2QI5A

Crystal structure of protease inhibitor, mit-2-kc08 in complex with wild type hiv-1 protease
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title HIV-1 protease inhibitors from inverse design in the substrate envelope exhibit subnanomolar binding to drug-resistant variants.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2007-07-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2qi5A00
4XX3A 3U71A 2G94A 4Y3AA 4EP3A 4GYEA 3JW2A 2WKZA 1T6EX 4OBFA 4FSEA 5KR2A 1BVEA 1HIHA 5P35A 1XDHA 1ZJ7A 3QRSA 4Q1WA 3HVPA 4AA9A 3TPJA 4K4RA 4D88A 5IVQA 3D1ZA 4L7GA 4OC6B 2HC0A 4J17A 4Y3GA 3EM6A 3LHGA 1HPVA 2G1SA 5P0OA 5P20A 2VA5A 4TRZA 5JG1A 5OZVA 5P5SA 4D8CA 4LXMA 4YD6A 5P75A 4Y5EA 5P0NA 3VF7A 5P32A 3UDKA 1T7KA 4YOBA 1QS8A 3D91A 3KA2A 2F3EA 5HU0A 3OADA 5HVPA 2QHYA 5HDZA 3GI0A 4AZYA 2O4SA 5P19A 3QIHA 4Y4JA 4Z4XA 3L5FA 3GI4A 2QU3A 1A94A 3VSWA 4J1IA 5P2WA 4Y3MA 3VEUA 5P6GA 2PK5A 5P44A 4Y4TA 3ZKMA 5OYUA 1FQXA 3SA3A 3NU6A 1M43A 5P5HA 5T4SA 3B80A 2RSPA 4Y3EA 5P2XA 3OQ7A 1T3RA 4BFBA 2IL2A 4ER4E 1GVXA 5P4PA 1FQ6A 2PMAA 2PYNA 4H3FA 5C9DA 5IVRA 4B72A 5ISKA 4Y3WA 5P6NA 5P6UA 2NNKA 5OZ5A 4J1KA 1PSNA 2ER9E 5P5PA 1TQFA 5P10A 4DJQA 4DJOA 1G6LA 1HVHA 1XN3A 4ZSQA 2I0AA 4Y3PA 3KDCA 4PHVA 4YE3A 5E5JA 2V12C 3QRVA 3UDYA 1QBSA 4J0ZA 1AVFA 5P7YA 3SA4A 5P0IA 4QJ7A 5DR3A 3HDKA 5P8RA 5HE7A 5P01A 2NPHA 1MTBA 5P2KA 3CKTA 5SZ9A 3EM4A 1D4LA 2I1AA 1APVE 1LYWB 2QZWA 1B6JA 1LS5A 4DJVA 1B6LA 5P8IA 2VKMA 5OZIA 4HA5A 4R91A 5P4JA 1ENTE 4DQEA 6FIVA 3EXOA 2BPYA 4Y5AA 3LPKA 3MWSA 5P2AA 3OAGA 3NUJA 4R8YA 5P42A 5P6OA 5P0TA 5HTZA 3VFBA 4DV9A 4J0VA 3D1YA 4ZIPA 2P4JA 2O40A 5P04A 2HS2A 1APUE 3Q6YA 4CPUA 3NLSA 3ZMGA 5P87A 2Q55A 5COKA 5P06A 5P7VA 3DV1A 5P70A 1DAZC 3UQPA 2P83A 1XS7D 5IVSA 4Y50A 3DV5A 5P51A 4RVIA 4U7VA 1YG9A 2IS0A 2JJIA 3ER3E 1NPAA 1T6GA 3WB5A 2WF1A 5P86A 3GGAA 1ODWA 3CICA 1WBKA 1HXWA 2QP8A 5COOA 5P02A 4PZXA 1DIFA 5P17A 2IENA 3O9GA 2Q64A 4EXHA 4I11A 1EPME 4QLHA 4R5NA 5JODA 1BDQA 5P7XA 2J9JB 3O9IA 3OHFA 4B77A 1TCXA 5P2YA 3VLBA 4I0EA 4FLGA 3S7LA 3MXDA 3BVAA 4FE6A 5P6BA 5P1TA 5P0VA 5P3VA 3A2OA 1K6PA 3FKTA 3ZPTA 4GB2A 5P7SA 5P71A 3TKGA 7UPJA 3PM4A 3UPJA 2OHQA 1HPOA 5P3JA 3UHLA 5OYZA 4L1AA 5BS4A 4LAPA 1XL2A 4YD7A 5P8PA 5I3XA 4M8YA 4LBTA 4DJYA 4KE1A 2VJ9A 2G26A 3S45A 5P3WA 5OZUA 3O9LB 3ZPSA 4DH6A 4COEA 5P0KA 3VV8A 3PBZA 5P1MA 5P4RA 3VFAA 4NJUA 5P00A 2ANLA 3LNKA 1C6YA 2QI6A 2AOEA 2XYFA 4WTUA 2WJOA 4FM6A 3TPLA 5P46A 5P61A 2HPEA 1HTFA 3I25A 3QPJA 4Y4WA 3VF5A 3IXKA 2ZHTA 3M9FA 4YDFA 5OZ7A 5P38A 3TOFA 4Y3HA 3IXOA 5P25A 1B5FB 6APRE 4OC6A 5P7CA 2HB4A 3KDBA 4J1CA 1TSQA 2AVVA 4B78A 1ZPAA 1HSIA 5P5UA 2JE4A 1EC0A 4YCKA 5P78A 2IGXA 2FDEA 4FIVA 4RLDA 2AOFA 5P5MA 5P4YA 5P1GA 3UDRA 3K5CA 1FMXA 1AJXA 1K6VA 3PMYA 4Z22A 2VIJA 1F34A 5P1ZA 2JXRA 3O9EA 3KM4A 1FG6C 4Z2ZA 3S7MA 1LF4A 4EWOA 3HZCA 3ZKIA 1META 3PI0A 3NU3A 3ZLQA 3OQFA 5P8FA 5P6MA 3FNTA 3SKFA 3UCBA 1YX9A 3L5BA 1N49A 3MSLA 2NXMA 3SA9A 3TNEA 4OBDA 4MC1A 5P5QA 4PPHA 5P2OA 1BWBA 5P68A 5KQFA 5P1HA 5B18A 2V16C 3FNUA 5P77A 4J5JA 3O9CA 1QBUA 2IGYA 4FAEA 5P2EA 5P12A 1QRPE 5HE5A 5P7MA 1KZKA 1E80E 1XE6A 2WF2A 4B00A 5P1IA 1KJGA 2A4FA 4FRSA 1NSOA 3OWNA 3VV6A 1EBKC 5P1LA 1ODXA 2HAHA 2CEMA 3IVIA 3ZKXA 1HWRA 5P8UA 3SKGA 1MRXA 5P4XA 2SAMA 3SM2A 4F73A 1PSOE 2ER7E 3ECGA 4I8WA 3HW1A 2Q54A 4D85A 1HHPA 3PGIA 4MC9A 5P1BA 5P79A 3S2OA 3S43B 4Y3TA 3WZ7A 2RKGA 1LYWA 3GGVA 3L59A 3D3TA 5DR7A 1W50A 3L5DA 5OYWA 4HVPA 5HU1A 4QJ9A 5P66A 2JYSA 5KR1A 3UF3A 4DPFA 5KQZA 5P3UA 5P6QA 2O4KA 4GJ9A 5P3PA 1SIVA 5P80A 4Z50A 3NWQA 5P82A 3NXNA 2WF0A 5P1FA 4FM7A 3NXEA 2Z54A 4OBZB 5DQ2A 2RENA 1FQ8A 4AA8A 4NPTA 3I8WA 2F3FA 5KQXA 3PHVA 1A8KA 5OZBA 1LF2A 3RSXA 5ISJA 4Q1XA 2R3WA 1Z1RA 5P0RA 4ZPGA 1LF3A 1BVGA 1D4KA 3NUOA 1U8GA 1W5VA 5AH7A 4TRWA 5P3BA 4APEA 4J0YA 4J55A 4DQFA 1OEWA 1HEGE 2V11C 3NU5A 4FRKA 2G1YA 3EKTA 1Z8CA 2WEBA 3CIBA 5P0LA 5P3QA 4LP9A 4JP9A 5P83A 1EC2A 4Y4EA 5P7OA 5P41A 5OZ4A 4Y53A 5P0XA 3RVIA 4H3GA 1FKNA 5HD0A 2NXDA 5P6KA 3HLOA 1G35A 4Y47A 2QI4A 2HB2A 4EJ8A 2R3TA 4U8WA 1B6PA 3OU4A 4CKUA 1TZSA 4H3JA 2J9JA 3OY4A 1D4IA 5P62A 3HBOA 2G24A 5I70A 5P49A 3WZ6A 1FIVA 2PQZA 4QGIA 3ST5A 3UQWA 5OYTA 4EJDA 3BXRA 4I0IA 4ZSPA 1IZHA 2ER6E 3ER5E 4FS4A 4ER2E 2BQVA 3VYDA 3S54A 2ER0E 1MEUA 5F01A 4CPSA 5P3GA 2V13A 3PJ6A 4MC6A 5HDUA 3OQDA 4BELA 5COPA 3O9DA 4Y51A 2AZ8A 4ZSRA 5P4FA 5P4QA 3T7QA 3UFLA 3OXCA 5P3AA 3QS1A 3O9LA 3BHEA 5P5YA 1K1UA 5P31A 3SQFA 2PWRA 5HDXA 1LYBB 2AZBA 1BWAA 5P0JA 1EC3A 5I3YA 5P05A 1AJVA 2QZLA 5OZCA 1W5YA 5P8GA 4GJ8A 5PEPA 2BPVA 1HOSA 1TSUA 4YOAA 4FAFA 1ZBGA 4ACXA 5OYRA 1C6ZA 2QU2A 1HIVA 5P5GA 3RTHA 1HVCA 2B42A 4JECA 5P1OA 3NU4A 2AVQA 3OUDA 2QMGA 2XFJA 2QMFA 4ACUA 3L5EA 3UQRA 5P7WA 3SPKA 1B5FA 2QAKA 1GNNA 3T6IA 1EC1A 4EQ0A 2RMPA 5I3WA 3VLAA 4I0FA 7HVPA 2ZHUA 2ZYEA 1APWE 1BV9A 5P4TA 1SDVA 3QRMA 3VUCA 1M0BA 5IS4A 2AZCA 3LPIA 4DVFA 5P1VA 1B6MA 4RGHA 3SA6A 3LIYA 1RNEA 1E82E 5P1JA 1KJFA 3ZOVA 2I4XA 5P2NA 1ME6A 5ENKA 5P2MA 5P2CA 1UH8A 2OHRA 5P6EA 1ODYA 3DM6A 4DI2A 5P7IA 4YHQA 4JOOA 5APRE 2QCIA 5P6YA 4B70A 5P15A 5EZZA 2VA6A 3SLZA 3TPRA 1SH9A 5P57A 2IKUA 4Y4AA 4B1DA 5P5OA 5IVTA 4I0ZA 1RL8A 5P0CA 5OZNA 4Y58A 5P67A 1FFFC 4L7JA 5P7DA 1LEEA 1EPLE 2CEJA 2QHCA 2FNTA 5P07A 4A6BA 2FIVA 3BGBA 4HZTA 2R38A 4F75A 2AOIA 3UDQA 4KUPA 4Y38A 3Q4BA 1ZAPA 5P7PA 1FQ7A 1DP5A 5P4AA 1B11A 1E81E 2VIYA 3PWRA 4B0QA 4Y56A 2B7FA 5P5VA 1MSNA 5P6SA 1TCWA 5C9FA 1FFIC 1YM2A 2P3BA 3NSHA 5P3IA 2QI3A 3R2FA 4YD3A 5P53A 1MPPA 5P8CA 3LPJA 2G27A 4KB9A 1EEDP 1EPQE 2G21A 1LZQA 2HPFA 3QBHA 5P1RA 1PROA 3AIDA 3ZKGA 4Y4UA 3KDDA 5P64A 1FLHA 1HVIA 1IZEA 2WEDA 1HSGA 2QMPA 3IXJA 3UTLA 1BXOA 3DCKA 2FXEA 3FSMA 4Y39A 2PSUA 4OBZA 2QMDA 5KR8A 4HEGA 2EWYA 2BJUA 5P7RA 1F7AA 3T7PA 4Y35A 5P2DA 3ZKNA 1YTJA 4XXSA 4Y3LA 3L58A 3RU1A 4RYGA 2AOGA 5P39A 1GNOA 4I12A 4RYCA 1IDBA 3QP0A 1GVVA 2AOHA 4EP2A 5P69A 1HPXA 1MT7A 2XFIA 5ER1E 4Q1YA 2PSGA 4Y3XA 5P8HA 4B1CA 1FGCC 2F3KA 3UFNA 5KAOA 1LYAB 5P3KA 4LL3A 4J1FA 2R8NA 1UH9A 1RPIA 5P5KA 4D83A 2B8LA 4OD9B 1CMSA 3G70A 2OHKA 4TRYA 2APRA 5P4MA 2F81A 3OTSA 3EM3A 4E43A 5EZXA 5P8NA 3U6AA 4K8SA 5P2LA 1Z1HA 3O9AA 3KF0A 4BEKA 1XN2A 3L5CA 5P81A 5P0HA 3EKQA 5OZPA 5P45A 1FQ5A 5P11A 5OZ2A 5P0UA 3EMYA 2ZJHA 5OZZA 5P33A 2I0DA 2QI7A 2V0ZC 3VG1A 4GJ6A 2I4DA 5P30A 1HVLA 2G22A 5OZ6A 5AHBA 4Y5NA 4DJXA 1HVJA 4EJLA 4KE0A 4GJAA 2Q5KA 3EL5A 4S1GA 1FB7A 2AVOA 3K5DA 5P6DA 4DQCA 1PPME 4Y5LA 3DUYA 5F00A 3PMUA 2QD8A 5OZTA 2VNNA 3QN8A 4YBFA 5P08A 3OOZA 5P29A 4Y5KA 4YD5A 1AM5A 1GVTA 3N3IA 3D20A 3O9BA 5P5FA 2HB3A 5P6HA 4Y4DA 5P1CA 4Y4BA 4I0HA 5P73A 4EXGA 4JPCA 1BAIA 1LYBA 3OADB 5P3EA 5P1QA 1SIPA 5P8OA 5P1UA 2IKOA 1T7JA 2FLEA 1MERA 3SO9A 5P13A 1IZIA 4R95A 5P3RA 3LZVA 3PWWA 3TOHA 3FX5A 4J1HA 4YD4A 5CLMA 1K6TA 3KMXA 5P2UA 5P8KA 2WF4A 5P5WA 3N4LA 5P50A 1QDMA 5P1KA 2J9KA 1EBYA 5P7EA 5P4IA 5JFUA 3JVWA 3SACA 1HEFE 2ZJLA 5P5IA 4Y5PA 5AHAA 5OZWA 4EPJA 4Y5CA 2AQUA 3ZPUA 5P5ZA 1RV7A 1B6KA 3IVHA 5OZEA 4OBGA 5OYVA 2F8GA 1HBVA 2ZJIA 2ZHSA 5P4VA 2RKFA 4DQBA 4FCOA 4CPXA 1HRNA 4Y3DA 5HDVA 2ZE1A 3DJKA 2PWCA 1HVSA 3T7XA 3D1XA 2PC0A 2VJ7A 1K6CA 3C9XA 4ER1E 2FXDA 4M8XA 4CPTA 4OBHA 1M4HA 1A8GA 5P7GA 1PPLE 2IDWA 1PPKE 3K5FA 4CPWA 1HSHA 1BIMA 2F80A 3TKWA 3L3AA 5P2GA 4LXKA 1EPRE 1SDTA 3H0BA 5OZQA 2A1EA 4DPIA 2QZXA 2R43A 5P5LA 1W6HA 3R4BA 3O9FA 2AODA 2OHNA 2UXZA 5P7QA 5P6ZA 3S56A 1DMPA 4A4QA 3KMYA 2FGUA 4Y5MA 3NWXA 4NPUA 4EHCA 1IVQA 1EPPE 2WL0A 3FV3A 4Y3SA 4WY6A 5P6LA 4XX4A 3KT2A 3PEPA 1EAGA 4RRNA 1W5WA 1W5XA 2QI5A 5P8EA 5P47A 3CKPA 3OU3A 3LIVA 4K4PA 3IN3A 4GIDA 5P3CA 2O4NA 4Y48A 3KFPA 5P54A 1AXAA 3UQUA 3KN0A 3URLA 2NTRA 3Q5HA 5P1EA 3TLHA 5P60A 4Y3NA 2Q3KA 3OK9A 4Y3YA 3QI1A 2WF3A 2QNPA 5P8BA 3CYXA 2PYMA 1HXBA 4I0JA 3SAAA 5P28A 3OXWA 3HAWA 3QAAA 4I1CA 3L38A 2R9BA 1ZSFA 5P4HA 4UPJA 5P0SA 5DGWA 3G6ZA 2BPWA 2QNNA 2OHLA 4HLAA 5P7TA 5P5TA 4FRIA 4RVXA 3IN4A 3K4VC 5AH8A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4XX3 A;  3U71 A;  2G94 A;  4Y3A A;  4EP3 A;  4GYE A;  3JW2 A;  2WKZ A;  1T6E X;  4OBF A;  4FSE A;  5KR2 A;  1BVE A;  1HIH A;  5P35 A;  1XDH A;  1ZJ7 A;  3QRS A;  4Q1W A;  3HVP A;  4AA9 A;  3TPJ A;  4K4R A;  4D88 A;  5IVQ A;  3D1Z A;  4L7G A;  4OC6 B;  2HC0 A;  4J17 A;  4Y3G A;  3EM6 A;  3LHG A;  1HPV A;  2G1S A;  5P0O A;  5P20 A;  2VA5 A;  4TRZ A;  5JG1 A;  5OZV A;  5P5S A;  4D8C A;  4LXM A;  4YD6 A;  5P75 A;  4Y5E A;  5P0N A;  3VF7 A;  5P32 A;  3UDK A;  1T7K A;  4YOB A;  1QS8 A;  3D91 A;  3KA2 A;  2F3E A;  5HU0 A;  3OAD A;  5HVP A;  2QHY A;  5HDZ A;  3GI0 A;  4AZY A;  2O4S A;  5P19 A;  3QIH A;  4Y4J A;  4Z4X A;  3L5F A;  3GI4 A;  2QU3 A;  1A94 A;  3VSW A;  4J1I A;  5P2W A;  4Y3M A;  3VEU A;  5P6G A;  2PK5 A;  5P44 A;  4Y4T A;  3ZKM A;  5OYU A;  1FQX A;  3SA3 A;  3NU6 A;  1M43 A;  5P5H A;  5T4S A;  3B80 A;  2RSP A;  4Y3E A;  5P2X A;  3OQ7 A;  1T3R A;  4BFB A;  2IL2 A;  4ER4 E;  1GVX A;  5P4P A;  1FQ6 A;  2PMA A;  2PYN A;  4H3F A;  5C9D A;  5IVR A;  4B72 A;  5ISK A;  4Y3W A;  5P6N A;  5P6U A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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