2VS2A

Neutron diffraction structure of endothiapepsin in complex with a gem- diol inhibitor.
Total Genus 78
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
78
sequence length
329
structure length
328
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The Catalytic Mechanism of an Aspartic Proteinase Explored with Neutron and X-Ray Diffraction
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords ENDOTHIAPEPSIN
total genus 78
structure length 328
sequence length 329
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2008-04-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2vs2A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2vs2A01
4GZFA 4H3GA 4D8CA 3OOZA 3T6IA 1PSNA 5P6NA 1DPJA 5COPA 5DR8A 1KJFA 2VKMA 5P4OA 3ZPUA 5KQXA 3NXNA 1SMRA 1A8GA 4Y44A 1K6VA 3L38A 5P0IA 4B70A 4B1DA 4B78A 1FKNA 5P6CA 5P07A 3LIXA 1K2CA 5P0UA 2F3KA 5P5RA 5P1AA 5I70A 5P8RA 1TQFA 5P85A 2Z54A 1SH9A 4TRZA 4QLHA 3TPJA 4CPXA 5I3YA 5P0MA 2NXMA 5P15A 3CKTA 3UDJA 5P35A 1BV9A 4N00A 5P6AA 3KF0A 2ZE1A 2ZDZA 3OQAA 5P7ZA 4LBTA 2XYFA 5P7WA 3NLSA 4RYGA 5P0YA 2HB3A 3D1ZA 3DCRA 5OZSA 1IZIA 3O9GA 3AUPA 4H1EA 3RTHA 4ACUA 3SA4A 3KMXA 5DR4A 5P75A 4GJDA 4DJRA 5P2IA 3SPKA 2HIZA 3IVHA 2RMPA 2ZJMA 2FLEA 4HDFA 4I0IA 4I0HA 4DFGA 3NDTA 3O99A 5P30A 5DR1A 3VYEA 2NTRA 4OC6B 5P2AA 5OZ2A 1NPAA 4FCOA 3I7EA 3CKRA 4RVIA 1HVCA 5I3VA 3KFSA 5OZ5A 4XKXA 4YD4A 2BPXA 4EJDA 4LHHA 5P00A 2O4NA 3K1WA 2AVVA 1SGUA 5P64A 3LNKA 3OTYA 5DR7A 5P5HA 4J1KA 2F3FA 1EAGA 3D91A 3NU6A 1FQ5A 4RCDA 4FS4A 5P4VA 5OZZA 3KDDA 2WJOA 5HDZA 4FRKA 5IE1A 2F8GA 3BGBA 5P7NA 3PLDA 4HDBA 5P1FA 5OZWA 4Y5PA 4CPTA 1XN2A 5IVTA 2Q54A 5BS4A 2OHLA 2R5QA 2NNKA 1W6HA 2BB9A 5P6BA 3KYRA 4GMIA 4DJPA 4K8SA 5P4YA 1MTBA 1RNEA 4OBGA 4LP9A 5P2EA 2XFJA 4Y48A 1FG6C 2WF0A 4B1EA 4ZE6A 1HRNA 5P2ZA 2AZ9A 5P61A 4HLAA 5P3YA 4E43A 5P28A 3IA9A 5OZCA 5P3BA 4ER4E 1KJGA 4J55A 1SIVA 5P7AA 3WSJA 2AVMA 3DV5A 3QRMA 1J71A 3RSXA 4KB9A 3GGUA 1YTGA 4K9HA 2OHRA 4I0FA 1DW6C 5HDXA 4R91A 3DV1A 3Q5HA 3O9LA 4I0GA 3VYDA 1M4HA 1HVIA 1HTGA 1E5OE 4DJQA 1ME6A 4YA8A 4DVFA 5I3XA 5P3ZA 4AZYA 3OQKA 2FGVA 1LF2A 2PWRA 3PBDA 3UTLA 3EC0A 2WHHA 2CENA 5P1EA 5P8DA 3SKGA 1E82E 1IVQA 5P55A 5OZUA 5P8OA 3HD8A 3PMUA 3PBZA 5P4ZA 5OYZA 5P6FA 1DMPA 2QZKA 5P27A 2QZWA 1T6EX 5P5FA 4J1EA 3K5CA 4M8XA 3B7VA 3IN3A 3TNEA 2I4VA 5P1GA 3LIZA 1BVGA 1AJVA 2ZHRA 4LXAA 1TCXA 3LIVA 5P8MA 5OZ6A 4J0PA 5P3XA 5P59A 4FAEA 1IIQA 3U71A 3QS1A 3SA5A 2OHQA 1AXAA 2Q55A 4YOBA 1W5XA 5P4IA 1C6YA 5OZ1A 1Z1RA 5TOLA 3SM1A 2ZGAA 4PPHA 1HIHA 1GNNA 5P7SA 1QRPE 3URJA 4RRNA 5P32A 4I8ZA 4DJYA 4F76A 1YX9A 5P11A 1RV7A 5F00A 5P5UA 4RGHA 3OUCA 5PEPA 3KN0A 5P54A 3VV6A 3BXSA 2UXZA 1SMEA 1T3RA 3I6OA 5P5QA 1JLDA 1LYAA 4ZPEA 2ZHUA 5P1DA 3FNTA 3BVBA 5P7XA 4Y5AA 5P8EA 2VNMA 2B8VA 2WEDA 3HBOA 1K6CA 4HA5A 5EZZA 5C9BA 4APEA 3NWQA 3U7SA 1HVJA 5P7HA 3TOHA 3EL1A 5P79A 4PEPA 5P7VA 5P1ZA 5P7KA 4IVSA 2AZBA 5P0LA 4GJ7A 5P2VA 3INDA 5DGUA 5CONA 5P1SA 4D85A 5OYXA 1T7JA 4H3IA 3VV8A 4HEGA 5JFPA 2NXDA 4YDGA 3GI4A 5P0XA 1OD1A 1W5WA 2PYNA 5P0AA 1HWRA 1T7IA 5P4FA 4R8YA 3EBZA 2FNTA 2VJ7A 4LC7A 3TOFA 2NMZA 1HTFA 4J0YA 5P4DA 2Q3KA 1BV7A 4CPWA 2H6TA 5P0VA 2ZHTA 5P6JA 1BXOA 5P31A 5P53A 4GB2A 4QJAA 3GI0A 1IVPA 4U8WA 2RKGA 5IS4A 5BRYA 4FGXA 3LZVA 4EHCA 1HXWA 5P3QA 3MSLA 3L3AA 5P56A 1E80E 1GVTA 3FIVA 3D1XA 3SA7A 3OU4B 4ZSPA 3UDKA 1C70A 2JJJA 5P81A 1ZP8A 3L5EA 2OAHA 2G26A 1FIVA 3APPA 4Y5LA 3VSWA 4OBZB 4J0ZA 3SACA 4MC9A 4ER2E 1OEWA 3S85A 3WZ7A 3LHGA 1YTJA 4RLDA 3OAGA 3VLBA 1T7KA 5P6LA 1AJXA 3EKQA 3DCKA 5P3JA 5P2TA 2VIJA 2QZLA 4B00A 3VG1A 2JE4A 4NJUA 3ZMGA 1PSOE 4WY1A 3OU3A 1D4LA 4MC6A 3RU1A 3SA6A 5P6DA 3FNUA 1OEXA 4KUPA 5OYVA 3ZKSA 5P8LA 1LYWA 4TVGA 3BGCA 5P2CA 3TPLA 3OUDA 3S43A 1EPLE 1YM4A 4UPJA 5SZ9A 5P5YA 4I10A 2QI0A 2G24A 2F3EA 1SGZA 5OYRA 3IXJA 2AZCA 5IVSA 5OZIA 2Q64A 2WEAA 2PSUA 1FF0C 1MVPA 5P3VA 1NH0A 2AOGA 3IAWA 1AZ5A 5P4XA 5P8IA 4Y37A 3VSXA 5P1VA 4Y3AA 4OD9B 2Q5KA 4Y58A 2WF4A 4QJ8A 4FRSA 4TRWA 2OHSA 5P7UA 1Z8CA 2OHUA 2QD7A 2Z4OA 3DUYA 5P48A 4GJAA 3R0WA 5E5KA 3EKPA 2ZHSA 3EMYA 5P4QA 3VFAA 4A6CA 1AM5A 1GKTA 3ZKQA 5P51A 1APTE 5P2YA 3BUHA 5P7RA 5OZ8A 3QIHA 1W51A 5HE7A 5T4SA 3UDMA 2I0AA 2OHKA 3QVIA 4RVJA 1B6MA 3RTMA 1LF3A 3OQFA 4F75A 1XDHA 4Y4WA 5P0FA 4BELA 2H6SA 2QU3A 4F73A 4R93A 2BPYA 5P5TA 2ZJLA 3HVPA 4ZSQA 4Y3NA 2V00A 2HB4A 5P4EA 2IGXA 1ZSFA 5SY3A 3R1GB 2P3CA 5P8NA 1RPIA 3S53A 3LIYA 2FDEA 5P5CA 5P7TA 5P45A 2XYEA 5P7CA 2HM1A 5HDVA 5P25A 3VEUA 3KT5A 5P36A 2RENA 5BWYA 4ZIPA 1YG9A 3Q70A 2OF0A 5P4CA 5B18A 5ENMA 2P8HA 5AHBA 5P82A 5P1OA 4JPCA 3T7PA 4Q1NA 5P3SA 3EKVA 5OZQA 2QHYA 5P1YA 5P69A 5P5AA 3UQUA 4Y4JA 2RKFA 3UDYA 1FMXA 5P80A 4QJ2A 3UFLA 4GYEA 5AHCA 2ER9E 3BC4A 1W5VA 5P7PA 1QBRA 1GVXA 3DM6A 3G70A 2PSGA 4Y4TA 4BFBA 1RL8A 3UFNA 3VUCA 2FDDA 1M0BA 2MIPA 4DJWA 3OY4A 2VJ9A 3I25A 4FRJA 2G69A 1HVKA 5P18A 5OYTA 1A9MA 4R5NA 4I0JA 5P1BA 4RZ1A 5P62A 1ER8E 5P7QA 1FQ8A 5AGZA 3SLZA 1BILA 5EZXA 2ER6E 4LXMA 3IGBA 1ZJ7A 4Y6MA 1BVEA 2R8NA 5P26A 4DQBA 1LV1A 3O9HA 4CPUA 4DI2A 3OHHA 4FE6A 3L59A 4Y3PA 1TSQA 1FGCC 5P0KA 1SDVA 2IEOA 1D4KA 4YD7A 4Y3QA 1FQXA 4NPUA 3SABA 4Y3WA 1PSAA 3VV7A 3OQDA 5P1LA 4DH6A 2PK5A 1F34A 1EPOE 1K2BA 5OZ3A 1APWE 2ZJJA 4Z22A 5ISJA 2G1NA 3DK1A 1A8KA 3SA9A 4U7QA 5P06A 4FL8A 3O9AA 4TVHA 4RCFA 4DV9A 5P3FA 4ZPFA 5P89A 1TSUA 4Y3LA 1M43A 5P3WA 2VIZA 5CLMA 3ZLQA 4FAFA 1Z1HA 2R43A 4GIDA 1ZBGA 1BXQA 1EPPE 5P0CA 5P73A 5P5SA 3NUOA 3EKXA 5OZNA 3QBFA 5P2FA 4NJSA 5OZTA 4B0QA 4RVXA 5P3LA 2JYSA 5P4RA 4YBFA 2PK6A 5P50A 2A1EA 1EC1A 3Q3TA 4K4RA 3QRSA 4Y5KA 1FQ6A 1XE5A 5P2HA 4YE3A 4OBFA 5SY2A 4HDPA 5P72A 1RQ9A 1ZSRA 2QI5A 5P5OA 1MTRA 5P2SA 4ACXA 5P2RA 1Q9PA 3LITA 3KFRA 4WY6A 1FFFC 2AIDA 2QU2A 2IL2A 1LYBA 2AVOA 2P3BA 4NJVA 5P17A 5P3NA 1QDMA 4J0TA 1SIPA 5FIVA 3ZKIA 3KDCA 4Y3HA 3OXVA 5OZLA 3S54A 5OZ9A 5P0PA 2IGYA 1MIQA 4EXGA 5HVPA 1HOSA 2R38A 4Y51A 2J9JA 5P1CA 3UQXA 1XL5A 3FX5A 4EWOA 5P8KA 2NPHA 3NDXA 4RYCA 2HPFA 3UDRA 3SA8A 2HS1A 3L5FA 4RRSA 3O9EA 4U7VA 3MXDA 4Y41A 3K5FA 3ST5A 2NNPA 5P65A 2VIYA 5P41A 1EPRE 8HVPA 4DJVA 5P6WA 1META 4DJXA 3SFCA 4YOAA 5P20A 3AIDA 3BUGA 3BVAA 3L58A 5OZVA 3VLAA 3VF5A 1EC3A 5OZKA 2QMGA 4L6BA 3O9CA 1EPQE 1FQ4A 5P66A 3EM4A 3CKPA 2JJIA 4CKUA 3ZKXA 1ZPKA 1BBSA 3O9LB 2ANLA 5P22A 4FIVA 5P42A 3SKFA 3FV3A 5HU0A 4I0DA 1T6GA 1FFIC 2I4QA 5P2KA 1GVWA 6APRE 1LS5A 3PSUA 1BWAA 4J54A 5P1RA 1MSNA 2G1OA 2FXDA 5P8GA 5C9FA 3UPJA 5P0JA 5P4TA 1WBKA 4F74A 1A94A 5P0EA 2ZJIA 2WECA 3UDPA 5P0GA 3HZCA 1IZEA 5P0TA 4J1IA 2P4JA 5COKA 5IVRA 5P7DA 4QJ7A 4K4QA 2WKZA 3OUBA 2VA6A 3GI5A 4DQCA 5P8CA 5P8JA 3RTNA 3TL9A 5OZHA 5P57A 1WKRA 2EWYA 3TLHA 3NU9A 3EKYA 1KJ7A 4EPJA 4Y56A 1MT8A 2V0ZC 2VA5A 1LZQA 2Q15A 3NUJA 2NXLA 3PLLA 3ZL7A 5J25A 5P29A 3KFNA 3HVGA 4ZLSA 3PCWA 2AVSA 2P3AA 3FNSA 4CP7A 4PZXA 1K6TA 3INEA 3LPKA 2PQZA 2G1YA 4Y3XA 5P44A 5P67A 3WB5A 4DPIA 3G6ZA 3GW5A 1DP5A 1FG8C 3BRAA 5P3OA 4Y5BA 1BDRA 1HSGA 1LYAB 3M9FA 3QROA 4DUSA 4I11A 1GNOA 4J17A 2IKOA 4IVTA 5ER2E 3ZOVA 1SDUA 5HE4A 5OZPA 3KA2A 1HPSA 5DQ1A 1K1UA 2PSVA 1G2KA 2AOFA 2AOJA 3VCMA 5JFUA 5P6EA 5P5IA 3UQPA 4Y4EA 3N4LA 3C9XA 4Z2ZA 5P6VA 5KAOA 2FMBA 5P7FA 4J1CA 5P6TA 1PPLE 5P8UA 4A4QA 4YCYA 3PSYA 3JW2A 2UY0A 5AH6A 5P7LA 1B11A 1CZIE 2R5PA 5P7OA 5OZ0A 2R3WA 3KMYA 1MPPA 2Q11A 4Y9WA 5P2XA 5P7GA 4K4PA 5ER1E 1HIIA 2FNSA 1EPNE 3L5CA 5P5DA 4Y4UA 1HIVA 4AA9A 2WEZA 4MC2A 5P6KA 3NU3A 4KE0A 4YD6A 5P08A 5DQ5A 4B77A 5P37A 2JXRA 1ENTE 3URLA 2OHPA 3OXWA 5AH9A 3APRE 2O4LA 3T3CA 5P4PA 2QI1A 5P7EA 5P2JA 4EP2A 1HSIA 1ODYA 4NPTA 4X7IA 3UHLA 5P38A 1EC0A 2G1SA 4FLGA 4Y4GA 3JVYA 1HXBA 3NR6A 2OHMA 1EBZA 1DAZC 4YDFA 5OZAA 4Y3FA 4FSEA 3S7LA 4XXSA 1UH8A 5P8HA 5P6YA 4RROA 1SDTA 3LINA 1KJHA 3K5GA 3Q6YA 4Q5MA 1FQ7A 3TKGA 2AZ8A 5P1WA 3UQRA 5KR1A 5P33A 3OAGB 1QBTA 4APRE 9HVPA 5P0ZA 2FXEA 1B6JA 1N49A 4EJKA 5P09A 1YTHA 4EP3A 3F9QA 3QBHA 1LYWB 3OK9A 3B80A 3HAWA 5P5XA 3OUDB 3S43B 3LZSA 5P5VA 4YD3A 5P3DA 2PH8A 1C6XA 3PM4A 1BIMA 1IDBA 4AA8A 4LL3A 4I12A 3KT2A 2R9BA 1MRWA 4CMSA 2VS2A 2QI6A 1EBWA 2HC0A 4ER1E 3BXRA 4MC1A 4L7GA 4Q1WA 4NKKA 2F80A 3S45A 3NU5A 5P7IA 5P0QA 4DJUA 5OZEA 4I0EA 3S8IA 3PWMA 5P6ZA 1HPXA 4TRYA 2BBBA 5P5ZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4GZF A;  4H3G A;  4D8C A;  3OOZ A;  3T6I A;  1PSN A;  5P6N A;  1DPJ A;  5COP A;  5DR8 A;  1KJF A;  2VKM A;  5P4O A;  3ZPU A;  5KQX A;  3NXN A;  1SMR A;  1A8G A;  4Y44 A;  1K6V A;  3L38 A;  5P0I A;  4B70 A;  4B1D A;  4B78 A;  1FKN A;  5P6C A;  5P07 A;  3LIX A;  1K2C A;  5P0U A;  2F3K A;  5P5R A;  5P1A A;  5I70 A;  5P8R A;  1TQF A;  5P85 A;  2Z54 A;  1SH9 A;  4TRZ A;  4QLH A;  3TPJ A;  4CPX A;  5I3Y A;  5P0M A;  2NXM A;  5P15 A;  3CKT A;  3UDJ A;  5P35 A;  1BV9 A;  4N00 A;  5P6A A;  3KF0 A;  2ZE1 A;  2ZDZ A;  3OQA A;  5P7Z A;  4LBT A;  2XYF A;  5P7W A;  3NLS A;  4RYG A;  5P0Y A;  2HB3 A;  3D1Z A;  3DCR A;  5OZS A;  1IZI A;  3O9G A;  3AUP A;  4H1E A;  3RTH A;  4ACU A;  3SA4 A;  3KMX A;  5DR4 A;  5P75 A;  4GJD A;  4DJR A;  5P2I A;  3SPK A;  2HIZ A;  3IVH A;  2RMP A;  2ZJM A;  2FLE A;  4HDF A;  4I0I A;  4I0H A;  4DFG A;  3NDT A;  3O99 A;  5P30 A;  5DR1 A;  3VYE A;  2NTR A;  4OC6 B;  5P2A A;  5OZ2 A;  1NPA A;  4FCO A;  3I7E A;  3CKR A;  4RVI A;  1HVC A;  5I3V A;  3KFS A;  5OZ5 A;  4XKX A;  4YD4 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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