2WL0A

Hiv-1 protease inhibitors containing a tertiary alcohol in the transition-state mimic with improved cell-based antiviral activity
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPTNVIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title HIV-1 Protease Inhibitors with a Transition-State Mimic Comprising a Tertiary Alcohol: Improved Antiviral Activity in Cells.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus type 1 (z2/cdc-z34 isolate)
molecule keywords PROTEASE
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-06-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2wl0A00
5KOSA 4Y36A 3TTPA 5P0MA 3INHA 4RRSA 4YD7A 3HDKA 2HPEA 5P5QA 3ZKQA 1TSQA 2QU3A 2ZDZA 4RYCA 1GVUA 1GKTA 3VLAA 5AGZA 4NJSA 3NU9A 3UDYA 2J9KA 2I4VA 4FCOA 3IAWA 2VKMA 1TW7A 5P4SA 1ZAPA 5P8CA 1AVFA 2AOHA 1N49A 1OHRA 4LAPA 3UDPA 5P3KA 5P74A 2OHTA 5TOLA 4Y3YA 3EL0A 5P4PA 4DV9A 4Y3EA 3TNEA 3UDKA 3VV8A 2R3TA 4NPTA 5P5WA 1BBSA 5P7GA 3EM4A 1APUE 1W5YA 5P2JA 3LHGA 3OU1B 3PSUA 5P6QA 5P1GA 4HDBA 4BELA 3K4VC 5P58A 4RZ1A 5P3UA 3OQ7A 1APVE 5P16A 4B78A 2B7FA 1RPIA 3FIVA 2QZWA 4FM8A 3LNKA 5P5JA 4I8WA 3KFRA 3UDNA 3EL4A 5IVSA 5P49A 4Y38A 1GVVA 4Y45A 4I0IA 3O9FA 3I6OA 5P1TA 2VA5A 4ER1E 3CKTA 2WF3A 1FMXA 1MRWA 4DJUA 2QD8A 3EKVA 2VJ7A 4R93A 1ZSFA 5P2LA 5OZEA 2ER7E 1EC1A 2ZE1A 4WTUA 1PSOE 4CP7A 1IVQA 5HE7A 5P32A 4K4RA 3OQAA 4MC2A 2QI7A 4R95A 5P7SA 5P5KA 2AOIA 2FNSA 3LIVA 4HVPA 5P8QA 1ZLFA 5HDZA 3ZLQA 2ASIA 1GNOA 1EBYA 5P2UA 3DCRA 2P4JA 2HIZA 3N3IA 5OZOA 2WF1A 4J1EA 5JFPA 2PSUA 2WECA 4FRSA 4LHHA 3VSWA 1BWBA 5P8LA 3ZMGA 4MC6A 3ZKXA 3OTYA 3WB5A 3SA8A 4FRKA 5P4LA 2QMGA 4Y57A 1QRPE 1CPIA 1T6EX 5P1MA 1HEFE 1D4HA 3UDQA 1BV7A 4J0TA 1ZSRA 4RYGA 4Y5MA 4IVSA 3NU4A 3O9IA 3CKRA 3GGVA 2I0DA 4OC6B 5P4YA 5P0PA 5F01A 4DJWA 4IVTA 4U7QA 5P6TA 5P4HA 3SKFA 1IZIA 4ZPEA 3SFCA 5P2QA 5P2FA 2IL2A 5P5SA 3KYRA 3OUCA 4Y3ZA 4Y5CA 5P5YA 4LXMA 1T6GA 4PPHA 3Q5HA 5P1FA 2HAHA 3KDCA 3SKGA 4Y3PA 1TQFA 1PPKE 1AIDA 1UH7A 3VCMA 5P7DA 5C9DA 4QJ6A 5P0KA 3OU1A 5P06A 4EHCA 3PLDA 2APRA 4GYEA 2PK5A 4OD9B 1HVCA 4J1IA 3PVKA 3FNSA 3SA9A 5P8AA 4YD4A 4AA8A 2Q5KA 3RTNA 4HZTA 3GGUA 4QGIA 2B7ZA 5P54A 3RSXA 3N4LA 4HA5A 5P1YA 4DJVA 5DQ1A 5P4JA 5P0YA 1TZSA 2H6TA 5P5LA 3JVYA 2AIDA 5P83A 3ZKMA 3U7SA 3PEPA 4N00A 4ER2E 1YM2A 2PMAA 5P6KA 4WY6A 2J9JA 3OQDA 4PEPA 2R5PA 5P3YA 5P7LA 4EJDA 5DGUA 5DQ2A 2OHKA 4DQBA 2FDEA 4BFBA 5P64A 4JECA 3C9XA 1IZDA 3APRE 2RKFA 1EPNE 1XE5A 3DCKA 3T7PA 3BVBA 4I0ZA 2PSGA 1FGCC 2PWCA 1MVPA 5OZ0A 5P46A 5P6HA 2AODA 1T7JA 3I7EA 3K1WA 4I0FA 4Y4UA 1SBGA 1ZPKA 4DJQA 5P8TA 3IGBA 5P2MA 4FAEA 4JPCA 1BVGA 3PJ6A 4Y3RA 3NXNA 2G27A 5P4ZA 2PSVA 5P00A 5AH6A 5P3NA 3G72A 1WKRA 4OBKA 4R91A 3M9FA 3I2LA 5OZIA 6FIVA 3ZPSA 1HVIA 4NJUA 5P7CA 3QRMA 2BPWA 5P1HA 3LITA 5P0DA 3HBOA 2QZKA 2G1SA 2XFIA 1YTGA 1MPPA 3OUBA 5P8EA 3LPKA 2ZJHA 2R43A 5OYQA 4EPJA 4OC6A 4RROA 3OOZA 2OHRA 5DR1A 2VIZA 5P5NA 1BDQA 1VIKA 1IVPA 4DQFA 1EC0A 1W50A 3NSHA 3UQPA 3KT2A 3G70A 3ZKSA 1C70A 5P3XA 3D1ZA 9HVPA 4ZEAA 4KE1A 2VJ9A 4QJAA 5P6MA 3S85A 2ZJJA 4J55A 1W6HA 4Y3DA 2PWRA 3KFSA 4CKUA 2V12C 2G94A 4TVGA 3QAAA 4OD9A 3IVHA 4Y47A 3MXDA 2AVOA 5P0ZA 5P3FA 4Y5LA 1KJ4A 5HD0A 2WJOA 5DR4A 3FNTA 5P4RA 1LYBB 4I12A 2F81A 1AXAA 5P22A 3D3TA 5KQXA 5P2OA 5OYRA 4L7GA 5HDVA 5P3JA 2P3AA 3SM1A 4Y5EA 5P5AA 5P5IA 3VUCA 4Y4XA 2FMBA 5P7EA 5P8HA 3IXOA 4DVFA 4H1EA 5OZBA 3UHLA 5P3WA 4HLAA 2NXDA 5AHCA 1EBWA 4APRE 1HWRA 3EMYA 5P5XA 5KQZA 2XYFA 3NLSA 5ER1E 3QBFA 2QU2A 5P3DA 5P02A 3OK9A 5P4CA 5P2GA 4Y4EA 3KMXA 5P6XA 3PWMA 4Q1NA 3SA5A 1FF0C 3TL9A 3QN8A 5P6WA 5P86A 3UDJA 5IVTA 2QNQA 3VFAA 4BFDA 4MC9A 1KJGA 4Y5AA 1RNEA 1BWAA 3CKPA 5OZMA 5P1KA 5HE5A 5P8IA 4J0YA 2P3BB 5P6PA 5OZVA 5P8DA 5P7FA 1FEJC 1XDHA 2WF2A 3KN0A 3OGPA 3OHFA 5OZHA 3VYEA 2V0ZC 3L5DA 5P7XA 1VIJA 3GI5A 5P66A 4Y39A 5P0IA 5P8KA 4RRNA 5P3IA 3OUAA 3HAUA 3NUJA 4Y35A 5KR2A 3T7XA 4DQHA 2QAKA 4EJLA 4ZPFA 1PSAA 3R4BA 1OEWA 1Z1HA 2EWYA 5JFUA 5P72A 3R0YA 5P4OA 3QROA 5P3LA 1DAZC 2QK5A 3G6ZA 1HOSA 5P60A 2G22A 2AOEA 5P56A 1HPOA 2AZ8A 4J5JA 5P30A 2AOJA 2I4DA 5F00A 1HPXA 4PZWA 3FV3A 5BWYA 1SDVA 1E81E 3SA4A 1BV9A 2FXDA 1RL8A 3PWWA 2VS2A 2IS0A 5P7ZA 3D1YA 5P78A 4QJ2A 3UQWA 1GNNA 5P7IA 4X2LA 1FQ8A 1MTRA 5P3CA 5PEPA 5OZUA 1SH9A 2O4PA 3TOFA 1IZEA 5CONA 4OBHA 3ZKIA 1YX9A 4Y3HA 3Q4BA 2AVSA 4Y3JA 2ZJMA 5P2XA 1GVXA 2ZHUA 5HDUA 4GJCA 5P4FA 3SABA 3BVAA 3R0WA 2VA7A 2JJJA 1QS8A 3DM6A 1LYBA 3UFNA 5P5BA 3K4VA 1APTE 5OZRA 4Y4AA 4DQEA 5DR7A 3S53A 3NDWA 4QJ9A 3O9LB 3T6IA 5HU1A 1KJHA 1A8GA 1EPOE 1G6LA 5P1UA 7HVPA 3OHHA 3K5GA 1K6CA 5P3MA 3NUOA 1NH0A 4TVHA 5P2IA 2ER9E 1ZJ7A 5COOA 5P2KA 3OGQA 2I1AA 5P31A 2NXMA 2ZHVA 4HDPA 2G69A 4Y41A 1D4LA 4JP9A 4Y5GA 2NNKA 1FQ7A 5P0QA 5P7WA 3PSGA 4ACXA 2WF0A 5P59A 3AUPA 4YD6A 5P7YA 5P6GA 4EYRA 3O9AA 5P7KA 3HAWA 5OYXA 4Y5PA 2B60A 2VJ6A 1FLHA 4Y3AA 2NTRA 2AZ9A 4HEGA 3QPJA 3OY4A 2BKTA 4Q5MA 2OAHA 4J1FA 3NXEA 5P69A 4EJ8A 3UCBA 5OYUA 2F3FA 2O4NA 1LYWB 4YOBA 3RTHA 3O9CA 5P51A 5P5ZA 2P3BA 4I0GA 4I0HA 3NDTA 5P6AA 5JG1A 3UFLA 3B7VA 3IVIA 4CPRA 3GI0A 3OU4B 1FFIC 4I0JA 4EQ0A 5DR3A 1XN2A 5P7VA 1D4YA 3L3AA 4ZE6A 1K6PA 1DIFA 3LIYA 3URIA 4KE0A 5OZTA 3EM3A 2R8NA 4NKKA 2BQVA 5P2HA 6APRE 5P7PA 1SMEA 5P0OA 3OXWA 4DPIA 3GI4A 5P0EA 3O99A 2XYEA 4J54A 5OZJA 1SDUA 5P6YA 6UPJA 4Y6MA 2I4QA 2PYNA 1G35A 2QHCA 4FS4A 5P4MA 3LIXA 2QMFA 5P2TA 3OXXA 5P7AA 3UQRA 4Y51A 3OADA 2V00A 3MXEA 4FE6A 4M8YA 2OHPA 5OYVA 5P61A 5OZ4A 5P2NA 2P3CA 4EXHA 5EZXA 2AOFA 2IENA 1BAIA 1FQ6A 2PH6A 1IDBA 5P7RA 3NYGA 1SGZA 1B6LA 1BILA 4FGXA 4D85A 2FLEA 5OZ8A 1FB7A 2WKZA 1HRNA 1HVSA 5P3VA 2ZJNA 3EKXA 5ENMA 5P01A 5OZLA 3VF3A 3WZ7A 5OYZA 2BPZA 1WBKA 2ZJIA 4Y4WA 3INFA 4K4QA 2WF4A 1ODWA 2Q64A 1LYAB 3VYDA 1D4SA 5OZXA 2NPHA 5P6IA 1HXWA 4R92A 2NR6A 3O9LA 5HU0A 2F80A 5HCOA 3SA6A 5OYYA 1K6VA 4FRJA 4KB9A 5P77A 5P8JA 2BPVA 5P3GA 2WHHA 5OZWA 3VV7A 5OZ6A 3OQKA 3EKQA 5P71A 5DPZA 1UH9A 1MERA 5P0UA 1C6ZA 3HZCA 1E82E 3S2OA 1GNMA 5P8NA 1W5VA 2IDWA 5P4GA 4EXGA 1QBTA 1RV7A 4PYVA 2QI5A 5OZYA 2UY0A 5P4UA 5P0TA 5P87A 5B18A 5P55A 2AVVA 3UF3A 1EC3A 4B1EA 2P83A 2BB9A 3WB4A 1FIVA 1XS7D 5P89A 3LINA 1ZTZA 1LYWA 5P19A 5P4QA 3PB5A 3CIDA 3KF0A 2O4SA 1HXBA 4F74A 5P3TA 1BIMA 1NPAA 4OBFA 5P6BA 5P2WA 4NJTA 2G1OA 2OHLA 3D91A 5UPJA 3OU4A 4Y58A 1C6YA 5P76A 3VF5A 2VIJA 1QBRA 5P73A 3BUHA 5P09A 5AHAA 3PBDA 2ZHRA 3UTLA 5OZQA 5P15A 1A94A 3GW5A 3JVWA 5P39A 3VEUA 1HVJA 1QBSA 2V13A 4Y4ZA 5P6RA 3S7LA 1HSHA 5P7UA 1ODYA 5P23A 3SACA 4Z2ZA 1XL2A 5P36A 2V11C 3FX5A 5J25A 4RCEA 2G21A 2WEAA 1HTFA 4L1AB 1BXOA 3I25A 2QHYA 5P0XA 5P42A 1BDRA 1TCXA 5P0CA 5P50A 3OQFA 5OZNA 5DR0A 5P6CA 3QRVA 5P0RA 3APPA 5P2BA 5P10A 1UPJA 2P8HA 5P4BA 3Q6YA 3LZVA 1HHPA 3PI0A 5P3HA 5KQFA 5IVQA 5P6VA 1AAQA 2IKUA 5APRE 5P8VA 5I3XA 4RCDA 3RU1A 4L7HA 5P53A 4NPUA 1FG8C 3VFBA 1HTRB 3FSMA 2VNNA 2ZHSA 1AJVA 2OHQA 1J71A 1IDAA 5P0FA 5P0JA 4Y4GA 1HBVA 5P8BA 1LYAA 1EPQE 3EL5A 3NWXA 4GIDA 4B77A 1IIQA 2QP8A 4FIVA 3FKTA 4Z22A 5OZGA 2WEZA 3CMSA 5P4NA 2IGXA 4YCKA 1K2CA 4D8CA 3L5BA 4OBGA 5P0AA 4DI2A 5P1ZA 2QNPA 5OZSA 4B70A 5P35A 1KZKA 5IS4A 3OWNA 2O4KA 5P8SA 1MIQA 3HVPA 2IKOA 3KFPA 4ZPGA 1OD1A 4WY1A 2RKGA 1FG6C 3ZPUA 5I3WA 3O9DA 4Y3FA 3UDMA 1A8KA 4F73A 4X7IA 2OHUA 4Y4TA 5P05A 3OXCA 4YCYA 5JODA 5P52A 5OZ2A 4I11A 4B00A 3ZKGA 5P65A 4Y3QA 4FRIA 5P6ZA 3UPJA 5DR8A 2XFKA 4J0ZA 1DP5A 4UPJA 5P0NA 4A4QA 5P3BA 5P5OA 3PCZA 3BGBA 3QIHA 5P44A 4Y9WA 3OTSA 1QDMA 3BHEA 2WL0A 2G24A 2ANLA 4L6BA 4CPXA 2MIPA 4PZXA 1B6JA 3BXSA 1UH8A 2QMPA 4CPTA 5P8GA 4CPSA 3S45A 4XKXA 3T3CA 2B42A 5P48A 5P5FA 5HDXA 5P8UA 1SDTA 3KMYA 2PC0A 2CEMA 1HTGA 3SLZA 3SA7A 5P2SA 4B1CA 5P63A 5P7HA 5P2ZA 3PSYA 4DUSA 5P3ZA 2FS4A 1M43A 3TKWA 4DQCA 5P2YA 5HE4A 5P4TA 1D4KA 1ZP8A 4FLGA 3QS1A 3QVCA 3NDUA 1HIIA 5P18A 5P47A 1DW6C 1U8GA 1NSOA 4Q1XA 2NMYA 3CIBA 2QI6A 3TKGA 1HVRA 1C6XA 2B8LA 1YTHA 1XE6A 3TPRA 3O9EA 4ZSMA 3LZYA 3LPJA 2IQGA 5HTZA 4LP9A 1GVTA 4AUCA 3EL1A 1NPWA 1Z8CA 1PPLE 3EKPA 4YA8A 3WZ8A 1M0BA 2I0AA 5P3SA 2QCIA 2HPFA 3KDDA 5P3RA 5KOQA 1SMRA 3PM4A 5T4SA 4ZIPA 1AJXA 4FM7A 3BGCA 3EKWA 4Y56A 3L58A 4Y4BA 2OHSA 3O9GA 1OEXA 5P34A 5P68A 3ER5E 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5KOS A;  4Y36 A;  3TTP A;  5P0M A;  3INH A;  4RRS A;  4YD7 A;  3HDK A;  2HPE A;  5P5Q A;  3ZKQ A;  1TSQ A;  2QU3 A;  2ZDZ A;  4RYC A;  1GVU A;  1GKT A;  3VLA A;  5AGZ A;  4NJS A;  3NU9 A;  3UDY A;  2J9K A;  2I4V A;  4FCO A;  3IAW A;  2VKM A;  1TW7 A;  5P4S A;  1ZAP A;  5P8C A;  1AVF A;  2AOH A;  1N49 A;  1OHR A;  4LAP A;  3UDP A;  5P3K A;  5P74 A;  2OHT A;  5TOL A;  4Y3Y A;  3EL0 A;  5P4P A;  4DV9 A;  4Y3E A;  3TNE A;  3UDK A;  3VV8 A;  2R3T A;  4NPT A;  5P5W A;  1BBS A;  5P7G A;  3EM4 A;  1APU E;  1W5Y A;  5P2J A;  3LHG A;  3OU1 B;  3PSU A;  5P6Q A;  5P1G A;  4HDB A;  4BEL A;  3K4V C;  5P58 A;  4RZ1 A;  5P3U A;  3OQ7 A;  1APV E;  5P16 A;  4B78 A;  2B7F A;  1RPI A;  3FIV A;  2QZW A;  4FM8 A;  3LNK A;  5P5J A;  4I8W A;  3KFR A;  3UDN A;  3EL4 A;  5IVS A;  5P49 A;  4Y38 A;  1GVV A;  4Y45 A;  4I0I A;  3O9F A;  3I6O A;  5P1T A;  2VA5 A;  4ER1 E;  3CKT A;  2WF3 A;  1FMX A;  1MRW A;  4DJU A;  2QD8 A;  3EKV A;  2VJ7 A;  4R93 A;  1ZSF A;  5P2L A;  5OZE A;  2ER7 E;  1EC1 A;  2ZE1 A;  4WTU A;  1PSO E; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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