2ZHUA

Crystal structure of bace1 at ph 5.0
Total Genus 93
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
93
sequence length
387
structure length
370
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of an active form of BACE1, an enzyme responsible for amyloid beta protein production
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
molecule keywords Beta-secretase 1
total genus 93
structure length 370
sequence length 387
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2008-02-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2zhuA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2zhuA02
3TTPA 4J0PA 5P7OA 3CKTA 5P6LA 5P8EA 5OZYA 3NXNA 1HEFE 1RNEA 5P58A 1OD1A 3UDPA 1A9MA 5P00A 1TSQA 2ZJKA 3D1ZA 3SA5A 3D1XA 2FDPA 4Y5PA 5P27A 4EJKA 5P77A 2WEAA 1M43A 4D88A 2ZJJA 3EKYA 4NJTA 1QBRA 5OZCA 4I0JA 5P7XA 5OZAA 2QNNA 2UXZA 3MSLA 3PEPA 2IL2A 4I0HA 3ZKMA 5P49A 1HBVA 2EWYA 3O9IA 5P1VA 5P3IA 4L6BA 1LEEA 3JVWA 2QHYA 3EM3A 5P11A 1FF0C 3SA9A 3MXEA 5P8QA 1MSNA 4HDPA 5P29A 5P1KA 4K9HA 3T7QA 2VJ7A 3OUDB 5OZGA 4Y51A 5OZIA 4QJ2A 2ZHUA 2I4WA 3HD8A 4J0ZA 5P5IA 5AH6A 1IVQA 3FV3A 4U7VA 1BBSA 5P7ZA 4R91A 5P16A 1W5WA 5KQXA 4AZYA 1FQ7A 3EM6A 4DI2A 5T4SA 1OEXA 1SGUA 1NPWA 2ANLA 5P48A 5P6IA 3WZ7A 3RU1A 1W50A 1B6MA 3VLBA 2JYSA 1BAIA 5OZ8A 2BPYA 3CICA 3CMSA 4Y5LA 4Y37A 5OZNA 3OXVA 5P7RA 5P7IA 4Q1NA 3CKPA 2R3TA 3TKGA 4EJDA 1LS5A 2OHLA 4Y5GA 5P3NA 5P4GA 5P74A 5P2EA 1YM2A 4YHQA 2WEDA 3WZ8A 1HVHA 5P8NA 2BPVA 5IVRA 5P6DA 3K5CA 3VLAA 3HDKA 5P2YA 1TCXA 4Y3JA 5P7QA 5P80A 5P0XA 3UDNA 2PSGA 2IRZA 4FE6A 5P1EA 5P6CA 5P1TA 5P86A 4Y3WA 4Q1XA 3PRSA 3SO9A 2HAHA 1EPME 5P0LA 5P4PA 3K5DA 4Y3LA 3OU4A 5COKA 5FIVA 3UQXA 4ZPFA 4Y3YA 1W5XA 4YCYA 4Y5MA 5BS4A 5IVSA 4DJPA 4Y3SA 4J17A 3O9CA 3OOZA 3NU5A 4X7IA 3BRAA 3KMXA 4K4QA 1FG8C 5OZLA 5OZZA 1FB7A 5P83A 3PHVA 2XFIA 2IEOA 5P2CA 5P64A 5CLMA 4I0ZA 5P2KA 5OZHA 5P5JA 4Z2ZA 4B05A 1XN2A 5P23A 5COPA 3KDCA 3IAWA 3QBFA 4A6CA 4QJ6A 5P2VA 5OZVA 1HXBA 2AOGA 2QMDA 4YOBA 4PYVA 1PPLE 3S8IA 3QRVA 5P85A 4EP3A 5P3GA 5DGUA 2OHNA 1Z8CA 3OHFA 4K8SA 2J9JB 3KFNA 1YTJA 4F76A 2FIVA 1HPOA 3EKXA 4D85A 1D4LA 4NPTA 1D4YA 1LYBA 2QNPA 5P6QA 3ZL7A 3LIXA 3PLLA 1ZBGA 2AVMA 3AIDA 2ZHTA 3SABA 5OYTA 4YD6A 5I3WA 5P89A 2BB9A 5P4DA 5BWYA 3UF3A 3KFRA 1MERA 1N49A 1ER8E 1E5OE 2R3WA 4RCFA 4OBHA 2QZLA 5P34A 1B6KA 1DW6C 5P1BA 3VFBA 3B7VA 3KA2A 1G6LA 5P01A 5P8UA 4FL8A 4HA5A 5P7VA 1DIFA 5P6NA 4Z50A 2QI0A 5P5YA 2QNQA 2NR6A 4I1CA 2IENA 4EQ0A 4Q1YA 4E43A 5P2QA 5OZ3A 5I3XA 2R9BA 4HEGA 5HCTA 3FNUA 5KQZA 1FKNA 4Y5BA 3VF5A 1K2BA 1OEWA 1FFFC 3VV7A 3DUYA 4PZXA 1VIKA 4NJVA 3SA3A 5OZKA 2BKSA 1YTHA 5BRYA 4JPCA 2F3EA 5KOSA 2G1YA 5P75A 4GYEA 3D1YA 3VSXA 4ZE6A 1GVXA 3PBDA 1T7IA 3L5DA 4HDFA 3CYXA 4TVHA 5OZRA 5HE7A 1EPQE 3QAAA 2Z54A 3HVGA 4DJUA 1YM4A 4CMSA 5P14A 3WB4A 1EBKC 2FLEA 3OUDA 5P38A 3R0WA 2JJJA 3NU4A 4RYCA 5P2XA 5OZSA 1APWE 2BPXA 5P8DA 2QD6A 3Q6YA 4EWOA 5JFUA 4FM6A 2FNSA 4Y4ZA 5P5WA 2HPFA 3M9FA 5P3DA 5OZOA 5P0EA 5P1GA 3CIBA 3HBOA 3PLDA 5P2IA 2CENA 4OBZB 5OZTA 5DR7A 3NUJA 5P0WA 1TQFA 4CPSA 3S7MA 5P76A 4Y4DA 4DJWA 4IVSA 1SBGA 3UDKA 5P13A 1ZP8A 1HSIA 2P3AA 4FSLA 3K4VA 5ENKA 5P30A 6APRE 3ZPSA 1CMSA 4KE0A 4OD9B 4GB2A 3ECGA 1K6VA 1K6PA 1GNOA 1KZKA 5P26A 3VEUA 4J1EA 1ZAPA 4FAEA 1FQ5A 1LYAA 5P2HA 2IGYA 5P0HA 3OQKA 5P40A 5P59A 1M0BA 3FIVA 3JVYA 3PMUA 3QVCA 4Y43A 3INEA 3TNEA 3LINA 5HTZA 5ISJA 3O99A 3LIVA 3VV6A 2MIPA 3PI5A 5HE4A 3LZSA 3GW5A 2G1NA 1PPME 2R38A 5P6PA 5P6EA 2FDEA 3SM2A 3D20A 5IS4A 5I70A 2CEJA 3PBZA 1VIJA 2HS2A 4B1EA 2BJUA 1BXQA 4K4PA 3KF0A 2H6SA 3L59A 4ZSPA 5P04A 5CONA 1YT9A 5DQCA 3RTNA 4ZLSA 4B1DA 2AOCA 1TCWA 1MSMA 2XFJA 1D4JA 3B80A 5P69A 5P4RA 2OHMA 3OQ7A 5P0MA 1MIQA 2I0DA 2WF4A 4Y5EA 1G0VA 2HC0A 2HS1A 3QI1A 1HIIA 4Y3MA 4GIDA 3PM4A 2AQUA 2ER7E 2JE4A 3IXKA 1AM5A 5P4KA 5P1AA 5P5MA 3OK9A 1FQ8A 3Q70A 3NU6A 3FNTA 2WECA 4RRSA 5P1FA 2ER9E 4FIVA 1AVFA 2P3BB 2R5QA 5P4OA 4GJ8A 3RSXA 3NXEA 3T7PA 4Y3XA 5OZ1A 5P1WA 3GGXA 1ZSFA 2VA7A 3IVHA 1EAGA 3A2OA 2I4QA 4Y5NA 5P0ZA 1AAQA 5OYQA 4J1HA 1ODWA 4WY1A 1EEDP 1BWBA 1AXAA 4FAFA 1HOSA 5P3FA 5P6AA 5P15A 2A1EA 5P61A 4RRNA 1MTRA 2QMGA 5P1SA 5JODA 4UPJA 4J1KA 4CPWA 5P2TA 2J9KA 5P6WA 2VA5A 3URJA 2SAMA 4Y3AA 3K4VC 5P88A 5P55A 1BWAA 1ZPKA 3KDDA 5P1PA 3T6IA 4I10A 3S2OA 5OZFA 5P0NA 5P0DA 5P3TA 1K1UA 3O9DA 3TPLA 1IBQA 2O4KA 4OBDA 1UH7A 2RENA 1HTFA 2B8VA 1HRNA 3OXCA 5P7DA 4GJDA 2AZ9A 1FQ4A 2R8NA 3LIZA 5P5KA 1GNMA 2OHTA 4XX4A 4I0GA 2P8HA 4DJOA 2IKUA 5P6RA 5P1IA 5P6XA 3GI5A 5EZXA 3PJ6A 5P18A 3I6OA 4HDBA 3QBHA 3NYGA 4CPXA 5P3SA 2Q63A 1HVCA 5P7EA 4YD4A 1ZTZA 4Y39A 3L5CA 5IE1A 3INHA 1XL5A 2HB4A 5AH8A 4EXHA 5P0VA 2PSVA 2OHQA 5P3RA 1SDVA 2VIZA 4YBFA 2OHPA 2WF2A 5P0CA 5P4VA 1ZPAA 2PYNA 1LF3A 2O40A 4Y4GA 4Y36A 3UDQA 2VNNA 3KFSA 5P56A 1HVIA 1K1TA 5P3YA 5P53A 3TH9A 1EC1A 2B7ZA 4DUSA 5P46A 4Y5CA 4Y56A 3EXOA 1EBYA 3O9LB 3VF3A 5P02A 3VUCA 5DPZA 3HAWA 4FRJA 5P67A 1EPOE 5ER1E 4QGIA 2AOJA 5AH7A 6UPJA 3K1WA 3TLHA 5P43A 3L5FA 1WKRA 4OBZA 5P8PA 4D8CA 3LIYA 1CPIA 1UPJA 3DV1A 5P73A 4TRYA 4U7QA 4D89A 3SACA 2I4XA 4DQGA 2B7FA 5P33A 2G24A 5P7AA 4I0EA 1B5FB 3QS1A 4OD9A 5P0OA 5ENMA 3ZKSA 4U8WA 5P6VA 4H3JA 5P8LA 1A8GA 5P8JA 1KJFA 1EBWA 2ASIA 1MPPA 3VF7A 4Y4XA 1SMRA 1LYAB 2V13A 5C9DA 5SZ9A 4PHVA 1IZDA 4ZEAA 3O9GA 3OGPA 3SKFA 3PSYA 3S45A 5COOA 5P5TA 3TOFA 4Y58A 5P05A 4CP7A 4DPIA 2PSUA 5DR3A 4I8WA 3WZ6A 3PB5A 4ACXA 3WSJA 1B6PA 3ZMGA 5P0TA 3LZVA 4IVTA 1BV9A 1W5YA 5P60A 5P28A 4WY6A 2A4FA 5P62A 1EC2A 2AOHA 2F81A 2QK5A 3DV5A 1XDHA 3RVIA 5OZBA 5SY3A 4YD7A 8HVPA 4DJXA 4PPHA 3QRMA 5P36A 5P5CA 5HU1A 3NWXA 2NMYA 3I7EA 5P1UA 5P0PA 5P0IA 2B60A 2OHRA 4Y4JA 3L5BA 3EL4A 1HEGE 2AOEA 2G94A 4GMIA 3BUFA 3NDXA 5P4SA 1HSHA 4DH6A 4OBKA 2WHHA 4Y47A 2FGVA 5HCOA 2AVQA 2P83A 5P1LA 2BPZA 1APVE 2F3KA 3R0YA 4B77A 4FLGA 1FGCC 1DPJA 2Q64A 1BDQA 5P4AA 3QN8A 1Q9PA 4F74A 3GGVA 3ZKNA 4Y3QA 2FGUA 4Y44A 5P6UA 3OADB 1BDLA 2WKZA 3G6ZA 2OHUA 2QU2A 3NUOA 7UPJA 2HM1A 3ER3E 5P2JA 2QCIA 3PWRA 3BC4A 5P1YA 2P3BA 5P0GA 2O4NA 2BPWA 1AJXA 5AH9A 4LC7A 4WTUA 5P7HA 2NMZA 1TSUA 5P12A 1W5VA 2AOIA 2V16C 1A94A 4DQHA 4EP2A 4DFGA 1LF4A 5EZZA 2AZCA 5P6MA 3IXJA 4FM7A 5P7JA 1XS7D 5P6BA 3PGIA 4JECA 3OUCA 3UFLA 5P0YA 2VJ6A 3DM6A 2I4UA 5P0JA 5P79A 5P7TA 3EL5A 5SY2A 5P6HA 5P1DA 4JPEA 4YCKA 4I12A 1RL8A 3SFCA 3NWQA 3C9XA 1FQXA 1LV1A 3VYDA 5P4ZA 2QMPA 3NR6A 4Y57A 2FNTA 1AIDA 1APUE 5P07A 4EXGA 1LF2A 3HLOA 5P5GA 5C9FA 5KR8A 4GJBA 3RTMA 4BFBA 4Q1WA 2ZDZA 5OZUA 4D83A 4RCEA 2WL0A 4DJYA 2IKOA 1K6TA 4RVXA 4Y3NA 5IVQA 4Y38A 2PYMA 2QMFA 1FLHA 3UQPA 3IGBA 5P2BA 2PH8A 4ZSRA 1BILA 4DQEA 1HPSA 2VIEA 2G1SA 5P1HA 5P3KA 5P4WA 5P2ZA 3N3IA 3UTLA 1F7AA 4RLDA 3BUHA 3KT2A 4M8XA 4PEPA 1TW7A 3IN3A 3EMYA 1E82E 4PZWA 5P1QA 5P5LA 1M4HA 4B72A 4M8YA 3OOTA 3BGBA 5P8HA 5P7BA 3ST5A 5DGWA 2IQGA 2VIYA 4B0QA 4DV9A 2Q15A 1LYWB 3KMYA 3KDBA 3L3AA 3OAGB 2WF1A 3O9LA 5P32A 3BUGA 2ZHVA 4KE1A 1SDUA 2F80A 2F3FA 4MC1A 4DQCA 4OBFA 5P8IA 3OWNA 5B18A 4H3IA 5P6JA 3EM4A 5OYWA 1YX9A 2QZKA 4H1EA 2G1RA 2FMBA 5P0AA 4FGXA 4ZSQA 1EC3A 3HAUA 5OZXA 4LXMA 2CEMA 5P0SA 2QI3A 1BVEA 5P42A 3T11A 3QRSA 1EBZA 1B5FA 1W6HA 5P5BA 5TOLA 3BXRA 1ZJ7A 4YD5A 2QHZA 1GNNA 5P5RA 4Y3EA 5OZ0A 4LXAA 5P7WA 5I3YA 3UDRA 3ZKIA 2P4JA 3TOHA 4B1CA 3QP0A 2O4SA 3EBZA 3NU3A 5P1RA 2Q55A 4I11A 5P4TA 3SQFA 2QI7A 2HB2A 1Z1HA 3GI6A 4QJ7A 5P3PA 1BDRA 5DQ5A 5OZEA 3LZUA 3UQWA 5P3VA 5AHBA 4ER1E 5P5QA 5P5HA 5P2WA 1GVWA 3PSUA 5P19A 5P1XA 5KR0A 5OZ2A 5P57A 1FIVA 5P7FA 2QI1A 1PSAA 1G2KA 3G70A 1HIVA 2VA6A 3CIDA 2QI6A 1UH9A 1YTGA 3URLA 3DCRA 3SA7A 1C6XA 4OBGA 5P24A 1BV7A 5P8FA 3ER5E 2ZJLA 1WBKA 4I8ZA 2QZXA 4YCTA 1GKTA 1W51A 3MSKA 3VFAA 1D4KA 5ISKA 1KJHA 1ENTE 5OYZA 5OZQA 5P8KA 3GGAA 2PK6A 3LHGA 3MSJA 4FCOA 4BFDA 4CPRA 1HXWA 3R1GB 1HVJA 4TRWA 5P35A 5P5AA 5OZ9A 5P7CA 3S56A 4GJ6A 3OADA 3OQFA 3O9EA 3QROA 2NXLA 5P2OA 4Y3GA 4HLAA 1B6LA 3LPIA 2WEZA 4NPUA 5KR2A 3NSHA 4RZ1A 1PFZA 1QS8A 4LXKA 2WF3A 3UCBA 1E80E 1IZEA 5P78A 5KOQA 3KT5A 5P3OA 4KUPA 4J55A 4J0TA 2RSPA 2VKMA 4ZIPA 2ZGAA 5UPJA 5P0BA 3TOGA 4EJ8A 5HDVA 3PCWA 3LPJA 3TL9A 1FG6C 2JXRA 4Y3ZA 3SPKA 4DJVA 1MT9A 2WJOA 3D91A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3TTP A;  4J0P A;  5P7O A;  3CKT A;  5P6L A;  5P8E A;  5OZY A;  3NXN A;  1HEF E;  1RNE A;  5P58 A;  1OD1 A;  3UDP A;  1A9M A;  5P00 A;  1TSQ A;  2ZJK A;  3D1Z A;  3SA5 A;  3D1X A;  2FDP A;  4Y5P A;  5P27 A;  4EJK A;  5P77 A;  2WEA A;  1M43 A;  4D88 A;  2ZJJ A;  3EKY A;  4NJT A;  1QBR A;  5OZC A;  4I0J A;  5P7X A;  5OZA A;  2QNN A;  2UXZ A;  3MSL A;  3PEP A;  2IL2 A;  4I0H A;  3ZKM A;  5P49 A;  1HBV A;  2EWY A;  3O9I A;  5P1V A;  5P3I A;  4L6B A;  1LEE A;  3JVW A;  2QHY A;  3EM3 A;  5P11 A;  1FF0 C;  3SA9 A;  3MXE A;  5P8Q A;  1MSN A;  4HDP A;  5P29 A;  5P1K A;  4K9H A;  3T7Q A;  2VJ7 A;  3OUD B;  5OZG A;  4Y51 A;  5OZI A;  4QJ2 A;  2ZHU A;  2I4W A;  3HD8 A;  4J0Z A;  5P5I A;  5AH6 A;  1IVQ A;  3FV3 A;  4U7V A;  1BBS A;  5P7Z A;  4R91 A;  5P16 A;  1W5W A;  5KQX A;  4AZY A;  1FQ7 A;  3EM6 A;  4DI2 A;  5T4S A;  1OEX A;  1SGU A;  1NPW A;  2ANL A;  5P48 A;  5P6I A;  3WZ7 A;  3RU1 A;  1W50 A;  1B6M A;  3VLB A;  2JYS A;  1BAI A;  5OZ8 A;  2BPY A;  3CIC A;  3CMS A;  4Y5L A;  4Y37 A;  5OZN A;  3OXV A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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