2ZGAA

Hiv-1 protease in complex with a dimethylallyl decorated pyrrolidine based inhibitor (hexagonal space group)
Total Genus 20
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
20
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Two Solutions for the Same Problem: Multiple Binding Modes of Pyrrolidine-Based HIV-1 Protease Inhibitors
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 20
structure length 99
sequence length 99
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2008-01-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2zgaA00
5P6XA 2ASIA 3OQAA 3KA2A 2NXLA 5P7MA 4R92A 1K2BA 5P4RA 1CMSA 3S43A 4DV9A 2HS2A 1A30A 4RCEA 3VV7A 1AZ5A 4MC2A 5P68A 5P32A 3I7EA 4JECA 3TPRA 2VA6A 2HB2A 1HVLA 1HSHA 3NU9A 2QAKA 5BRYA 5P06A 2FMBA 4IVSA 2PK5A 2I4WA 4HE9A 3SO9A 2F80A 2QK5A 1BWAA 3HLOA 4GJ8A 1WBKA 3ZPTA 4YHQA 5P5GA 5P8FA 2R3WA 3ECGA 4L6BA 2VA5A 4CKUA 5P1KA 5EZXA 3ZKMA 2F81A 1ZJ7A 4QJ8A 2F3FA 5P3HA 5P3RA 4I11A 3EXOA 5P2NA 5P57A 4I0DA 5P54A 5P7HA 5P6ZA 3L58A 3BVBA 3UQRA 3EKTA 2G1SA 5KR2A 6FIVA 1F34A 4Y50A 5P56A 1IIQA 4OBZA 2I4XA 5P5ZA 5P6IA 2AOGA 2XFJA 5P70A 4RGHA 5DQ1A 4FSEA 4HVPA 2FNTA 4H3GA 3OQDA 5HU0A 3INHA 5P2QA 3NU3A 5P78A 5DQ2A 4Y3FA 4J1EA 4YBFA 3VV6A 2ZJJA 3M9FA 2OHUA 5P5EA 4FRIA 1XL2A 5P4TA 1APVE 3S54A 5BWYA 1CPIA 2VNMA 3NXEA 2O4LA 4AA9A 5IVTA 3BXRA 5P08A 4DJUA 5P4OA 2IKUA 3DV1A 3Q70A 5P5IA 5P1NA 3RSXA 4EXHA 3GGVA 1ZPKA 3LPJA 5F00A 5AH6A 3GGUA 2QHZA 2RKFA 5P1PA 1XN3A 4FM7A 5C9BA 1K6TA 3VF5A 5P63A 5HCOA 3KFNA 5P4YA 5P1BA 1FLHA 5P4BA 5P4PA 3DCKA 5P7XA 1OHRA 4GJ9A 5P2DA 2Q15A 1BDRA 1EAGA 4UPJA 5KOQA 3PMUA 2CEMA 3O9EA 4CPWA 3D3TA 4YCYA 3UDMA 4HEGA 3QBFA 2QMGA 3T3CA 1K1TA 3LZYA 1E80E 5OZVA 2APRA 3LNKA 1EPQE 4Z4XA 3DCRA 5P5OA 3KDBA 2PYMA 5P71A 3BVAA 3TNEA 2WL0A 2WF4A 4Y41A 1GVTA 2HIZA 2BPVA 3I2LA 2WF2A 3NR6A 3OY4A 3BRAA 3OQKA 1QS8A 3K1WA 3EKWA 3BUHA 3UDHA 3NDWA 4DVFA 1HEGE 4EQ0A 2WF3A 5DR7A 1PPKE 3C9XA 4B00A 5PEPA 5P84A 3WZ8A 3BXSA 2JYSA 5IVQA 3DM6A 5HE4A 1B5FB 3MXDA 2FXDA 5P1OA 4PPHA 2VIYA 5SY3A 1HVSA 1RPIA 3HVPA 5COOA 4D88A 5P3BA 3LZSA 3D1YA 4Z50A 3OU4B 2V12C 1HPSA 2O4KA 1B6LA 2AVMA 2HM1A 2WF1A 4FRSA 5P01A 5P45A 5COPA 1LV1A 5P03A 3EBZA 9HVPA 3UQWA 5P8DA 4PYVA 4OD9A 5P19A 3IA9A 2ZYEA 5P2IA 1KZKA 4E43A 2H6TA 5P7JA 2G69A 3UDRA 3WSJA 3PCWA 4I0IA 4TVHA 3O9DA 1G6LA 1YTJA 4Y5EA 5P6EA 5P2EA 3I25A 4Y3XA 4GYEA 4NKKA 4Y3LA 2RKGA 5P72A 5P6MA 4DJQA 4Y36A 3ZPUA 4K8SA 5AHBA 2AODA 4Y4JA 4I0HA 1AJVA 4Y3YA 5P3ZA 5P6LA 5P6JA 5IS4A 4LXMA 5OZMA 4YD3A 5CLMA 5P7EA 3H5BA 1TSQA 3PGIA 5P4JA 4Y4EA 5DGWA 1IZEA 5P6DA 3MSKA 3UDQA 4DJWA 5OZ0A 3NSHA 2PSVA 5P3OA 2P3DA 4RVXA 3G72A 1QBUA 3FSMA 4YA8A 4J0YA 4Y5PA 5P25A 1AVFA 5OZ3A 1NPWA 4F76A 1K1UA 4MC1A 1YTHA 2MIPA 5P5FA 3PBZA 2ZHUA 1M0BA 4PHVA 4Y3AA 3U7SA 4MC6A 5P8JA 4D85A 4XXSA 1FMBA 5TOLA 4B1CA 4L1AA 2QP8A 3URIA 5P7RA 4R93A 5P53A 5P1XA 1PPLE 1SDTA 3SABA 4RLDA 3UFNA 2PH8A 2R9BA 5OZUA 5P2MA 3ER5E 2Z54A 1SIVA 2P4JA 3AUPA 4YBIA 1MSNA 2OHNA 3CMSA 2QHYA 5KQZA 2B7FA 1B6MA 4BFDA 4PZWA 5BS4A 1QRPE 4YD6A 4J0ZA 2ZE1A 5SXNA 3EM4A 2ZGAA 3L5CA 4R95A 3D20A 3HBOA 5C9FA 5P82A 1OEXA 5P1VA 2B7ZA 3DJKA 2PQZA 3KDDA 3RTMA 3KT5A 3RU1A 5P7OA 4RYGA 4ZLSA 3UDJA 4Y3QA 3EL1A 4BEKA 2WEAA 5P4IA 4A6BA 3OXCA 4Q1NA 1W6IA 5P2LA 1SH9A 2QI0A 4DFGA 1DMPA 1C6YA 5P6YA 5P4XA 6UPJA 3ZOVA 5P20A 1D4KA 1T7JA 3PWWA 4RVIA 1NPAA 4OBKA 5P1UA 3OHHA 3O9BA 5I3YA 1EPNE 5P0WA 4OBFA 2AZ8A 5P1GA 4Y3NA 6APRE 3B7VA 2ZHTA 2IGYA 2R5PA 4GZFA 1LYAA 5OZFA 4B1EA 2BJUA 4YDFA 5OYYA 1IZIA 3T7XA 3RSVA 3ER3E 4DUSA 1IDBA 3CYWA 3CIDA 3QRSA 5P0IA 5P8NA 4K4QA 3OU1A 4R8YA 4Y4TA 4ACUA 1FKNA 5P3VA 2AIDA 4EQJA 4H3FA 5P38A 3O9GA 4GJ5A 5JODA 4YDGA 4J1HA 5P6QA 2P3AA 5P74A 4Y3GA 1T6EX 2I0DA 2UXZA 5P1RA 3ZL7A 3HVGA 5P2HA 4Y5KA 3INFA 5P4HA 2ANLA 2QI3A 3HZCA 3GGAA 3UQUA 1HBVA 1KJHA 5P7KA 5OYXA 5P0VA 5OZ2A 5HE5A 5KQFA 3ZPSA 2QZWA 5E5KA 3TTPA 3SA7A 2WJOA 1BDLA 1AXAA 1MIQA 4APRE 5I3XA 2SAMA 3SA9A 3EL5A 4GJBA 5OZAA 2QD7A 3JW2A 1MT7A 5OYRA 5P3EA 4FIVA 5P6HA 4ZSQA 2FNSA 5P7PA 2I4VA 5P64A 1FB7A 4OC6A 5P5VA 5KR1A 1B6KA 5P07A 3PSUA 2I4UA 2FGVA 5P4DA 2PSGA 5P75A 1FMUA 1APWE 4ZPEA 3SKFA 5P12A 5P0BA 1UH9A 1Q9PA 4EP2A 3WB4A 5DR3A 1T7IA 2PSUA 4J55A 2AVOA 4DJRA 1IBQA 4K4RA 4L7JA 1YTGA 2G1RA 4QLHA 3PI0A 5P3LA 4I10A 1MPPA 3O9LB 5P8HA 1FQXA 1KJGA 1MSMA 4Q1WA 4I8ZA 1OD1A 5P7WA 3UHLA 3OGQA 1IZHA 2I0AA 1C70A 5P6TA 1YM2A 1W5XA 5OZBA 5P0CA 2IS0A 4Y47A 1K6PA 4XX4A 5P3CA 1WKRA 5HCTA 5P5YA 1XS7D 2ZJHA 1G2KA 5OZ8A 1OEWA 5P89A 5P09A 1HOSA 4LXAA 2PYNA 2QMDA 5P3UA 4D89A 5P30A 5P8CA 5P0EA 5I3VA 3OADB 5F01A 5DQ4A 2WEBA 3FNUA 1LEEA 4EJKA 4U7QA 5P8LA 3R0YA 4ZSRA 3K5DA 4H1EA 5P4GA 5OZJA 5P43A 4CPUA 5P5MA 5B18A 3FKTA 2R38A 4Y5AA 3L5EA 4RRSA 1SDUA 1FG6C 5P65A 5P51A 2IENA 5HD0A 3TKWA 3FV3A 3EC0A 5P0PA 2P83A 3S7MA 3OXXA 2ER6E 2XFIA 1IVQA 3K5FA 4EP3A 1TSUA 1ODXA 2R3TA 5T4SA 3VSWA 5P0GA 3A2OA 3S53A 2AZ9A 2QNPA 5AH9A 5P2CA 5P48A 4B72A 2OHLA 3FIVA 3IVHA 4PEPA 1FQ6A 4ZSMA 3BGBA 3ZKIA 2BQVA 5P6RA 3HAUA 5OZWA 1DAZC 2QHCA 2UPJA 1Z8CA 2QU3A 5P60A 1BBSA 3UDPA 3CKPA 3TPPA 3B80A 5UPJA 3GI4A 5P8EA 1Z1HA 5P6GA 3IXOA 1PSNA 5P77A 3OUAA 2HS1A 5KOSA 4R5NA 1MERA 1QDMA 3PHVA 2R5QA 4GJDA 5P5WA 3Q6YA 3IN4A 1U8GA 4ZPGA 2IRZA 3S43B 2V16C 5P8TA 3L5DA 3PLLA 3TPLA 1CZIE 3ZLQA 4EWOA 2QU2A 3SA3A 4YD5A 5P5TA 3VF7A 1AM5A 2AOIA 4I0EA 2FS4A 1LYWA 1MT8A 1SGZA 5P1TA 4LL3A 5P3PA 3HDKA 1HTEA 5P79A 2Q63A 4Y35A 2CEJA 1M4HA 1QBRA 1E82E 5P6VA 5OYQA 5P8MA 5P8AA 3OOTA 4NJUA 5P67A 4Y56A 3TLHA 4AA8A 3K4VC 4FAEA 4H3JA 1LYBB 4Y5NA 2AZCA 2EWYA 4YOBA 2I4QA 3O9FA 5P0TA 4LXKA 1SDVA 5ER1E 5P2OA 4Y58A 4WY1A 4YE3A 1TCWA 4J1CA 4Y4DA 4QJ9A 1J71A 2V00A 1MRXA 1IZDA 3UDKA 1T3RA 2HAHA 5P7VA 5KQXA 5IVSA 3S85A 5OZNA 5AH7A 3QIHA 5P5HA 4Y5CA 1UH8A 3GGXA 5OZTA 5P1YA 2QNNA 3GI0A 3QVCA 4RRNA 4CPTA 5P66A 5OYVA 1E5OE 3KT2A 5P1SA 1ZTZA 4FRKA 2IEOA 2QI1A 3ZKNA 4NPUA 2PWCA 2Z4OA 5P80A 3KMYA 5P23A 3MSLA 1BV7A 1PSAA 3SA6A 1WBMA 4D8CA 2QCIA 3OAGA 1LF2A 3WZ6A 4DQBA 5P5KA 4Y3TA 5P2VA 3VYDA 2G27A 3WB5A 3PSGA 3Q5HA 4EHCA 5P10A 2RENA 3PWRA 5P5BA 4GMIA 3S8IA 5P3WA 2JJJA 5P02A 3OOZA 1K6VA 3SA8A 4Y4ZA 3VEUA 5OZQA 4DPIA 3PMYA 5P6PA 5P62A 4RROA 1KJ4A 5P2RA 3NYGA 4GJAA 2PK6A 5OYUA 3OUDA 3APPA 3EL0A 4Y3DA 3LHGA 3I8WA 2QI4A 5P8KA 2PWRA 3JVWA 1HVKA 5P4CA 2AVQA 1HPXA 5AHAA 4Z2ZA 5P2GA 1SMEA 3INDA 2AVSA 4GJ6A 2OHRA 4EJ8A 2Q54A 1HPOA 2Q3KA 3L59A 4I0ZA 3PSYA 1JLDA 5P5UA 1ODWA 5OYWA 5P5CA 1BWBA 5OZLA 5P7ZA 2A1EA 5P7DA 5I3WA 1SIPA 3D1XA 2NPHA 1E81E 5P46A 1APUE 5OYSA 4ZEAA 4IVTA 5ENKA 3L38A 4MC9A 1AJXA 5P86A 4FLGA 2J9JB 5ENMA 4JP9A 5P55A 3UFLA 4FAFA 1ZBGA 5OZZA 3SPKA 3EKYA 4WTUA 2NNKA 1EC3A 3PB5A 1EPPE 7UPJA 5P0MA 4JOOA 1ZAPA 2QMFA 5P3TA 2FDEA 4Y43A 3NDXA 1ODYA 5P3MA 3QP0A 3QN8A 5P0XA 2O4SA 3SAAA 1NPVA 3CICA 3OTYA 1HTRB 2V10C 4A6CA 2A4FA 4Y3ZA 5P8VA 3R2FA 3PLDA 5P1WA 2NXDA 3OWNA 4F74A 4QJAA 3KN0A 3F9QA 4CP7A 4BELA 3PBDA 5P1AA 4HDFA 4Y4GA 4OD9B 5P3DA 5P8IA 2P3BB 4B78A 4FL8A 5OZHA 1T6GA 5P0QA 3LINA 5OZSA 4DI2A 4Y3PA 3LIXA 3NU6A 3CKRA 5P42A 2VIJA 2VS2A 5P2ZA 4APEA 1BDQA 4YD7A 2FDDA 2G26A 2VIEA 5OZKA 5P33A 3BHEA 3GI6A 4OBDA 3LIVA 1VIJA 5IVRA 2B8LA 5P36A 3QRMA 4TVGA 3SM2A 1HEFE 5P1EA 4DQEA 1HRNA 2BPXA 5P0ZA 4DJOA 4NJVA 5CONA 3NU4A 1K2CA 3O9AA 4L7GA 1MTRA 2PMAA 4CPSA 3UQXA 1W50A 5P5XA 4Q5MA 3ST5A 1EBKC 1G35A 2R8NA 2P8HA 3O9HA 3OXVA 5P8UA 3EM6A 5C9DA 3O9CA 5P2YA 1EBYA 1RL8A 4CPXA 1A94A 5P69A 4K9HA 5P87A 3UCBA 4COEA 1EC0A 4X7IA 5P22A 5P0HA 3G6ZA 4HDBA 3R1GB 2QI7A 2WKZA 1MTBA 4DQCA 1PPME 4DJXA 3HW1A 4CPQA 1W51A 4DJYA 1FQ4A 4FM6A 5P29A 3L3AA 2QI5A 4DH6A 2G1OA 5AH8A 4YCTA 2VJ9A 5P4WA 4Y44A 4L1AB 5AGZA 2QD6A 5P0FA 2IGXA 4I0FA 2OHSA 3N4LA 1DIFA 4J0VA 5P7CA 5OZCA 5P4KA 5P4AA 3VYEA 3KFSA 2BPWA 3GW5A 3HAWA 3OGPA 8HVPA 2QZXA 5P5DA 3VFAA 2WECA 1SMRA 4I0JA 3KMXA 1HIVA 3NWXA 1B6PA 3K4VA 3LIYA 1F7AA 5P73A 1T7KA 4NJSA 4BFBA 5HE7A 3SA4A 2I4DA 2OHPA 2NR6A 2OHQA 2OF0A 5HVPA 5P3QA 5P7AA 5P2TA 3H0BA 4OBGA 3NLSA 1N49A 3BUFA 3BUGA 4Y53A 2O4NA 1YX9A 4XX3A 4Z22A 4ZE6A 3L5FA 4J1IA 1ZPAA 2RSPA 1C6ZA 3LIZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P6X A;  2ASI A;  3OQA A;  3KA2 A;  2NXL A;  5P7M A;  4R92 A;  1K2B A;  5P4R A;  1CMS A;  3S43 A;  4DV9 A;  2HS2 A;  1A30 A;  4RCE A;  3VV7 A;  1AZ5 A;  4MC2 A;  5P68 A;  5P32 A;  3I7E A;  4JEC A;  3TPR A;  2VA6 A;  2HB2 A;  1HVL A;  1HSH A;  3NU9 A;  2QAK A;  5BRY A;  5P06 A;  2FMB A;  4IVS A;  2PK5 A;  2I4W A;  4HE9 A;  3SO9 A;  2F80 A;  2QK5 A;  1BWA A;  3HLO A;  4GJ8 A;  1WBK A;  3ZPT A;  4YHQ A;  5P5G A;  5P8F A;  2R3W A;  3ECG A;  4L6B A;  2VA5 A;  4CKU A;  5P1K A;  5EZX A;  3ZKM A;  2F81 A;  1ZJ7 A;  4QJ8 A;  2F3F A;  5P3H A;  5P3R A;  4I11 A;  3EXO A;  5P2N A;  5P57 A;  4I0D A;  5P54 A;  5P7H A;  5P6Z A;  3L58 A;  3BVB A;  3UQR A;  3EKT A;  2G1S A;  5KR2 A;  6FIV A;  1F34 A;  4Y50 A;  5P56 A;  1IIQ A;  4OBZ A;  2I4X A;  5P5Z A;  5P6I A;  2AOG A;  2XFJ A;  5P70 A;  4RGH A;  5DQ1 A;  4FSE A;  4HVP A;  2FNT A;  4H3G A;  3OQD A;  5HU0 A;  3INH A;  5P2Q A;  3NU3 A;  5P78 A;  5DQ2 A;  4Y3F A;  4J1E A;  4YBF A;  3VV6 A;  2ZJJ A;  3M9F A;  2OHU A;  5P5E A;  4FRI A;  1XL2 A;  5P4T A;  1APV E; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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