3APPA

Structure and refinement of penicillopepsin at 1.8 angstroms resolution
Total Genus 85
5010015020025030001020304050607080
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
323
structure length
323
Chain Sequence
AASGVATNTPTANDEEYITPVTIGGTTLNLNFDTGSADLWVFSTELPASQQSGHSVYNPSATGKELSGYTWSISYGDGSSASGNVFTDSVTVGGVTAHGQAVQAAQQISAQFQQDTNNDGLLGLAFSSINTVQPQSQTTFFDTVKSSLAQPLFAVALKHQQPGVYDFGFIDSSKYTGSLTYTGVDNSQGFWSFNVDSYTAGSQSGDGFSGIADTGTTLLLLDDSVVSQYYSQVSGAQQDSNAGGYVFDCSTNLPDFSVSISGYTATVPGSLINYGPSGDGSTCLGGIQSNSGIGFSIFGDIFLKSQYVVFDSDGPQLGFAPQA

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
3H4 (145-147)EMPTYTVIII2 (148-151)S1 (4-10)S11 (152-156)S2 (17-23)3H1 (12-14)TIV1 (14-17)AH4 (300-304)TI6 (115-118)TIV6 (158-161)S7 (80-92)TIV2 (22-25)S3 (26-33)TI10 (213-216)S17 (208-212)TI1 (33-36)S9 (120-123)S4 (39-41)S8 (95-108)TI2 (43-46)TI3 (58-61)TII1 (51-54)3H2 (48-50)TI4 (60-63)TIV3 (59-62)S5 (64-65)TII2 (66-69)TVIb1 (132-135)S10 (132-133)S6 (70-74)TI5 (75-78)AH2 (140-144)AH1 (110-114)TI9 (186-189)3H3 (127-129)TIV11 (312-315)TII4 (166-169)S12 (163-167)S27 (306-311)TI7 (171-174)TI8 (172-175)S28 (316-321)S13 (180-185)TIV9 (259-262)S14 (192-195)S21 (256-260)AH3 (223-231)S15 (197-200)O1 (249-283)TIV7 (199-202)S26 (296-298)S18 (219-221)TVIII4 (285-288)TI'4 (290-293)TII5 (233-236)S19 (237-239)TI11 (240-243)S20 (244-248)S25 (287-289)S23 (273-276)TI12 (248-251)S22 (263-267)3H5 (269-271)TVIII3 (271-274)TIV10 (279-282)S24 (282-285)TIV8 (239-242)S16 (203-205)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase (acid proteinase)
source organism Penicillium janthinellum
publication title Structure and refinement of penicillopepsin at 1.8 A resolution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PENICILLOPEPSIN
total genus 85
structure length 323
sequence length 323
ec nomenclature ec 3.4.23.20: Penicillopepsin.
pdb deposition date 1990-11-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3appA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3appA01
3PGIA 1FQ6A 5P02A 1IZIA 2AVQA 3L5FA 5P00A 4Y53A 3NSHA 2P4JA 5P32A 2QNPA 4U7VA 5SY2A 5P65A 1KZKA 3SAAA 4GJ7A 2Z4OA 2G1OA 1XS7D 2G26A 5P3CA 3T11A 5P36A 3LIXA 1AZ5A 5DQ4A 3L3AA 2XYEA 2WEZA 2IGYA 3CIBA 3EKWA 5P64A 3SA8A 1G0VA 2V16C 1QRPE 5P8UA 2R5PA 3OK9A 6UPJA 4KUPA 3RSVA 5C9BA 5P74A 4GJAA 5ISKA 5P1QA 5TOLA 4FRKA 4Y58A 4K8SA 4ACUA 4RGHA 1APWE 1G2KA 1MERA 1GKTA 3VLAA 3K5FA 4PZXA 1C6ZA 5P6IA 3O9IA 5P5EA 5KAOA 4GJ5A 2FLEA 3GI4A 4Y3DA 4Y3NA 2I4WA 1SMRA 3B80A 1BV9A 5P2VA 1MUIA 5OZCA 4ER1E 3VFBA 2QI7A 5P37A 1EPQE 3PEPA 4J0TA 2NPHA 3SA3A 5P5NA 1Z8CA 5P3OA 5UPJA 4GIDA 5I3WA 1QBTA 2R3TA 4FM6A 1SH9A 2IS0A 5IVRA 5P8CA 4KB9A 2ZDZA 3PWMA 3PI5A 4CPWA 3NU5A 5P50A 5DR4A 4OC6A 3NWXA 1PFZA 3NU6A 2R5QA 5P0AA 2EWYA 2Q64A 3DV5A 3QRSA 4I0IA 1ER8E 4FRIA 5P10A 5OYVA 4EYRA 4A4QA 3UCBA 4MC1A 4YD6A 2FMBA 3OU1B 4BELA 5P0EA 1VIJA 5AHBA 1B6PA 4X7IA 2VKMA 3MXDA 3L59A 4X2LA 1EPLE 1F34A 1PSOE 1PSNA 4H3FA 4Y3TA 3ZPUA 5P7YA 5P8EA 4DUSA 1ZSRA 3MSKA 1AJVA 3UPJA 3NYGA 5OZTA 2B8VA 1EC0A 5COOA 3RTHA 4ZPFA 3OTYA 3HDKA 1AXAA 4OBZA 1AM5A 1EPRE 3EXOA 1RL8A 3DK1A 3QN8A 3EBZA 2QU3A 4Y48A 2QHZA 5C9FA 5P7MA 1WKRA 4I0EA 2ZJLA 4A6BA 3JVYA 5E5KA 4WTUA 5OZ5A 3RTNA 4DPFA 3K5DA 3QROA 4QJ7A 2F81A 3PVKA 3N3IA 1K1UA 1MESA 4QJAA 1HPXA 4EWOA 4K4QA 1SDVA 2ANLA 3O9GA 5P04A 5P8NA 4Y5AA 2HB2A 5P3GA 4OD9A 4F73A 5P7DA 5P80A 2NXDA 5COPA 3KDDA 4Y5BA 5P7PA 2G1RA 1RQ9A 5P5KA 5P6GA 1ODXA 3FNTA 5SY3A 1HRNA 1BIMA 5KQYA 4R95A 2PWRA 5P19A 3QRVA 5P7JA 2OHRA 3F9QA 2QK5A 4R5NA 4Y3YA 4DJOA 5P5RA 5P2YA 4R93A 5P58A 1RV7A 5P8LA 2J9KA 2QCIA 4I11A 2B60A 2RKGA 4AZYA 3ZKXA 5AHAA 4Y4DA 3ZOVA 5P8FA 4F74A 5F01A 3EKPA 1A30A 5I3XA 5P2QA 5P8QA 1JLDA 5P7EA 2JE4A 1LYBA 5P4LA 4GJ8A 2HS2A 2HS1A 5OYSA 5P6HA 4CPSA 2JJJA 5P5QA 3SACA 2OHPA 4BEKA 5I3YA 5P4RA 5P0HA 2F8GA 5P5UA 3LIYA 5OZHA 4HLAA 5KOQA 1PSAA 5OZGA 3JVWA 5P25A 4AUCA 5P63A 3L5EA 1DPJA 5OZKA 3URIA 2IDWA 5P5XA 4YDFA 4XX4A 5OZ9A 5P08A 1IVQA 1HSIA 3LPJA 4I1CA 5P76A 4ZIPA 2V10C 1FFFC 3HVGA 5P2RA 1CPIA 4FSLA 4Y41A 3SA4A 2FNTA 1A9MA 3VF5A 4Q1NA 2ZGAA 4DJRA 4S1GA 3ZKMA 1ZTZA 5P43A 4HEGA 4COEA 2QMPA 5P88A 2QI4A 2HB3A 2O4SA 1B11A 3KFRA 1T7KA 1QBRA 2OHQA 2VNNA 1W6IA 2V13A 1E81E 5P1MA 3D3TA 1YTJA 4H1EA 4GB2A 2IRZA 5P01A 2QHCA 4FRJA 1UH9A 2VJ7A 5P4XA 5OZ0A 2P3BA 3B7VA 1LF3A 4EJDA 3HLOA 4B70A 1HSGA 5ER2E 5P3AA 3OQ7A 2IGXA 1DMPA 2Q55A 3LIVA 5EZXA 9HVPA 5P8AA 1SIPA 3CKRA 5P6PA 2HAHA 5P0OA 5P8KA 1BDQA 2OHLA 4FE6A 4LAPA 5P49A 4CPTA 1NPWA 2FXDA 4J17A 5P7CA 5P2CA 3KT2A 3PSYA 5P6LA 2NMZA 2QD7A 4Z22A 4Y4WA 2I4QA 4Y4EA 4Y5KA 5PEPA 2Q54A 5P5TA 5P59A 5P2UA 3IVHA 3GI0A 1ZBGA 5I3VA 2IL2A 5P60A 1EBZA 1B5FB 5P4WA 2AZBA 2CEJA 3I6OA 1ZPAA 4DI2A 1KJHA 3IGBA 1HTGA 3R2FA 2FDDA 1C6YA 3GI6A 5P4EA 1DP5A 3QI1A 3VSWA 3LITA 4B1CA 5P15A 2F3FA 3UDKA 4OBFA 3ZKGA 4PYVA 4L7GA 5SXNA 3SKGA 3T7PA 2RSPA 4MC6A 3URLA 1BWAA 4GJCA 3T6IA 4Y9WA 1SP5A 4B72A 3OUBA 4WY1A 5P55A 4NJSA 5P12A 5P1FA 2QZWA 2PSUA 4YD4A 4Y4UA 1T3RA 5P0VA 3PMUA 3WZ8A 5P3JA 1HPSA 3OQAA 2AVVA 3TNEA 3U7SA 5P7WA 3TOFA 3H5BA 3BVBA 4HDFA 3PM4A 4U8WA 4FRSA 2I4VA 1EPOE 5P7RA 1MTBA 1HPVA 1LZQA 3HAUA 1AIDA 3NDXA 2QP8A 2PK6A 4M8XA 5P8RA 2XYFA 2O40A 5P2KA 1NPAA 5P72A 1UPJA 2IEOA 3TOHA 2B7FA 2G27A 3Q5HA 5IVTA 2ER6E 2QAKA 1FMBA 3MSLA 3S7MA 3UF3A 3ZPSA 4GJ6A 2AOEA 4TVHA 3KDCA 2WHHA 4Y51A 1AJXA 1HVSA 5OZAA 5P6CA 4EXGA 4Q5MA 5ER1E 3SA5A 5OYQA 3OQDA 2A4FA 3TPRA 5HU0A 5HD0A 3DV1A 4I8WA 2AZCA 5P2DA 5P0ZA 4CKUA 3FSMA 4HVPA 1T7IA 2WJOA 2PMAA 3KA2A 5BRYA 1HTRB 4LC7A 1PPME 5P24A 4NJVA 5P4YA 4F75A 5HCOA 1HIVA 2J9JB 4OBDA 2ZHUA 3O9BA 5ISJA 1E5OE 5OYTA 2VNMA 4L1AB 5P7KA 5FIVA 5HE4A 3OHHA 5OYXA 3L5CA 3LIZA 5P30A 4Y54A 2VIYA 5P16A 2WEBA 4DJVA 4FCOA 4CPUA 3LINA 3T7XA 3EL4A 3QAAA 4LBTA 4NJTA 5P7QA 5P56A 2OHUA 5OYUA 5ENMA 3TLHA 3M9FA 5C9DA 2I4DA 4R91A 4YD7A 5OZXA 1HXBA 4I0JA 3HZCA 3OQFA 1K6CA 5P7SA 5P5WA 5P6EA 1EBYA 2ZHTA 5P18A 5E5JA 1HEGE 5IS4A 5OZNA 5P22A 3LZSA 5P3BA 3TPPA 5P6BA 3T7QA 1IIQA 4HDBA 2PC0A 5OZ8A 2QI5A 3D1XA 5P8DA 3CKTA 1MEUA 5P38A 1W51A 5P3UA 5P6TA 3PHVA 5HTZA 2G21A 3DCRA 5P3DA 5P6VA 3KFNA 4Y3QA 4B1EA 4Y5LA 3O9EA 5P0FA 4ACXA 1PPKE 3SLZA 3S56A 2G20A 5OZZA 3NUJA 2CEMA 3SKFA 5P34A 3VV7A 3EKQA 3JW2A 3K5GA 4YDGA 2WF2A 1XN3A 3TL9A 5P7TA 2MIPA 5P4PA 3S54A 5P6UA 2NXLA 1LYAA 1W5YA 1IZEA 3U6AA 4Y35A 3EL9A 5P79A 5AH6A 3MWSA 4CMSA 2FGVA 4EP3A 3EMYA 3T3CA 2G1SA 5P5MA 3Q6YA 5OYRA 3TKGA 1FQ7A 2QZLA 5AH7A 5P5SA 3OUDA 4Y5MA 1T6GA 3LHGA 2JXRA 1Z1RA 1YTHA 1LS5A 4FS4A 4ZEAA 7UPJA 5SZ9A 1FQXA 1SGUA 4KE1A 2QMGA 5P3YA 4DFGA 4UPJA 2XFIA 2ZE1A 1ZLFA 4HE9A 2O4PA 4I0GA 5P5FA 3LPIA 3IAWA 1EBWA 4ER2E 2SAMA 3UHLA 5P8HA 3PSGA 3K1WA 5P3TA 2HPEA 3UQXA 5P29A 1FLHA 3PI0A 5OZ1A 2G69A 5P6KA 3NR6A 3WB5A 1EC3A 3SA9A 3G70A 4Y36A 1HTEA 4QJ6A 5P61A 1LEEA 4J0YA 5P28A 2PSVA 5I70A 4K4PA 4Y37A 3G6ZA 3OAGB 3ZKIA 2Q15A 2V0ZC 5P0RA 2AOHA 2O4NA 5P4OA 5OZYA 5J25A 4J1KA 1FQ4A 3C9XA 5P83A 4Y38A 2VJ9A 3D20A 1MRWA 4AMTA 5P03A 3OGPA 3INEA 5P4GA 5P7VA 3WZ7A 5P1AA 1YM2A 1M4HA 3O9LA 5P3LA 5P4NA 4Y39A 5P3FA 5P6YA 4RLDA 3TTPA 5CLMA 3KYRA 3SABA 3DCKA 5OZ3A 2ZYEA 3PMYA 2R38A 5P4SA 1QDMA 4YD5A 5KOSA 1LF4A 1YT9A 5AHCA 5P5VA 5P33A 4MC2A 4GYEA 1MT8A 3FNUA 3IVIA 5DGUA 5P0MA 2ER7E 3CYWA 4A6CA 2QI3A 2B7ZA 1TSUA 3A2OA 1LYWB 3S8IA 4Q1XA 1HVRA 4EPJA 5P1XA 3NXNA 5AGZA 2IKOA 3EKVA 5P2EA 3VYEA 2F3EA 3UDYA 4D8CA 3KFPA 3NUOA 4RYCA 2AOGA 3TH9A 5P8MA 2BKSA 5P17A 3ZKNA 4I0DA 5IVQA 1LV1A 5P07A 3SM2A 1FB7A 4Q1WA 1FQ5A 3INFA 4DQHA 2BPWA 5P45A 1GVXA 5P6QA 2PH8A 3EM3A 1D4SA 4FL8A 1G35A 1BVGA 5P53A 5AH8A 2OAHA 3NU3A 4PZWA 3ZMGA 4E43A 5HDVA 3SA7A 1C70A 2VA7A 1ME6A 5P6FA 1YTIA 4EQJA 5OZ2A 5P73A 5P0JA 5P3SA 3I25A 1ZSFA 4Y4TA 5P3EA 5P3IA 5P84A 2FDPA 4EJ8A 3QBHA 1B6KA 5P1VA 4DJWA 2NNKA 5P2WA 2G94A 2ZJMA 2O4KA 3PLDA 4F76A 2AIDA 3VV6A 5P1CA 5HDXA 5P5GA 3HAWA 1WBKA 4J1CA 2VJ6A 5OZWA 4ZE6A 3NLSA 1MT9A 2OHMA 4YOBA 1BBSA 3OUAA 4H3IA 3EKTA 2QD8A 5P8IA 2V11C 2AOIA 3KMYA 3WB4A 3Q70A 2IQGA 3LZUA 4DQFA 3KMXA 5P2MA 3NXEA 4YOAA 3O9CA 3GI5A 4MC9A 1OD1A 3D1ZA 3OADB 1NH0A 3LIQA 3BGCA 2NNPA 3VEUA 5P42A 3FNSA 3NDWA 2WKZA 5P4JA 1IDAA 4LL3A 3BUHA 3OU1A 1HVKA 1IZHA 2FIVA 5P4KA 3VSXA 5P5PA 5P0CA 1IVPA 2QI6A 1RNEA 4L7JA 2QZXA 4LP9A 5P26A 4J1EA 1HBVA 3PCWA 3K5CA 1EC2A 3FIVA 4OBHA 3Q4BA 1TCXA 5P6XA 5AH9A 4Y5EA 5P62A 1HIIA 1MRXA 2FGUA 5P1IA 3OXWA 6FIVA 2I4UA 5P82A 3VYDA 3S43A 5P0GA 4Y3FA 5P6NA 4QLHA 3OXCA 4Y6MA 3OOZA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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