2R5PA

Crystal structure analysis of hiv-1 subtype c protease complexed with indinavir
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVSIKVGGQIKEALLDTGADDTVIEEIALPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEICGKKAIGTVLVGPTPVNIIGRNMLTQLGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The Contribution of Naturally Occurring Polymorphisms in Altering the Biochemical and Structural Characteristics of HIV-1 Subtype C Protease
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2007-09-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2r5pA00
4Y58A 2OHRA 4Y4DA 5P63A 5KQZA 1C6ZA 2ZHVA 5P2TA 5P5AA 5P64A 5P0IA 4APRE 3PSUA 5OZ4A 1LYWB 3LZVA 3ZPSA 4CPQA 2XYEA 1BDLA 5P6QA 1WKRA 3R2FA 1T7JA 4HVPA 4PPHA 3SACA 2R5QA 1HIHA 4HE9A 5C9FA 5T4SA 5ISKA 3CKPA 5OZ1A 4OBDA 5DR1A 3L38A 5P2JA 5OZUA 3VFBA 5P8CA 5P6GA 5P2OA 3ST5A 4QJ9A 5DQ5A 2Q15A 3GI5A 1CZIE 2UY0A 2QMDA 3EL4A 4I10A 4I0JA 1IIQA 4ZLSA 1FQ8A 3NDTA 3T3CA 1HIIA 5OZBA 1UPJA 1FQ7A 4LP9A 5P16A 4Y53A 1MEUA 4KB9A 3EKWA 5DGWA 5P05A 1HXBA 1LV1A 5P4SA 5P4QA 1YM4A 5DQ2A 2AODA 5P01A 3PWMA 5P62A 3O9HA 3IA9A 3SAAA 5P71A 2JJIA 3CIBA 5P08A 4ACXA 7UPJA 3QVCA 3DM6A 5P3KA 3K5DA 1HTFA 5P8NA 1FQXA 4H1EA 3URJA 4RZ1A 4TVGA 1MT9A 1XS7D 1SMEA 3K5CA 4YD3A 1T3RA 1HHPA 4Y3SA 4FL8A 3VLBA 2PC0A 2V00A 4FRJA 3S7LA 3OOTA 1ME6A 1EBKC 3OOZA 5P7XA 4I1CA 2PMAA 4FCOA 4FIVA 5P0HA 5P2RA 2VIEA 2F3KA 2QNNA 4J0YA 4NKKA 4GJCA 4EP3A 4FRSA 5P41A 3SM1A 2JXRA 3PMYA 3HZCA 5P2KA 3VG1A 3NDUA 5P6EA 1GVTA 5AH8A 4DVFA 4Q1WA 4ER2E 4K8SA 1M0BA 5P29A 2UPJA 5KR0A 2WEBA 5P4YA 4Z22A 4B05A 3A2OA 4ZSRA 2BPXA 5P2ZA 1M4HA 3L59A 1BV9A 3OU4B 3VF5A 3DOXA 4DUSA 1EC1A 5P75A 3URIA 2FXEA 3DV1A 3ZKGA 2WKZA 5P3HA 5P4EA 5P65A 1MTBA 3B80A 5JFPA 4FAFA 4Y4JA 3SFCA 2O40A 5P0PA 5P32A 4EXGA 4YD4A 1UH8A 1YX9A 5P31A 4YD5A 3BVBA 5P74A 1B6LA 1HPVA 4J1HA 4DJQA 2P3DA 3NXEA 5P2IA 4AMTA 3O9GA 1YT9A 2ER0E 4GMIA 4Y3GA 1CMSA 1XN2A 2WF4A 5P1QA 3FKTA 3JVYA 2B8VA 1D4KA 4APEA 4AZYA 5P1SA 4BEKA 3MXEA 4Y54A 1EPPE 2G26A 5P5GA 1PPLE 5P4HA 1ER8E 1SIVA 5P56A 1WBMA 2CEMA 4J54A 1MRWA 2SAMA 4QJ7A 2Q11A 4JECA 5P2LA 1LYAB 5P5XA 5OZ6A 3IXKA 5P4JA 3LNKA 2AOFA 4NPTA 3ZKQA 2XFKA 3PVKA 4QJ6A 5OYUA 4GYEA 4CPRA 5P3XA 5AH9A 2QI4A 2BPZA 5P6KA 2G1NA 3T7QA 1YTHA 4YDGA 1FMBA 4H3JA 1FFIC 3UDYA 1IZIA 1XL5A 3FV3A 5IE1A 3MSKA 5P7OA 3UHLA 5P8FA 3UFLA 2ZYEA 1FB7A 4HDBA 5ENMA 3IVHA 3EC0A 4JPCA 4Y5EA 2FXDA 4Y3TA 3INEA 5P1UA 4L1AB 2WEDA 5P22A 5P09A 4I0IA 4ZPGA 3WZ7A 5P5HA 4RRSA 2IGYA 3PLLA 2IDWA 3EL1A 3SA9A 1QDMA 5OZDA 2QK5A 1Q9PA 3B7VA 2ZHUA 1EC0A 4GJDA 5P7PA 5P3PA 3CMSA 5P26A 2OAHA 5OYTA 2AZ9A 1K1UA 1A94A 4B0QA 2J9KA 5HCTA 4D88A 2HB3A 1YM2A 3KDBA 5P5RA 3INHA 5P0TA 5P85A 4Y47A 3SA3A 3TPLA 1EPQE 2QMFA 1B6PA 4GJAA 5P1EA 1APVE 4DJWA 5P3FA 4YE3A 4COEA 3Q5HA 3LIVA 3MWSA 4FSEA 1OEWA 2H6TA 3UDHA 2FMBA 3ER3E 4ZIPA 1D4JA 3RU1A 1E80E 4Y5NA 1HOSA 3KT5A 3IXJA 4Y3QA 1LF2A 1KJ7A 3FX5A 4AUCA 3OY4A 2NNKA 3NU3A 4DJUA 5P4GA 2NMZA 1HVHA 4R93A 1YTGA 1FEJC 1K6CA 5P4KA 3GGXA 3JVWA 5P0RA 4MC1A 5P86A 4TRWA 1ZTZA 5P0LA 5P27A 1SGUA 1UH7A 2H6SA 5OZ3A 5P6JA 2RSPA 5P48A 3EKVA 4ER1E 3BGBA 5P7GA 5P3EA 5JFUA 5P55A 4I0ZA 3CYWA 2VS2A 4Y3LA 5P5QA 3SPKA 4LXMA 1LYBA 5P0ZA 1AJXA 4I0DA 5P7LA 2Q5KA 2V10C 4LBTA 2BQVA 3AUPA 3KFSA 2NNPA 1FFFC 5E5JA 5P5NA 5P7HA 3ZOVA 2HS1A 1IVPA 3APRE 5P5EA 1HBVA 3PCZA 1LYAA 2I4WA 4GJ8A 4YBFA 2HAHA 2VA6A 5P8MA 5P0MA 2ZJHA 1BILA 1HSIA 5P0GA 5P34A 3WZ6A 5P5UA 3F9QA 2G1OA 4DPFA 3PBDA 5P30A 2VKMA 2HM1A 3BUFA 4Y3PA 4EYRA 4RVIA 1EBWA 1HIVA 1KJHA 3R4BA 1BWAA 3DUYA 5P4MA 4LAPA 3WB5A 1XE6A 1MT7A 4QJ2A 2AOEA 1KZKA 5OZFA 1RPIA 2P83A 2BJUA 3ZKMA 4Y3XA 4BELA 3PGIA 4LHHA 5AGZA 3D20A 4J1CA 3PJ6A 5SY2A 1G0VA 3INFA 4Y3JA 3QPJA 4B72A 1LZQA 3ER5E 3ZKIA 1BWBA 4RCDA 2VIJA 5P15A 5P2CA 2FDEA 3ZPTA 5P1FA 2QU3A 4L1AA 4XX3A 4Y51A 5P0XA 4IVTA 2MIPA 4HA5A 3UF3A 5SXNA 4Q1XA 4YD7A 1B5FB 3ZKNA 5P3SA 2VIYA 5P60A 2QI3A 5KR8A 4FSLA 3OU1B 4FM7A 1BDRA 3OK9A 1W5VA 4Y4XA 4TVHA 4CPUA 5P53A 2IQGA 4RVJA 4Y41A 3C9XA 3GGAA 2AVMA 3PWWA 6APRE 3EKYA 4FE6A 2QNPA 4L7GA 2B60A 3RVIA 4J0PA 1MTRA 3TNEA 2VJ7A 5OZMA 5P4WA 5KR2A 4B1EA 5OZXA 5P1CA 3EL9A 5P1WA 3IGBA 2O4NA 2PK5A 5DQ1A 2HB2A 5OZYA 3UDQA 3O9IA 5JG1A 3QROA 3BGCA 3PB5A 1K2CA 4E43A 3TH9A 3VEUA 5OZQA 5BS4A 3I8WA 2F3EA 3TOGA 5P6TA 3APPA 2B7ZA 1G2KA 3O9AA 5OYRA 3K4VA 2OHNA 5P0NA 2G1YA 4D85A 5P5FA 2WF1A 5P02A 5P7AA 5P6WA 4FRKA 3T11A 3OHHA 3EKXA 1HPSA 4YCTA 2V13A 5OYYA 4OBGA 1FQ6A 5DR0A 4WY6A 1E81E 2PQZA 3MXDA 3GGVA 4I0FA 3ZLQA 5P42A 3D91A 3Q4BA 5E5KA 2G22A 5P3JA 2B42A 3OQFA 5HD0A 6FIVA 5P77A 2Z54A 4OC6B 1EPRE 5IS4A 3UQWA 4QLHA 5AHBA 1BVEA 2QHZA 5P3OA 4FM6A 5ENKA 5P7NA 3SKGA 5P4TA 5P3IA 1ODWA 3NU6A 2ZE1A 1C70A 5HDZA 2VA5A 3BXRA 3SKFA 5P1LA 4Y5BA 2IKUA 2IEOA 2QMGA 3EKQA 5P7VA 5P2AA 5P0BA 5P7UA 1HEGE 5P03A 5P4XA 2Q55A 3OXXA 4Y3AA 5P4ZA 4EJLA 1IDBA 2I0AA 3O99A 2IENA 5P6CA 5P2BA 5P7FA 5OZNA 1APWE 5P4VA 5P8DA 2R43A 4MC2A 1BAIA 5DR7A 4B1DA 4GZFA 4D89A 5P52A 3R0YA 5P7WA 3N4LA 1B5FA 2R8NA 5P06A 1XDHA 3BC4A 3VF7A 5P43A 3U71A 3SLZA 2Q63A 2QZKA 1FMXA 1HTEA 2R5PA 4CPXA 2BPWA 1TQFA 5P8KA 5P8BA 1NPWA 5P3TA 3Q3TA 5DR4A 5OZ0A 2ZJNA 1EC3A 5P7CA 2ZHTA 4CP7A 5SY3A 5P8QA 2A1EA 2ER7E 5OZOA 3OQDA 5P6VA 3NU5A 5P67A 4EJDA 2QU2A 1MUIA 5OZAA 4M8XA 1NPAA 5OZ2A 1U8GA 2AVVA 3OUBA 4Z50A 3O9CA 3OTYA 5OZHA 3FNUA 4HDFA 4MC9A 5P7ZA 5EZZA 2QZLA 4Y6MA 3SA5A 4J0VA 5EZXA 5P7IA 4BFDA 1HVCA 1D4IA 1HRNA 1EPME 3HD8A 3NDXA 2B7FA 4OBJA 2I4VA 4F74A 3OUDB 4LC7A 4F75A 5P51A 4EQJA 1ZSFA 3SA7A 5P3ZA 3PI5A 2VNNA 2IKOA 2NXDA 1HVRA 2R9BA 5P4DA 3BVAA 4B00A 5P6HA 4J0TA 2F3FA 2NTRA 4DFGA 5HCOA 5IVSA 3DK1A 1JLDA 4Y4GA 2WL0A 5P7KA 3LINA 4J1EA 1KJGA 5P4LA 5P0SA 3VYFA 3O9FA 3UDMA 3CKTA 1DP5A 4Y48A 2Q3KA 3QS1A 4LXKA 4Y5GA 1DW6C 5P3VA 1AXAA 5P7RA 5OZ5A 4EQ0A 5OZJA 2QI5A 4H3FA 4YOBA 3OGQA 1SP5A 5OZWA 5P2HA 5P19A 5P5CA 1GVXA 5P5YA 5P18A 2BB9A 3HVPA 5P5JA 3QRSA 1LYWA 1MT8A 3TKGA 4AA9A 4XX4A 1MRXA 4K4PA 3S53A 3QI1A 5P88A 5P0VA 3IN4A 5DPZA 4J5JA 1MPPA 5P6NA 4X7IA 5OZRA 1SDUA 2IS0A 2QHCA 3PSYA 5P76A 3UQUA 5P2MA 3NXNA 3TPPA 5P2GA 3SA6A 4YBIA 3VLAA 3UQXA 5JODA 4J0ZA 5P1XA 5P6YA 5J25A 2VNMA 4JP9A 2I0DA 2I4DA 2XYFA 5P8IA 4CMSA 5HDUA 4N00A 2PYNA 4K4RA 3SABA 2PH8A 4PYVA 4Y4WA 5DQCA 1BV7A 3VV6A 1RQ9A 4FAEA 4OD9B 3HAUA 1Z1HA 3PSGA 3UFNA 3H5BA 4Y5MA 3CICA 2FDPA 5COOA 2QD6A 2NR6A 5OZ8A 5HDVA 1A8KA 2ER6E 2R38A 5AH7A 5P7TA 3K5FA 2QCIA 2FGUA 3EM6A 5P3YA 4B1CA 4B70A 5P2VA 5P4OA 1BVGA 1LS5A 4DJPA 3S2OA 2G94A 3BRAA 2NMYA 3ZKXA 3OXWA 1MESA 5P1TA 5P3UA 5P5VA 5P6DA 4Y4ZA 2JJJA 5P1ZA 4DQBA 4FS4A 5P2FA 4Y57A 1HTRB 5P70A 3OU3A 4HEGA 3OUDA 5P8AA 3OAGB 1EEDP 5P1KA 2AOJA 2O4LA 1KJ4A 4RCEA 2BBBA 2HPEA 4GJ5A 3DJKA 4Y39A 5FIVA 5P5BA 1TCXA 5P58A 4L7HA 4QJ8A 5P39A 4Q1NA 1FG8C 5P4UA 5P81A 1LF3A 2P3BB 3OU4A 3UQRA 3L3AA 4R92A 2PSGA 1GKTA 3OADB 5P25A 4CPSA 1EC2A 3UDNA 5P38A 2F8GA 5AHAA 5P40A 5P4BA 1DPJA 3KT2A 5P20A 7HVPA 2AIDA 2PSUA 3PCWA 3VCMA 3TKWA 4ZE6A 1AAQA 5HE4A 4QGIA 5P73A 5P37A 5HDXA 2AVQA 5P0FA 4F76A 4R95A 2OHLA 2FS4A 1SMRA 2OHUA 3QVIA 5KQYA 3QIHA 1NH0A 5P2DA 3OUCA 3SA4A 5P1MA 5P8VA 4Y4UA 3UDPA 5I3WA 3NYGA 3FIVA 2G27A 1ZAPA 3QAAA 3LPIA 2J9JB 3U6AA 1VIKA 3UDKA 4RCFA 5TOLA 3KFPA 2Z4OA 4Q1YA 5P5WA 5OYZA 1EPLE 3T7XA 5P6SA 4J17A 5P07A 4DJVA 3LHGA 1A30A 1T6GA 2QI0A 1F7AA 5P6OA 2UXZA 3OWNA 3UPJA 3L5FA 5C9DA 2APRA 1MVPA 3G70A 3UDJA 4H3IA 4NJTA 4XKXA 4Y3YA 3WSJA 4YD6A 2PYMA 3I7EA 3FSMA 1A9MA 4Y4TA 3M9FA 1EPOE 5P4PA 4QJAA 3QN8A 4OD9A 3URLA 3Q70A 4PZXA 2ZJMA 5KR1A 4OBFA 4CPTA 4DJXA 5ER2E 1QRPE 1HTGA 2PK6A 2AZ8A 3FNSA 4DQEA 2OHKA 1B6JA 5P7QA 5P5DA 2Q54A 3EBZA 4I0EA 1SIPA 2OHTA 5IVQA 3RSVA 2IGXA 2O4KA 2QP8A 4R8YA 4HLAA 2OF0A 5DR3A 2NXMA 1HSGA 2NPHA 3BXSA 2AOIA 4R91A 1PFZA 5KQFA 4Y5CA 3ZKSA 1PSOE 2FNTA 1IZHA 1ZSRA 4J1KA 2I4XA 2AOHA 4Y43A 5P23A 4EPJA 3HVGA 5P82A 3D1XA 3OXCA 1TW7A 3L5EA 3VV8A 4Y35A 4Y56A 2V11C 1CPIA 1DMPA 1UH9A 5SZ9A 3GI6A 3S45A 5KOSA 3IXOA 5BRYA 4J1FA 5P6FA 4EP2A 3CYXA 1W6IA 2PWRA 2P3BA 4Y4AA 5P14A 1BXQA 3UTLA 4YCYA 3KDCA 1LF4A 3O9LB 2V16C 5P6MA 2B8LA 1T6EX 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Y58 A;  2OHR A;  4Y4D A;  5P63 A;  5KQZ A;  1C6Z A;  2ZHV A;  5P2T A;  5P5A A;  5P64 A;  5P0I A;  4APR E;  3PSU A;  5OZ4 A;  1LYW B;  3LZV A;  3ZPS A;  4CPQ A;  2XYE A;  1BDL A;  5P6Q A;  1WKR A;  3R2F A;  1T7J A;  4HVP A;  4PPH A;  3SAC A;  2R5Q A;  1HIH A;  4HE9 A;  5C9F A;  5T4S A;  5ISK A;  3CKP A;  5OZ1 A;  4OBD A;  5DR1 A;  3L38 A;  5P2J A;  5OZU A;  3VFB A;  5P8C A;  5P6G A;  5P2O A;  3ST5 A;  4QJ9 A;  5DQ5 A;  2Q15 A;  3GI5 A;  1CZI E;  2UY0 A;  2QMD A;  3EL4 A;  4I10 A;  4I0J A;  1IIQ A;  4ZLS A;  1FQ8 A;  3NDT A;  3T3C A;  1HII A;  5OZB A;  1UPJ A;  1FQ7 A;  4LP9 A;  5P16 A;  4Y53 A;  1MEU A;  4KB9 A;  3EKW A;  5DGW A;  5P05 A;  1HXB A;  1LV1 A;  5P4S A;  5P4Q A;  1YM4 A;  5DQ2 A;  2AOD A;  5P01 A;  3PWM A;  5P62 A;  3O9H A;  3IA9 A;  3SAA A;  5P71 A;  2JJI A;  3CIB A;  5P08 A;  4ACX A;  7UPJ A;  3QVC A;  3DM6 A;  5P3K A;  3K5D A;  1HTF A;  5P8N A;  1FQX A;  4H1E A;  3URJ A;  4RZ1 A;  4TVG A;  1MT9 A;  1XS7 D;  1SME A;  3K5C A;  4YD3 A;  1T3R A;  1HHP A;  4Y3S A;  4FL8 A;  3VLB A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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