3APRE

Binding of a reduced peptide inhibitor to the aspartic proteinase from rhizopus chinensis. implications for a mechanism of action
Total Genus 89
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
89
sequence length
325
structure length
325
Chain Sequence
AGVGTVPMTDYGNDIEYYGQVTIGTPGKKFNLDFDTGSSDLWIASTLCTNCGSGQTKYDPNQSSTYQADGRTWSISYGDGSSASGILAKDNVNLGGLLIKGQTIELAKREAASFASGPNDGLLGLGFDTITTVRGVKTPMDNLISQGLISRPIFGVYLGKAKNGGGGEYIFGGYDSTKFKGSLTTVPIDNSRGWWGITVDRATVGTSTVASSFDGILDTGTTLLILPNNIAASVARAYGASDNGDGTYTISCDTSAFKPLVFSINGASFQVSPDSLVFEEFQGQCIAGFGYGNWGFAIIGDTFLKNNYVVFNQGVPEVQIAPVAE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Binding of a reduced peptide inhibitor to the aspartic proteinase from Rhizopus chinensis: implications for a mechanism of action.
pubmed doi rcsb
molecule keywords RHIZOPUSPEPSIN
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Rhizopus microsporus var. chinensis
total genus 89
structure length 325
sequence length 325
ec nomenclature ec 3.4.23.21: Rhizopuspepsin.
pdb deposition date 1987-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
E PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3aprE01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3aprE02
5P3SA 5P80A 3PRSA 3ST5A 3OAGB 5P3JA 1CPIA 3MSJA 3ER5E 3LIXA 3GI4A 5P6HA 4NPUA 5P5UA 4TRWA 1HVLA 3R0YA 4DQHA 4D85A 2IDWA 5SXNA 3A2OA 1AJXA 3SA8A 5P4ZA 3N4LA 5OYTA 1HPOA 5P0GA 3SO9A 1AZ5A 1FFFC 1T7KA 3HW1A 3EKXA 2NXDA 4BEKA 2VJ7A 6UPJA 5P4KA 3PSGA 4YBIA 3EKQA 5P3OA 1B11A 3EKYA 1BVGA 1PSAA 5HE7A 5P54A 5P1DA 3KFSA 1RL8A 4XKXA 5P8GA 5P6JA 3OHFA 5P17A 5P30A 3OXVA 5P1LA 5KQZA 5P2EA 3O9FA 3UDPA 4JOOA 1IZHA 4J1HA 1APWE 4HZTA 1EPPE 5P2DA 2HC0A 3VV8A 2NMYA 1LF4A 2I0AA 1Z8CA 4HEGA 2A4FA 3LIQA 5P1OA 4PPHA 5P7HA 5P8UA 3ZKGA 5P2RA 3VLBA 2H6SA 2F3FA 1EBWA 5P3NA 1T6EX 1HTRB 4J0YA 2JYSA 3ZKQA 1FMUA 2ASIA 3GW5A 3LHGA 4B77A 5OZNA 1QBUA 3KF0A 5P7TA 1A8KA 1WKRA 4Q1WA 4Z4XA 5OYUA 3KDDA 3WB4A 2V0ZC 5P70A 4Y36A 5P0KA 5OZHA 5P3TA 3OU1A 5P0LA 1UPJA 1HVRA 3U7SA 3TH9A 5P3GA 5P29A 2J9JB 4LP9A 1LYAA 4Y3NA 5P5OA 5P36A 4FIVA 3OXWA 3DCKA 2ZJMA 5P5EA 2BPWA 5P6TA 1IDBA 5OZJA 3GGAA 3O9LB 5P0FA 3O9EA 3HAUA 1KJHA 2BPVA 1B6PA 2R5PA 4H3GA 2QD6A 3SM2A 5P3HA 5P0EA 2I4WA 5KOSA 3SQFA 1SIVA 1SP5A 3OUCA 1HVJA 2ZHVA 4HDPA 5P0PA 5P2UA 1TSUA 4DJUA 3UDHA 3OADB 2XFJA 5P8IA 5P6XA 3Q4BA 4EP2A 1YTHA 3PBZA 4L7HA 5P0WA 2JXRA 4K4RA 2AOHA 3CIDA 5P4HA 4B72A 2ZJJA 5P4WA 4Y5PA 1A9MA 1NPAA 3ZKMA 5P3AA 4APRE 3URLA 5P3UA 5P45A 2HPEA 2ER7E 4FRKA 3RVIA 4ZE6A 5P3MA 4Y3DA 3PGIA 5P4AA 2AOGA 3OQDA 3PM4A 3BXSA 1YTIA 2IGXA 3DJKA 5P01A 1HHPA 4JPCA 1W6HA 3D20A 3HDKA 2AZ9A 5P04A 2ZHUA 4LHHA 2UY0A 1TCXA 5P5XA 5JFPA 4NKKA 5TOLA 3FV3A 5P3WA 3OGPA 3OUDB 3QN8A 1IZDA 2MIPA 2PWRA 2V16C 3KM4A 3PBDA 1PPLE 8HVPA 2Q11A 3OQKA 5P7SA 3LZYA 4Z50A 2OHPA 3TPJA 5OZYA 5P77A 4D88A 5P7GA 2FLEA 4FE6A 4AA9A 4EQ0A 3GGVA 1C70A 5P7JA 3NWXA 3UQRA 5P5WA 3ZMGA 3KMXA 4XX4A 3FNSA 4Y3WA 5P7FA 2OF0A 1HEFE 2BKSA 4EQJA 1ZPAA 5P4VA 5P47A 1CMSA 5P0OA 5IE1A 4KB9A 4NJUA 4QJ6A 2AOIA 2NR6A 4DPIA 3CMSA 1YTGA 4Q1YA 3QRMA 2VS2A 3S85A 4R91A 1W50A 2VJ9A 3B80A 3IAWA 3VF5A 1SMEA 5HDZA 4ZPFA 4Y3GA 4DQFA 3S54A 2CEMA 2Q63A 2IRZA 3I6OA 4AA8A 5I3WA 3NDXA 3FIVA 3IA9A 5KR0A 3VSWA 3BVAA 1NH0A 4Y44A 2QMPA 1BXOA 4H3FA 5P7PA 6APRE 4B0QA 5P8VA 4EJ8A 3TPPA 1LYBA 4Y3LA 3RSXA 3VEUA 4F75A 1FG8C 5OZFA 1FQ6A 4Y4ZA 2G21A 1HIVA 5IVRA 3UQPA 4KE1A 4DJOA 5P8MA 1NSOA 4J54A 3APPA 4YA8A 5OZ4A 5P5IA 4Y3XA 5DQ5A 4K8SA 5P8CA 5P8NA 5EZZA 5P8EA 3LITA 4HLAA 4U8WA 5DR4A 3LINA 1APVE 3QI1A 2I4XA 2IKUA 3DM6A 4DI2A 5P18A 5OZ3A 3LIZA 4ZSPA 4LL3A 3ZLQA 2ANLA 2G24A 3R4BA 1KJ4A 3VG1A 2RKFA 5P0NA 2FMBA 4Y3EA 2IQGA 2AVMA 2Q5KA 1EPQE 3PB5A 5P60A 5P6SA 4DVFA 3O9CA 4GJAA 3BVBA 3OK9A 3VSXA 3SACA 2ZGAA 4F73A 1M4HA 3ECGA 4Z22A 3VYEA 4L7JA 1HTGA 3BHEA 3ZKXA 4DQEA 1A30A 4QJ2A 4Y39A 2G1RA 1MPPA 2V11C 3LPJA 5P4SA 1BWBA 7UPJA 4EJLA 3PLDA 4Y4DA 5P7WA 3Q3TA 1MVPA 3QS1A 1ZP8A 5P1BA 4PZWA 1MUIA 1KZKA 4YBFA 2Q55A 2HS2A 3UTLA 2WL0A 5OZAA 1AM5A 3SM1A 3DUYA 4LXAA 2OHSA 1G6LA 5OZOA 5HE5A 4IVSA 4NJSA 1K2BA 5P0MA 3S53A 5IVSA 4RROA 4RZ1A 1APTE 2OHTA 2WHHA 4L1AB 2OHMA 1PROA 4I0JA 2ZHRA 2AOCA 5KQFA 1A94A 3NR6A 3OGQA 3KFNA 5P2YA 1K2CA 5P6AA 3PEPA 4TVGA 4CKUA 1AJVA 4DQCA 3UFLA 1F7AA 1YM2A 5P8DA 1ER8E 2UPJA 5P48A 5P2CA 4F76A 1B6JA 5P27A 3UF3A 3PHVA 5P4TA 4Y5LA 3OU4B 3QRSA 5P8OA 4Y4BA 1BXQA 5P4QA 5P6VA 3OOZA 1GNMA 3GI0A 2PMAA 2JJJA 2OHUA 4YDGA 5OZBA 4ER1E 5OYWA 1K6TA 3GI6A 4KUPA 5HCOA 5P3PA 4J1IA 3OTSA 2B7FA 4QJ9A 5P2JA 5P85A 4B00A 2V10C 5P0SA 5P33A 4DJXA 5BWYA 1MT8A 5C9FA 5OYQA 5KR8A 5DR3A 2QMFA 3TPLA 5P8FA 2PSGA 1QS8A 2ER6E 5DR8A 3DOXA 9HVPA 2I4VA 5P61A 5HU1A 4IVTA 7HVPA 4R5NA 5P52A 3GI5A 4QJAA 1AXAA 3EL0A 2WEAA 3KT5A 5P83A 1GVUA 5P59A 5P4PA 4RVXA 4DJQA 4J0VA 3UHLA 5P8AA 3VFAA 4YCYA 3NU5A 3CKRA 3BUFA 3BUHA 4ZLSA 4AZYA 2IGYA 5P16A 5P1FA 1G35A 5P0HA 5P5CA 4L6BA 3GGXA 4U7QA 1G0VA 5P2BA 1FQ7A 1BV7A 4Y35A 5P3EA 3UQXA 3U71A 4J1KA 3VCMA 3QROA 3EKTA 4YDFA 4KE0A 5P3IA 2ZJLA 2I4QA 1BILA 4APEA 3H0BA 5JODA 3KYRA 3LNKA 3BRAA 3AIDA 1E80E 1ZAPA 2CENA 3D3TA 5P7VA 1IIQA 4RYCA 1HPVA 1EPRE 2PQZA 5P4IA 5P6IA 5P7EA 5P2ZA 2FDPA 3EKVA 5E5KA 5ER2E 5OZQA 2BKTA 1YTJA 5P67A 3O9LA 5P89A 3LPKA 3M9FA 2O40A 4EHCA 3NU9A 2WKZA 2QI5A 2AVQA 2WF0A 3S43B 5P7RA 4S1GA 5P00A 5P6FA 4EPJA 2VNMA 1HXBA 1SGUA 1ME6A 1EPLE 1HWRA 5SY3A 5P72A 1KJ7A 4I0GA 5P1UA 2QZXA 4LAPA 1K1UA 1QRPE 1MTBA 1YG9A 3HVGA 5OZ0A 5P2OA 1E81E 3NUOA 3T7QA 3O99A 5P50A 2AOEA 5P7XA 3IXOA 5ISJA 5ENKA 3O9BA 2IEOA 2F8GA 5HU0A 5P38A 2Q15A 1K6PA 5P42A 4RRNA 4J55A 5OZTA 3EL9A 2ZYEA 3DV1A 2FGVA 1FF0C 2G22A 5OZLA 1XN3A 4TRZA 2I4DA 4J1EA 5DQ2A 5P6OA 5P1GA 3OUDA 3UPJA 2P4JA 4Y5NA 3DK1A 3VYDA 2AIDA 3TL9A 2QNQA 3NWQA 2AODA 2H6TA 1FG6C 4DJVA 2HM1A 5ENMA 4B1CA 3K1WA 5F01A 3HBOA 1QDMA 3SPKA 4QLHA 4Y4UA 5P58A 1HVCA 3VLAA 1DAZC 3IVHA 4A6CA 1FKNA 1TZSA 3ER3E 5I3YA 4Y4XA 4Y53A 5P4EA 5P2NA 3UDMA 2FXEA 1RPIA 3UDJA 1EBYA 4GIDA 3O9HA 1XN2A 5P08A 1ODYA 2RMPA 3IXKA 2ER9E 4XX3A 1MIQA 2I4UA 2WF4A 4LXMA 4GJDA 1HSIA 3L5CA 2QI1A 3OXXA 5P1WA 3JVYA 3FX5A 5DQ4A 3TLHA 4QJ8A 2VA7A 5P7BA 2FDDA 5P6NA 1MT9A 4HDFA 1VIJA 1T6GA 2VNNA 5OZMA 5P5ZA 2Z4OA 3QRVA 3PLLA 4OBDA 3FNTA 5P7LA 4Q5MA 3NLSA 4R92A 3VF7A 4H1EA 3SA5A 5T4SA 5AHAA 2Q64A 4FAEA 1BWAA 3IVIA 3UQUA 5P53A 1J71A 3ZKSA 3EKPA 4FM6A 5P82A 1SH9A 3INHA 3OQFA 4R93A 2VIZA 4DUSA 1SIPA 4ZSRA 3D1YA 5OYZA 2QD7A 1SMRA 2IKOA 3L3AA 2BPZA 5OZSA 2ZJIA 4NJVA 4GJ8A 3NXNA 5OZ9A 3APRE 5P0TA 5P76A 2JE4A 1W51A 4Y58A 1MEUA 1D4YA 2QCIA 5P8QA 2OHKA 4ACUA 2VIJA 2AZCA 3EC0A 5P20A 5P5VA 5P71A 5J25A 5P19A 3R0WA 2G1YA 1BAIA 3T6IA 3EL5A 1HSHA 2R38A 1FIVA 4FLGA 4J1FA 3DV5A 4J1CA 4RCEA 5P57A 2R3TA 1MSMA 3DCRA 4WY6A 1K6CA 4Y5BA 2XYFA 3I8WA 2J9KA 4EP3A 2G1NA 5CLMA 1BBSA 1TCWA 5OZ1A 2ZJKA 4RLDA 4Y45A 5KQYA 1FQXA 4RCFA 1T7JA 3CYWA 2BQVA 4Y4AA 5OZXA 5COKA 5APRE 3PWRA 4I0EA 5IS4A 3TNEA 3VV6A 2VA6A 2FXDA 3EXOA 5OYVA 4Q1NA 5P2AA 1HVKA 1KJFA 4AMTA 5P6EA 1B6MA 5P44A 3GGUA 4Y47A 3O9DA 5P03A 5P86A 3CIBA 5OZGA 3L59A 3ZKIA 5ER1E 5P51A 3S7LA 3IN3A 5P4RA 1BDLA 5OYRA 4X7IA 1GVXA 4L1AA 1EBKC 1EC0A 1FQ5A 4XXSA 1MSNA 5P8HA 4HDBA 5P5DA 4DQGA 5OZDA 5UPJA 1UH9A 1IVPA 1FB7A 1QBSA 5P4BA 2AVSA 2PK5A 5P0CA 5P5GA 5P4UA 5AH9A 4RGHA 4FCOA 5P23A 4A4QA 3LZUA 1XE5A 1XL2A 5P2WA 3TPRA 1U8GA 4NJTA 2PYNA 5P12A 2G1OA 1K1TA 5P8TA 5P5PA 3OU4A 4GJ5A 4F74A 5P8SA 3HLOA 5P68A 2AZ8A 5COOA 1IVQA 3EL4A 1WBMA 2QI0A 4FAFA 5P79A 2HS1A 3ZPUA 5SY2A 2G1SA 4YD4A 3OY4A 3VV7A 4Y37A 3KDCA 5P2LA 3K5FA 2QMDA 5P1HA 1RV7A 5KAOA 1PSNA 2QI4A 2BPYA 5P32A 3LZSA 1EC2A 5P7IA 4MC9A 5AH6A 5P5HA 3UDQA 2PWCA 4I1CA 5OZIA 4YOBA 2WEZA 1Q9PA 2AOJA 2PK6A 4Y5CA 3VFBA 2HIZA 5P13A 3SKGA 5OZKA 1LYWB 3R1GB 3WZ8A 1QBRA 2P3AA 4OBKA 4J0TA 5OZCA 4ZEAA 5P3FA 4R95A 5P2SA 4I8ZA 2P3BB 5P02A 2OHNA 4OC6A 4Y4TA 2R9BA 5P62A 4RYGA 2A1EA 4ZPGA 2QNPA 4ZSQA 4CMSA 1D4KA 5OZ2A 3KT2A 5P0UA 2HAHA 5AHBA 5P2TA 5P56A 4YCTA 3S45A 4ACXA 4B05A 5DR7A 5P1JA 4Y54A 5P4GA 4EJDA 2G94A 3K5GA 2NXLA 4NPTA 1AIDA 2Q54A 1EPNE 1TSQA 4Y6MA 5DR0A 1HVIA 2QP8A 1GNNA 2QAKA 1YM4A 2V12C 2B8LA 3T3CA 5OYSA 5HCTA 4Y51A 1B6KA 3EM3A 2HB2A 5P35A 4CPWA 4I0HA 3PVKA 4FM7A 5AH8A 3UQWA 5P1CA 3QVCA 3RTMA 3PWMA 2QZWA 2ZDZA 3D1XA 2WECA 3OAGA 4ZSMA 4B1EA 3EKWA 1MESA 3NSHA 5P3CA 5ISKA 1WBKA 1XE6A 1LS5A 4ZPEA 5P6BA 1KJGA 2WJOA 3AUPA 5P6GA 2O4KA 3G70A 1XDHA 3VUCA 5P0BA 4WY1A 4Y5GA 1BIMA 3S43A 2BBBA 3OUAA 2G69A 3K5CA 3N3IA 1D4HA 2QI6A 4OBZB 4B70A 2QHZA 2HPFA 2CEJA 5OZUA 2OHQA 3FSMA 2VKMA 1RQ9A 5PEPA 1FEJC 2WEBA 1C6XA 5E5JA 1PFZA 5P31A 2IS0A 2NMZA 3TKGA 5P6WA 3QIHA 5P0XA 5P3ZA 3NDUA 4LXKA 5P4FA 5P7DA 5P5TA 4MC2A 3OQAA 5DGUA 3BGCA 5HDXA 3RTHA 5P1RA 4Y3FA 4JECA 1HTFA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P3S A;  5P80 A;  3PRS A;  3ST5 A;  3OAG B;  5P3J A;  1CPI A;  3MSJ A;  3ER5 E;  3LIX A;  3GI4 A;  5P6H A;  4NPU A;  5P5U A;  4TRW A;  1HVL A;  3R0Y A;  4DQH A;  4D85 A;  2IDW A;  5SXN A;  3A2O A;  1AJX A;  3SA8 A;  5P4Z A;  3N4L A;  5OYT A;  1HPO A;  5P0G A;  3SO9 A;  1AZ5 A;  1FFF C;  1T7K A;  3HW1 A;  3EKX A;  2NXD A;  4BEK A;  2VJ7 A;  6UPJ A;  5P4K A;  3PSG A;  4YBI A;  3EKQ A;  5P3O A;  1B11 A;  3EKY A;  1BVG A;  1PSA A;  5HE7 A;  5P54 A;  5P1D A;  3KFS A;  1RL8 A;  4XKX A;  5P8G A;  5P6J A;  3OHF A;  5P17 A;  5P30 A;  3OXV A;  5P1L A;  5KQZ A;  5P2E A;  3O9F A;  3UDP A;  4JOO A;  1IZH A;  4J1H A;  1APW E;  4HZT A;  1EPP E;  5P2D A;  2HC0 A;  3VV8 A;  2NMY A;  1LF4 A;  2I0A A;  1Z8C A;  4HEG A;  2A4F A;  3LIQ A;  5P1O A;  4PPH A;  5P7H A;  5P8U A;  3ZKG A;  5P2R A;  3VLB A;  2H6S A;  2F3F A;  1EBW A;  5P3N A;  1T6E X;  1HTR B;  4J0Y A;  2JYS A;  3ZKQ A;  1FMU A;  2ASI A;  3GW5 A;  3LHG A;  4B77 A;  5OZN A;  1QBU A;  3KF0 A;  5P7T A;  1A8K A;  1WKR A;  4Q1W A;  4Z4X A;  5OYU A;  3KDD A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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