2R5QA

Crystal structure analysis of hiv-1 subtype c protease complexed with nelfinavir
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVSIKVGGQIKEALLDTGADDTVIEEIALPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEICGKKAIGTVLVGPTPVNIIGRNMLTQLGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title The Contribution of Naturally Occurring Polymorphisms in Altering the Biochemical and Structural Characteristics of HIV-1 Subtype C Protease
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2007-09-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2r5qA00
1XS7D 5P8NA 2PH6A 2QP8A 2R43A 3LIVA 1NH0A 2IKOA 5OZYA 4PYVA 4AA9A 2OHKA 5P3HA 5P5PA 2NTRA 1AXAA 4RVJA 1KZKA 5P2FA 4RVIA 5OZWA 1HRNA 4HA5A 4RRNA 5P3XA 2ZHVA 3VFBA 1UH8A 5P6NA 5P3QA 4ER4E 2NR6A 1YTHA 2PH8A 2PK5A 1HPSA 4A6CA 5P0FA 4Y3FA 5P74A 4J1HA 4R95A 3KDCA 5P75A 2V12C 4GZFA 7HVPA 2O4NA 1ZP8A 5P4DA 1YTIA 5P0AA 1FB7A 2QMDA 2SAMA 1T7KA 3VUCA 5P73A 5P39A 1T3RA 1HIHA 3NU9A 1PSAA 3UQWA 5IE1A 1SIVA 3EKVA 5P6SA 1B6MA 4Y53A 2NMZA 1SDTA 3BHEA 6FIVA 1KJGA 1IVPA 2G27A 3FNUA 4Y5EA 2QZLA 2RKFA 3T6IA 3ZMGA 3IA9A 4Y3RA 1BDLA 4J1IA 1HEGE 3CICA 2VIZA 5P4CA 2VA6A 2FDDA 2AVMA 3NSHA 5P0VA 5P5JA 4FGXA 1MSNA 3EXOA 4I12A 5P1TA 5JODA 1D4IA 5SXNA 2NNPA 4XKXA 5P57A 3FKTA 3I25A 2ZHTA 3S7LA 5P6OA 1OHRA 1N49A 3G72A 5P0WA 5P0IA 5P5CA 6APRE 5P8QA 1MT7A 1W51A 1ZTZA 5P56A 4RYGA 4X2LA 5DR1A 3CKPA 3WZ7A 4ACUA 5P54A 2G20A 4N00A 5OZUA 5OZ7A 4OBDA 5P7CA 5P58A 1HEFE 1RPIA 4YOAA 6UPJA 3D1YA 3IXJA 3S85A 5P16A 4Y51A 5P48A 5P5ZA 5P0JA 1AJVA 2WJOA 2QD7A 1HTFA 5UPJA 3K5CA 5P5NA 3OADB 3WSJA 2I4DA 5P0KA 5P3NA 5P7AA 5ISJA 1FQ4A 5DR8A 5P5FA 5SZ9A 4YD4A 3INFA 5P1RA 3OTSA 3EBZA 5P7VA 1A94A 2Q5KA 3KDDA 1KJ7A 4Y35A 5P64A 2G21A 3R0YA 3PHVA 3UHLA 3KT5A 2ZJJA 1NPWA 3TPLA 3PMUA 3Q70A 4Y3NA 5OYRA 5P6ZA 1FQ6A 5P08A 4WY6A 5P70A 2JXRA 3UDJA 4D85A 2AVSA 1EC2A 5P1HA 5P7WA 3ZKSA 1FEJC 2VJ7A 3OXXA 3O9FA 5P1MA 2OHQA 3ZLQA 2VJ9A 4NJVA 3GI6A 4OBKA 4NJTA 5P2UA 5OZCA 3EKPA 4Y41A 2JYSA 5JFPA 3OGQA 5OYYA 2QK5A 3HVGA 5HCOA 1TSUA 3EKXA 4K4RA 3HZCA 5I3YA 3DM6A 3SA5A 3OAGB 3D1XA 5I3VA 4HDBA 1MSMA 3VF5A 1LYWA 3PBDA 5P1FA 4KE0A 1DAZC 2I0DA 1ME6A 2R3TA 1QRPE 5P4FA 2AZ8A 2IENA 1K6TA 3PM4A 3A2OA 5C9FA 2UXZA 3INDA 4GJ7A 4D83A 4K8SA 4FM6A 5OYXA 1MRXA 3ZKMA 3GW5A 4PPHA 3LIXA 2J9KA 5OZIA 5P4ZA 4FCOA 5HCTA 3QBHA 5P6VA 3ER5E 3U71A 2NXMA 4Y3ZA 5AHBA 3SPKA 4ZPFA 3L5FA 5CLMA 5HDXA 2QU2A 2QD6A 5P20A 5P0DA 2OHMA 5P50A 1GVVA 2XFKA 2AVVA 2NXDA 2ZJHA 4LC7A 3EL5A 4M8XA 3CYWA 1GVWA 1FF0C 5OZ6A 2P8HA 3KMXA 5COPA 5P02A 2V10C 3NDUA 1B6KA 5P3IA 1T7IA 3K5DA 1MT8A 4EWOA 4I0ZA 5P04A 1M43A 3FV3A 5P28A 2Q54A 3DV1A 2NNKA 4OC6B 5P4JA 5P7JA 2HIZA 5P0EA 4Y5LA 4QJ9A 1LF4A 1WBMA 5OZDA 5P8BA 1SMEA 3NUJA 5P25A 2JJJA 1IZIA 5P53A 4FSLA 5P15A 3QRVA 1TSQA 4LXMA 4Y3SA 1EPPE 3CMSA 3S53A 3MSKA 2ER7E 3G70A 3VSXA 5P76A 4DJUA 3VLBA 4EYRA 2P83A 4XX3A 2FLEA 1LYAB 5P5XA 5P4PA 2G69A 3INEA 4EJDA 4Y43A 5JG1A 4CPXA 1XN3A 2AQUA 2HS1A 1FGCC 5P3WA 3L5EA 4DJPA 3BGCA 3UFNA 4CMSA 1LYBA 3T3CA 2Q3KA 2FDPA 5P7QA 2BKSA 1BWBA 2BB9A 4KB9A 5DQ5A 2WEAA 2Z4OA 5P1NA 3NR6A 2AOGA 5P4GA 5P52A 3APPA 1YM4A 2P3DA 3HBOA 5P3TA 3QPJA 5DQCA 5P0QA 4F75A 5P4IA 1PPKE 2NPHA 2CEMA 5P1LA 2AZCA 5P0TA 1EC0A 3VYFA 3EMYA 2B7ZA 3DOXA 2ZJNA 2AOJA 4FSEA 5P2SA 2ZJMA 5P09A 2Q64A 4J0YA 1A8GA 3S54A 2AOCA 1LS5A 5P78A 5P3RA 3VV8A 2OHUA 4GJ5A 3TOFA 3SA3A 4B00A 5P7SA 3VYDA 2OHPA 4MC9A 1IDAA 4Y36A 4FIVA 4LL3A 5P7MA 3JW2A 4FS4A 3PEPA 1ZJ7A 2XFJA 3OADA 5OZHA 3AIDA 1UPJA 3QAAA 5OZQA 3K4VC 5IS4A 5P6QA 3ZKGA 3MWSA 1D4LA 3I7EA 4YD5A 1GNNA 1ZLFA 2V0ZC 3OQFA 4ZIPA 4Y54A 2HAHA 4I1CA 1APTE 4EQJA 4YBIA 3GI4A 3RTMA 4XXSA 5P2WA 1MIQA 3SO9A 2XYEA 3QROA 5P44A 3R0WA 1TQFA 1DMPA 5P8UA 1MPPA 2EWYA 4AZYA 1OEXA 3EL4A 4HE9A 5P40A 2G1RA 4J1EA 5P60A 1LF2A 5P49A 5P69A 5P27A 4ZSQA 2BPVA 1PSNA 1HSIA 4EXGA 1LEEA 2PSGA 3ZPUA 5P6IA 5HU0A 5KOQA 4FM7A 3OQDA 5DQ4A 3BXRA 1APVE 4Y3DA 2QMPA 2FXDA 2QI7A 5OZFA 3D3TA 4YBFA 5P2MA 3QBFA 2VIEA 1PSOE 4RCDA 4ER1E 2FMBA 5P19A 1K6VA 2UY0A 1E82E 5P5AA 4FAEA 5OZ9A 3KF0A 4Y3XA 3OUDB 2R9BA 3EKTA 5HDVA 5P5LA 2P3AA 4R93A 3JVWA 3SLZA 5P6XA 5P4UA 2AODA 2CENA 5P46A 1G2KA 4JPCA 5P5MA 4DJVA 5P5GA 3SM1A 4L7JA 1DW6C 2QZXA 3WB5A 1B6LA 1UH7A 2IDWA 3SA7A 3SA4A 2PK6A 4Y3GA 3QI1A 5P2XA 1PFZA 4DFGA 4Y50A 5KQXA 5P33A 4DVFA 3HDKA 4Y44A 4TRZA 5P7KA 1FQ5A 2PQZA 3PMYA 1RNEA 3L3AA 2QZWA 4Q1NA 4B1CA 4COEA 3L5BA 5P66A 1W50A 1NPAA 4CPRA 5P5KA 3NU5A 5P4KA 3UDNA 1BIMA 5P6DA 5ENKA 3BUGA 4YD7A 5P03A 1D4YA 4L1AB 5P6BA 5F00A 3UDKA 3H5BA 1B5FA 4Y48A 2IGXA 2FS4A 4Y4JA 4K9HA 4ZPEA 2AOFA 1WKRA 3LZYA 5P8LA 5P68A 5P7XA 5P7LA 5E5JA 3Q3TA 1HTGA 2RSPA 2O4SA 5P1JA 3LNKA 1CZIE 4EJLA 3H0BA 1D4SA 4YHQA 5P1CA 5P2ZA 5DR4A 1YT9A 4Y39A 3UCBA 3QRSA 5P1UA 3PSGA 3UDYA 3VEUA 2CEJA 3OGPA 3B7VA 3FNSA 2HPEA 3LIYA 4Q1YA 2R5QA 3GGAA 5P77A 5P2GA 2I4WA 1IIQA 4J0VA 5AH7A 2Z54A 1T6GA 5P7IA 3INHA 4CPUA 5P6RA 3HAUA 1EC1A 1AAQA 5P23A 1SDUA 2F80A 2QI5A 2NMYA 5P88A 1HSGA 5P72A 1EPNE 4YDGA 2IL2A 5HDUA 5P0HA 5EZXA 2R8NA 3ZPSA 4YE3A 3PSYA 5DQ2A 1LF3A 5P6HA 4RCFA 2QI1A 5P85A 4ZE6A 5P89A 2ASIA 5P1YA 2I0AA 5AH6A 4FRSA 3D1ZA 5P01A 5APRE 5OZEA 5P5QA 3BXSA 1BILA 3L5CA 3OUBA 4BFBA 3SA9A 5P7HA 4R92A 2IEOA 3ZPTA 2VNMA 5P35A 5P47A 1EPME 1SBGA 1BDQA 4Y5AA 5P3FA 5OYVA 2PSUA 1DP5A 4Y5CA 4OD9B 5I3XA 3OTYA 4Y57A 3TTPA 3CYXA 3IAWA 2ZJIA 1MUIA 1ER8E 4I0GA 4MC6A 1EBZA 3OUCA 2QZKA 4Y3MA 1XN2A 4DPFA 3SKFA 5OZNA 5SY3A 3K5FA 3EKWA 5P07A 3NDWA 4J0PA 1FIVA 3NWXA 3LHGA 2AVOA 2P3CA 2WKZA 1FLHA 2BPXA 3BRAA 1HHPA 2VNNA 2NXLA 5P4SA 4NPUA 4DPIA 3L38A 2ZGAA 5P0PA 2P3BB 4OBZB 3PGIA 3LZVA 1BWAA 5P7RA 1IZDA 5P1ZA 5P8EA 2QAKA 1HVRA 3K1WA 1EEDP 4B05A 4GYEA 2BPWA 3URLA 1W5WA 4L7GA 2BPYA 4DQEA 3IVHA 4LHHA 3QRMA 5P0LA 5P2CA 5P3EA 5P4HA 5P71A 1SDVA 5P6KA 2VA5A 5HDZA 1CPIA 5P0CA 5P61A 4Y3WA 3IGBA 2G1NA 4BFDA 4NJUA 3RU1A 4APRE 1HXBA 2R3WA 1FKNA 3NDTA 2IQGA 1AVFA 2ER0E 3HW1A 3R1GB 3RSXA 1ENTE 3NXEA 3S2OA 4H3IA 5P18A 3VF7A 3BGBA 5C9BA 3SQFA 2G1YA 4Y6MA 4Y3PA 4CKUA 1BV9A 4PEPA 3OU1B 1T6EX 4Y5PA 5P24A 4CPSA 1BXOA 5P0UA 3S7MA 3OU4B 4EJ8A 5P4NA 1HPVA 5P3JA 5P82A 4ZSMA 5P2EA 4ZSPA 3NYGA 5P4RA 1RL8A 5P5TA 3FNTA 3IN3A 5DGWA 5OZJA 3K4VA 3KM4A 5KR8A 2VA7A 3G6ZA 5P05A 2I4UA 4HDPA 3PJ6A 2QMGA 4R5NA 5OYTA 3KFPA 3F9QA 5OYQA 3CKRA 3ZKNA 3OY4A 4R91A 5P2VA 1Z1RA 3NU4A 5P1OA 4QLHA 1GVXA 4YCYA 4AMTA 1W5VA 3OXCA 3HD8A 3TPPA 3SM2A 3UQRA 4FRJA 3S45A 5P6JA 5P4MA 5OZ8A 3PI0A 1WBKA 5EZZA 5DR3A 5P8AA 4J1FA 1HVIA 2PC0A 4J55A 4APEA 5P1KA 5IVSA 4Y3QA 1LV1A 1LZQA 5P0SA 5P3ZA 1HTRB 4Z4XA 3BUHA 2J9JB 3GGUA 4GMIA 4TVHA 5OZ1A 1MERA 5DR7A 5HE5A 4J5JA 5KQZA 5P1AA 5OZ0A 3KFSA 3O9AA 5PEPA 3PVKA 2WL0A 3QP0A 5P7EA 4ACXA 4MC1A 4Q1WA 1BAIA 1ZBGA 3NWQA 4I11A 4Y4WA 1EPQE 1MESA 1PPLE 5P0OA 2O4KA 1FQ8A 2RKGA 4I0DA 5OYUA 5P7PA 2QHYA 4EXHA 3OXVA 4YDFA 5P3VA 4DJOA 1XE6A 1M4HA 4RRSA 4EJKA 2A1EA 5P0RA 3UDRA 3OHFA 1VIJA 4LBTA 2Q15A 2WEDA 3FSMA 1BDRA 5P8IA 2BPZA 5P8PA 3S43B 3KFNA 5P51A 4J1KA 3PRSA 2F3KA 2ZHUA 5KOSA 3EC0A 4OD9A 2G94A 4MC2A 3SFCA 4Y38A 5P8CA 5P13A 3GI0A 3LPIA 5HU1A 5P6LA 1YG9A 3NU3A 3UFLA 2FIVA 5P5UA 2HC0A 4JECA 1QBTA 4RZ1A 1HPOA 5P6AA 4J0ZA 3U6AA 1EC3A 1GVTA 4YCKA 2VS2A 3UDPA 2HM1A 4CP7A 2JE4A 4EP3A 3RVIA 4HDFA 5OZ3A 1HVKA 5C9DA 3SAAA 3BVBA 1HXWA 2WHHA 5I3WA 2AZ9A 1FG6C 4EHCA 2MIPA 5P7DA 4A4QA 3M9FA 5OZAA 3ST5A 5P34A 3FIVA 4DUSA 1ODWA 5P43A 1FMUA 2V16C 5P2NA 4Y37A 4AUCA 2BJUA 3URJA 3LPJA 2ZYEA 1GNMA 3O9CA 3SACA 4OBHA 3Q6YA 1E80E 4CPQA 1W5YA 4Y47A 3IXOA 1C6YA 3WZ6A 2H6SA 5P84A 3KYRA 5AH8A 5P1DA 1XE5A 4Y3TA 5P65A 1BVEA 1C6XA 5P2KA 4WY1A 5COOA 5KQFA 4JOOA 4Y4UA 5T4SA 2JJIA 2PWCA 2HS2A 2HPFA 5IVQA 3SKGA 5P30A 1TCXA 3KN0A 1B11A 3TOHA 3T7QA 4H1EA 2PSVA 1EPLE 1ZPKA 1W6HA 2ZJKA 5COKA 5OZKA 4GJBA 5P6MA 2QHZA 2WF4A 3EM4A 5DR0A 5P83A 5P8OA 4DJYA 5FIVA 3OU1A 1EPOE 1BV7A 2WF3A 3PWWA 5ER2E 3O99A 8HVPA 1XL5A 2WF0A 2ZHSA 4U7VA 4ZPGA 4NPTA 2PWRA 5P0ZA 3OXWA 5P8RA 2F8GA 2OHLA 3HLOA 5P1VA 3OAGA 2R38A 5P2LA 3VYEA 1J71A 4Y45A 4TRWA 5P3UA 1MEUA 4B70A 1G0VA 3EL0A 3OWNA 2HB4A 5P8KA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1XS7 D;  5P8N A;  2PH6 A;  2QP8 A;  2R43 A;  3LIV A;  1NH0 A;  2IKO A;  5OZY A;  4PYV A;  4AA9 A;  2OHK A;  5P3H A;  5P5P A;  2NTR A;  1AXA A;  4RVJ A;  1KZK A;  5P2F A;  4RVI A;  5OZW A;  1HRN A;  4HA5 A;  4RRN A;  5P3X A;  2ZHV A;  3VFB A;  1UH8 A;  5P6N A;  5P3Q A;  4ER4 E;  2NR6 A;  1YTH A;  2PH8 A;  2PK5 A;  1HPS A;  4A6C A;  5P0F A;  4Y3F A;  5P74 A;  4J1H A;  4R95 A;  3KDC A;  5P75 A;  2V12 C;  4GZF A;  7HVP A;  2O4N A;  1ZP8 A;  5P4D A;  1YTI A;  5P0A A;  1FB7 A;  2QMD A;  2SAM A;  1T7K A;  3VUC A;  5P73 A;  5P39 A;  1T3R A;  1HIH A;  3NU9 A;  1PSA A;  3UQW A;  5IE1 A;  1SIV A;  3EKV A;  5P6S A;  1B6M A;  4Y53 A;  2NMZ A;  1SDT A;  3BHE A;  6FIV A;  1KJG A;  1IVP A;  2G27 A;  3FNU A;  4Y5E A;  2QZL A;  2RKF A;  3T6I A;  3ZMG A;  3IA9 A;  4Y3R A;  1BDL A;  4J1I A;  1HEG E;  3CIC A;  2VIZ A;  5P4C A;  2VA6 A;  2FDD A;  2AVM A;  3NSH A;  5P0V A;  5P5J A;  4FGX A;  1MSN A;  3EXO A;  4I12 A;  5P1T A;  5JOD A;  1D4I A;  5SXN A;  2NNP A;  4XKX A;  5P57 A;  3FKT A;  3I25 A;  2ZHT A;  3S7L A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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