G1OA 1AXAA 2VJ7A 1N49A 5OZ4A 5P1RA 3BVBA 4CPQA 5P89A 5BS4A 5OZBA 4Y5MA 3LIQA 5P20A 3OQKA 1MRXA 2AIDA 3SAAA 3OUDA 1QBUA 3RTHA 1NH0A 2JJIA 5P6MA 3S43A 5ER2E 1LF3A 2FDDA 4DQCA 3PMYA 2QK5A 6APRE 3TPLA 2IENA 2BPVA 4HEGA 4J0TA 3Q6YA 5JG1A 3I2LA 5P57A 5P4OA 5OZ6A 3OUBA 3EKTA 2PSUA 4Y6MA 5P5ZA 3ER5E 1F34A 5OYXA 1B6JA 4ER2E 2Q5KA 3UDRA 1BIMA 4DJPA 2FGVA 4ZIPA 3EL9A 1HPSA 3T6IA 5P3BA 4I0DA 1WBKA 1NPVA 5DGWA 1YM4A 2BKSA 2G1SA 1QBTA 2BBBA 2IGXA 3OY4A 4FM7A 5P7PA 1A94A 4LHHA 3WZ6A 2OHNA 4B70A 5P00A 3PVKA 3S8IA 1OD1A 3TPJA 1FLHA 5HDZA 4RGHA 2QI4A 5P1EA 3NU4A 4Y5KA 5P8LA 1RV7A 5P5TA 5P3VA 3WB5A 3PM4A 3R2FA 5JODA 2ZJJA 1TZSA 5P85A 1A8GA 1GKTA 4R91A 5P4TA 5P7IA 4YBFA 1WBMA 1MTRA 1EBYA 4AUCA 5DQ1A 1PSNA 2BPYA 5P1AA 5P8HA 4CPXA 3EC0A 4HDPA 2O40A 5P4KA 2FS4A 3UCBA 3O9BA 4LL3A 5P1JA 5B18A 3INEA 5P76A 2Q63A 1IZHA 2G22A 5P66A 3NXEA 1ER8E 1EPRE 4QJ9A 1ZLFA 3O9HA 4OBZB 3CIBA 3VV7A 3OAGB 3URIA 1W5YA 4YDFA 4LC7A 4I0IA 4HZTA 3EL4A 1BDLA 2NTRA 5OZVA 4DJOA 4Y4UA 5P2SA 3Q4BA 4Y43A 5P7AA 1GVTA 2PQZA 1AM5A 3UFLA 3BC4A 3UPJA 2P8HA 4DQFA 1MIQA 5P6OA 4GYEA 2QNNA 2AOHA 1FQ5A 2V00A 1XL2A 4Y37A 5P0GA 4YD6A 5P88A 1GNOA 3NDUA 5P2UA 4LXMA 5P2OA 3B80A 5P7BA 3O9LA 5P33A 1GVVA 1EBKC 3ZL7A 1HEGE 1FFFC 5AH7A 5P1XA 1D4YA 5P07A 5P5IA 3LITA 1HTFA 4NJTA 2QCIA 5P6SA 1HPXA 4I0FA 5COKA 5AHCA 4X2LA 1J71A 5P0IA 5P7SA 2R5QA 4I0JA 1EAGA 3KN0A 4NJSA 1BBSA 2VA6A 3DK1A 2JJJA 5P65A 5P44A 2AVVA 2IKUA 2WF0A 5P1GA 3DCRA 3EKYA 1TQFA 4OBJA 2V13A 1SP5A 4CMSA 1YTGA 4RCEA 4DJUA 1NPAA 5P5QA 1E81E 4B0QA 2PH8A 4RRSA 4Y36A 3MXDA 4DJQA 3ZPTA 4JOOA 3PI5A 3LZSA 9HVPA 2WEZA 5P78A 2I4XA 5P4IA 4UPJA 5SY3A 1FGCC 2I0AA 3KMYA 2G1NA 3NDTA 1W51A 1EPQE 4K4RA 5P6DA 3SKGA 2AOJA 5P2ZA 3K5GA 2QMFA 5OZUA 1ME6A 5JFUA 1KJ7A 1ZPKA 5KR1A 5OZKA 4EYRA 5HD0A 2AZBA 2QI0A 5P7XA 2R38A 4U7VA 3DM6A 2ZE1A 1SBGA 1FQ8A 3PJ6A 5HE4A 2APRA 3QBFA 2IRZA 3SQFA 5C9BA 1AIDA 3ZKXA 3VUCA 4Q1WA 4DJYA 4YD3A 1CPIA 1HEFE 1YX9A 4YCKA 5OZCA 5P59A 3FX5A 2ER9E 3KT2A 5I70A 2IS0A 3PLDA 4DJXA 2G94A 1GVXA 1HTGA 4EXGA 3PRSA 2PC0A 4RCDA 2OHRA 5ENMA 3ZKQA 4I0HA 3PWRA 2J9JA 5TOLA 2IGYA 4ZE6A 4F73A 3R1GB 5P83A 4I10A 3FNUA 3UDQA 4Z2ZA 1BDQA 4DH6A 4J55A 4FL8A 5P4CA 4XX3A 2ZGAA 4A4QA 4JP9A 5DR4A 2IEOA 4YHQA 4DJRA 4MC1A 3OTSA 5OZMA 5P0HA 5P35A 1W6HA 5P2FA 1TSUA 5P2WA 3SA7A 1HRNA 1XS7D 4ZEAA 4HDFA 5P36A 5P4QA 2FDEA 3JW2A 3INHA 3ZLQA 5P50A 4FIVA 5OZ3A 2P83A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Y45 A;  5P82 A;  3UDJ A;  3PLL A;  3OAD B;  1HII A;  3LIV A;  5P1Z A;  1T6G A;  4Y9W A;  5OZ1 A;  5P3T A;  2I4Q A;  5EZX A;  3UFN A;  1EBZ A;  5P3N A;  5OZH A;  5P55 A;  2QHY A;  4AZY A;  5P2J A;  2ZJL A;  5P4G A;  5P7G A;  3TPR A;  4DQG A;  4RVX A;  5P23 A;  4Y3Y A;  3FKT A;  4Q1N A;  1A30 A;  4FM8 A;  3LHG A;  4AMT A;  1FMX A;  2O4P A;  3D91 A;  3LIZ A;  4Q1X A;  5BWY A;  4F76 A;  1OEX A;  1PPL E;  4RLD A;  5AH9 A;  4FRI A;  2VS2 A;  4GJ8 A;  3IXK A;  1EC0 A;  4OBD A;  3LPJ A;  5P6V A;  2UY0 A;  4NJU A;  4Y58 A;  5P7Q A;  2AZ8 A;  5P0W A;  4A6C A;  4FAE A;  4AA8 A;  3TKG A;  5P0Y A;  5P41 A;  5P0E A;  3VF7 A;  3IXO A;  3O9A A;  4Y4G A;  5P0L A;  3JVW A;  1APV E;  5P6R A;  3VF5 A;  4MC9 A;  5P62 A;  5P0A A;  3IVH A;  1APT E;  2QI1 A;  2XYE A;  3WSJ A;  5P6I A;  5P4S A;  3SM2 A;  3PSU A;  5I3V A;  5P2I A;  3OWN A;  4KB9 A;  5P8V A;  5P4R A;  1ODW A;  3S45 A;  2B60 A;  2I4U A;  4BEL A;  4J1K A;  2IKO A;  3PEP A;  3HLO A;  3Q5H A;  3BXS A;  2RKF A;  3OGQ A;  2BPX A;  5OZI A;  4Y4X A;  2Q15 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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