3BC4A

I84v hiv-1 protease in complex with a pyrrolidine diester
Total Genus 16

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNVIGRNLLTQIGCTLNF
Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
S1 (10-15)TIV1 (5-8)O1 (8-10)S2 (18-24)S5 (53-66)S7 (84-85)TI1 (25-28)AH1 (87-93)EMPTYS4 (42-48)S6 (69-77)S3 (32-33)O2 (78-80)TVIII1 (80-83)TIV3 (49-52)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus type 1
publication title Targeting the open-flap conformation of HIV-1 protease with pyrrolidine-based inhibitors
pubmed doi rcsb
molecule keywords protease
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2007-11-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3bc4A00
3OQ7A 4EYRA 3L5EA 3OY4A 4B72A 1N49A 5P06A 1PSNA 5OYWA 5ISKA 5P4GA 5P7RA 1W5VA 4DQEA 5P04A 5P52A 4OBJA 1FG8C 2R8NA 3JVYA 3OQDA 4J1KA 4LL3A 1B5FB 4OD9B 4DPIA 5P8EA 2AVOA 3EL5A 3UFLA 5P22A 5P4ZA 3KT5A 2QI1A 3BVAA 3RU1A 1YT9A 2OHNA 4RCDA 3PSGA 4YHQA 5OZVA 3UDHA 3TH9A 3K5CA 4PYVA 1RNEA 1HTFA 1ODYA 3AUPA 2ZDZA 4Q1WA 2QHZA 4J54A 5P70A 4Q1XA 4RCEA 5OZQA 4RLDA 2AQUA 4DJRA 1HBVA 3D91A 2HB4A 3PBDA 1E81E 2AOJA 4Y53A 4QJ6A 5P1IA 3UHLA 4Z22A 3SKGA 3K1WA 2WEZA 5P5JA 3VF3A 3IVHA 3HDKA 3HVPA 2FLEA 1IZIA 2VA5A 3FIVA 2UXZA 5P89A 3S45A 4JP9A 1Z1HA 4Y50A 4R95A 5SZ9A 2R43A 2ZJHA 1K2BA 1LEEA 4TRZA 2QI6A 5KR8A 5P7IA 3O99A 4CPTA 2AVQA 1D4JA 2IQGA 1PPLE 3H0BA 1Z8CA 4Y47A 4FRIA 3FV3A 2OHSA 4GJBA 3M9FA 5P8BA 1KJFA 5HDXA 4S1GA 5AH7A 5P0LA 3CKTA 6FIVA 3L38A 1LYBA 5P65A 2ER7E 4FM6A 2AVMA 2F3KA 3UF3A 4I0HA 5DR3A 2BJUA 1A8GA 3OQKA 2IENA 4EJDA 2BPVA 5P13A 3MSJA 5P7NA 2NNKA 1OD1A 5P2TA 3S8IA 4KB9A 4KUPA 5DQCA 5P0KA 4DJOA 5HU0A 3VFBA 4TRYA 3Q4BA 4FAFA 1NPWA 5TOLA 3UDMA 4HLAA 1PPKE 5P3CA 5P8IA 5P26A 2QCIA 3LIQA 2PSUA 3SPKA 4QJ2A 3S56A 5KR0A 4PHVA 5HVPA 3LIVA 3QRSA 3SA8A 7HVPA 4H3IA 4ZLSA 1A30A 1BBSA 4Y4TA 4AZYA 4F75A 5P2SA 4MC6A 4YD6A 2AZ8A 2WEAA 5P28A 5P7BA 5P2NA 2IGXA 5P7ZA 5P5HA 3SABA 1YTIA 4Z4XA 1B6JA 4AA9A 5HE7A 1QBSA 4DJXA 3N3IA 5HD0A 3TPPA 3UQUA 5P30A 4FM7A 5JG1A 1FG6C 4YBFA 3WZ8A 5P2HA 2AZCA 3NWXA 2ER9E 2P3AA 3CIDA 4I8ZA 1D4HA 4HA5A 5KOQA 5P40A 1MEUA 3LZYA 3NUOA 3K5FA 1APVE 1ZPKA 4FS4A 5P3LA 3EKWA 1U8GA 4K8SA 1ENTE 3KM4A 1MT8A 3UQRA 1IZEA 2HPFA 1BAIA 3Q5HA 3CMSA 1QBRA 3MSKA 5P25A 5C9DA 3FNUA 5P0JA 1K6TA 4RYGA 4Y3AA 4DJPA 3VV8A 5P53A 3D1XA 4K4QA 4CPRA 1AVFA 3B7VA 5P39A 4L7JA 2I4WA 4PZWA 4QGIA 1HVKA 5P1CA 4D8CA 4Y3LA 3KN0A 2AOHA 2ER0E 4GJ7A 2QNPA 5P0EA 3NSHA 5P51A 5P24A 3VLAA 5OZJA 4B1CA 2JJJA 3UQWA 1HVLA 5P7EA 1GVWA 4FRSA 2Q15A 2IEOA 2Q5KA 4Y3DA 5P78A 1AIDA 2B7ZA 2H6SA 1VIJA 5P8FA 3GI5A 3SA4A 1OEXA 4Y39A 3D1YA 2CEJA 3GI4A 2R38A 3OU3A 5OYUA 3S2OA 4L6BA 4XKXA 5C9FA 2O4LA 2FGVA 4NJSA 3SLZA 5HCTA 5DQ4A 3RTHA 1HEFE 5P6LA 5P4IA 5P5NA 5P8SA 3RTNA 3S54A 2NPHA 2QU3A 4EJLA 2BKSA 1MSMA 3CKPA 4FGXA 4CPUA 3URIA 3BRAA 5P4OA 4I0DA 2EWYA 2PYNA 1G35A 2PWRA 2IGYA 3OTYA 2XYFA 4CPSA 3LZVA 2QNQA 3L5CA 2Q3KA 3I25A 1K6CA 4RRSA 3GGUA 3EKQA 9HVPA 1RV7A 2ZE1A 3GW5A 3LIZA 4J0VA 2BKTA 1G6LA 5COPA 3NDUA 5P5AA 1D4IA 3Q6YA 1T7KA 5HE5A 5P3UA 3JVWA 1FQ5A 1W6IA 3KDDA 3NU5A 5CONA 2R3TA 5AHBA 5P7UA 4L7HA 4I0EA 4TVHA 1APTE 1FQ7A 4ZSQA 5P49A 5P83A 3LNKA 4GJ8A 3WZ6A 3KA2A 5OZ6A 3T6IA 2QZKA 3URLA 3QRVA 4OBFA 3SA6A 5P12A 4I11A 1IZHA 5J25A 4N00A 2JJIA 5EZXA 3OU1B 1ODWA 3SAAA 1W5WA 1LZQA 5P64A 4DQBA 1LYWA 5P2EA 2WF2A 3BC4A 3QBFA 4LXKA 5P7LA 2AVSA 5P17A 3S53A 1B6LA 5P4XA 5ER2E 5P7TA 3BHEA 3L5DA 3OGQA 3UQPA 5P0MA 3PWRA 5P8TA 5P31A 4Y4BA 3OAGB 4EWOA 5OZZA 2IDWA 2V0ZC 5P72A 1META 5HDUA 1TCXA 4TVGA 2OF0A 2P3CA 5OZRA 2QI3A 4PEPA 5P8UA 5ENMA 3VUCA 2SAMA 3ST5A 1KJGA 5P1WA 1HPOA 4YE3A 4R91A 2VIZA 4OBZA 5P07A 3UTLA 1DPJA 1W5YA 4J1EA 4B1EA 2O40A 2AOEA 4DUSA 3LPKA 3ZPUA 3PMUA 1ZP8A 2B60A 5P7OA 2VS2A 3DM6A 1M43A 1YTGA 1QBUA 5DGUA 3T11A 3G72A 5OYTA 2P4JA 2G1YA 3O9BA 4QJ7A 3KFSA 3S7LA 4HE9A 1SH9A 5KOSA 1K1TA 3URJA 4F73A 3ZKGA 3ZPTA 5P54A 3PGIA 2BB9A 5P4EA 5P57A 2PK6A 4LAPA 4RROA 3Q70A 4RCFA 2G1SA 4WY1A 4Y3GA 3HLOA 3U7SA 3OUDA 2P8HA 3QIHA 5P77A 3QI1A 1BV7A 1GNMA 3LIXA 5OZNA 2PH6A 5DQ1A 5P1QA 5DR0A 2A4FA 4Y6MA 3QRMA 4ZIPA 1SMRA 2ZHTA 4GIDA 4Y4ZA 6UPJA 4AMTA 3VFAA 5OZCA 3NDWA 4ACUA 3VYFA 3CIBA 3BUHA 5COKA 5P62A 3KYRA 5P0RA 5P8RA 5EZZA 5P3PA 2ER6E 4J0YA 2QK5A 1W5XA 2WF0A 2I0AA 3ER5E 5OZEA 4OBHA 1AJVA 5P5LA 2B8LA 1FQ8A 5P7YA 3ER3E 4QLHA 2FDDA 2J9JB 1FEJC 5OZFA 1YTJA 5P5MA 2WF3A 5P5FA 1MSNA 5P63A 2V00A 5P1EA 3I6OA 1SBGA 1YTHA 3SA7A 2OHUA 5P73A 3D20A 4CKUA 3UDRA 4EJ8A 3C9XA 2QD8A 3APRE 5P0XA 5P61A 1NSOA 5P82A 4DV9A 3HD8A 5APRE 3IXJA 2AZBA 2OHMA 2G22A 2V12C 1C6YA 5P6ZA 5P32A 3OUCA 3O9DA 5P7WA 1VIKA 5P4TA 2G20A 2G69A 4YOAA 1GNOA 1ME6A 3WSJA 2H6TA 4Y5AA 3NU9A 4ER1E 2G26A 3TKWA 5P50A 3PWWA 3ZKQA 4EHCA 2OHLA 5KQZA 2HAHA 1SIVA 3EM4A 5P29A 1BIMA 2HS2A 1TSUA 1A9MA 3NR6A 2QI0A 1BV9A 3O9GA 2G94A 4Y3SA 5IVSA 2XYEA 1APUE 3OWNA 4Q1YA 4BEKA 3EL4A 5SY3A 4Y4XA 1BWAA 5P15A 5P4PA 3LITA 4J0ZA 4HDPA 3L3AA 5OZ4A 3NDXA 5JFPA 3CYWA 5PEPA 3KFPA 5P6TA 5OYSA 4Z50A 3EC0A 2OHRA 5P88A 4A6BA 4Y4EA 2PQZA 5P7HA 3HVGA 4NJUA 5P0HA 3VEUA 2NR6A 5P71A 5P2VA 1D4LA 1HVRA 4A6CA 1EPLE 1FQ6A 1C6XA 3O9LA 5FIVA 3FKTA 5P0PA 1UPJA 2APRA 4I0FA 5OZAA 1M0BA 3QS1A 1E82E 2BPWA 4FRKA 1B11A 3QVIA 5P1VA 4Q5MA 3VSWA 2RKFA 4H3FA 2WEDA 5P2YA 4FCOA 1SDTA 4DVFA 1MESA 2V16C 4R93A 3KMYA 3PSYA 1XL5A 4DJWA 4Y3TA 5P6CA 5P5YA 2PMAA 4F76A 4GMIA 5P4BA 5P6AA 3RSXA 1D4SA 5I3WA 2WF1A 5OYZA 3FSMA 5P8QA 5OZHA 3JW2A 5IVQA 5P6FA 7UPJA 2P3BA 5P09A 2AZ9A 5P0UA 3TPRA 1K1UA 3OU1A 5P81A 2VKMA 3QROA 4M8XA 2ZHVA 3D1ZA 5E5KA 5ENKA 2ZYEA 3G6ZA 5P8NA 1HHPA 4MC1A 5P5RA 3L5BA 1YM2A 2VA6A 3BUFA 5P2LA 1EPQE 5P4FA 1K2CA 3PWMA 5P0SA 3S85A 2QMGA 4GB2A 2VA7A 4L7GA 4Y3HA 4ACXA 1HEGE 5HCOA 5P2XA 5P1SA 5AGZA 4GZFA 5I3XA 1TQFA 3TOFA 2ZHRA 3D3TA 5P8AA 4Y5BA 4OC6B 2I4VA 1FMUA 1ZPAA 4FIVA 4EXHA 4EPJA 3T7QA 1TCWA 1BXQA 2OAHA 1QBTA 4XXSA 1G2KA 5P7CA 5KQFA 4CPXA 3R0WA 2FMBA 4HEGA 2FNTA 5P2CA 4FL8A 1MPPA 4J0TA 3VSXA 2G1NA 3WB4A 3NWQA 3OXXA 4J55A 1KZKA 4L1AB 1HSHA 3SQFA 3KDCA 1EPOE 1SDVA 4BELA 3DCRA 2NXMA 4Y58A 3PM4A 3PCZA 2RSPA 5P5BA 4Y4WA 1B6MA 3UPJA 1SGUA 2VIYA 5P4QA 3LHGA 3O9FA 4Y5CA 3PVKA 1LF3A 1EC3A 2ANLA 1CZIE 3MXDA 3O9EA 3MWSA 2PK5A 5P2IA 3KFRA 5P4DA 3VF7A 3IGBA 5OYVA 4ZSMA 1GVUA 5I70A 5P34A 4MC2A 4FRJA 3TOGA 4DPFA 5COOA 2I4DA 4K9HA 3TNEA 5P03A 5P2GA 1FQ4A 1BXOA 3AIDA 4GYEA 5P3SA 4B77A 5P1DA 1TW7A 2HC0A 5P38A 4NJTA 3LZSA 4M8YA 4ZPFA 4Y57A 2J9KA 5P5EA 3LINA 5OZSA 4F74A 3HZCA 5P1BA 4Y54A 1T7JA 1APWE 5P1LA 3EM6A 1ZBGA 3KDBA 5P84A 2QMFA 3PI0A 5DPZA 1A94A 1HOSA 2AIDA 2ZJJA 5P8VA 1LYAA 4JPCA 4Y3JA 2V10C 1ZJ7A 2R5QA 3R4BA 4B70A 4FAEA 4Y5KA 5OZDA 2ZJIA 2OHTA 2G1RA 3PJ6A 1BDQA 3IXOA 1BDRA 2QU2A 5OZBA 5F00A 1DAZC 5P6IA 5P3NA 4GJ5A 3EM3A 5P5CA 1RL8A 5OZPA 1HVCA 4EQJA 2IKOA 4YBIA 3K4VC 3DUYA 3EKPA 5KAOA 1FLHA 4AUCA 3IVIA 4Y3PA 4Y3NA 1EBZA 5OZYA 5OZWA 1LF4A 1A8KA 4DQFA 3MSLA 3NDTA 4R5NA 4Y3FA 1CPIA 5IVTA 1F7AA 4R8YA 4HZTA 4KE0A 5P4KA 3GI0A 3U71A 5P0AA 2BPZA 5P02A 5P7JA 1PROA 2ASIA 4TRWA 1B5FA 4Y4UA 4OD9A 1QDMA 4B00A 4Y51A 5P0YA 5C9BA 1FF0C 3UQXA 3ZLQA 2O4PA 4JPEA 5OZGA 2VIJA 1ZAPA 1J71A 2I1AA 5OZIA 5P1RA 5P2BA 1TZSA 4PPHA 5P0IA 3EKYA 2I4QA 1EPNE 2F3EA 3VF5A 4FE6A 5P4WA 2G21A 5P8GA 1HXWA 2VJ7A 3PHVA 5P0OA 4QJAA 3GGVA 1XE6A 2FS4A 4DQCA 3GGXA 4Y4GA 1FFIC 2NTRA 4Y35A 5P7PA 4IVTA 5IVRA 4DJVA 5P3YA 2VJ6A 3OOZA 5P7XA 3O9HA 5P1AA 5P27A 5P35A 4OBKA 3ZKSA 4Y43A 1MTRA 2WL0A 5E5JA 2RKGA 5P6RA 4Y44A 3ZKNA 2Q63A 5P68A 2OHQA 2PH8A 4H3GA 3SM1A 1HTEA 5P7QA 2PSGA 4LP9A 5P3BA 1GKTA 1HPSA 2PWCA 3BGBA 4NJVA 3DOXA 3OUBA 5P8JA 4Y3RA 1HVHA 1IBQA 2FNSA 5OYRA 3ZKIA 5P6BA 5P1XA 5P08A 2JE4A 5P4RA 1T7IA 1W50A 3MXEA 3EKVA 1M4HA 2FDPA 1IDAA 5DGWA 3KF0A 5BRYA 3HAUA 5DQ5A 4NPUA 3L58A 4QJ9A 2VIEA 4B78A 4Y4DA 3VG1A 2QD6A 4DJQA 4OC6A 3VV6A 5OZTA 1AXAA 5P74A 5P6PA 4H3JA 5P6DA 5P6SA 1EC0A 3EL9A 4LC7A 2V11C 1LV1A 1KJHA 5P7DA 1BDLA 5P8KA 1EPME 1ODXA 2NXDA 5P0GA 3OHHA 3SA5A 1EBKC 5P44A 4DQGA 4ZPGA 1B6KA 1DW6C 4J1FA 1LF2A 3UDYA 3GGAA 4I0IA 5P5QA 2WF4A 4GJAA 4ZEAA 4YCKA 8HVPA 5P16A 2I0DA 5P47A 1XL2A 2VNNA 5P11A 3NU4A 3QPJA 1OEWA 5P58A 5P6OA 5P2OA 5P3MA 5P4YA 4OBDA 3ZL7A 2IS0A 5P1MA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3OQ7 A;  4EYR A;  3L5E A;  3OY4 A;  4B72 A;  1N49 A;  5P06 A;  1PSN A;  5OYW A;  5ISK A;  5P4G A;  5P7R A;  1W5V A;  4DQE A;  5P04 A;  5P52 A;  4OBJ A;  1FG8 C;  2R8N A;  3JVY A;  3OQD A;  4J1K A;  4LL3 A;  1B5F B;  4OD9 B;  4DPI A;  5P8E A;  2AVO A;  3EL5 A;  3UFL A;  5P22 A;  5P4Z A;  3KT5 A;  2QI1 A;  3BVA A;  3RU1 A;  1YT9 A;  2OHN A;  4RCD A;  3PSG A;  4YHQ A;  5OZV A;  3UDH A;  3TH9 A;  3K5C A;  4PYV A;  1RNE A;  1HTF A;  1ODY A;  3AUP A;  2ZDZ A;  4Q1W A;  2QHZ A;  4J54 A;  5P70 A;  4Q1X A;  4RCE A;  5OZQ A;  4RLD A;  2AQU A;  4DJR A;  1HBV A;  3D91 A;  2HB4 A;  3PBD A;  1E81 E;  2AOJ A;  4Y53 A;  4QJ6 A;  5P1I A;  3UHL A;  4Z22 A;  3SKG A;  3K1W A;  2WEZ A;  5P5J A;  3VF3 A;  3IVH A;  3HDK A;  3HVP A;  2FLE A;  1IZI A;  2VA5 A;  3FIV A;  2UXZ A;  5P89 A;  3S45 A;  4JP9 A;  1Z1H A;  4Y50 A;  4R95 A;  5SZ9 A;  2R43 A;  2ZJH A;  1K2B A;  1LEE A;  4TRZ A;  2QI6 A;  5KR8 A;  5P7I A;  3O99 A;  4CPT A;  2AVQ A;  1D4J A;  2IQG A;  1PPL E;  3H0B A;  1Z8C A;  4Y47 A;  4FRI A;  3FV3 A;  2OHS A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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