2WKZA

Hiv-1 protease inhibitors containing a tertiary alcohol in the transition-state mimic with improved cell-based antiviral activity
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title HIV-1 Protease Inhibitors with a Transition-State Mimic Comprising a Tertiary Alcohol: Improved Antiviral Activity in Cells.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEASE
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus type 1 (z2/cdc-z34 isolate)
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-06-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2wkzA00
4RCFA 2AVSA 2G94A 5P2VA 5DR4A 1F34A 4DQEA 3QP0A 5P4HA 5P8AA 4Y3AA 2OHSA 2NXDA 3PM4A 4B77A 5P7NA 1YT9A 5OYTA 4OD9A 4TRYA 2ZJLA 5P20A 1LEEA 4LBTA 4Y3WA 5KQFA 1EC2A 3FX5A 3HZCA 1D4YA 5P13A 2OHRA 4DQHA 2I0DA 1A9MA 5JODA 1ODXA 2PYNA 1MT9A 5I3XA 3CYXA 2HB3A 4B1CA 3QN8A 4EP2A 4GJ8A 4Y4AA 3OWNA 4Y4ZA 1GVUA 4ZSQA 3TL9A 2QHCA 5KAOA 1MTRA 3OGQA 5P70A 5P2JA 4J54A 2G24A 3QRMA 2AVOA 5HD0A 1E80E 1EC3A 2ANLA 3HLOA 4D85A 5KOSA 3OQAA 1FFIC 1TQFA 2AZCA 4QJ9A 4Y4EA 2QCIA 5E5KA 3GGVA 2P3AA 3WB5A 2Q5KA 4J0ZA 4YD4A 3L5FA 4I1CA 3ZKIA 3ZPTA 4J0TA 5P6CA 7UPJA 1EPRE 2BPYA 4DJVA 3VV6A 5P10A 1T7JA 4J1EA 5P78A 1XN3A 5P44A 1MPPA 4D88A 3QROA 4U7QA 3LPKA 5P3JA 4J5JA 5OZXA 5P23A 5P6SA 3B7VA 4FS4A 3SLZA 2PH6A 4LAPA 3VSXA 3VV8A 2OHTA 3TLHA 2FGUA 5P65A 5P0OA 5F01A 5P4IA 1WBKA 2NNKA 3A2OA 1K6PA 3PWMA 1FLHA 4NJSA 2RMPA 1YM4A 2FDPA 4YA8A 3OY4A 4QGIA 5P5XA 3O9LA 5P40A 5P8RA 6FIVA 1DIFA 4RCEA 4J1HA 1ZJ7A 1EEDP 5P02A 2QI5A 2NPHA 2APRA 2V10C 3LINA 3PWWA 5P4RA 2PWCA 3SO9A 4GYEA 1TSUA 3D1XA 5P0VA 4R92A 9HVPA 3CYWA 3KFSA 3UF3A 4EQJA 5P39A 4CP7A 1SIPA 4DQGA 5P7RA 2BPVA 1LV1A 1E82E 3VF7A 1ODYA 4Y3GA 5P8TA 3SFCA 4RRSA 3R1GB 5P5QA 4EJKA 5P6KA 2XYFA 3PEPA 5P1BA 3ZKGA 4Y39A 3CKRA 1GNNA 4L1AA 4CMSA 1YTGA 3G70A 2WHHA 2PSUA 2PWRA 2QD6A 2AOCA 3VF5A 5OYZA 3UQRA 5P4JA 3SKGA 1GVTA 3TPLA 5DQ5A 4GJBA 5IS4A 5P7KA 5P5BA 1IVPA 1RL8A 4H1EA 3CICA 5P0JA 5OZBA 5P0LA 2NXMA 5EZXA 4Y3DA 4Y56A 3QVIA 2ZJIA 5P08A 5P2RA 4DQCA 4Y43A 1RQ9A 3PGIA 3EL5A 5P4CA 4KUPA 5P82A 2QNQA 5P8MA 4HLAA 3TOHA 3SA4A 1E81E 3TKWA 4RYGA 2ZHRA 3KF0A 2QZXA 3OQFA 5P1MA 1RPIA 2OHPA 4B1DA 5OZ1A 5OZCA 5P5ZA 5P7AA 3PBDA 4DJPA 2HB2A 1YX9A 3L59A 3PI0A 2A1EA 1W50A 3R0WA 2BB9A 2SAMA 2ZJJA 1HEGE 3GI6A 3I6OA 3OU3A 4DJYA 3NWQA 5P2BA 3UQUA 5KQYA 3TOGA 3K5CA 3URLA 5P0AA 3O9LB 4LL3A 5EZZA 5OYVA 1T6GA 1HIHA 3F9QA 4NKKA 3UPJA 5P7YA 4R5NA 5P56A 3IXJA 5OZ8A 5HDVA 5P6MA 3GW5A 3PWRA 1IDAA 1TCXA 2ER6E 3KDBA 3OOZA 4KE0A 5OZYA 2AZ9A 2H6SA 5P1QA 4YOAA 3OXVA 1FQ7A 5P48A 4CPWA 3NR6A 2QZLA 4L7HA 4KB9A 4Y37A 2AZBA 5P1FA 5P4FA 1OHRA 5P31A 2J9KA 3T7QA 1MEUA 2BKSA 3VUCA 4ACUA 3KMXA 5P7CA 1HXWA 2V16C 4DJXA 4YDFA 2ZHTA 4YD7A 3RSXA 4HA5A 3T11A 1C6YA 2R3TA 1LF2A 2F3KA 1HIIA 4FSEA 4Y3NA 5P5NA 3K5DA 3QRSA 5DR3A 1WKRA 3O9GA 5P7SA 4YBFA 5P4SA 5P16A 3EL0A 1YTIA 3S85A 3BXRA 3WZ7A 2FNSA 3L5DA 1EAGA 5P80A 1AXAA 3EKQA 2J9JA 4RCDA 4PZWA 3ZKXA 4CPXA 1T3RA 3BVBA 1FG8C 2HPFA 5P84A 1EPPE 2QMGA 5P72A 4OBHA 1SGUA 3OOTA 3LIQA 1KJ7A 3PLLA 3NXNA 4F73A 1LS5A 5P1GA 2WF1A 3DM6A 4FL8A 4AMTA 1QBTA 3D3TA 3QVCA 5P8VA 4EYRA 5HCOA 3HAUA 3ST5A 5P2TA 4J1IA 5P2DA 1IZIA 1K1TA 2I1AA 1UH9A 5P6WA 3IVHA 3MXEA 3OQKA 3I7EA 1XN2A 3NXEA 1MUIA 5P2ZA 4RVJA 4A4QA 2BBBA 5P0DA 3SA3A 2IS0A 1KZKA 5P2KA 3VLAA 4E43A 3FSMA 4B72A 4RROA 4FLGA 3EM6A 1SBGA 5OZGA 4RVXA 1KJ4A 4H3JA 5P5YA 2QMPA 5P1ZA 1UH7A 2VJ9A 1NPAA 2G27A 4DJQA 3OTYA 1ODWA 5P5PA 1GVXA 3Q6YA 5OZSA 4Y3JA 6APRE 5P2UA 3PRSA 4JECA 5P60A 5P26A 5P5KA 1K6CA 4FRJA 5C9BA 2PK6A 2VKMA 1AIDA 3ZKMA 4DJUA 3IXOA 5P74A 5P2SA 5P69A 5P4OA 1HPVA 2I4WA 5P81A 1M0BA 5OZIA 4DJWA 4Y4TA 3LZVA 4GB2A 5P0QA 4X2LA 1VIJA 4OC6A 5P42A 2QNPA 4Z50A 1HPXA 5P0BA 3I25A 4DVFA 1KJFA 2J9JB 2ZYEA 4U7VA 6UPJA 2QD8A 1LYWA 2VJ7A 3RVIA 5OYXA 3SABA 4Q1WA 3MSKA 4HDBA 3TPRA 3OU1A 3IGBA 3DK1A 5P4GA 4F75A 3CIBA 2OHUA 4H3IA 2AVMA 4Y50A 4NPUA 2PSGA 3DV1A 5P7UA 1APUE 2RKFA 1GNOA 2AVVA 2JXRA 4K4PA 5P1YA 3URJA 1T7KA 5DPZA 5P59A 3NU4A 4FM8A 4Q1YA 5OZOA 4GJ9A 3OGPA 2PSVA 5P7DA 5P3PA 4IVSA 5P0MA 5P07A 1MIQA 3SQFA 3INHA 5OYYA 4LXKA 4I8ZA 2WEZA 4Y5EA 3NYGA 5AHAA 5P2AA 5P0RA 5P7MA 3VYEA 5P7EA 1A8KA 1W5VA 1FKNA 3OADB 5P5DA 3OAGA 3QRVA 1HTGA 4NJVA 3WB4A 4APRE 4GJCA 3ZOVA 4B0QA 3D1YA 4Y3MA 1RV7A 2ZHSA 2PC0A 1HVHA 3GI4A 2G1YA 1MVPA 2V12C 5P6QA 2RSPA 5AHCA 5OZLA 3OUBA 3VV7A 5DQ2A 4DJRA 2QD7A 2F3FA 5P8LA 3UQXA 1A8GA 3L38A 2QU3A 5P34A 5P64A 3O9HA 5ER1E 4I8WA 5P5SA 2XFJA 5OYQA 1NPWA 1FQ6A 1EC1A 1AAQA 1NPVA 5P45A 3INFA 1BDRA 5P1XA 1QBSA 1LYWB 5P2IA 5IVSA 3VG1A 4J17A 2ZDZA 1QS8A 3JW2A 1CZIE 4ZPGA 1KJHA 5P2FA 1IVQA 1A30A 3S2OA 4DPIA 2HPEA 3UDKA 3BRAA 3CMSA 5P41A 4ER1E 1ER8E 3URIA 3UTLA 5HE7A 5OZNA 4FRKA 4ZSRA 5ENKA 3KT5A 5P53A 2AIDA 4TRWA 1ME6A 5P1UA 4ZPFA 1FG6C 1HVJA 2VA5A 4EHCA 3L58A 5OZPA 4MC6A 2I4VA 3NSHA 3D1ZA 5TOLA 2FGVA 4EPJA 5I3WA 3EKXA 4I11A 1PFZA 1MSNA 1FB7A 1MT7A 2QK5A 3QPJA 3LZSA 5P5OA 2F3EA 5ER2E 3OHFA 1HVKA 4Y35A 5B18A 3O99A 4R91A 1HTFA 5OZ0A 3O9IA 5P4NA 1T7IA 5P6PA 3SA9A 5COPA 2WJOA 5P2CA 5P0GA 1WBMA 1FGCC 4Y3YA 3PBZA 4H3GA 2HC0A 2JJIA 5BWYA 2G21A 1K1UA 4GJAA 1YM2A 4DQBA 3PMYA 4DUSA 2VA7A 4OBKA 2HB4A 3BGCA 4S1GA 5P5WA 3DCKA 5P4EA 5HU1A 5P4AA 3NU6A 3D20A 2HM1A 4Y3PA 4L6BA 3S45A 1CPIA 5HDUA 4OD9B 5OZ5A 2JE4A 5OYSA 2AOIA 2OHNA 3GGXA 2Z54A 5P3UA 5P3XA 5P8JA 3ZPSA 3LIVA 1HOSA 5P33A 5P11A 5OYWA 4Y5BA 4MC1A 2IEOA 2IGYA 2WEDA 4D83A 2PQZA 5P3GA 3KDDA 2ZJHA 2O4PA 1EBWA 1C6XA 1GKTA 1UPJA 5P0ZA 2Q55A 2Q54A 5ENMA 5KR0A 1SMRA 5P2EA 3S8IA 3TOFA 4WY6A 3SAAA 4HEGA 5DGUA 2BKTA 5P50A 3L5BA 4HDPA 5P6EA 2O4KA 3O9EA 2HS2A 2O4LA 5P1IA 2VA6A 3PVKA 2XFIA 1IZDA 3FNSA 3SA8A 2WKZA 1SGZA 3TPJA 4IVTA 3VYDA 5P6LA 5P2HA 5HDXA 2IKUA 4YDGA 5OZFA 1ZSRA 3LHGA 4JP9A 4RLDA 1APTE 5P67A 2ZE1A 1NSOA 5P14A 2P3BA 1ENTE 4BELA 4Y44A 3O9CA 5C9FA 4Y48A 2WF4A 3OXCA 4RZ1A 2NR6A 3EKVA 5P89A 4GMIA 4I0EA 1LF4A 5P7JA 2QI6A 4NJUA 4Y41A 1LYAA 1HRNA 4YD6A 4F74A 1D4KA 2FLEA 1XE5A 2I4DA 4YD5A 1W6IA 5OZRA 3RTNA 3PSUA 5KR2A 4CPSA 3LZYA 3BVAA 5P4LA 5P66A 1W5XA 1MESA 5KR8A 2VIZA 5P79A 3S56A 5OZAA 5P5UA 4Y3TA 3PLDA 2AOEA 3OUAA 2P83A 2Q15A 1HWRA 4GJDA 4Y5MA 4Y4GA 3EKPA 1M4HA 4ER4E 5P6JA 1XL2A 5P73A 1U8GA 3U6AA 1K2BA 5P7FA 1OEWA 1MTBA 4Y4WA 5P3SA 4H3FA 5T4SA 5DR7A 3PB5A 1B6PA 2QHZA 3OHHA 4XX4A 3O9FA 5P7QA 3L5CA 3UDJA 4I0HA 4L1AB 5P58A 5P5EA 1C6ZA 1AJXA 2R8NA 3HBOA 4N00A 1B6JA 3HW1A 3UDMA 3GGUA 5OZJA 5P3WA 5P3AA 3KT2A 1D4LA 4I12A 4FAFA 1GNMA 2EWYA 1HTRB 1BAIA 3VLBA 2PYMA 1BWAA 1HBVA 4I10A 1E5OE 3RU1A 1TSQA 5P5RA 2P4JA 1G2KA 1W6HA 2IGXA 5P17A 5P5CA 4PYVA 5P35A 2FXDA 3EM3A 4DI2A 2IDWA 2Q3KA 1EPOE 5E5JA 5IVRA 2P3BB 3NDWA 4ZSMA 4Y5GA 1BVGA 5AGZA 1B5FA 4Y3EA 3K1WA 4FAEA 5P57A 3PHVA 1SH9A 3KFNA 3EM4A 1SIVA 5P2LA 3SACA 4YCKA 2AOGA 5P3LA 5P0FA 2NTRA 3SKFA 2OHMA 3HVPA 2RENA 1TCWA 2IENA 5P4TA 5P4YA 2ZJKA 4BEKA 1B6KA 1DAZC 3DCRA 1W51A 5P0HA 4TRZA 4FM6A 4YE3A 1SDTA 4A6BA 2R5QA 5DGWA 5P87A 2PMAA 4J1KA 5P01A 3MWSA 5P3KA 5P3IA 3WSJA 5OZKA 4QJ8A 3UHLA 5P43A 5P77A 4Q1NA 1A94A 1F7AA 5P29A 1MRXA 4LP9A 3BUGA 4U8WA 5OZ9A 2JJJA 3S53A 2UPJA 2ER9E 5P7WA 5HTZA 4Y4UA 3EC0A 1M43A 3OQ7A 2VS2A 2F80A 3MXDA 5P27A 5P0UA 1IBQA 3G6ZA 4ZE6A 2G1OA 3VCMA 4CPTA 4R93A 4AA9A 5J25A 2WEAA 3M9FA 3ECGA 3VFAA 5P36A 5P3EA 3CKPA 5C9DA 5P55A 2FXEA 1FMUA 2OHQA 5P8EA 4Y4XA 3IN4A 3R2FA 3LITA 2B42A 2BPZA 4B78A 3UCBA 2R3WA 1QDMA 4KE1A 3H5BA 1PSOE 3I2LA 5P3TA 5P22A 3UDQA 4CKUA 3IAWA 4EP3A 3FNTA 5P30A 3BC4A 4LC7A 1PSNA 5HU0A 3NU9A 5OZZA 5P0EA 3KFPA 5P85A 5ISJA 5OZEA 4I0IA 5OYRA 5P4MA 3Q3TA 5COOA 1BWBA 1IZEA 4WY1A 3EKYA 4XXSA 3ZLQA 2I4QA 5AH6A 3IVIA 1K6TA 5HCTA 3FIVA 5P0CA 2H6TA 1BIMA 3UFLA 3NDTA 3C9XA 3HD8A 5OZUA 2WL0A 3SM2A 2G20A 4UPJA 5P7GA 4Y58A 5P6IA 4Y5CA 5P8PA 3MSJA 4Y53A 1B6LA 4RYCA 1GVVA 2OHKA 3N4LA 1G0VA 1J71A 5P1HA 5P4QA 4Y4BA 4K4QA 1EPLE 4Q1XA 3NUOA 3HAWA 3KMYA 4L7JA 1MSMA 3GI5A 5P1PA 2CENA 4Y45A 5P1SA 3TTPA 1K6VA 3TNEA 3INDA 5P2YA 2QI0A 2QHYA 3EL1A 5P1CA 2QI1A 5P3YA 1LYBA 5P0KA 1W5YA 2R38A 1BXOA 4LXAA 4Y6MA 5P1DA 1APVE 5P09A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4RCF A;  2AVS A;  2G94 A;  5P2V A;  5DR4 A;  1F34 A;  4DQE A;  3QP0 A;  5P4H A;  5P8A A;  4Y3A A;  2OHS A;  2NXD A;  3PM4 A;  4B77 A;  5P7N A;  1YT9 A;  5OYT A;  4OD9 A;  4TRY A;  2ZJL A;  5P20 A;  1LEE A;  4LBT A;  4Y3W A;  5KQF A;  1EC2 A;  3FX5 A;  3HZC A;  1D4Y A;  5P13 A;  2OHR A;  4DQH A;  2I0D A;  1A9M A;  5JOD A;  1ODX A;  2PYN A;  1MT9 A;  5I3X A;  3CYX A;  2HB3 A;  4B1C A;  3QN8 A;  4EP2 A;  4GJ8 A;  4Y4A A;  3OWN A;  4Y4Z A;  1GVU A;  4ZSQ A;  3TL9 A;  2QHC A;  5KAO A;  1MTR A;  3OGQ A;  5P70 A;  5P2J A;  4J54 A;  2G24 A;  3QRM A;  2AVO A;  5HD0 A;  1E80 E;  1EC3 A;  2ANL A;  3HLO A;  4D85 A;  5KOS A;  3OQA A;  1FFI C;  1TQF A;  2AZC A;  4QJ9 A;  4Y4E A;  2QCI A;  5E5K A;  3GGV A;  2P3A A;  3WB5 A;  2Q5K A;  4J0Z A;  4YD4 A;  3L5F A;  4I1C A;  3ZKI A;  3ZPT A;  4J0T A;  5P6C A;  7UPJ A;  1EPR E;  2BPY A;  4DJV A;  3VV6 A;  5P10 A;  1T7J A;  4J1E A;  5P78 A;  1XN3 A;  5P44 A;  1MPP A;  4D88 A;  3QRO A;  4U7Q A;  3LPK A;  5P3J A;  4J5J A;  5OZX A;  5P23 A;  5P6S A;  3B7V A;  4FS4 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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