2WHHA

Hiv-1 protease tethered dimer q-product complex along with nucleophilic water molecule
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
203
structure length
198
Chain Sequence
PQVTLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGMTLNFPQVTLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Catalytic Water Co-Existing with a Product Peptide in the Active Site of HIV-1 Protease Revealed by X- Ray Structure Analysis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords POL PROTEIN
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 49
structure length 198
sequence length 203
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-05-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2whhA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2whhA02
1ZPAA 5P03A 5P5PA 4RCEA 3WSJA 2QHZA 3BXSA 5P30A 1FQ5A 1LF2A 5AHBA 3UDJA 4L7HA 5P3BA 1MT7A 5P82A 4ZE6A 1LYWB 1FQXA 5P8QA 3UPJA 3TPLA 5DQCA 4DQGA 1FEJC 4EJKA 5OZ2A 1UH9A 3LZSA 5KR2A 5OYSA 4ZPGA 4DPIA 2QD7A 5P7PA 5P4OA 5P17A 4H3FA 5P86A 5P3AA 5P29A 1TCWA 4YBIA 2HPFA 2RSPA 4YHQA 5P0DA 3R2FA 1B6MA 2VIEA 3LIQA 3NU5A 5P4LA 2P3DA 1XL5A 3PLDA 4Z50A 3K5FA 3NDTA 3ZKQA 4F74A 3ER5E 3IN4A 1HXBA 5P1BA 5P5IA 3ZMGA 4JOOA 6FIVA 5P7FA 5OYXA 1BBSA 5KQZA 1D4JA 3OTYA 5KQXA 1AAQA 3QS1A 4OC6B 2ZJLA 3VSWA 3EXOA 4YCTA 5P0HA 4EJDA 2Q11A 2AOEA 2FIVA 2NNPA 2ZJKA 3O9FA 3OOZA 3SACA 4FIVA 2Q54A 4Y36A 5P0KA 5P0UA 5P67A 3VLBA 1MVPA 4KE1A 2G69A 1E82E 3O9CA 3PMYA 1MRWA 2AZBA 3OXXA 1DP5A 5P6GA 1WKRA 1HRNA 4Y56A 2ZJNA 4GJDA 1MEUA 5P0OA 4YD7A 1A8GA 4J0PA 2VIJA 1MTBA 3IXJA 4Y5PA 5P6CA 4Y4XA 3OQKA 1HEGE 5JFUA 1UH7A 3TLHA 1HSHA 3L5BA 2Q63A 5P4BA 5P64A 4H3GA 5P2RA 1YM4A 5F00A 2IDWA 5P80A 5P66A 1D4HA 1MRXA 3OQ7A 3ZKIA 3TNEA 5OZCA 1NPWA 2BPVA 3A2OA 4YDFA 4GYEA 4K4QA 2J9JA 5P8HA 3PWMA 1UH8A 3IGBA 4Y50A 1FLHA 2RMPA 4NPUA 5P0BA 5P07A 2VJ9A 5P7BA 1E80E 3QRSA 4CPUA 5BRYA 1AVFA 1APVE 3HLOA 4I11A 1IDBA 5P59A 3FNSA 1N49A 2BPYA 3DCRA 4Y41A 5P6MA 4L7GA 4GZFA 1EBKC 3HDKA 4Y3GA 5P3PA 4Y3PA 5P1RA 5KR0A 4DJOA 3L3AA 5COPA 5P5QA 3EM4A 1K2BA 3LPIA 1EPME 1W6HA 5P26A 1XS7D 5P0JA 2P4JA 3IXKA 4Y6MA 1HIHA 3SO9A 1MESA 2ZJHA 3GGAA 1W6IA 3NXNA 5OZXA 3S54A 2WEDA 4Z4XA 2V12C 4Y3QA 2QI0A 3EKXA 5OZFA 3GGVA 4WTUA 5P7ZA 3KMXA 5P57A 3PSGA 1FQ8A 5P5WA 5P53A 2IEOA 3KFRA 3RSVA 2J9JB 2QI4A 1XN3A 4MC1A 2WEZA 5ENMA 1KJHA 3FIVA 3MXDA 5P14A 5P63A 5OZYA 1W51A 5P78A 3ECGA 4FAEA 4Y3FA 4ZSPA 4COEA 5OZEA 3Q6YA 3U7SA 1FQ4A 1SGZA 1BXOA 5P5JA 4CPQA 4FLGA 5APRE 1B5FA 5JG1A 4Y45A 5P01A 5P2BA 4Y37A 5KOSA 5OYUA 4LXAA 3DOXA 1QBSA 5P1TA 1FG6C 3S56A 3SM2A 2G1NA 5P51A 5F01A 4Y5NA 4YD3A 5ENKA 1RPIA 5OZIA 3BUFA 1AXAA 5OZ8A 1GVXA 2G24A 3KFNA 4J17A 2PYNA 3KT2A 4BFDA 5P37A 1HXWA 4Q1NA 2QU2A 2BPZA 2CENA 3I7EA 1IDAA 2F3KA 3UHLA 5P0WA 5AH8A 3WZ7A 3EL4A 4QJ6A 5P6WA 3CKTA 3NU9A 1DPJA 3HD8A 4YBFA 4GMIA 2I4QA 5DQ2A 5P48A 1HTFA 4D83A 2QNNA 1FQ7A 2BPWA 4I1CA 2FLEA 2BKSA 5P25A 1KJ4A 1HEFE 3G6ZA 5P02A 1B5FB 3IN3A 4RVJA 5P4NA 3SA6A 4FAFA 5AH9A 4A6CA 4DQFA 3WB4A 5P1YA 5ER2E 1W5VA 3TKWA 3HW1A 3Q3TA 5OZNA 3UFNA 3KDBA 2OF0A 5P3YA 5P4HA 5DR1A 3UDHA 4OD9A 1HVLA 5P4AA 1MTRA 1EC0A 3VFBA 3SLZA 1META 2WECA 2JYSA 4OBKA 3OHFA 5P7IA 2VS2A 5OZ9A 4LP9A 4Y4JA 5I3WA 4J1CA 4EWOA 4H3JA 3NU4A 3T3CA 5OYZA 5P74A 4LL3A 3OUBA 4PZWA 1G2KA 3OY4A 5AHCA 2QCIA 5P5EA 2QZKA 3ZKGA 4EQ0A 4NJTA 1T6EX 3UDRA 3U6AA 1FFIC 4KUPA 1YX9A 3ZKNA 1KZKA 2FS4A 5P20A 5P5GA 1EPPE 5P4PA 2I4WA 2BJUA 3NU3A 4PHVA 4LXKA 2WF3A 4XKXA 4TRYA 2VKMA 1HVKA 5KR1A 3O9AA 2NNKA 5P1LA 5IE1A 3PCWA 1AIDA 2AVMA 4B1DA 5COKA 3NYGA 5P05A 4A4QA 4OD9B 3G70A 3UQWA 2V0ZC 5P8UA 4M8XA 3O9DA 2I0AA 5P2HA 5P2OA 5P39A 1SGUA 4BFBA 4Y39A 3LITA 5IVSA 1EPOE 2R3WA 4J0VA 3WZ6A 2OHKA 4I0IA 3VF5A 4R91A 3QPJA 3Q70A 5P11A 4K4PA 3LIYA 5DPZA 3L58A 5P72A 5P6TA 2ER9E 1ME6A 3ZKSA 5P28A 3F9QA 4QGIA 5P4ZA 5P8IA 3PI5A 3PEPA 4MC9A 3LINA 1K6TA 2PH6A 5CONA 4R92A 4HLAA 4DV9A 5P2YA 3NLSA 5OZGA 2PYMA 2ZHTA 4PEPA 5P6UA 3BGCA 2F81A 4ZSMA 2AVVA 1T7JA 1EPRE 1SMEA 5P1CA 1D4LA 2V00A 5P6YA 3OU1A 2F80A 5P1NA 2IENA 5DR7A 5P6EA 2F3EA 2PWCA 3O9LA 3LZVA 3EC0A 5P8MA 3CYXA 4APRE 5P81A 5P79A 3KM4A 3ER3E 1SDVA 2BKTA 5KQYA 3EL5A 3MXEA 4Y4GA 5P7QA 4QJ9A 5P5KA 4DUSA 1HPXA 4EP3A 5P6DA 1FF0C 2PWRA 4NJUA 3UDMA 4F76A 5ISJA 4HZTA 4X2LA 3S45A 4H1EA 5C9FA 4Y3DA 5OYYA 3PB5A 2WEAA 3KDDA 1CPIA 3INEA 4Y4EA 4RCFA 1W5YA 1MSNA 5EZZA 1AM5A 2I4VA 3QROA 5P54A 5I3VA 3T6IA 3RU1A 4Y3AA 3SA8A 5P8OA 5P36A 5ISKA 1Q9PA 4J1KA 5P4DA 4PYVA 4GJ5A 2O4PA 4FCOA 4AA9A 4XX4A 3BVBA 5P8EA 4J54A 3CMSA 4Y5AA 3O9LB 4DJXA 3OTSA 1GVTA 1BVEA 2CEJA 4ZSQA 5P2WA 3DK1A 1IIQA 2O4KA 1LYBA 1IZDA 5P7OA 3NWQA 5P0LA 1GVVA 3RTNA 3OXVA 5DR8A 3R1GB 3O9HA 3O99A 4YE3A 1DAZC 5P5OA 4EXGA 1IVPA 2PK6A 3ZLQA 3SM1A 3I6OA 1GKTA 2VNMA 2G94A 2HPEA 4XXSA 5P6LA 3BRAA 5P2ZA 4ZIPA 5P4QA 4CPTA 4U7QA 5P61A 5P8NA 4RRSA 5JFPA 1K6VA 5P3KA 3INHA 5C9BA 4LBTA 3NWXA 4DJUA 2G27A 2QI7A 2J9KA 4EJ8A 3INFA 2NXLA 5P0TA 5P6JA 2ZDZA 5P2XA 1EEDP 3DCKA 2NXMA 3S85A 5P8TA 1K1UA 5KAOA 1FMUA 2PSVA 3MWSA 4Y5EA 2JJJA 1W5XA 4FSEA 5P33A 3OUCA 4S1GA 1D4IA 2NPHA 1IZHA 1LYBB 3H5BA 3M9FA 3PMUA 5COOA 4GB2A 5P5CA 3S7MA 1PROA 4KE0A 5P3EA 4YDGA 4R5NA 4Y5BA 3KN0A 1M43A 1VIKA 3NDWA 3VF7A 2QI5A 5P7CA 3TPJA 5P2EA 5P70A 2PSGA 4JPEA 2XFKA 3OXWA 6UPJA 4R95A 1GVUA 2EWYA 1HTGA 4I0GA 5OZ5A 5P6AA 5P24A 4BELA 5P0IA 1J71A 5P5XA 4FRJA 3T7QA 5P0FA 3RSXA 3UFLA 3VLAA 1GVWA 4B78A 2QI1A 2R38A 2FMBA 5P04A 5P6FA 4YOAA 3I2LA 3IXOA 4FM8A 3TL9A 2PC0A 5OZKA 1OHRA 4Y47A 4EYRA 2FXEA 2O4LA 5I3YA 3OQDA 5P6KA 3BUGA 4LAPA 2XYEA 4Y4TA 3EKWA 1HVJA 3GI6A 2G26A 5P7GA 1HVRA 3SABA 1APWE 4RZ1A 3NXEA 4Y3JA 2H6SA 5DQ4A 4I8WA 4Y5CA 1SBGA 1YT9A 3ZKMA 1MIQA 1QBUA 3LPKA 5P6BA 5OZMA 5P4TA 4EPJA 4DJRA 4Y4ZA 5P4RA 5OZ7A 5HCTA 1Z8CA 1KJ7A 2Q3KA 3BHEA 3EKTA 5P73A 5P1SA 1LF4A 3L5CA 5OYRA 2QK5A 3NR6A 1RQ9A 5P5DA 3ZL7A 5P3DA 3D1YA 5HU0A 2B8LA 2AVOA 5P1UA 2QP8A 5P1OA 2IL2A 5HE5A 5P3SA 2QMGA 1K6CA 2HB4A 1HPVA 4J1EA 3R4BA 1D4KA 2NXDA 3GI4A 4Y3LA 3JVYA 3UDYA 2VA5A 4EQJA 3UDPA 5HDZA 2WJOA 1Z1HA 5P18A 4NJSA 5P5TA 4FE6A 2OHRA 1BV9A 1PSOE 3URLA 2ZHVA 4Y3HA 5P1XA 1WBMA 1K1TA 4Y3RA 5P8RA 4FS4A 5DGWA 2AOHA 5P08A 1MT8A 5P3FA 2WL0A 5P1PA 2VIYA 1OEXA 1YTIA 3TH9A 5HDUA 2PMAA 1AZ5A 4FSLA 3SA9A 3L59A 4J0TA 2QI6A 1KJGA 1ZSRA 5P1WA 5P7VA 4ZSRA 3TPPA 1B6JA 4Q1YA 2FXDA 3EKYA 4FRIA 5OYWA 3S53A 1TCXA 5P0PA 4DQBA 1NH0A 1HHPA 3K5CA 5P3NA 3R0YA 4NPTA 5I3XA 1QDMA 3VV8A 3CYWA 4OBJA 3OGQA 5P8SA 5P4KA 1M4HA 5P3QA 2QD6A 5P3XA 3QVIA 3DUYA 2IGYA 4GJ7A 4ACUA 4I0HA 2QMPA 1SH9A 4L6BA 5P60A 4E43A 3UQUA 1QS8A 4Y4DA 5P1GA 2WF4A 1DMPA 1OD1A 2SAMA 5P35A 4Y5LA 4RVXA 1TW7A 1HTRB 2R3TA 4DVFA 2XFJA 3PLLA 4ER2E 4IVSA 2R5PA 3FNUA 2PQZA 4DFGA 1XDHA 5OZZA 2ZJJA 4GJCA 3VFAA 5P4WA 5SY2A 5P3IA 3S2OA 5DR0A 9HVPA 3JVWA 5SY3A 2IKUA 5OYQA 3NSHA 5P7AA 1LEEA 3KA2A 5P7NA 4J1HA 4GJ9A 3MSLA 5P5ZA 5KQFA 4CKUA 3FSMA 3INDA 4YCYA 3I25A 5P8VA 3LZUA 2XYFA 5E5KA 3CIDA 1EC2A 5P45A 4JP9A 1MERA 5DQ5A 3OK9A 1APTE 4EXHA 3URJA 5P09A 1SMRA 2OAHA 2RKGA 2AOIA 3NUJA 1BDRA 4CPSA 2QZXA 3HVPA 3KFPA 2VA7A 4GJBA 2B8VA 4ZPEA 2AOFA 4CPRA 4DJPA 1HSGA 1G0VA 1HWRA 3LZYA 1D4SA 5DR4A 3DV5A 5P46A 4I12A 5OZOA 3QAAA 5I70A 3ZKXA 1PFZA 1W5WA 5P3LA 1U8GA 3TOFA 4TRZA 4I0EA 1BV7A 1FIVA 2FDPA 3PSUA 1A30A 3LNKA 4LHHA 3BUHA 4J5JA 5HDXA 2A4FA 5P7HA 4B1EA 5P3TA 3PBDA 5CLMA 3KDCA 2AQUA 4FM6A 5P4MA 4XX3A 4J1FA 5P6PA 1BWAA 1ER8E 1TQFA 4Y3WA 5P2AA 4OBFA 5P8PA 5P5UA 1RL8A 5AH7A 2NMZA 5HE7A 3VSXA 3UF3A 3CIBA 3N3IA 2OHMA 5HU1A 2ZHUA 3O9IA 4ZPFA 5P2TA 1HPOA 4CMSA 1BWBA 1T3RA 4B05A 5DQ1A 5P83A 4ER4E 3T7XA 5P6XA 1BIMA 5KOQA 4YD4A 5P5LA 2ANLA 5P1ZA 2ZHRA 2ER6E 4NKKA 1EBYA 1IZEA 3BGBA 4RVIA 4ZEAA 4PZXA 2IQGA 2ZJMA 4AZYA 1ZP8A 5P77A 3IVIA 5HCOA 5OZLA 5P2SA 1ZSFA 2O4NA 1FQ6A 3NU6A 4DH6A 2HM1A 1BDLA 2FGUA 3OWNA 4Y53A 3GI5A 3TOGA 2HS1A 4MC2A 1EBZA 5P8AA 1QBRA 3B80A 2I4XA 4L1AB 3D3TA 5P8LA 2QZLA 3RVIA 2NMYA 5P2NA 3OOTA 3HZCA 3ZPSA 2FDEA 3Q4BA 3TTPA 1JLDA 1HVIA 3BC4A 2B7ZA 2OHPA 3HVGA 4I8ZA 2OHTA 5P5NA 5P58A 2XFIA 6APRE 4EHCA 3EM6A 5P7TA 4RYCA 3FKTA 2G1OA 5AGZA 5P8KA 5P1EA 4Y54A 4EJLA 4X7IA 2P8HA 3EKQA 5P5RA 3OQAA 4L7JA 3SA4A 1CMSA 4Y35A 4Y5GA 3K5DA 1T6GA 1PSNA 5P41A 1UPJA 1HIVA 2UXZA 2V16C 5T4SA 2QMDA 5OZ3A 3GGXA 5IVTA 4Y5KA 3SKFA 3L5FA 3HAWA 3QP0A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1ZPA A;  5P03 A;  5P5P A;  4RCE A;  3WSJ A;  2QHZ A;  3BXS A;  5P30 A;  1FQ5 A;  1LF2 A;  5AHB A;  3UDJ A;  4L7H A;  5P3B A;  1MT7 A;  5P82 A;  4ZE6 A;  1LYW B;  1FQX A;  5P8Q A;  3UPJ A;  3TPL A;  5DQC A;  4DQG A;  1FEJ C;  4EJK A;  5OZ2 A;  1UH9 A;  3LZS A;  5KR2 A;  5OYS A;  4ZPG A;  4DPI A;  2QD7 A;  5P7P A;  5P4O A;  5P17 A;  4H3F A;  5P86 A;  5P3A A;  5P29 A;  1TCW A;  4YBI A;  2HPF A;  2RSP A;  4YHQ A;  5P0D A;  3R2F A;  1B6M A;  2VIE A;  3LIQ A;  3NU5 A;  5P4L A;  2P3D A;  1XL5 A;  3PLD A;  4Z50 A;  3K5F A;  3NDT A;  3ZKQ A;  4F74 A;  3ER5 E;  3IN4 A;  1HXB A;  5P1B A;  5P5I A;  3ZMG A;  4JOO A;  6FIV A;  5P7F A;  5OYX A;  1BBS A;  5KQZ A;  1D4J A;  3OTY A;  5KQX A;  1AAQ A;  3QS1 A;  4OC6 B;  2ZJL A;  3VSW A;  3EXO A;  4YCT A;  5P0H A;  4EJD A;  2Q11 A;  2AOE A;  2FIV A;  2NNP A;  2ZJK A;  3O9F A;  3OOZ A;  3SAC A;  4FIV A;  2Q54 A;  4Y36 A;  5P0K A;  5P0U A;  5P67 A;  3VLB A;  1MVP A;  4KE1 A;  2G69 A;  1E82 E;  3O9C A;  3PMY A;  1MRW A;  2AZB A;  3OXX A;  1DP5 A;  5P6G A;  1WKR A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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