2QP8A

Structure of bace bound to sch734723
Total Genus 106
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
106
sequence length
390
structure length
390
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Potent pyrrolidine- and piperidine-based BACE-1 inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
molecule keywords Beta-secretase 1
total genus 106
structure length 390
sequence length 390
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2007-07-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2qp8A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2qp8A02
1NSOA 4Y3LA 5OZCA 4MC9A 3PI5A 2WHHA 1HSHA 2IDWA 3F9QA 4QLHA 2RKGA 3LIVA 5P6SA 1PPKE 1D4HA 2XFKA 3WZ8A 2AODA 5P6HA 1EPLE 1HWRA 4A4QA 2OAHA 3MSLA 2V11C 4Y41A 2QI7A 5P49A 2I4WA 2P3AA 5OZYA 2BQVA 5P2MA 2ANLA 3QVCA 2G1YA 3KT2A 5P0UA 4HVPA 4DJXA 5P4IA 2R9BA 5ER2E 1HVIA 1G35A 4Y39A 4RZ1A 4MC6A 1GNMA 3TOGA 5HDVA 1RV7A 1K6TA 3DV5A 4IVSA 5P5TA 2NNKA 2FLEA 1W5XA 4OD9A 3EKPA 2BPYA 1BVEA 5P3IA 5DQ5A 2ZHTA 1BWAA 4HLAA 1APWE 2QAKA 3D1XA 3O99A 5I3XA 3LITA 4AZYA 5P3GA 5P27A 5BWYA 3UQRA 2OHQA 5OZUA 4RVJA 1EAGA 5KQXA 4ZSRA 1HSIA 1J71A 3FX5A 5DQ1A 3ZKSA 3PMUA 1HXBA 5KQYA 5P71A 5P8MA 4J1CA 4NKKA 3OAGA 2PWCA 1XS7D 4RYGA 3SPKA 5OYSA 5P2YA 5OZMA 5P6EA 4CKUA 1QBSA 5P54A 1PSOE 1META 2QD7A 5OZZA 5P70A 4Y3SA 4YA8A 4PPHA 5P1ZA 2AVSA 1ZJ7A 1IBQA 5OZJA 5P40A 2VS2A 5OYWA 5OZIA 2B60A 5P5RA 3QRVA 1HTGA 3ZL7A 4B00A 5P4GA 2G26A 1BILA 3D20A 5P7QA 2VA6A 5P8QA 4BFDA 4I0GA 2F80A 5HE4A 1ODXA 3KDCA 4Y5MA 3QVIA 4ZIPA 1HTFA 1B11A 5OZ1A 3EKYA 4Y43A 4R8YA 3FSMA 1C70A 3S53A 5OZXA 1EEDP 1K2CA 3NU9A 4ER2E 2OHRA 2B7ZA 5P62A 5P15A 4FRSA 5P3LA 2IL2A 2QMPA 3ER3E 4D88A 1D4IA 5P3NA 1HTEA 1QS8A 4EXGA 2QZKA 4YDGA 1APVE 5P0OA 5DR1A 5OZDA 5OZPA 3R2FA 2G69A 2NTRA 3INEA 3FV3A 3IVHA 3O9CA 5JG1A 1TQFA 5P8NA 1G0VA 3BGCA 5P46A 3GI5A 5OZEA 5P3YA 2OHTA 2BPWA 1HVHA 2ZGAA 1FFIC 5P0YA 1HVCA 4EP3A 1MIQA 3T11A 4Y3QA 5P2GA 4RCEA 3S43A 2IENA 3ZKQA 3B7VA 5HDXA 3K4VC 5P1FA 1GVVA 1K6PA 3HVPA 2QZWA 4PHVA 4Y4ZA 1IZDA 4OBGA 4HA5A 3T3CA 4Y3RA 5DR8A 1BIMA 3PB5A 3PM4A 5P4BA 5P6TA 4FIVA 4FM7A 2PQZA 3TPRA 3PBZA 4JPCA 3RTMA 5P1KA 5P5DA 5P8JA 5P39A 3HVGA 3ZOVA 4DVFA 4APRE 4FLGA 5P8EA 4NJTA 1LYWB 3KFNA 4NJSA 2JXRA 2AVOA 4Y5LA 5P7NA 3O9DA 5KOQA 3D1YA 3L58A 5P3KA 5P3WA 5P5ZA 5P4MA 3K5DA 4PZXA 2FS4A 4NPUA 2WECA 5OZOA 1LYBA 4Y53A 1WKRA 2O4PA 5P8SA 4DH6A 2VA7A 3MSJA 5OZ0A 1A8KA 1A8GA 5P1TA 4EHCA 6APRE 5P3QA 3N4LA 2PWRA 4DJRA 1EPME 3CYXA 5SZ9A 4Y4AA 2FXEA 3IN4A 3KN0A 4IVTA 4DPFA 2PSVA 1XN3A 5P06A 3OWNA 2HAHA 2I4XA 5I70A 4I0FA 2QK5A 2R3WA 4Y3HA 4PEPA 1YM4A 1YX9A 3GI0A 5P22A 2ZYEA 1EPNE 3UDYA 2QNQA 2I4VA 5AHBA 2BBBA 2ZE1A 3AUPA 2VJ9A 1K2BA 4B1EA 4DJPA 1K1UA 5P51A 5P77A 3SM1A 2G1OA 4Y4UA 3D3TA 1TSQA 1IZEA 5P5AA 1AAQA 4EQ0A 5P2NA 4YCTA 3GI4A 3NXNA 2NXLA 2UY0A 4I0DA 4GMIA 2QHZA 3BXRA 4A6BA 1IZIA 4JPEA 3K4VA 3OK9A 3IAWA 5P1QA 5OZQA 5DR7A 4EJ8A 5F01A 3SFCA 5P6WA 1EPRE 4HEGA 4X7IA 3URLA 5P2FA 5OZ7A 5P00A 1FG6C 2AOCA 4GJ9A 1FKNA 5P88A 2ZDZA 4R91A 4JOOA 5P48A 3VYDA 3KFPA 1B6KA 3EC0A 2AVQA 5COPA 1ENTE 1ZLFA 4DQGA 1GNNA 3NU5A 1SDVA 2QI3A 1QBTA 1T3RA 5P7YA 1B5FA 5P4UA 4JECA 1IIQA 3WB4A 5P4OA 4I1CA 3Q70A 4J55A 1EBZA 5HDUA 3ZPSA 4J54A 1HSGA 3SQFA 2BPXA 2P83A 1BDQA 4I0IA 4Q1NA 5SY3A 5P1IA 4FSLA 5P8GA 3EXOA 1KJ4A 3UQWA 1BAIA 1AJVA 4Y47A 4GYEA 5P7EA 3NSHA 5P11A 4F73A 4EP2A 3UDJA 5P6ZA 1FQ8A 1MRXA 1N49A 5KOSA 4YHQA 3QI1A 3U71A 2IQGA 4Y38A 5P89A 5P7RA 4J1IA 2O4KA 4LXMA 2G1SA 5P4PA 2AZ9A 2WEDA 5P33A 5P17A 1UH8A 1W50A 3Q5HA 5P8BA 3S54A 1CMSA 5P2WA 4N00A 4B77A 5P0RA 5P37A 2QU3A 3APPA 1E5OE 2FDDA 2Q5KA 1FMBA 1AZ5A 3OHHA 5P56A 5P5JA 3S45A 4I11A 3T6IA 5KR1A 1RL8A 3WB5A 5P7FA 5AH6A 4BFBA 2QI1A 2ER7E 5P5KA 5P1DA 4Y3YA 5P0JA 1JLDA 2HC0A 5OYRA 5P3VA 1TSUA 1PROA 2PYMA 2WEAA 3KYRA 5P41A 1NPAA 4R5NA 1QDMA 4OBZB 5AHCA 2WF3A 5P2XA 5P79A 5OZWA 3NU4A 5P0NA 1HVJA 3I6OA 3LZUA 5P6GA 1OD1A 3VV8A 3DCRA 5P64A 7HVPA 1HBVA 1LYAB 4LC7A 2G22A 2QZLA 3VFAA 2Q3KA 4L6BA 5DR3A 5P5QA 4ZPGA 1C6YA 2ZJLA 1MVPA 3IVIA 4ZSPA 1HPVA 3L5CA 4Y3NA 3M9FA 1U8GA 4CP7A 3FKTA 5P6MA 5UPJA 5P65A 5P6JA 5P2RA 1E81E 5P35A 4DJQA 5HTZA 5OYZA 3K5CA 2PH8A 5P67A 2FDEA 3PI0A 4Q1XA 5P2CA 3ZMGA 5IE1A 5P4XA 2OHNA 1T7JA 2QI4A 2R5PA 4L7GA 3LPKA 3OXVA 3PWRA 8HVPA 2P8HA 3UPJA 3IN3A 3OQDA 3OGPA 4FCOA 5P73A 3EM4A 4DJYA 4L1AA 1RPIA 4OBKA 4Y5GA 4ZSMA 3PWMA 2AOEA 2G1NA 1K6CA 1EPPE 5P7JA 3CMSA 4R95A 3SA6A 5HVPA 5P4AA 1FG8C 1XL2A 5OZRA 3DK1A 1KJGA 5I3YA 1YTHA 1D4LA 3NYGA 5P1SA 3HAWA 5P8IA 1D4KA 4AMTA 4U7VA 2XFJA 5P30A 2I4DA 4GIDA 5HCTA 2QI6A 4EXHA 2J9KA 2F3FA 5P6FA 3QROA 1YM2A 3R0YA 4COEA 3PSYA 5P5CA 3OY4A 5P68A 1GVTA 4Y5BA 5P69A 1D4YA 5OZ8A 2XYFA 3VV7A 1GVWA 5P7BA 4B1DA 4Y9WA 4WY6A 3DCKA 3PCZA 2P3CA 5DGUA 3O9AA 2IGYA 1W5YA 4RYCA 3R0WA 5DPZA 3O9BA 2V10C 3EM6A 2VIEA 2XFIA 5P8HA 3MXEA 5P8FA 3JVWA 2BKSA 4Y5CA 3VCMA 2HB3A 3OTSA 2ZJIA 1W6HA 2HS1A 2RKFA 3ZPTA 5P42A 4Y6MA 1MRWA 2BKTA 3LPIA 5P2IA 2FXDA 3APRE 5OZ2A 5P3AA 5P3XA 5P1MA 2APRA 3CICA 2P3BB 2QI5A 5KR8A 2I4UA 4RRSA 5FIVA 3T7QA 2NR6A 1PPLE 3ZLQA 5P0LA 4I12A 4GJ6A 4ZLSA 5P16A 5P4KA 3OQAA 4Y4WA 3ST5A 1YG9A 1W51A 1NPWA 3UTLA 1KJHA 5P63A 3SKFA 4Y54A 3ER5E 3BHEA 3DJKA 3NXEA 4DJUA 3OU4A 4Y36A 5IVSA 2QNPA 1OEXA 3EL5A 5OYQA 1HVRA 5P7PA 3MXDA 2OHLA 2R5QA 1CZIE 3TKWA 2O40A 3BVBA 2B8VA 5P74A 4Y3AA 2ZHSA 2I1AA 4F76A 5P52A 3BUFA 1IVQA 3SA9A 5I3WA 3VYFA 5DQ4A 5DQCA 2PH6A 2H6SA 4EWOA 2IKUA 4I0EA 1ZAPA 3SO9A 1BXQA 2UXZA 3TLHA 1SGZA 2NNPA 1SDTA 3CIBA 3HAUA 5F00A 3BGBA 3OXWA 2JJJA 3HW1A 2VIJA 1MTRA 5P5XA 1EC3A 4Y4XA 5P50A 4Y5AA 4RLDA 5OYYA 3U6AA 5P4EA 4PZWA 3PCWA 4OBFA 2R8NA 3EBZA 4RVXA 4OD9B 3TNEA 2V0ZC 5P8CA 1E82E 4CPXA 3OUBA 2QCIA 3UDHA 3KA2A 2J9JB 2NXDA 2FNSA 3INHA 3SA7A 5P4DA 1XE6A 3L5FA 4Y5EA 5AH7A 1ZSRA 1APTE 2B8LA 2PMAA 4EQJA 1XL5A 5DGWA 3H0BA 4YOAA 4WY1A 5P3ZA 5P60A 3L3AA 3HD8A 5P0IA 3RTHA 3OUCA 5P0AA 4J0YA 2PK5A 4Y48A 1T7IA 3OUDA 5P6RA 1HHPA 4AA8A 4H1EA 3L59A 4GZFA 5P6KA 1FQ7A 1UPJA 3OGQA 1KZKA 5OZ3A 1FMUA 3BC4A 1EC0A 2P4JA 3OAGB 5P8OA 5TOLA 2RMPA 2QD8A 2ER9E 2HS2A 4U7QA 4Y56A 3H5BA 5OZFA 4H3GA 4J0TA 5P0SA 3BXSA 3OQFA 5P5FA 4EYRA 2Q64A 2QHYA 4DV9A 1LS5A 3TKGA 5P1WA 3RSXA 3OOTA 4TRWA 3GGAA 4I10A 1ZSFA 2NXMA 4I8WA 4Q1YA 1MSNA 5P2EA 4E43A 3FNSA 1PSNA 4FSEA 3TTPA 5P2QA 1BXOA 3WZ7A 5P5IA 4F75A 1SBGA 3U7SA 1HPOA 4FRIA 1ZPAA 4J1EA 5P0ZA 4M8YA 5JFPA 1GVXA 4CPQA 4D89A 5P7LA 4Y5NA 3PVKA 5P1YA 4Y4BA 1HIVA 4L7JA 5DR0A 4OBDA 3R1GB 3URIA 2OHUA 1HEGE 5P87A 3LZSA 3KDBA 3EKWA 1FQXA 2ZHUA 5P57A 2ZHVA 5P6OA 4H3IA 5P3BA 1DIFA 5OYTA 5AHAA 2FGUA 5P1EA 4GJ7A 4Y3EA 2Q11A 5BRYA 3JVYA 4Y45A 4D8CA 1DW6C 3SLZA 4Y3MA 3AIDA 1FB7A 4Y58A 4J0VA 2F8GA 5E5JA 3PGIA 5P1AA 5T4SA 5P1RA 3INFA 5P26A 2CEJA 5P43A 1A9MA 5SY2A 1HPSA 3T7XA 3EKQA 4FRJA 2Q63A 3UDKA 5P6PA 5P03A 4AUCA 1AXAA 3D1ZA 3LZYA 4Z22A 4XKXA 4BELA 3PSGA 3I25A 4J1KA 2AZBA 3OQKA 5P2SA 5P5VA 5HU0A 3CKPA 3EM3A 1DPJA 4H3FA 3NWQA 3VLBA 5P24A 1B6LA 3I7EA 3KFRA 5OYXA 3GI6A 1XN2A 5P5NA 1W6IA 5P4VA 5ISKA 3NDTA 3K1WA 3VFBA 5P1NA 3ECGA 3PJ6A 5HDZA 4APEA 1YTJA 3CKTA 3OOZA 3IA9A 4NPTA 5IVQA 4OC6B 3NLSA 3PLLA 5IVTA 1MERA 2G27A 1BBSA 1ZTZA 2VIZA 3K5FA 2QU2A 1FLHA 3VF7A 4D83A 2OHSA 5P19A 5P08A 5P82A 5OZLA 3QAAA 3QP0A 2PYNA 5P2KA 1CPIA 4OBZA 2PSUA 5CONA 5J25A 3UFLA 5P8TA 5P28A 4ACXA 4ZPFA 4L7HA 2BPZA 5I3VA 5ISJA 1MSMA 1E80E 1TZSA 4J0ZA 2JJIA 5P5PA 1PFZA 3VF3A 2Q55A 5P34A 1T6GA 4YD3A 4BEKA 4QJAA 5OZHA 3LIXA 5P2VA 3WSJA 2G24A 2F81A 4FM8A 5DQ2A 1LEEA 1XE5A 4YD6A 5P1OA 5P1CA 5P3CA 1EPOE 1MT7A 5OZKA 4K4RA 3VF5A 3QN8A 5P0QA 2HB4A 5HU1A 5P1GA 2H6TA 3Q6YA 5P3UA 5P83A 4XX4A 5P14A 1FFFC 1SGUA 2VJ7A 5P01A 2BB9A 1MTBA 3NUJA 3KMXA 5P2UA 1MUIA 5P1BA 3VSWA 4ZPEA 5P32A 5P0TA 4HE9A 4HDBA 1SMEA 3BUGA 2WF2A 2VIYA 1SP5A 1RQ9A 5P76A 3UDMA 4YD5A 4CMSA 4DJVA 1FGCC 1G2KA 4EJKA 5C9BA 3I8WA 5BS4A 1AIDA 2UPJA 2OF0A 2VA5A 5P8VA 3L5EA 5EZXA 1GKTA 5P6YA 5P7SA 4Y44A 3IXJA 5OZ5A 3EL1A 3IXKA 5KQZA 5KR2A 3VEUA 1SMRA 4J1HA 5P4JA 5P7WA 3NDXA 3PEPA 3L38A 1ZBGA 2MIPA 2PK6A 1HEFE 1VIKA 4GJ5A 1AVFA 4B78A 4Y37A 5P4CA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1NSO A;  4Y3L A;  5OZC A;  4MC9 A;  3PI5 A;  2WHH A;  1HSH A;  2IDW A;  3F9Q A;  4QLH A;  2RKG A;  3LIV A;  5P6S A;  1PPK E;  1D4H A;  2XFK A;  3WZ8 A;  2AOD A;  5P6H A;  1EPL E;  1HWR A;  4A4Q A;  2OAH A;  3MSL A;  2V11 C;  4Y41 A;  2QI7 A;  5P49 A;  2I4W A;  2P3A A;  5OZY A;  2BQV A;  5P2M A;  2ANL A;  3QVC A;  2G1Y A;  3KT2 A;  5P0U A;  4HVP A;  4DJX A;  5P4I A;  2R9B A;  5ER2 E;  1HVI A;  1G35 A;  4Y39 A;  4RZ1 A;  4MC6 A;  1GNM A;  3TOG A;  5HDV A;  1RV7 A;  1K6T A;  3DV5 A;  4IVS A;  5P5T A;  2NNK A;  2FLE A;  1W5X A;  4OD9 A;  3EKP A;  2BPY A;  1BVE A;  5P3I A;  5DQ5 A;  2ZHT A;  1BWA A;  4HLA A;  1APW E;  2QAK A;  3D1X A;  3O99 A;  5I3X A;  3LIT A;  4AZY A;  5P3G A;  5P27 A;  5BWY A;  3UQR A;  2OHQ A;  5OZU A;  4RVJ A;  1EAG A;  5KQX A;  4ZSR A;  1HSI A;  1J71 A;  3FX5 A;  5DQ1 A;  3ZKS A;  3PMU A;  1HXB A;  5KQY A;  5P71 A;  5P8M A;  4J1C A;  4NKK A;  3OAG A;  2PWC A;  1XS7 D;  4RYG A;  3SPK A;  5OYS A;  5P2Y A;  5OZM A;  5P6E A;  4CKU A;  1QBS A;  5P54 A;  1PSO E;  1MET A;  2QD7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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