2R3TA

I50v hiv-1 protease mutant in complex with a carbamoyl decorated pyrrolidine-based inhibitor
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGVGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural and Kinetic Analysis of Pyrrolidine-Based Inhibitors of the Drug-Resistant Ile84Val Mutant of HIV-1 Protease
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2007-08-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2r3tA00
2FDPA 5DQ4A 5DR4A 5DPZA 4YHQA 4J5JA 5P1PA 5KAOA 5P8EA 4DJPA 5P2RA 5P0GA 5P2OA 1SDUA 4I0DA 2AOEA 1PPLE 4N00A 5HDUA 2R9BA 4Y3NA 2OHTA 4X7IA 4DVFA 1MPPA 1C6ZA 3DCKA 3OUBA 3EL0A 2QI0A 3AIDA 5P8JA 3EKPA 2I1AA 3HZCA 3T7QA 3IXKA 3CIBA 2NXLA 2ZJMA 4Y5MA 1A8GA 4MC1A 4DJUA 3D1YA 5P36A 5EZZA 5P5OA 4H3GA 3K5DA 5P76A 5P47A 2FDDA 1XE5A 5OZJA 4LL3A 3UDKA 1M0BA 2IKUA 3ST5A 2O4SA 3SO9A 3MWSA 4MC9A 4EJDA 1RNEA 3UDNA 4GJ6A 1PROA 1XN3A 3HVGA 3UQUA 2B8LA 3OY4A 2XYFA 5P6LA 5P8RA 1MUIA 2I4XA 2QU2A 4K4PA 5P1BA 2AVVA 3OK9A 3OUDA 5P5NA 3MSKA 1BDLA 4Y3HA 2Q55A 3K4VA 4Y4EA 2HS2A 4U7QA 4GJ7A 3IA9A 2BB9A 3PLLA 4ER2E 1SBGA 5P3GA 4S1GA 4APEA 4MC2A 2BBBA 3L5FA 5P4RA 3KYRA 1B5FB 1IIQA 5OZIA 5P8QA 1VIJA 5P2TA 5ER1E 3OADB 4I0GA 1BVEA 3PSUA 2QI4A 3Q70A 3UF3A 2RKGA 2FIVA 2QZXA 5P7JA 5KR8A 3OQFA 2RKFA 4OBZA 2I4UA 5P8DA 4XX3A 5P5IA 1SIVA 3UFNA 5JODA 1D4SA 3SPKA 3LPIA 4KE1A 4YD6A 5P7IA 3URJA 2BPVA 2NPHA 5P74A 5P7UA 3OUAA 4Y56A 5P8HA 1W51A 4Q1XA 1C6XA 2IQGA 4JPCA 4FRJA 1W50A 4M8XA 1ODWA 5P4EA 1OEXA 1PPME 5P42A 5P3UA 4RGHA 1IVPA 3GW5A 5P5RA 3SFCA 3H0BA 1WBMA 3S45A 4PPHA 1CMSA 1EC3A 5OZNA 5OZZA 5P4WA 3ZKQA 2HM1A 3WB5A 3U6AA 5P3OA 5P5BA 4Y45A 3O9LB 1E81E 3K5CA 3R4BA 2ZGAA 4UPJA 3NWQA 5OYRA 3NLSA 1EPME 1T6GA 3VFAA 3S7MA 3FNSA 5P0NA 5P4NA 3UQRA 1T3RA 3LIZA 4XX4A 1GNMA 4Z22A 5P6OA 1K1TA 1EEDP 3FNTA 4B05A 1KJ4A 3HD8A 4HDPA 3R0WA 1SP5A 2OAHA 3DK1A 2PYMA 4J0VA 4OD9B 1OHRA 5P0EA 5OZSA 5HTZA 2V0ZC 3NDUA 5OZEA 3RVIA 5P5XA 1IZHA 3INDA 2VA5A 3FV3A 3KFRA 4L7HA 4ZSMA 4I11A 5OZKA 3QRMA 1K2BA 3Q4BA 1EBKC 3NDWA 4YBIA 5HD0A 3VYEA 5P0OA 3LIVA 2SAMA 4CPUA 4YD3A 2OHUA 3S7LA 5P1YA 4TRZA 5P5SA 4CPTA 3OAGA 1LEEA 3SACA 5DR0A 1T7JA 3NUOA 3EL1A 5COOA 5P7MA 5P0TA 5OZ0A 1TCXA 4RRNA 2I0DA 3JVYA 2G1YA 3GGUA 1EBWA 5P2IA 3PB5A 1XL5A 5P4DA 4PEPA 4B77A 2HPEA 3BVBA 4I0FA 5P0RA 2AOIA 3IN4A 1FGCC 2NTRA 1AJVA 3PCZA 5P13A 4LXKA 1AXAA 4XKXA 1TZSA 2G20A 5P6GA 1FEJC 3FX5A 1F7AA 3QRSA 4F76A 4FL8A 5P31A 3RTNA 2BKSA 5P69A 2PQZA 4Y3PA 5P6JA 4F74A 5AHAA 5P2KA 3I2LA 4R8YA 4EJKA 2Q11A 5P06A 5OYXA 2BPXA 4Y3RA 5P04A 4ZSQA 5P16A 5P5WA 1SGZA 4GB2A 1APWE 3L3AA 2JYSA 3ER3E 3KMYA 3AUPA 5P87A 4GJCA 7UPJA 4FIVA 5P1CA 4Y53A 2QNQA 3L5DA 5P7GA 4RVIA 4EJ8A 3KA2A 3IN3A 1ODYA 3EKYA 1HEGE 5KQYA 4DQGA 1VIKA 5P8KA 4CP7A 5J25A 4L7JA 4Y5GA 4YE3A 5P3NA 3PLDA 1Z8CA 5P7HA 5P2HA 2G1NA 1FQ5A 5KQZA 3VYDA 3CKRA 3CICA 4R92A 5P68A 1A30A 1XE6A 5P40A 4B1CA 2G27A 2QZKA 4DPIA 2Q63A 3GI5A 5P4VA 1E5OE 1HTEA 4DQCA 5P24A 1PSNA 5P66A 4OBJA 3CYXA 5P3IA 5P60A 5P70A 5P0AA 4YD5A 1DPJA 4Y3FA 5SY2A 4Z2ZA 5P6TA 4ZE6A 1E82E 1HVCA 2I4VA 4DJVA 4DI2A 1FKNA 4YOAA 3OQKA 5P7EA 5OYSA 2QMGA 4Y4GA 4Q1YA 3PHVA 2AOHA 4Y3LA 1KJFA 1BV7A 5P3ZA 1RQ9A 5P54A 5P19A 3QS1A 2IRZA 3MSJA 4A4QA 4Y43A 1ZSFA 2J9JB 3D1ZA 3PWRA 1BV9A 4ZLSA 3ECGA 1ME6A 5HE5A 3R1GB 3EL9A 5P3CA 5P1TA 3D20A 4XXSA 3N3IA 2PWRA 2RENA 1W6HA 3QP0A 3GI0A 5P32A 5P8OA 4FRKA 3PSGA 2RSPA 3PI0A 5P7RA 2O4KA 3L5BA 4RVJA 4Y58A 2UY0A 5P4XA 5OZHA 1B6PA 3MXEA 5P1UA 2QNNA 5OZ5A 2R38A 1SMEA 3PCWA 5E5KA 5OZVA 3WZ7A 2FS4A 2QI5A 3PMUA 5DR8A 5P1QA 4EHCA 5HU0A 4GJ5A 2CEJA 5P25A 3D3TA 4Z4XA 1QBTA 4Q1WA 4DJWA 4Y3GA 5P50A 2WEZA 3UPJA 1T7IA 5P8TA 1MIQA 4Y4XA 4LC7A 4HVPA 3KN0A 1HXBA 2WKZA 5OYVA 1J71A 5P79A 2WJOA 4Y5LA 4LAPA 3SA6A 3CMSA 2AODA 5P01A 2PMAA 1HSHA 4OBFA 5P5FA 1HPVA 1BWAA 5IE1A 4Y4UA 5P8CA 3OWNA 5P4KA 3T3CA 2G1SA 3VV6A 1HVSA 1K6TA 3SKFA 5AH8A 3OQDA 4Z50A 5P1ZA 3Q5HA 1K6VA 3OU1A 5KQFA 3GGXA 5P7CA 4BELA 2BPWA 5AH6A 1A94A 1EC2A 1GVWA 1BDQA 4Y54A 4U7VA 3IVIA 5P29A 1GKTA 2WF0A 4YDGA 2JJJA 3LINA 3VEUA 3FKTA 5OZWA 5P0PA 1KJ7A 1APTE 4RYCA 5KR0A 3LZUA 2AVMA 1SDTA 5P1WA 2Z54A 1ER8E 1META 3RU1A 5P6EA 3O9DA 1AIDA 2QI6A 5OZRA 4OBZB 5P30A 3S8IA 1B6LA 5P22A 3R2FA 5P53A 4ZPGA 3KM4A 5DQ2A 2R8NA 3TH9A 5P7KA 1YTJA 2QI3A 5P05A 4HDFA 2BKTA 5OZXA 4AUCA 4Q1NA 2QZWA 3ZMGA 4CPSA 5P43A 4QJ6A 2HB3A 5P8FA 5P59A 4OBGA 5P38A 3ER5E 1EC1A 1FF0C 5P4ZA 4Y5PA 5OYQA 3VYFA 2IGXA 2Q64A 1AVFA 5P4CA 3SA5A 1G0VA 4J54A 3TOFA 2ASIA 1SGUA 1D4JA 1XDHA 2I4WA 2WL0A 1LYWA 3NU5A 5B18A 2QHZA 2ER0E 5P6BA 5ENKA 3PEPA 5ISJA 1GNNA 4EQ0A 5P6FA 1QRPE 1HBVA 3MXDA 2AVSA 1ZSRA 1DMPA 5OYZA 1FQ8A 5P0CA 3O9HA 3K5GA 1N49A 5P82A 3EKTA 3KMXA 3G72A 5P07A 2WF3A 2ZHSA 1D4HA 4OBDA 5EZXA 2H6SA 4H3IA 4CKUA 3URLA 2PSGA 4KUPA 3UDJA 1G6LA 3RTMA 5C9FA 1HIIA 3CKTA 3HBOA 4RLDA 5P5QA 4R93A 1HVKA 5HDVA 4Y3YA 2PYNA 2FLEA 3KFSA 5SY3A 5P2LA 5P7OA 3HAUA 7HVPA 2QMPA 5KR2A 3SAAA 4Y47A 3NUJA 4J0PA 2B42A 3CIDA 5P8GA 3T7PA 2B7FA 2VJ7A 2VNMA 5P88A 5OYYA 4FLGA 3BGCA 2VIEA 1DW6C 5P3KA 3EXOA 5P3DA 3LITA 4ER4E 2HAHA 5P0HA 3KT5A 3OAGB 2WHHA 4QJ7A 3PMYA 3KFNA 4GJBA 2ER6E 4KE0A 4FS4A 3VF7A 1HPSA 5P5GA 5P6AA 1W5VA 2P8HA 3BUFA 3UQPA 1G35A 3K5FA 5KR1A 3OQ7A 4FSEA 5P7SA 5P6WA 5P80A 5FIVA 5P37A 1B6KA 4QJ8A 2AZ9A 5P1MA 1SMRA 5P3EA 1XL2A 1LYAA 4JPEA 1C70A 5P46A 4B72A 4I0ZA 2B8VA 3OU4A 2I4DA 5P3SA 2NMZA 5APRE 2VIYA 5F00A 3VCMA 1DP5A 4H3FA 5KOSA 1YT9A 1Q9PA 5JFUA 2V16C 5P3YA 1GNOA 3I6OA 1WKRA 4B0QA 1QDMA 4FRSA 5P49A 4A6CA 3NR6A 3D91A 4J0TA 5P6IA 4I8WA 2A1EA 2IS0A 3S85A 1B6JA 1IBQA 2WF1A 3HVPA 3IAWA 1HTRB 2QZLA 5P0SA 4Y41A 5P2GA 4H1EA 3L38A 1ZLFA 3QPJA 4WY6A 3INFA 1HRNA 3SKGA 2EWYA 3A2OA 3N4LA 2WEDA 5DR7A 5P5CA 2VA6A 2NXMA 3RTHA 4COEA 5P4AA 4GZFA 5OZDA 1FMXA 2XFJA 2O4NA 1AZ5A 5F01A 5P35A 3APRE 2PSUA 3NU9A 4Q5MA 3DM6A 4FCOA 4DQHA 1ZJ7A 4DFGA 4Y6MA 1ZAPA 1CPIA 3IVHA 5P5KA 4PYVA 3GGVA 5P64A 4M8YA 3VLAA 2VS2A 4WY1A 5P2SA 1IZDA 5P6RA 3KDCA 5P4IA 1Z1RA 1BXOA 3UTLA 2NMYA 3UDMA 4BFDA 5I70A 4NJSA 4B00A 1PSOE 4A6BA 2R5PA 3WB4A 2G1RA 2ZHRA 1EC0A 3OGQA 5P7AA 5P7BA 2AVOA 1LV1A 4ZSPA 5P0JA 5P6HA 5P11A 3SLZA 3HLOA 2Q15A 4Y9WA 5UPJA 3KF0A 1GVTA 2QI1A 6UPJA 4DUSA 3VSWA 3O9IA 2ZJKA 4ZIPA 4YCKA 2ZHVA 2B60A 1HWRA 5P0YA 8HVPA 4I0JA 2QNPA 4D88A 4QJ2A 1MT7A 1QS8A 1DIFA 5P1RA 3NDTA 5P5AA 3PJ6A 4HLAA 2Q3KA 1FB7A 2I4QA 4LP9A 3G70A 5P1HA 3TOHA 2G24A 5HE4A 2VIJA 2QI7A 3PI5A 2FGVA 5OZAA 1ENTE 5P81A 4YBFA 1MSNA 2IENA 5P26A 4J1KA 3IXJA 1BILA 1MRXA 4ZSRA 2HS1A 3PVKA 3QBHA 4Y36A 5TOLA 5P1NA 3O99A 5HCTA 5P73A 2PSVA 5P4OA 5P03A 2FGUA 5P1DA 4I1CA 4Y4JA 5P89A 2CEMA 2JJIA 2PK5A 1GVVA 5P56A 3EKQA 1UH8A 1HTGA 5P52A 2V00A 2P3BA 5P51A 4DV9A 3BVAA 5I3YA 1PPKE 2P4JA 3OU1B 4FM6A 1EPRE 3NSHA 3EKVA 4GYEA 4OBHA 5P78A 5P3TA 5P5TA 5P1SA 5COKA 1DAZC 1LYBA 5P1IA 5P4PA 1ODXA 4FRIA 5P7FA 5P5MA 5OZ7A 4Y39A 3ZL7A 4B1EA 1NPWA 1G2KA 4NPTA 1UH9A 1NPVA 4CPQA 5P3MA 1LF4A 5P0XA 5IVRA 2ER7E 2OHKA 5P4MA 2A4FA 3JVWA 1T7KA 2IKOA 4NKKA 5E5JA 2AOFA 5P0WA 3T6IA 5P00A 1YTIA 3UQWA 3BC4A 1SDVA 4H3JA 3D1XA 4Y3MA 4EXHA 2ZJHA 5P8VA 1FQ4A 4Y5BA 5P5EA 2QK5A 3ZKNA 4Y51A 2G26A 1E80E 3PRSA 5P6KA 4HA5A 5P5LA 3M9FA 6FIVA 4CPRA 3UDQA 3LIXA 2JXRA 5P8IA 2QCIA 1EPOE 4OBKA 4TRWA 3T7XA 5P7XA 4Y3WA 3ZKIA 2Q5KA 5P6MA 2F3EA 2AZBA 4LXAA 5I3WA 5P2VA 3UCBA 1LYWB 2UPJA 3LZSA 2PK6A 4K8SA 2ANLA 1EPPE 3S43A 1QBUA 3O9AA 5P5PA 5P0UA 5P3BA 5P09A 3SQFA 4CPXA 2G94A 3Q6YA 4GJDA 3OOTA 1M4HA 2AZ8A 2ZE1A 4J0YA 1K6CA 1W6IA 1D4KA 1EAGA 3MSLA 4D8CA 5P62A 4GJ9A 1ZPAA 3VSXA 2PWCA 2BQVA 5P7YA 1FMBA 1HEFE 3BHEA 5OZBA 5P2CA 1FMUA 1NH0A 3BGBA 3LIQA 5PEPA 5P7TA 2OHMA 4D85A 1PSAA 5JFPA 4YDFA 3O9CA 4Y5AA 3I7EA 4JP9A 5P6QA 2R5QA 5OZFA 4I0HA 5KQXA 3OXVA 4HDBA 4AMTA 4I10A 5P1OA 1IDAA 3BUHA 3TPJA 4Y50A 1K6PA 3UDRA 3ZPUA 4R5NA 4K4QA 1HVJA 1TSUA 2ER9E 5P4TA 4ACXA 1BWBA 4J55A 3TL9A 3HW1A 4GMIA 5P3RA 3OUDB 3LIYA 2ZJJA 4PHVA 3NWXA 1LZQA 1PFZA 3L5EA 2XFKA 3EL4A 5BS4A 1IZIA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2FDP A;  5DQ4 A;  5DR4 A;  5DPZ A;  4YHQ A;  4J5J A;  5P1P A;  5KAO A;  5P8E A;  4DJP A;  5P2R A;  5P0G A;  5P2O A;  1SDU A;  4I0D A;  2AOE A;  1PPL E;  4N00 A;  5HDU A;  2R9B A;  4Y3N A;  2OHT A;  4X7I A;  4DVF A;  1MPP A;  1C6Z A;  3DCK A;  3OUB A;  3EL0 A;  2QI0 A;  3AID A;  5P8J A;  3EKP A;  2I1A A;  3HZC A;  3T7Q A;  3IXK A;  3CIB A;  2NXL A;  2ZJM A;  4Y5M A;  1A8G A;  4MC1 A;  4DJU A;  3D1Y A;  5P36 A;  5EZZ A;  5P5O A;  4H3G A;  3K5D A;  5P76 A;  5P47 A;  2FDD A;  1XE5 A;  5OZJ A;  4LL3 A;  3UDK A;  1M0B A;  2IKU A;  3ST5 A;  2O4S A;  3SO9 A;  3MWS A;  4MC9 A;  4EJD A;  1RNE A;  3UDN A;  4GJ6 A;  1PRO A;  1XN3 A;  3HVG A;  3UQU A;  2B8L A;  3OY4 A;  2XYF A;  5P6L A;  5P8R A;  1MUI A;  2I4X A;  2QU2 A;  4K4P A;  5P1B A;  2AVV A;  3OK9 A;  3OUD A;  5P5N A;  3MSK A;  1BDL A;  4Y3H A;  2Q55 A;  3K4V A;  4Y4E A;  2HS2 A;  4U7Q A;  4GJ7 A;  3IA9 A;  2BB9 A;  3PLL A;  4ER2 E;  1SBG A;  5P3G A;  4S1G A;  4APE A;  4MC2 A;  2BBB A;  3L5F A;  5P4R A;  3KYR A;  1B5F B;  1IIQ A;  5OZI A;  5P8Q A;  1VIJ A;  5P2T A;  5ER1 E;  3OAD B;  4I0G A;  1BVE A;  3PSU A;  2QI4 A;  3Q70 A;  3UF3 A;  2RKG A;  2FIV A;  2QZX A;  5P7J A;  5KR8 A;  3OQF A;  2RKF A;  4OBZ A;  2I4U A;  5P8D A;  4XX3 A;  5P5I A;  1SIV A;  3UFN A;  5JOD A;  1D4S A;  3SPK A;  3LPI A;  4KE1 A;  4YD6 A;  5P7I A;  3URJ A;  2BPV A;  2NPH A;  5P74 A;  5P7U A;  3OUA A;  4Y56 A;  5P8H A;  1W51 A;  4Q1X A;  1C6X A;  2IQG A;  4JPC A;  4FRJ A;  1W50 A;  4M8X A;  1ODW A;  5P4E A;  1OEX A;  1PPM E;  5P42 A;  5P3U A;  4RGH A;  1IVP A;  3GW5 A;  5P5R A;  3SFC A;  3H0B A;  1WBM A;  3S45 A;  4PPH A;  1CMS A;  1EC3 A;  5OZN A;  5OZZ A;  5P4W A;  3ZKQ A;  2HM1 A;  3WB5 A;  3U6A A;  5P3O A;  5P5B A;  4Y45 A;  3O9L B;  1E81 E;  3K5C A;  3R4B A;  2ZGA A;  4UPJ A;  3NWQ A;  5OYR A;  3NLS A;  1EPM E;  1T6G A;  3VFA A;  3S7M A;  3FNS A;  5P0N A;  5P4N A;  3UQR A;  1T3R A;  3LIZ A;  4XX4 A;  1GNM A;  4Z22 A;  5P6O A;  1K1T A;  1EED P;  3FNT A;  4B05 A;  1KJ4 A;  3HD8 A;  4HDP A;  3R0W A;  1SP5 A;  2OAH A;  3DK1 A;  2PYM A;  4J0V A;  4OD9 B;  1OHR A; 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 2REN A;  1W6H A;  3QP0 A;  3GI0 A;  5P32 A;  5P8O A;  4FRK A;  3PSG A;  2RSP A;  3PI0 A;  5P7R A;  2O4K A;  3L5B A;  4RVJ A;  4Y58 A;  2UY0 A;  5P4X A;  5OZH A;  1B6P A;  3MXE A;  5P1U A;  2QNN A;  5OZ5 A;  2R38 A;  1SME A;  3PCW A;  5E5K A;  5OZV A;  3WZ7 A;  2FS4 A;  2QI5 A;  3PMU A;  5DR8 A;  5P1Q A;  4EHC A;  5HU0 A;  4GJ5 A;  2CEJ A;  5P25 A;  3D3T A;  4Z4X A;  1QBT A;  4Q1W A;  4DJW A;  4Y3G A;  5P50 A;  2WEZ A;  3UPJ A;  1T7I A;  5P8T A;  1MIQ A;  4Y4X A;  4LC7 A;  4HVP A;  3KN0 A;  1HXB A;  2WKZ A;  5OYV A;  1J71 A;  5P79 A;  2WJO A;  4Y5L A;  4LAP A;  3SA6 A;  3CMS A;  2AOD A;  5P01 A;  2PMA A;  1HSH A;  4OBF A;  5P5F A;  1HPV A;  1BWA A;  5IE1 A;  4Y4U A;  5P8C A;  3OWN A;  5P4K A;  3T3C A;  2G1S A;  3VV6 A;  1HVS A;  1K6T A;  3SKF A;  5AH8 A;  3OQD A;  4Z50 A;  5P1Z A;  3Q5H A;  1K6V A;  3OU1 A;  5KQF A;  3GGX A;  5P7C A;  4BEL A;  2BPW A;  5AH6 A;  1A94 A;  1EC2 A;  1GVW A;  1BDQ A;  4Y54 A;  4U7V A;  3IVI A;  5P29 A;  1GKT A;  2WF0 A;  4YDG A;  2JJJ A;  3LIN A;  3VEU A;  3FKT A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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