3B7VA

Hiv-1 protease complexed with gem-diol-amine tetrahedral intermediate nlltqi
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Caught in the Act: The 1.5 A Resolution Crystal Structures of the HIV-1 Protease and the I54V Mutant Reveal a Tetrahedral Reaction Intermediate.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1 bh10
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-10-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3b7vA00
5P4NA 5P5OA 4KB9A 3ST5A 3M9FA 5P82A 4J17A 5P4WA 4YE3A 4D89A 5P17A 4EHCA 3LINA 3T6IA 1QRPE 1MT9A 4EQ0A 3UDKA 5KAOA 5P89A 1HEFE 1YG9A 2ER9E 2OHUA 2QI0A 3N4LA 5KQFA 4ZPEA 5P58A 1QBSA 5P7OA 3Q70A 4DQGA 3FNSA 4GJ7A 1DP5A 3EKQA 5APRE 2QU3A 4Y3TA 5BWYA 3NXNA 3URJA 5P3XA 5OZ4A 1VIJA 5P7KA 3HLOA 3ZKMA 1PSAA 3KFSA 4AA8A 3OHFA 5JFPA 5I3XA 2WL0A 4TRYA 5P87A 2OHSA 4NJVA 3DUYA 1FB7A 3CIBA 5P3LA 5OZ2A 1GVTA 5P4BA 1FQXA 3MXEA 2FXEA 1D4HA 4YD3A 5P8MA 3EXOA 2A1EA 3VV7A 4PZWA 5EZXA 1T3RA 5P6UA 1XE5A 4LP9A 5P3OA 5P6PA 3MXDA 4APRE 2G1NA 2WECA 2ZHVA 4I11A 2AQUA 5P1BA 2OF0A 1XS7D 3AIDA 5P5RA 5AH7A 3PSYA 4Y3QA 3UDQA 4Y56A 5DGWA 1ZLFA 1KJ7A 2ER7E 5P1LA 5P6SA 2P3DA 2P3AA 5P4VA 3NDXA 3LPJA 5P2DA 4H3FA 4F74A 2RKFA 3ZKXA 5P43A 4CPWA 5P31A 5P02A 1FF0C 1HOSA 2HS2A 4Y3XA 4JPCA 3TOFA 5P6TA 1LV1A 5KQYA 4EJ8A 5UPJA 2QZLA 3PSGA 1BDRA 5P1IA 3MSKA 3O9BA 3H5BA 4LXKA 1A30A 3TH9A 3L59A 4DJOA 4Y3HA 1SGUA 1HXWA 5HVPA 3R4BA 5P23A 1EPME 4Y43A 5P86A 5DR7A 2P4JA 3G70A 1HVLA 5P4YA 4I8WA 3VYEA 3FIVA 5P5UA 2AOIA 4Y3JA 4GJ8A 5P8TA 2IKOA 4IVSA 4XX4A 4I0FA 5P6ZA 5P12A 1FLHA 4I0ZA 1HTFA 4FRSA 5P25A 5P22A 5KR8A 3LIVA 4NKKA 2ASIA 1ZJ7A 3ZMGA 1ER8E 1LYWA 5P46A 2WEDA 4RRSA 3BXSA 1GVUA 3DV1A 3WZ7A 3S8IA 3D1XA 5HU0A 3FV3A 5P55A 3SA4A 2VIEA 3IVHA 2R43A 1E81E 2QAKA 4ER4E 5P1PA 5P0KA 3PEPA 2NXDA 5P7WA 5P2KA 1PSOE 2QP8A 5P3DA 1F34A 5P7UA 5P71A 3VF7A 2RENA 4ZIPA 3MSJA 1LYAA 3O9GA 5P1JA 1SBGA 1E82E 4EWOA 4K4RA 6FIVA 1BILA 2QZXA 5P7AA 5P8AA 1MTBA 1MPPA 3PCZA 2QI4A 4PPHA 2I0AA 2ER0E 5P44A 1HXBA 2VIZA 5OZZA 5P2JA 1HVSA 5P3KA 3EM4A 5P62A 3SKGA 1K6TA 1E5OE 3ZPSA 4DPIA 3VUCA 1ODWA 3OQKA 1HTEA 4FL8A 5OZEA 3Q6YA 3S54A 1D4KA 5P5BA 3UQRA 5I3VA 4Y50A 5P8CA 3D1ZA 3KFNA 5OZGA 1MRWA 5COOA 5P26A 4DPFA 2PMAA 3L5DA 4YCKA 3BUFA 5OZBA 1FGCC 1UH8A 5P45A 3VF5A 2PYNA 5P0QA 3D91A 1FFFC 4MC1A 5P2HA 2OHLA 1OEXA 5DR8A 5P1AA 3H0BA 4Q1XA 5P41A 2Q54A 3RTNA 4L1AA 1MESA 3PMUA 1HIIA 3KDBA 2R3WA 3LPKA 5P56A 4H3JA 3CYWA 3OK9A 5KQXA 4I0DA 2G21A 6UPJA 4A6BA 2R9BA 4DJXA 3RTHA 4B72A 1C6ZA 5P3BA 5I3WA 5OYWA 1FEJC 4YD4A 3ZKSA 5P0HA 4PYVA 5P35A 3O9DA 3TNEA 3CKRA 5P4UA 5AHBA 5P4EA 4Z2ZA 1EPNE 3CKPA 1ZBGA 2I1AA 4UPJA 2BKTA 3DM6A 1BWBA 4Y4UA 1D4IA 2VA7A 2CEMA 3TLHA 5HE7A 5P4ZA 3Q4BA 2WF2A 4M8YA 3FKTA 1M0BA 3HD8A 2PYMA 1G35A 3QIHA 2QNNA 4Y3WA 2VKMA 3EMYA 4FIVA 1EPLE 2J9JB 5P8BA 3SO9A 4ZSQA 3ECGA 2WF0A 3KA2A 3VCMA 5OZAA 3F9QA 5P3TA 1SIVA 3PBDA 2PH6A 4TVHA 4X7IA 2V0ZC 4K8SA 4QJ7A 4D83A 3SM1A 2G24A 4I0JA 5P1FA 5P6CA 4BFDA 4KUPA 3A2OA 4OBGA 1LF4A 2QNPA 1W6IA 4OBZB 4Y5CA 2H6TA 5HD0A 5JFUA 5HDZA 4DUSA 1EPRE 4LC7A 4YDFA 3KF0A 2AOJA 1MERA 3OQDA 4Y3LA 2B8LA 4GB2A 4HDFA 5P3ZA 5I70A 1ZTZA 1MT8A 2IS0A 4U7VA 1TSUA 5P7YA 3QVIA 1W51A 4FLGA 4OBKA 3IVIA 5P5SA 1HBVA 5P1CA 2WKZA 1QBRA 4L7HA 4OBDA 5P5DA 1ZPKA 3NDTA 4J1HA 4OD9A 5P6RA 3BGBA 5C9DA 3EC0A 5P00A 2IKUA 2EWYA 4JPEA 4Y44A 1HSHA 3OTSA 3S85A 3O99A 5P0GA 2QCIA 1LF2A 3GGVA 4J5JA 2AVMA 1MIQA 5P5WA 4RCDA 3PSUA 3OY4A 4ZSMA 5P5YA 3BUHA 4J1EA 1BBSA 4DVFA 1CPIA 5P1UA 1W6HA 5P11A 2Q63A 3I2LA 5P6KA 4LXMA 5P81A 5P8GA 5OYSA 5OZ5A 5P6QA 5HCTA 1W5VA 5P7IA 2F80A 4R5NA 1XL5A 4K4QA 5P0YA 3RSXA 3EKXA 2ZHUA 3L38A 5P0CA 1LEEA 5P5LA 3QS1A 3OU1A 4EYRA 1IIQA 4Y57A 5P6EA 2OHMA 5P1MA 1APTE 1SIPA 1KJ4A 1ODYA 4J55A 3OGPA 2R5QA 5OZ1A 5P4DA 5P7CA 1BDQA 3BVAA 5P2BA 5P4CA 4I0IA 5P2GA 5P24A 1B6MA 3KT5A 5P0XA 4ER1E 3IGBA 5P36A 5P4PA 3LITA 3NDWA 4EJKA 1YTGA 5P7DA 3NUJA 5KR2A 2V00A 5P05A 5C9FA 4RVIA 2BKSA 4PZXA 5P7PA 3SAAA 1APWE 5SY3A 3TL9A 3GI6A 2ZJNA 3L5BA 5P3QA 1DW6C 3OXXA 1RPIA 3INDA 4Y5MA 4DH6A 2JJJA 3IXJA 4KE1A 5P2QA 5P4XA 5OZIA 4K9HA 5P83A 2HC0A 5P8EA 2VIJA 4J1FA 3SA6A 3O9LA 1J71A 3O9CA 5P1RA 5DR4A 2FDDA 1MSMA 4Y51A 3OU3A 4YBIA 4I12A 3ZKQA 3NWQA 1B6PA 1YT9A 5IS4A 1IZIA 3TKGA 3SM2A 5P5ZA 3C9XA 5P3PA 4CPUA 1GNMA 3KMYA 5P8UA 2ZGAA 3SA3A 3T7XA 1G2KA 5DQ1A 1U8GA 2OHTA 5P4LA 5P3AA 3UQPA 5P2UA 4HE9A 1B11A 3JVYA 4B1CA 2SAMA 2PSGA 4WY6A 5P7LA 1GNOA 4GJ6A 4QJ2A 3HVPA 5P16A 1Z1RA 1A8KA 3FNUA 4AUCA 4FRJA 1NPWA 5OZXA 2NMZA 4LBTA 3UDMA 2AZBA 4FAEA 5AHAA 3ZOVA 1HPSA 2P3BA 2QD7A 2VS2A 3LZYA 2BQVA 2G22A 4AA9A 3VSWA 4S1GA 2AVOA 2QZWA 2HPFA 1A9MA 2JJIA 5P2IA 2JXRA 3LIXA 5SZ9A 4B00A 1SP5A 2Q15A 5TOLA 2FXDA 1FIVA 1W5WA 5P72A 1ZAPA 1QS8A 1C6XA 3PLLA 2BJUA 4Y3EA 3FSMA 5P7RA 3GW5A 1WBKA 1LYBB 1KJHA 2PWCA 4GZFA 3OUBA 5KOQA 3EBZA 5HTZA 1BXOA 2OHNA 4NJUA 5DR0A 4L6BA 5P4QA 2I4XA 4OBFA 2FIVA 4Y45A 5P8IA 2BPXA 2A4FA 4Y4JA 5P69A 1DIFA 5P6JA 5OYYA 5SY2A 5CLMA 1NPVA 4CP7A 4M8XA 5IVRA 1TCXA 5OZNA 5OZUA 3WB5A 2UXZA 5ER2E 4DI2A 1IBQA 5HE4A 2XFKA 5P2ZA 3QAAA 4GJ9A 3G6ZA 4RCEA 4Y38A 5P1WA 5P8PA 1EBZA 4I1CA 1TZSA 4PEPA 2ZJMA 1AJVA 4YCYA 1T6GA 5P51A 2UY0A 5P0WA 3K4VC 3TOHA 3EL1A 2O4NA 5P3WA 3KM4A 5P7XA 1FQ4A 1WBMA 4NJTA 4HDBA 3K5FA 4J54A 4DV9A 4FM7A 1Z1HA 5OZRA 5P20A 5P15A 4Y4EA 1TSQA 5OZLA 4H1EA 4EXGA 4D85A 1ME6A 5OZOA 3KDCA 1LYBA 4NPUA 1HVHA 3VFAA 4F75A 3OADB 5P60A 5P38A 4B70A 4H3GA 5P6FA 2R5PA 3K5DA 3MSLA 5ISKA 4NJSA 4Y3DA 5P4SA 5P2YA 4J0TA 4XKXA 4Y35A 4TVGA 5P7BA 4EPJA 1TCWA 2IGXA 5JODA 2IEOA 3UDRA 5P5HA 3QI1A 1EPQE 5OYUA 4GYEA 5P7TA 1RQ9A 4DQCA 4Y5LA 2F3KA 2OHQA 5P2EA 4R91A 5P5AA 1F7AA 1UH9A 3PB5A 3SLZA 4YDGA 4NPTA 4MC2A 3HBOA 2I4WA 3KT2A 3JW2A 2Q11A 5P3FA 3TPLA 4DJQA 1XN2A 1HWRA 2FDPA 2NNKA 3O9FA 3OOZA 2NXMA 3IA9A 3QRSA 3ZKGA 3UPJA 2XFIA 5ISJA 2XYFA 3UFLA 1SDTA 2OHRA 3I8WA 4Y4TA 1NPAA 2I0DA 3APPA 4Y5KA 5P7GA 3D20A 4K4PA 1HVJA 3O9EA 1HPOA 1ZSRA 4Y54A 5P49A 2O4SA 3ZL7A 3OUDB 5CONA 5OZ6A 1BVGA 5P8FA 3SFCA 5P3HA 5P30A 5P8QA 4CKUA 5P5QA 4B78A 1YM2A 5P18A 1EEDP 5P74A 3OTYA 1SMEA 5ER1E 2H6SA 3PMYA 3CIDA 6APRE 3EKTA 1SGZA 4RCFA 1W5YA 1HHPA 2NMYA 1Z8CA 1T7JA 3EL0A 4ZSRA 2PC0A 3NU6A 4Q1NA 2RKGA 3BXRA 3IAWA 4Y3PA 5DQ2A 3ZKIA 1PSNA 2WHHA 1MVPA 3QPJA 5P5NA 3OAGB 2QZKA 2QMDA 2AVQA 1YM4A 2HPEA 3K5GA 4RVJA 4Y53A 3CICA 2G1OA 3B80A 3R0YA 5P1XA 3TPRA 3UDYA 4Y3YA 3K1WA 5ENKA 4IVTA 1META 5P7NA 3B7VA 5OZFA 5P65A 5P13A 4TRZA 4GJBA 2ZJJA 5HDVA 1IDAA 3KDDA 1CZIE 5P33A 3BVBA 4YA8A 5P10A 2PQZA 1BWAA 1E80E 5P5IA 1PPLE 5P6LA 3CYXA 3S7LA 5P5MA 3R2FA 3U71A 1JLDA 3NLSA 4J1IA 5P3RA 5E5KA 2AZ8A 4A6CA 2XFJA 1B6LA 5DQ5A 4E43A 5P1YA 1FQ7A 3EL4A 3TOGA 1D4YA 1TQFA 5IE1A 5P1ZA 5P79A 4ACUA 3UDHA 3UDPA 3UF3A 2ZYEA 2AVVA 1K2BA 9HVPA 5P0TA 3L5CA 4U8WA 3G72A 2ER6E 1EBKC 3T3CA 2FS4A 2PWRA 2ZHSA 1B5FB 3LZUA 1YTIA 5P4OA 3PHVA 5BRYA 3T7PA 2WEAA 2G26A 3EL9A 2V12C 3NYGA 3QBFA 3PRSA 3QN8A 5DPZA 2B60A 2ZJLA 5P08A 3VG1A 2WF4A 4Y5GA 3URIA 1N49A 1XDHA 2WF3A 2O4KA 5OZCA 1FQ6A 5P1VA 3LZVA 5P1SA 2VJ6A 3OU4B 3KYRA 5P6AA 2AZ9A 3I25A 3S43B 2FGUA 3OXVA 5P4FA 4RVXA 1GVXA 5P8HA 2I4VA 5P0RA 5P84A 2FNSA 2OHKA 3BRAA 5P8LA 1A94A 5P53A 1BXQA 5P8SA 4MC6A 2HIZA 2G1RA 2NXLA 3PCWA 4Y48A 4J1CA 3GI0A 5P0PA 1SMRA 2NTRA 5P0SA 1ZP8A 2J9JA 5P4IA 3OHHA 4RRNA 4F76A 1K6PA 4Y4ZA 5P2CA 3DCKA 4EXHA 3SA5A 1KZKA 2V13A 3VYDA 5P2SA 1AXAA 1K2CA 4GJCA 3QRVA 1NH0A 5ENMA 2QI3A 4D8CA 2G1SA 3PWRA 4YD5A 2WF1A 5P4HA 3DOXA 5OYZA 2F3FA 4FGXA 3NWXA 5P1GA 2B42A 1DMPA 1K6CA 3JVWA 3S45A 5P7MA 5P2TA 4QJAA 2IRZA 5P7SA 5HDUA 1AAQA 5P4TA 3K5CA 4OBZA 1PPKE 2G20A 1HVIA 3OU4A 5P6MA 4Y4AA 3VYFA 4YD6A 5P06A 2ZHTA 2FMBA 4BEKA 5P0VA 3SPKA 5P5TA 3VLAA 2QU2A 4QJ6A 4OC6B 4DQHA 5OZSA 3RVIA 5P5PA 3QROA 4RROA 5HU1A 4B05A 5P19A 2AODA 5P4JA 4DJYA 3UTLA 1KJGA 1SH9A 5P48A 4Z22A 5P0ZA 2VA5A 5P7FA 2R8NA 5P75A 3O9AA 3RSVA 4AMTA 3BGCA 3UDNA 3S56A 2UPJA 5P6OA 4QJ9A 2G27A 2AOEA 1BV7A 4Q1YA 4RLDA 3UDJA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P4N A;  5P5O A;  4KB9 A;  3ST5 A;  3M9F A;  5P82 A;  4J17 A;  5P4W A;  4YE3 A;  4D89 A;  5P17 A;  4EHC A;  3LIN A;  3T6I A;  1QRP E;  1MT9 A;  4EQ0 A;  3UDK A;  5KAO A;  5P89 A;  1HEF E;  1YG9 A;  2ER9 E;  2OHU A;  2QI0 A;  3N4L A;  5KQF A;  4ZPE A;  5P58 A;  1QBS A;  5P7O A;  3Q70 A;  4DQG A;  3FNS A;  4GJ7 A;  1DP5 A;  3EKQ A;  5APR E;  2QU3 A;  4Y3T A;  5BWY A;  3NXN A;  3URJ A;  5P3X A;  5OZ4 A;  1VIJ A;  5P7K A;  3HLO A;  3ZKM A;  1PSA A;  3KFS A;  4AA8 A;  3OHF A;  5JFP A;  5I3X A;  2WL0 A;  4TRY A;  5P87 A;  2OHS A;  4NJV A;  3DUY A;  1FB7 A;  3CIB A;  5P3L A;  5OZ2 A;  1GVT A;  5P4B A;  1FQX A;  3MXE A;  2FXE A;  1D4H A;  4YD3 A;  5P8M A;  3EXO A;  2A1E A;  3VV7 A;  4PZW A;  5EZX A;  1T3R A;  5P6U A;  1XE5 A;  4LP9 A;  5P3O A;  5P6P A;  3MXD A;  4APR E;  2G1N A;  2WEC A;  2ZHV A;  4I11 A;  2AQU A;  5P1B A;  2OF0 A;  1XS7 D;  3AID A;  5P5R A;  5AH7 A;  3PSY A;  4Y3Q A;  3UDQ A;  4Y56 A;  5DGW A;  1ZLF A;  1KJ7 A;  2ER7 E;  5P1L A;  5P6S A;  2P3D A;  2P3A A;  5P4V A;  3NDX A;  3LPJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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