2QI7A

Crystal structure of protease inhibitor, mit-2-ad86 in complex with wild type hiv-1 protease
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title HIV-1 protease inhibitors from inverse design in the substrate envelope exhibit subnanomolar binding to drug-resistant variants.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords Protease
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2007-07-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2qi7A00
4Y58A 1ZBGA 4Y3GA 2I4VA 5P70A 1PPLE 3CIDA 5P6QA 5P2FA 3NXNA 3OTYA 1TSUA 3OQKA 5KQFA 4B05A 1EC2A 4J0PA 2OHRA 3OU3A 5EZXA 3S45A 3GGUA 3MSKA 3FNTA 3UHLA 4U7VA 1JLDA 2PWRA 1E82E 5P6FA 2HB2A 1EPLE 5OZPA 3PI0A 3BGCA 4IVTA 9HVPA 5OZ9A 5OZ3A 4CPUA 5DQCA 3LIVA 4AA9A 5OYXA 4I0FA 1HEGE 1KJFA 5E5KA 1ENTE 2I4XA 2WJOA 1ZSFA 5P14A 1FKNA 4I0GA 4YDFA 5P8FA 5P17A 3T11A 1PPME 3O99A 4OBFA 3QS1A 5P66A 4I8ZA 5COOA 1TQFA 1EC3A 3H5BA 5P1PA 3D3TA 1IDBA 4GJ7A 3SKGA 1EEDP 4U7QA 2BBBA 5P44A 5OZ4A 1T7KA 1W5XA 4Y3SA 5OZKA 5P7XA 5OZWA 2HC0A 5P12A 4FLGA 4APEA 4J0VA 4M8XA 3UQWA 2G20A 2R5QA 1BVEA 2H6TA 5SXNA 5J25A 4FM8A 4R91A 1QBSA 3K5DA 4Y50A 4D83A 3RVIA 2B42A 5OZIA 4Y5BA 2ZHVA 3TKGA 2BPYA 4I10A 1MTRA 2VA6A 1C6ZA 5P78A 4Y39A 5P4MA 5P1XA 1AJVA 5HCOA 4FM6A 1META 1ZAPA 5P1ZA 5P5NA 5ER1E 1IIQA 5OZSA 4GMIA 5OYSA 4Q5MA 1PFZA 5HU1A 1G6LA 5OYWA 4FAEA 4YD6A 5P6JA 4DH6A 5P0FA 4CPRA 3DCRA 1EBWA 5P3KA 4Y38A 4Y5NA 2IRZA 5P1OA 3OGQA 5P0OA 3O9GA 1KZKA 3ZMGA 5DPZA 1APTE 3OAGA 3I7EA 2FGVA 2J9JA 3UQXA 1B5FB 3O9EA 4CPXA 3OXXA 4HA5A 4A6CA 5P61A 5DGWA 3D20A 5P1NA 5P87A 2AVOA 5P2QA 3WZ6A 4CKUA 5P4QA 2PYMA 3TOHA 5DR8A 1TSQA 3INHA 5OZ8A 2XFKA 4NPTA 3QIHA 4ZE6A 1C6YA 4I0ZA 4OBZA 5OYYA 3PLLA 5P53A 3NYGA 5P34A 2RMPA 1HIHA 5P0UA 5OZVA 3O9DA 3LNKA 4Y3MA 5P57A 3ST5A 5P83A 3HVGA 1MRXA 5HE5A 5P5CA 3ER5E 1BILA 1LYAA 2PH6A 5AH8A 3IGBA 6FIVA 4LXKA 5P1HA 3DM6A 3LIYA 4CPQA 3PBZA 5P28A 2VNNA 2QZKA 3PMYA 4DQCA 4ZPEA 3PRSA 5OZXA 3BUFA 2HS1A 3VYDA 2B7FA 3OUDB 3PWMA 3NWXA 2P4JA 3EMYA 5P69A 1A8KA 1EPRE 3TH9A 5P7RA 3T7XA 1SDUA 3FV3A 1HRNA 4RGHA 4DQFA 5P76A 4HLAA 5P0DA 1FG6C 5OYQA 5I3XA 4PYVA 2AOIA 5P72A 4DFGA 2V16C 4Q1YA 1AAQA 3SA4A 5JFPA 5I3VA 2HAHA 1BAIA 5P0TA 1UPJA 4A4QA 5P8OA 5P81A 3NU3A 3OU1B 4OBHA 2VNMA 3HLOA 2QCIA 3ZKMA 1LYWA 5AH9A 1D4JA 5P15A 2Q11A 5P02A 1HPXA 1CMSA 1IBQA 2VJ7A 4QGIA 2NXLA 2NTRA 3KMXA 4RYGA 2ER6E 4Z22A 1GNOA 3EKXA 3BHEA 3RU1A 1GNNA 2O4KA 3K4VC 5P6RA 1T3RA 2G69A 5F01A 5P1WA 1HPSA 1EBZA 4OBGA 1W6IA 3UDQA 3HZCA 2OHNA 1QS8A 2QU2A 3L5CA 5P0JA 3KDBA 5P7PA 5P6UA 5OZAA 1J71A 1HPOA 5P62A 3WZ7A 5P4SA 3SA8A 3FX5A 5P0ZA 3VF5A 4B72A 2QMPA 2ZJJA 3ZPTA 2PWCA 5P6BA 3L5EA 5P8JA 3NU9A 5P56A 1ZP8A 3S53A 1D4SA 2AIDA 4M8YA 4YBFA 2V13A 2ZJLA 2FNTA 4UPJA 4Y4ZA 4Y3QA 1FQXA 1OD1A 5AHAA 2ZYEA 5P0PA 2RSPA 4HZTA 2F81A 1TCWA 2AOFA 2WHHA 5P0RA 3S7LA 4GJAA 5P2OA 3OHFA 4RCFA 4EJDA 5OZFA 5OZTA 3NSHA 5P16A 4RROA 5HDVA 5P8CA 5P37A 3IAWA 4Y3XA 1GVUA 3AIDA 5P3RA 5P3TA 5P7DA 4YOBA 3TNEA 4ER4E 2PC0A 2FGUA 1B6PA 4I0DA 5P5FA 3UDRA 5P5DA 3PEPA 4X2LA 5P4LA 4Z4XA 2QHCA 3BGBA 1BWAA 4KE1A 3LIQA 2PH8A 2IKOA 4DI2A 4PZWA 4EXHA 4GJCA 1ODYA 3LINA 5IVRA 2AZCA 3SA6A 5P0VA 3VF7A 5P7UA 1KJ7A 2QMGA 3D1XA 1FMUA 3EL9A 5P4IA 1YTHA 1Z1RA 5KR1A 1HVKA 4R92A 3URIA 4H1EA 4Y3NA 5DR1A 4DQEA 3INEA 2UXZA 4QJ7A 4NJTA 4K9HA 1QBTA 1LF4A 3CYXA 4NKKA 5HVPA 2BB9A 3VSXA 3TPLA 4FS4A 1MSNA 5P1AA 5P4VA 5HDZA 3L59A 5P58A 5ENMA 3TKWA 5P40A 5HTZA 5P64A 3EL4A 5P7SA 4ACXA 5P8EA 5P6NA 5P5KA 3UDKA 1D4IA 2I0AA 3JW2A 5P73A 3OU4B 2AOEA 4DQBA 5P1RA 4LBTA 5P68A 3KYRA 3UQUA 2XYFA 3AUPA 1E80E 2V11C 5P7WA 4Y9WA 2ZJHA 1M43A 3VFBA 4EPJA 2NR6A 5P0MA 1C6XA 1ZPKA 3EM6A 1LF2A 4XX4A 4J1FA 3KDCA 1T7JA 1SMRA 5P2GA 5P85A 4GJBA 5P49A 3PBDA 1FMXA 3VYFA 3O9BA 1W5VA 5P7GA 1FLHA 2IDWA 3T7QA 2WF0A 1BXOA 3QI1A 1WBKA 2PQZA 5OZ5A 3EKWA 5OZDA 3PHVA 3KMYA 5HDXA 5KOSA 1W5YA 3VV8A 4WY1A 3SA9A 2B7ZA 5P2NA 3Q5HA 5P79A 2WEDA 3SM2A 4MC2A 1XE6A 3PWWA 2EWYA 2PSVA 3EKQA 5P2LA 4DJUA 3EBZA 3Q6YA 4YHQA 1BV9A 4FCOA 3OOZA 5P1JA 2G1SA 5AH7A 2P3DA 5P4RA 4GZFA 5P6KA 1WKRA 2A1EA 4J17A 1YM4A 5DQ1A 2FDPA 1FQ8A 4EXGA 3UTLA 5P26A 1B6MA 1LV1A 5P4PA 5OZMA 4L1AB 2P3BB 2V00A 3RTNA 5P5MA 3VEUA 3S2OA 1YTJA 3OK9A 2WKZA 3O9IA 5APRE 2F3FA 4LAPA 2QZXA 5P6SA 1GNMA 2BPVA 2ZDZA 3F9QA 4ZPFA 1HTFA 1HVIA 3GI0A 3OXCA 1MT7A 3QROA 2Q64A 4Y3WA 3VV6A 4OC6A 1KJGA 2QZLA 4TVHA 5P3ZA 4B00A 2PMAA 3QBFA 3PGIA 5C9FA 4PZXA 5BS4A 3EKPA 2CENA 3LZVA 2QNQA 3LIZA 3IVIA 4I8WA 1K6CA 5PEPA 3FKTA 2AZ8A 5P8VA 4JPEA 2RKFA 1BBSA 3URLA 4CPTA 2MIPA 5P3JA 3KT2A 4YD3A 1QBRA 5P3EA 4RVIA 2G1YA 1HSHA 2AZ9A 1RV7A 1HEFE 3A2OA 5P01A 4HDBA 5P6IA 1F7AA 3LZYA 5P8HA 2ASIA 5P7YA 3BVAA 3PM4A 1XN3A 2QNNA 4KUPA 4Y48A 1YTIA 3RSXA 2Q55A 3OWNA 1EPNE 5P8NA 5JODA 3PVKA 1KJHA 5P71A 3T6IA 2HM1A 3FSMA 4DQGA 4JOOA 4F75A 3VLBA 5P8LA 4JPCA 1YM2A 2XFJA 4B78A 3UDHA 3SKFA 2SAMA 3K1WA 1MRWA 1YT9A 2XYEA 2P3AA 2Q3KA 4XX3A 1B5FA 5P23A 1RNEA 3IN4A 1ODXA 4Y5PA 3WSJA 1MUIA 5P4KA 1QDMA 3O9CA 2NMYA 1AM5A 3TTPA 3L5DA 5P1SA 3I25A 5P6CA 4HEGA 5P2TA 3GGXA 3O9LB 3QVIA 4J1KA 4ZSQA 1EBKC 5P8MA 5COPA 4DPFA 5KQXA 5P3HA 2AOCA 5IVQA 4YD4A 4ZSRA 4D85A 2R3WA 1TZSA 4Y3DA 2ZHTA 2WF1A 5P65A 1FQ4A 3KFRA 4YBIA 3O9FA 5FIVA 5P2WA 2HPFA 5P5UA 5DR3A 5P20A 4I11A 4BEKA 2V10C 5P36A 4JP9A 5HD0A 5P4AA 5P74A 3TPJA 1HVJA 2IS0A 2CEJA 1NPAA 3CICA 3PWRA 3S54A 4DV9A 1AXAA 5OZJA 1UH9A 1HXWA 4YCKA 4K4PA 5P8BA 5P2MA 2R38A 4WTUA 2G1RA 3ZKSA 4Y3EA 3OTSA 4LL3A 1LEEA 4F73A 3NDTA 3NDWA 3EKYA 4Y44A 4J1HA 5HE4A 1ZTZA 5P0XA 3ZPUA 4ER2E 1APWE 3SAAA 3L38A 3OQDA 2AOGA 2OHMA 5P3WA 5P7ZA 2OHQA 5DGUA 3S43A 2RKGA 5HDUA 5P4CA 5P8UA 5P07A 3DCKA 1DIFA 5P8IA 4Y5CA 1ZPAA 3LPKA 1BV7A 4BFDA 1N49A 1LYBA 5P5XA 2I4WA 5P7VA 3EL1A 1MERA 4H3IA 5P1EA 1ODWA 3QRMA 5T4SA 3SABA 1ZJ7A 3SQFA 3WB4A 4S1GA 5P4DA 1XDHA 2JE4A 1OEXA 3MXEA 1IZDA 3GGAA 5SY3A 5P4NA 4DPIA 5ENKA 5P2KA 3H0BA 1MVPA 4I12A 2IL2A 4RRSA 4QJ2A 4EP3A 4QJ9A 5P3CA 2FS4A 4CP7A 5OZ7A 3LITA 5P3PA 5P7TA 3Q3TA 3T3CA 2OHUA 5P27A 3ER3E 2OHPA 3B7VA 1QRPE 5P00A 1XS7D 1MT9A 4E43A 4FGXA 3L3AA 3CKTA 5KQYA 5P3SA 4D8CA 4Y47A 1U8GA 2FXEA 1HVCA 5IVTA 1T6GA 5KOQA 1K2BA 1AJXA 4PEPA 2QI1A 3HW1A 3D91A 2B8VA 4MC6A 5P5IA 1TCXA 4TVGA 4K4QA 3NU6A 3KF0A 4H3FA 3R4BA 2IENA 4EHCA 3S56A 4BFBA 4ZLSA 3VYEA 5EZZA 3O9HA 3PSYA 5P06A 3UDYA 1NPVA 5P5AA 5P0EA 5P25A 3OAGB 1XL5A 2J9JB 2ZE1A 2QD6A 1HIIA 5OYVA 4ZSMA 3UDMA 2UPJA 4Y3RA 2OHSA 5P0WA 4Y56A 4Y45A 1HVLA 3NLSA 1FFFC 2QMDA 4LP9A 4ZEAA 5OZ6A 3KM4A 2I1AA 4OBZB 4YA8A 5OZRA 1YX9A 1ZLFA 5P55A 1HOSA 3VF3A 5P6GA 3ZKGA 4J55A 1SIVA 2I4DA 4L7HA 3NWQA 3R0WA 5P7HA 2B60A 1LYAB 3NDUA 2QHYA 1AZ5A 4YD7A 3D1ZA 5P45A 4B70A 2QI4A 3UFLA 1C70A 4B0QA 2PK5A 3UPJA 2JJJA 3KFSA 5P2VA 5P11A 4Y3FA 1B6KA 5P7MA 2AVQA 5P1UA 2NNPA 5P4TA 1RL8A 5IVSA 5P63A 5P5ZA 4Y54A 1BIMA 4EQ0A 4H3JA 2PYNA 2ER9E 2OHLA 5P2YA 3B80A 7HVPA 3OXVA 3BVBA 5KAOA 5P3DA 2IKUA 5P2ZA 3CKPA 3PCWA 3OU4A 3UCBA 1FGCC 4TRZA 5P7QA 3I2LA 5P50A 5OZZA 3SM1A 2HPEA 4YCTA 5P43A 2AVMA 5P03A 5OZ1A 5P2UA 4XXSA 5P0YA 5P3OA 3NUOA 1SGUA 2I4UA 3OUBA 4H3GA 1LYWB 2AZBA 2QHZA 1G0VA 1SH9A 4FL8A 3QBHA 3PMUA 2WL0A 5P3YA 5P0HA 5P80A 2QI0A 1XL2A 6UPJA 3BUGA 5P7KA 3NU4A 1D4HA 5P1MA 3GI6A 1W5WA 1GVWA 5P46A 2OHTA 2O4SA 1K1TA 2NMZA 4RVXA 2H6SA 5B18A 4Y41A 2FMBA 3EC0A 5SY2A 1M0BA 3LZSA 4Y53A 5P4XA 4FSEA 3HDKA 3SPKA 1HWRA 5P2IA 3K5FA 5P6ZA 4GYEA 4L7GA 1D4LA 5P8GA 1PSAA 5P0QA 5P3UA 3L5FA 5P5OA 5P2DA 5P6DA 3Q4BA 4Y51A 5OYTA 5P82A 3TPPA 1K6PA 3IA9A 4RVJA 5P3LA 1HTEA 4DJRA 2WF2A 4L1AA 3RSVA 1IVPA 3INFA 4GJ8A 4ER1E 2VJ6A 5P3GA 5P5QA 5P1YA 2AQUA 4Y4DA 4OD9B 2Z4OA 4RLDA 1FQ5A 3EKVA 1EAGA 5KQZA 1PPKE 3OADA 1PROA 2ZHSA 2QNPA 1IZEA 1DP5A 4HDPA 3NR6A 2HB3A 4K8SA 3CKRA 3ZPSA 4RCDA 2WEAA 4EYRA 2ZJMA 5P0GA 5OYRA 3HAWA 5P1BA 1ZSRA 2VA7A 3OQFA 2ZGAA 4QJAA 2VIZA 4FRIA 1GVTA 2JXRA 2IQGA 5P5EA 3U6AA 2QI6A 5HE7A 4Q1XA 1K6VA 2Q5KA 5P7CA 5P04A 3VV7A 5F00A 1B6JA 5P1FA 4YDGA 3GGVA 5P3FA 1K1UA 3WZ8A 5OZEA 5P7OA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Y58 A;  1ZBG A;  4Y3G A;  2I4V A;  5P70 A;  1PPL E;  3CID A;  5P6Q A;  5P2F A;  3NXN A;  3OTY A;  1TSU A;  3OQK A;  5KQF A;  4B05 A;  1EC2 A;  4J0P A;  2OHR A;  3OU3 A;  5EZX A;  3S45 A;  3GGU A;  3MSK A;  3FNT A;  3UHL A;  4U7V A;  1JLD A;  2PWR A;  1E82 E;  5P6F A;  2HB2 A;  1EPL E;  5OZP A;  3PI0 A;  3BGC A;  4IVT A;  9HVP A;  5OZ9 A;  5OZ3 A;  4CPU A;  5DQC A;  3LIV A;  4AA9 A;  5OYX A;  4I0F A;  1HEG E;  1KJF A;  5E5K A;  1ENT E;  2I4X A;  2WJO A;  1ZSF A;  5P14 A;  1FKN A;  4I0G A;  4YDF A;  5P8F A;  5P17 A;  3T11 A;  1PPM E;  3O99 A;  4OBF A;  3QS1 A;  5P66 A;  4I8Z A;  5COO A;  1TQF A;  1EC3 A;  3H5B A;  5P1P A;  3D3T A;  1IDB A;  4GJ7 A;  3SKG A;  1EED P;  4U7Q A;  2BBB A;  5P44 A;  5OZ4 A;  1T7K A;  1W5X A;  4Y3S A;  5OZK A;  5P7X A;  5OZW A;  2HC0 A;  5P12 A;  4FLG A;  4APE A;  4J0V A;  4M8X A;  3UQW A;  2G20 A;  2R5Q A;  1BVE A;  2H6T A;  5SXN A;  5J25 A;  4FM8 A;  4R91 A;  1QBS A;  3K5D A;  4Y50 A;  4D83 A;  3RVI A;  2B42 A;  5OZI A;  4Y5B A;  2ZHV A;  3TKG A;  2BPY A;  4I10 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4KB9 A;  3FIV A;  2PSG A;  5OZC A;  2P3B A;  3PJ6 A;  3QVC A;  3OUA A;  4DJQ A;  4EJK A;  2Q63 A;  8HVP A;  1EPM E;  3SA7 A;  2HS2 A;  4U8W A;  5P30 A;  1HSG A;  2FNS A;  4OBJ A;  4L7J A;  5P86 A;  3VCM A;  4YOA A;  3NXE A;  3TOG A;  3IVH A;  1LZQ A;  5P77 A;  4DUS A;  5P1I A;  5P7J A;  4MC1 A;  4CPS A;  1OHR A;  3EM3 A;  5P7E A;  5P31 A;  1PSO E;  4DJP A;  4DVF A;  4A6B A;  5P8Q A;  1MES A;  2P8H A;  3KA2 A;  1NPW A;  1DAZ C;  5P19 A;  2VIY A;  1EPO E;  1GKT A;  5P1K A;  5P05 A;  2AOH A;  2PSU A;  2APR A;  1UH7 A;  2J9K A;  5P6Y A;  1Z1H A;  2F80 A;  4EQJ A;  2G1N A;  2ZHU A;  2BPW A;  4Y5K A;  2G94 A;  3RTM A;  5I70 A;  3Q70 A;  4Y4B A;  5P4F A;  3IXK A;  5TOL A;  2R43 A;  1W6H A;  4HDF A;  5P35 A;  5OZB A;  4Y3P A;  1CZI E;  3L58 A;  5P42 A;  3IND A;  5P3I A;  2QI7 A;  5P5J A;  5P6T A;  3ZKQ A;  2QMF A;  3ZKX A;  5OZG A;  4I1C A;  5P88 A;  2AOJ A;  5P5G A;  3UQR A;  4LC7 A;  2IEO A;  5P2A A;  4B77 A;  2CEM A;  5P52 A;  4J0T A;  4Y3A A;  4OBD A;  5P6O A;  3JVW A;  3TLH A;  3GW5 A;  2AVV A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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