2XYEA

Hiv-1 inhibitors with a tertiary-alcohol-containing transition-state mimic and various p2 and p1 prime substituents
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPTNVIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title HIV-1 Protease Inhibitors with a Tertiary Alcohol Containing Transition-State Mimic and Various P2 and P1' Substituents
doi rcsb
molecule keywords PROTEASE
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1 (z2/cdc-z34 isolate)
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-11-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2xyeA00
5OZAA 3URLA 5P5RA 1A8KA 3MSKA 3BRAA 4YCKA 3R1GB 1C6YA 2AOIA 5OZOA 3G70A 3IXOA 5P3VA 2IKOA 5P18A 4ZPGA 5P24A 3L5EA 4B1DA 5OZZA 5P32A 1J71A 4ACXA 4F73A 2B7FA 5P6OA 2AOFA 5P6WA 1EAGA 1PROA 3BUFA 3UDRA 5P7EA 5P8PA 5P0VA 5COKA 3O9IA 3GGUA 1MT8A 2IENA 1U8GA 2Q15A 2ZHVA 3PJ6A 4Y3RA 2ZE1A 4Y4WA 5E5KA 1CMSA 5OZRA 5P0CA 1ODWA 5P8DA 5OZMA 3SA9A 5P5VA 5P8TA 3VSXA 4QJ7A 5P79A 3O9LA 5P5MA 1SH9A 4GJ5A 5P30A 3T6IA 3HAUA 3ZPSA 4QJAA 4DVFA 3ZLQA 3LIVA 2PH6A 4LAPA 4EXHA 4CP7A 3PCZA 1SBGA 4Y44A 4EWOA 5P4QA 4TVGA 1EEDP 3EKVA 4J55A 2QZLA 1TSQA 3RVIA 5P3NA 1EPNE 3VV8A 5P3GA 4EQ0A 1HSIA 3UF3A 3INHA 1QBUA 4EPJA 2P3DA 4I0HA 1E82E 4BFDA 2CEMA 3JVYA 1CPIA 1AJXA 2WEZA 2NPHA 2BB9A 4HZTA 3NWXA 5P0XA 5DQ4A 4OBJA 1TCXA 3VEUA 4Y4GA 5P2OA 3K5CA 1YM4A 2B8LA 1HPVA 5P26A 1E81E 3PB5A 5P2YA 4LP9A 1EBZA 5COPA 5P10A 1ZTZA 2VJ6A 2BJUA 5AH6A 1T6GA 3L58A 3GI6A 4NJUA 3SA8A 1MT7A 5ENKA 4DJXA 2IL2A 5CONA 3L5CA 5P8MA 3CYXA 3FSMA 5I3XA 3PCWA 4B77A 4KE0A 5P55A 1B6JA 1LF4A 5KAOA 4F75A 1EBYA 1HTFA 3ZKXA 1META 1MSMA 5P7XA 2G24A 5DQCA 1M0BA 4Y5GA 1W5WA 1BWBA 4QJ9A 1VIKA 5P1LA 2PK5A 5P8UA 3O9FA 3OU1A 5P8LA 4Y3PA 4EJDA 5AHAA 4PZWA 5P2WA 1HVIA 2ZYEA 4Y48A 3EKWA 2MIPA 3UHLA 3C9XA 4RYCA 3S2OA 5P3BA 2Q3KA 5P59A 5P0BA 2FLEA 3KA2A 3OUCA 5P31A 3WZ8A 4Y4JA 3O9AA 3TH9A 1HXWA 5P7GA 4NJSA 4WY1A 1RV7A 3Q3TA 1VIJA 1FLHA 4LHHA 5DQ1A 4ZSRA 1UPJA 3EXOA 2I4DA 3RTMA 5DQ2A 1FIVA 5AGZA 2OHNA 4TRYA 4Y3SA 5P15A 2ER0E 2XFJA 2UY0A 5OYWA 2VS2A 5OYXA 5P1HA 5P3KA 3VUCA 4DJVA 3PWWA 4Y3HA 2AZCA 1RNEA 1FMUA 3K5DA 1FFIC 4Y5CA 3FKTA 2FDDA 4JECA 5P4JA 1GVUA 4I1CA 5P8BA 5P74A 5OZJA 2V12C 5P65A 4JOOA 4A6CA 5P00A 3AUPA 3ER5E 5P23A 1HVKA 3LIYA 2QMGA 1SGUA 5P8GA 5P29A 1QBRA 3IAWA 1W5YA 5OYZA 2NXLA 4L7JA 4Y3MA 4BFBA 4CMSA 1AAQA 2PSVA 1G35A 3B7VA 3OU3A 3KFNA 1M4HA 4Y54A 3LITA 3URIA 5DR0A 3QRSA 1YTHA 3EKXA 1OEXA 3NUOA 5P0YA 4CPTA 4RRNA 7UPJA 3WB4A 3VSWA 5KQZA 3F9QA 4L1AA 2G94A 1BBSA 4QLHA 2QI6A 3D91A 5SXNA 5P3DA 1IDAA 4Z2ZA 5P6SA 4APRE 2ASIA 4OC6B 4MC1A 2G26A 3TLHA 5P2HA 1TSUA 2FMBA 5OZFA 2ZHSA 4D83A 5OZLA 3UPJA 1RPIA 4Y3GA 2J9KA 3N4LA 5P2SA 4GB2A 5AH9A 1HSHA 4GJDA 5ER2E 2VA6A 3ZPTA 1GNOA 4Z50A 3UDMA 1K1TA 3GI4A 3NDXA 4Y53A 5KR2A 5P0SA 2AVSA 4R91A 5OZTA 2QNNA 4J0PA 4J0ZA 5P1FA 3OQFA 5P5UA 1YTJA 3URJA 1MERA 5P5KA 5P1TA 5P76A 2V0ZC 1NH0A 1K6CA 3S43B 2BBBA 3EKYA 5OZCA 4EP2A 1EC0A 2OHSA 1EPOE 2AOGA 5P4KA 4HLAA 5P19A 3D20A 5OZBA 3SPKA 1APTE 1B6PA 5P8RA 3PMYA 4YBIA 5P1OA 4Y47A 1HHPA 1KJ4A 4EHCA 3KFSA 3H0BA 3NWQA 4Y3LA 4I10A 3JW2A 3R0YA 5P0GA 1A94A 3TPPA 3G72A 1B5FB 4Y4UA 4DQBA 5P7FA 4H3GA 5KOSA 4LC7A 3QROA 1ER8E 5P0EA 3SO9A 1YG9A 5P22A 2WF0A 4L7GA 2ER6E 5P4WA 4Y5BA 4TRZA 4EJKA 1XN3A 2HM1A 1HIIA 4GJ9A 5P6AA 2OHQA 5OZKA 2B42A 3ZL7A 1NPWA 4PZXA 5F00A 3GGXA 5I3WA 5P14A 1DW6C 3WSJA 2QNQA 5IVQA 3QI1A 5P67A 3OU1B 5P6GA 4GJCA 3S7LA 1FKNA 4RCDA 3S7MA 2NMYA 5P1AA 1W6IA 2QI5A 4CPWA 1LYBB 1MTRA 5P62A 1EPME 5P4LA 3INFA 3NXEA 5P3LA 1W5XA 5P0KA 4OD9A 2AVMA 3TKGA 3SKFA 1GNNA 3Q4BA 5P3OA 1ZSFA 5OZWA 3L59A 5P1XA 4R8YA 3H5BA 4K4RA 3VFAA 2RKGA 1HXBA 4I0GA 2AIDA 1QBTA 1AVFA 4GJ8A 3OUAA 4RVIA 4ER4E 2PWRA 3LIXA 2A4FA 2HIZA 3UDJA 3SM1A 5E5JA 1HTGA 3PVKA 1DMPA 4FRJA 4RZ1A 2R43A 5P2VA 3VF5A 1G6LA 3K4VC 3IVHA 5OZNA 4Y50A 1LF2A 4Z4XA 3OU4B 4XX3A 2XFIA 3EM3A 2OF0A 3PGIA 2QI0A 1NPAA 5P8AA 1SDUA 5P1UA 5IVTA 2NXMA 5P6CA 1HPOA 1BXOA 3EL4A 4Q5MA 5P8EA 5AH7A 3PMUA 3NYGA 2R38A 5P7PA 2VIJA 2AZ9A 4Y45A 4FAEA 4Y5MA 2BPZA 2NR6A 2ZGAA 5P5JA 1LYAA 5P1KA 4U8WA 1A8GA 4Y5PA 3OADB 4Y57A 4OBFA 1LV1A 2AOHA 2HB4A 4AUCA 1D4SA 4NPUA 2VNMA 2VA7A 5P16A 2V00A 5P53A 4J17A 4I0IA 1GVVA 3UDKA 5P4YA 1FMBA 1IZIA 4FS4A 3UTLA 5IE1A 3GGAA 3PSGA 4D85A 2I1AA 1Z1HA 5P5ZA 1HPXA 5P0JA 3OXXA 5P1IA 3S45A 3BUHA 1FQ8A 3DCKA 2QI1A 5P7HA 2QHYA 4Y4EA 3KFRA 1TQFA 5P6DA 3TKWA 4LXKA 1XL5A 2PC0A 4CPRA 5P1WA 3IA9A 5P0IA 5P2AA 3UQRA 5P69A 4YCTA 2WEDA 4Y4TA 4DQEA 5EZZA 5P87A 3ZKMA 4WTUA 3S8IA 3HLOA 2ER7E 2O4NA 3LPIA 5P43A 5DPZA 5P40A 5P71A 2FIVA 5P27A 5P02A 5ISKA 5JODA 2OHMA 4Y3AA 1IVPA 5P5OA 3TTPA 1PSOE 5P28A 4R93A 4RCEA 5P3ZA 4J1FA 3S53A 1MPPA 5OZEA 3EKPA 2V16C 3SA3A 2ER9E 3A2OA 5P6VA 4DPFA 2PSGA 4YHQA 5P5NA 1ME6A 1Z1RA 3HW1A 5OZQA 5P2GA 5P6YA 5P2FA 2WF1A 4DJUA 3ZKQA 1HSGA 2PH8A 2J9JB 2B60A 5HCOA 3ST5A 2R8NA 3PWMA 5F01A 5HE4A 5IS4A 1LEEA 2F3KA 3LIQA 3OHHA 1EBWA 5P7IA 4MC6A 3I25A 5P80A 2I4UA 1MUIA 2PYMA 4ZEAA 2O4KA 5P1NA 1W51A 4GMIA 4HVPA 5P3MA 5P4DA 1W50A 3UDYA 2HS1A 2G21A 5UPJA 5P4HA 5OYRA 1LYWB 5HTZA 3FNUA 3TNEA 2G1OA 2RKFA 2I4VA 1QRPE 5P8FA 3CYWA 1SDVA 4F76A 2QD7A 1LF3A 1YT9A 5P3WA 4FRSA 3L38A 5P4VA 4Q1WA 4DQCA 3NU9A 5P6JA 1DP5A 5P70A 3UDPA 1K1UA 1FFFC 4Y5EA 2ANLA 4Y3YA 4I12A 5P37A 2R5QA 1DAZC 4ZPFA 5P3CA 4GZFA 5P58A 3LZSA 5P8SA 3UFNA 1EPQE 2OHRA 4GYEA 3DV5A 1KJ7A 3IGBA 4FRKA 4B05A 3VV6A 1KZKA 1ODXA 5DGUA 1XS7D 4FL8A 4Y5KA 5KR0A 2P3BA 4A6BA 2WF3A 4RROA 1F34A 4U7QA 1MRWA 3CKPA 3OUDA 3RSXA 4DV9A 4ZSQA 2AODA 3KF0A 3NU6A 4JP9A 4DJOA 5P7OA 3D1YA 3EL0A 5P48A 5P0UA 2ZDZA 5P5FA 5AH8A 5IVSA 4B78A 5P5WA 3LINA 3GI0A 2NMZA 3KMXA 4B00A 5P3RA 4J0TA 1XN2A 3VYEA 2BKTA 1M43A 5P4XA 5BWYA 1HBVA 3B80A 1RL8A 4QJ2A 2UXZA 2V11C 2Q11A 5P05A 5T4SA 4Y58A 2NNKA 2O4PA 5P4IA 5DR4A 3D1ZA 1QS8A 5OZVA 4OBGA 2IGXA 4ER2E 3ZKSA 2I0DA 5HE7A 5P3JA 4TVHA 4RVJA 4Y36A 5P3XA 1AJVA 3QBHA 3IVIA 4JPEA 5P2RA 4HDFA 3T7PA 3HAWA 3MSJA 1BDQA 2I4WA 3UQWA 3VLBA 3I8WA 3R0WA 3OY4A 3OK9A 5B18A 1EC2A 1SMRA 5P25A 1UH7A 2P83A 5P7DA 4K4PA 5P7WA 1IVQA 4OBHA 5I3VA 4ER1E 4J5JA 1QBSA 2BPVA 4ZPEA 5C9BA 1ZSRA 2VIEA 4RLDA 3INEA 3VG1A 4EP3A 3FNSA 3HVGA 4EJ8A 2WHHA 5P5LA 5C9FA 5P7NA 3ZPUA 5P4UA 5P77A 1MT9A 3KM4A 4Y51A 4Y4DA 3SA7A 5P4EA 1ODYA 2WF4A 3LPKA 5P5SA 5P7JA 5OZ2A 4LXMA 5HVPA 5P7LA 1SMEA 1APUE 1DIFA 3I7EA 3SKGA 2AZ8A 2FXEA 2A1EA 5P6XA 3KDCA 3PI5A 5P86A 3VV7A 3BGBA 3PEPA 5P84A 2QD6A 3PI0A 1N49A 7HVPA 2F80A 1E80E 1FEJC 5P0AA 4XX4A 5P2NA 5P4SA 2IGYA 1HEFE 5P7CA 4FIVA 3NLSA 3DV1A 5OZSA 5P1RA 4YOAA 3QVIA 1SIPA 1B6MA 1MIQA 3TL9A 1W6HA 3O9LB 4ZSMA 5P7MA 5P3UA 5P0PA 3KDBA 3WB5A 3KDDA 4Y38A 5P61A 4Y3ZA 3M9FA 1FQ6A 2VIZA 5P33A 1YX9A 4U7VA 3PHVA 2ZJJA 3T7QA 1SIVA 1BVEA 2O40A 1FB7A 1K6VA 5HDUA 3QPJA 5P6IA 3S56A 3MSLA 2ZJIA 3ZOVA 4M8XA 3QRVA 5I70A 4MC2A 4AA9A 2G27A 3DOXA 2FDEA 2QU2A 3AIDA 4YD4A 4AZYA 5P7VA 1BWAA 2G20A 2OHUA 3OGPA 2BKSA 2NNPA 5OZ7A 4I0EA 5IVRA 1HEGE 1SP5A 5P36A 1A9MA 2AVQA 5P1EA 5P5HA 4Y3FA 1TW7A 3LZUA 5P0WA 3K5FA 4B0QA 2JJIA 5P7QA 4DQFA 4UPJA 5P85A 5OYUA 3BVAA 2R3WA 4B70A 4NKKA 4R92A 2F3FA 3OTYA 1FF0C 3SA6A 3L5DA 5P06A 5P81A 5OZPA 3VF3A 5HU1A 4I8ZA 2WECA 5P01A 1OD1A 1GNMA 3NU4A 1EBKC 1HRNA 3PSYA 3EC0A 1HVRA 3I2LA 3QAAA 4I0JA 4H3FA 3DUYA 6APRE 3BC4A 5HDXA 5P0RA 1D4YA 5P7AA 4DJYA 2FXDA 2VIYA 5P8OA 1AIDA 4Q1NA 3D3TA 3QS1A 3L3AA 2AZBA 5P51A 5P4CA 5OYQA 4GIDA 3INDA 5J25A 1WKRA 2NXDA 3PM4A 1A30A 1F7AA 5P4FA 2OHTA 2Q55A 5P35A 2JE4A 5P2TA 3NR6A 5JFUA 2QZWA 3K5GA 5P03A 3LIZA 1PSNA 2FDPA 3ECGA 5P41A 4Y3DA 1MTBA 3HVPA 1TCWA 5P11A 5P3HA 4YE3A 5SZ9A 4FSEA 3R4BA 5P38A 2CEJA 1IIQA 5P3EA 3BGCA 1HIHA 4PHVA 2HB3A 5P5DA 4F74A 4J1KA 1EC1A 3CIDA 3OTSA 5P2JA 5P0ZA 5P5XA 2QMDA 4BEKA 3RSVA 5DGWA 5P89A 5KR1A 4Y6MA 5P6UA 5P1YA 1EPRE 4GJBA 5OZ8A 3SACA 2HB2A 1MRXA 3GGVA 4RVXA 5P8VA 3I6OA 2SAMA 1APWE 4I8WA 5P0OA 3U6AA 2XYEA 3FIVA 4Y3WA 5P1DA 4ZE6A 1IBQA 2AVOA 4FRIA 3EL9A 2G1NA 1ZBGA 3EMYA 3CKRA 2HAHA 3SA5A 2F81A 5FIVA 3VYFA 1APVE 3OGQA 5P5PA 1AZ5A 2VJ7A 5OZHA 4Y4BA 3BXSA 3OQ7A 4IVSA 3U7SA 1PPME 5P39A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5OZA A;  3URL A;  5P5R A;  1A8K A;  3MSK A;  3BRA A;  4YCK A;  3R1G B;  1C6Y A;  2AOI A;  5OZO A;  3G70 A;  3IXO A;  5P3V A;  2IKO A;  5P18 A;  4ZPG A;  5P24 A;  3L5E A;  4B1D A;  5OZZ A;  5P32 A;  1J71 A;  4ACX A;  4F73 A;  2B7F A;  5P6O A;  2AOF A;  5P6W A;  1EAG A;  1PRO A;  3BUF A;  3UDR A;  5P7E A;  5P8P A;  5P0V A;  5COK A;  3O9I A;  3GGU A;  1MT8 A;  2IEN A;  1U8G A;  2Q15 A;  2ZHV A;  3PJ6 A;  4Y3R A;  2ZE1 A;  4Y4W A;  5E5K A;  1CMS A;  5OZR A;  5P0C A;  1ODW A;  5P8D A;  5OZM A;  3SA9 A;  5P5V A;  5P8T A;  3VSX A;  4QJ7 A;  5P79 A;  3O9L A;  5P5M A;  1SH9 A;  4GJ5 A;  5P30 A;  3T6I A;  3HAU A;  3ZPS A;  4QJA A;  4DVF A;  3ZLQ A;  3LIV A;  2PH6 A;  4LAP A;  4EXH A;  4CP7 A;  3PCZ A;  1SBG A;  4Y44 A;  4EWO A;  5P4Q A;  4TVG A;  1EED P;  3EKV A;  4J55 A;  2QZL A;  1TSQ A;  3RVI A;  5P3N A;  1EPN E;  3VV8 A;  5P3G A;  4EQ0 A;  1HSI A;  3UF3 A;  3INH A;  1QBU A;  4EPJ A;  2P3D A;  4I0H A;  1E82 E;  4BFD A;  2CEM A;  3JVY A;  1CPI A;  1AJX A;  2WEZ A;  2NPH A;  2BB9 A;  4HZT A;  3NWX A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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