2WHHA

Hiv-1 protease tethered dimer q-product complex along with nucleophilic water molecule
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
203
structure length
198
Chain Sequence
PQVTLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGMTLNFPQVTLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Catalytic Water Co-Existing with a Product Peptide in the Active Site of HIV-1 Protease Revealed by X- Ray Structure Analysis.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords POL PROTEIN
total genus 49
structure length 198
sequence length 203
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-05-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2whhA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2whhA02
3QROA 5P7JA 5P2OA 4ACXA 3LIXA 3SA5A 5BWYA 2VA5A 3PCZA 4LBTA 4S1GA 5OZ8A 4ER1E 4DV9A 3IN4A 1SH9A 1SDUA 4ER4E 1BVGA 2FMBA 3NDTA 2ER9E 2ER7E 2P3CA 2ZDZA 2AOIA 2CEJA 3CMSA 2QD7A 3URIA 5P1MA 3NSHA 2QI1A 4Q5MA 4HZTA 4J1EA 3NDUA 1SDVA 3TOFA 4Y3MA 3MSJA 5P3XA 1K2CA 1MERA 1EC0A 2F80A 5KOSA 2OF0A 3K4VC 4Y4AA 3VFBA 3NXNA 4DPFA 1HXWA 4XKXA 4GJBA 5OZTA 3KFNA 5P6DA 1AM5A 2IQGA 3APPA 1ZTZA 5ER1E 1B11A 2I4XA 3HVPA 3K4VA 3VSXA 5P1LA 5DPZA 3S43B 1WBMA 5P8LA 2ZJLA 5P30A 2JJIA 1LF4A 4OC6B 5OZUA 1HIIA 1IZDA 4DJWA 3MSLA 4YA8A 2ER6E 3KDBA 1EPRE 1C6YA 3FNSA 4Y4EA 2Q55A 5P34A 2WEZA 5P47A 1HTGA 3O99A 5P6BA 5P2GA 3N3IA 2P83A 3EBZA 3VFAA 4J55A 4ZSMA 3VYEA 4LP9A 3OAGA 4I0FA 3OUDA 1BIMA 4Q1YA 2G1NA 2V13A 4EP3A 5KAOA 4Y3DA 5P23A 2VA7A 3UCBA 1BV7A 1TCWA 3ZMGA 2IRZA 4GJ8A 3D91A 5OZCA 5SY3A 5P71A 4AZYA 4K9HA 3NU5A 2P3AA 1U8GA 4D85A 1SGZA 5P3WA 3MXDA 5P27A 3O9HA 3EKPA 5P15A 4J1CA 1EPQE 5OZDA 5P86A 1EPOE 5P5AA 3EMYA 3HAWA 3KT2A 4Q1WA 5I3YA 3IXKA 3QIHA 4AMTA 3PSUA 2HS1A 1HPSA 5P7KA 3WSJA 1RNEA 4DQEA 2OHMA 5P4XA 4Y56A 3TPJA 3OHFA 5P4TA 3SA7A 1A30A 1LF2A 3GI6A 2QHZA 5KR0A 3SAAA 4COEA 3PSYA 5P7ZA 1PFZA 4FS4A 5P38A 3UDNA 4Z4XA 3EKXA 4FSLA 1KJHA 2WEAA 3SM1A 4D83A 3U71A 3G72A 1FB7A 3EKTA 4EXHA 5P57A 4Y3PA 5P4IA 5OZHA 4Y5EA 4B1CA 3I6OA 5P4DA 5P1YA 3CKPA 1CPIA 5P29A 1LYWB 3EC0A 5P2YA 5P61A 3TH9A 5P53A 3DCKA 4YCKA 5P44A 4N00A 1F34A 4Y9WA 4DQBA 1XE6A 2AZBA 4DUSA 2G1OA 1IZEA 2BPYA 3I8WA 2QI3A 5OZKA 4FCOA 3APRE 3ZKXA 4FM7A 1HVSA 4R91A 4X7IA 3L5DA 1D4IA 4DPIA 4OBGA 3UQRA 1B6PA 5E5KA 5P1ZA 4YHQA 3SLZA 3UDQA 3AIDA 2WJOA 4Y37A 3O9FA 1YT9A 2ZHSA 2J9JA 2Q3KA 3PCWA 2BPVA 3O9CA 4H1EA 3NUOA 4J0YA 5P5DA 5P2CA 2ZJMA 3LIYA 4H3JA 5P5TA 4XX3A 3EKVA 4HLAA 4DJXA 5P2DA 3SPKA 5P8QA 3IXOA 3PMYA 5P5WA 5P11A 1FQ4A 5P5GA 5I3WA 2I4WA 3IXJA 1HEGE 5OYQA 3PI5A 2V00A 2VIZA 2AOFA 5OZBA 5P2NA 1TZSA 1HSIA 3RU1A 2UY0A 4EPJA 5P09A 1RQ9A 5P6TA 5ISKA 5OZWA 5DR0A 1D4JA 5P87A 2H6TA 2NPHA 3SA6A 5P3SA 5P0JA 5P0VA 3PEPA 2FGUA 1C70A 3OADB 5P19A 4Y3WA 5CLMA 3S85A 1QBRA 2Z4OA 3OUBA 4ZSRA 1APVE 4K4RA 5P5SA 5P6WA 3ER5E 4I10A 1DW6C 1NPVA 3OXXA 4OBZA 4I11A 5P0OA 3LNKA 1TCXA 5P3BA 5P66A 2PC0A 4I0HA 4PEPA 5P5HA 5P13A 4RVIA 4RCFA 5P59A 4J1HA 2B7ZA 3BRAA 4APEA 2HPFA 3RTMA 3RSXA 3IGBA 3T11A 5P4EA 5P0DA 2OHNA 2MIPA 4R8YA 5P6FA 2B7FA 5P7LA 3HD8A 3VCMA 1XS7D 4DQCA 1BV9A 3VLAA 2AVQA 3OGQA 4D88A 1BAIA 2QZWA 1ODYA 2ER0E 5P4AA 5P8SA 2AIDA 4LXAA 5P1EA 8HVPA 2R3WA 1ZJ7A 5P31A 3TTPA 4LL3A 3FNUA 3BUHA 5P51A 5P5RA 3R4BA 4EXGA 1B6MA 1AAQA 4Y43A 4Y3EA 5OYSA 5P8PA 3ZPUA 2PSGA 1FKNA 4U7QA 4H3FA 5P6OA 4FRSA 2F3FA 5P3OA 4L1AB 2QK5A 5DQCA 2ZJIA 1WBKA 1HPXA 5P8EA 4DJQA 3PRSA 1M4HA 4NJVA 5P08A 1K6PA 1HBVA 1EBYA 1BXQA 5P01A 4PPHA 3R2FA 4GJ9A 4CPQA 3DK1A 3VF3A 1MIQA 4XXSA 1PSOE 4RROA 5P0MA 3O9LA 1ZSFA 4DJPA 4LHHA 5P8IA 3KFSA 3QPJA 5P4HA 3UHLA 4YDFA 1QBSA 4Y5BA 2F81A 3K5FA 3O9BA 4YD5A 5KQXA 3ZPTA 5P6JA 5P8OA 4B77A 2ZHTA 5P54A 5OZPA 3S7MA 5P0NA 2OHKA 4FAEA 3KFPA 3L5EA 6UPJA 2PSVA 5OZ9A 5EZZA 1A8KA 3LIZA 5OZFA 1ME6A 5P8KA 2HC0A 3S56A 4I0GA 2JE4A 1PSNA 5P8GA 4PZXA 5P5JA 4HVPA 3CYXA 5COKA 3VYDA 3MSKA 3PGIA 2OHLA 5JODA 5P6ZA 1HVLA 4YD3A 2QMGA 3URLA 3I25A 5P2WA 3OXCA 2ZJNA 1YTIA 1MUIA 4IVSA 3VUCA 3EKWA 3ZKNA 1XL5A 2AZ8A 3OU1A 3PJ6A 3LZUA 1ZSRA 5OZ6A 2PH6A 4HDFA 5P79A 2VNNA 2ZHRA 4F73A 3Q4BA 4BEKA 2G27A 1MRWA 3SKFA 3URJA 5J25A 3BGBA 5P3HA 3BXRA 3OU4B 1TSQA 5P5MA 2XYEA 4Y57A 5IVTA 4ZE6A 1SP5A 4J0VA 4RCDA 4Y50A 5P35A 5P20A 3ZOVA 2AVVA 1BDRA 1QDMA 3SFCA 5P8FA 1YTJA 2FDPA 1HTFA 5OZZA 3KDCA 5P81A 4ACUA 3RTHA 1FMUA 2I4VA 5P8TA 5P2VA 3ZKQA 5P75A 5P6LA 5P1JA 4DJRA 4Y3LA 3I2LA 3LPJA 3TOHA 1N49A 2HAHA 5HE7A 4I0IA 4J5JA 2FLEA 1GVWA 4YBIA 1DIFA 2PK5A 5EZXA 3SA8A 4HDBA 3EKQA 5P7TA 4BFBA 4Y3GA 4FM6A 3OQDA 1GNMA 5DR1A 2FIVA 5OZIA 1UH9A 3R1GB 5C9BA 2BJUA 4PHVA 5P4LA 1B5FB 1BVEA 2JXRA 4Y51A 2G94A 5P7NA 1UH8A 1Z8CA 4L7HA 3U7SA 5P7GA 2ZJKA 4JOOA 5OZ4A 5P3LA 2AVSA 3I7EA 5P70A 5P5IA 4YE3A 3UDPA 1IZHA 5P89A 3L5FA 3KN0A 5OZOA 1FIVA 1QS8A 5OZ0A 3CICA 1MEUA 2QU3A 5P0CA 5P69A 1PSAA 5P2LA 5P6QA 1K1TA 4Y3TA 2A4FA 1SGUA 2NMYA 5P4RA 1HXBA 5P1KA 3S43A 5OZMA 5P7CA 3IVIA 1IDBA 2ZJJA 5DR8A 2QI5A 2PQZA 3SA4A 1K6CA 4I0ZA 1G6LA 5P6SA 3TOGA 1IVPA 1HHPA 3VV6A 4HA5A 1YM4A 5JFPA 3VLBA 2ZJHA 3DV5A 4IVTA 5P17A 3G70A 4AA9A 4I8WA 2ZHUA 5P0FA 3OQAA 3BXSA 6FIVA 4ZLSA 4E43A 1BWBA 5FIVA 1EBKC 3A2OA 5HE4A 5P4ZA 5DR4A 5P65A 2AOGA 4YOBA 4Y4TA 5IVRA 4BELA 3U6AA 4GZFA 1D4HA 1LS5A 3H0BA 4F75A 7HVPA 4EYRA 3LPKA 3UQPA 2BBBA 3GW5A 3LIVA 5OZQA 3NUJA 3SACA 4NJTA 4FRKA 1ODWA 1HPOA 3K5GA 1B6LA 3PSGA 5P42A 5DR7A 5P3IA 5P5CA 1ER8E 5OYYA 5P8CA 1GNOA 5P2IA 4KE1A 5PEPA 1TW7A 2WF1A 2WF2A 5P72A 3PWWA 2FGVA 5I70A 3INFA 5P4UA 3FIVA 2H6SA 4Y4JA 2BB9A 5P05A 3NXEA 5P0GA 1EBWA 5P3NA 2I4DA 5KR2A 3SA3A 5P1CA 5P8RA 3QRVA 3ZLQA 3UDHA 2IKOA 5P1RA 4NPTA 3TPLA 3QVIA 5OZ5A 5P2BA 5P77A 1T6EX 1KJFA 5HDUA 3L5BA 4J54A 4J0TA 2G1SA 2WF0A 4B05A 4ZIPA 2IGXA 4JPEA 4Y3ZA 2RENA 3O9IA 5P55A 3OUDB 4Y48A 3NU9A 2CENA 5UPJA 5P8NA 1HSHA 1WKRA 5DGUA 5AGZA 4Z22A 2VJ7A 5P4WA 5P76A 4B70A 1FLHA 4OBHA 5P0IA 3S45A 5C9FA 2PWRA 4Y47A 1FFFC 5P84A 3UQUA 1ZPAA 5P4YA 3INEA 1MVPA 5P8VA 3JVWA 1M43A 5AH6A 3VF5A 4EJKA 2AOCA 4RRNA 5P0PA 1HVHA 2PH8A 4NKKA 5AHAA 3UPJA 5P0XA 2OHQA 1Z1RA 5IS4A 1G35A 5P8DA 3OY4A 5KQZA 1K1UA 5P8AA 4NPUA 5P5ZA 1ZP8A 1BDQA 5P5EA 1PROA 1A9MA 5P73A 4QLHA 4OBFA 3UDYA 3O9AA 4B1DA 3EXOA 1NPWA 5COOA 3HAUA 4UPJA 5P74A 4Y54A 1AVFA 3L5CA 4CPRA 4OBKA 4CKUA 3QN8A 3VF7A 4Y4WA 4WY1A 5P1XA 4Y4BA 4I0JA 5E5JA 5OYUA 2I4UA 1KJ4A 5BRYA 2G21A 1T7KA 1TQFA 1HVRA 1HWRA 5P39A 3UDKA 2HIZA 3OK9A 5P50A 5P7DA 1IIQA 4MC1A 3DM6A 5P1TA 1LYBA 2G22A 5P88A 5HCOA 3G6ZA 2AVMA 4Z50A 1G2KA 4ZPFA 5P0KA 3NR6A 1T7IA 4Y3XA 1BILA 4XX4A 5P3QA 2ZYEA 5COPA 4Y4DA 5P1SA 1RL8A 4J1KA 5P2SA 4YD7A 3HW1A 5P1VA 3D1YA 1K6VA 3FV3A 5P8JA 2RKGA 4FGXA 1HPVA 4Y45A 5P2UA 3QVCA 1W5WA 1EPLE 5P1WA 3TNEA 2G26A 1FG6C 2V12C 3UDRA 4A4QA 2B8LA 3CIDA 5P7RA 3IVHA 2J9JB 5P85A 3JVYA 1XN3A 3O9EA 3OWNA 4TVHA 1MESA 1META 3UQWA 3OQFA 3WB5A 5P7FA 5P7OA 3VG1A 4FL8A 3PLDA 5DGWA 4Y6MA 5P2HA 4EJ8A 4DJUA 5P1IA 5DR3A 2F8GA 4BFDA 4NJSA 4FLGA 4Y58A 4CPWA 2V16C 4MC9A 3HBOA 5DQ5A 3UDMA 3OOZA 5JG1A 2Z54A 3B80A 4Y3YA 1D4KA 1HVIA 4TRWA 4L1AA 3OU3A 1DMPA 2B60A 4OBJA 5P2XA 1EBZA 5KQFA 2SAMA 4TRYA 4OD9B 2NNPA 7UPJA 3BVAA 5P8MA 3BGCA 4FRIA 4H3IA 5OYTA 4A6BA 2IEOA 3S53A 3LITA 5P7UA 5P7HA 3LPIA 5P7YA 2R5PA 4RCEA 2R5QA 2IKUA 4QJ9A 4CPSA 5HU0A 5P24A 1FF0C 2I1AA 3CIBA 4X2LA 5P22A 1AJXA 3OHHA 1KJ7A 1LYAA 5P1UA 5P5NA 4KUPA 2HM1A 1EAGA 3KMYA 3LINA 1M0BA 5P1PA 4Y3JA 1XE5A 5HD0A 5P80A 4RVJA 3ZKGA 2QHYA 2PYMA 5HTZA 2BKTA 2P8HA 3T7PA 1APUE 3K5CA 1MPPA 5AH9A 3EL4A 1SIVA 2QNQA 4LAPA 4ZSPA 3HZCA 5P3UA 5C9DA 4FRJA 1W6IA 5P4PA 2BPXA 3KA2A 4Y5KA 4YCYA 5P3EA 2IENA 1FEJC 2QZLA 3EM6A 1BBSA 4J17A 3PWMA 1J71A 1AIDA 2RSPA 4CMSA 4RGHA 3NU3A 5P4BA 3GGUA 2PYNA 4Y4XA 4DQFA 2QI7A 4R92A 1IBQA 5P7IA 5P58A 5P02A 5AHCA 3CYWA 5P8HA 4WY6A 3AUPA 5I3VA 5P4OA 3QP0A 5P4KA 4Q1XA 2HB4A 4R5NA 3D3TA 1DAZC 1QRPE 5P0SA 2XFJA 5P4CA 2IL2A 4Y39A 1FFIC 5HDVA 5P5KA 3L38A 2PWCA 5P3MA 2O4SA 4J0ZA 4M8YA 4U7VA 4GJ7A 5P3TA 3B7VA 2FDEA 3NU4A 4EJDA 5OZ7A 2FXDA 5P6YA 1MSMA 3NWXA 5HU1A 1MRXA 2OHTA 4J1FA 1FQ6A 4Y5GA 4CPXA 2G20A 5P6XA 4K4QA 1DP5A 3UDJA 2P3DA 5P1FA 3PM4A 4KB9A 3OXVA 2IGYA 1HIHA 3M9FA 4TRZA 4CPTA 4RYCA 5P0LA 3ZKMA 3L3AA 5P0RA 3KFRA 3OQKA 4DFGA 2NR6A 2QNNA 3N4LA 4Y5CA 5P7BA 5P78A 4JP9A 1GNNA 4Y4ZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3QRO A;  5P7J A;  5P2O A;  4ACX A;  3LIX A;  3SA5 A;  5BWY A;  2VA5 A;  3PCZ A;  4LBT A;  4S1G A;  5OZ8 A;  4ER1 E;  4DV9 A;  3IN4 A;  1SH9 A;  1SDU A;  4ER4 E;  1BVG A;  2FMB A;  3NDT A;  2ER9 E;  2ER7 E;  2P3C A;  2ZDZ A;  2AOI A;  2CEJ A;  3CMS A;  2QD7 A;  3URI A;  5P1M A;  3NSH A;  2QI1 A;  4Q5M A;  4HZT A;  4J1E A;  3NDU A;  1SDV A;  3TOF A;  4Y3M A;  3MSJ A;  5P3X A;  1K2C A;  1MER A;  1EC0 A;  2F80 A;  5KOS A;  2OF0 A;  3K4V C;  4Y4A A;  3VFB A;  3NXN A;  4DPF A;  1HXW A;  4XKX A;  4GJB A;  5OZT A;  3KFN A;  5P6D A;  1AM5 A;  2IQG A;  3APP A;  1ZTZ A;  5ER1 E;  1B11 A;  2I4X A;  3HVP A;  3K4V A;  3VSX A;  5P1L A;  5DPZ A;  3S43 B;  1WBM A;  5P8L A;  2ZJL A;  5P30 A;  2JJI A;  1LF4 A;  4OC6 B;  5OZU A;  1HII A;  1IZD A;  4DJW A;  3MSL A;  4YA8 A;  2ER6 E;  3KDB A;  1EPR E;  1C6Y A;  3FNS A;  4Y4E A;  2Q55 A;  5P34 A;  2WEZ A;  5P47 A;  1HTG A;  3O99 A;  5P6B A;  5P2G A;  3N3I A;  2P83 A;  3EBZ A;  3VFA A;  4J55 A;  4ZSM A;  3VYE A;  4LP9 A;  3OAG A;  4I0F A;  3OUD A;  1BIM A;  4Q1Y A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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