2ZHSA

Crystal structure of bace1 at ph 4.0
Total Genus 88
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
88
sequence length
387
structure length
370
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of an active form of BACE1, an enzyme responsible for amyloid beta protein production
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
molecule keywords Beta-secretase 1
total genus 88
structure length 370
sequence length 387
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2008-02-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2zhsA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2zhsA02
1D4JA 2A1EA 3H0BA 4FAFA 5P67A 2BPVA 3CKPA 3IVIA 5P1JA 5P6CA 4DJPA 4EJDA 5P0ZA 1MPPA 4Y3XA 5P1KA 2QMFA 5P7XA 3UPJA 5P51A 1SGZA 1HSIA 4FAEA 1C6ZA 2BPWA 5P6ZA 5P1VA 3R0YA 1IVPA 5OYRA 3O99A 5P39A 3EL0A 5P7KA 5B18A 1K6PA 1SP5A 3JVYA 2HPFA 1SIVA 5OZGA 3S43A 3WB5A 1HVSA 5DR3A 5P1XA 3T7QA 2F3FA 2Z4OA 3SFCA 2VNNA 3NLSA 5P3IA 4OBJA 4Y45A 5AH6A 5P0YA 5P4DA 2CEJA 3OUAA 1LF2A 4NJTA 4HLAA 3DJKA 1B6PA 2OHRA 4I8WA 5P7YA 4L1AA 2VIJA 1W5VA 5P63A 2Q15A 4CPQA 3L58A 4YCYA 4Y51A 1XL2A 3HW1A 3OU1A 2ER7E 1KJ4A 3IXJA 4JOOA 3TPJA 2O4PA 2BPYA 5P5CA 1B6KA 1EPNE 3IVHA 1QRPE 5P8JA 5JODA 5P3DA 2ER0E 5OZRA 1B6MA 5P0UA 4B1CA 4WTUA 5P2ZA 1FQ8A 3DCRA 1LYWB 4ER2E 3OTSA 5P4HA 4QJAA 4F75A 1GKTA 3OADA 3TOFA 5P34A 2QZXA 2OHSA 3KFNA 4LC7A 5P79A 1EPRE 3RTNA 2QI5A 5P2XA 5P6XA 2O4NA 3EC0A 2PSVA 2AVOA 4QJ9A 4FM6A 4F76A 2RENA 5P3QA 5P6EA 3T7PA 5P3BA 4Y3NA 1MTBA 4YD3A 4OBHA 5P6WA 3L5DA 5P8MA 4HDFA 4Q1WA 4ER1E 7HVPA 4AUCA 4YCTA 2VS2A 5DGUA 4Y3AA 1YTJA 3QRVA 3OXVA 5T4SA 2G69A 1XDHA 1KZKA 1W5WA 2P3BB 3EKPA 2QI0A 5P7PA 1DW6C 5P30A 1APVE 1DIFA 5COPA 5P5VA 1YT9A 4GMIA 3L59A 3ZKIA 2WEDA 1C70A 5OYVA 4J55A 5KAOA 2B7ZA 2FDDA 2G1YA 5P1BA 1D4IA 3KFPA 5P3YA 4PZWA 5P40A 5P2RA 3M9FA 1CPIA 5I3XA 5P5JA 1IDAA 1GVTA 5P8LA 2V11C 4J0TA 4DJRA 5P3ZA 1ENTE 3UDHA 4BEKA 3LIQA 4Y3HA 4R93A 3BUHA 3EXOA 3F9QA 4TVHA 3URIA 5P3CA 4Y47A 3MSJA 4D88A 4AA9A 5P0OA 2WKZA 2VA6A 4NJUA 2QCIA 5P1OA 5OZLA 3INHA 2P83A 3PMUA 5P3RA 5P0BA 5P56A 5P8UA 5P3EA 1YM4A 5P14A 5P65A 4H3FA 4A4QA 1D4HA 2QNQA 3GGAA 5P46A 1W5XA 3L3AA 5P5AA 4JPEA 3NU3A 5P3PA 1SDVA 5P0MA 4B00A 5JFUA 4Y4XA 1NPVA 3UDJA 1YTIA 3HBOA 1T7IA 3NUOA 2G26A 1K6CA 3EKXA 3EM3A 3QVIA 4PYVA 2AZBA 5P24A 1AJXA 1QBRA 1YX9A 4NJVA 1MIQA 5OZKA 5P49A 4EJ8A 1E80E 2ZE1A 4EP3A 3JVWA 1EBYA 3D3TA 4B05A 2IKOA 2I4WA 5P3XA 1LF4A 1OHRA 5PEPA 3MSKA 3QAAA 2NXMA 5P5SA 3PI5A 1UH7A 3BRAA 3OUDB 4I0DA 3TLHA 5DR4A 3MWSA 5P05A 5P5DA 3URJA 3DV1A 4FSLA 3K5GA 5P6FA 1HVIA 4ACXA 2I1AA 1G35A 2O40A 2FGUA 3QROA 5P4RA 4RRNA 5OZ9A 2JJIA 1XL5A 5F01A 3GI5A 4K4PA 1NPWA 1HRNA 5P88A 5P3TA 2H6SA 1FFIC 3LITA 5P5MA 3NWQA 1BDLA 1YTGA 1AVFA 2ZHUA 2Q63A 4Y5MA 1FMBA 1ZSFA 4J1IA 5P1HA 5P8TA 2ZGAA 3HLOA 4J1HA 4DV9A 5P6VA 3SKFA 4ZSRA 1WBKA 1FF0C 3EL9A 2FXDA 5OZWA 4EXGA 6FIVA 3NDXA 5P1QA 2AQUA 1EPQE 2HS1A 3QBHA 4R8YA 3LIYA 3AUPA 3VYFA 3O9LA 5P59A 3Q3TA 4RYGA 5P5KA 2HC0A 3S7MA 2IS0A 4B77A 2ASIA 5P60A 5KOQA 5P8FA 5P1WA 3U6AA 4NPUA 1TQFA 5P45A 2JYSA 3PJ6A 5P3NA 2AOHA 3LNKA 3PWRA 2VIZA 4Y3WA 4DPFA 4DQHA 4DJWA 5BS4A 1TCXA 3LIVA 2NTRA 5P8DA 5P8AA 5P0IA 5P4WA 3MXDA 1PSNA 3OXCA 4OBZB 4R91A 2WECA 5OZNA 5P0XA 2AZ8A 4GJ5A 5P1TA 3S54A 1WBMA 3DV5A 2OHMA 5DGWA 4M8YA 3UDYA 4I12A 4RVIA 1APUE 1E5OE 1MUIA 3Q6YA 2OHLA 1LZQA 2AODA 3ZKGA 3PMYA 2UY0A 5P19A 2QU3A 3TTPA 3IXOA 4Y9WA 4Y5AA 1OEWA 2FIVA 5KR1A 3VSWA 2ZHSA 2G21A 3OQDA 5P8IA 5P1UA 3SLZA 2VA5A 5P48A 4Y3SA 5OZQA 3OOZA 1C6YA 3NYGA 5P6RA 4YE3A 3O9CA 5P00A 4RRSA 1HVHA 3KFSA 3RTHA 1BV7A 5P7QA 4Y5EA 3QI1A 5P4BA 4EHCA 3WSJA 4I0IA 3MSLA 4Y4ZA 2AOCA 5P58A 2APRA 2ZJKA 4J1EA 3UFLA 3D91A 2NPHA 3UHLA 1K1TA 4YBIA 4J0YA 5P4QA 3RVIA 4L7JA 3UQUA 4WY6A 5OZPA 4RCEA 3R4BA 3DM6A 5OZAA 2QP8A 4DVFA 5OZ1A 1FG8C 5P4GA 2AOEA 5HCTA 3G72A 1QBTA 5P69A 1MSNA 5P4PA 1MVPA 1MSMA 5DQCA 3EMYA 2R3TA 1T7KA 1Z1RA 2G1RA 1BV9A 3D1YA 3INFA 5P0VA 4J0PA 5ER2E 3HVPA 2OHTA 4Y4GA 3VLBA 4Y48A 2WF2A 2IEOA 3S2OA 5P02A 1GVWA 1G2KA 1N49A 3I2LA 3OHFA 3LIXA 6UPJA 3PM4A 5P71A 4B1EA 1XN3A 4ER4E 1FG6C 4LL3A 5P4OA 3UQWA 3HD8A 4LXKA 5P2OA 5P03A 2H6TA 4DJVA 1HEFE 5C9DA 1FQ4A 3EKWA 5P25A 4H3GA 2XFKA 4D89A 4AA8A 2G94A 2OHKA 4UPJA 5BWYA 2ZJIA 5P6LA 4RGHA 3QBFA 4FRJA 1YG9A 5P06A 3TL9A 5P7LA 4Y5BA 3KT2A 2HIZA 5CLMA 5P1GA 2CEMA 5KQXA 2BPZA 5P4AA 4PHVA 1A9MA 4GJ8A 5OZBA 5OZ7A 5P2WA 5P7IA 5P6YA 3SA6A 5I70A 3ZKQA 2FLEA 3OGQA 4I10A 4HDPA 5IS4A 4Y4TA 5P17A 1XS7D 3UTLA 4EYRA 3NU5A 1AJVA 4TRYA 3O9IA 5P4KA 2G24A 1IVQA 3EM4A 1META 3LPIA 5P0CA 5P5WA 4RLDA 4FM7A 4FLGA 5P8KA 1ME6A 2IQGA 4OBGA 3N3IA 4Y3JA 4EJKA 4Y3LA 5P28A 4RVJA 3CIDA 3PGIA 1HTGA 2BPXA 5P6DA 2J9JB 5P18A 1LYAB 4ZE6A 1GNNA 5BRYA 5P84A 4EPJA 1UH8A 5P5HA 4BFDA 1HTRB 2G1OA 4B72A 3B80A 2VJ9A 5P38A 3U71A 2O4KA 2PWCA 2Q5KA 3GI4A 3OU3A 1MTRA 5P3UA 4GJAA 2I4DA 5P32A 5P3KA 5HDVA 5P8GA 5P50A 3GGVA 2ZJJA 5P2HA 4Y3DA 5OZXA 1AZ5A 5P7EA 5P83A 1AM5A 5P5NA 4YDFA 5HU0A 3PHVA 5C9FA 5HVPA 3OQKA 3K4VC 3VUCA 3HAWA 1IZIA 3RTMA 3UDPA 3O9DA 5P0WA 2ZHRA 4PEPA 3SPKA 4Z4XA 2VJ7A 1MRWA 3BXSA 5EZZA 1BWAA 4Y3QA 1ER8E 1FKNA 3SKGA 3K5CA 2AOFA 4QJ8A 5P5BA 4HA5A 5UPJA 4QJ7A 1AIDA 4LXAA 5P54A 1WKRA 5IVSA 4BELA 4Y4JA 5IE1A 2PH8A 2QI1A 2PMAA 5P3VA 3BUFA 2PYMA 5P6JA 5P6NA 1PPKE 2NMYA 4RZ1A 2I4QA 2Q64A 3IN4A 5P1FA 1ODWA 3TNEA 2QHCA 4XX4A 3PBDA 4I0EA 5P5OA 5DR0A 3VCMA 4EXHA 2AZ9A 4OD9B 5P82A 2HB3A 2PH6A 5P43A 2G1NA 2NNKA 2ZJNA 2BQVA 4APRE 2QI3A 3ZPTA 3ER3E 2JE4A 2ANLA 1ZLFA 3VSXA 4L6BA 2V16C 2OHQA 5P5EA 2FNSA 2CENA 2NXDA 3IGBA 4ZSPA 4J1KA 1F7AA 4U8WA 3GI0A 1W51A 1W50A 4FE6A 4NPTA 2BB9A 5OZ0A 3BVAA 4FSEA 4PZXA 1GNMA 3NXEA 1IIQA 1FMUA 1AXAA 5HCOA 5P7CA 5P7AA 4Y37A 1FFFC 1HVCA 2V12C 5P04A 3KA2A 2QK5A 5P15A 1G6LA 4ZIPA 1EC3A 2NR6A 4LP9A 1BAIA 1FQ5A 5P7RA 5P36A 2R5QA 5P76A 4DJUA 2PK5A 4NJSA 5SXNA 2RKGA 2QHYA 3I7EA 3BXRA 1DAZC 1J71A 4KUPA 4Y5LA 5OYTA 3VG1A 4CPTA 3ZOVA 1LYWA 3IXKA 2G27A 5P2YA 3VV8A 1ZTZA 2IGYA 5AGZA 4CKUA 4YDGA 3NDWA 4Y53A 5JG1A 4FM8A 4TRZA 1W6IA 5P1IA 5DQ2A 5P1SA 3UDKA 1B6JA 3TOGA 1K6VA 3EBZA 5P0PA 5COKA 1Q9PA 5AH8A 4EWOA 2ZYEA 2QD6A 2ZHVA 5P1LA 3IA9A 4YOBA 4Y4AA 3IN3A 5P2KA 2RMPA 2PK6A 2O4LA 3VFAA 1IDBA 4Z2ZA 2QAKA 1EAGA 5P4VA 3S8IA 5P11A 5P2CA 5P5FA 3WZ7A 1LYBB 5HU1A 2A4FA 4NKKA 5P7UA 2P8HA 2AVMA 1MRXA 5E5KA 5P1RA 5EZXA 4OBDA 5P12A 5P4ZA 2VJ6A 5P1EA 2VKMA 5P0TA 1UPJA 2P3BA 5OZIA 5P5PA 3L5BA 3PCZA 4ZPFA 4A6CA 4Y3MA 1XE6A 5DPZA 5P1NA 5P52A 5P4IA 3OHHA 5P6KA 3OXWA 3LPJA 2IKUA 1SMRA 1KJHA 5ISJA 1RNEA 1HOSA 5P6OA 5C9BA 1NSOA 4S1GA 2I0DA 4LAPA 5SY3A 1ZSRA 1PFZA 4HZTA 3APRE 5P5UA 1GNOA 3QRSA 2FMBA 2WF1A 4HEGA 5P0DA 2WF4A 4D8CA 4GJDA 4YCKA 3ER5E 2QD8A 4L7HA 2HS2A 5P33A 4EQ0A 4DJOA 4Y5KA 5P0NA 1ZBGA 3K5DA 5COOA 1D4YA 3SA7A 5P4NA 3JW2A 4Y57A 1HSGA 3KMYA 1HHPA 3SAAA 2ZJLA 4EP2A 4LBTA 3OAGB 1E82E 4Y4DA 3WZ6A 4H3JA 2I4XA 5IVTA 3NU6A 4TRWA 4ZPGA 4B78A 2OHNA 5P5GA 4Y36A 4I0JA 3PLLA 3UQRA 5KR0A 5OZYA 1HVLA 5OZ2A 2AOGA 4RCDA 5OZSA 2AVQA 2Q11A 2BBBA 2UPJA 4Y4UA 5P42A 4E43A 5P73A 4YHQA 5P7MA 4Y3EA 3T3CA 4J5JA 1Z1HA 4QJ6A 3OUDA 2PYNA 4J17A 1BDQA 5P1DA 3KMXA 3DCKA 4DQCA 2PQZA 1CZIE 3PVKA 1JLDA 2F81A 3UDRA 5ENMA 5IVQA 3QVCA 4Y50A 5P1ZA 3ZPUA 1EC2A 2WF0A 4RYCA 5OZ4A 1LV1A 1HVKA 5OZ6A 3HDKA 5P74A 4D85A 3SACA 4I0GA 5P4SA 5P55A 1K2BA 4COEA 5P3LA 4XX3A 1APWE 1TCWA 5P6AA 5OYZA 5P47A 1EPPE 3VV6A 3I6OA 3D1XA 2R5PA 3K4VA 5P6QA 3R2FA 5P7HA 2FXEA 2BKTA 5HD0A 3TKWA 4I8ZA 5P16A 3OGPA 3ZKNA 3O9AA 5P81A 3TPRA 2HAHA 2HPEA 3FV3A 3FNUA 4Y5NA 5P6PA 4OC6B 2NMZA 1M43A 4Y6MA 1CMSA 3OUCA 5HDXA 2R8NA 5OZDA 2ZDZA 4APEA 3SM1A 5P5LA 4Y3FA 3OOTA 3OWNA 4Y54A 3OXXA 3DOXA 1EBKC 5P2GA 1FQ6A 5P80A 5P37A 5P7FA 3AIDA 2VIEA 5P7NA 5P8QA 5P7ZA 3HVGA 3R1GB 3G70A 3VFBA 3FX5A 5P23A 5P0GA 1B6LA 2F3KA 3WB4A 5DQ5A 4K4QA 5P6MA 4OBZA 3EM6A 5KQZA 1KJ7A 4U7VA 4Y3TA 3ZKSA 5P62A 4GJ6A 3S43B 5P8HA 1A94A 3GGUA 5P5XA 1TSQA 4YBFA 2PSUA 1D4LA 2G20A 5SZ9A 3S45A 1GVVA 5DR8A 3TKGA 4DUSA 5P2TA 3LZUA 1PPME 5P10A 1B11A 1QBSA 3NDUA 4DQFA 5P2NA 4Y56A 3GI6A 4QLHA 1MEUA 5DQ1A 4L1AB 5OYSA 4R5NA 5P2MA 3NDTA 2XYEA 2HB4A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1D4J A;  2A1E A;  3H0B A;  4FAF A;  5P67 A;  2BPV A;  3CKP A;  3IVI A;  5P1J A;  5P6C A;  4DJP A;  4EJD A;  5P0Z A;  1MPP A;  4Y3X A;  5P1K A;  2QMF A;  5P7X A;  3UPJ A;  5P51 A;  1SGZ A;  1HSI A;  4FAE A;  1C6Z A;  2BPW A;  5P6Z A;  5P1V A;  3R0Y A;  1IVP A;  5OYR A;  3O99 A;  5P39 A;  3EL0 A;  5P7K A;  5B18 A;  1K6P A;  1SP5 A;  3JVY A;  2HPF A;  1SIV A;  5OZG A;  3S43 A;  3WB5 A;  1HVS A;  5DR3 A;  5P1X A;  3T7Q A;  2F3F A;  2Z4O A;  3SFC A;  2VNN A;  3NLS A;  5P3I A;  4OBJ A;  4Y45 A;  5AH6 A;  5P0Y A;  5P4D A;  2CEJ A;  3OUA A;  1LF2 A;  4NJT A;  4HLA A;  3DJK A;  1B6P A;  2OHR A;  4I8W A;  5P7Y A;  4L1A A;  2VIJ A;  1W5V A;  5P63 A;  2Q15 A;  4CPQ A;  3L58 A;  4YCY A;  4Y51 A;  1XL2 A;  3HW1 A;  3OU1 A;  2ER7 E;  1KJ4 A;  3IXJ A;  4JOO A;  3TPJ A;  2O4P A;  2BPY A;  5P5C A;  1B6K A;  1EPN E;  3IVH A;  1QRP E;  5P8J A;  5JOD A;  5P3D A;  2ER0 E;  5OZR A;  1B6M A;  5P0U A;  4B1C A;  4WTU A;  5P2Z A;  1FQ8 A;  3DCR A;  1LYW B;  4ER2 E;  3OTS A;  5P4H A;  4QJA A;  4F75 A;  1GKT A;  3OAD A;  3TOF A;  5P34 A;  2QZX A;  2OHS A;  3KFN A;  4LC7 A;  5P79 A;  1EPR E;  3RTN A;  2QI5 A;  5P2X A;  5P6X A;  2O4N A;  3EC0 A;  2PSV A;  2AVO A;  4QJ9 A;  4FM6 A;  4F76 A;  2REN A;  5P3Q A;  5P6E A;  3T7P A;  5P3B A;  4Y3N A;  1MTB A;  4YD3 A;  4OBH A;  5P6W A;  3L5D A;  5P8M A;  4HDF A;  4Q1W A;  4ER1 E;  7HVP A;  4AUC A;  4YCT A;  2VS2 A;  5DGU A;  4Y3A A;  1YTJ A;  3QRV A;  3OXV A;  5T4S A;  2G69 A;  1XDH A;  1KZK A;  1W5W A;  2P3B B;  3EKP A;  2QI0 A;  5P7P A;  1DW6 C;  5P30 A;  1APV E;  1DIF A;  5COP A;  5P5V A;  1YT9 A;  4GMI A;  3L59 A;  3ZKI A;  2WED A;  1C70 A;  5OYV A;  4J55 A;  5KAO A;  2B7Z A;  2FDD A;  2G1Y A;  5P1B A;  1D4I A;  3KFP A;  5P3Y A;  4PZW A;  5P40 A;  5P2R A;  3M9F A;  1CPI A;  5I3X A;  5P5J A;  1IDA A;  1GVT A;  5P8L A;  2V11 C;  4J0T A;  4DJR A;  5P3Z A;  1ENT E;  3UDH A;  4BEK A;  3LIQ A;  4Y3H A;  4R93 A;  3BUH A;  3EXO A;  3F9Q A;  4TVH A;  3URI A;  5P3C A;  4Y47 A;  3MSJ A;  4D88 A;  4AA9 A;  5P0O A;  2WKZ A;  2VA6 A;  4NJU A;  2QCI A;  5P1O A;  5OZL A;  3INH A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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