2R5PA

Crystal structure analysis of hiv-1 subtype c protease complexed with indinavir
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVSIKVGGQIKEALLDTGADDTVIEEIALPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEICGKKAIGTVLVGPTPVNIIGRNMLTQLGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title The Contribution of Naturally Occurring Polymorphisms in Altering the Biochemical and Structural Characteristics of HIV-1 Subtype C Protease
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords Protease
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2007-09-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2r5pA00
2XYEA 5P1HA 9HVPA 3LHGA 1ZBGA 2VJ7A 3PLDA 3UQXA 5P1UA 1UH7A 5P6RA 5OZIA 5P0BA 2SAMA 1APUE 3TTPA 1E81E 1IZHA 2VNNA 2PC0A 3OU1A 5P54A 2P3AA 1TZSA 1SDUA 4Y4GA 2QI3A 2OF0A 2I4UA 2G27A 3FIVA 3BHEA 1XE5A 5P22A 1QBUA 5P6YA 3UDKA 1J71A 3PCZA 3L5FA 2HPEA 5P25A 5P6CA 2OHKA 5P5HA 4AA9A 1MUIA 5P11A 1HTGA 2ZE1A 4OBFA 3N4LA 4YHQA 1ZSFA 1FFIC 3T7XA 2IKOA 2H6TA 4XKXA 1SDTA 3UDYA 1PROA 4S1GA 1AIDA 2FXDA 4R93A 2ZHRA 2OHUA 5P0QA 5P4UA 5OZVA 4KE0A 5P3MA 3A2OA 4ZPEA 2PQZA 5OZHA 4YDFA 5P4DA 5P60A 5P13A 3VYEA 1HTEA 2QK5A 5KQZA 2G26A 5P67A 5P8PA 5P20A 2QD7A 5P3QA 5P5OA 3WB5A 2JJIA 3UDHA 4DFGA 1FQ8A 1K1UA 3EKQA 2NMZA 3TLHA 5P61A 3RU1A 5HTZA 5P57A 1AXAA 2V00A 5P0VA 5P4IA 2QMFA 3FX5A 3FV3A 5OZ1A 1AJVA 2P3DA 1GVXA 3PI5A 3EL1A 5OYRA 5P18A 4ZSPA 4GJCA 5P4CA 1LF3A 3PSYA 5AH6A 3TOHA 4H3GA 1K1TA 3ER3E 3SA5A 3S7LA 1YX9A 1HBVA 2OHNA 4FGXA 1EBWA 4OBDA 3T3CA 4Y3LA 4Y3FA 2PYNA 3L5DA 2F81A 4DJPA 4FRJA 5P2DA 2ZJIA 3FKTA 5OZZA 5P3AA 2ZYEA 2O4PA 5P45A 4X2LA 2VJ9A 1QBRA 5OZ2A 4DVFA 3VFBA 1PPLE 3SQFA 5P0ZA 5P3XA 2QMDA 3BC4A 5DQ1A 3RTNA 3INDA 1CMSA 5COPA 4DUSA 1LYWB 4I0ZA 3ST5A 5AH9A 3BVBA 4ZPFA 4FRSA 5OYXA 3INFA 5F01A 1HIIA 4L1AA 3PGIA 2ZHVA 3INHA 3EM3A 5P4BA 5P5DA 5COKA 3ZKSA 2VS2A 3OTSA 1FF0C 4Y3NA 4CKUA 4JECA 5P5KA 5P70A 5KR0A 5KQFA 4RRNA 4QJ6A 1T7JA 1MRWA 5P6MA 3O99A 1B6PA 3SA6A 2BB9A 5C9DA 5JFPA 3OXXA 3G72A 3UCBA 4Y4ZA 1IVQA 1HXWA 1FQ4A 3SACA 1EC2A 2IKUA 1OD1A 3KN0A 2A4FA 3LPJA 4Y36A 5P24A 1CPIA 1SDVA 2B7FA 5CONA 5P2UA 2AQUA 5P6XA 3OQDA 5OZ0A 5P2OA 5P5TA 4Y4DA 3URLA 5P0LA 5OZMA 5P3EA 4GB2A 5OZLA 3OK9A 2AOJA 4B1EA 3KF0A 1D4HA 3QBFA 4CPXA 5P58A 4B00A 3APRE 5P7UA 4M8XA 5HDXA 5P8QA 5P5JA 4Y3EA 4U7VA 5P6PA 5P4WA 4LC7A 4YBIA 1E82E 1SH9A 4COEA 4WY6A 3KFNA 5FIVA 5OZ3A 5P85A 5P32A 1M43A 3FNUA 4NPUA 2VIZA 3VLBA 1KZKA 3L59A 5P00A 4TRYA 5P3RA 2G1NA 4Y39A 3OXVA 4ZSQA 2BPYA 1DPJA 3CKRA 1BWBA 4F74A 4GMIA 2OHLA 3O9DA 1BDLA 5P3FA 4OBJA 3BGBA 5P5NA 3S54A 2ER9E 2Z4OA 4BFDA 8HVPA 4EJ8A 2HM1A 1PSNA 4J1CA 4Y51A 5P7DA 2V10C 1BV9A 2I4WA 2V11C 2MIPA 5P2LA 1MERA 3L3AA 1YTIA 5C9FA 5P5PA 4J5JA 2O4SA 5EZZA 4Q1YA 4CMSA 2ASIA 3OGPA 4Y58A 5P6LA 1FEJC 5P1QA 3R1GB 1B6MA 5P65A 4DJWA 5P1VA 4UPJA 5P6UA 3Q6YA 2AZ8A 4WTUA 5P4RA 2QI6A 1MRXA 4X7IA 3QRSA 5P3ZA 1B6LA 5P5MA 5AHCA 3LITA 3PCWA 4I1CA 5P5AA 2XFIA 3QVCA 4Y4JA 3SA4A 3CYWA 3EKVA 4J0PA 3VSWA 2QNQA 4KUPA 5HE7A 3RTMA 4CPRA 5P3HA 5OZNA 2IL2A 5P3NA 3B80A 5P1BA 1Z1HA 2OHSA 5P4KA 5P83A 4GJ5A 1FMXA 4J0TA 4Q5MA 1KJ7A 4Y45A 3NYGA 5P7AA 4KE1A 4EP3A 1B5FA 3PVKA 1BXOA 2FGVA 4M8YA 5OZ8A 4HLAA 1BVGA 3PRSA 4Y4BA 5P4HA 4GYEA 3VV6A 2PSVA 2QNPA 3PHVA 4Y3GA 1SIVA 2OHTA 5TOLA 1HEGE 4MC6A 4E43A 4Y44A 1K2BA 4HZTA 3URIA 1HOSA 2AOHA 2WL0A 5P5VA 5P3UA 3QS1A 5P8AA 2VA7A 3K4VC 5P7NA 3VFAA 5P41A 5P26A 1ODWA 1HVSA 2BPXA 4NJUA 4ZLSA 4DJQA 5P49A 5OZDA 3S2OA 1BBSA 2HPFA 4GJBA 5P63A 1HPOA 1DIFA 4FIVA 3QIHA 1IBQA 3KDBA 5P0EA 4GIDA 5P33A 5I3WA 1HXBA 4APEA 2B7ZA 5P1KA 2FNSA 3S53A 1G2KA 2Q55A 5P3SA 4EHCA 4XX3A 4QJ9A 2QI1A 4Y54A 4K9HA 2G94A 4FS4A 5P8FA 1Z1RA 4YA8A 5P8BA 3JW2A 3C9XA 5HD0A 4YE3A 5P6WA 2HS1A 2BPWA 1B11A 1CZIE 3TKWA 4LXMA 4J55A 5P8DA 3HVPA 4PEPA 5P8IA 3SA9A 4Y3XA 4DJRA 3O9LA 3LINA 3D1ZA 2P8HA 5OYWA 1EC0A 3GGAA 1A9MA 3LZVA 4OBGA 2QCIA 5IS4A 2UPJA 3OUDB 1EC3A 3EL0A 5P5XA 3TPRA 1BXQA 3WZ8A 5P5BA 5P7GA 4NJSA 5P0DA 2QZKA 1BWAA 5P5UA 1HSGA 3VG1A 3H5BA 3UQUA 4IVSA 4B78A 3MSKA 5DQCA 4Y4XA 5I3XA 1XS7D 3N3IA 3UQPA 5P4OA 2UXZA 4I0FA 5P80A 3KMXA 1W5VA 2A1EA 3Q3TA 1LYBA 3KDCA 4EYRA 1EPPE 2QU2A 5BS4A 3ZKXA 4Y47A 3MSJA 5P27A 3K5CA 3SFCA 3RVIA 3NUJA 4NKKA 5P2RA 3WB4A 3UDNA 4QGIA 4GJ8A 3IXJA 4D89A 2VA5A 1XN3A 1XL2A 5P0AA 4RYGA 1YM2A 2Q64A 2QZWA 5P53A 1WBKA 1DP5A 2V16C 2VA6A 1OEWA 3UDJA 1HRNA 3VLAA 2NXDA 3VSXA 5DQ2A 3EXOA 4Y48A 1LYAA 1T7KA 3CICA 4HDPA 5P6VA 1PSOE 2VNMA 3NWXA 1HTRB 4BEKA 3I7EA 4DJOA 3CMSA 5P1CA 5P5YA 5KOSA 3VF5A 3NDTA 1HVIA 1D4JA 5P4MA 1OEXA 1TSUA 5P8SA 4B77A 2UY0A 5P6KA 2Q15A 1TW7A 3O9FA 3PEPA 1W5XA 2I4QA 2FGUA 2WEBA 2BBBA 4AZYA 5P7BA 5P7RA 5P2NA 1QDMA 1W50A 3IGBA 5P52A 2PSUA 4B0QA 4ZEAA 5P0NA 2NNKA 5IVQA 5P5RA 1FMBA 5P4YA 3D91A 3TKGA 4DPIA 1UH9A 1YM4A 3NWQA 1FFFC 4GJDA 1IZEA 1K6VA 1HPVA 4U8WA 3OADA 1IDAA 2BQVA 1A8GA 1MT9A 5ER1E 1MSNA 1WBMA 3EL5A 4TVHA 3KM4A 2O40A 2FDPA 5P66A 5P8EA 3L38A 5P0XA 5P2XA 3BXSA 5P6TA 4ZIPA 5OZTA 3TL9A 1IDBA 1M4HA 5KR8A 4L6BA 2R43A 4YD6A 5P75A 4DQCA 1HVKA 5OZRA 4LHHA 4YCYA 3B7VA 2B60A 5P1AA 3SM2A 2V13A 4GJ7A 4DQFA 3O9AA 1FB7A 2APRA 3TPLA 1D4YA 5ENMA 5OYTA 4FAEA 5IVSA 5E5KA 5P6QA 4XX4A 5P78A 5P8RA 1T6GA 5P82A 5P38A 3QP0A 2F3KA 5OZFA 2AVQA 4OD9A 5OZGA 4H3IA 4BELA 2P4JA 4OBZA 4Z2ZA 3SPKA 5P7WA 2FIVA 5KR1A 5P6JA 4I10A 5OYSA 3DV1A 3HLOA 2RENA 4Y3QA 3CIDA 5P1YA 1MIQA 1B5FB 1AAQA 5P03A 4PYVA 3T6IA 3OQAA 3D20A 7HVPA 2OHMA 5P8OA 4NJTA 4OBKA 5P1SA 3S8IA 2IEOA 3BGCA 5OYVA 5P89A 4ER1E 2G1RA 3K5GA 3U71A 3DCKA 5HDUA 5JODA 1W5YA 2FDDA 3KFRA 4EXGA 5PEPA 1VIKA 5P15A 2J9JA 5P8UA 4Y6MA 1IZDA 5OZPA 3OTYA 3ZKIA 2OHRA 1F7AA 3BRAA 1VIJA 1W51A 3UF3A 4JP9A 3D1YA 2WEAA 5E5JA 2I4XA 3PI0A 4F73A 2RKGA 3EKYA 2Z54A 2F80A 4KB9A 2R5PA 1ZSRA 4ZPGA 3T7PA 1JLDA 5P2EA 3UDQA 4FM7A 5ISKA 4D83A 4YD7A 3OAGB 5P1IA 3TH9A 3ZKNA 1ODYA 1BAIA 3BUGA 3DUYA 3OUBA 5P3CA 3PSUA 1EPQE 4FCOA 4WY1A 4MC2A 2JXRA 4R5NA 3PMYA 2WHHA 1GVWA 5P07A 4Q1XA 1SP5A 5P8JA 4Y3RA 5P7MA 3UHLA 4B05A 5P2BA 5P6DA 2WF4A 4HA5A 4K8SA 3R0WA 1E5OE 3OXCA 1XE6A 3I25A 1K6CA 2WEZA 2P3CA 5P59A 5P3LA 5P3TA 5ER2E 3OU4B 4IVTA 1KJFA 5P05A 4FM8A 1IZIA 2NR6A 2QAKA 2B42A 4Y5KA 2IENA 2Q11A 5P1DA 2Q63A 3DJKA 3RSVA 2AIDA 5P77A 4APRE 3NU5A 2ANLA 1MEUA 3IA9A 5P8CA 5P55A 1EPRE 3EM4A 3IXOA 5OYQA 4CPQA 1HPXA 4RLDA 4I0DA 5BRYA 5AH7A 5P4SA 3EKXA 5ENKA 2PWRA 1LV1A 4Y9WA 5P4NA 3S43A 3K4VA 2AOEA 3U7SA 3ZKGA 2IQGA 4J1FA 3IAWA 5I70A 3TNEA 4PZWA 4Y3YA 2I0AA 2VIEA 4Z4XA 5P7QA 3UQRA 4A4QA 2RKFA 2WECA 1K2CA 3L5CA 5P2HA 1HPSA 1Q9PA 2J9KA 5P5FA 5P2YA 3S56A 4CPUA 1B6KA 4FRKA 3NUOA 2NTRA 1XDHA 5AGZA 3LIZA 3AUPA 5JFUA 5DR0A 5P7EA 2O4LA 4K4RA 5P16A 3OQKA 3DOXA 3NDWA 1ZLFA 4ZSRA 1K6PA 1Z8CA 3GI5A 3O9GA 4PPHA 5P0KA 2PH8A 2G24A 5P50A 2QU3A 4AMTA 5P8VA 3KFSA 1ODXA 4HEGA 5P1NA 3LPIA 2CEJA 3UDRA 1YTJA 3L5BA 2I4VA 3ZL7A 2PH6A 4FM6A 4Q1WA 5P7KA 3EMYA 3R0YA 3OU1B 1NPAA 2VIYA 4Y5BA 1EC1A 3NU6A 2JE4A 5P4XA 5DGWA 3KFPA 3URJA 5APRE 3HVGA 3K5FA 3PM4A 1NH0A 4Y4AA 3QPJA 2Q5KA 4R8YA 1DW6C 4EWOA 4Y5LA 3JVWA 1SGUA 5HDZA 1HEFE 5P0UA 1HVHA 1UH8A 3VF3A 3NDUA 1RQ9A 5P43A 3SAAA 3S7MA 2P3BA 2OHQA 6UPJA 3SA8A 4I11A 3UFLA 2AVSA 4Y56A 1MPPA 3PMUA 1A8KA 5OZCA 3MWSA 5P6EA 3TPPA 3HAWA 5P28A 4F75A 3S85A 3QI1A 4QLHA 4ER4E 5P71A 4RVXA 5P37A 7UPJA 3KMYA 2F3FA 3T11A 4RVJA 5C9BA 1OHRA 4RCEA 2ZJKA 2VJ6A 1RV7A 1BVEA 5P4JA 5P0RA 5P79A 4D8CA 3I8WA 1YG9A 5P29A 1G6LA 4OD9B 5P6OA 5P8GA 1EBKC 4OBZB 3MSLA 3QVIA 3G70A 5P1XA 2PK5A 3PWMA 5P3GA 3AIDA 1EPME 2EWYA 2ZJHA 4Z50A 1K6TA 4CPSA 5P3KA 1ZAPA 5OZEA 5P1OA 1ENTE 4NJVA 4B1CA 2WF2A 2NMYA 3LIQA 4A6BA 5I3VA 3GGUA 3LIVA 3RSXA 5P69A 1QS8A 1QRPE 5P02A 1C6ZA 1XL5A 1BDRA 4DQEA 5P6IA 5P06A 1FIVA 4J1HA 2J9JB 1BILA 2HB3A 4GJ9A 4I0EA 4DPFA 5DQ5A 2AOFA 5P0FA 4FSEA 3ER5E 2ER6E 2ZJJA 4EJDA 4J1IA 1GNNA 2ER0E 1C70A 3NLSA 2O4KA 5OZBA 3MXDA 2AVVA 5P72A 4L1AB 3U6AA 5P1EA 5P5ZA 4LP9A 5DGUA 1HHPA 4J54A 1HSHA 5P0HA 5P4FA 4RCDA 1RNEA 4QJAA 1KJ4A 3EL4A 1NPWA 4FLGA 4RYCA 2IGXA 1FKNA 2BJUA 3JVYA 3CIBA 3OWNA 3PSGA 2AVOA 3EL9A 4TRZA 3O9BA 3O9IA 5OZ9A 5P7CA 4YDGA 1GVTA 5P44A 3KT2A 1APTE 2QZLA 3UPJA 2B8LA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2XYE A;  5P1H A;  9HVP A;  3LHG A;  1ZBG A;  2VJ7 A;  3PLD A;  3UQX A;  5P1U A;  1UH7 A;  5P6R A;  5OZI A;  5P0B A;  2SAM A;  1APU E;  3TTP A;  1E81 E;  1IZH A;  2VNN A;  2PC0 A;  3OU1 A;  5P54 A;  2P3A A;  1TZS A;  1SDU A;  4Y4G A;  2QI3 A;  2OF0 A;  2I4U A;  2G27 A;  3FIV A;  3BHE A;  1XE5 A;  5P22 A;  1QBU A;  5P6Y A;  3UDK A;  1J71 A;  3PCZ A;  3L5F A;  2HPE A;  5P25 A;  5P6C A;  2OHK A;  5P5H A;  4AA9 A;  1MUI A;  5P11 A;  1HTG A;  2ZE1 A;  4OBF A;  3N4L A;  4YHQ A;  1ZSF A;  1FFI C;  3T7X A;  2IKO A;  2H6T A;  4XKX A;  1SDT A;  3UDY A;  1PRO A;  4S1G A;  1AID A;  2FXD A;  4R93 A;  2ZHR A;  2OHU A;  5P0Q A;  5P4U A;  5OZV A;  4KE0 A;  5P3M A;  3A2O A;  4ZPE A;  2PQZ A;  5OZH A;  4YDF A;  5P4D A;  5P60 A;  5P13 A;  3VYE A;  1HTE A;  2QK5 A;  5KQZ A;  2G26 A;  5P67 A;  5P8P A;  5P20 A;  2QD7 A;  5P3Q A;  5P5O A;  3WB5 A;  2JJI A;  3UDH A;  4DFG A;  1FQ8 A;  1K1U A;  3EKQ A;  2NMZ A;  3TLH A;  5P61 A;  3RU1 A;  5HTZ A;  5P57 A;  1AXA A;  2V00 A;  5P0V A;  5P4I A;  2QMF A;  3FX5 A;  3FV3 A; 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 4FIV A;  3QIH A;  1IBQ A;  3KDB A;  5P0E A;  4GID A;  5P33 A;  5I3W A;  1HXB A;  4APE A;  2B7Z A;  5P1K A;  2FNS A;  3S53 A;  1G2K A;  2Q55 A;  5P3S A;  4EHC A;  4XX3 A;  4QJ9 A;  2QI1 A;  4Y54 A;  4K9H A;  2G94 A;  4FS4 A;  5P8F A;  1Z1R A;  4YA8 A;  5P8B A;  3JW2 A;  3C9X A;  5HD0 A;  4YE3 A;  5P6W A;  2HS1 A;  2BPW A;  1B11 A;  1CZI E;  3TKW A;  4LXM A;  4J55 A;  5P8D A;  3HVP A;  4PEP A;  5P8I A;  3SA9 A;  4Y3X A;  4DJR A;  3O9L A;  3LIN A;  3D1Z A;  2P8H A;  5OYW A;  1EC0 A;  3GGA A;  1A9M A;  3LZV A;  4OBG A;  2QCI A;  5IS4 A;  2UPJ A;  3OUD B;  1EC3 A;  3EL0 A;  5P5X A;  3TPR A;  1BXQ A;  3WZ8 A;  5P5B A;  5P7G A;  4NJS A;  5P0D A;  2QZK A;  1BWA A;  5P5U A;  1HSG A;  3VG1 A;  3H5B A;  3UQU A;  4IVS A;  4B78 A;  3MSK A;  5DQC A;  4Y4X A;  5I3X A;  1XS7 D;  3N3I A;  3UQP A;  5P4O A;  2UXZ A;  4I0F A;  5P80 A;  3KMX A;  1W5V A;  2A1E A;  3Q3T A;  1LYB A;  3KDC A;  4EYR A;  1EPP E;  2QU2 A;  5BS4 A;  3ZKX A;  4Y47 A;  3MSJ A;  5P27 A;  3K5C A;  3SFC A;  3RVI A;  3NUJ A;  4NKK A;  5P2R A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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