2XYFA

Hiv-1 inhibitors with a tertiary-alcohol-containing transition-state mimic and various p2 and p1 prime substituents
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPTNVIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title HIV-1 Protease Inhibitors with a Tertiary Alcohol Containing Transition-State Mimic and Various P2 and P1' Substituents
doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1 (z2/cdc-z34 isolate)
molecule keywords PROTEASE
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-11-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2xyfA00
1KJFA 5P5BA 5P8QA 4J1FA 4L1AB 1BVGA 4JP9A 1QS8A 1AM5A 5P70A 5P8PA 4A6CA 5P08A 5P2RA 3ECGA 5P1PA 4EQ0A 5DR8A 4Z4XA 3UF3A 4OC6A 5P2LA 2PWRA 5P4MA 1AZ5A 4HLAA 2PH8A 4OD9A 2V16C 4PEPA 5P4TA 3LPJA 4Y3HA 5COKA 5P3YA 4Y45A 3QRVA 2AOEA 3ZPTA 5HCOA 3OGPA 3ZOVA 4Y5BA 1GKTA 4YE3A 2HIZA 5P66A 1QBRA 4U7VA 1E80E 1Z8CA 3I8WA 5P8LA 2QP8A 2XFKA 3B80A 4JECA 5P2YA 1BV9A 2QI4A 3NSHA 1MPPA 1RL8A 5OZTA 2PQZA 3ZKSA 4H3GA 2ZJNA 3VFBA 3S54A 2ZHUA 2FGUA 1K6PA 2NPHA 5P2CA 1Z1RA 5OZFA 2AOHA 4I0GA 2IDWA 2BKSA 5P75A 1SGUA 3PEPA 1NPAA 3HZCA 5P14A 4B70A 4DJOA 3OUDB 2O40A 4APEA 5OZMA 2P8HA 3I7EA 4RLDA 3S85A 3OXXA 4LXMA 4Y4GA 3FX5A 3S2OA 5OZUA 3INFA 1HPSA 5P2BA 5P5AA 4B1DA 3OU4A 1XL5A 2FDEA 4ACUA 5P5NA 1VIJA 2AVOA 4HDPA 5DQ2A 5P4CA 3S7LA 2QI3A 4RROA 5P76A 4BELA 1E82E 3OUBA 4Y4ZA 4Y6MA 4DQBA 3PLDA 5P6MA 1NSOA 5P12A 2QCIA 4GJAA 5P65A 4NJTA 4Y3FA 4D89A 1FEJC 1W50A 1Q9PA 2QU2A 4OBJA 5AHAA 2V13A 4DJXA 5P0ZA 4FAEA 4HE9A 5B18A 2PMAA 2NMYA 1OD1A 3BVAA 5P28A 4Z2ZA 1MT8A 1XL2A 4J54A 1W5XA 5P2NA 1DPJA 2G1NA 4DJWA 9HVPA 3NYGA 5P0EA 4LXKA 5P06A 2P3CA 4K8SA 3HVGA 5F01A 1DP5A 5P59A 2VJ9A 3L59A 3R2FA 1MT7A 4HDBA 5P85A 2AOFA 5P02A 5HDXA 1LYWA 4JPEA 5P5XA 1MT9A 5P38A 2B60A 5P4NA 2NXLA 3LIZA 2G24A 5P73A 3TLHA 3N3IA 5P7NA 3NXEA 4Y51A 2RKFA 4RGHA 4Y39A 5P3RA 2NMZA 1OHRA 4YA8A 4Y41A 5P1HA 3LPKA 3EM4A 5HD0A 4FL8A 5P72A 5P0MA 5P19A 3WZ8A 4FS4A 5I3YA 5HE7A 4HDFA 3SQFA 1GVTA 1YTHA 4I0JA 1D4SA 5P88A 5I3XA 1APUE 5P7YA 4IVTA 2I4WA 2ZHTA 2ZE1A 1EPNE 1FB7A 1LYBA 4CKUA 3JW2A 5P0YA 4Y54A 3RVIA 2OHUA 1YTGA 3EKVA 5P8CA 5P74A 3OK9A 5BS4A 1HPXA 4YBIA 3OOZA 5KQFA 3EL0A 4Y4UA 3LITA 5OZAA 2Q54A 3ZKXA 3T11A 2VA5A 3SPKA 3SA3A 3KF0A 3R1GB 3FV3A 1B6KA 3D1XA 5P3XA 3UQPA 3OGQA 1CMSA 3L5EA 1CPIA 5P8JA 5UPJA 1MSMA 1J71A 2I4VA 2WEBA 5OZIA 3VYDA 3UQRA 1G0VA 1E5OE 4LBTA 5P6KA 1ME6A 4KUPA 1RV7A 3SM1A 3KN0A 4CPTA 5OZ9A 1BBSA 2O4NA 1HVRA 5P7MA 5P5GA 1EPME 2PSGA 4QJ6A 1U8GA 2I0AA 5P3KA 5P5WA 5P30A 4B1CA 5P8HA 2R3TA 5P0FA 2G1OA 3TTPA 2NNKA 4FIVA 5P3OA 3PSGA 3ZKIA 1HIVA 3EMYA 3LIYA 5P7SA 5P42A 1ENTE 4I11A 2IEOA 4OBZA 2OHQA 2O4KA 3SM2A 1FIVA 5P7LA 4MC1A 5T4SA 3ZLQA 2IS0A 3BC4A 4FGXA 5KAOA 1HIHA 3FSMA 3U6AA 2FIVA 4GJ8A 3KMXA 1T6EX 2I4DA 3BUHA 3MXEA 5P4RA 1DIFA 2FMBA 5SXNA 4ER2E 2APRA 1NPWA 2Q5KA 2WF3A 1BXQA 5OYTA 2HB3A 1HWRA 2P3BA 2I0DA 5P0WA 5JODA 5P5RA 4F75A 5P3HA 3VYFA 4OC6B 1JLDA 1D4YA 4CPQA 3D91A 4OD9B 2R3WA 3DJKA 5P69A 4YHQA 3CIDA 1A94A 1K6TA 5DQCA 3K5FA 4QJ2A 5AH9A 5OZ5A 4YCKA 5P60A 5OZJA 5OZXA 2QD6A 1GNNA 4WTUA 2MIPA 2OF0A 5P6XA 4Y3RA 5OZZA 1FGCC 1TCXA 4R95A 4RVJA 4J5JA 3PBDA 5P49A 5P0GA 3ST5A 1W5WA 3L5FA 5OZ3A 5P13A 5KQZA 5P1DA 3PMUA 3KT5A 3GI4A 3HW1A 4PYVA 5AHCA 1MVPA 3GGUA 5P3GA 4I0FA 4DH6A 1IBQA 3O9DA 5P0AA 1GVVA 5P4OA 4LAPA 2WF0A 5P3MA 4TRZA 2AIDA 3T3CA 4I8ZA 2Q55A 2ZHVA 4Y35A 1XN3A 1XN2A 5P3WA 7HVPA 4QJAA 5P03A 3EM3A 1HOSA 3G70A 5P0QA 1DAZC 3KFSA 2VIEA 3OU4B 3Q5HA 1B6LA 4Y5AA 4CP7A 1B11A 4M8XA 5OZ8A 5HDZA 4L7HA 5C9DA 5P81A 4Y3LA 5P3JA 1TZSA 4FM8A 5P4DA 4Y4XA 3VCMA 3NUJA 2V12C 3O9GA 4GJBA 3QBHA 2QZKA 3UDMA 1C6XA 3INDA 5HCTA 5P64A 5P7OA 3DK1A 4RYGA 4Y9WA 5P5CA 5HE5A 3QBFA 5P67A 1D4KA 2QNQA 2QI7A 3GI0A 4DJQA 4Y3PA 2FXEA 4GZFA 4LC7A 5P8EA 2H6TA 3S45A 2F3FA 3HAUA 3NLSA 4Y53A 4FSLA 4Y4BA 3S8IA 4DV9A 3UQXA 2PC0A 3IVHA 1SGZA 4L6BA 4DI2A 3INHA 5P0JA 5P61A 3SKGA 2V0ZC 4Y5EA 4KE0A 5P7KA 5P10A 1BWBA 1EBYA 4GB2A 4NPTA 5P0DA 5P71A 1M4HA 3DV5A 3BRAA 1XE5A 4DQEA 3VYEA 5P0LA 5OZRA 5P3NA 5P7PA 5DGWA 5SY3A 1PSAA 3S7MA 3QROA 2WF2A 5P6UA 4I10A 5P5FA 3Q4BA 4A4QA 3EL5A 3UDQA 2JE4A 4DQCA 2QHYA 2PSUA 3DOXA 1T3RA 1UH9A 5AH8A 2WEAA 5P52A 1OEWA 2JJJA 4Y48A 5P57A 4J1CA 3UDJA 5P1ZA 5OZQA 4APRE 3Q70A 5PEPA 5P1BA 3BUGA 4Y3SA 5DPZA 2B42A 1AXAA 1EPPE 3CYWA 3PWRA 2OHMA 3KDDA 1QBUA 5IVRA 3D20A 2VJ7A 4K9HA 2AZCA 2AOGA 2VNMA 5P4LA 5OZOA 4AMTA 1HTFA 5P4UA 3IN4A 1LYBB 5IS4A 3EKQA 1N49A 2OAHA 3LNKA 1FLHA 2O4PA 1TSQA 5P5EA 3UFLA 3S43A 3QPJA 3UCBA 5AH6A 2AVQA 5P3EA 2I1AA 2Q15A 2FGVA 4Y57A 3D3TA 3UQWA 1GVWA 5P37A 3UDKA 4Y58A 1ODYA 4Y5MA 5P6PA 4GJCA 1B6MA 1HXWA 1HVLA 1G2KA 1IIQA 3VSXA 5OYWA 5P1AA 3L5CA 1SP5A 4JPCA 3BGBA 3OXWA 4H3IA 1LEEA 4DQGA 1ZSRA 4XKXA 3PI5A 1ZAPA 5P2KA 5P1VA 5BWYA 5P6NA 1D4JA 3GGVA 5P1XA 5P24A 5P4BA 5P4GA 4J55A 1SDUA 1FQ7A 5OZGA 3BXSA 2VA6A 2I4XA 1HSHA 2FNSA 2CENA 4Y4AA 5P2VA 5P39A 3OQKA 3U7SA 5ER1E 2IENA 2QZXA 2ZJIA 2BB9A 2ASIA 4YDFA 1RNEA 3OQFA 1HXBA 5P0UA 1W6IA 4OBZB 5P2QA 1HVCA 3SA8A 4ER4E 4Y4TA 4Y3WA 2UXZA 1MTBA 2VA7A 3PM4A 1ZLFA 3O9FA 5P0VA 5P5ZA 8HVPA 5P5HA 5P6IA 1BWAA 5P1QA 4PHVA 3O9IA 4PPHA 3IVIA 3UTLA 3UDNA 5P84A 3SLZA 3HAWA 2RENA 2PH6A 1C6YA 5HDUA 5P11A 4DQHA 2QMGA 1ZJ7A 5P0NA 2HAHA 1MUIA 3TL9A 3SA4A 1A8GA 4EJLA 5C9FA 4GJ5A 3LZVA 2WHHA 3Q3TA 2Q64A 3CICA 3O9LA 5JFUA 1KJ4A 1A9MA 1LF4A 5ENMA 3URJA 5DR1A 5P8BA 2FS4A 3EC0A 5P0XA 1APTE 4RZ1A 4Y4WA 5P8NA 5P53A 5P27A 5P07A 3I25A 2QI1A 1IVPA 4Y3TA 4B00A 4FRJA 4RCEA 4Y37A 4X7IA 3LINA 4OBKA 5HU1A 4N00A 1EEDP 3Q6YA 2AZBA 2B7FA 3TKWA 4B72A 1ZPAA 5P4ZA 4D83A 1HTEA 1HVHA 4Y50A 3K5DA 3KDCA 1IZHA 5P1RA 3MWSA 5P80A 2HPFA 1GNMA 5P7QA 3OADB 5P2HA 4F74A 5P2SA 2XFJA 1KJ7A 1IDAA 5P3PA 4EYRA 5P8TA 2IL2A 3PJ6A 5P40A 5P6HA 5P7UA 5DR7A 5AHBA 5P8DA 5P5UA 4TVHA 4NKKA 5P7CA 5OZYA 1IVQA 3BHEA 5P17A 3RSXA 3NUOA 1HIIA 2BQVA 1EBKC 5P0CA 5P2FA 1SDVA 1XE6A 4FRSA 1HPVA 2I4UA 1YM4A 1E81E 2ZYEA 5P3VA 2P3DA 5P5MA 5P7GA 4RRNA 4Y4EA 1FMXA 4ER1E 2A1EA 3MSLA 2QI0A 4NJUA 5E5JA 5OYYA 2CEMA 3OY4A 4Y3YA 4FAFA 4Q1NA 3NDXA 1FG6C 5P8OA 1EBZA 5P6YA 2ZGAA 2VJ6A 5P7XA 2OHTA 2PK6A 1D4IA 4J0ZA 4CPUA 2HS1A 4RVIA 4Y47A 1RPIA 1F34A 2IGYA 1GVUA 5P2WA 3ZKNA 3D1YA 5P6VA 3TOFA 2P3AA 2HPEA 5AH7A 3RTHA 5P2MA 4QJ7A 3PSUA 1SIPA 5P45A 2WEDA 5P1SA 2IKUA 4DPFA 3GW5A 3O9EA 2ER6E 2ZDZA 3T7XA 2P4JA 5P23A 4AUCA 1M0BA 5KR1A 1YTJA 2O4SA 4R92A 5OZWA 5DR3A 4XX4A 4FRKA 1BDRA 5P7FA 4LL3A 5P1JA 4NJSA 5P4IA 4B78A 2FLEA 3TPLA 3O9HA 5P1IA 5P7HA 3S56A 2IQGA 3JVWA 1AJXA 5P79A 1IZEA 3VV6A 3CKRA 3GI5A 5I3VA 2G1SA 2VNNA 4HVPA 2XFIA 3ZKMA 3ZMGA 7UPJA 5P6SA 2HC0A 5P54A 3TPJA 4OBFA 2HM1A 1HRNA 1K2CA 2V00A 1FF0C 3K4VC 3VG1A 5P89A 4I0IA 2FXDA 2AODA 4RRSA 5P6LA 5P16A 2JJIA 3KDBA 1SH9A 4I0ZA 3FNTA 5P4WA 3ZPUA 5J25A 4DVFA 4YD5A 4Y3QA 3RTNA 4Y44A 5P3SA 4TVGA 4EJ8A 5P8VA 5P0BA 3SAAA 1XS7D 2HB2A 5P15A 2G69A 1BXOA 1RQ9A 1MRXA 1A30A 1WBKA 5DQ5A 1YG9A 3QP0A 3CYXA 4ZPGA 2UY0A 4RVXA 3IXKA 4J0TA 3S43B 5P2JA 4Q1YA 5P2DA 5P5TA 1NPVA 5P3TA 3QRSA 4EHCA 4YD4A 4F73A 3IAWA 3OUDA 4YD7A 2AZ8A 4IVSA 1PSNA 4QJ9A 1WBMA 1EPQE 5P83A 4J0YA 3IGBA 2JYSA 4Y4JA 3KYRA 3OXVA 3SO9A 3IXOA 1BIMA 4JOOA 4BEKA 5P0SA 2QMPA 3PBZA 4QGIA 1FQXA 2XYEA 2IGXA 3UFNA 2CEJA 4PZWA 2NXDA 3TPPA 3EM6A 5P3QA 1LF2A 1SBGA 1MEUA 3G6ZA 1FMBA 4Y3MA 1MRWA 4UPJA 5C9BA 3EL1A 1PROA 3R0WA 3VF5A 4WY6A 1FMUA 3KMYA 3FIVA 3H5BA 5P5YA 1ODXA 1F7AA 4FM7A 6UPJA 5P33A 3M9FA 2H6SA 5P8KA 5P5JA 1SMRA 2V11C 5DGUA 5I3WA 3EBZA 2AOCA 5P1CA 3MSKA 4B77A 4Q1WA 4MC9A 5P41A 2QZWA 5P4FA 5P6TA 4LHHA 3I6OA 4ZLSA 4H3FA 4GIDA 3KFNA 5P22A 3R0YA 1TW7A 4EJDA 2VKMA 4R93A 4ZSMA 3SKFA 5ISJA 1T7KA 3UDHA 4D8CA 5P32A 5P6RA 5OYUA 2Z54A 3O9LB 2VIZA 4GJ9A 1EPRE 2G27A 3L5DA 5P4EA 5P6AA 5CLMA 4QJ8A 4I0EA 1EC2A 1FQ4A 4S1GA 3NWXA 5P0PA 4LP9A 2QMFA 5P2GA 3TH9A 1IZDA 3QRMA 4Y56A 1PSOE 4K4QA 3PLLA 5P1TA 5P31A 3OAGA 2ER9E 2WKZA 4PZXA 3T6IA 1B6PA 3ZKGA 3CIBA 3RTMA 3EXOA 2I4QA 4HZTA 3KFPA 1AVFA 3OHFA 3JVYA 4XXSA 4CPXA 1C70A 5P3DA 5OZSA 4DJPA 4ZEAA 4CMSA 5HTZA 2FDPA 5P4AA 3N4LA 4J17A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1KJF A;  5P5B A;  5P8Q A;  4J1F A;  4L1A B;  1BVG A;  4JP9 A;  1QS8 A;  1AM5 A;  5P70 A;  5P8P A;  4A6C A;  5P08 A;  5P2R A;  3ECG A;  5P1P A;  4EQ0 A;  5DR8 A;  4Z4X A;  3UF3 A;  4OC6 A;  5P2L A;  2PWR A;  5P4M A;  1AZ5 A;  4HLA A;  2PH8 A;  4OD9 A;  2V16 C;  4PEP A;  5P4T A;  3LPJ A;  4Y3H A;  5COK A;  5P3Y A;  4Y45 A;  3QRV A;  2AOE A;  3ZPT A;  5HCO A;  3OGP A;  3ZOV A;  4Y5B A;  1GKT A;  4YE3 A;  2HIZ A;  5P66 A;  1QBR A;  4U7V A;  1E80 E;  1Z8C A;  3I8W A;  5P8L A;  2QP8 A;  2XFK A;  3B80 A;  4JEC A;  5P2Y A;  1BV9 A;  2QI4 A;  3NSH A;  1MPP A;  1RL8 A;  5OZT A;  2PQZ A;  3ZKS A;  4H3G A;  2ZJN A;  3VFB A;  3S54 A;  2ZHU A;  2FGU A;  1K6P A;  2NPH A;  5P2C A;  1Z1R A;  5OZF A;  2AOH A;  4I0G A;  2IDW A;  2BKS A;  5P75 A;  1SGU A;  3PEP A;  1NPA A;  3HZC A;  5P14 A;  4B70 A;  4DJO A;  3OUD B;  2O40 A;  4APE A;  5OZM A;  2P8H A;  3I7E A;  4RLD A;  3S85 A;  3OXX A;  4LXM A;  4Y4G A;  3FX5 A;  3S2O A;  5OZU A;  3INF A;  1HPS A;  5P2B A;  5P5A A;  4B1D A;  3OU4 A;  1XL5 A;  2FDE A;  4ACU A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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