2UXZA

Two-carbon-elongated hiv-1 protease inhibitors with a tertiary- alcohol-containing transition-state mimic
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Two-Carbon-Elongated HIV-1 Protease Inhibitors with a Tertiary-Alcohol-Containing Transition-State Mimic.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2007-04-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2uxzA00
3MXEA 2AOFA 5P0HA 4RLDA 1EAGA 5C9FA 4J0YA 1KJGA 5P2QA 5P29A 5P8BA 3LHGA 4RRSA 4XXSA 1ZAPA 2G1YA 4OC6A 3D3TA 2O4LA 1U8GA 4BELA 1GNNA 3O9FA 4Y5EA 2QZWA 5P0KA 1RPIA 2IS0A 5P7IA 1B6MA 3LZVA 5P1KA 3PBZA 2V11C 3FKTA 4CPTA 5P7OA 4DJOA 1UPJA 5P5RA 5P8SA 2BPYA 3SQFA 2IQGA 2OHLA 1C6ZA 5P62A 3HVPA 1FFIC 5P2FA 5P3TA 3VV8A 3OQFA 5HTZA 4Y38A 3PSGA 4BEKA 3VYFA 3VLBA 5P6QA 4ZSRA 3N4LA 1SDTA 2P3CA 1QBUA 2AOJA 1RNEA 1META 2NTRA 3LPKA 5P7NA 5OZ9A 2VKMA 9HVPA 4Q1WA 5P2ZA 5IVQA 2PWRA 3OUDA 3NUOA 1WBMA 3T6IA 3RTHA 2QU3A 5CLMA 5P5NA 3ER3E 2ZJNA 1K1TA 5AH6A 3OXWA 2PH6A 5OZTA 3PI5A 3H0BA 2QHCA 5P34A 1EPOE 2JJJA 3OTYA 4LXKA 3SA7A 4LXMA 4QJ6A 2OHQA 5P00A 2IRZA 5P2GA 5HU0A 1B6PA 1D4JA 3IXJA 4GIDA 5P45A 4DI2A 2G24A 3OQ7A 3ZL7A 1KJFA 1QS8A 1ZJ7A 4CPXA 1MTRA 3NDWA 3OQAA 3PMUA 5P8DA 5P4VA 5P0AA 5P6YA 4KUPA 2H6SA 5P69A 4FLGA 3K5FA 1IVQA 4QJ2A 5OYQA 5P1GA 1ODXA 4JPEA 1XS7D 1W50A 5P10A 2PH8A 2NNKA 4WY6A 4F73A 2XYEA 1HIVA 4FRSA 4Y4BA 5P1DA 2QCIA 4LC7A 5DQ5A 4I0FA 5P8TA 3ZKNA 5P4GA 3DOXA 2V13A 3ZLQA 5P7TA 5P2HA 3OUDB 3K5GA 3S2OA 4R93A 4CKUA 3KFNA 4J1HA 1TSQA 1RQ9A 2RMPA 3NDXA 3NU4A 5IS4A 4Y48A 1BILA 5P02A 5P59A 3TOHA 2ZE1A 2HB2A 2IGYA 1YTGA 3OQDA 4DFGA 5P38A 5P4MA 5OZPA 5P1LA 5P4PA 5P4OA 5OZ7A 2VNNA 5P5YA 1T7KA 3DUYA 4I0JA 5P07A 3HD8A 3LIZA 5HDUA 3A2OA 5HE5A 1MSNA 2Q5KA 5P6WA 4YD3A 7HVPA 5P2SA 1EPME 2CENA 1FMXA 3BUHA 1EEDP 3LIQA 5P6LA 3EM3A 5P14A 3OXXA 4XX3A 2FLEA 1AAQA 3L5BA 5JODA 4EWOA 1FG6C 1HEFE 4QGIA 3ZPSA 4D85A 5P4ZA 3KT5A 3S45A 3ZKXA 3DJKA 5P3KA 5P1AA 2P3DA 4K8SA 4APEA 3TPRA 4ZSQA 4NJVA 4Q1XA 2PMAA 4MC6A 2QZLA 5P06A 3QROA 1BDRA 2CEJA 3MWSA 3FV3A 4YDFA 4F76A 3ZPUA 4RRNA 4DJXA 1W5YA 4J1EA 5JFUA 3JVYA 1QRPE 5P0LA 5P8JA 4LHHA 1CPIA 2NXDA 5P32A 1RV7A 1HTFA 2PK6A 3SA3A 1W5VA 2HPFA 2WEDA 3OY4A 5P5PA 1Z1RA 1D4SA 3S53A 5P7JA 2G94A 1FB7A 3NWXA 1Q9PA 5OZJA 5E5JA 2ZHUA 2VIZA 4Q5MA 3EMYA 3JVWA 1CZIE 4Y4XA 4BFBA 2G1NA 1K6TA 5P25A 3DCRA 1N49A 4DQBA 5P37A 4FRKA 4U8WA 5P1RA 5P7KA 4R5NA 2Z4OA 5P78A 4HDPA 3VEUA 3JW2A 5P44A 1MIQA 1EPRE 5P3MA 1LYWA 2FIVA 5APRE 3SA5A 5P63A 3I25A 4B70A 4L7HA 5P4TA 5P6GA 1HVHA 5I70A 1YM2A 2BKTA 5DQ1A 5P70A 3LNKA 3ZMGA 1KZKA 4MC2A 3HW1A 5DR8A 2J9KA 5P0VA 5P6KA 2AVVA 4AA8A 4HDBA 4CPWA 5P0FA 3ZPTA 2PSUA 1SBGA 3LIVA 3KDDA 5P8NA 2AOHA 2FDPA 2UXZA 2FNSA 3KF0A 4RVJA 4DUSA 2WKZA 4Y45A 4B00A 2B42A 3HAUA 4FM7A 5P6IA 5P8VA 5KQZA 2RKFA 1BDLA 3NXEA 4Y3XA 4Y43A 2O4KA 2ZHVA 5P2KA 1D4KA 1LZQA 2WF2A 3SKFA 5HD0A 4FS4A 4MC1A 3KN0A 5P24A 5P1IA 3CKTA 5P1UA 5P86A 2ZHSA 5P5BA 4PZXA 3EM6A 4AUCA 3INHA 3DV5A 2NPHA 4L6BA 3OADA 5P15A 3VSWA 1BIMA 3I8WA 5P7ZA 3PJ6A 4R92A 1PPLE 2QMFA 3RSXA 5P8MA 4EP2A 4WY1A 3I2LA 3QRMA 2QI7A 1LYWB 4EJKA 5P6BA 5P2JA 4R8YA 5OZOA 5P5GA 4U7QA 3QP0A 4HE9A 2A4FA 3TLHA 5P8IA 1RL8A 2F3EA 2QI6A 5P31A 3SA9A 5P56A 5P7RA 3UDPA 1HVSA 4K4PA 5P50A 5OYVA 3UCBA 5AH7A 3IA9A 2Q54A 1C6XA 1AVFA 3VFBA 4Y3ZA 1EPPE 4OD9A 3L5FA 2FNTA 2SAMA 4DJWA 3LIXA 3IVHA 2HC0A 4YBIA 3ZKIA 2I4UA 5P0SA 5OZKA 5F00A 5P5JA 5HCTA 4DJVA 2FS4A 5P5LA 1MT9A 1FGCC 5C9DA 2F3KA 5P0CA 4B72A 5P40A 3SO9A 4I0GA 5DQ4A 1YX9A 3FNSA 1FFFC 3HVGA 4ACXA 4YD4A 4EPJA 3OADB 2IDWA 5OZBA 4FIVA 5OZIA 5P3PA 5P7LA 2AVMA 3N3IA 1A8GA 4FAFA 3UDRA 2VJ7A 4HLAA 1D4IA 4RZ1A 5OZQA 5P5ZA 1HPXA 1E5OE 1TZSA 4OBHA 4Y37A 5P8UA 5P26A 5P2TA 4Z4XA 5IE1A 1DIFA 5P5EA 4Y3MA 5HVPA 3AIDA 3CICA 4QJ7A 3UDHA 2ZJHA 3APPA 4Y4AA 4TVHA 5P2OA 2UY0A 3GGUA 2HAHA 4COEA 5P1HA 5P3ZA 5P33A 1HRNA 2Q55A 1IVPA 2Q3KA 4FRJA 4JP9A 4OD9B 4NPTA 5P4DA 2FMBA 3FIVA 3L3AA 3TPJA 3QVCA 3BC4A 5OYYA 3CKPA 4DJQA 3QPJA 1XN2A 4I12A 5P1NA 3NDTA 4EXGA 3MXDA 5P0GA 5OZCA 3KMYA 5AHAA 5P19A 1W5WA 1LF3A 5P6VA 2XFKA 3PHVA 5P0DA 3UHLA 5DR4A 5P4FA 5P5SA 4ZPEA 2ER6E 4U7VA 3TOGA 3PEPA 1LF4A 2V10C 2QNQA 4R91A 5P88A 3KFRA 3Q3TA 4XX4A 4Y5NA 5P2BA 4YCYA 5P7FA 5SXNA 4EYRA 3EKXA 5OZYA 3SA4A 4NJSA 5P57A 5P4SA 4I11A 2ZJMA 5P6AA 3CIBA 4HVPA 4Y39A 2AOCA 5P3HA 4J55A 3PMYA 1YG9A 3QRVA 4FRIA 3VYDA 5P11A 4Y5MA 1HHPA 2ZJJA 1G35A 5IVSA 5P3FA 4DH6A 1E80E 4D8CA 1IZHA 5OZSA 2B8LA 4FCOA 5P0YA 4Y3RA 5AH8A 4YOAA 1VIKA 3U6AA 3UQUA 2R43A 3OK9A 5OZNA 1MPPA 5P4JA 4OBJA 5P51A 1BBSA 3B80A 5SZ9A 3URIA 2P4JA 4TRZA 4TRWA 5KOSA 4PHVA 1GVUA 3IN3A 4J0PA 2AZBA 2WF0A 3K5CA 4RCEA 4RGHA 3TPLA 3UDQA 4GYEA 1HPOA 1FF0C 5P6RA 4Y5BA 4HDFA 1B6KA 2QAKA 3IVIA 3O9LA 5P73A 1EPQE 2IEOA 5BS4A 3TKGA 4J1IA 3VG1A 1IZDA 1GNOA 5ER2E 5P5CA 2I4QA 5COOA 5P6OA 5P1XA 2F80A 5OZ1A 5P3XA 1T7JA 1Z1HA 4Y3LA 6FIVA 1KJ4A 3H5BA 2Q11A 4M8YA 2J9JA 1ZPAA 3LPJA 2R9BA 1M43A 5P0XA 2BPWA 2Q64A 3SFCA 5P2MA 1HVIA 2NR6A 5P5DA 1D4YA 5P8LA 3FNUA 3OQKA 4GB2A 3S7MA 1YTIA 4Y3HA 5P4EA 3ZOVA 3PSUA 1FQ5A 3M9FA 5OZ4A 3VSXA 5P1OA 4F75A 3TKWA 4B1EA 2I4DA 3KMXA 3DK1A 1Z8CA 5DQ2A 1WBKA 2HPEA 2I4XA 3PSYA 5COPA 5DPZA 2ER0E 4TRYA 1B5FA 2QI0A 5P7UA 2I4WA 4RYGA 3O9GA 4B1DA 5BRYA 4WTUA 2QD8A 1BAIA 4GZFA 2ZDZA 3O9LB 2I0DA 4ZIPA 1HVKA 5P4HA 3PRSA 3PCZA 4ZSMA 1QBTA 5KR0A 1T6GA 3EKWA 4D83A 5P76A 4QJ8A 3VF3A 4B78A 5I3WA 1GVVA 2R3WA 5P1EA 2F3FA 3EKYA 2MIPA 3OHHA 4Y3AA 5HE4A 1QBSA 2J9JB 5AHBA 4H3FA 1SIPA 3EKVA 3EL5A 1PPKE 3IGBA 3O9BA 1APUE 3PGIA 3IN4A 1ER8E 1KJHA 4Y44A 5P58A 1EBWA 3DV1A 5JG1A 1LYBA 4PZWA 3OU1A 2H6TA 1APVE 2G26A 2RENA 2O4PA 3QI1A 5P5VA 4ZLSA 2QK5A 3OHFA 5P3VA 5EZZA 5P85A 1HIIA 3UQRA 2APRA 3NYGA 3Q6YA 2QU2A 2BPXA 1PSAA 3U7SA 1SMEA 5P72A 2R8NA 1OHRA 4Q1NA 4B05A 3PVKA 2WECA 1VIJA 5P5IA 1IZIA 1D4HA 2HIZA 4H3JA 3UF3A 3UQXA 1B5FB 5P5KA 1NPWA 5P3JA 1GVXA 2AVQA 3BXSA 4I8WA 4DQGA 5DR1A 5OZ3A 1ZTZA 5OZAA 5P7GA 3EBZA 1D4LA 2FDDA 2R3TA 5P4RA 3IXOA 4OBFA 3RTMA 5PEPA 2PYMA 5OZXA 1NPVA 4J17A 1MUIA 3DM6A 5P3AA 5UPJA 2I0AA 5SY2A 3D91A 2NMYA 3INEA 3PM4A 1KJ7A 1E82E 3L59A 4DQFA 5DGWA 1HWRA 3MSKA 4FM8A 3VF7A 4CPQA 5J25A 1K2BA 3R0YA 5P13A 4Y6MA 3S43A 4YCKA 5P5OA 2OHUA 2BJUA 2RSPA 4B77A 2OHNA 3VV7A 1LYBB 1M4HA 3K1WA 3OU1B 2BBBA 5HDVA 2QI4A 1QDMA 5P0TA 5HU1A 5KR1A 1DP5A 5OZGA 4D89A 2OF0A 4GMIA 5FIVA 3OGPA 5CONA 5AH9A 4Y53A 4Y3SA 1WKRA 4RYCA 4EXHA 2UPJA 3SACA 3IXKA 1FQ6A 5P5XA 3NU3A 2Q63A 4DQCA 2RKGA 1TQFA 3DCKA 4Y57A 4K4RA 5P2LA 5P89A 4FM6A 4GJ7A 4QJ9A 4ZPGA 5P5TA 3SA6A 3I7EA 4Y5KA 1EPLE 3T7PA 5P2UA 1UH8A 5P5FA 4ZPFA 1HTGA 4I8ZA 1UH7A 3IAWA 2R5PA 5HE7A 4OBGA 5P01A 3I6OA 5P3SA 5BWYA 5P3NA 5P3YA 3B7VA 3QS1A 5P1CA 5P6FA 6APRE 4I1CA 2ZJIA 4QLHA 2QI3A 3UPJA 4B0QA 1AJXA 1EBKC 4IVSA 4Y3FA 4AA9A 5OZ0A 3ZKGA 3BGCA 5P3RA 1HSGA 5P68A 2G69A 3S43B 1HPSA 1ME6A 4AZYA 4I10A 4ACUA 3T7XA 5ENMA 4J1CA 5T4SA 3OAGA 5ENKA 5DQCA 2IENA 3QIHA 5P2XA 1HSIA 3CIDA 3R1GB 3INFA 3WB5A 3S56A 1XN3A 2P3AA 3PLLA 2NNPA 4LBTA 2V16C 5DR7A 3O9IA 4I0ZA 5P6DA 5P6EA 3VV6A 1BV9A 1MERA 3OUBA 3SM1A 5IVTA 4OBKA 4EJ8A 4EJDA 4Y5GA 5OZDA 3L5DA 5P46A 5P8CA 3S54A 5P6TA 2ZHRA 5I3YA 2QZXA 3URJA 5P7WA 2XFJA 5P7VA 3R0WA 2PSVA 4Y50A 4Y3PA 2PYNA 1K6VA 3OU3A 1FMUA 1J71A 5P1TA 2ASIA 5P61A 4Y5CA 1DPJA 3SA8A 3KM4A 2VS2A 4GJCA 1MT7A 2ZHTA 1FQ7A 2WEZA 1K6PA 5P30A 4RCFA 2VA7A 3EL4A 2VIJA 5AGZA 1IDBA 5P3GA 2OHRA 4CPRA 3UDJA 2OAHA 5P22A 3TNEA 3EKQA 5P0EA 2B8VA 1HXWA 1SGUA 3BUFA 3OXVA 1ENTE 2B7FA 2HB4A 3PCWA 5SY3A 3D1XA 4ER4E 2HS1A 4DJPA 4RCDA 5P1WA 5OZVA 4JECA 3OAGB 3TPPA 1LYAA 1SP5A 2BQVA 5P16A 4Y4TA 4Y51A 1TW7A 2Z54A 3BVAA 5P5WA 5P2AA 3VFAA 5P7BA 1SDUA 3O9CA 4Y36A 5P0UA 3EC0A 1A9MA 5P3OA 4UPJA 5P4XA 4K4QA 2AZCA 4J0TA 4Y3NA 5OZZA 2IL2A 4F74A 1MRXA 3LINA 2VA6A 5ISKA 5P08A 4EJLA 3OOTA 5P1SA 5P20A 3TTPA 4GJ6A 4Y4DA 5P64A 5OZLA 4N00A 4QJAA 4RROA 2XYFA 1FLHA 5OZ5A 1A30A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3MXE A;  2AOF A;  5P0H A;  4RLD A;  1EAG A;  5C9F A;  4J0Y A;  1KJG A;  5P2Q A;  5P29 A;  5P8B A;  3LHG A;  4RRS A;  4XXS A;  1ZAP A;  2G1Y A;  4OC6 A;  3D3T A;  2O4L A;  1U8G A;  4BEL A;  1GNN A;  3O9F A;  4Y5E A;  2QZW A;  5P0K A;  1RPI A;  2IS0 A;  5P7I A;  1B6M A;  3LZV A;  5P1K A;  3PBZ A;  2V11 C;  3FKT A;  4CPT A;  5P7O A;  4DJO A;  1UPJ A;  5P5R A;  5P8S A;  2BPY A;  3SQF A;  2IQG A;  2OHL A;  1C6Z A;  5P62 A;  3HVP A;  1FFI C;  5P2F A;  5P3T A;  3VV8 A;  3OQF A;  5HTZ A;  4Y38 A;  3PSG A;  4BEK A;  3VYF A;  3VLB A;  5P6Q A;  4ZSR A;  3N4L A;  1SDT A;  2P3C A;  1QBU A;  2AOJ A;  1RNE A;  1MET A;  2NTR A;  3LPK A;  5P7N A;  5OZ9 A;  2VKM A;  9HVP A;  4Q1W A;  5P2Z A;  5IVQ A;  2PWR A;  3OUD A;  3NUO A;  1WBM A;  3T6I A;  3RTH A;  2QU3 A;  5CLM A;  5P5N A;  3ER3 E;  2ZJN A;  1K1T A;  5AH6 A;  3OXW A;  2PH6 A;  5OZT A;  3PI5 A;  3H0B A;  2QHC A;  5P34 A;  1EPO E;  2JJJ A;  3OTY A;  4LXK A;  3SA7 A;  4LXM A;  4QJ6 A;  2OHQ A;  5P00 A;  2IRZ A;  5P2G A;  5HU0 A;  1B6P A;  1D4J A;  3IXJ A;  4GID A;  5P45 A;  4DI2 A;  2G24 A;  3OQ7 A;  3ZL7 A;  1KJF A;  1QS8 A;  1ZJ7 A;  4CPX A;  1MTR A;  3NDW A;  3OQA A;  3PMU A;  5P8D A;  5P4V A;  5P0A A;  5P6Y A;  4KUP A;  2H6S A;  5P69 A;  4FLG A;  3K5F A;  1IVQ A;  4QJ2 A;  5OYQ A;  5P1G A;  1ODX A;  4JPE A;  1XS7 D;  1W50 A;  5P10 A;  2PH8 A;  2NNK A;  4WY6 A;  4F73 A;  2XYE A;  1HIV A;  4FRS A;  4Y4B A;  5P1D A;  2QCI A;  4LC7 A;  5DQ5 A;  4I0F A;  5P8T A;  3ZKN A;  5P4G A;  3DOX A;  2V13 A;  3ZLQ A;  5P7T A;  5P2H A;  3OUD B;  3K5G A;  3S2O A;  4R93 A;  4CKU A;  3KFN A;  4J1H A;  1TSQ A;  1RQ9 A;  2RMP A;  3NDX A;  3NU4 A;  5IS4 A;  4Y48 A;  1BIL A;  5P02 A;  5P59 A;  3TOH A;  2ZE1 A;  2HB2 A;  2IGY A;  1YTG A;  3OQD A;  4DFG A;  5P38 A;  5P4M A;  5OZP A;  5P1L A;  5P4P A;  5P4O A;  5OZ7 A;  2VNN A;  5P5Y A;  1T7K A;  3DUY A;  4I0J A;  5P07 A;  3HD8 A;  3LIZ A;  5HDU A;  3A2O A;  5HE5 A;  1MSN A;  2Q5K A;  5P6W A;  4YD3 A;  7HVP A;  5P2S A;  1EPM E;  2CEN A;  1FMX A;  3BUH A;  1EED P;  3LIQ A;  5P6L A;  3EM3 A;  5P14 A;  3OXX A;  4XX3 A;  2FLE A;  1AAQ A;  3L5B A;  5JOD A;  4EWO A;  1FG6 C;  1HEF E;  4QGI A;  3ZPS A;  4D85 A;  5P4Z A;  3KT5 A;  3S45 A;  3ZKX A;  3DJK A;  5P3K A;  5P1A A;  2P3D A;  4K8S A;  4APE A;  3TPR A;  4ZSQ A;  4NJV A;  4Q1X A;  2PMA A;  4MC6 A;  2QZL A;  5P06 A;  3QRO A;  1BDR A;  2CEJ A;  3MWS A;  3FV3 A;  4YDF A;  4F76 A;  3ZPU A;  4RRN A;  4DJX A;  1W5Y A;  4J1E A;  5JFU A;  3JVY A;  1QRP E;  5P0L A;  5P8J A;  4LHH A;  1CPI A;  2NXD A;  5P32 A;  1RV7 A;  1HTF A;  2PK6 A;  3SA3 A;  1W5V A;  2HPF A;  2WED A;  3OY4 A;  5P5P A;  1Z1R A;  1D4S A;  3S53 A;  5P7J A;  2G94 A;  1FB7 A;  3NWX A;  1Q9P A;  5OZJ A;  5E5J A;  2ZHU A;  2VIZ A;  4Q5M A;  3EMY A;  3JVW A;  1CZI E;  4Y4X A;  4BFB A;  2G1N A;  1K6T A;  5P25 A;  3DCR A;  1N49 A;  4DQB A;  5P37 A;  4FRK A;  4U8W A;  5P1R A;  5P7K A;  4R5N A;  2Z4O A;  5P78 A;  4HDP A;  3VEU A;  3JW2 A;  5P44 A;  1MIQ A;  1EPR E;  5P3M A;  1LYW A;  2FIV A;  5APR E;  3SA5 A;  5P63 A;  3I25 A;  4B70 A;  4L7H A;  5P4T A;  5P6G A;  1HVH A;  5I70 A;  1YM2 A;  2BKT A;  5DQ1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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