2QI4A

Crystal structure of protease inhibitor, mit-2-ad93 in complex with wild type hiv-1 protease
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title HIV-1 protease inhibitors from inverse design in the substrate envelope exhibit subnanomolar binding to drug-resistant variants.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2007-07-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2qi4A00
4PHVA 4RCDA 5P8IA 4WTUA 2VA6A 1C70A 1F7AA 4LP9A 5HCTA 1PPKE 1DP5A 2AVMA 4ZPGA 4Y9WA 2HPEA 5P2SA 4FLGA 1IIQA 5P6RA 1W6IA 2WKZA 3OXXA 4RYCA 4TRYA 3ZKMA 5P8CA 4D88A 1LZQA 5C9BA 5P60A 5P7EA 5P51A 5P8OA 1WBMA 2NNPA 1SBGA 3PWMA 4NKKA 5P2EA 5P7TA 1EPRE 2G1SA 5P88A 4Y3XA 4I0IA 3OGQA 5P8EA 4B77A 3KDCA 4LC7A 5OZSA 3GGXA 1ZPAA 2HB4A 4M8XA 5P4BA 3OU3A 5AGZA 1EC1A 1XL5A 3RTNA 3IXOA 3NYGA 4EPJA 5DQ2A 3OTYA 3EKVA 2G20A 5P3CA 5P0MA 3VLAA 3OUAA 3ZPUA 5ISKA 2FIVA 1KZKA 5P3YA 5P0LA 5P3MA 5P49A 1SDUA 1HTEA 4ACUA 2I0AA 4DQGA 5P85A 5P7DA 3TOHA 2HC0A 1YG9A 2Q63A 2CEJA 1RNEA 3R0WA 5OYSA 3SKFA 2AVSA 4Y5LA 5P3PA 5P5CA 4TRZA 4YOAA 5ENKA 4RCEA 2QAKA 5P2LA 3URLA 3QP0A 1RPIA 4MC2A 5UPJA 2ZHUA 1E5OE 5P80A 5OZ5A 4FSEA 1MT8A 2VIJA 4K9HA 4DJRA 4BFBA 2WJOA 5P1QA 5P3DA 4LXAA 5ER1E 2OAHA 2VA7A 3R0YA 5B18A 1BILA 5COOA 3NU5A 3VV8A 4QJ9A 5P2RA 2PSVA 2RENA 2V16C 5P4AA 3EXOA 3QRVA 3OADA 1HSGA 5P2CA 3UHLA 2B60A 3VG1A 1DW6C 5P67A 4Y3LA 2R5QA 5P3RA 1BWBA 1W50A 3CYXA 3I25A 4TVGA 3EKTA 4Z22A 4OBDA 1VIJA 8HVPA 4FS4A 5P6AA 3OWNA 1LF2A 5IVRA 4Y3AA 1RV7A 4Y4AA 5P0QA 2FXEA 4QJAA 1HVCA 5I3WA 5P6NA 2OHQA 3RSVA 1HVJA 3G72A 1MT7A 4EJKA 1G2KA 5P69A 3I2LA 5P5FA 3IXJA 2H6SA 5P41A 1FF0C 5P0NA 5ISJA 4DJVA 3PBZA 2PWRA 1W6HA 5P5MA 3LZVA 5AHCA 3OQAA 5P31A 3SA8A 2BKTA 5ENMA 3D20A 3T7PA 2ER0E 1FFFC 5P07A 3ZKSA 1W5XA 1FGCC 3SFCA 5P3NA 5P5XA 3BRAA 3EM3A 3GI5A 3OGPA 3L38A 4R95A 2NPHA 2VIEA 5P47A 1QDMA 4GMIA 1TCWA 4Y5BA 2BPXA 2O4NA 5KAOA 4J1KA 3T11A 2ER6E 5P52A 4A6BA 1EPLE 1EBKC 2G26A 2V0ZC 5P8JA 1B6LA 3UPJA 3OXWA 4RRSA 2HB2A 2PWCA 2FDPA 3CKTA 1GNMA 2HPFA 2PMAA 3PHVA 1ZBGA 3ZKXA 5P0CA 3PI5A 4QJ6A 1WBKA 1NSOA 1J71A 2AOHA 2P3BB 5OZ4A 1FFIC 5I3YA 3OU4B 3PEPA 1HPOA 1YX9A 2Q55A 4HLAA 3UFLA 4F75A 1MT9A 1SDTA 5P7WA 3NWXA 5OYVA 5P03A 3MXDA 3PB5A 4RGHA 4Y6MA 9HVPA 3SAAA 2R43A 5SY2A 2PC0A 2O4SA 2QU3A 4DFGA 2FDEA 4GJ6A 5P1UA 1FLHA 5P84A 5P4EA 2APRA 5P0YA 5P0IA 3QIHA 2JJJA 1EPME 3SABA 3BGBA 3MSKA 5OZMA 5KR2A 5P1EA 3Q70A 3OQKA 3NU6A 5P8RA 5C9FA 3UDPA 2EWYA 5P4KA 1QBUA 2ZGAA 1NPAA 2P3AA 3QS1A 1G6LA 3UTLA 1HSIA 1ZJ7A 5P83A 1IVPA 1GNNA 3TKGA 3O9IA 5P1HA 4E43A 2V12C 2B8VA 2CENA 2HAHA 3FX5A 5P32A 5P39A 2IGYA 4LL3A 4H3IA 1K2BA 1EC2A 3N3IA 5P7GA 4DQFA 2SAMA 3HDKA 1HTRB 2R3WA 3HAUA 2VNMA 4J1IA 1FQ6A 4J1EA 5IVTA 1TQFA 4J0YA 2J9JA 2BB9A 4COEA 4D85A 4IVSA 3KDBA 5HU0A 4ER2E 5P5VA 1QBRA 3L5DA 2WECA 3O9EA 1GVUA 4ZPFA 5DGUA 3U7SA 5COKA 3HD8A 5P70A 4Y37A 3EBZA 4R5NA 3O9DA 1JLDA 2PK6A 5P0WA 2JJIA 2WF1A 2AZCA 3BXSA 5OYUA 4Y39A 1EPPE 4I0ZA 2XFIA 3NUJA 4LHHA 2WF3A 3EL0A 2R8NA 1G35A 3D1ZA 3D1XA 3VUCA 3CIBA 3OUDA 5P08A 4Y41A 2OHUA 3M9FA 5P7OA 5TOLA 5P3BA 5P6GA 1LYAA 2F3EA 4DQBA 5OZGA 5I3XA 2F80A 5P1OA 2FMBA 3U6AA 5P1NA 3R1GB 1XL2A 2B8LA 4J17A 5DR4A 2BJUA 5DR0A 3F9QA 4U8WA 4OBZB 5P1BA 4UPJA 4M8YA 4F74A 3ZOVA 1HIIA 4K4RA 4Y3NA 5P05A 1PSOE 5P7RA 1HOSA 5P8AA 3OAGA 5P18A 4DI2A 1CMSA 5P1ZA 1FMBA 5P8BA 1MRWA 5P2UA 5P8LA 3TLHA 1KJ4A 4H3GA 5KQZA 3KFSA 4EJLA 1TSQA 2QNPA 5P5EA 4EXGA 2R38A 3INHA 5AH8A 3T6IA 5OZKA 1K6PA 3CICA 4ER4E 4KB9A 2F8GA 5KQXA 4JOOA 3L58A 1ZP8A 4NPTA 5P35A 2Q54A 2QI4A 5P78A 5P28A 4Y3FA 5P66A 4J1CA 2OHRA 1SDVA 3K4VA 2QCIA 3LIYA 5DGWA 5P5GA 3OXCA 3O9LA 5P3FA 4DJXA 1HXBA 5P40A 4MC9A 4B70A 3PRSA 3UQPA 5OZ0A 5ER2E 5DPZA 2PSUA 5P50A 5P6CA 3DV1A 3PLDA 1DIFA 4Y5AA 1E81E 1D4KA 5P5KA 3INFA 3U71A 3FNSA 5P4RA 1BVEA 3DUYA 4K4QA 4DV9A 1MERA 1MRXA 5KR0A 2AOGA 3H0BA 5P2AA 3HVGA 3CYWA 3LINA 5P7UA 5P00A 3S43B 2Z4OA 2OHPA 1FQ5A 3H5BA 5HD0A 1M4HA 1HWRA 5P75A 1QBTA 2ZJIA 1BBSA 4FSLA 5P4DA 1UPJA 2Q3KA 3ZKIA 3LITA 1CPIA 3N4LA 5P7FA 5P4SA 2VIYA 3OUBA 1ER8E 4B72A 5P04A 4PZXA 5P1FA 3IGBA 3UDYA 3OQDA 4DH6A 4ZSPA 2AOFA 5DQ5A 7HVPA 3OHHA 3OUCA 3OADB 1M43A 3MSLA 1IDBA 4I12A 1K6CA 5P7CA 1E80E 5P30A 2FLEA 2G27A 3TH9A 3EL9A 5P3SA 1SIPA 4Y4EA 2OHLA 2NXDA 1ZAPA 4YHQA 4Y5MA 1EAGA 2I4XA 5P5JA 1F34A 4HDPA 5P10A 5P6KA 4L6BA 2QD8A 5P2KA 5DQ1A 3T3CA 1ODXA 2F81A 2ZJNA 2QZKA 5P4GA 1NH0A 4J1HA 5P26A 1LYBA 4I0HA 1K1TA 3WSJA 5P5WA 1K6TA 3PMUA 4AZYA 1YTIA 3IVHA 5OZAA 2QHCA 4Z2ZA 4Y3RA 1RQ9A 3QAAA 5P8HA 2OHNA 5P8SA 3SA5A 5P65A 2HS1A 3IN4A 5F00A 5HVPA 5P17A 3GI4A 3AIDA 1LYWB 2ZHRA 4WY6A 4Y47A 1HEFE 2PH8A 5P5AA 4Y4ZA 5P7KA 5P3EA 5P6TA 5OZ7A 4EP3A 1FKNA 1ZPKA 5P13A 5P5NA 4J0ZA 4ZPEA 3NU4A 2ZJLA 2OHSA 4QJ7A 2AZ8A 5P0ZA 5P7AA 4Y4GA 1SH9A 5OZ3A 3FSMA 1G0VA 2NMYA 2Q15A 2ANLA 1D4JA 5P8GA 5P4FA 2QU2A 1DPJA 1YT9A 1FQ4A 3DM6A 2G1OA 1NPVA 1MSNA 3NU9A 3PWRA 3NWQA 4GIDA 5OZJA 3O9CA 1HEGE 3OU1A 1HIHA 1U8GA 2B7ZA 2AVVA 4DJUA 5OZQA 3WB4A 1QRPE 3R4BA 3ZKGA 1HVSA 4OC6B 3LZSA 2V13A 5E5KA 5P14A 1HTFA 3GGAA 4I1CA 4Y3SA 5P1RA 3OTSA 3LIZA 4U7VA 5P5IA 4LAPA 1XE6A 3BVAA 5DR7A 1EBZA 4L7JA 1SMEA 3LZYA 3T7XA 1EPNE 5OZZA 1A94A 1MTRA 3QRSA 4ZSRA 4DUSA 5IVQA 5P4LA 1BDRA 5P2VA 3VLBA 5HDXA 3ZKNA 3TL9A 5P0BA 1MVPA 1OD1A 4TVHA 5P5QA 3JVYA 4YE3A 3NUOA 2NNKA 3K5DA 5P2OA 3FIVA 5P5LA 5OZEA 1TZSA 2VS2A 4GJ8A 3T7QA 5P4NA 2QK5A 3O9HA 2B7FA 4NJTA 5OZWA 5JFUA 3PBDA 2P8HA 5P58A 1C6ZA 5C9DA 3I8WA 5EZXA 4Y56A 5P3TA 2IKUA 4BELA 2QI7A 4FRJA 5P5YA 1ME6A 2WF0A 3I7EA 2WEAA 4Y3YA 1FG8C 3KDDA 2WEBA 3PMYA 5P3IA 5P8FA 1APUE 5P2TA 1EPQE 4NJVA 5P3GA 5P5HA 4U7QA 1SIVA 4Z4XA 5HE7A 3WZ6A 5OZFA 3HVPA 2R5PA 5KOQA 5P01A 4KE0A 4B00A 4Y4TA 3GW5A 3D3TA 4AMTA 5HDVA 1Z8CA 3OUDB 4HDBA 2QZLA 3BVBA 4Y3TA 3SA6A 4Y51A 5E5JA 3VEUA 4YCYA 5P3OA 5P0FA 1LYAB 4FRIA 3WB5A 5P1WA 5OYXA 1FMUA 5P1VA 5P38A 3PSUA 2WEDA 5P8VA 3TPJA 2NXLA 2B42A 3OOZA 5HDZA 1HTGA 3S53A 1GVVA 5P4CA 2PK5A 4GJ5A 1HPVA 2F3FA 3PGIA 4RVXA 3PCWA 1W51A 4I0EA 3L5CA 4OBJA 3OAGB 4Y5NA 2CEMA 1D4HA 3O9GA 2UPJA 1AJVA 3A2OA 4JECA 3ST5A 3JW2A 2VJ7A 5OZ8A 5P06A 5P8MA 3KFRA 1UH7A 4R93A 4Y4JA 4Y5PA 4B78A 3QVCA 1BXOA 3VV6A 2QI3A 1K1UA 5P81A 2A4FA 5P16A 2NMZA 5P8TA 3EKWA 1FQXA 4B1EA 3TOFA 1BDLA 4EWOA 4I10A 5P33A 4MC1A 1A8GA 4S1GA 5P1IA 5P0JA 4EP2A 1RL8A 2QI5A 2UXZA 1XN2A 3K4VC 2QMDA 3DCKA 3KYRA 3K1WA 3O9LB 5P44A 2QD6A 4DJOA 1KJHA 2Q11A 2QI6A 5P2IA 4ACXA 4DPFA 4WY1A 2QI0A 1LF3A 2I4UA 5P6EA 5JODA 5P7NA 5P22A 3K5GA 1GVTA 5P1LA 1LS5A 3GI6A 3L3AA 5P3VA 5P25A 2AZ9A 1K6VA 1TW7A 3D91A 5P3AA 4KE1A 4OD9A 5KQFA 3LPIA 1AAQA 1HXWA 4RROA 5P6HA 2ZJMA 6APRE 4RRNA 5P02A 5KOSA 4Y3JA 5P53A 2G1YA 3PCZA 4OBKA 3I6OA 3URJA 3BUHA 5HCOA 4YOBA 4Y4UA 2MIPA 1DMPA 5P7JA 1K2CA 4Y4WA 2ZHSA 5P5DA 4ZEAA 2PH6A 5F01A 5P8NA 4J55A 4K8SA 5OZOA 3KM4A 3TKWA 3LHGA 5P19A 2G22A 2ZYEA 3VYFA 2RKFA 1BVGA 4J1FA 2AQUA 2J9KA 4J5JA 5P6SA 4PEPA 2G69A 1OEXA 1MEUA 2FDDA 2Z54A 4HZTA 5P71A 2WL0A 1YTJA 1LEEA 4APEA 4FCOA 4ZIPA 3SA4A 2XYFA 3HLOA 4J0TA 2O4KA 6UPJA 5OZTA 2FGVA 5AH7A 5P86A 2BPZA 4GB2A 3KT5A 5P6WA 4EXHA 5P76A 4X7IA 3KF0A 3S45A 3NXEA 3LIXA 3S54A 3KN0A 5P89A 1KJFA 4B0QA 2ZHTA 2V11C 3UQWA 2BQVA 4GJDA 4QJ2A 5CLMA 4Y45A 4Y5CA 2I4QA 5P24A 1TCXA 2PYNA 5P68A 5P5PA 2OF0A 2AZBA 3OU4A 3RU1A 3VF5A 5KR8A 5HE4A 1A9MA 5IVSA 3IXKA 4RYGA 4Y50A 4JPEA 4Y4DA 2AOJA 1FMXA 2AIDA 4PZWA 5P45A 5OZLA 3ZL7A 3VF3A 4CPQA 3LPKA 2A1EA 4I0DA 3K5CA 3LNKA 1HIVA 5P54A 3VYEA 1B5FA 5P87A 2IDWA 5OYYA 2HS2A 3KMXA 3MWSA 5P4OA 1IZHA 5AH9A 4FIVA 5P4YA 3NU3A 1UH9A 3JVWA 5P2ZA 4APRE 2P4JA 3OU1B 3QPJA 1EPOE 5P1JA 4LXKA 5P6ZA 5OZPA 5SY3A 5P34A 3PSYA 3UDRA 2ER9E 5P7BA 4DQCA 5HE5A 4EHCA 4HA5A 2QHYA 3APRE 1W5VA 4DJWA 2P3CA 1C6XA 2H6TA 2ZJJA 3UDHA 1SP5A 4QJ8A 5DR1A 3L5EA 4Y53A 2R9BA 4D8CA 5APRE 3Q5HA 1YTGA 3GGUA 5OZ1A 5P4ZA 2FNTA 5P0TA 3TTPA 5P3LA 1WKRA 3ER5E 4Y3EA 5OYQA 3S8IA 2I1AA 1T3RA 5P57A 1GNOA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4PHV A;  4RCD A;  5P8I A;  4WTU A;  2VA6 A;  1C70 A;  1F7A A;  4LP9 A;  5HCT A;  1PPK E;  1DP5 A;  2AVM A;  4ZPG A;  4Y9W A;  2HPE A;  5P2S A;  4FLG A;  1IIQ A;  5P6R A;  1W6I A;  2WKZ A;  3OXX A;  4RYC A;  4TRY A;  3ZKM A;  5P8C A;  4D88 A;  1LZQ A;  5C9B A;  5P60 A;  5P7E A;  5P51 A;  5P8O A;  1WBM A;  2NNP A;  1SBG A;  3PWM A;  4NKK A;  5P2E A;  5P7T A;  1EPR E;  2G1S A;  5P88 A;  4Y3X A;  4I0I A;  3OGQ A;  5P8E A;  4B77 A;  3KDC A;  4LC7 A;  5OZS A;  3GGX A;  1ZPA A;  2HB4 A;  4M8X A;  5P4B A;  3OU3 A;  5AGZ A;  1EC1 A;  1XL5 A;  3RTN A;  3IXO A;  3NYG A;  4EPJ A;  5DQ2 A;  3OTY A;  3EKV A;  2G20 A;  5P3C A;  5P0M A;  3VLA A;  3OUA A;  3ZPU A;  5ISK A;  2FIV A;  1KZK A;  5P3Y A;  5P0L A;  5P3M A;  5P49 A;  1SDU A;  1HTE A;  4ACU A;  2I0A A;  4DQG A;  5P85 A;  5P7D A;  3TOH A;  2HC0 A;  1YG9 A;  2Q63 A;  2CEJ A;  1RNE A;  3R0W A;  5OYS A;  3SKF A;  2AVS A;  4Y5L A;  5P3P A;  5P5C A;  4TRZ A;  4YOA A;  5ENK A;  4RCE A;  2QAK A;  5P2L A;  3URL A;  3QP0 A;  1RPI A;  4MC2 A;  5UPJ A;  2ZHU A;  1E5O E;  5P80 A;  5OZ5 A;  4FSE A;  1MT8 A;  2VIJ A;  4K9H A;  4DJR A;  4BFB A;  2WJO A;  5P1Q A;  5P3D A;  4LXA A;  5ER1 E;  2OAH A;  2VA7 A;  3R0Y A;  5B18 A;  1BIL A;  5COO A;  3NU5 A;  3VV8 A;  4QJ9 A;  5P2R A;  2PSV A;  2REN A;  2V16 C;  5P4A A;  3EXO A;  3QRV A;  3OAD A;  1HSG A;  5P2C A;  3UHL A;  2B60 A;  3VG1 A;  1DW6 C;  5P67 A;  4Y3L A;  2R5Q A;  5P3R A;  1BWB A;  1W50 A;  3CYX A;  3I25 A;  4TVG A;  3EKT A;  4Z22 A;  4OBD A;  1VIJ A;  8HVP A;  4FS4 A;  5P6A A;  3OWN A;  1LF2 A;  5IVR A;  4Y3A A;  1RV7 A;  4Y4A A;  5P0Q A;  2FXE A;  4QJA A;  1HVC A;  5I3W A;  5P6N A;  2OHQ A;  3RSV A;  1HVJ A;  3G72 A;  1MT7 A;  4EJK A;  1G2K A;  5P69 A;  3I2L A;  5P5F A;  3IXJ A;  2H6S A;  5P41 A;  1FF0 C;  5P0N A;  5ISJ A;  4DJV A;  3PBZ A;  2PWR A;  1W6H A;  5P5M A;  3LZV A;  5AHC A;  3OQA A;  5P31 A;  3SA8 A;  2BKT A;  5ENM A;  3D20 A;  3T7P A;  2ER0 E;  1FFF C;  5P07 A;  3ZKS A;  1W5X A;  1FGC C;  3SFC A;  5P3N A;  5P5X A;  3BRA A;  3EM3 A;  3GI5 A;  3OGP A;  3L38 A;  4R95 A;  2NPH A;  2VIE A; 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 1HOS A;  5P8A A;  3OAG A;  5P18 A;  4DI2 A;  1CMS A;  5P1Z A;  1FMB A;  5P8B A;  1MRW A;  5P2U A;  5P8L A;  3TLH A;  1KJ4 A;  4H3G A;  5KQZ A;  3KFS A;  4EJL A;  1TSQ A;  2QNP A;  5P5E A;  4EXG A;  2R38 A;  3INH A;  5AH8 A;  3T6I A;  5OZK A;  1K6P A;  3CIC A;  4ER4 E;  4KB9 A;  2F8G A;  5KQX A;  4JOO A;  3L58 A;  1ZP8 A;  4NPT A;  5P35 A;  2Q54 A;  2QI4 A;  5P78 A;  5P28 A;  4Y3F A;  5P66 A;  4J1C A;  2OHR A;  1SDV A;  3K4V A;  2QCI A;  3LIY A;  5DGW A;  5P5G A;  3OXC A;  3O9L A;  5P3F A;  4DJX A;  1HXB A;  5P40 A;  4MC9 A;  4B70 A;  3PRS A;  3UQP A;  5OZ0 A;  5ER2 E;  5DPZ A;  2PSU A;  5P50 A;  5P6C A;  3DV1 A;  3PLD A;  1DIF A;  4Y5A A;  1E81 E;  1D4K A;  5P5K A;  3INF A;  3U71 A;  3FNS A;  5P4R A;  1BVE A;  3DUY A;  4K4Q A;  4DV9 A;  1MER A;  1MRX A;  5KR0 A;  2AOG A;  3H0B A;  5P2A A;  3HVG A;  3CYW A;  3LIN A;  5P7U A;  5P00 A;  3S43 B;  2Z4O A;  2OHP A;  1FQ5 A;  3H5B A;  5HD0 A;  1M4H A;  1HWR A;  5P75 A;  1QBT A;  2ZJI A;  1BBS A;  4FSL A;  5P4D A;  1UPJ A;  2Q3K A;  3ZKI A;  3LIT A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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