2QI5A

Crystal structure of protease inhibitor, mit-2-kc08 in complex with wild type hiv-1 protease
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title HIV-1 protease inhibitors from inverse design in the substrate envelope exhibit subnanomolar binding to drug-resistant variants.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords Protease
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2007-07-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2qi5A00
2IGYA 3OHHA 3GI5A 4J1FA 3OXCA 3PSGA 3RU1A 2HPEA 5P27A 4EWOA 4COEA 3OXWA 1B6PA 5P6SA 3PLDA 3PJ6A 3UHLA 1FMUA 4RLDA 5P74A 4J55A 3GGUA 2QHYA 5P5SA 3GI4A 2V13A 3KFPA 5P0WA 2I4WA 5P11A 1T7KA 3TLHA 4Z50A 2QMGA 5OZRA 1D4YA 2ER6E 5P19A 5P4NA 2QD7A 5P1XA 1EC2A 2PH6A 5P5AA 5DQCA 5P2AA 5AHCA 1CMSA 4H3JA 5P3UA 1TCXA 2G26A 4QJ2A 5P7OA 1ZJ7A 5P3RA 1HOSA 5HD0A 5P4CA 5HTZA 4Q1YA 3C9XA 2FXDA 4FSEA 3K1WA 1D4SA 4F75A 4YA8A 3OU4A 3RSVA 2H6SA 5P8DA 5OYZA 1DW6C 5OZVA 1DMPA 2XYEA 3JW2A 1QDMA 5P3SA 2AOCA 4Y3QA 3IXKA 4B78A 5P5OA 5P3LA 3VF3A 5KQZA 2ER0E 4Y53A 1UH8A 3QS1A 2UY0A 4OBJA 4GMIA 2Q3KA 3O9GA 5P2LA 2Q15A 3R0WA 3CICA 3QBFA 4K4QA 1HVHA 2VS2A 5DQ2A 4J54A 5P1BA 2BQVA 1ENTE 2ER9E 5OZUA 4GJ5A 3KDBA 1AIDA 4QLHA 3SO9A 4LL3A 3GGVA 3ZMGA 1PSAA 5P7SA 3KDCA 1CPIA 5P4EA 3URJA 3BXSA 4B77A 4TVGA 5P6BA 4Y4DA 5P0GA 2NMZA 5P44A 3UQXA 5OYQA 4E43A 5I3YA 3CYWA 4I8ZA 3LINA 5P1AA 3VYEA 3IN4A 5P06A 4DPIA 2EWYA 1A8KA 1EPME 2Q11A 4Y41A 4Y3MA 1FKNA 3FNSA 5P1LA 4L7HA 4FL8A 4HEGA 5HDZA 5P5MA 3PVKA 5P1HA 3O9DA 3OOTA 3FNTA 1HPVA 4Z4XA 2I0DA 1D4JA 4OBZA 4JPCA 3LIQA 3NU5A 3QP0A 1AVFA 4JECA 5P2NA 3PCZA 3SQFA 1MVPA 1MIQA 2RSPA 3S43B 3ZPTA 3S45A 1TCWA 4Y3LA 4Q1WA 2QI4A 4ACXA 4I0EA 5DQ1A 4ZSPA 3NXEA 1YT9A 5HE5A 5P48A 5OZ0A 1Q9PA 5P6OA 3I25A 2RKGA 1XL2A 5P58A 4H3GA 3GI0A 3EL4A 5P71A 2AZ8A 2V0ZC 1WBKA 5HU0A 4TRWA 1B6JA 1A94A 5DPZA 3PI5A 1TZSA 4ZIPA 3VYFA 3RTMA 6UPJA 1B6LA 4D88A 4Y3NA 4CPUA 5P6NA 5P6QA 1FMBA 3PRSA 4NKKA 3OTYA 3BXRA 5P2KA 1MRWA 1LF4A 5P86A 1EBZA 5P1FA 1BDQA 5P8LA 5P3CA 3AUPA 5P63A 3T3CA 5OYYA 4QGIA 2QI0A 3D1YA 2B7FA 5JFPA 5OYRA 2ZHRA 2Z54A 4HZTA 1T6GA 3Q70A 2G1NA 4Y5MA 1UPJA 5P7QA 5P0BA 4Y3ZA 2NNKA 1W51A 4ER4E 2I4XA 2F3KA 5P41A 5P36A 1KJ7A 4FRKA 2P8HA 5HE7A 4Y5LA 5P4BA 4EQJA 4YOBA 4YCYA 1HTEA 5I3WA 4ZLSA 5IVSA 1ODWA 3EM4A 5SY3A 4FM8A 2ZJKA 3QROA 5OZ2A 4ZSMA 4Y3XA 3IXOA 2IENA 3LHGA 4YBIA 2J9JA 4B0QA 2ER7E 1SH9A 2B8VA 3LITA 4Y3RA 5P02A 1PSNA 5OZXA 5P3XA 2NXLA 3RVIA 4QJAA 5I3XA 5OYVA 4FE6A 4GJBA 2QD6A 5P8PA 4YD5A 4FSLA 5P0DA 5P4UA 5KR2A 4J1EA 4Y6MA 5T4SA 1FQ5A 5P0LA 2AOGA 3KN0A 4MC1A 2FDDA 5P72A 2HM1A 5DR8A 1EPQE 5P2SA 1BVEA 3EKTA 5P4XA 1RNEA 2A1EA 4QJ8A 3OU4B 5P81A 3K5GA 5P5LA 5OZOA 1W6IA 4EHCA 3INHA 5P5TA 1FFIC 3NU4A 4Y4EA 5P2MA 2G94A 3LZSA 3RSXA 4Y4JA 5P73A 3IXJA 3MWSA 1IDAA 4HE9A 2BPXA 5COKA 3GW5A 5DGUA 2PWRA 5OZLA 4ZPEA 5SY2A 1W5VA 4LBTA 5KR0A 3SACA 4DJRA 3LIVA 1OHRA 5P07A 2ZHSA 3B7VA 3ZL7A 3TKGA 2QI6A 5DQ5A 4M8XA 1MEUA 3L5BA 2IL2A 2I4DA 5P7UA 5P49A 1HVRA 4Y3YA 4GJCA 5P8TA 4EQ0A 3TNEA 3OQ7A 3TOFA 4YCTA 3BHEA 5OZEA 1K6PA 5P5FA 1GVUA 3K5CA 5HDVA 1RPIA 3WB4A 3K5FA 4B05A 5P0MA 2PQZA 4I11A 2ZJLA 1EPOE 1MT7A 3SA9A 2V16C 5P2ZA 3B80A 5HCOA 3OTSA 5P83A 3NUJA 3HAUA 1FLHA 4L6BA 5P7CA 3KMXA 1T3RA 3QRSA 3PGIA 1APUE 4WY1A 3EKPA 1BXOA 3S53A 5P4TA 2OF0A 5OZGA 5KR1A 4I0GA 4LHHA 5P1GA 2G21A 5OZBA 4B00A 5P1VA 4HA5A 4AA9A 1ZSRA 2JJIA 5P8UA 3SABA 5P54A 5P1NA 3LZYA 4GJDA 5CLMA 4YDGA 4DUSA 4CPWA 3BGCA 4U7QA 2QP8A 3TKWA 4Y38A 5OZJA 1FQ4A 3ST5A 4NJVA 4NPTA 1AM5A 2NTRA 4Y5KA 2WL0A 1D4HA 3M9FA 5AH9A 5EZXA 2WF2A 1GVXA 3JVYA 3EXOA 2AVOA 5P8AA 5P64A 5P7XA 1LYWA 2R3TA 1B6KA 2AIDA 5P5VA 2FMBA 1KJGA 4Y3DA 2ZHUA 5P8SA 1BV7A 2G1YA 3PB5A 4Y43A 1EBWA 4L1AA 1B5FB 5OZYA 3O9AA 3INFA 3OOZA 4L7GA 2FGVA 3LPJA 3DUYA 4CPRA 2ZYEA 5P3WA 3U71A 5HCTA 3ER5E 2ZHVA 2B8LA 2WF4A 1J71A 4QJ6A 2AZBA 3L5FA 1FQ8A 4R95A 3SA3A 1IDBA 4Y54A 1KJFA 4DPFA 3PMYA 2I4QA 5OZNA 5OZZA 4B72A 2Q54A 2ASIA 5P6KA 2IGXA 1ZSFA 1HPSA 5P2OA 5P0NA 5P40A 5P6TA 5AH7A 3OXXA 3L3AA 4Y4AA 4Y5BA 5P03A 3NDWA 4XXSA 3T11A 3Q4BA 2JJJA 4FRJA 3BUFA 1YTIA 2VA5A 5P4QA 1HSGA 2OHPA 5F00A 4R92A 5P2WA 4DH6A 5P85A 2ZJIA 1B11A 5P3DA 5P7PA 3SFCA 7HVPA 1C6ZA 3G72A 3Q6YA 2QNQA 1MUIA 4RVXA 3QVIA 1XS7D 3QPJA 2VIEA 5P8EA 3PWRA 2R9BA 3KFNA 4I0HA 2F8GA 2WF3A 3NXNA 2Q5KA 5IVRA 5JODA 3S7MA 4Y47A 5P4HA 4ER2E 4I0IA 4DJVA 1K1TA 1C6XA 3BVBA 3VV6A 1M0BA 3D91A 1YM4A 5P5UA 5P6CA 1E81E 1EC3A 1KZKA 4Y45A 3WZ7A 2NNPA 4MC6A 1IVQA 2G20A 2XYFA 4YHQA 4RRNA 5P8CA 3LPIA 5OZ4A 2F80A 2P3AA 2FIVA 1UH9A 1K6VA 4J1IA 1EBKC 4OBGA 4S1GA 5DR3A 3SKGA 1FQXA 4R5NA 5P4DA 1VIKA 1QBRA 3GGAA 3VV8A 3PLLA 5P56A 5P8FA 1BBSA 1HIVA 2QHZA 3UQRA 1PSOE 1ER8E 3OAGB 4Y4TA 2HB3A 3R2FA 3IVHA 1QBTA 2QZKA 2P4JA 5P53A 5P3ZA 2QNPA 2ZDZA 5ISKA 1LZQA 2P3BB 5P0FA 1IBQA 3K4VA 3N4LA 3LPKA 1SBGA 4BFBA 2R38A 1ZAPA 1NH0A 1HBVA 4LC7A 2H6TA 3SKFA 4LP9A 2NXDA 3VFBA 4JPEA 5P4MA 1PPLE 5P7NA 1Z8CA 4DQBA 2CEJA 1IZEA 1QBSA 5P0UA 3KYRA 1WBMA 3EL0A 1SIVA 5P2FA 4B1EA 1BDLA 4LAPA 4LXKA 5P4AA 2AVQA 3VYDA 3Q5HA 4IVTA 4I0DA 5P4KA 5C9DA 3NWQA 5JFUA 5P0OA 3OUDB 2VKMA 5P0RA 1HIHA 3WZ6A 1HVSA 1EEDP 4Z2ZA 3T6IA 4H1EA 5P24A 4Y44A 4J5JA 2QZXA 3ZKGA 2UPJA 5P3KA 2QI7A 5P8OA 4DQCA 3DV1A 1E5OE 5UPJA 1APTE 3PSUA 1FG8C 2QMFA 3CKPA 4RVIA 5DR1A 5P08A 3ZKMA 4EPJA 3L5CA 2XFKA 5P65A 1K2BA 4Y4XA 5P62A 5P01A 4BELA 2FLEA 1LYWB 2IEOA 3QBHA 2F81A 2OHQA 5HDUA 3I2LA 1ZP8A 3BC4A 4I8WA 4L1AB 4Y48A 4CMSA 5IE1A 5P8BA 2APRA 3D20A 5OZSA 5P5QA 4Y3TA 5P8GA 5P29A 1EC0A 2WF1A 5P8RA 2Z4OA 3SA6A 5P59A 2OHSA 2F3FA 1MERA 3EL1A 5P2BA 3A2OA 5P4JA 3R1GB 1MTRA 4DFGA 2HIZA 4TRZA 3OU1A 4EJ8A 5FIVA 1MESA 3F9QA 4J1HA 2FXEA 5P37A 1U8GA 2WEZA 5P3HA 5P4FA 5OZIA 4ZSRA 3CKRA 3APRE 5P6AA 5ER2E 5P43A 5P69A 5P7EA 1GVVA 1HWRA 1VIJA 3L59A 3TPJA 1HTRB 5KR8A 5P6JA 1Z1RA 1APWE 3D1XA 4LXAA 5P55A 3HDKA 3VCMA 3ZKXA 3ZKIA 1NSOA 5HU1A 2VA6A 3NDTA 1YTJA 1LYAB 2OHUA 1E82E 3BUHA 4RVJA 1LF2A 4OBHA 3TOGA 2VIYA 1LYBB 2QHCA 5P23A 1FB7A 4K4PA 4Y56A 1HPOA 4ZE6A 3EMYA 2G22A 3RTHA 5P12A 5P6GA 3PHVA 5P10A 3DCKA 4Q1XA 1BIMA 1ZTZA 4L7JA 4F74A 4ZPGA 1BDRA 3NDXA 3SA8A 1XL5A 5P0KA 4DJQA 3DJKA 4J1CA 3BGBA 3AIDA 5OZPA 2QNNA 5P6PA 5KOSA 5DGWA 2MIPA 4LXMA 2QU3A 2ZJHA 3D1ZA 5P78A 5AHBA 3FIVA 5P3QA 1IVPA 1FEJC 5P7JA 2R3WA 4R91A 5OZAA 3PCWA 2HC0A 4F73A 3OY4A 3I7EA 1C70A 1K6TA 1N49A 4I12A 4N00A 4NJUA 5CONA 2OHLA 1QBUA 1W5XA 4I0JA 4FCOA 3VFAA 1ZPKA 3EC0A 4GJAA 1M4HA 2R8NA 3N3IA 5OZTA 3O9LA 4JP9A 5P1OA 4B1CA 5P70A 5P8QA 1YM2A 5P76A 5OZ5A 4KE1A 5HE4A 4PPHA 1HSHA 5P3JA 5P3AA 5P5NA 4X7IA 1GNOA 3OU3A 4DJOA 5P04A 3MXEA 2JXRA 3OQAA 5P7FA 5P5KA 4R93A 1XE5A 2WEBA 1META 4EJDA 4OD9A 5P0IA 3LIYA 4R8YA 9HVPA 5P16A 1A9MA 4CP7A 4EP3A 5P3PA 5DR4A 1XDHA 2PK6A 2IS0A 3DV5A 3EKQA 3OWNA 3FKTA 5P2EA 5SZ9A 2PSVA 1B6MA 1BWBA 1YG9A 3I8WA 5OZHA 3O9HA 5P1JA 5P7YA 4K8SA 4EYRA 5OZFA 4YD7A 1K2CA 1C6YA 3OGQA 2BKSA 1FQ7A 3PWMA 2B7ZA 4I0ZA 2AOEA 4OBDA 4FIVA 2O40A 5OZ6A 3VLBA 4PHVA 5P4PA 5P0EA 5P4OA 1FGCC 4QJ9A 4Y5EA 5IVQA 2AVSA 2BJUA 4GJ9A 3NU3A 3QAAA 5P3YA 4CPTA 5P5ZA 1HSIA 4J0YA 1A8GA 3R0YA 4GJ8A 5P6RA 5I70A 4HVPA 2HAHA 3EBZA 4OBZB 3KMYA 5DR7A 4H3FA 4Y36A 2HB4A 5P4IA 2ZGAA 3EKVA 4RYCA 3VEUA 5P0AA 5P0PA 3JVWA 5P6WA 2PK5A 4IVSA 5KOQA 4QJ7A 3URLA 2OAHA 5P7AA 5P39A 5P15A 1LV1A 5OYWA 1MSMA 4RYGA 4WTUA 3LNKA 5P35A 3BUGA 4PZWA 5P5YA 1K1UA 3INEA 4Y57A 3K4VC 3UDKA 3OUAA 2PSUA 1DIFA 5AGZA 3BRAA 1M43A 4ZEAA 3IA9A 1D4LA 3CMSA 3UTLA 5P6HA 3H5BA 5JG1A 4Y4ZA 3VF5A 1W50A 4A6BA 3UQPA 1KJ4A 2XFIA 3SM1A 3KDDA 4Y3SA 3EKYA 4RCFA 5COOA 3DOXA 3ZLQA 4I10A 5P2VA 1RL8A 4Y5AA 4RGHA 1SP5A 3OADA 2BPWA 5P7HA 1PROA 1DAZC 4AA8A 3EKXA 1ZBGA 3L5DA 3UF3A 1ZLFA 4FAEA 4FM7A 2QD8A 2FNTA 1AZ5A 5P8KA 1K6CA 3NYGA 5KQXA 5P31A 5OZKA 5PEPA 1JLDA 3OXVA 4Y5GA 1FG6C 5P1IA 5P4RA 1BV9A 3DCRA 4DQGA 3KFSA 2I4UA 5P8IA 5B18A 3S43A 5P7WA 3HZCA 3QRMA 1ZPAA 3HW1A 3OUCA 5P3TA 1OEXA 3UCBA 3KT5A 5P09A 3BVAA 1WKRA 5P0SA 4Q1NA 5P38A 5P52A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2IGY A;  3OHH A;  3GI5 A;  4J1F A;  3OXC A;  3PSG A;  3RU1 A;  2HPE A;  5P27 A;  4EWO A;  4COE A;  3OXW A;  1B6P A;  5P6S A;  3PLD A;  3PJ6 A;  3UHL A;  1FMU A;  4RLD A;  5P74 A;  4J55 A;  3GGU A;  2QHY A;  5P5S A;  3GI4 A;  2V13 A;  3KFP A;  5P0W A;  2I4W A;  5P11 A;  1T7K A;  3TLH A;  4Z50 A;  2QMG A;  5OZR A;  1D4Y A;  2ER6 E;  5P19 A;  5P4N A;  2QD7 A;  5P1X A;  1EC2 A;  2PH6 A;  5P5A A;  5DQC A;  5P2A A;  5AHC A;  1CMS A;  4H3J A;  5P3U A;  1TCX A;  2G26 A;  4QJ2 A;  5P7O A;  1ZJ7 A;  5P3R A;  1HOS A;  5HD0 A;  5P4C A;  5HTZ A;  4Q1Y A;  3C9X A;  2FXD A;  4FSE A;  3K1W A;  1D4S A;  4F75 A;  4YA8 A;  3OU4 A;  3RSV A;  2H6S A;  5P8D A;  5OYZ A;  1DW6 C;  5OZV A;  1DMP A;  2XYE A;  3JW2 A;  1QDM A;  5P3S A;  2AOC A;  4Y3Q A;  3IXK A;  4B78 A;  5P5O A;  5P3L A;  3VF3 A;  5KQZ A;  2ER0 E;  4Y53 A;  1UH8 A;  3QS1 A;  2UY0 A;  4OBJ A;  4GMI A;  2Q3K A;  3O9G A;  5P2L A;  2Q15 A;  3R0W A;  3CIC A;  3QBF A;  4K4Q A;  1HVH A;  2VS2 A;  5DQ2 A;  4J54 A;  5P1B A;  2BQV A;  1ENT E;  2ER9 E;  5OZU A;  4GJ5 A;  3KDB A;  1AID A;  4QLH A;  3SO9 A;  4LL3 A;  3GGV A;  3ZMG A;  1PSA A;  5P7S A;  3KDC A;  1CPI A;  5P4E A;  3URJ A;  3BXS A;  4B77 A;  4TVG A;  5P6B A;  4Y4D A;  5P0G A;  2NMZ A;  5P44 A;  3UQX A;  5OYQ A;  4E43 A;  5I3Y A;  3CYW A;  4I8Z A;  3LIN A;  5P1A A;  3VYE A;  3IN4 A;  5P06 A;  4DPI A;  2EWY A;  1A8K A;  1EPM E;  2Q11 A;  4Y41 A;  4Y3M A;  1FKN A;  3FNS A;  5P1L A;  4L7H A;  4FL8 A;  4HEG A;  5HDZ A;  5P5M A;  3PVK A;  5P1H A;  3O9D A;  3OOT A;  3FNT A;  1HPV A;  4Z4X A;  2I0D A;  1D4J A;  4OBZ A;  4JPC A;  3LIQ A;  3NU5 A;  3QP0 A;  1AVF A;  4JEC A;  5P2N A;  3PCZ A;  3SQF A;  1MVP A;  1MIQ A;  2RSP A;  3S43 B;  3ZPT A;  3S45 A;  1TCW A;  4Y3L A;  4Q1W A;  2QI4 A;  4ACX A;  4I0E A;  5DQ1 A;  4ZSP A;  3NXE A;  1YT9 A;  5HE5 A;  5P48 A;  5OZ0 A;  1Q9P A;  5P6O A;  3I25 A;  2RKG A;  1XL2 A;  5P58 A;  4H3G A;  3GI0 A;  3EL4 A;  5P71 A;  2AZ8 A;  2V0Z C;  1WBK A;  5HU0 A;  4TRW A;  1B6J A;  1A94 A;  5DPZ A;  3PI5 A;  1TZS A;  4ZIP A;  3VYF A;  3RTM A;  6UPJ A;  1B6L A;  4D88 A; 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 3EKT A;  5P4X A;  1RNE A;  2A1E A;  4QJ8 A;  3OU4 B;  5P81 A;  3K5G A;  5P5L A;  5OZO A;  1W6I A;  4EHC A;  3INH A;  5P5T A;  1FFI C;  3NU4 A;  4Y4E A;  5P2M A;  2G94 A;  3LZS A;  3RSX A;  4Y4J A;  5P73 A;  3IXJ A;  3MWS A;  1IDA A;  4HE9 A;  2BPX A;  5COK A;  3GW5 A;  5DGU A;  2PWR A;  5OZL A;  4ZPE A;  5SY2 A;  1W5V A;  4LBT A;  5KR0 A;  3SAC A;  4DJR A;  3LIV A;  1OHR A;  5P07 A;  2ZHS A;  3B7V A;  3ZL7 A;  3TKG A;  2QI6 A;  5DQ5 A;  4M8X A;  1MEU A;  3L5B A;  2IL2 A;  2I4D A;  5P7U A;  5P49 A;  1HVR A;  4Y3Y A;  4GJC A;  5P8T A;  4EQ0 A;  3TNE A;  3OQ7 A;  3TOF A;  4YCT A;  3BHE A;  5OZE A;  1K6P A;  5P5F A;  1GVU A;  3K5C A;  5HDV A;  1RPI A;  3WB4 A;  3K5F A;  4B05 A;  5P0M A;  2PQZ A;  4I11 A;  2ZJL A;  1EPO E;  1MT7 A;  3SA9 A;  2V16 C;  5P2Z A;  3B80 A;  5HCO A;  3OTS A;  5P83 A;  3NUJ A;  3HAU A;  1FLH A;  4L6B A;  5P7C A;  3KMX A;  1T3R A;  3QRS A;  3PGI A;  1APU E;  4WY1 A;  3EKP A;  1BXO A;  3S53 A;  5P4T A;  2OF0 A;  5OZG A;  5KR1 A;  4I0G A;  4LHH A;  5P1G A;  2G21 A;  5OZB A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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