2V00A

X-ray crystal structure of endothiapepsin complexed with compound 1
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Discovery of a Novel Warhead Against Beta-Secretase Through Fragment-Based Lead Generation.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords ENDOTHIAPEPSIN
total genus 86
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2007-05-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2v00A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2v00A01
1CMSA 3FV3A 1BBSA 1W6HA 3QBFA 5P4NA 5P3YA 5KR1A 1APTE 5P5DA 3INDA 2IRZA 4GJCA 2AQUA 2ZJHA 2P3DA 1ZLFA 5P6GA 3R0YA 4RROA 5P8PA 5P4IA 3Q5HA 1AJXA 1BAIA 5P5GA 1B11A 5ISKA 1AXAA 5P35A 3S7MA 4RRNA 3PSUA 5P3SA 4LXMA 5P3ZA 1HVCA 2IS0A 5P1ZA 3ZKQA 5P6UA 1T7JA 5P63A 1WBKA 5P25A 3ZKIA 1XL5A 5KR2A 4GJ9A 3O9EA 5P15A 4Y5EA 4EYRA 3ZLQA 5P3AA 1B6PA 5P0KA 2WEAA 4ACUA 1D4JA 4Y4ZA 3UDHA 2A1EA 2J9JA 4Y3QA 5P5KA 4R95A 4I0HA 3FIVA 2AZ9A 1PPME 3EKTA 5P08A 1TCXA 4Y5NA 3UDKA 5P5CA 5P4OA 3TPLA 2HC0A 5P2UA 5P2CA 1BV9A 3IN3A 5P0EA 4Y4WA 3KDCA 5OZZA 1LYWB 2G26A 4B1CA 3ZL7A 3QS1A 1PFZA 4IVSA 4I0ZA 5P45A 1LF2A 5P7ZA 4RVXA 5IVSA 3VSXA 5KQFA 3URJA 1KZKA 3O9CA 4Y3TA 5P6NA 5P84A 2WKZA 1MTBA 4L1AB 2Q3KA 1IZIA 3NXNA 3OTSA 4FGXA 3EM4A 3I8WA 2EWYA 2ZE1A 4B00A 1OHRA 4EJKA 3SQFA 3BRAA 5P66A 4JPCA 5OZWA 5P3BA 5P3HA 5P40A 1PSAA 1LV1A 5SZ9A 3OQ7A 1EC1A 2PQZA 1HHPA 4Y3MA 5P4TA 4J1IA 4J17A 1HVHA 5P6JA 4B1DA 4Y41A 4CP7A 1C6XA 1FQ4A 1FG6C 4F74A 3SM1A 3OK9A 4Y3GA 5P8EA 5P5BA 3LZVA 4OC6B 1Z1HA 5HDUA 4S1GA 5P73A 3F9QA 4LXKA 5OYUA 5P23A 3LIYA 5P6RA 5P6KA 5I3VA 1MRWA 1GVWA 3O9BA 4AA9A 4LP9A 3H5BA 3S85A 5P65A 5P51A 3BGBA 5OZPA 1HOSA 5P2GA 5P3DA 3PRSA 1SP5A 5P4EA 4Z4XA 1HSIA 2ER7E 8HVPA 5P2RA 3KFNA 4QJ7A 3L5DA 3EM6A 1Q9PA 2QI5A 2ZJMA 1IZHA 5P4ZA 3UDJA 3LITA 3O9AA 5J25A 3UQUA 2QZWA 2HM1A 5OYSA 5AGZA 4L7HA 4EP3A 1IZEA 4FRIA 5P88A 4FCOA 1Z1RA 1M43A 1EBWA 3Q3TA 5DQ2A 3GI6A 3SLZA 3DV5A 4Y58A 4DPFA 4R8YA 4PPHA 2Z54A 5P7PA 1EBKC 4Y3DA 5JFPA 1APVE 1DAZC 4ZPGA 5P6HA 4X2LA 3KN0A 2XFKA 3PB5A 1HVRA 4Y3RA 1BVEA 5P81A 4J55A 4HDPA 5P0YA 2O4KA 2OHRA 2Q55A 3EKWA 1T7IA 1FMXA 3CIDA 4ZIPA 5P0GA 2VA7A 2ZGAA 3NR6A 2AOGA 1HSGA 2NTRA 2QMDA 1MT7A 1KJGA 2VIEA 1LYBA 1YTIA 3OHHA 3UCBA 5P1VA 5IVTA 2JJIA 1RV7A 3OAGB 2R3WA 4TVGA 1OEWA 2XFJA 3L59A 3OU1A 2Q15A 5P4PA 4Y53A 3L38A 5P17A 5P1AA 2NPHA 5OZXA 3UDNA 2PH8A 4JECA 5P47A 3INHA 5OYYA 4Y5LA 4Y50A 5OZ0A 5P7GA 2PC0A 5P6XA 3OUDB 1OD1A 5E5JA 4RGHA 1K6CA 3NYGA 4YDFA 5P6DA 2F81A 5OYVA 3EL4A 4EQ0A 2O4NA 1UPJA 5E5KA 2I4DA 4DPIA 5P8DA 2PSVA 5AH8A 5TOLA 1HPOA 1TQFA 3DK1A 1CPIA 1FEJC 5P7BA 1TW7A 3S43B 2R43A 5P3EA 3PBDA 2QMFA 5P1DA 2WHHA 5P20A 2FXDA 2I0AA 4JP9A 1ENTE 2PMAA 2FIVA 5DQCA 5P8LA 3TPRA 4Y4EA 2WF1A 5P6LA 4L7JA 5P7IA 5P4YA 4QJ8A 2PK6A 2HIZA 3MXDA 2QU2A 2P3AA 3TPPA 2BPXA 4LC7A 5P0CA 1E80E 4CPTA 5P2HA 1G6LA 3PVKA 4FRJA 4RVIA 2WF0A 4Y3JA 1KJFA 4QGIA 3H0BA 5P4WA 4ER4E 5P7OA 5P4CA 3HDKA 5P0BA 4J54A 1ODYA 1NPAA 2JXRA 3O9HA 3CIBA 3GW5A 1XS7D 2QD7A 1GVXA 5P3NA 3DV1A 4EXHA 3QRVA 4CPSA 5HCOA 2ER0E 5P3VA 4HDBA 4HA5A 3EM3A 5JFUA 4Y48A 5P5UA 5P4LA 5P6OA 4DJWA 5SY3A 3UDMA 4M8XA 3OTYA 4NJVA 5P6ZA 1APWE 1HEGE 4I8ZA 3PWWA 4EP2A 2AOHA 3DM6A 3SA9A 4TRWA 4YD7A 3IXJA 3K5FA 1HWRA 2FXEA 5ER1E 4MC2A 5OZTA 1EEDP 5P0TA 5P2SA 5OZ5A 4ZPEA 2IKUA 5OZCA 4ACXA 4CPUA 5OZFA 3LIZA 1FIVA 5P1BA 3EL5A 5P7HA 5P5LA 3SM2A 1UH9A 4Q1NA 5P2YA 5COOA 2OHLA 5OYRA 2G1SA 1YTGA 1W5WA 2F3EA 3INFA 5KOQA 3SKGA 4DJYA 5P7FA 4I12A 4EJLA 1APUE 2R5QA 2OHSA 3ER5E 2HS2A 2Q5KA 1ZJ7A 2BBBA 3SPKA 3MWSA 3EL1A 5P1OA 4D88A 3QVCA 4JPEA 5P7TA 2Q11A 4DI2A 5DGUA 1B5FB 4RLDA 1SGUA 2R5PA 1D4YA 3D1XA 4Y43A 3L5BA 3PCZA 3D1ZA 3OUAA 5P7UA 5OZVA 1D4SA 5P4SA 5OZGA 2CEJA 1HXWA 2O4PA 5P8MA 4LL3A 1XE6A 4GMIA 1HTFA 2RMPA 5P6SA 5P1EA 5P2BA 3S56A 4Q1YA 5P2FA 1HVJA 1NPVA 4JOOA 5OYTA 1QBRA 5P5NA 5P1PA 5OZHA 5P1TA 2P83A 1YG9A 5P6IA 4MC1A 5P5EA 2BPZA 3UQPA 1G35A 5P37A 3RVIA 5P8HA 1ME6A 2O4SA 4YE3A 2G27A 4J1HA 4Y44A 5P74A 4J0YA 4Y4XA 1MT8A 3NU3A 1K2CA 4LHHA 3WSJA 1ZSFA 4DQEA 5P6FA 1MRXA 1EPLE 5P61A 1ZP8A 1QBTA 4Y37A 1XDHA 5KQZA 1B6KA 2XYEA 5I3YA 4NJTA 5OZ7A 3KMYA 1QBUA 5P57A 1SBGA 5P64A 2QNNA 5P2OA 2AOIA 2IGYA 1WKRA 2WEBA 4HZTA 4OD9B 2NNPA 4H3GA 4D85A 2VJ9A 5P8RA 2P3BB 3LPIA 4J1FA 5P02A 1C6YA 3OGQA 1XL2A 4DJUA 4K4QA 5P1HA 5P24A 5OZUA 5P53A 5P00A 3IVHA 5P2DA 4FM6A 4B78A 4DQGA 5P8VA 5P5SA 4Y5KA 5P71A 3HBOA 4WY6A 2AVMA 4Z50A 5P31A 2NXMA 3OQKA 4XX4A 1QRPE 3KT5A 4BEKA 1AAQA 1GVTA 3UDQA 3LHGA 1YM4A 3NWQA 3QVIA 1GVUA 4AA8A 2QMPA 2AZ8A 1BXQA 4OBZA 2V00A 4Y3EA 1LF3A 4EHCA 3IA9A 4YCKA 4J1EA 5P8NA 1C6ZA 5P0IA 1RPIA 1MUIA 2ER6E 2QI3A 1B6JA 3OXXA 3SFCA 1E81E 2G1RA 2XFIA 4CMSA 2ZJIA 4Y36A 3NXEA 3QPJA 2B60A 1K6PA 1ZTZA 4GJ8A 2QHCA 1HIHA 3QRMA 1AM5A 2HPFA 5HDZA 1FGCC 4OC6A 1GNNA 5P69A 4YD4A 5P7JA 4BFDA 3KYRA 2QI4A 1AVFA 3NDXA 2VJ7A 3PMUA 3RTMA 3PWRA 1HXBA 5P48A 2BB9A 3OU4A 3LNKA 1B6MA 4OBHA 2OHNA 5P07A 2ER9E 3SA8A 5OZYA 5C9FA 5P60A 1T6GA 1RQ9A 1RNEA 5P8OA 1BWAA 3EKYA 4GJAA 1LYAA 1YM2A 3D20A 5HD0A 5IVRA 5P4FA 5P7AA 2HPEA 5P4BA 4DH6A 5P1RA 5IVQA 4ZLSA 3IN4A 4Y4JA 5P8SA 1DW6C 5P52A 5KAOA 4F75A 1G0VA 5P0PA 7UPJA 4BELA 5IS4A 4RRSA 2ZDZA 4OBGA 5P6BA 3VYFA 3EXOA 4DFGA 2QCIA 2FDDA 1HIVA 3IAWA 3NLSA 3WB4A 1MIQA 1W5XA 1PSOE 4GYEA 5P80A 2WF4A 4CPQA 4F76A 5DQ5A 6UPJA 3ZPTA 3TOFA 1MVPA 2VA5A 3VLAA 1KJ4A 3T6IA 5AHBA 3HVPA 3KT2A 5P68A 2J9JB 3TKWA 4YD6A 5P3KA 2VA6A 3VLBA 5OZ1A 3NUOA 1A8KA 2AOFA 5P3PA 1IDBA 1ZBGA 3C9XA 5P2ZA 1META 3Q4BA 1K6TA 2IENA 3VFBA 1EC2A 3MXEA 4R5NA 5OZNA 3TLHA 2A4FA 5OZ4A 4EJDA 2IKOA 1HBVA 3VUCA 3LPJA 3VF7A 3Q70A 4I0IA 3K5CA 5OZ2A 3QRSA 5P06A 1OEXA 3OADB 3HAWA 1BVGA 5P85A 4FRKA 3U71A 3TOHA 5PEPA 4ZSPA 2VIYA 3PEPA 5P0JA 1W5YA 3OXCA 5P44A 1SGZA 2V0ZC 4DQBA 2WL0A 3JVWA 5P0FA 4Q1XA 5P8QA 3NU9A 1YTJA 2V10C 3RTNA 1KJ7A 3SABA 4ZE6A 5AH6A 3PLLA 5P7KA 4OBDA 5OZBA 1MSNA 5C9DA 3CKTA 4CPRA 4RYGA 5OZEA 4B72A 5P3XA 3IGBA 4YBFA 2HB4A 4PZWA 4J0TA 4XXSA 5P2VA 5P3FA 1BWBA 4YHQA 3GGXA 5BWYA 1IVPA 4D8CA 1UH7A 5P01A 3NSHA 4H1EA 2AZBA 2PWCA 5I3WA 4Y3NA 3I7EA 3T3CA 4COEA 5P19A 4NJUA 1YT9A 5HVPA 2PSUA 4H3IA 3KA2A 3RTHA 3RSVA 3EKXA 1N49A 4HE9A 5P6QA 3L5FA 5ISJA 4FSEA 3VV7A 2OHQA 3ECGA 2VIZA 3RSXA 3DCRA 3IXOA 2QI7A 3FX5A 3UTLA 5P1YA 1DIFA 5HE5A 1KJHA 3S45A 3ZKMA 2QHZA 4RZ1A 2P3CA 4KE1A 4Y3FA 1MSMA 5P3UA 5P26A 4QJ6A 5P5PA 2WJOA 4I0EA 5P0DA 2FGVA 3TTPA 3L3AA 4YDGA 5P6EA 2OAHA 5P8IA 1A8GA 3RU1A 4YCYA 4Y38A 5OYXA 5P7VA 4DJXA 2JE4A 3NU5A 2RKFA 5BRYA 5P0NA 2WF3A 4FLGA 4LXAA 4YA8A 2ZYEA 3O9DA 1ZPKA 2Q64A 2AOEA 3ZKNA 1HPSA 5OZ6A 5OZDA 3BHEA 4ER1E 3EKVA 4PEPA 2VIJA 1FQ7A 1IIQA 2QMGA 4FS4A 3I25A 3ZPSA 5B18A 3I2LA 5P0LA 4WY1A 3GGAA 3KDBA 5P4JA 1LS5A 3JW2A 1QS8A 1SDTA 1M0BA 5P30A 4NPUA 3OQFA 5P49A 3TPJA 3R0WA 3TKGA 3O9LA 3G72A 1MTRA 2UXZA 4Q5MA 2F3KA 3K4VC 3BUGA 2B7FA 3PM4A 2QZLA 1W6IA 1FB7A 4Y3SA 4ZSMA 1LYBB 3L5EA 2QP8A 4DV9A 4A6BA 2G1OA 1HTEA 1SDUA 4XKXA 4RVJA 3UDYA 4DJOA 3LIVA 4IVTA 5P4DA 3IXKA 3OU1B 5HTZA 5P6WA 2ANLA 3VEUA 3N3IA 3EMYA 3VSWA 5P5QA 2AOJA 3D1YA 2OF0A 4FL8A 1D4KA 3ZOVA 3GI0A 4A6CA 1K1UA 4HEGA 5OZIA 1IBQA 1UH8A 3I6OA 4K9HA 3S54A 3EBZA 5P4RA 5P1KA 1HRNA 5OZ8A 3MSJA 5P3RA 5P76A 3MSLA 5P28A 5P3LA 1YX9A 5P38A 2AVSA 5P59A 5OYWA 4ZSQA 5HCTA 3AUPA 5P3OA 2BJUA 4AZYA 3UFLA 1XN2A 4Y4AA 3D3TA 5FIVA 3OOTA 3LZYA 5P5IA 2HB2A 3M9FA 2QD8A 2V11C 4Y4BA 4B70A 2RSPA 3IVIA 3NDUA 3O99A 2G24A 2QHYA 3O9IA 5P4HA 4NJSA 4YOAA 2PH6A 5OZOA 5JG1A 3U6AA 4Y5PA 5P10A 3CYWA 5P6VA 4EJ8A 3CKRA 2O4LA 2WF2A 5P2TA 3URLA 4DJQA 1FQ5A 2R3TA 4ER2E 5P5VA 9HVPA 4DQFA 5AHCA 4QJ2A 5P3JA 4PYVA 1A94A 1BILA 2UY0A 1BDRA 4Y51A 3OY4A 1WBMA 1MT9A 1FFIC 4I0GA 4YOBA 3D91A 5P05A 5P7RA 4Y3ZA 1GVVA 2FGUA 3VV8A 1ODWA 1SDVA 5P5ZA 1NH0A 3HVGA 5P5XA 5P2LA 3PWMA 5P5OA 1HPXA 5OZJA 5APRE 4Y3XA 5DR4A 1HIIA 3BC4A 5P6AA 1IZDA 5I70A 5HDVA 5P5HA 1FF0C 3PSYA 5CLMA 5P27A 5HU1A 4HVPA 1J71A 4FE6A 2F8GA 5OZ3A 5P2NA 2OHMA 1K1TA 5P56A 3UDPA 2AVQA 1ER8E 1TZSA 1AZ5A 4GZFA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1CMS A;  3FV3 A;  1BBS A;  1W6H A;  3QBF A;  5P4N A;  5P3Y A;  5KR1 A;  1APT E;  5P5D A;  3IND A;  2IRZ A;  4GJC A;  2AQU A;  2ZJH A;  2P3D A;  1ZLF A;  5P6G A;  3R0Y A;  4RRO A;  5P8P A;  5P4I A;  3Q5H A;  1AJX A;  1BAI A;  5P5G A;  1B11 A;  5ISK A;  1AXA A;  5P35 A;  3S7M A;  4RRN A;  3PSU A;  5P3S A;  4LXM A;  5P3Z A;  1HVC A;  2IS0 A;  5P1Z A;  3ZKQ A;  5P6U A;  1T7J A;  5P63 A;  1WBK A;  5P25 A;  3ZKI A;  1XL5 A;  5KR2 A;  4GJ9 A;  3O9E A;  5P15 A;  4Y5E A;  4EYR A;  3ZLQ A;  5P3A A;  1B6P A;  5P0K A;  2WEA A;  4ACU A;  1D4J A;  4Y4Z A;  3UDH A;  2A1E A;  2J9J A;  4Y3Q A;  5P5K A;  4R95 A;  4I0H A;  3FIV A;  2AZ9 A;  1PPM E;  3EKT A;  5P08 A;  1TCX A;  4Y5N A;  3UDK A;  5P5C A;  5P4O A;  3TPL A;  2HC0 A;  5P2U A;  5P2C A;  1BV9 A;  3IN3 A;  5P0E A;  4Y4W A;  3KDC A;  5OZZ A;  1LYW B;  2G26 A;  4B1C A;  3ZL7 A;  3QS1 A;  1PFZ A;  4IVS A;  4I0Z A;  5P45 A;  1LF2 A;  5P7Z A;  4RVX A;  5IVS A;  3VSX A;  5KQF A;  3URJ A;  1KZK A;  3O9C A;  4Y3T A;  5P6N A;  5P84 A;  2WKZ A;  1MTB A;  4L1A B; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 6APR E;  4K4R A;  3KM4 A;  2QZX A;  5EZZ A;  5P3M A;  5P6P A;  4Y5B A;  3LIX A;  4Y35 A;  2BPW A;  4L6B A;  5DQ1 A;  2V12 C;  3L58 A;  1FQ6 A;  3O9L B;  1SME A;  2ZJL A;  5P8B A;  1DPJ A;  5P0Z A;  3TNE A;  2R8N A;  4RCD A;  5P1I A;  5P41 A;  3T7X A;  3SA7 A;  2FDP A;  2BKT A;  3ZMG A;  1A30 A;  4H3J A;  2PWR A;  4APE A;  1FKN A;  5P3W A;  5P3C A;  1ZAP A;  3ST5 A;  3CKP A;  4U7V A;  5OYZ A;  3URI A;  3L5C A;  5KQY A;  4OBF A;  1EBY A;  4OD9 A;  5COP A;  2CEM A;  3WZ8 A;  2P3B A;  3VG1 A;  1SIV A;  4APR E;  1T6E X;  3BUF A;  1TSU A;  1IVQ A;  5HDX A;  5C9B A;  3EKP A;  5P16 A;  1JLD A;  3QAA A;  4WTU A;  4Y3A A;  1LZQ A;  3KDD A;  1EAG A;  3APR E;  3OQA A;  3PMY A;  5EZX A;  5UPJ A;  5P0O A;  3O9F A;  5HE7 A;  2Q63 A;  3QRO A;  1Z8C A;  3OXW A;  1U8G A;  5P22 A;  5IE1 A;  3UF3 A;  4NPT A;  2REN A;  1HTR B;  2P4J A;  3R2F A;  5P1J A;  2I4V A;  2BPV A;  3DCK A;  3S7L A;  3BVB A;  3UQX A;  4LBT A;  1FFF C;  5P5Y A;  5P46 A;  2VNN A;  4I0F A;  4Y56 A;  3N4L A;  4L7G A;  2WED A;  3NDW A;  3OUB A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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