2UY0A

Two-carbon-elongated hiv-1 protease inhibitors with a tertiary- alcohol-containing transition-state mimic
Total Genus 15
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Two-Carbon-Elongated HIV-1 Protease Inhibitors with a Tertiary-Alcohol-Containing Transition-State Mimic.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
total genus 15
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2007-04-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2uy0A00
5AHAA 3RTNA 2F80A 4L1AB 2IQGA 3T11A 1HEFE 4AMTA 1C70A 5P7ZA 3SACA 2WEDA 3L5FA 4YDFA 4L7HA 2B7ZA 4CPWA 1LEEA 5IVQA 1HSHA 3G72A 1HIIA 2G26A 5DQ2A 4QJ7A 5JFUA 1AZ5A 3O9FA 6FIVA 5P3JA 1VIJA 1ER8E 1SGZA 2O4PA 3VV7A 5P7YA 2R5QA 5KQFA 1YG9A 3JVWA 4PHVA 5P44A 4XX3A 4TRWA 5P1EA 1A8GA 1META 2AIDA 1QRPE 1MVPA 4H3GA 3S56A 5OZ9A 2OHTA 2WEZA 4FIVA 4Y3FA 2HB4A 5P28A 4J5JA 4DUSA 5P3PA 1E81E 1MT9A 4QJ8A 2QU2A 4Q1NA 5P74A 1E5OE 3KF0A 2V0ZC 2P3AA 1W5WA 5P5UA 4NPUA 5P50A 3B80A 1DAZC 5P5EA 1AVFA 3K5GA 5P6PA 3SFCA 5OZHA 3NU4A 2I4DA 4M8YA 2Q54A 5P88A 2Z4OA 5P6HA 4R91A 2PYMA 1MUIA 4I10A 3PEPA 4K4RA 4Y38A 5P14A 5SXNA 2Q11A 3WB5A 1QBTA 5OZGA 5HU0A 1T7KA 3SABA 3INHA 3O9LA 4D88A 1ZPAA 2AQUA 2O4NA 5TOLA 5P8BA 2ZJKA 1MEUA 4Y4EA 5P5YA 4DH6A 2R9BA 4YOAA 5P8GA 5P6JA 4Y56A 4ZPGA 3QVIA 5P2YA 1FIVA 3I25A 4DJRA 4DQFA 5OYTA 1UPJA 4ER1E 4Y3HA 3WSJA 5HE4A 3FNUA 4DQEA 1GVUA 2Q3KA 1EC3A 2HC0A 3T3CA 5P2SA 4RCDA 3O9GA 4H3FA 4FLGA 5IS4A 3KYRA 2APRA 4J17A 4LHHA 1E80E 4RCEA 3RTHA 4A6BA 1SIVA 5P2DA 3RTMA 4DPFA 4Y5GA 4ER4E 5P5SA 3SA4A 2QMFA 1B6MA 5P4HA 5OZUA 4FS4A 4FRIA 2WF2A 4H3IA 4U7QA 2JE4A 5P1WA 3TPPA 5P5JA 4OC6B 2JJJA 2PWRA 1ZLFA 4DJVA 4Z50A 1BDLA 5P3RA 1EPOE 1LV1A 4TVGA 1F7AA 1NH0A 5ENKA 5P0FA 4Y36A 2NXLA 3Q5HA 1GVTA 1BV7A 2OHUA 1ODXA 5P3BA 1TSUA 4CPSA 2IGXA 5P1VA 5P8UA 4DI2A 3BHEA 4Q5MA 5OZ8A 5T4SA 2CENA 1RPIA 5P1JA 1D4JA 3PMUA 4FGXA 3NLSA 5P18A 4Y9WA 4J0YA 5P7PA 4EP2A 4DJOA 1UH9A 5P89A 5CLMA 3SKFA 4D8CA 1NSOA 4RRSA 2HB2A 3Q4BA 4YD4A 5P0DA 1C6XA 5P6AA 1XE6A 3OU3A 3VEUA 1PPLE 2HAHA 3UDHA 2CEJA 1HTRB 3L5EA 3LZYA 2AVSA 5P2FA 1K2CA 4Y4GA 5P2LA 1EPME 2I4WA 4CPQA 4OBFA 4EJ8A 4JECA 2PK5A 1MIQA 1LYBB 2B8VA 1EEDP 2HIZA 3DM6A 4FM6A 5P65A 3ST5A 5P53A 4ZSPA 5KOQA 5HE7A 3UDPA 5P49A 1MSMA 3ZPUA 1OD1A 5P6OA 4Y3MA 4Y5MA 4IVTA 4ACUA 5P56A 1CPIA 5DR0A 4B1EA 2G1NA 5HTZA 4AUCA 5APRE 2BPXA 1HEGE 2NR6A 3O9DA 5P4OA 4DPIA 3EL4A 5P5KA 5P11A 1GKTA 2XYEA 4YDGA 2WEBA 4B1DA 1VIKA 1FQ6A 1FKNA 5OYQA 4HVPA 4F74A 4Z2ZA 5P0EA 3LHGA 3PWRA 5P5HA 4FRKA 5P3YA 5P5FA 5P63A 4Y5PA 2Q64A 2VNNA 5P04A 5OYRA 1KZKA 3SO9A 2ZHVA 5P7OA 3U71A 3S85A 3ZKIA 2SAMA 3BRAA 3QBHA 5P1DA 1AAQA 5P6BA 5P5LA 3INDA 2QNQA 1A30A 4RROA 4Y39A 2OAHA 3S43A 1FLHA 3K4VA 1EPQE 3KT2A 3OUAA 4GZFA 4COEA 2G1OA 4DV9A 5OZ6A 5P4JA 1C6YA 1LS5A 4J1FA 2ZJJA 2ANLA 5P7IA 4GIDA 4RVIA 5P4SA 4QLHA 1YTGA 3DJKA 3L38A 1SGUA 3EM3A 5AH8A 2FNTA 3T7QA 3FV3A 1QBRA 2PQZA 4DQHA 2ER9E 4J1KA 2BQVA 4LXKA 4YCTA 5AH7A 5AHCA 1EPRE 1HVHA 3B7VA 3LIYA 4LAPA 1ZP8A 2VA6A 2G27A 3KFRA 3TKWA 5P40A 1DW6C 5OYVA 2VS2A 4Y48A 3VLAA 2NMYA 5P7HA 5P1BA 4Y3ZA 3NDUA 5P4NA 5P52A 2ER6E 5P7XA 4EJDA 3HVPA 4CKUA 5P82A 4RRNA 4L6BA 1HVSA 2AZ9A 2OHRA 2XFKA 5P5BA 2QI7A 4I8ZA 6APRE 5OZ0A 2BKTA 2ZGAA 5P42A 5P1QA 5P1TA 4I1CA 4Y5KA 3VV6A 3VV8A 3GW5A 2QI6A 2PC0A 5J25A 5ER2E 2WECA 3MWSA 1NPAA 2I4UA 3LNKA 5EZXA 4QJ2A 3PRSA 4R95A 5P4WA 3GGUA 4B70A 3C9XA 4GJ6A 3VUCA 1G6LA 1MERA 2OHSA 3K5CA 3LIZA 5OZJA 2P3BA 2FXEA 3NXNA 3OQ7A 2Q63A 3BUGA 4FE6A 3PCZA 5OZ5A 4OD9A 4XX4A 2OHPA 4JPCA 5OZMA 4I0ZA 5P2IA 2QMPA 2Q55A 3TL9A 2MIPA 3R1GB 3ZKSA 5P2OA 1HSIA 4I0DA 3SLZA 8HVPA 5P3GA 2ASIA 5P37A 1BIMA 1SDVA 4Y6MA 4ACXA 4RCFA 4I0EA 5P10A 5P3IA 5UPJA 3L5CA 3CYXA 4Y3WA 1T7JA 3S54A 4YE3A 5P3CA 5P2WA 2FGVA 4I0HA 2OHQA 2HB3A 2QMDA 3NWQA 3QRSA 2QU3A 5P15A 1SP5A 3UDNA 4Y4WA 4NPTA 2O4LA 4ZIPA 2ZJHA 3I8WA 1AJXA 2NXDA 3IVHA 1FFFC 2ZE1A 4QJ6A 5P5OA 5COPA 3URLA 1APTE 3EL5A 4Y4AA 3URJA 3NUOA 5P54A 5P70A 3VSWA 2RENA 2VIYA 1HVJA 3ZKXA 5P33A 5P6GA 3RU1A 1FF0C 2F8GA 2AVMA 2IRZA 2Q15A 3OUDA 3QS1A 3R2FA 3SM2A 2O40A 5P7VA 5EZZA 4TVHA 2AVVA 5OYXA 5P55A 5P24A 3UFNA 3PB5A 5P5QA 3KN0A 1PSAA 3LZUA 4OBJA 4A6CA 1B5FB 4B05A 1FQ8A 4YBFA 1FMUA 5P4EA 3OADB 5P00A 4MC1A 2QZXA 3QRMA 5OZFA 5P6TA 3UDYA 5P51A 3PSYA 5P8CA 2NMZA 4TRZA 4Y4ZA 3GGAA 3ZMGA 3N4LA 4JP9A 1AIDA 4HDFA 5P5IA 3D91A 3GI5A 3F9QA 4GJ8A 4JPEA 4MC6A 1GVXA 1MT7A 2J9JA 3DCRA 2WHHA 3WB4A 4F73A 5P5GA 7UPJA 3H0BA 1T7IA 5P0BA 4DJWA 4FSLA 5IVTA 5P3WA 3SA8A 5P3TA 4E43A 3BC4A 2IL2A 3NR6A 3L3AA 4YCYA 1LZQA 4HLAA 5P05A 3OY4A 5P5PA 4LL3A 4Y3YA 5DQ5A 1K1UA 5P6IA 3UQWA 1BVGA 2VIJA 2B60A 5P5TA 1BWBA 3CKPA 2WF3A 4R5NA 7HVPA 1N49A 3WZ7A 5P08A 3PI5A 3GI6A 5P5RA 2WF0A 5P3LA 1MTRA 3O9AA 5AGZA 1TSQA 1HXWA 1ODWA 4MC2A 5P1PA 4HA5A 5P8KA 1MPPA 2RKFA 3EXOA 4CPXA 3IGBA 3CKRA 3OUCA 1OHRA 4OBKA 3OGQA 3O9EA 1RV7A 5P45A 1HIVA 5P2CA 3BVBA 1W5VA 3INEA 1M4HA 1IDAA 3APRE 5P6SA 5P2BA 5C9DA 1D4KA 1ZAPA 2I0DA 5P6KA 1MRXA 5DGUA 2RKGA 4XKXA 5P3FA 2VIEA 4EPJA 1ME6A 1FQXA 1NPVA 5P7FA 3S7MA 3ZPTA 1ZJ7A 3TNEA 4APEA 1Z8CA 3LPJA 3BGCA 1A9MA 5P4IA 2NNKA 5P3MA 3CIBA 5P0RA 5P83A 4I0JA 4GJBA 3UDMA 2QHYA 4PZWA 3KMYA 4ZE6A 1K6PA 3PVKA 4BFDA 3NDTA 5P7KA 4DFGA 5P8IA 1MRWA 2PWCA 5P0UA 1EBWA 3OK9A 5P2RA 4YCKA 5P2QA 3SA6A 3FIVA 4GMIA 1UH8A 3HBOA 5P12A 1C6ZA 4PPHA 5DR8A 4KB9A 1TZSA 2V12C 4DJUA 1W5XA 5P09A 1EBZA 3MSKA 5P41A 2PMAA 2WJOA 3QN8A 3AIDA 3ZKGA 4Y53A 4Y3LA 1BBSA 2FNSA 3UDQA 4R93A 3S7LA 1B11A 5B18A 5OYSA 5IVRA 2RMPA 1HPSA 5P7JA 3KA2A 4Y58A 2NPHA 1EC0A 5DQ1A 3BXRA 3K5DA 5P01A 4F75A 2VJ6A 2G24A 5P07A 3OQKA 4BFBA 4DQBA 3I2LA 4Y4DA 4Y45A 1FMXA 1G35A 4AA8A 4GJ5A 2FS4A 5P7DA 3D1YA 3ER5E 1FEJC 1MTBA 2CEMA 5P2TA 5P7MA 5P8LA 4Q1WA 2AOHA 1D4SA 4GYEA 1ZSFA 2ER0E 1QBSA 3O9BA 5P3DA 5P0YA 5P62A 4APRE 2QK5A 3FX5A 4FAFA 1RL8A 3LPKA 2F3KA 5P0NA 5P4FA 1LF4A 2ZYEA 3WZ8A 2BJUA 5P0SA 1W5YA 5P3QA 2AOGA 4EHCA 5F00A 2R3TA 1GNNA 2PH6A 3K1WA 6UPJA 3EKWA 5P3VA 1KJFA 3TOGA 1HVLA 2O4KA 4Y4JA 3VF7A 3ZKQA 5P67A 5P8DA 5OZCA 3DV5A 1EPPE 2QHCA 4LC7A 5PEPA 3UCBA 5DR1A 5P8PA 2WF4A 4K9HA 2QNPA 5P0MA 1AXAA 2VJ9A 5P66A 3IAWA 5P5VA 5OZQA 1WBMA 2FDPA 1A8KA 1OEWA 3Q3TA 3PLLA 3ECGA 3APPA 5P78A 3UDRA 1SDUA 2IGYA 3VSXA 4LXMA 2F3EA 5P4LA 1HPXA 2UY0A 4FRJA 3PHVA 5P22A 1IVQA 1Z1HA 2HS2A 5HU1A 3NSHA 1EPLE 4J1IA 5P6CA 3UQXA 4KE0A 5P1RA 3TOHA 1PFZA 5P4KA 3KDBA 1MESA 2V10C 1W51A 2QP8A 1PPKE 4D83A 4QJ9A 3OU1A 1QDMA 5P1CA 3KM4A 4QJAA 5P19A 3WZ6A 4DJPA 1DIFA 3CICA 3SAAA 3SPKA 5P85A 2AZCA 5P5NA 5P8QA 3PWMA 4AZYA 4Y3DA 1ZPKA 4Q1YA 5OZ7A 5P5MA 3L58A 3KDCA 3OTYA 4Z4XA 2HS1A 3OHHA 1HTFA 1K2BA 3LITA 5P77A 1WBKA 4HDBA 2IKOA 5HCTA 4MC9A 2AVQA 3PJ6A 1IDBA 5OZEA 1Q9PA 3OGPA 1FQ5A 2P8HA 4QGIA 4XXSA 3BXSA 3VYEA 1LYBA 2OHKA 5P0IA 4X2LA 4Y57A 3INFA 3QAAA 3GI4A 5P7GA 2QHZA 5P7LA 4B77A 5KR8A 5P79A 4RYCA 4PZXA 4EXHA 3IN4A 1NPWA 2QMGA 2B42A 4J55A 5OZWA 4Y3GA 3BGBA 4Y3NA 3RVIA 2QD8A 3NDXA 3OXVA 4HDPA 5P72A 5P8MA 3TOFA 5I3VA 3L59A 5P0PA 3HLOA 3EL9A 1K6CA 3OAGA 3UDKA 1LF3A 5KAOA 4RGHA 5P1UA 3OTSA 1HHPA 4I11A 4Y4UA 1XDHA 3R0YA 4EQ0A 4Y5NA 5OZOA 3LIXA 2ZHUA 5OYYA 5P4AA 5IE1A 1LYWB 1ODYA 3IXKA 1IZIA 3VCMA 5P7NA 4OD9B 5P8OA 2IKUA 2F3FA 3OQAA 5AH9A 5DR4A 3IA9A 5HCOA 5CONA 5P46A 3OQDA 1FMBA 2HPEA 3D1XA 2Z54A 3MXEA 3VYFA 2ZDZA 3EM4A 3HAWA 2V13A 3QRVA 3UFLA 3ER3E 1XN3A 3VFBA 5P1GA 1IZDA 2AODA 5P6ZA 1LYAA 2G22A 5DR3A 3URIA 5P6XA 3ZOVA 5P31A 3IXOA 4RLDA 4BEKA 1XS7D 4Y5AA 3EKPA 5P75A 4GJDA 4Y47A 3CMSA 4YD7A 1M0BA 4H3JA 1HVKA 4EWOA 2B7FA 4Y3JA 1T6EX 1LF2A 1BXQA 5DPZA 3Q6YA 1SMRA 1YTJA 5P60A 2I4XA 5OZZA 3NUJA 5KR0A 1FGCC 2OHMA 3DK1A 4NJVA 4EYRA 5P57A 1FB7A 3PWWA 5OZXA 3LIVA 5P87A 1YM2A 5P47A 5P8JA 5P1FA 5P59A 4RVXA 9HVPA 1IZEA 4I12A 3L5BA 3OUDB 5P8AA 4B0QA 5P5XA 3RSVA 3SA5A 3R4BA 4J1HA 5P2NA 4OBGA 4I0IA 5P0QA 5P4UA 4L7GA 1FQ7A 1MT8A 5AHBA 5P1HA 4YOBA 4YD6A 5P2GA 1SBGA 4FM8A 5P86A 2G21A 3T7PA 4WY1A 3NYGA 1HBVA 1IBQA 3EKXA 5I3XA 3NU5A 5OZNA 4ZLSA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5AHA A;  3RTN A;  2F80 A;  4L1A B;  2IQG A;  3T11 A;  1HEF E;  4AMT A;  1C70 A;  5P7Z A;  3SAC A;  2WED A;  3L5F A;  4YDF A;  4L7H A;  2B7Z A;  4CPW A;  1LEE A;  5IVQ A;  1HSH A;  3G72 A;  1HII A;  2G26 A;  5DQ2 A;  4QJ7 A;  5JFU A;  1AZ5 A;  3O9F A;  6FIV A;  5P3J A;  1VIJ A;  1ER8 E;  1SGZ A;  2O4P A;  3VV7 A;  5P7Y A;  2R5Q A;  5KQF A;  1YG9 A;  3JVW A;  4PHV A;  5P44 A;  4XX3 A;  4TRW A;  5P1E A;  1A8G A;  1MET A;  2AID A;  1QRP E;  1MVP A;  4H3G A;  3S56 A;  5OZ9 A;  2OHT A;  2WEZ A;  4FIV A;  4Y3F A;  2HB4 A;  5P28 A;  4J5J A;  4DUS A;  5P3P A;  1E81 E;  1MT9 A;  4QJ8 A;  2QU2 A;  4Q1N A;  5P74 A;  1E5O E;  3KF0 A;  2V0Z C;  2P3A A;  1W5W A;  5P5U A;  4NPU A;  5P50 A;  3B80 A;  1DAZ C;  5P5E A;  1AVF A;  3K5G A;  5P6P A;  3SFC A;  5OZH A;  3NU4 A;  2I4D A;  4M8Y A;  2Q54 A;  5P88 A;  2Z4O A;  5P6H A;  4R91 A;  2PYM A;  1MUI A;  4I10 A;  3PEP A;  4K4R A;  4Y38 A;  5P14 A;  5SXN A;  2Q11 A;  3WB5 A;  1QBT A;  5OZG A;  5HU0 A;  1T7K A;  3SAB A;  3INH A;  3O9L A;  4D88 A;  1ZPA A;  2AQU A; 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 3EXO A;  4CPX A;  3IGB A;  3CKR A;  3OUC A;  1OHR A;  4OBK A;  3OGQ A;  3O9E A;  1RV7 A;  5P45 A;  1HIV A;  5P2C A;  3BVB A;  1W5V A;  3INE A;  1M4H A;  1IDA A;  3APR E;  5P6S A;  5P2B A;  5C9D A;  1D4K A;  1ZAP A;  2I0D A;  5P6K A;  1MRX A;  5DGU A;  2RKG A;  4XKX A;  5P3F A;  2VIE A;  4EPJ A;  1ME6 A;  1FQX A;  1NPV A;  5P7F A;  3S7M A;  3ZPT A;  1ZJ7 A;  3TNE A;  4APE A;  1Z8C A;  3LPJ A;  3BGC A;  1A9M A;  5P4I A;  2NNK A;  5P3M A;  3CIB A;  5P0R A;  5P83 A;  4I0J A;  4GJB A;  3UDM A;  2QHY A;  4PZW A;  3KMY A;  4ZE6 A;  1K6P A;  3PVK A;  4BFD A;  3NDT A;  5P7K A;  4DFG A;  5P8I A;  1MRW A;  2PWC A;  5P0U A;  1EBW A;  3OK9 A;  5P2R A;  4YCK A;  5P2Q A;  3SA6 A;  3FIV A;  4GMI A;  1UH8 A;  3HBO A;  5P12 A;  1C6Z A;  4PPH A;  5DR8 A;  4KB9 A;  1TZS A;  2V12 C;  4DJU A;  1W5X A;  5P09 A;  1EBZ A;  3MSK A;  5P41 A;  2PMA A;  2WJO A;  3QN8 A;  3AID A;  3ZKG A;  4Y53 A;  4Y3L A;  1BBS A;  2FNS A;  3UDQ A;  4R93 A;  3S7L A;  1B11 A;  5B18 A;  5OYS A;  5IVR A;  2RMP A;  1HPS A;  5P7J A;  3KA2 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2AOC A;  5P1N A;  3KT5 A;  4F76 A;  3LZV A;  3NU9 A;  3LIN A;  2WKZ A;  2QI3 A;  5P02 A;  1XE5 A;  4Y4X A;  3UPJ A;  5P4T A;  1PRO A;  5KQX A;  1XL5 A;  4ZSQ A;  5OYZ A;  3PBZ A;  4NJS A;  5P7S A;  2RSP A;  5OZK A;  4U8W A;  1HWR A;  1LYA B;  5HE5 A;  4ER2 E;  1YT9 A;  4Z22 A;  5P6Y A;  5P4B A;  5IVS A;  2A4F A;  5F01 A;  1SH9 A;  1YTI A;  1B6L A;  2P3B B;  3QPJ A;  5P58 A;  2I4Q A;  2V11 C;  1FFI C;  3D3T A;  5P8F A;  4OBD A;  1SDT A;  5ISK A;  3DV1 A;  5P25 A;  5OZ3 A;  2I0A A;  5P6W A;  2AOF A;  1B6J A;  5ER1 E;  2G1S A;  5P4D A;  3OQF A;  5P7W A;  3G6Z A;  5P0G A;  1K1T A;  2QD6 A;  1HRN A;  2NXM A;  1D4L A;  3NWX A;  1FG6 C;  5ISJ A;  5P1X A;  3EKV A;  3R0W A;  5HDX A;  3O9I A;  1GNO A;  5P0L A;  5P6D A;  5HD0 A;  3UF3 A;  4OBH A;  4CP7 A;  4LXA A;  5P06 A;  3PSU A;  2H6S A;  4Y54 A;  4PYV A;  1HXB A;  2OF0 A;  1B6K A;  1Z1R A;  3HZC A;  3D20 A;  4KUP A;  4J0Z A;  4GJ7 A;  2ZJI A;  1BVE A;  5P61 A;  2FGU A;  5SY2 A;  2BPY A;  3ZKM A;  2G69 A;  5OZL A;  2AOI A;  4NJU A;  3OU4 B;  5P3Z A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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