2QNPA

Hiv-1 protease in complex with a iodo decorated pyrrolidine-based inhibitor
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure-Guided Design of C2-Symmetric HIV-1 Protease Inhibitors Based on a Pyrrolidine Scaffold.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Gag-Pol polyprotein (Pr160Gag-Pol)
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2007-07-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2qnpA00
3MSJA 5P66A 2ZGAA 5AH9A 5OZEA 3OTSA 5P6DA 5P5GA 3OUDB 2A4FA 2FNTA 1HTGA 1ZSFA 4F73A 4K4RA 4Y3SA 3NDXA 1MIQA 2Z4OA 2QHZA 3VSWA 1MVPA 4DI2A 1LYBB 5F00A 4FSLA 5P06A 4H3GA 3PWMA 1HVHA 3CICA 2QP8A 3PB5A 1PFZA 3RTHA 5P15A 1MERA 4Y58A 5P7CA 3I8WA 5OYSA 5P1ZA 3SA9A 5P3PA 3S53A 5HU0A 2QNQA 3WZ7A 4Y5MA 2AOCA 3VFBA 1QDMA 5EZXA 1XE6A 5P48A 5P46A 3SKFA 5P51A 2O4PA 1ZBGA 5HDZA 4ER4E 3ZKQA 1K2BA 3CYXA 2BPYA 2RSPA 1GVTA 4YOAA 4QJ6A 2I0DA 4OBDA 4Z50A 5P07A 4ZLSA 2I0AA 5P27A 1HPOA 5P6RA 5P7WA 2Q3KA 3EL1A 3WZ8A 2B7ZA 3NU3A 2VIYA 4Y3QA 1F7AA 4Y4UA 5P73A 1TQFA 1FG6C 1KZKA 3B80A 3BXSA 3CMSA 3NDWA 5P1JA 3VCMA 2AQUA 3OQAA 3PJ6A 2CEJA 2JE4A 5OZMA 5P3EA 2JYSA 2P3AA 1G0VA 4DQGA 2VJ9A 4GJAA 1LF4A 1CZIE 1W5WA 4MC6A 2Q55A 4YD5A 1EBWA 4PHVA 3HZCA 2CENA 2QI0A 3BGCA 4Y4ZA 3OGQA 2ZHUA 3F9QA 4LXKA 5P7RA 5P0QA 2HC0A 5OYZA 1QS8A 2VIEA 4EXHA 4CKUA 5P2ZA 5HD0A 1APVE 1OEXA 3U71A 3FKTA 2OAHA 5P74A 3EKTA 1GVWA 4RYGA 1IZEA 5P8SA 5P81A 3RTMA 1YTJA 1B6LA 3KMXA 3OAGB 4EYRA 2ZHRA 5P64A 2ZYEA 4BEKA 3D1YA 5P6BA 1KJGA 5P11A 1T6GA 3CKTA 5P70A 5ENMA 1B11A 4CPRA 2Q54A 3VV7A 4X7IA 2OHSA 3D1ZA 4J0YA 3ZPTA 6APRE 5P1DA 4Y3TA 4ZSRA 2FGUA 1M4HA 5P4KA 3I25A 2ZJHA 2AOGA 1EC1A 5P2LA 2WF4A 1LS5A 5J25A 4J1IA 3URJA 4OBZB 4ZEAA 5P47A 2UY0A 5KR8A 1W51A 2R43A 3NDUA 1PPKE 3URLA 2J9JB 5P5EA 3UFLA 5OZ2A 5OZDA 4GJ8A 1NSOA 5P6ZA 2ZJLA 2I4XA 6FIVA 4AMTA 4AUCA 4HLAA 3NU5A 5P8UA 5T4SA 2G1NA 5P80A 3VV6A 5P58A 5I3YA 5P0NA 5P4MA 2I4VA 2HAHA 2XYEA 4I10A 5OZNA 3HW1A 2WF2A 3GI5A 5P0RA 4Y35A 4L1AA 5COPA 2P3BA 4D83A 5P4JA 2QI1A 3OGPA 2QZWA 5P43A 4B78A 5P3RA 2OHKA 3VUCA 5P5HA 5P1QA 1ZSRA 3O9LB 3FV3A 1Z1RA 2P3CA 5P3KA 2OHUA 3EM4A 5OZBA 1TZSA 3PGIA 3R0WA 4I0FA 1XE5A 3DM6A 3T11A 3OUBA 1W5XA 5P0BA 5P8LA 1BWAA 5P6VA 5P4RA 2Q5KA 1GVXA 1EPRE 3PM4A 4Y3ZA 1HEGE 3TOHA 3QN8A 1BV7A 2AZBA 5OZTA 4B05A 4B00A 3VYFA 5P49A 2I4WA 3OADA 1AAQA 5P25A 4OBJA 4OBGA 4LC7A 4XXSA 3S43B 4Y4GA 3ZKXA 3MXDA 3QBHA 4U7QA 4Y3NA 5SZ9A 3ZMGA 1FQ7A 4Y5KA 5P1HA 1D4IA 1HIHA 1HHPA 1K2CA 2QZKA 1LYAB 4DQBA 5C9BA 5HE4A 3O9DA 3TH9A 4RGHA 3NWXA 1QBRA 4AA8A 2RKGA 1HVKA 4Y3MA 2I4QA 1HTRB 2IKUA 2NR6A 5P5LA 3BUGA 2HS2A 2P3DA 5HCTA 4E43A 2G26A 2BKTA 4APRE 1MRWA 1ODWA 4Y4WA 5DR1A 4I0IA 5KOQA 4LAPA 2QU3A 4R91A 5P7KA 5P0EA 5P1BA 3S7LA 4J0PA 4HEGA 1HPSA 2OHNA 4FRIA 3B7VA 5P71A 3O99A 4L7HA 1MSNA 5P40A 1HPVA 5P8NA 1EPME 2G94A 5P8FA 2OHPA 4YCYA 3K5DA 3HD8A 3NLSA 4KB9A 5P55A 3D20A 5P4FA 5EZZA 4YCKA 1AM5A 3PHVA 4EP2A 4K4QA 4Q1XA 3FNTA 3KFRA 4HE9A 2BPVA 5P5RA 2H6SA 4YD6A 4U8WA 5P19A 4GJ9A 3MWSA 4B1EA 1IZHA 3IN4A 3JW2A 5P3ZA 3QRMA 5P2KA 1WBMA 2NXLA 3UQUA 2AODA 2JXRA 2B60A 1HVIA 3K4VA 4J0TA 1FQ5A 5DR8A 5P3WA 4PPHA 4BFBA 5JG1A 5HTZA 1D4SA 1FMBA 3EL4A 4DVFA 4EJLA 3VLAA 5P5AA 5P83A 2XFJA 5P1LA 2R3TA 4Y57A 5P4WA 1FFFC 4DJPA 3OQFA 1HVCA 5AH7A 5ER1E 2PH8A 3PVKA 3SACA 4LXAA 1VIKA 4LXMA 3VF7A 1EPOE 4JPCA 3QPJA 4D8CA 2FXEA 4DQCA 1M43A 4Z4XA 3IXJA 5P6LA 3TPRA 5P87A 1C6YA 4DJWA 3VV8A 2IEOA 1OD1A 5P3UA 1ME6A 5BWYA 5KQXA 5P01A 3D91A 5P4EA 3UFNA 1EAGA 2PC0A 3O9EA 1PSOE 2AOJA 4KE1A 5P1MA 1RQ9A 1E5OE 4J1EA 3UQRA 4HDPA 5OZ3A 2AOHA 5OZQA 4GZFA 4GYEA 4HDFA 1PROA 4PZWA 5ENKA 5P4PA 5P3BA 4EHCA 1FIVA 5P7BA 4I0DA 2BQVA 2XYFA 2BBBA 5OZPA 3UDQA 5P37A 1MSMA 3OQKA 5P24A 4EXGA 3BUFA 2FLEA 2ZE1A 4DQFA 4J55A 5IVSA 4RYCA 1M0BA 5P16A 4IVTA 1MRXA 3UDKA 5P03A 2WEAA 5P44A 5SXNA 5OZGA 3LIVA 1LF2A 3GI0A 3R4BA 5P3VA 1SDTA 2QMDA 2B42A 5P34A 5OZSA 3UQXA 4I8WA 4L6BA 2WF3A 5KQYA 3DCRA 3QIHA 4GJCA 1C6ZA 2NXDA 3GI4A 4IVSA 1C6XA 1SDUA 5P5ZA 4TRWA 3VF3A 2V16C 5PEPA 1NPAA 5JFPA 4Y39A 4Y4XA 5P77A 4I11A 2QNNA 3UCBA 4GJ7A 5OZ4A 5P6UA 1PSAA 3L5CA 1LYWB 5CLMA 2G1SA 3CKRA 4Y5PA 2FS4A 1FEJC 4EPJA 5P6KA 5P7NA 4FE6A 5OYRA 4YDGA 5P8AA 4JOOA 5P6GA 5P3GA 4M8YA 4Z2ZA 4Y3JA 2O4LA 4X2LA 2WEBA 3BC4A 1BIMA 2B8LA 5P5OA 4DFGA 5OZ9A 5P13A 5P3NA 4J0VA 3HAWA 3O9GA 3OU4A 5HDUA 3DUYA 1KJ7A 5P8EA 3SAAA 3U6AA 5P52A 3INHA 1G2KA 5P09A 3KFPA 3PI5A 4GJ6A 3SA6A 4AZYA 3RU1A 4RRSA 1IBQA 2R5QA 1GKTA 1QRPE 2QD8A 5P54A 5AHCA 1K1TA 5P2OA 1EC2A 4QJ2A 4FCOA 3GGUA 3PBDA 5P4NA 2V10C 4H3IA 1FF0C 5P5FA 5P7AA 3L38A 5P78A 1K1UA 4YD4A 5IE1A 4D85A 3INFA 4EJKA 5P35A 5SY2A 4EP3A 2NTRA 2PK5A 5P0PA 4NPTA 5P4QA 2PQZA 4GIDA 5P1YA 3TNEA 1UH8A 2O4NA 5AGZA 2IKOA 5P1XA 3MSLA 3VEUA 2FMBA 5P7OA 4ZIPA 4Y3AA 1BV9A 3L5EA 1BXOA 4R5NA 2PMAA 2A1EA 3Q3TA 4KE0A 3NUOA 5P7HA 1B6PA 5P1OA 1K6PA 3NU4A 3HBOA 5P1VA 4NPUA 5P3FA 1N49A 5P6AA 2HB3A 2WEDA 4Y3HA 3WB5A 2OF0A 5P7XA 8HVPA 5P3IA 5P23A 3NXEA 5P50A 4PEPA 1APUE 2OHRA 4YD7A 4K9HA 4U7VA 2QZXA 5HU1A 4Y5AA 5P2WA 4NJSA 5P6OA 1TSUA 3OU1A 5P31A 2H6TA 1APWE 3ECGA 3CIDA 1GNNA 3R1GB 5APRE 1YTIA 4LL3A 2NPHA 3NWQA 3SM2A 2QZLA 1RNEA 5P1EA 1B5FA 4Z22A 3JVWA 1DIFA 5I3VA 5P8VA 4JECA 5P0JA 4DV9A 4GJ5A 5BS4A 3CYWA 5P6FA 4Y50A 2V0ZC 5P8TA 1FMXA 2NMZA 5KAOA 3H0BA 5SY3A 1HSIA 3SO9A 4YDFA 5P5JA 3LNKA 1OEWA 4Y3XA 5P7EA 3QROA 4YE3A 2Z54A 1WKRA 1HXBA 4Y56A 3O9HA 4EQJA 2F3EA 2B8VA 3UHLA 4LP9A 3S8IA 1W50A 5P7IA 1SP5A 1ODYA 5OZKA 2OHQA 5P2JA 2QI5A 4GMIA 3NXNA 5P5TA 5IS4A 4CPQA 5P7LA 5P10A 3EBZA 5P6IA 2QMFA 4I0GA 5KQZA 1FQ4A 2AVVA 2ZHTA 5P8CA 4Y37A 1FB7A 2ASIA 1SIPA 3LIYA 4Y5CA 5P68A 4WY1A 2PYNA 2F8GA 4FIVA 1T7KA 2J9JA 5P1GA 5P86A 1SGZA 4Y4BA 3TPJA 5P2DA 4Y43A 5P4AA 1HPXA 4UPJA 5P7GA 3HVGA 5UPJA 4F75A 5P63A 5P65A 1W6IA 5P6CA 1QBSA 3OU3A 4DJXA 5P2SA 5P5SA 3ZKMA 2PWRA 4J0ZA 5P1AA 3RSVA 5P2CA 1K6VA 2BKSA 3SKGA 5P8BA 3OXWA 1BBSA 4MC1A 1HRNA 1TW7A 1G35A 1BAIA 2I4DA 5P5CA 3HVPA 1MPPA 3QRVA 5P53A 5P76A 4JP9A 3RSXA 3G70A 2G21A 3KDDA 1YT9A 4ZSMA 2G1RA 3HAUA 3Q70A 2OHMA 5HVPA 5P8JA 3PMUA 4R93A 1MTRA 3WZ6A 1APTE 4OD9B 3QVCA 2PWCA 5F01A 5P69A 4APEA 3SA8A 2ER0E 3OHHA 2HB2A 4I0ZA 3VYEA 4Y4EA 2QD6A 3LINA 2ZDZA 4RZ1A 3GW5A 5OYTA 5P2HA 1IDBA 5P5MA 3CKPA 2G24A 2R8NA 4L1AB 2PSVA 1A8KA 3OTYA 3FIVA 3QAAA 2P3BB 5OZZA 4TVGA 5P6PA 1SBGA 3QRSA 3ST5A 4BELA 5P20A 5P5PA 2MIPA 3PMYA 5P0LA 2AZCA 4Y5LA 1EPQE 3SA4A 3PLLA 2P83A 3S43A 1GNOA 4OC6A 5P8OA 5P6JA 5P2UA 2AOIA 2QD7A 5P3YA 4PYVA 2ZJKA 5P62A 1BVEA 5P4LA 1SGUA 2V11C 4Y4DA 5DQ4A 4Y41A 3O9AA 5P67A 3QVIA 3BVBA 3KFSA 3M9FA 4K8SA 2G1OA 2HS1A 3BGBA 3VSXA 5IVQA 1RV7A 4Y9WA 5OYXA 4QLHA 4GB2A 1YM4A 4Y3YA 2NNPA 1B6JA 3C9XA 2F3FA 5JFUA 5P2NA 1W5YA 5P4YA 4NJTA 5P2TA 3S2OA 3URIA 3AUPA 5P5KA 3UTLA 3FSMA 4Y3PA 2R3WA 3UDHA 1SH9A 4OBFA 5KQFA 1MT7A 5P5WA 1HVRA 4FGXA 3OOZA 5HE7A 1D4HA 4QGIA 2F81A 5C9DA 3L5FA 4RVJA 2ER7E 3L3AA 3PCZA 4Y3GA 5P0YA 5P33A 5P26A 3UDNA 1FFIC 3QBFA 1TSQA 5P4UA 5P72A 3I6OA 2VNMA 5I3XA 5P5XA 1QBTA 2V00A 5P2RA 1DW6C 1TCWA 1D4JA 2F80A 2HPEA 4PZXA 2IS0A 5P0AA 5P89A 4YBIA 1PSNA 4J1HA 5P0WA 3PWRA 4Y5BA 5P7MA 5OZ8A 3BRAA 3DV1A 3UPJA 2RMPA 5P8GA 2I4UA 3WB4A 1D4LA 2IQGA 3SA5A 5P6NA 1DPJA 4A4QA 5P7SA 1VIJA 4DUSA 1LZQA 4B0QA 4EQ0A 4D89A 1EPNE 5P2IA 2QI6A 4MC2A 1IZIA 5OZLA 1MEUA 3CIBA 1HIVA 5P61A 5OZCA 1HEFE 4Y45A 5P8PA 2HIZA 1FKNA 5P1RA 5P30A 2ANLA 1ZPAA 3NR6A 1MUIA 4FAEA 3ZPUA 5P7ZA 3MXEA 4A6BA 5P3HA 4GJBA 3S85A 5OYUA 5P7FA 2QI3A 3T6IA 4CMSA 2AOEA 5P3MA 5P7UA 5P4TA 3Q4BA 5P5NA 3T7QA 4CPSA 3UF3A 1EBYA 1YTHA 4H1EA 1UH9A 2ZJMA 5OZ5A 2WEZA 1PPLE 4ER1E 1MT9A 4RRNA 2HPFA 3TKWA 4DPFA 5P0KA 4QJ7A 3BHEA 3PCWA 5P3XA 3APPA 3LPJA 3ER3E 3UDPA 3IA9A 4L7JA 5P2GA 1ZTZA 1EC0A 1AZ5A 1FGCC 3OXXA 1AJXA 4L7GA 5P4CA 5DR3A 4ZSQA 2V13A 4RROA 3UDMA 5P5YA 1BILA 4ZPGA 3SQFA 5IVRA 1BVGA 5P14A 3NSHA 5P2EA 3S7MA 4FLGA 3D1XA 5P28A 5P6WA 4I12A 4QJAA 5P29A 3EL0A 3BVAA 2O4KA 5OZYA 3EC0A 4WTUA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3MSJ A;  5P66 A;  2ZGA A;  5AH9 A;  5OZE A;  3OTS A;  5P6D A;  5P5G A;  3OUD B;  2A4F A;  2FNT A;  1HTG A;  1ZSF A;  4F73 A;  4K4R A;  4Y3S A;  3NDX A;  1MIQ A;  2Z4O A;  2QHZ A;  3VSW A;  1MVP A;  4DI2 A;  1LYB B;  5F00 A;  4FSL A;  5P06 A;  4H3G A;  3PWM A;  1HVH A;  3CIC A;  2QP8 A;  3PB5 A;  1PFZ A;  3RTH A;  5P15 A;  1MER A;  4Y58 A;  5P7C A;  3I8W A;  5OYS A;  5P1Z A;  3SA9 A;  5P3P A;  3S53 A;  5HU0 A;  2QNQ A;  3WZ7 A;  4Y5M A;  2AOC A;  3VFB A;  1QDM A;  5EZX A;  1XE6 A;  5P48 A;  5P46 A;  3SKF A;  5P51 A;  2O4P A;  1ZBG A;  5HDZ A;  4ER4 E;  3ZKQ A;  1K2B A;  3CYX A;  2BPY A;  2RSP A;  1GVT A;  4YOA A;  4QJ6 A;  2I0D A;  4OBD A;  4Z50 A;  5P07 A;  4ZLS A;  2I0A A;  5P27 A;  1HPO A;  5P6R A;  5P7W A;  2Q3K A;  3EL1 A;  3WZ8 A;  2B7Z A;  3NU3 A;  2VIY A;  4Y3Q A;  1F7A A;  4Y4U A;  5P73 A;  1TQF A;  1FG6 C;  1KZK A;  3B80 A;  3BXS A;  3CMS A;  3NDW A;  5P1J A;  3VCM A;  2AQU A;  3OQA A;  3PJ6 A;  2CEJ A;  2JE4 A;  5OZM A;  5P3E A;  2JYS A;  2P3A A;  1G0V A;  4DQG A;  2VJ9 A;  4GJA A; 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 1EPO E;  4JPC A;  3QPJ A;  4D8C A;  2FXE A;  4DQC A;  1M43 A;  4Z4X A;  3IXJ A;  5P6L A;  3TPR A;  5P87 A;  1C6Y A;  4DJW A;  3VV8 A;  2IEO A;  1OD1 A;  5P3U A;  1ME6 A;  5BWY A;  5KQX A;  5P01 A;  3D91 A;  5P4E A;  3UFN A;  1EAG A;  2PC0 A;  3O9E A;  1PSO E;  2AOJ A;  4KE1 A;  5P1M A;  1RQ9 A;  1E5O E;  4J1E A;  3UQR A;  4HDP A;  5OZ3 A;  2AOH A;  5OZQ A;  4GZF A;  4GYE A;  4HDF A;  1PRO A;  4PZW A;  5ENK A;  5P4P A;  5P3B A;  4EHC A;  1FIV A;  5P7B A;  4I0D A;  2BQV A;  2XYF A;  2BBB A;  5OZP A;  3UDQ A;  5P37 A;  1MSM A;  3OQK A;  5P24 A;  4EXG A;  3BUF A;  2FLE A;  2ZE1 A;  4DQF A;  4J55 A;  5IVS A;  4RYC A;  1M0B A;  5P16 A;  4IVT A;  1MRX A;  3UDK A;  5P03 A;  2WEA A;  5P44 A;  5SXN A;  5OZG A;  3LIV A;  1LF2 A;  3GI0 A;  3R4B A;  5P3V A;  1SDT A;  2QMD A;  2B42 A;  5P34 A;  5OZS A;  3UQX A;  4I8W A;  4L6B A;  2WF3 A;  5KQY A;  3DCR A;  3QIH A;  4GJC A;  1C6Z A;  2NXD A;  3GI4 A;  4IVS A;  1C6X A;  1SDU A;  5P5Z A;  4TRW A;  3VF3 A;  2V16 C;  5PEP A;  1NPA A;  5JFP A;  4Y39 A;  4Y4X A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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