2VIEA

Human bace-1 in complex with n-((1s,2r)-1-benzyl-2-hydroxy-3-((1,1,5- trimethylhexyl)amino)propyl)-3-(ethylamino)-5-(2-oxopyrrolidin-1-yl) benzamide
Total Genus 104
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
104
sequence length
385
structure length
373
Chain Sequence
EMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPQVTVRANIAAITESDKFFIQGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGSVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTQQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Bace-1 Inhibitors Part 2: Identification of Hydroxy Ethylamines (Heas) with Reduced Peptidic Character.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
molecule keywords BETA-SECRETASE 1
total genus 104
structure length 373
sequence length 385
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2007-11-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2vieA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2vieA02
5DR3A 1FG6C 3Q5HA 4Q1NA 4J1IA 5P4HA 2AOJA 3PI5A 3O9HA 5P3KA 1K6VA 4Y45A 5P32A 5P0QA 3O9IA 3PWRA 4PEPA 3SFCA 5P4RA 5P4KA 5P2OA 5P1CA 1KJHA 5ENMA 3B80A 4Y4ZA 3FV3A 2G94A 3INFA 4YDFA 3R4BA 1PPLE 5P5IA 2BPWA 5OZDA 4QJ7A 2XYEA 5P8SA 4YD4A 4ACXA 4EQJA 5P30A 5P4TA 5P1QA 5P62A 1QBSA 4YD6A 2FMBA 4DQEA 4Y4EA 4Q1YA 4Y3JA 5P0WA 1FMUA 4Y3ZA 4YBIA 4Y54A 3EM4A 1SIPA 3UFLA 1AZ5A 2A4FA 3O9BA 3O9DA 4I0ZA 4CPWA 5P05A 5P19A 1ZPKA 1D4HA 5P08A 4B78A 1HEGE 1FGCC 4GJ5A 5P0AA 4D85A 1MERA 5P86A 5P53A 5OZUA 5P1SA 1CZIE 2V13A 2JJIA 1C6XA 5P3XA 3UQRA 9HVPA 3QAAA 1HTEA 3TOGA 4A6CA 5IVQA 2RSPA 1EPNE 5OYZA 3VEUA 2QI3A 3ER3E 5ER1E 3DUYA 5P2XA 2QU3A 1UPJA 1MSMA 1ZTZA 3RSVA 4I11A 4MC2A 4PZWA 3K4VA 3JVWA 3KMXA 5DR7A 3CICA 5P33A 1EPRE 1GVWA 1UH9A 7HVPA 5P0DA 4EJ8A 5P39A 1A9MA 5P29A 5P6AA 1DAZC 3BXRA 2ZGAA 3DJKA 4Y37A 5P0FA 5P3EA 4Y4GA 1YG9A 5P7VA 1PSOE 5P5NA 2AVMA 2QCIA 1CMSA 4J1FA 5P74A 2ZHTA 3VF5A 3OU1A 4YBFA 5P6UA 3D20A 3SQFA 3ZKXA 2BPXA 3C9XA 4TRYA 4CPUA 3LITA 1XN3A 3KM4A 3VF7A 3ZPSA 1W5WA 3OTSA 4GJ8A 4K8SA 1MSNA 3EL9A 3I8WA 3FSMA 4Y4JA 5P1WA 1D4JA 3G72A 4RYGA 5P3MA 4FS4A 3LIYA 5OZ5A 5P68A 1BXQA 4Y3DA 4J17A 1MT8A 4KUPA 3ECGA 1K1UA 1IDAA 5HE4A 1D4KA 5P3TA 3ZOVA 5KOSA 2F81A 5P07A 1DW6C 5P4EA 2QNQA 4ZEAA 1EC0A 5APRE 1W51A 2XFIA 5P18A 3LZYA 2PSUA 2P3BB 3KT5A 3EKVA 3BGCA 3RSXA 1MUIA 4Y5PA 2NXLA 4OBDA 5P63A 3PSGA 4ZLSA 5OZRA 5P45A 5KR1A 3T7PA 2I1AA 4J0YA 4LBTA 5P8PA 4I0IA 4YA8A 5P8IA 3SKGA 3VYEA 3M9FA 4OBKA 4QJ8A 5OZ0A 5OYUA 4B0QA 5P20A 3ZKIA 5P2KA 1XDHA 5P4CA 3TL9A 4Y35A 4DJWA 3F9QA 1EPOE 5P2MA 1LYWA 4Y5CA 2PMAA 5I3YA 1APVE 3Q3TA 4DQFA 4APEA 3O9EA 1T6EX 3EKPA 1A94A 5P72A 4M8YA 5OYXA 5P1OA 1WBMA 3UF3A 2G1SA 2J9KA 3LIQA 4RCDA 2JJJA 3LPKA 5P2VA 2UXZA 3CIDA 3HBOA 3HLOA 3ZL7A 3OOZA 3EKWA 4DQBA 5DQ5A 2CEMA 3MXEA 3K1WA 5P3QA 2ZJHA 1TW7A 1MT9A 2QD7A 5OZ6A 5P0SA 5P8AA 4GYEA 2QI1A 3SA6A 2XFKA 4I8ZA 3TKWA 3LZVA 3ZKNA 3PWMA 5P4MA 5P5WA 4DFGA 1K6PA 4L1AA 5P1LA 5P3PA 3ZKGA 1C6ZA 1EPME 5P0PA 2WF3A 4Y3XA 1IZEA 4AA8A 2VIJA 5P8VA 4UPJA 4NJSA 2UPJA 5P3GA 2R5PA 5P10A 5P5JA 3SM2A 2P3AA 4LAPA 1IIQA 3ER5E 5P5RA 1D4LA 4I0DA 2VJ9A 5P0CA 2F3KA 2FDPA 2PSGA 5P0YA 1HBVA 2F80A 5P40A 2B60A 1LYAA 2I4XA 4WTUA 3OAGB 2HB4A 4J55A 4LXAA 4TRWA 5P1KA 2G24A 4RCFA 3GGAA 4J1CA 3BRAA 1YT9A 5P1BA 1ZP8A 5C9DA 3BVAA 2ER6E 1LV1A 4Y3AA 1FQ8A 4OC6B 1AIDA 3PCZA 4PYVA 3KFNA 2IQGA 2R8NA 1ZPAA 1HPXA 3SM1A 3TTPA 1Z1HA 5P8MA 2F3FA 5OZVA 1MTBA 2BQVA 1XE6A 5P8FA 2WF4A 2FGUA 5CONA 5P87A 3CMSA 3L59A 5B18A 3T7XA 3OQKA 4HEGA 2B42A 3ZPUA 4H3IA 4Y4BA 4GJAA 5OZNA 4HDBA 5P5PA 2OHRA 2P3DA 4EPJA 5KR2A 4EQ0A 4Y3YA 1HPVA 3EL1A 4J54A 5P6YA 2V16C 1YTJA 4Y6MA 5P1UA 5P4VA 5HD0A 5P3VA 5P02A 1BV9A 3L38A 1GVUA 1LYBA 2AOCA 2FNSA 4YHQA 2I0DA 2ER7E 4HE9A 3EL5A 4J5JA 5P7BA 4FCOA 5IVSA 5P67A 5OZGA 1LF2A 3A2OA 2FXDA 1AXAA 5COPA 2RKGA 4J1KA 3PHVA 5P1TA 5P4FA 2QHYA 5P0OA 5P85A 3UDJA 4D89A 4DQHA 1AAQA 2VJ6A 5HVPA 1IZIA 4Y3MA 4F73A 3UDNA 5OZ8A 5P4DA 5P3WA 3UHLA 3OU4A 5EZXA 3URLA 3OXWA 3OUDB 4ACUA 1AM5A 3OUDA 5HDVA 2JYSA 2O40A 3SA5A 3ZKSA 5P8QA 5SZ9A 5P55A 3D91A 5P6EA 1MEUA 5P3OA 3MSLA 5P2ZA 1HVRA 5P6IA 4L6BA 2HIZA 1G0VA 2OHTA 5P23A 2RMPA 5P4XA 5P2LA 1HVIA 5P24A 1GKTA 5AH9A 2A1EA 5P16A 1GVVA 2IDWA 3OY4A 5HDUA 3O9LA 5P28A 4GZFA 2AVQA 2ZHSA 5P0TA 5P3HA 5P7RA 3U6AA 5P4SA 2HM1A 5BWYA 1KJFA 3R0WA 5P4JA 2AVOA 1ME6A 3QBFA 5P2YA 5JFPA 3S7MA 5P8EA 5P7LA 1GNNA 1EPQE 4RZ1A 4Z2ZA 3QROA 3KDDA 4S1GA 3Q6YA 3K5GA 2CEJA 2QI4A 1B6MA 1BILA 2Q5KA 3IN4A 3I25A 2ZHRA 4NJUA 4Y5EA 5P6NA 4BFBA 1W6IA 3PM4A 4DJVA 5P7WA 4AUCA 5OZFA 5HU1A 1RNEA 5P2SA 1HOSA 4Y3SA 3UTLA 5KOQA 5P8UA 4OD9B 5P4BA 3L5FA 2OHPA 1BVEA 2WHHA 3GI5A 3SACA 2F3EA 3OADB 1G2KA 4ZSRA 2IEOA 3OQ7A 5P48A 5P49A 4Y3PA 5P7NA 1LS5A 2I4VA 5P8JA 2PYNA 5OZJA 6UPJA 3QRVA 4KE0A 3NU6A 2QD6A 5OZZA 5P58A 4B00A 2ZJNA 2WEBA 3EKXA 5P6LA 3OHHA 5P0JA 2VJ7A 4FE6A 4MC9A 4FM7A 4LHHA 5P2BA 1HRNA 4E43A 2QI7A 3DOXA 1RPIA 7UPJA 1KZKA 1HVSA 1HPSA 2Q64A 5P3CA 1W5VA 2FS4A 3GW5A 5OZ2A 1NPWA 3L5EA 5P12A 5P1VA 5P7ZA 5P3FA 5P5TA 1BDQA 4H3GA 4HDPA 4K9HA 3PRSA 5OZ1A 4H3JA 3VFBA 3UQUA 5P73A 1ZSFA 4RVJA 5P2UA 3BC4A 3BUFA 2HS1A 1SMRA 3NU4A 5P34A 2PWCA 1PFZA 5P2EA 1ODWA 4COEA 8HVPA 3PGIA 1F34A 5P41A 3NDUA 3S54A 3UFNA 1E5OE 1EPLE 4B05A 5P89A 4IVTA 1OHRA 1W5XA 2O4LA 4YD5A 2PK6A 2ZE1A 3QVCA 5P61A 3INEA 4HZTA 2AVVA 5P6DA 2ZJLA 3U71A 5P7TA 4HA5A 1BDLA 3R1GB 1YTIA 1OEWA 5AHCA 4LC7A 5I70A 5HCOA 1PROA 5P7AA 3FIVA 4Q5MA 3KFPA 3UDRA 1BWBA 1DIFA 3OQAA 4YOBA 3O9FA 1JLDA 1XL5A 1MESA 1J71A 2G21A 4YD7A 4Y5MA 4Y3QA 2Z54A 1EPPE 1SDTA 4QGIA 3TPRA 4CPTA 3BUHA 3UQXA 4HDFA 3NWXA 3S2OA 1E80E 5P09A 4Y3HA 3WZ8A 1HTRB 2G1NA 2AZCA 5P52A 5P5CA 5OZ3A 4L7HA 5P6CA 1VIJA 4GB2A 1D4IA 3RTMA 5P7QA 2QP8A 4I0HA 3OUBA 3B7VA 4NPUA 3INDA 1G6LA 2R9BA 4Y5LA 4OBZA 3WZ7A 2PK5A 3HAWA 1T7IA 5OZQA 2OAHA 2IGYA 5P1NA 3VV6A 5P3YA 4EP2A 5P3RA 5P71A 2FXEA 5CLMA 4I0JA 5P1HA 5P6RA 5HDXA 2QU2A 5OZ9A 1NPVA 3EM6A 4DI2A 4KE1A 5P2NA 5OZHA 2JXRA 2G1YA 2BJUA 1MVPA 4I0GA 5P44A 1IDBA 3GGXA 2Q3KA 1B6KA 5P0XA 3R2FA 2AVSA 3PLDA 5P5KA 2QD8A 2V0ZC 3VF3A 3OU1B 3VCMA 2WEZA 1EBKC 3NXNA 4D8CA 2WKZA 5P0KA 5ISJA 2JE4A 2Q11A 2VA6A 3T11A 3QIHA 3MSJA 4Y51A 3Q70A 3HZCA 2SAMA 1FEJC 4X7IA 5P65A 5E5KA 2NNKA 3GI6A 2QI0A 4EHCA 3ST5A 3APPA 4DVFA 3LIZA 5P6QA 3TPJA 5TOLA 2QNNA 2BBBA 4ZPFA 1Q9PA 3L5BA 3O9AA 5P3IA 2IGXA 4F74A 1ENTE 3T7QA 5HU0A 5OYTA 5KAOA 2B8LA 3WZ6A 1T3RA 3UPJA 2ER9E 3OQDA 2Z4OA 2NMZA 4Q1WA 4DJPA 3QN8A 3L5CA 5SXNA 3UDPA 3ZKMA 4Y47A 3SA4A 5P3BA 4YOAA 2OHKA 2OHNA 5P1JA 5OZWA 4Y3EA 4WY1A 5OZCA 5J25A 5P64A 3L5DA 4F75A 2IKOA 4D83A 3EKTA 1MTRA 1YTGA 1EBZA 5P4NA 3VG1A 3FKTA 3CYXA 1LYWB 3TNEA 4DQCA 4R8YA 2O4SA 4Z4XA 2QZXA 3NLSA 1APWE 5P56A 5P27A 1K2BA 3RTHA 1B6LA 2IENA 5OYVA 2R5QA 4FRIA 4Y5AA 5AGZA 5P8NA 4JOOA 5P6ZA 4RVXA 4BELA 1HIHA 2VA7A 4PHVA 4XKXA 3INHA 4LP9A 2PWRA 5P78A 5P1GA 2ZJKA 3D1XA 4FLGA 5OZSA 3PI0A 3UDYA 3ZKQA 1HVKA 3TPLA 4NPTA 5P2RA 5P8TA 2ZHUA 5P0MA 2I4QA 5P38A 3KYRA 1D4SA 4KB9A 1LZQA 4BFDA 5P5OA 3LIXA 5P59A 4Z22A 3HVGA 5P0ZA 3N3IA 4L7GA 5DQ2A 3OXVA 2AOFA 4L1AB 1PSNA 4ZPGA 3NWQA 1HVLA 5P77A 2I4DA 3VUCA 3VYFA 5IE1A 4YDGA 4Y48A 1SP5A 4Y57A 4Y56A 3LPIA 1M43A 4FSLA 5HCTA 5P0VA 1KJGA 5P8DA 3DCKA 3DV1A 1FQ6A 1LYAB 5DQ4A 1IVPA 3O9CA 3KFSA 3OHFA 2G1RA 5P54A 3MSKA 4FGXA 1META 4I1CA 4Y39A 4XX4A 5T4SA 2ZHVA 5P5XA 4X2LA 1HSGA 3K5FA 2P4JA 4DJUA 1B6JA 3LZUA 1K1TA 4EYRA 5OZPA 5OZIA 1FF0C 2PH6A 4DJYA 1LF3A 3RVIA 4DJXA 5JG1A 2AZ9A 3NSHA 4FAEA 5OYWA 3N4LA 2VIYA 3LINA 5P7HA 1DMPA 5P60A 4TRZA 3PB5A 4J1HA 3SA9A 1M0BA 1U8GA 1K6TA 3HAUA 4L7JA 4FIVA 4FRJA 1FMBA 5P7GA 5SY3A 3WSJA 5P7DA 1SH9A 5P26A 1YTHA 1EC1A 1MT7A 5DR0A 2QMGA 5P5ZA 1A8GA 4I12A 4GJ9A 3TOHA 1LYBB 1VIKA 5P80A 3LZSA 3PSYA 4DH6A 1F7AA 5OZ7A 3SA8A 3NUOA 4Y3RA 5UPJA 4Y3GA 5OYYA 3I2LA 5IS4A 2QMDA 5KR0A 4DJQA 4GJ6A 4RGHA 5P3SA 3RTNA 4D88A 5I3VA 3OU4B 5OZYA 1HPOA 2ANLA 5P31A 4CKUA 1MRXA 5P6VA 3UCBA 2AZBA 5P1RA 2H6TA 1LF4A 4R93A 3QRSA 1T6GA 2I0AA 4J0PA 5HTZA 2J9JA 1HTFA 2AQUA 4Y5NA 3IAWA 3TOFA 5P4UA 2G1OA 3PVKA 2HC0A 1IZDA 2CENA 2NXMA 1BAIA 5ISKA 4OBJA 4B1DA 3O9LB 6FIVA 1ZAPA 1HVJA 5P5DA 1PPKE 2OHLA 3VSXA 3VYDA 4U8WA 4B72A 1HIVA 3HD8A 4Z50A 1QBRA 4Y5KA 4IVSA 4H1EA 4YD3A 4EWOA 4GJBA 3AIDA 1SDVA 4Y3LA 4N00A 3EC0A 3CYWA 5P6GA 3KN0A 3FNSA 1OEXA 3NU9A 1A30A 3URIA 2FIVA 5P43A 3D1YA 5AHBA 3WB4A 5P17A 1C70A 2VIZA 1FFIC 4AMTA 5DGWA 2R38A 4Y4UA 3UQPA 5P4LA 4AZYA 1APUE 3O9GA 1QS8A 5P37A 3PBDA 3PWWA 5P2WA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5DR3 A;  1FG6 C;  3Q5H A;  4Q1N A;  4J1I A;  5P4H A;  2AOJ A;  3PI5 A;  3O9H A;  5P3K A;  1K6V A;  4Y45 A;  5P32 A;  5P0Q A;  3O9I A;  3PWR A;  4PEP A;  3SFC A;  5P4R A;  5P4K A;  5P2O A;  5P1C A;  1KJH A;  5ENM A;  3B80 A;  4Y4Z A;  3FV3 A;  2G94 A;  3INF A;  4YDF A;  3R4B A;  1PPL E;  5P5I A;  2BPW A;  5OZD A;  4QJ7 A;  2XYE A;  5P8S A;  4YD4 A;  4ACX A;  4EQJ A;  5P30 A;  5P4T A;  5P1Q A;  5P62 A;  1QBS A;  4YD6 A;  2FMB A;  4DQE A;  4Y4E A;  4Q1Y A;  4Y3J A;  5P0W A;  1FMU A;  4Y3Z A;  4YBI A;  4Y54 A;  3EM4 A;  1SIP A;  3UFL A;  1AZ5 A;  2A4F A;  3O9B A;  3O9D A;  4I0Z A;  4CPW A;  5P05 A;  5P19 A;  1ZPK A;  1D4H A;  5P08 A;  4B78 A;  1HEG E;  1FGC C;  4GJ5 A;  5P0A A;  4D85 A;  1MER A;  5P86 A;  5P53 A;  5OZU A;  5P1S A;  1CZI E;  2V13 A;  2JJI A;  1C6X A;  5P3X A;  3UQR A;  9HVP A;  3QAA A;  1HTE A;  3TOG A;  4A6C A;  5IVQ A;  2RSP A;  1EPN E;  5OYZ A;  3VEU A;  2QI3 A;  3ER3 E;  5ER1 E;  3DUY A;  5P2X A;  2QU3 A;  1UPJ A;  1MSM A;  1ZTZ A;  3RSV A;  4I11 A;  4MC2 A;  4PZW A;  3K4V A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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