2UPJA

Hiv-1 protease complex with u100313 ([3-[[3-[cyclopropyl [4-hydroxy-2oxo-6-[1-(phenylmethyl)propyl]-2h-pyran-3-yl] methyl]phenyl]amino]-3-oxo-propyl]carbamic acid tert-butyl ester)
Total Genus 15
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure-based design of novel HIV protease inhibitors: carboxamide-containing 4-hydroxycoumarins and 4-hydroxy-2-pyrones as potent nonpeptidic inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase (acid protease)
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
total genus 15
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1996-03-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2upjA00
1MT9A 2H6TA 5I3VA 4PZWA 4CPUA 1EBWA 3NU9A 1HXWA 4Y5KA 4H1EA 4K4RA 1LYAB 3KFNA 4JECA 1VIJA 3INDA 2PMAA 3EM3A 2AOHA 4Y3AA 1FQ7A 2ER0E 5CLMA 3Q6YA 4MC1A 4J1FA 5P8QA 5P6ZA 5KQXA 4OD9B 3AUPA 5P24A 4QJ8A 5P0KA 3QRSA 4B72A 4DJPA 4IVTA 4Y4EA 5OZIA 2WJOA 3T7PA 3S85A 1IZEA 5P68A 3TTPA 5P2SA 4FGXA 3SKGA 5DQ4A 4DJOA 5P4MA 2P3BB 5P0TA 5P72A 4YOBA 1GNNA 3PCWA 5ER1E 2AODA 2HPFA 4Y35A 3EM6A 4D83A 2NTRA 3NXNA 3EKPA 3IXKA 1AXAA 3BHEA 4EYRA 5SY3A 5P0PA 1DIFA 5P1UA 1UH7A 5P04A 4TRZA 4UPJA 2O4SA 1MTBA 4FL8A 5P3IA 3S53A 4K4QA 5P4GA 3S45A 2QNPA 3K5CA 4YOAA 5P6CA 1XN3A 2VKMA 2G1NA 3GI0A 5P20A 4RVIA 3O9GA 5P2JA 2IQGA 5KAOA 5P55A 3NU6A 5P2FA 3L5BA 3O9BA 3L59A 1TZSA 5P5EA 3UQUA 4Y3RA 2FDPA 3NDUA 1DMPA 5P3DA 4I12A 3OY4A 2O4NA 2VA5A 3S43A 2APRA 2ZHTA 3LIXA 2QMPA 4DJRA 3TOHA 5P1TA 5P3VA 4Y4WA 1YG9A 1DP5A 3OK9A 5P4QA 3ZLQA 4U7VA 4FAEA 4Y48A 2AOCA 2OHPA 2FDDA 1XDHA 3OQAA 1SDUA 3TKWA 3NU5A 3G70A 5P6VA 4Y9WA 5AGZA 5P31A 4LAPA 3PSGA 3CIDA 1APUE 4DQBA 1G2KA 5P5YA 2AVMA 4CMSA 1BDQA 1SIPA 1MUIA 4ZSQA 2HIZA 4J0TA 1EPRE 5P6XA 4Y5NA 1HOSA 5P4BA 5P5WA 4DV9A 2F8GA 3OTSA 5P6IA 3MSKA 4HVPA 3IN3A 4LXAA 5P7BA 1EC2A 4Y44A 4X2LA 5P3YA 5P8SA 1FB7A 5P1AA 5P39A 3OUDA 1META 4RYCA 3T7XA 5P7SA 1QS8A 2XFJA 2QMDA 3BRAA 3ZKMA 2VNMA 5P1GA 5OYWA 5P0OA 1XS7D 4DUSA 1W6HA 4Y4AA 3HDKA 4I0IA 5P6RA 2AQUA 1K6TA 5P57A 1FGCC 5OZJA 5HU0A 1HBVA 1M4HA 2F80A 4Y5AA 2G1YA 4ZSMA 1BDLA 5P8FA 3OADA 3QRVA 5DGWA 2FDEA 4N00A 2P8HA 6APRE 3DCRA 3OHFA 4Z50A 1SGUA 1LYWB 3OAGB 5P8UA 1PSAA 4Y3FA 1LYAA 4LXMA 1ZJ7A 1K2CA 2BPWA 4KB9A 2J9JB 4Y5LA 5P66A 3IGBA 5P6PA 5P16A 2JE4A 5P2RA 3INHA 5P6UA 5AH9A 5P08A 4Y4JA 4CPWA 3I2LA 5P4LA 1G0VA 3BVBA 5P3CA 5P6OA 4Y3XA 1HVJA 1PPKE 1K6PA 4TRYA 4CKUA 3SA6A 3TKGA 3T11A 2ZHRA 2ZJJA 5P7IA 3UQWA 4YD5A 1UH8A 2ER6E 2A1EA 3TPRA 3UQXA 1SIVA 4GJ7A 4DPIA 1ZPAA 3EBZA 3PI0A 5P4AA 4OBGA 1HIIA 4I0JA 5P4UA 2HPEA 1TSQA 1TQFA 5P7QA 4EJLA 2HAHA 3TPPA 5OZ2A 5P7PA 3L58A 4FRJA 2IEOA 1J71A 3HVGA 1HSHA 3WB4A 5OZXA 1FEJC 3IVHA 3SAAA 3LIQA 5P88A 3RTHA 5P0FA 1UH9A 3PWWA 4A4QA 3PMYA 5P65A 1YTIA 4DJWA 2VIZA 3VFBA 4PYVA 4K8SA 3VSWA 4BELA 5P6HA 5OYXA 5P1CA 5P4XA 3ZPTA 3APPA 3WSJA 3EL0A 3PGIA 5P0IA 1FLHA 2Q55A 3D1ZA 1VIKA 4OC6B 5P7RA 2J9KA 4I0HA 5OZEA 4Y4DA 3TPLA 4GJDA 4R5NA 5KR2A 1ZSFA 4LBTA 5P5ZA 3GI5A 2IKOA 5P7HA 2WECA 5P2OA 5P3XA 3NDXA 1LS5A 4FRKA 4I0EA 5JFUA 5P2YA 4JPCA 5P6QA 1K1UA 5AHCA 5KQZA 5P07A 4HEGA 5P4WA 3EL4A 5DR3A 2VIYA 3D20A 3RU1A 2PYMA 4GJ5A 3HBOA 4PHVA 2BPXA 3NU3A 3OGQA 2G21A 4J1HA 5I3WA 3LPJA 3GGXA 3B7VA 5C9FA 2FXDA 2PH6A 1CZIE 5P4CA 4MC6A 3O9IA 2QU3A 4R91A 4A6CA 5AHAA 4HLAA 1A8KA 2QI6A 3PBDA 1OEXA 1HPSA 2B8VA 5P6FA 2BKSA 5OZ8A 5KQFA 4U8WA 3OQDA 3OU3A 1E81E 2H6SA 3NR6A 3UTLA 5OZHA 3LNKA 5P3KA 5I3YA 5P3UA 4EP3A 3QVCA 5P01A 1XE6A 5P7XA 3S7LA 4RCFA 5P40A 5DQ5A 3NLSA 4J0ZA 5F00A 4J1IA 2EWYA 1MESA 2AZ9A 2OHSA 5P46A 2HS1A 5P59A 3PJ6A 3ZPUA 4GIDA 3KDCA 1EPME 3NUOA 2HB2A 5P6MA 3O9CA 4ER1E 1LF2A 2O4KA 4J1KA 2J9JA 3ER3E 4S1GA 3CICA 3QI1A 5C9BA 1FQ4A 5DR1A 3MSJA 4FE6A 5P38A 2FGUA 3INFA 5P7NA 5P7JA 5KR8A 3OWNA 1ENTE 3INEA 4Y3QA 5P64A 3NUJA 3KFPA 2FS4A 3PCZA 3IXJA 1T6GA 4L6BA 4ZPFA 3ZL7A 2ANLA 3L38A 4Y39A 5P8IA 5P4KA 1M43A 1TCXA 3D91A 1B6KA 1C6ZA 3DOXA 5P36A 2QI4A 1MTRA 3NWXA 3CIBA 3O9LB 1IIQA 3VYEA 3VF5A 1GVVA 1MERA 4EQ0A 2HS2A 5IVRA 1RNEA 5ISJA 5P3HA 4L1AB 3BUHA 3HAWA 3NDWA 4EXHA 2AOEA 4DQGA 5P14A 5P44A 1BWBA 2ZJNA 4CP7A 2AZCA 2ASIA 2FMBA 2G1RA 3RVIA 5P1ZA 4Y50A 2V0ZC 3VLBA 5P1OA 3DK1A 2OAHA 4F75A 1APWE 1M0BA 4QJAA 4DQCA 2Q15A 1HXBA 5P7GA 5FIVA 2IENA 3UDJA 5IVTA 1B5FA 3RTMA 2NXLA 1NH0A 4Y5BA 5P0EA 2QK5A 3R4BA 5SZ9A 3D1XA 4QGIA 5P2XA 2ZJHA 5P50A 1IBQA 2QD8A 4RYGA 4ZSRA 1G6LA 4LC7A 5P5TA 5P1MA 5P03A 1BV7A 2G1OA 5OZDA 1F34A 5P34A 3ST5A 4H3JA 4Y53A 3UDHA 4Y4GA 2PK6A 3PHVA 5P37A 1FG8C 2QI0A 4MC2A 3CKPA 4NJVA 4YCKA 7HVPA 1TSUA 2FNTA 4Y58A 1GNMA 4F74A 2QZLA 3CMSA 3O99A 4ZPEA 3LITA 3OUAA 4AZYA 5P3QA 3D1YA 3O9AA 4XXSA 1IZHA 5P5SA 5P32A 5P0ZA 5P3WA 3GI4A 5P2WA 3EC0A 1AZ5A 5P5JA 5P1YA 1D4YA 1BWAA 4BFBA 3GI6A 1FMBA 5HD0A 1HHPA 2QNNA 1PSOE 5P8EA 3O9DA 1LYBA 2Q63A 1RL8A 4Y54A 2P3CA 1SBGA 3PSUA 1SH9A 5UPJA 5P0DA 4DH6A 3GGUA 3OOTA 3KF0A 3BUGA 5P5DA 4A6BA 4J1EA 3OU1B 5P7KA 1YM4A 5P1NA 2ZDZA 5HCTA 5BS4A 1XL2A 5OYQA 5P5FA 3MSLA 4DQHA 2WF2A 5P63A 5P0XA 3PBZA 2ZJLA 5P0UA 3IVIA 1FIVA 3QPJA 3EKTA 2QI1A 5P3LA 3LHGA 5P4EA 4Y3YA 1B11A 4ZPGA 3URLA 2I0DA 4ZIPA 5P11A 3HW1A 5P3FA 2OHQA 3K4VA 2PWCA 5OZZA 1IDBA 1U8GA 2R3WA 1T3RA 3RSXA 1B6LA 1HPXA 4Y5GA 4JPEA 1AIDA 2Z54A 3ZOVA 5OZ9A 1CPIA 1HTFA 1NPAA 4DJXA 2BB9A 5P75A 5I3XA 4NJUA 4L7GA 1TCWA 1MRWA 4XKXA 4Y3NA 4ACUA 1YM2A 1WKRA 3UFNA 5P2KA 2PWRA 2FIVA 1APVE 2VJ6A 5OZFA 4IVSA 5IE1A 5OZBA 5P3RA 4Y3DA 4Y3EA 3NDTA 4I0DA 2BKTA 4J0YA 2AVQA 5P2NA 1QBUA 1MIQA 3SO9A 1SMEA 1W6IA 5P8PA 2RKFA 2QI3A 3D3TA 1F7AA 3B80A 4ZLSA 1B6MA 5P7ZA 2JYSA 1LEEA 2WEZA 2AVSA 4B1CA 4QJ2A 3KDDA 3TLHA 2ZYEA 5P42A 3LZYA 5P27A 1GKTA 3BGCA 1D4IA 1W5YA 1HRNA 4J5JA 5P5XA 1ME6A 5P5QA 1WBKA 2OHTA 1FQXA 5P0JA 2QMGA 3HLOA 4WY6A 4ZSPA 1BXOA 5P7FA 4DVFA 4RGHA 5P0NA 1EAGA 3KT5A 3FIVA 2B60A 5OZAA 5AH8A 5OZYA 1RV7A 4Y3HA 4Y37A 5P7LA 5OYRA 5P8KA 1Q9PA 3CKTA 3VCMA 3APRE 1T7IA 4Y51A 3S2OA 5P7OA 4QJ9A 3LIYA 2IDWA 3PSYA 2WEAA 3OHHA 5OZTA 4GJ6A 3OXWA 5P62A 4Y3MA 2PSGA 1Z8CA 1FKNA 1ZLFA 3R0WA 1E5OE 3ZKSA 3QROA 1GVWA 4RVJA 4EQJA 5P06A 5ENMA 3ZPSA 4K4PA 2WHHA 4Y57A 4EJDA 3UQRA 5P8MA 4HE9A 3IA9A 5P8GA 2HB3A 4Y3PA 4YHQA 3FNUA 4GJ9A 1IDAA 1BAIA 2A4FA 2OHLA 2VIJA 4ER2E 5BRYA 5P8NA 3OQKA 4CPTA 4OD9A 3CYWA 5P52A 2PSVA 2HB4A 4FSLA 3KT2A 5OZVA 5P1PA 4DFGA 5P1SA 2QD6A 3R0YA 2AVOA 5P3EA 2R43A 2P3BA 2VJ9A 4J0PA 2PSUA 4DQFA 4YD7A 5P1JA 2B8LA 4Y5PA 5HTZA 4Y5MA 4B05A 3L3AA 5EZXA 5OZ1A 4DJUA 2JJIA 3LZUA 3IAWA 5OYYA 3SA8A 3WZ7A 5P89A 4YCYA 4L7HA 1HVLA 5OZ7A 5P5HA 4YDGA 1LF4A 5P0QA 1W5VA 5HDXA 4Y3SA 5OZKA 5P6JA 5P84A 5P80A 5COOA 3I7EA 3OTYA 4R8YA 1FQ8A 5P51A 4YBIA 4Y43A 3UDRA 5BWYA 4YBFA 1QBSA 2Q5KA 3JVYA 2FGVA 5OZQA 3TL9A 2RSPA 3GW5A 5COKA 5P58A 4EHCA 4Y3TA 3TOGA 5J25A 5P0SA 1ZBGA 3EKQA 2AOFA 1K6VA 5P45A 5P6BA 5ISKA 5OYUA 3UDQA 4YA8A 2R38A 5P02A 5OZPA 3OUCA 3OU4B 5DPZA 3EXOA 4RVXA 3I25A 5P8CA 4PPHA 2XYEA 2JJJA 1GVUA 5P6TA 2G94A 2I4XA 5P33A 2R8NA 1MT8A 2FLEA 3LIVA 4YD4A 3EL1A 5OYSA 5P0YA 2HM1A 2O40A 2WF3A 1T6EX 5P28A 1PSNA 3QS1A 3PRSA 1AM5A 2WL0A 5I70A 1MSMA 1MPPA 5P60A 4Q1NA 2VJ7A 5P13A 2O4LA 5P1IA 1LV1A 4NPTA 3IXOA 5P8RA 4K9HA 2CEJA 5OZ3A 1SMRA 4YD3A 3C9XA 4FSEA 4FCOA 3WB5A 2VA6A 3PLDA 2RKGA 4F73A 2XFIA 2HC0A 1D4HA 5P83A 5KR0A 1XN2A 1AAQA 1HTGA 3SKFA 3QN8A 1RPIA 5P4ZA 5P70A 1QBTA 2V00A 4E43A 4OBDA 3Q70A 1ODYA 1LYWA 3OAGA 5P8HA 3SA3A 1BDRA 2P83A 3HD8A 4LL3A 1A30A 1W50A 4ZE6A 5P6YA 1K2BA 2NR6A 2P4JA 3EKWA 4EWOA 1FFFC 5P8TA 2OHRA 4D8CA 1FQ5A 4Y4UA 3BVAA 5P7VA 4DPFA 4H3IA 1IVPA 4APRE 5P67A 1XL5A 4AMTA 1YTJA 5P5PA 3HZCA 1Z1HA 1FMXA 3TNEA 2NXMA 4Y5CA 5P4IA 3GGAA 3MXEA 4I11A 5P7CA 5OZ0A 5DR7A 1OD1A 5E5KA 2QD7A 1PROA 5P8LA 3WZ8A 3Q5HA 5IVSA 4CPRA 1MRXA 1SGZA 1FQ6A 5EZZA 5P2EA 4I8ZA 3L5CA 5P5IA 2FXEA 1A8GA 4D85A 2VNNA 4XX3A 3WZ6A 3T7QA 3L5EA 3UDYA 2IGYA 4GJAA 3UCBA 4Y41A 3T3CA 3G6ZA 4I8WA 1G35A 5P2TA 5OZ4A 4COEA 1C6YA 3BGBA 3K5DA 4GJBA 5JG1A 5IS4A 3U6AA 5P15A 5P4VA 1W51A 3SQFA 6UPJA 4J17A 5HE5A 4B00A 5P4DA 5HDUA 3KFRA 1HEGE 4FM6A 4OC6A 2IKUA 4PZXA 4GYEA 3UDPA 5P5NA 1Z1RA 4J0VA 2NXDA 3DV1A 4Y36A 3CKRA 1QBRA 3HAUA 4HDPA 4TVHA 2WF4A 2CENA 5OZMA 5P73A 4NJTA 5P4PA 1EPNE 4I10A 2ZJMA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1MT9 A;  2H6T A;  5I3V A;  4PZW A;  4CPU A;  1EBW A;  3NU9 A;  1HXW A;  4Y5K A;  4H1E A;  4K4R A;  1LYA B;  3KFN A;  4JEC A;  1VIJ A;  3IND A;  2PMA A;  3EM3 A;  2AOH A;  4Y3A A;  1FQ7 A;  2ER0 E;  5CLM A;  3Q6Y A;  4MC1 A;  4J1F A;  5P8Q A;  5P6Z A;  5KQX A;  4OD9 B;  3AUP A;  5P24 A;  4QJ8 A;  5P0K A;  3QRS A;  4B72 A;  4DJP A;  4IVT A;  4Y4E A;  5OZI A;  2WJO A;  3T7P A;  3S85 A;  1IZE A;  5P68 A;  3TTP A;  5P2S A;  4FGX A;  3SKG A;  5DQ4 A;  4DJO A;  5P4M A;  2P3B B;  5P0T A;  5P72 A;  4YOB A;  1GNN A;  3PCW A;  5ER1 E;  2AOD A;  2HPF A;  4Y35 A;  3EM6 A;  4D83 A;  2NTR A;  3NXN A;  3EKP A;  3IXK A;  1AXA A;  3BHE A;  4EYR A;  5SY3 A;  5P0P A;  1DIF A;  5P1U A;  1UH7 A;  5P04 A;  4TRZ A;  4UPJ A;  2O4S A;  1MTB A;  4FL8 A;  5P3I A;  3S53 A;  4K4Q A;  5P4G A;  3S45 A;  2QNP A;  3K5C A;  4YOA A;  5P6C A;  1XN3 A;  2VKM A;  2G1N A;  3GI0 A;  5P20 A;  4RVI A;  3O9G A;  5P2J A;  2IQG A;  5KAO A;  5P55 A;  3NU6 A;  5P2F A;  3L5B A;  3O9B A;  3L59 A;  1TZS A;  5P5E A;  3UQU A;  4Y3R A;  2FDP A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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