2XYFA

Hiv-1 inhibitors with a tertiary-alcohol-containing transition-state mimic and various p2 and p1 prime substituents
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPTNVIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title HIV-1 Protease Inhibitors with a Tertiary Alcohol Containing Transition-State Mimic and Various P2 and P1' Substituents
doi rcsb
molecule keywords PROTEASE
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1 (z2/cdc-z34 isolate)
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-11-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2xyfA00
3O9LA 3PMUA 4FIVA 5P7DA 2AIDA 1AAQA 1W51A 4L1AA 3HAWA 4EQ0A 4BEKA 4Y37A 5ISJA 3BRAA 3UDKA 1Z1HA 5P40A 4DPFA 2SAMA 5OZAA 2XFIA 1EC3A 3URLA 5P6FA 3S85A 4EP2A 4EHCA 2R8NA 1MT7A 3ZKIA 4B1EA 5P2FA 4HVPA 5P6GA 1BDQA 5HE5A 2J9JA 1ZAPA 2PQZA 2FDEA 3NU6A 5P6NA 5DQ5A 4DQEA 2EWYA 5P6DA 5P1KA 1B6MA 3BUHA 5P6HA 1LF4A 4H1EA 3VV6A 1QBUA 2QHCA 5HU0A 5P41A 5P8VA 1ODXA 4JPEA 4GJ9A 5P84A 5P4QA 3OAGA 5P2NA 3KF0A 4K9HA 1PFZA 2VNNA 3DV1A 3ZKXA 4Y56A 3UDNA 1SIVA 1HVLA 1LV1A 3EBZA 4Y44A 5P11A 2QNPA 5COKA 5OZGA 5P0ZA 5KR0A 3OUDA 1FFFC 3KT2A 5E5JA 4YOBA 1BV7A 2AZ9A 1HTFA 3AIDA 1W6HA 1HPVA 2QZWA 3NU3A 5P5ZA 1BDRA 1IZDA 1FQ8A 2H6TA 1HVHA 3DOXA 2R5PA 3MWSA 3L5EA 3L3AA 3BUFA 3EL0A 5P35A 3UPJA 1FFIC 5P24A 3HLOA 3UQUA 2PH8A 4Y3FA 3WB4A 3CICA 1T6GA 4LXMA 5P7TA 4MC6A 3D91A 2ASIA 4GJDA 1ZSRA 4EWOA 1D4HA 5OZ1A 4Y4JA 5P7KA 5P56A 3PB5A 5P2VA 4K8SA 5P3HA 5P6YA 5P4IA 2WJOA 1UH8A 1LYAA 5P0FA 4Y3EA 3K4VC 3UQWA 2F8GA 5P2DA 3SA6A 3NU5A 3VCMA 5JFUA 2PYNA 5P1ZA 5P2IA 2BB9A 3S45A 1AVFA 5P1BA 3F9QA 4ZSRA 2I0AA 4DQCA 5P36A 3ZKSA 3ER5E 1HPSA 2H6SA 4Y3YA 5AH9A 4RGHA 4DJVA 3SFCA 3NUJA 5P3RA 5P3UA 4A6BA 1LF3A 5OZDA 3BVBA 3EL9A 2QU2A 3RSXA 2WEAA 1B6KA 4ZEAA 3DJKA 2AOCA 5P0RA 1HVJA 3KM4A 1E82E 5P1NA 1EBWA 2BJUA 4Y3HA 1HSGA 2NNPA 4GJCA 4Y3XA 1U8GA 4R8YA 3N4LA 2JJJA 5BS4A 4CPSA 4H3FA 2IS0A 4ZE6A 4U8WA 1AXAA 5P8JA 3JVWA 5P8MA 2APRA 3OU1B 2V00A 5ENKA 2G1SA 1HIVA 3EKXA 3O9EA 1ZBGA 1HPXA 1GVXA 1QDMA 5P68A 5P1SA 5P6VA 5HDVA 4HDPA 5P16A 1ZJ7A 5P7ZA 1MIQA 2FNTA 5P8FA 2OHLA 2QCIA 5OZUA 3S53A 1F34A 2ER9E 2FDPA 4Y39A 2NMZA 4FM8A 2WF0A 2ZJLA 3LPJA 1KJHA 3FX5A 3MXEA 2OAHA 3SA8A 4D8CA 1BBSA 1TCWA 3EKVA 4Y9WA 1K6PA 5C9FA 5P3EA 3G70A 4Y5GA 3ZLQA 4R92A 2G21A 1HOSA 1QBTA 3EM6A 3SQFA 1SMEA 5P1WA 1EPNE 3PI5A 4YD7A 4J0PA 1M0BA 2I0DA 5P8LA 2ZJNA 5P85A 4DQFA 1PROA 5P65A 4J55A 1M4HA 2F3FA 1NPVA 4HDFA 2Q63A 5P3QA 5P23A 3PLDA 3SACA 5P88A 4DPIA 1VIJA 1APTE 4DJPA 2Z54A 1D4YA 5DR0A 1T7KA 1PSAA 2P3CA 1W5XA 2AVSA 4B0QA 3IXJA 1XL5A 1FMBA 4HE9A 3OTSA 5P5IA 4DH6A 1G2KA 3TOFA 4Y4TA 4Y3TA 3EL5A 2ER7E 2G22A 5P3WA 4YD5A 4YBIA 5DR1A 2HB2A 5P44A 3L5CA 2G1OA 4NJTA 2QK5A 1FKNA 4RRSA 2PMAA 4IVTA 5P0MA 5P59A 4YHQA 5OYZA 3PVKA 5KQFA 5HCOA 4RVXA 5P7CA 2QU3A 4Y4EA 4Y48A 1B6PA 5P5FA 2ER6E 3OUAA 3KYRA 4ZPGA 3TPLA 3I25A 3K1WA 1K1UA 2FS4A 1BILA 5P8CA 2HPFA 5OZLA 5P7UA 1ENTE 1A30A 5OZZA 3VYEA 1E5OE 3S54A 2QNQA 5P6UA 1AIDA 3LHGA 3KDDA 4HEGA 5P72A 3LZUA 5I3VA 4XX4A 4GJ5A 4EP3A 2AOGA 5KR2A 3RTNA 4RROA 5P5DA 3QRVA 2AODA 3HZCA 3O9LB 5P2XA 5P2GA 5IVSA 5P38A 5P7QA 1TQFA 4WY1A 2QZXA 5P13A 5P7BA 4I0GA 5P8KA 1K2BA 1BDLA 2JE4A 4L1AB 5P22A 3MSKA 5P6CA 3UQPA 4R95A 3BUGA 3CKTA 5P1DA 3INFA 4A6CA 3UQRA 3OQ7A 5P2WA 2OHQA 2I4WA 2O4SA 2UPJA 5P2CA 4BFDA 3L5BA 2RSPA 3FIVA 5P76A 1BWAA 5OZ0A 4I0DA 2J9JB 5SY3A 3WZ7A 2HS1A 1C6ZA 2ZGAA 3NU4A 3KFRA 1META 5P86A 2G24A 2HPEA 2BPZA 3UF3A 4R93A 1TSQA 4DUSA 4I8ZA 4J17A 5P4DA 2ZHSA 4R5NA 5DR8A 3VFAA 2ZHRA 5OZSA 5P31A 1HXBA 2VIZA 2Q5KA 4Y3WA 2OF0A 3EKWA 4I12A 1LS5A 1TW7A 3OAGB 2ZJHA 5P4ZA 3K5DA 2FXEA 4Y5EA 3SA4A 5P5MA 5OZ5A 4OD9A 5P3IA 5P5QA 5P0QA 4QJ6A 4ZIPA 2VJ6A 2HAHA 2I4XA 5BRYA 5P62A 5I70A 2G69A 5OYYA 4H3JA 2HIZA 4Z50A 3GGAA 4RVIA 4OBDA 3O9CA 5P0CA 4I1CA 5OZKA 4FLGA 2NXLA 5P4GA 4Y4DA 4Y3ZA 1GVTA 5APRE 4ER4E 3PM4A 5P5UA 5P5GA 2Q54A 5P81A 5P4PA 1YTJA 5P0SA 4RCDA 2O4KA 2P8HA 5SY2A 1FB7A 3NWQA 4EYRA 3FV3A 2G27A 5P2HA 2NTRA 5OZVA 3KMXA 6FIVA 2ZJKA 5P58A 3SKGA 1RPIA 3OXCA 2PK5A 1EC1A 2V16C 4DJUA 1LYAB 5P6TA 2ZHTA 5OYQA 2VJ7A 3AUPA 3DV5A 3OY4A 1YG9A 5P7HA 5TOLA 2XYEA 2AVVA 3ZPSA 4K4QA 4NKKA 4LXAA 1BVEA 5OZMA 3GGUA 5P50A 2PK6A 4HA5A 2BKTA 4LP9A 3T11A 3EL1A 3S43A 3VEUA 2QMDA 2I4VA 2ER0E 5ER2E 3INDA 1HIHA 2XFJA 4D89A 2XFKA 2HB4A 2QI0A 4Y4UA 2VJ9A 5P0YA 5FIVA 2F3EA 1HHPA 5OZYA 5P4RA 1FLHA 3PI0A 5OZ6A 1PPLE 2AZ8A 1ODWA 1ODYA 1SH9A 3UQXA 3ZL7A 4B1CA 4ZLSA 5I3XA 2ZHUA 1FG8C 5OZPA 4Y5BA 4GJAA 5P7FA 2JXRA 5P8HA 5P54A 3OUCA 2QNNA 2G1RA 5P39A 5P5YA 4YOAA 5P7EA 1HWRA 1B5FB 4GZFA 5I3YA 5P7SA 4FAEA 5HDZA 1D4KA 3PSUA 3NDUA 5P19A 5P10A 3B80A 3D20A 4FSEA 3T6IA 4XX3A 5AHCA 1OHRA 4OBGA 2RENA 1GVVA 1RV7A 1ER8E 2OHNA 1AM5A 1XS7D 4CPUA 3OHFA 3TOHA 3SPKA 2R9BA 5P03A 7UPJA 1T6EX 3T7QA 5P0VA 5P4AA 4DJYA 1HTGA 2VIYA 3SABA 2OHTA 1HXWA 3QVCA 3N3IA 1XN2A 4J0YA 4DJQA 3SA9A 2QMFA 5P60A 4Y4WA 2R5QA 4J5JA 3FNSA 5KQZA 3DK1A 3R0WA 4J1CA 4COEA 5KR1A 2AOHA 3IN3A 5P3KA 1B11A 1C70A 1UH7A 2B60A 5P7YA 2J9KA 5ENMA 5P01A 3LIQA 1ZSFA 3EM4A 2Q15A 4X7IA 5F01A 3URIA 4EJLA 1LF2A 1ZP8A 2B8VA 4XKXA 1XDHA 3HDKA 4EQJA 2BKSA 1MT9A 2IENA 4Y58A 5EZXA 1FQ7A 4RCEA 5P7VA 2WL0A 5P0XA 4APEA 3C9XA 4B77A 3FNUA 5OYUA 3RTHA 5P7IA 1HRNA 3HAUA 5OZJA 4NPTA 3S2OA 5HE4A 3PGIA 1EAGA 1YX9A 2OHUA 5P5SA 2QZLA 4YD4A 5P5CA 4YA8A 4LXKA 3ZKGA 3ZKNA 3HBOA 5P3GA 5P8IA 2AOJA 3INEA 5P0BA 5HD0A 5P8BA 4NJUA 1HVIA 5P5AA 4DJRA 1MTRA 3BGBA 1MSNA 5P6OA 2RKFA 5P15A 1GNNA 3OXWA 5P4NA 5P4UA 2FLEA 5P5OA 5P5KA 1EPME 4QJAA 3WSJA 1LYBB 4APRE 3EKPA 4LHHA 3EMYA 4EXGA 4TRZA 4Y35A 5P2MA 4NPUA 5P79A 3NYGA 4WY6A 3QPJA 2R43A 1ZPKA 4I0EA 2FXDA 3R2FA 4XXSA 5P04A 5P0AA 3TPRA 2FIVA 3R4BA 5KAOA 5HVPA 3U7SA 4Y4AA 4QJ8A 2G1NA 3ST5A 3KFPA 5P27A 1SGZA 3LITA 3IXKA 3NXEA 5AHBA 5P30A 3ZKMA 3UFLA 3FKTA 5P2UA 5P1FA 1SBGA 2FGVA 1C6XA 3PWRA 2IEOA 3ZPUA 3BHEA 1MSMA 4MC9A 1HVRA 1B6LA 3O9DA 1IDAA 3VV7A 3T3CA 1A9MA 2OHRA 5DQCA 2O40A 4MC1A 2IRZA 2O4PA 1FMXA 4ER1E 2Q55A 2B7ZA 5P3TA 1BXQA 2XYFA 2WECA 5P32A 4TVGA 4FL8A 2CENA 4GYEA 4Y3GA 2RKGA 1Z1RA 5P4XA 4Y38A 3URJA 5P02A 5P25A 1ZPAA 5AH8A 5OZTA 4I0HA 5P1MA 3S56A 1QS8A 2QP8A 5I3WA 5P3AA 4GJ6A 3INHA 3UDPA 5OZBA 4K4RA 3IVHA 4I0JA 2WKZA 5KOQA 3KDBA 1D4SA 5P5BA 3BXRA 2ZJIA 2F81A 4DFGA 1HEGE 3TOGA 4J1IA 2QI1A 1MRXA 5P89A 3GGXA 5SZ9A 3PSYA 3D1ZA 3QBHA 5IE1A 5P0HA 2Z4OA 5P73A 1W5WA 4FGXA 4YD3A 2V10C 5P6ZA 5P8RA 5P1TA 3K4VA 2V11C 5P4HA 5P6JA 5DQ2A 4J1FA 5P2JA 5P1CA 4F74A 2BPXA 1PSNA 3PRSA 5JG1A 5OYXA 5P2SA 5DQ1A 3U6AA 3EL4A 3TTPA 2AQUA 4Q1NA 4NJSA 2WEBA 3CKRA 5P0PA 2P4JA 1W6IA 5P06A 5P45A 5P3ZA 4OBKA 4S1GA 5DR4A 3PSGA 5P5PA 3S43B 4NJVA 1MEUA 1KZKA 3MSJA 1LZQA 2R3TA 5OZWA 4Y5AA 4Y5MA 4YDFA 1EBYA 3SKFA 5P8DA 5OZ8A 1HBVA 2AOFA 2A4FA 2QD7A 5P3BA 3QROA 1YTGA 3IXOA 5P34A 1G35A 4YCYA 4KE1A 3BC4A 5OYSA 5OYVA 2VNMA 1HEFE 2AZCA 5P7GA 5OZEA 4Y4ZA 3BXSA 5P08A 3KFSA 5P8SA 4FRJA 3OK9A 5P3DA 2B42A 2V12C 3OOZA 3VUCA 2QHZA 1DPJA 1DAZC 3VF3A 1FMUA 3QS1A 4FRIA 3R0YA 4H3IA 4Y53A 2PYMA 5UPJA 1OEWA 1M43A 4CPQA 3QRSA 2QD8A 3DCRA 2ZE1A 2OHKA 5DQ4A 2QI3A 3OADA 3HVGA 4OBZA 2BBBA 3VSWA 3Q5HA 3UDMA 1SMRA 5P77A 5P1YA 1ZTZA 4QLHA 1YTHA 5P5TA 2IKOA 3OU4A 3Q4BA 9HVPA 3T7XA 3RSVA 1DP5A 1PPKE 1APVE 5P8EA 5P46A 5OYTA 3GGVA 2WF4A 3QI1A 4Y5KA 3GI6A 4FE6A 3NR6A 2QI6A 1W5YA 5HDXA 3CIDA 2Q11A 5OZ3A 5P75A 5KQXA 3UDRA 1MVPA 4B05A 5HE7A 3EKQA 5P0NA 1KJFA 3OUDB 5P48A 3D1YA 2VA6A 2O4LA 3G6ZA 4Y3JA 5P3JA 5P3YA 3PHVA 3GI0A 5AGZA 1IDBA 5P6QA 3CYXA 5P05A 5HTZA 3WZ6A 2WHHA 4B70A 1W5VA 5CLMA 5OZHA 1BWBA 4Y3DA 3NLSA 5KQYA 4PEPA 1SGUA 3UDHA 2JJIA 1OEXA 2I1AA 1KJ7A 4HLAA 5P26A 6APRE 3MXDA 3GI5A 5P29A 5OZ2A 1KJGA 3OQDA 2P3BA 3PJ6A 2BPVA 3ZPTA 1MUIA 4CKUA 5P1AA 4Y3AA 2QMGA 5ISKA 5P5XA 1A8GA 1G0VA 5P8NA 4A4QA 1FQ4A 5P2YA 5P6WA 3DUYA 2AOEA 3O9FA 1N49A 4F73A 3LIYA 4BFBA 5HCTA 3UDJA 5P3PA 1IBQA 3O99A 3Q70A 3LZYA 1K1TA 1SDUA 1YM2A 5DGWA 1FQ6A 2R38A 4I0ZA 4B72A 1SIPA 4Y41A 4CP7A 5P3CA 2UY0A 3FNTA 4QJ7A 1FF0C 5P55A 4EJ8A 4ZPFA 3SA5A 3K5GA 3IA9A 1EPPE 5P7JA 3VYFA 1J71A 5P74A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3O9L A;  3PMU A;  4FIV A;  5P7D A;  2AID A;  1AAQ A;  1W51 A;  4L1A A;  3HAW A;  4EQ0 A;  4BEK A;  4Y37 A;  5ISJ A;  3BRA A;  3UDK A;  1Z1H A;  5P40 A;  4DPF A;  2SAM A;  5OZA A;  2XFI A;  1EC3 A;  3URL A;  5P6F A;  3S85 A;  4EP2 A;  4EHC A;  2R8N A;  1MT7 A;  3ZKI A;  4B1E A;  5P2F A;  4HVP A;  5P6G A;  1BDQ A;  5HE5 A;  2J9J A;  1ZAP A;  2PQZ A;  2FDE A;  3NU6 A;  5P6N A;  5DQ5 A;  4DQE A;  2EWY A;  5P6D A;  5P1K A;  1B6M A;  3BUH A;  5P6H A;  1LF4 A;  4H1E A;  3VV6 A;  1QBU A;  2QHC A;  5HU0 A;  5P41 A;  5P8V A;  1ODX A;  4JPE A;  4GJ9 A;  5P84 A;  5P4Q A;  3OAG A;  5P2N A;  3KF0 A;  4K9H A;  1PFZ A;  2VNN A;  3DV1 A;  3ZKX A;  4Y56 A;  3UDN A;  1SIV A;  1HVL A;  1LV1 A;  3EBZ A;  4Y44 A;  5P11 A;  2QNP A;  5COK A;  5OZG A;  5P0Z A;  5KR0 A;  3OUD A;  1FFF C;  3KT2 A;  5E5J A;  4YOB A;  1BV7 A;  2AZ9 A;  1HTF A;  3AID A;  1W6H A;  1HPV A;  2QZW A;  3NU3 A;  5P5Z A;  1BDR A;  1IZD A;  1FQ8 A;  2H6T A;  1HVH A;  3DOX A;  2R5P A;  3MWS A;  3L5E A;  3L3A A;  3BUF A;  3EL0 A;  5P35 A;  3UPJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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