2VNMA

Human bace-1 in complex with 3-(1,1-dioxidotetrahydro-2h-1,2-thiazin- 2-yl)-5-(ethylamino)-n-((1s,2r)-2-hydroxy-1-(phenylmethyl)-3-(((3-(trifluoromethyl)phenyl)methyl)amino)propyl)benzamide
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
385
structure length
374
Chain Sequence
EMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPQVTVRANIAAITESDKFFIQGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTQQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Second Generation of Hydroxyethylamine Bace-1 Inhibitors: Optimizing Potency and Oral Bioavailability.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
molecule keywords BETA-SECRETASE 1
total genus 100
structure length 374
sequence length 385
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2008-02-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2vnmA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2vnmA02
4QJ7A 5P3LA 2BKTA 1ZP8A 3KFNA 6UPJA 4OBZB 3G6ZA 3APPA 5IVRA 2R9BA 3O9IA 5P7SA 5P4AA 5P6AA 3TOGA 5KR2A 5SXNA 5P40A 5F00A 3UQUA 1T3RA 4CP7A 2AZ9A 1FMXA 2G94A 2APRA 3PI5A 2FLEA 2NMZA 3BXSA 1BDLA 2XFJA 3GGUA 5P06A 3GGAA 3UDNA 1APVE 4DFGA 1NPWA 1HVIA 5P36A 3KF0A 5DR0A 5OZ1A 4Y43A 2A4FA 3UQXA 1QBUA 1K6CA 4Y58A 3K5GA 3BUGA 5P5SA 4B72A 5P14A 5P82A 4FM7A 7HVPA 5B18A 3UPJA 5P4FA 4DJVA 2WF0A 2IEOA 2BPXA 2ZJJA 3DCKA 5P0HA 2QHCA 2UXZA 4HDPA 4DJQA 1TW7A 4Y4ZA 2BPYA 4Y36A 3DUYA 4EXHA 2FDEA 5P0XA 5P13A 3OXCA 2ZE1A 5P1XA 4J1CA 1HEFE 5P89A 3R4BA 5P7BA 4Y53A 3I8WA 4Q1WA 3HBOA 3TKWA 4I0EA 1HSGA 5P4JA 2QMGA 5KQYA 5P32A 2P4JA 3OXXA 5OYYA 5P2SA 5P7GA 3T7QA 5P61A 5P6EA 1EAGA 2I0AA 2R38A 1IDBA 5P1PA 5P8OA 4Y5AA 2JE4A 3OGPA 3ZMGA 1K1TA 3I25A 3O9LA 4YE3A 4Y3RA 4GB2A 5EZXA 4PHVA 4Y3XA 5P4NA 4B78A 4DQBA 4Y47A 4TRZA 3LIVA 2XFKA 1W5XA 5HCTA 1APUE 4Y3DA 2ER7E 5P5BA 3PGIA 5P10A 5KOSA 2RKGA 1GKTA 5E5KA 5P66A 3ZKMA 4FAFA 5P62A 3BXRA 2O4SA 4Y4BA 2PK6A 3EM3A 3NDXA 5P01A 5OYQA 1AJXA 5JFPA 5P6JA 5P4LA 1FQ6A 5P2JA 3SA4A 2VIEA 5P5RA 1ZAPA 5BS4A 1Z1HA 4DVFA 1BV9A 5APRE 1B5FB 4OD9A 3R1GB 3OAGA 2G1OA 5P05A 1EPQE 1XE5A 5TOLA 4ZSQA 4MC6A 4OC6A 3UDKA 3CICA 1FF0C 2ER9E 5P8JA 3OHHA 1B6KA 5OZ0A 1UPJA 4I8WA 1G6LA 4Y3AA 2AOEA 3EKPA 1MT9A 5IVQA 3KMYA 1LV1A 5P5MA 1G0VA 5DGWA 1ZSFA 4XX4A 1LF2A 5P26A 1QBRA 4F73A 4YD6A 4EP3A 5P5UA 4S1GA 3NXEA 2PQZA 5IS4A 5HCOA 2QI4A 4DH6A 3OWNA 3R0YA 4DJRA 1TCWA 5OYTA 1M4HA 5FIVA 5P7XA 4Y5BA 3H5BA 2B42A 4I12A 1GNMA 3K5DA 3EM4A 1XDHA 5DPZA 3PCZA 2IQGA 3MSJA 5OZWA 3DM6A 3KYRA 5P55A 5P8HA 3B80A 5P2NA 2BPZA 4Y3PA 5OZYA 4BEKA 1HOSA 2NXDA 2CEJA 5OZDA 2JJJA 5OZEA 4FM6A 4I0ZA 4OBHA 2FNTA 4Y4UA 3EC0A 4YOBA 2FGVA 1A8GA 5P54A 5P1BA 3VSWA 3OADB 5DQ2A 4WY1A 2HM1A 4DQCA 1EPOE 4EQ0A 5P6CA 3TTPA 2NNPA 3CMSA 1D4LA 5P5TA 1E80E 5OZQA 1M0BA 2WF2A 4RYGA 3QI1A 5P6HA 1EC1A 4J0TA 5P68A 5P34A 3LIYA 2PSUA 5P35A 5P3MA 3ZLQA 3I7EA 3OU4A 3QVIA 3C9XA 5P33A 1YX9A 5HE4A 5P7WA 4Y3MA 2BPVA 4R93A 4NJTA 2HS2A 5P65A 5P3KA 4I8ZA 1YT9A 3IN4A 2R5PA 1SGZA 2G20A 5P3EA 5P3ZA 3EXOA 4HDFA 5OZHA 4I0DA 4LXMA 4ACXA 4U8WA 3LZSA 5P5NA 4DQHA 2J9JA 3OUAA 1FG8C 5P4BA 2OHLA 5OZRA 5P0BA 4YD3A 5ENKA 2ZHRA 5P2ZA 1HIHA 5P0WA 5P3QA 4WTUA 1ER8E 5P2OA 5P1ZA 4Q1YA 2P3AA 3IXJA 5P02A 1AIDA 2Q55A 5P79A 5P2LA 4PEPA 3PWMA 1PROA 2V10C 3O9EA 5P5YA 2JJIA 3SFCA 4GZFA 5P3JA 8HVPA 4X2LA 3OUDA 1HSIA 3MXDA 4CPXA 5P4DA 3S54A 1EBKC 1D4KA 3D91A 5OZZA 5P8TA 3T6IA 3TPRA 4BFDA 3LIQA 5P2FA 1HPOA 4Y41A 5P38A 3O9GA 5P04A 1LS5A 4Y4XA 1APTE 3VEUA 5P42A 3UQPA 5P4QA 5P18A 4DPFA 5P1EA 3HZCA 3I2LA 3OUBA 4KUPA 4CPTA 3QP0A 5OYUA 3QBFA 5P49A 3FNTA 1B11A 4KE0A 1QDMA 5P8EA 6APRE 1VIKA 2IL2A 1HPXA 5P4TA 5P3TA 3N3IA 4ZSRA 5ISJA 2SAMA 5P1OA 3EL9A 5P45A 3VYDA 4FS4A 1WKRA 1T6GA 2VIJA 1GVWA 4CPUA 4RRSA 5P6TA 2QK5A 1W50A 4J1KA 3FV3A 3BHEA 5ENMA 5OZKA 4LHHA 3S7MA 3BRAA 3PLDA 5P5XA 4I0IA 4NPUA 2QCIA 2B7ZA 2PYMA 1VIJA 4K4PA 5P1DA 5P60A 3VSXA 5P1KA 3TOHA 3EL5A 3R0WA 4NKKA 3HVPA 2UPJA 3EKYA 3D3TA 3CIDA 4EP2A 4LBTA 5OZ7A 5P2RA 3LZVA 2HB3A 5P12A 5P2TA 1C70A 4JECA 5P5QA 4OD9B 2WEDA 5P6IA 5P6FA 3OAGB 4Y51A 3UDHA 3GW5A 1EPRE 1HVLA 1HPVA 5P83A 4Y4GA 2AZBA 2QNNA 5IVTA 1RV7A 5P7OA 1HVHA 2R43A 1AZ5A 4B1DA 3LPJA 5OZGA 1KJGA 3L5FA 4FM8A 5P53A 4DJOA 1SDTA 3OY4A 2Q54A 1FQ8A 4H3JA 5P17A 3VF3A 1HVJA 4L7JA 4HZTA 4RRNA 4EQJA 4CPQA 4XKXA 4K9HA 3NDWA 3IVIA 5P4HA 4DPIA 3VV8A 5P1AA 1T6EX 5P3CA 2QZWA 1IVQA 3OK9A 4RYCA 5P4EA 5P74A 3ZKSA 5P4SA 4Q1XA 2Q64A 2QD8A 1EBZA 1W5VA 1MERA 5P1NA 2NXMA 4NPTA 5P27A 3FSMA 4B0QA 1MPPA 3VFBA 3IGBA 5P0VA 3NU5A 4PZWA 1JLDA 5P69A 2O4LA 4LXAA 5P0PA 3PMYA 3FNSA 1EPME 5P8VA 5P7NA 5P5JA 4J55A 4LP9A 3RSXA 2NXLA 4L1AA 3IAWA 1PSAA 3U6AA 3UDMA 5P8GA 5P37A 1TZSA 3D1XA 4RVXA 1B6JA 5P3AA 5P7ZA 5KR1A 3OQ7A 3O99A 3OOTA 2QI1A 3OU4B 5P3NA 4TRWA 2RKFA 3G72A 2ZHVA 5P80A 1T7KA 5COOA 5P0EA 5I3XA 2ZJHA 4RZ1A 5P6GA 2QD7A 1SMEA 2QP8A 2NPHA 1K6PA 2B8VA 1BXQA 5P7DA 5P0NA 4Y54A 5P8RA 5P23A 3PSGA 4HVPA 5OZ2A 3IXKA 3UDYA 2CENA 3OQAA 5P8MA 4BFBA 2ER0E 2J9JB 4FSLA 5P4CA 5P4YA 3URIA 5P08A 4D8CA 1BVEA 4Y3TA 4Y3QA 1NPVA 5P8AA 5P3SA 3OGQA 4Q1NA 5P3RA 4I0JA 1A94A 3VG1A 2FIVA 3QVCA 3N4LA 1ZLFA 4GJ9A 3Q5HA 5P8CA 2ZHSA 3L38A 4MC2A 2P83A 5JODA 4CKUA 4GJCA 3FKTA 3OUDB 1ZTZA 3NU9A 2QU2A 4DI2A 5I3WA 2BKSA 5OYVA 2VS2A 5HU0A 1UH8A 5OZ6A 5P4IA 5P6DA 1DP5A 4F74A 3VYFA 5P7KA 5HU1A 4L7GA 4Y48A 3KDDA 2OHRA 4Y3YA 5P6RA 4Y4DA 4JPEA 4ZSPA 3TPLA 3S53A 4IVSA 3SLZA 4RGHA 5HDVA 5P0IA 4K4RA 1K1UA 2F8GA 3Q3TA 4HA5A 3OQDA 5P19A 2I0DA 4I11A 4PPHA 4GMIA 1WBMA 5SZ9A 3T11A 2PWCA 3PSUA 2I4QA 3KT2A 3MSLA 1A30A 1LEEA 4RCDA 4RVJA 4DJUA 1NSOA 1EC2A 4Y3WA 3LITA 4Y44A 2B60A 5P0KA 3ZKIA 4L6BA 1IZDA 2PH8A 3EKTA 4RVIA 5AH9A 5P5EA 1QBTA 3O9AA 2A1EA 2ZHTA 4Y45A 4RROA 1GVVA 1RNEA 1XL2A 2VA5A 5P2GA 5P31A 4APRE 1KJHA 4FE6A 5P6QA 1TSQA 4H1EA 5I3YA 1DAZC 3ZKGA 2PYNA 1F34A 5ER1E 3WB5A 4GIDA 2V13A 5P2YA 2AODA 5P03A 1ENTE 5DGUA 4YDGA 3OU1A 4Y50A 5HDUA 3SA6A 5P75A 1MRXA 4JOOA 1KJ4A 3O9HA 4GJ7A 1HPSA 1M43A 1Z1RA 3RVIA 1MVPA 5P4PA 3HDKA 4HDBA 5P1CA 1B6PA 3VLBA 4Y3HA 2OHPA 5P1RA 3SKFA 1GNOA 5P5AA 5P7RA 2IKOA 3G70A 5HE5A 2G1YA 3SPKA 1QS8A 1D4HA 2OHNA 3UFLA 5P84A 4L7HA 3NYGA 3PBZA 3NDTA 3MSKA 1E81E 3BC4A 1SDVA 5P0AA 5P3XA 2Q5KA 4ZLSA 3MWSA 5OZAA 3OXWA 1MT8A 4E43A 4D83A 4B1CA 4J1IA 5P2CA 1META 2BB9A 4Y5EA 5OZ5A 2R3TA 1ZBGA 3GI6A 3D1YA 5P4MA 2HS1A 1EBYA 4FRKA 4DUSA 5P2VA 5P7PA 5KOQA 3DV5A 1FMUA 4OBDA 5OZSA 2ZYEA 4YHQA 5P2KA 5P2UA 2O4NA 1FIVA 1BILA 1DMPA 1SMRA 3QN8A 4L1AB 3NU6A 2WL0A 5AH8A 1Q9PA 2V11C 5T4SA 5P6MA 3EL1A 3RTMA 3EKQA 2NTRA 1PPLE 5P1UA 5P15A 5HD0A 3KDCA 5P6NA 2QI6A 3HAWA 3KT5A 4B1EA 3SABA 4Y3SA 5P70A 3TH9A 1IDAA 4Y5MA 3LNKA 2AQUA 3PWWA 5ISKA 5P6WA 3PM4A 3I6OA 3T7XA 2FDPA 4EJKA 5P71A 5P50A 3KA2A 1LF4A 5EZZA 2UY0A 3SACA 3L5CA 3LPIA 5P5PA 4J1EA 3UDQA 4DV9A 4XX3A 3O9DA 2G26A 5P1LA 3PHVA 2R3WA 4FLGA 1QRPE 4OBGA 1YTGA 3MXEA 3QROA 5P1HA 2OHTA 5P0CA 4Y3NA 5P2BA 3DJKA 2ZGAA 4FCOA 4I0FA 5DR3A 5P2DA 5P41A 5P1VA 3VFAA 4Z2ZA 2R8NA 3GI0A 2JXRA 4J1FA 3NUJA 5P0TA 3K5CA 3JW2A 4A6CA 4Y57A 4YBFA 2QI0A 1HVKA 5P6PA 2AOHA 5P4WA 5P3GA 2IGXA 5DQCA 1FB7A 1TQFA 2QMDA 3URJA 2PWRA 3K1WA 1GVXA 4ZEAA 2WF1A 5P3PA 1C6ZA 4Y5LA 4OBKA 4QJ6A 1FG6C 2VJ7A 3EL0A 4A6BA 4R95A 3CYWA 1YTJA 3UTLA 5P1WA 1A8KA 3UQWA 1XS7D 3KMXA 5P76A 5P77A 1HWRA 5P6UA 3U71A 4ZSMA 5P3DA 5P8IA 2VNMA 4Y9WA 3ECGA 3PMUA 1EC3A 5OZMA 1K6TA 4GJBA 3RSVA 1C6XA 3L3AA 3KN0A 5PEPA 1YG9A 2PC0A 5P8BA 2VIZA 3TPPA 2OHUA 3ER3E 2RENA 2PSGA 2Q15A 5AH7A 2IS0A 1W5YA 5P0UA 5P8LA 6FIVA 5P7YA 2AVMA 5P67A 3Q4BA 5OYZA 2XYFA 2Z4OA 1FEJC 2P8HA 2F3FA 4Y4AA 5OYWA 3OU1B 2AZ8A 1UH9A 3INFA 5HDZA 2FMBA 5P3BA 2FXDA 1GVTA 1SH9A 3PSYA 1NPAA 4YD7A 4Y4WA 1IZIA 5HE7A 1LYAA 3UQRA 5P6KA 1C6YA 5P0DA 1PSNA 1KZKA 1YTHA 5P2EA 1DIFA 3GGXA 4TVGA 4Y6MA 1PSOE 2PSVA 1FFFC 2IGYA 2ANLA 4Y5GA 2WECA 5P0YA 3SO9A 3L5EA 1CZIE 3H0BA 3GI4A 3OXVA 2QMFA 1IZEA 2AOJA 5IVSA 3R2FA 1HTEA 1HVCA 3BUHA 5DQ5A 4FRJA 5P8NA 5P0GA 1TCXA 4MC1A 3TL9A 4DJYA 4K8SA 4R5NA 3NU3A 3VV7A 1SDUA 2G1NA 3EKVA 3SA9A 3SA8A 2OF0A 2AVOA 4QLHA 1FFIC 5P7MA 5IE1A 2AVSA 4ACUA 5P64A 5P0JA 4MC9A 2VA7A 5P7TA 1D4JA 3TKGA 5P5IA 4J17A 4LAPA 1IBQA 2HC0A 2MIPA 1EEDP 4B77A 2P3DA 1HBVA 5ER2E 2QZLA 5SY2A 2ZJLA 1W6IA 1MTRA 2I4UA 1ZSRA 3LHGA 1OEWA 5P4OA 5P8DA 5UPJA 2VA6A 1HVRA 5P73A 4N00A 5P20A 4JPCA 1BDQA 3EMYA 4J0VA 5P59A 4YBIA 3UDRA 4XXSA 3KFPA 4HLAA 4GYEA 5OZ4A 5BRYA 1HRNA 1W51A 1FMBA 1ZJ7A 3BGCA 3TPJA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4QJ7 A;  5P3L A;  2BKT A;  1ZP8 A;  3KFN A;  6UPJ A;  4OBZ B;  3G6Z A;  3APP A;  5IVR A;  2R9B A;  3O9I A;  5P7S A;  5P4A A;  5P6A A;  3TOG A;  5KR2 A;  5SXN A;  5P40 A;  5F00 A;  3UQU A;  1T3R A;  4CP7 A;  2AZ9 A;  1FMX A;  2G94 A;  2APR A;  3PI5 A;  2FLE A;  2NMZ A;  3BXS A;  1BDL A;  2XFJ A;  3GGU A;  5P06 A;  3GGA A;  3UDN A;  1APV E;  4DFG A;  1NPW A;  1HVI A;  5P36 A;  3KF0 A;  5DR0 A;  5OZ1 A;  4Y43 A;  2A4F A;  3UQX A;  1QBU A;  1K6C A;  4Y58 A;  3K5G A;  3BUG A;  5P5S A;  4B72 A;  5P14 A;  5P82 A;  4FM7 A;  7HVP A;  5B18 A;  3UPJ A;  5P4F A;  4DJV A;  2WF0 A;  2IEO A;  2BPX A;  2ZJJ A;  3DCK A;  5P0H A;  2QHC A;  2UXZ A;  4HDP A;  4DJQ A;  1TW7 A;  4Y4Z A;  2BPY A;  4Y36 A;  3DUY A;  4EXH A;  2FDE A;  5P0X A;  5P13 A;  3OXC A;  2ZE1 A;  5P1X A;  4J1C A;  1HEF E;  5P89 A;  3R4B A;  5P7B A;  4Y53 A;  3I8W A;  4Q1W A;  3HBO A;  3TKW A;  4I0E A;  1HSG A;  5P4J A;  2QMG A;  5KQY A;  5P32 A;  2P4J A;  3OXX A;  5OYY A;  5P2S A;  5P7G A;  3T7Q A;  5P61 A;  5P6E A;  1EAG A;  2I0A A;  2R38 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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