3BC4A

I84v hiv-1 protease in complex with a pyrrolidine diester
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNVIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Targeting the open-flap conformation of HIV-1 protease with pyrrolidine-based inhibitors
pubmed doi rcsb
molecule keywords protease
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2007-11-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3bc4A00
1IDBA 5P2XA 2O4LA 4Y5NA 4R95A 1YM2A 2ZJHA 1NH0A 4K4QA 3ZKSA 7HVPA 1UH9A 5P59A 3BUGA 2QP8A 5HE7A 1PFZA 5OZ5A 3UDNA 5P8UA 4LBTA 2OHNA 5P7GA 3URLA 2XYFA 1BIMA 2EWYA 5P67A 5P00A 1PROA 5P1FA 4RCFA 2G20A 1FFFC 1MIQA 1B6JA 5IVTA 5AH6A 5P0SA 5DPZA 3UTLA 1ZTZA 1HVIA 1Z1HA 3I8WA 2R3WA 5P52A 1W5XA 5P4NA 4Y3TA 3OY4A 4TVHA 3GGUA 1APTE 2I4UA 1WKRA 5HDVA 1EC3A 3AIDA 4Y4GA 2HS1A 1HEFE 5P3SA 1M43A 4DJVA 3OAGA 5P29A 4ZEAA 5ENMA 4DUSA 5P1AA 4BEKA 4JOOA 5P01A 2JYSA 3UPJA 1ER8E 4RZ1A 2R5PA 4Z50A 3HAUA 1G6LA 2NTRA 4RVXA 1PPKE 5P1MA 1BV7A 3OXWA 3LIVA 3VV8A 4J55A 2I0DA 2R3TA 5P1EA 3AUPA 3SM1A 1FF0C 3ZKXA 4DQHA 4FSEA 4Y51A 3IN3A 5P5NA 3UQXA 1ZPAA 5P6TA 5P7FA 3SACA 2HB3A 2P3AA 4NPTA 2G27A 4NJUA 3OQAA 3PWWA 5P7IA 4J0TA 5P87A 4GIDA 3SM2A 4H3IA 5P8IA 3PWRA 5P8KA 5P6PA 5JFPA 4IVSA 2IDWA 1MSNA 5TOLA 1PSNA 4ZPEA 2IKUA 2PSUA 2QMGA 4Y5CA 1FB7A 5P13A 5P0AA 1AIDA 1EBYA 1LF4A 4ZIPA 1MUIA 3T3CA 3APPA 1HHPA 3VSWA 2JE4A 5P7JA 4OBDA 2ZGAA 4K8SA 3R0WA 4L7JA 2G94A 3BHEA 2G1YA 4FRIA 4I10A 5ER2E 4TRYA 5P55A 4FGXA 1FQ6A 4RROA 4Y3HA 1OD1A 4RVIA 3OUBA 5P75A 5P3OA 2FNSA 1EPRE 2ZHUA 2FNTA 5P8FA 5EZZA 2QZKA 5P08A 5JODA 2CENA 2ZJJA 4PPHA 4OBJA 5P10A 5P7TA 5P2JA 2OHSA 3PRSA 5P2KA 4YA8A 1FG8C 5KOQA 3JW2A 3BVAA 4DI2A 3RTMA 3NUJA 3EC0A 1W50A 4R92A 4RGHA 2I1AA 1BDQA 4WTUA 5OZZA 3NU9A 2F80A 1SDTA 3OADB 2AOHA 1HVKA 5OZXA 5P41A 4EXGA 3SA6A 3NXEA 5KR8A 2PH6A 5P8AA 1F34A 1YTGA 5P4SA 5P1OA 1DPJA 5P64A 3FKTA 1K6PA 3PB5A 3L59A 1AJXA 4OBKA 5P83A 4DQBA 4YE3A 2F3EA 5P3FA 1MT9A 1QBTA 3LIZA 5P63A 5P12A 1HSHA 2HB4A 3ER3E 5OZKA 3TL9A 3QPJA 5C9DA 4FM6A 3EM4A 2R8NA 5AH7A 5P2MA 2OF0A 5P39A 3OTYA 4FSLA 2QNNA 5P8GA 5P7PA 4EJDA 4X7IA 2NXDA 1B6MA 5P4IA 5P6VA 4D8CA 1QS8A 3U7SA 5OZWA 2BJUA 2QMFA 5P40A 3T7QA 2I4VA 4JP9A 5P5BA 5P7BA 5P8SA 5P7YA 5P6AA 4Y4TA 3UDJA 4GJCA 3NWXA 3R1GB 5P16A 1HIHA 5P0LA 5P73A 5P1KA 4Y5MA 3ER5E 5P2EA 5P5KA 2IS0A 3B80A 1GKTA 5P6CA 2I4QA 4QJ2A 5HDUA 3PSUA 4AA9A 3TPLA 5P15A 3D1YA 1RQ9A 2V12C 5OYSA 1HRNA 2VNMA 2WECA 3PCWA 2F3KA 4Y3YA 3MSJA 2O40A 5AHBA 1VIJA 4D89A 4EPJA 1GNOA 2QZLA 4OBZB 5P7MA 5T4SA 1HTRB 3URJA 3S54A 2WEAA 5P1RA 2ZHVA 1IZHA 5P3GA 1HIVA 2QD6A 3K5DA 3VFAA 4FCOA 1FMXA 2IKOA 2UPJA 2WL0A 5P3BA 5P7NA 5P1WA 5I70A 1K2BA 3S85A 5P6FA 1J71A 3QS1A 1D4JA 5P4PA 3WSJA 1YT9A 1RL8A 3BXRA 3PSGA 4CPRA 1PSOE 5BS4A 4Y5KA 3G6ZA 1BILA 5P02A 2IEOA 5P7UA 5P4UA 1BVGA 5I3VA 1YM4A 4AZYA 4I11A 1EPOE 3Q6YA 2Q5KA 2V00A 2HPEA 2B7FA 5P6IA 4Y4DA 1ZLFA 4Y44A 1RNEA 5P8LA 2P8HA 5P0PA 5P8MA 2NNKA 3T6IA 3OGQA 3IXKA 2ER0E 3A2OA 4Y48A 3OGPA 5J25A 1B5FB 1QBUA 4Z4XA 4Y41A 4B1CA 1APWE 4Y38A 4COEA 4JECA 3LIYA 4J17A 3S43B 4DH6A 1YTJA 1TSQA 1SGUA 4GB2A 3TKWA 4R91A 2QK5A 3Q5HA 3EM3A 1EC2A 5P2VA 5P4GA 5P6KA 4GJ6A 4GJDA 4CP7A 1DP5A 4OC6B 1A30A 2R5QA 2BPWA 5HCOA 4MC9A 4B05A 3EKPA 4B1DA 3FIVA 5JFUA 5P4YA 5P3XA 1D4SA 1FQXA 1ME6A 5KQYA 5P7RA 5P1LA 5P25A 5P2LA 2CEJA 5P80A 4WY1A 3K4VC 5P34A 5BWYA 5I3YA 2VIYA 3HBOA 4DQGA 3O9GA 1EPLE 5P3JA 1OEWA 1W51A 4CPSA 4Y3GA 5P2SA 4MC2A 1APVE 2BPYA 5P1PA 5P89A 1A8KA 1HVRA 4J1EA 3O9AA 4B77A 3NDXA 1T6GA 3NDTA 5P8JA 4J5JA 3S45A 2I0AA 5P4LA 1RPIA 4Y3WA 3I25A 1BXQA 1MESA 5COPA 2HAHA 4HDBA 2QNQA 5IVRA 3UQUA 5P31A 3K5GA 3TKGA 5P7VA 2AVQA 4DJPA 4ER2E 3OUDB 4AA8A 3BXSA 3PVKA 4EJKA 4J1IA 2FXEA 1T6EX 2OHLA 5P20A 2XFKA 4FL8A 1MTRA 5OZYA 3SA7A 3PMYA 5P0IA 5P68A 4I0DA 5P4BA 5P2UA 5C9FA 5P3KA 5P0JA 1N49A 1M0BA 4D83A 3PCZA 5DR3A 5P6UA 2QD8A 2V13A 5IE1A 2QI0A 4KUPA 1LEEA 1ZAPA 4EYRA 5P61A 5P17A 4ZPGA 4Y5BA 5P8VA 2FMBA 3S56A 4J54A 3UQWA 3O9BA 1IZDA 4YCYA 4Y4WA 4Y3XA 5OZ0A 4I0HA 3MXDA 1AM5A 4Y4AA 1KJHA 1K1UA 4TRWA 4RRSA 1HIIA 5P1DA 5HTZA 5P1CA 3PLLA 1DMPA 5P05A 3ZMGA 1T7JA 5P8RA 2AOJA 1K6VA 5DQ4A 5IVSA 3U71A 2Q11A 2APRA 3OU4B 3KF0A 1TSUA 5BRYA 5P81A 1MSMA 2OHUA 4Y3ZA 1ZP8A 4GJAA 1HPVA 3MSLA 1IDAA 7UPJA 2QHZA 2WKZA 3CYXA 5KOSA 3EKWA 3D3TA 5KQZA 5P5DA 5P2DA 3TOFA 3VYFA 1FQ5A 2ZJKA 1META 2JJIA 3VCMA 2F8GA 1BDRA 5P1GA 3L58A 4M8YA 3QVCA 5HVPA 2G26A 3HAWA 3OXXA 5P0NA 5P0QA 5SXNA 3PBZA 4L6BA 2RSPA 5OYQA 2ZDZA 4B70A 3NU6A 5P0OA 4BFBA 4JPEA 5P5JA 3TNEA 5P6HA 4XKXA 2B42A 5P2HA 4OD9A 3O9LB 2NPHA 5OYZA 3WB4A 1EBKC 2Q55A 5P6QA 5P5GA 4F74A 2FXDA 3GI6A 3QP0A 4LAPA 5DQ1A 3LITA 5OZPA 4N00A 5OZQA 3OQDA 5P5PA 5P74A 3SO9A 3VYEA 3D20A 1C6XA 4Y6MA 4GJ9A 2BKTA 3GGAA 5P3TA 3B7VA 4FAFA 3OUAA 1XS7D 5P6JA 5P6NA 4NKKA 3EL0A 3PM4A 2PYMA 2WJOA 5P5AA 2Q64A 4I0ZA 1LYBA 1DIFA 1SIVA 3IN4A 3PJ6A 5P1QA 3T11A 5P4VA 2FDDA 3SABA 5P35A 3EL4A 3EBZA 2QHCA 3VV7A 3ZLQA 5P8CA 4PYVA 4I1CA 3IXOA 4ZSRA 2ER9E 2Q3KA 1FLHA 2G22A 5P54A 6APRE 3ECGA 5P76A 5P14A 5OZGA 2FDPA 5P32A 4L1AA 2VIJA 3BGBA 3EL9A 2IGXA 5OZNA 5P48A 4LC7A 3S7LA 5P5RA 4YD6A 2F81A 1AAQA 5P18A 3UDMA 2RENA 5P6YA 3LIQA 4Y3PA 2IENA 1OEXA 2FLEA 2P3BA 1BAIA 1KJGA 4HVPA 5P4JA 5HCTA 3BGCA 3LNKA 4DJXA 5P4ZA 2VA7A 3UFNA 4Y3QA 1PSAA 5P4KA 5HDZA 3ZPUA 4Y4BA 1HOSA 1ODYA 4YOBA 2A1EA 1BVEA 3APRE 1FMBA 4BELA 3QROA 5P84A 3EL5A 2OHMA 4B72A 5P8HA 2OHRA 3RVIA 5P1NA 1Z1RA 5C9BA 3ZKMA 4ZSPA 4U7QA 3PLDA 5P1BA 3LPKA 5P33A 3DUYA 1QDMA 2BPXA 4LXKA 4Y3DA 5OZAA 5P0KA 4YDGA 5P7WA 1Z8CA 3QVIA 1YTIA 4PZWA 2B8VA 3ZKGA 4RRNA 5HDXA 1YX9A 4BFDA 1K2CA 4GJ8A 1BXOA 4RCDA 1EPPE 2BPVA 3QBFA 2IGYA 4DPFA 4GMIA 5OZHA 4DJYA 2G1RA 3L5EA 5P6EA 3UF3A 3INDA 4YD3A 5P0XA 5KR2A 2O4PA 4AUCA 5P79A 4KE1A 4H1EA 2ER7E 2Q15A 5P8EA 5OZLA 4YBFA 2FIVA 3OQFA 2BPZA 4Y35A 3Q3TA 4EP3A 1A9MA 4J1HA 1MT8A 3LPIA 4J0PA 4Y3AA 3GI5A 5DR8A 5OYWA 5E5JA 4A6BA 2JXRA 3VFBA 5P0WA 1BDLA 3FSMA 3TPJA 1TCXA 4CPTA 1IBQA 5OYUA 3VF3A 2WEDA 4L7HA 2NXMA 2AOFA 2VIEA 1MTBA 5P03A 2I4WA 3NU4A 4DVFA 1ZBGA 5P56A 5KR0A 4Y5LA 3BRAA 3KYRA 5P58A 5P65A 3S8IA 3CIDA 3TLHA 5P4HA 1TCWA 4E43A 1UPJA 4FS4A 5P71A 2WEZA 2OAHA 4NPUA 5P4FA 1LYAA 2OHPA 2ZJMA 5P3MA 1MERA 1FGCC 4ZSMA 4Y50A 5P7EA 2NMZA 3GGXA 3NU3A 5P88A 4EXHA 2OHTA 1IZIA 4ZPFA 4I0FA 3CMSA 3KMXA 2SAMA 5P3ZA 1IZEA 5P78A 1LV1A 2G21A 5P3WA 2P4JA 5P36A 3VYDA 3DCRA 3I6OA 3KDDA 4EP2A 5P22A 5P0UA 4Y3NA 5P7AA 3BUHA 3I2LA 3JVYA 3O99A 4EJLA 5CONA 3SKGA 5P0CA 3ZPSA 5P3AA 5P6SA 5P3HA 5P6RA 3K5FA 2AIDA 1PPLE 3CICA 2PSVA 3NDWA 3EKXA 2IL2A 3H0BA 3O9FA 1T7KA 4FRSA 1WBKA 2HIZA 5P0DA 1K6TA 5P1IA 1HVSA 2B7ZA 3S53A 1B6PA 3EMYA 4ZE6A 3SA8A 3LZVA 4J1KA 5P57A 1PPME 4ER4E 3EKTA 5P2QA 3O9IA 4GJ5A 4FM8A 1DAZC 1D4KA 3WZ8A 1HSGA 5OZ6A 2HM1A 2RKFA 5COOA 4Z22A 2VS2A 5P44A 4Y5GA 2G1OA 3OQKA 1QRPE 2Q54A 3HDKA 4Y36A 2AODA 3Q4BA 5F01A 1LS5A 2PC0A 1GVVA 5P2ZA 3IA9A 5P42A 1D4IA 1HTEA 3RSVA 5P7KA 5HE5A 1D4YA 1HVLA 2ZHSA 4Y47A 4Y3RA 5P7XA 3IVHA 3FNTA 3QBHA 2AZCA 5HE4A 4B0QA 5UPJA 1KJFA 5HU1A 1NSOA 3QI1A 5P09A 1ODWA 4PEPA 2CEMA 5OYTA 4Y4UA 4QJAA 5P3YA 3TOHA 3ZPTA 3NLSA 2PH8A 5P49A 2QNPA 4NJVA 3PBDA 4H3FA 4Y43A 4PZXA 5P4XA 5DR4A 3PWMA 5P8TA 5OZJA 2PK6A 3IGBA 3INHA 4Y3SA 3OHHA 5P11A 4DJWA 5P0YA 3O9CA 2V0ZC 3EKVA 4WY6A 5P5ZA 5P4CA 5OYVA 5P0FA 1BV9A 4Y53A 2NMYA 5P8NA 4HDFA 5P7HA 2AVSA 5P6WA 1A8GA 4DJQA 1W5WA 4ACUA 4CKUA 1LZQA 3QRMA 5P5HA 3EL1A 3D1ZA 5DR7A 3TPPA 4Y4ZA 5ER1E 5P4EA 5P23A 5P6GA 4DFGA 1HTGA 3GGVA 2O4KA 1GVXA 5P2FA 5P69A 2G1NA 3VSXA 4YCKA 5OZ4A 2FGUA 2R43A 4FE6A 5P7OA 5P8QA 3URIA 5I3WA 3L3AA 3RU1A 1HEGE 8HVPA 5P0ZA 3UQRA 2NNPA 5P7CA 3OWNA 5P1XA 2P3CA 5AH8A 2PQZA 2G1SA 5P5EA 1GVTA 4Y3FA 5P07A 3KMYA 3G72A 2FGVA 5P8DA 5P6DA 5P5MA 5P1TA 5P1ZA 5P3IA 5P2RA 1LF3A 3UQPA 3KFSA 5P5QA 3DJKA 4ACXA 4Y5PA 2Q63A 2P83A 4UPJA 3QIHA 4A6CA 3SA3A 3LPJA 4LP9A 3R0YA 4QJ7A 2HPFA 2ZHRA 5P0GA 2J9JA 3HVPA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1IDB A;  5P2X A;  2O4L A;  4Y5N A;  4R95 A;  1YM2 A;  2ZJH A;  1NH0 A;  4K4Q A;  3ZKS A;  7HVP A;  1UH9 A;  5P59 A;  3BUG A;  2QP8 A;  5HE7 A;  1PFZ A;  5OZ5 A;  3UDN A;  5P8U A;  4LBT A;  2OHN A;  5P7G A;  3URL A;  2XYF A;  1BIM A;  2EWY A;  5P67 A;  5P00 A;  1PRO A;  5P1F A;  4RCF A;  2G20 A;  1FFF C;  1MIQ A;  1B6J A;  5IVT A;  5AH6 A;  5P0S A;  5DPZ A;  3UTL A;  1ZTZ A;  1HVI A;  1Z1H A;  3I8W A;  2R3W A;  5P52 A;  1W5X A;  5P4N A;  4Y3T A;  3OY4 A;  4TVH A;  3GGU A;  1APT E;  2I4U A;  1WKR A;  5HDV A;  1EC3 A;  3AID A;  4Y4G A;  2HS1 A;  1HEF E;  5P3S A;  1M43 A;  4DJV A;  3OAG A;  5P29 A;  4ZEA A;  5ENM A;  4DUS A;  5P1A A;  4BEK A;  4JOO A;  5P01 A;  2JYS A;  3UPJ A;  1ER8 E;  4RZ1 A;  2R5P A;  4Z50 A;  3HAU A;  1G6L A;  2NTR A;  4RVX A;  1PPK E;  5P1M A;  1BV7 A;  3OXW A;  3LIV A;  3VV8 A;  4J55 A;  2I0D A;  2R3T A;  5P1E A;  3AUP A;  3SM1 A;  1FF0 C;  3ZKX A;  4DQH A;  4FSE A;  4Y51 A;  3IN3 A;  5P5N A;  3UQX A;  1ZPA A;  5P6T A;  5P7F A;  3SAC A;  2HB3 A;  2P3A A;  4NPT A;  2G27 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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