2Z54A

The influence of i47a mutation on reduced susceptibility to the protease inhibitor lopinavir
Total Genus 20
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
20
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMAGGIGGFVKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The Influence of I47A Mutation on Reduced Susceptibility to the Protease Inhibitor Lopinavir
rcsb
molecule keywords HIV-1 Protease
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 20
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2007-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2z54A00
5OZMA 2AIDA 3VV8A 5P4WA 1SIVA 3ZKIA 5P6DA 5OZJA 2V12C 5P6ZA 1IVQA 3S45A 4JP9A 4DJPA 1FB7A 5P7CA 5P58A 1YT9A 5P1OA 5P6EA 3APPA 2IDWA 3NXNA 2IEOA 5P8SA 2SAMA 4NKKA 1EPOE 4Y43A 3VEUA 5P4LA 1RQ9A 3QAAA 5OZSA 4B00A 2Q3KA 2HS1A 2Z4OA 1BDLA 5P3MA 2QNPA 3EKXA 1HWRA 3UDNA 2VA7A 4I10A 5B18A 5P3AA 3D3TA 3NWXA 4M8XA 3QVIA 5P4XA 3NU4A 1GNOA 2XFKA 2IKOA 5P82A 2O4LA 5P3PA 4OBFA 1ZPKA 5P47A 5P6BA 4Y4DA 5P76A 2HS2A 5P6IA 3NSHA 2VA5A 5P0EA 3SA4A 5P2YA 3NUOA 4ZPGA 4K4RA 4I11A 1LYAA 2O4KA 1U8GA 3KA2A 2NMZA 5P86A 1NPAA 4Y47A 1VIJA 3KT5A 3MSKA 5P5EA 5P5ZA 5P03A 5AHBA 5P7PA 3DJKA 3UQXA 4Y54A 1FMBA 1D4KA 4Y4EA 5P07A 1G35A 3QBHA 4FM6A 1B6JA 4Y3GA 3K5FA 4APRE 3HVPA 1YM4A 2ZJJA 3Q70A 2ZHTA 2F3EA 5P1UA 2QZLA 4J0TA 5P2IA 3ZKGA 5I3YA 4R95A 4B78A 4J1FA 2VKMA 3PRSA 4YBIA 1TW7A 5P3GA 4TRZA 4HDFA 3NU3A 1GVWA 5P6VA 1B6MA 3QIHA 3G72A 3NDXA 4Y5LA 1F34A 3B80A 4Y5KA 5P02A 3Q4BA 3UDMA 1C6XA 4OBJA 2UXZA 5P67A 4Y3SA 4Y5GA 5P3UA 4YOAA 5OZPA 5P5PA 3S2OA 3IGBA 4F75A 3CIDA 5P4OA 1XL2A 3SA7A 2G21A 1BDQA 2I4VA 4JPEA 3TOFA 5DR4A 5P3YA 5COPA 3LINA 4PZWA 4ZSPA 1IVPA 5IE1A 2ZGAA 3URJA 2IS0A 2G20A 5C9FA 3L38A 1K1TA 1HXBA 5P5RA 3T7QA 3EL1A 3O9IA 3NU9A 2NPHA 4B72A 3IVHA 4YCTA 4DQFA 1APWE 2JXRA 2QZWA 4Y3WA 4AA9A 5P43A 4FLGA 4D8CA 4I0IA 2AOHA 3ZPUA 5P31A 4RLDA 3SLZA 4LXMA 4Y5BA 5P1FA 1FKNA 2ZJMA 4J0YA 5P6AA 5P7VA 5P6MA 5EZZA 2WEAA 1EC3A 5HCTA 1HTGA 3LIYA 5PEPA 5P55A 5P81A 2PC0A 5AHAA 3FV3A 3Q3TA 5P7HA 3ZKNA 1TCXA 3OU4B 4H3JA 5DPZA 4DI2A 1W51A 3RSXA 1MEUA 3PWRA 4YDFA 1MERA 4CPRA 4J1EA 1A94A 3DCRA 1HEFE 5P0JA 1SBGA 4GJ8A 2Q63A 3JW2A 2VIEA 1MTBA 3PCWA 3VF5A 3SKFA 3SQFA 5P0UA 5P4TA 2P3DA 4J0ZA 5OYRA 5P1BA 3PI0A 4I0ZA 3RTHA 5P1ZA 4OD9A 1K6VA 1ME6A 3GGXA 2QU3A 1XN3A 5P78A 2PSVA 5IVQA 1DP5A 3DK1A 2HPEA 6APRE 2PYNA 5P7AA 2I0AA 5DR1A 1HEGE 5P33A 3ZMGA 4OBZB 4Y48A 5P0HA 5P53A 5P7TA 4FL8A 5KQYA 5P7JA 5P2SA 2HB4A 3TH9A 5P46A 1MESA 1TZSA 5P8BA 2Q11A 5P2UA 5P5HA 2ZJIA 3OAGA 5P5YA 5P6YA 5KQFA 2AOIA 1M4HA 3OK9A 1B11A 3OGQA 5P1HA 5J25A 5AGZA 8HVPA 5JG1A 5P0QA 4CPQA 3UQRA 1MT8A 3OXXA 5IVRA 4Y3JA 2I1AA 1WKRA 2WEBA 4X2LA 4HLAA 1B6PA 2B7FA 4J17A 5P7YA 3G6ZA 5P77A 4I0HA 5P3QA 4RYGA 3VYDA 2ZHUA 4GJ9A 1MTRA 4L7GA 5P0DA 3OQAA 3U6AA 5P5VA 2Q55A 5P38A 2BJUA 1E5OE 5P3OA 2G1SA 4FRJA 1SIPA 2WF1A 3FSMA 5OZQA 2AOJA 2AVMA 3NDTA 5ER1E 1NSOA 1MIQA 2AZ8A 5P04A 3OTYA 5F00A 1T6GA 5OYTA 3VV7A 5P0ZA 4RZ1A 1A30A 3PSYA 4LC7A 5APRE 3CIBA 4EPJA 2FDEA 3LPJA 3OOZA 3URIA 1EPLE 3I8WA 4Y45A 4OC6A 1IBQA 1FIVA 4ACUA 5P4GA 3UFLA 5OZ2A 3K5DA 5P6GA 3OGPA 5P7XA 1W6IA 5OZEA 3TLHA 4Y5PA 2P3BB 3O9DA 4I8WA 2I4UA 4GJ7A 2G1OA 2ZHRA 2QHCA 1W5XA 2V00A 3KFRA 5P51A 4L6BA 2FIVA 1OEXA 3K4VA 3GI5A 4XX3A 3RTNA 5P5NA 1EAGA 4LHHA 3IN4A 2QMGA 3LPKA 4ACXA 3D1ZA 3S56A 3KYRA 4L1AB 4H1EA 2B42A 1LF4A 5P57A 5OZ9A 2OHKA 4HZTA 5P4ZA 3R0WA 3R4BA 5P3TA 2P4JA 3PBDA 3PWWA 1ER8E 4ZEAA 5P4CA 1FQXA 3VLAA 1A9MA 3PBZA 3VG1A 2FNTA 2QMFA 3UQUA 3VFBA 5DGUA 4Y36A 5P1EA 5P5GA 3LZYA 2ZYEA 1NPVA 3SA6A 4UPJA 1SMEA 1G6LA 2P83A 3K5GA 3OQ7A 5P6RA 4B1DA 4F73A 5P30A 2G1RA 1CPIA 1HIHA 5OYUA 5OZOA 3T3CA 2Z54A 3CKTA 4EJDA 4TVHA 1LYWB 2HM1A 1N49A 4FAEA 4DQGA 3T7XA 4FM7A 1GVTA 5P36A 1EC1A 1YTHA 1K2CA 1ZTZA 1QS8A 5P11A 5P2ZA 4DJQA 1BBSA 5P34A 4B70A 2A1EA 3S54A 1HPSA 5IS4A 3OHHA 5P1GA 4Y9WA 3UDYA 1IZEA 4Y5CA 5P2OA 3MSLA 3BUFA 4BFBA 1K1UA 1GVUA 3I2LA 4DPIA 1LS5A 2A4FA 5TOLA 2EWYA 2ZHVA 1EEDP 4Y3PA 5HDZA 3LZVA 4MC6A 3C9XA 1B5FB 5T4SA 1EPME 5P5SA 2XYEA 4I0DA 3OUDB 5P52A 3LIZA 1HHPA 5OZ8A 1LYBA 4ZSMA 5P17A 3S7MA 5P6JA 1HTRB 1GNMA 5P3LA 1HVJA 3Q6YA 1LV1A 1DAZC 5P65A 5KR2A 5DGWA 1ENTE 1BVEA 1W5VA 1GKTA 5P8PA 5AH7A 1HIVA 1BDRA 3TPLA 1SH9A 3UQPA 3H0BA 3ZPSA 5OZ3A 4FS4A 5P0NA 5IVSA 5P7FA 4A6CA 5AH8A 3O99A 4LBTA 5HD0A 1ZSFA 2WF0A 1QBUA 3TPRA 5E5JA 2O4NA 3OWNA 3KFSA 2NXMA 2AZBA 2AOFA 5P8GA 4Q1NA 4JECA 4DUSA 4EQ0A 1ZPAA 5P63A 5P5UA 9HVPA 4Q1XA 4DJRA 5BS4A 1G2KA 2OF0A 3GI0A 2G24A 2O4PA 4J55A 5P0VA 3NUJA 1XE6A 5KR1A 4Y3LA 4DJOA 2APRA 4I1CA 2BBBA 2I0DA 3I25A 2QU2A 5OZ4A 1FQ8A 3LIXA 4I0FA 2VJ9A 5P16A 3K4VC 5CONA 3PMYA 2IKUA 5P6CA 3SA9A 2V11C 5P88A 3UDRA 3OXCA 1YM2A 4GYEA 4MC1A 3UDHA 4YCKA 4NJTA 4K4QA 5P5QA 5P8OA 3EC0A 2R38A 1HIIA 3HAWA 5P1VA 1HPXA 3O9GA 5P0FA 2F3KA 5P1CA 4OBGA 5ISJA 5P6SA 4YD7A 5P3EA 2QMPA 3ZLQA 4KB9A 3UDKA 2R43A 2WF3A 5P3VA 5P6XA 5HDXA 2FS4A 3OHFA 5C9BA 3WZ6A 2HB2A 5P7QA 4DFGA 2Q64A 2VJ7A 5P0PA 4XKXA 1MSNA 2OHUA 3SM2A 4GJBA 4KUPA 3EM4A 1HVHA 3CICA 1AXAA 5P8HA 4D89A 2AQUA 4PZXA 5P5LA 5OZWA 4KE0A 5OZAA 2R3TA 5P2MA 2R5PA 5HU0A 3WZ7A 1AJVA 2UY0A 3GGAA 5I3VA 3NU5A 4J0PA 1B6KA 3EKQA 3UDJA 4DJUA 4MC2A 4DQCA 2PK6A 2IGXA 5P15A 1J71A 4COEA 3EM3A 4OBZA 5P2CA 5P59A 1A8GA 1K6CA 3O9EA 3QP0A 4Y5MA 3OQDA 2FMBA 4DQHA 5P60A 5OZKA 2F3FA 3EL9A 5P3FA 2O4SA 5P01A 4YE3A 2QMDA 5P8TA 2ANLA 4DV9A 3OUCA 3HLOA 4YBFA 5P4QA 1AVFA 3PLLA 3RVIA 5OYZA 2ER0E 2QI5A 2P3AA 1MSMA 3PJ6A 3RU1A 5P6HA 2ER9E 4U7VA 1HVIA 5P2HA 2FLEA 3EM6A 3ST5A 3KDBA 5ENMA 1EBKC 4NPUA 2NR6A 2AODA 4Y3FA 5OZ5A 2BPVA 2BKSA 3PEPA 5P73A 1QDMA 4QJ9A 3OXVA 4L7JA 5P7ZA 5P6PA 5P7WA 2MIPA 3UTLA 4EP3A 4GJAA 2QI4A 5P09A 4Y6MA 5I3WA 1WBMA 5P4BA 5P5JA 4Y51A 4FSEA 2RKFA 2NNPA 1BAIA 2VNNA 5P3JA 4CPTA 1AM5A 3PB5A 5P0XA 1Z1RA 5AH9A 5P1KA 2ZHSA 3WSJA 3HVGA 2QI1A 5P7OA 5HTZA 2QZKA 5P79A 3L5DA 4Y5EA 2QHZA 2Q5KA 2F81A 2FXDA 1EBYA 4DJXA 2RKGA 5P3IA 3AIDA 5P5CA 4ZIPA 2P3BA 4BEKA 1C6YA 4LXAA 5P8RA 1BIMA 1DMPA 2JYSA 3AUPA 5P7MA 5P0LA 2BPZA 4HE9A 5P4IA 3VSXA 1YX9A 4Y3DA 5P1IA 3EMYA 1D4SA 2OHNA 3CYXA 3VF7A 2BPWA 4Y3EA 2I4WA 4I0EA 3QPJA 1KJGA 3L5EA 4A4QA 3VF3A 1CMSA 2AZCA 5P6UA 3OQKA 2IGYA 5P7BA 1FFIC 4TRWA 4Y4TA 5P0OA 5P6WA 3S85A 1LYAB 5OZ1A 4N00A 2XYFA 4L1AA 3VSWA 1QRPE 3OQFA 2H6SA 3BGBA 5P2QA 3VCMA 3O9LA 5P74A 4Y39A 1HVLA 5OYWA 5OYVA 2HIZA 5P40A 3SA3A 3L5FA 2J9JB 5P1LA 3BUGA 3UF3A 1W50A 4F74A 3QVCA 3RTMA 2AOEA 4PYVA 3TPJA 5P39A 5OZGA 5P25A 3BC4A 1EPRE 3IN3A 1SP5A 2R3WA 3SABA 4Y57A 1ZAPA 2FDDA 5P71A 3VV6A 5KOQA 1LYWA 5P0MA 2RMPA 4YCYA 5P4SA 3EKYA 1XDHA 5P1YA 1FQ7A 2BPXA 2P8HA 5P5KA 4Z50A 2UPJA 2OAHA 4X7IA 3OADA 1APVE 1HVRA 3HDKA 2IQGA 3D91A 2NTRA 4Y4XA 4RRNA 1OHRA 3BXRA 4YOBA 1FQ4A 2V16C 1TSQA 4ZSQA 4Y4GA 3PWMA 3BGCA 4JOOA 3NYGA 5SY2A 3FNTA 3ZKMA 1TSUA 3BXSA 6FIVA 4R8YA 1W6HA 1B5FA 5OYXA 5SZ9A 3HAUA 4FCOA 2VIYA 3VLBA 5P2JA 5P1RA 4B1CA 5P7EA 5P41A 1EPPE 1KZKA 2G1NA 5P2WA 5SY3A 3SA8A 3Q5HA 3SA5A 5P7UA 3CKRA 1LEEA 5KAOA 3SO9A 5P8LA 5P3NA 4F76A 5P62A 4YDGA 4RCDA 5P26A 5P75A 1AIDA 3R1GB 3T6IA 3URLA 3APRE 5P8IA 4GB2A 5HDUA 2WF4A 5P0BA 2QI3A 3TOHA 4A6BA 3JVWA 4Y4WA 1ODWA 5P08A 2PSGA 3SAAA 4DQBA 1YG9A 4RVXA 1E81E 3D1YA 3QRVA 1ZJ7A 1TQFA 4DH6A 2WEZA 5P3ZA 2QI7A 3I7EA 4Y4AA 2OHRA 1LF2A 3HD8A 1M0BA 4YD4A 5OZVA 3ZOVA 1DIFA 1HPOA 2ZJLA 1GNNA 5P56A 5OZUA 4GMIA 5DQ2A 3L3AA 3D20A 5OYYA 5P8CA 3ZKSA 2CEMA 5HE7A 4WTUA 3KFNA 5P0KA 2V13A 4BFDA 1MVPA 2OHTA 5JFPA 2PSUA 2P3CA 3FX5A 5P89A 5KQZA 1ZSRA 5P6OA 3VYEA 3NR6A 2OHMA 1T7IA 3TL9A 3PM4A 5P3DA 1YTJA 6UPJA 2B60A 2PWCA 2I4QA 3SFCA 3BUHA 1K2BA 5P2RA 3PLDA 5P3HA 4ZE6A 2ZDZA 5DQ5A 4EXHA 5P2FA 5P29A 1KJ4A 1BXOA 2G22A 3NDWA 4D88A 2Q54A 4RROA 3PMUA 2JJIA 3ECGA 2B8VA 2WECA 5OZBA 4Z22A 5P5IA 1F7AA 5P1TA 5P4VA 4OBHA 1UPJA 3DV1A 1HVKA 3PCZA 2B8LA 1HOSA 5P2NA 3L5CA 4I0GA 1D4IA 4CPXA 5P1XA 1HPVA 3QRSA 2FGVA 5P12A 1G0VA 4Z4XA 5P5AA 4Y3XA 5P37A 5P4RA 4Y3AA 1META 3CKPA 3N4LA 5P4PA 4PPHA 1FMUA 1XS7D 4Y4BA 2QD8A 4CPUA 5P3BA 1BXQA 5P6FA 4EXGA 1D4JA 1RNEA 3FNSA 5BWYA 4DPFA 3IXJA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5OZM A;  2AID A;  3VV8 A;  5P4W A;  1SIV A;  3ZKI A;  5P6D A;  5OZJ A;  2V12 C;  5P6Z A;  1IVQ A;  3S45 A;  4JP9 A;  4DJP A;  1FB7 A;  5P7C A;  5P58 A;  1YT9 A;  5P1O A;  5P6E A;  3APP A;  2IDW A;  3NXN A;  2IEO A;  5P8S A;  2SAM A;  4NKK A;  1EPO E;  4Y43 A;  3VEU A;  5P4L A;  1RQ9 A;  3QAA A;  5OZS A;  4B00 A;  2Q3K A;  2HS1 A;  2Z4O A;  1BDL A;  5P3M A;  2QNP A;  3EKX A;  1HWR A;  3UDN A;  2VA7 A;  4I10 A;  5B18 A;  5P3A A;  3D3T A;  3NWX A;  4M8X A;  3QVI A;  5P4X A;  3NU4 A;  1GNO A;  2XFK A;  2IKO A;  5P82 A;  2O4L A;  5P3P A;  4OBF A;  1ZPK A;  5P47 A;  5P6B A;  4Y4D A;  5P76 A;  2HS2 A;  5P6I A;  3NSH A;  2VA5 A;  5P0E A;  3SA4 A;  5P2Y A;  3NUO A;  4ZPG A;  4K4R A;  4I11 A;  1LYA A;  2O4K A;  1U8G A;  3KA2 A;  2NMZ A;  5P86 A;  1NPA A;  4Y47 A;  1VIJ A;  3KT5 A;  3MSK A;  5P5E A;  5P5Z A;  5P03 A;  5AHB A;  5P7P A;  3DJK A;  3UQX A;  4Y54 A;  1FMB A;  1D4K A;  4Y4E A;  5P07 A;  1G35 A;  3QBH A;  4FM6 A;  1B6J A;  4Y3G A;  3K5F A;  4APR E;  3HVP A;  1YM4 A;  2ZJJ A;  3Q70 A;  2ZHT A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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