3BRAA

Bace-1 complexed with compound 1
Total Genus 93
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
93
sequence length
391
structure length
370
Chain Sequence
RGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGSVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVASIKAASSTEFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Tyramine fragment binding to BACE-1
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 93
structure length 370
sequence length 391
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2007-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3braA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3braA02
5IVTA 3N4LA 4HA5A 5P6OA 5P0RA 4OD9A 4IVTA 5P8CA 5P22A 2FDDA 4Y4BA 1BV7A 4YDFA 1FF0C 1QBRA 4K4RA 3ZKSA 4DQHA 2JYSA 4Q1WA 4U7QA 3TOGA 5OYVA 1HVLA 5P5OA 4Y48A 1FFIC 1MRXA 4CMSA 2NMYA 4D85A 2PH6A 2PH8A 3TTPA 4YHQA 5P2BA 4HDBA 1FQ7A 3KFPA 1K1UA 5SZ9A 4DJWA 1LF2A 5P07A 1DIFA 5JODA 5P8PA 5P6BA 5P5NA 5P78A 3OXCA 1FLHA 2WF0A 3UDKA 4DJPA 4Z2ZA 3ZMGA 3OQDA 5P6SA 1APVE 5OZ5A 2Q11A 1A8KA 2WEDA 1D4HA 3D20A 3EXOA 5P08A 3EKYA 5P35A 1T7IA 5P1HA 5P43A 3ZKGA 2NXMA 2IQGA 5P30A 5P3KA 1HHPA 5P63A 5P61A 4J0TA 1SH9A 5P0PA 2R5QA 5OZQA 2QAKA 5P64A 5P5AA 5P6AA 1GNMA 2HPFA 4OBJA 4AA8A 5C9FA 4Y5NA 2QNNA 3WZ6A 2AVMA 1HVJA 3QAAA 4H3GA 5KOSA 3S45A 5SXNA 4WTUA 5P83A 4YD4A 5P8DA 1EPOE 2AIDA 4FL8A 5P31A 1C6XA 5UPJA 1W50A 2JJIA 5P1TA 5P4FA 2WL0A 4J54A 3TL9A 4NPTA 5P2CA 5P0NA 5OZLA 6FIVA 1IDAA 4A4QA 3EL5A 2CEMA 3EL9A 1MT9A 4EXHA 4Y4ZA 1B6PA 2B42A 3DUYA 2P3CA 2AVOA 2G1YA 1D4LA 4Y3DA 2FNTA 4ZIPA 2HB4A 3GGXA 4HEGA 3ZKIA 4DH6A 3D3TA 5P0LA 2ZJMA 5I3YA 3VLBA 3EBZA 4NKKA 5P76A 4LBTA 4YA8A 5ENKA 5P6TA 1NPAA 3BXRA 4Y37A 4D8CA 3HVGA 1MSNA 4FIVA 2BBBA 4APRE 2IRZA 1EPRE 5OZVA 5P8RA 5P1LA 1IVQA 5P88A 4DI2A 4ZE6A 1BVEA 1TCXA 2F81A 3L5EA 2F3EA 5P7GA 4F76A 3OXVA 3T7PA 4J0PA 4Q1YA 1HVRA 1HTFA 4RVXA 1TW7A 5OZKA 5P6GA 5P69A 2RENA 4H3FA 5OZOA 5P4VA 5E5KA 4J0ZA 1UH7A 5P4TA 3S8IA 3EKVA 5OZWA 2V12C 1F34A 4J5JA 5P8MA 1FQ4A 4PPHA 4EP2A 5P4WA 3L38A 5HCTA 1SMEA 2ER7E 3OAGB 5OZ7A 2FNSA 1N49A 5P81A 1T6GA 2I4WA 5P13A 5IE1A 5P8BA 3VEUA 2VKMA 3ST5A 1GNOA 1Z1RA 5P4QA 5P7NA 5P7SA 3LNKA 1SGUA 1HEGE 2ER6E 1M4HA 2MIPA 4FM7A 4LP9A 5KR1A 1EAGA 2CENA 5HE7A 5P4AA 5P82A 4J1IA 4BFDA 3INHA 2QI3A 4Y3PA 4FM8A 3NSHA 5P8AA 1HXBA 5P42A 4GB2A 5B18A 3EL1A 2H6SA 5P6LA 4QJAA 5DQCA 4DUSA 4NJVA 1GKTA 5P3QA 1OEWA 1AJVA 5P62A 2QNPA 5OYXA 5P2QA 3O9BA 4CKUA 3S2OA 3NDTA 3UCBA 4LAPA 4A6CA 4R5NA 5P4SA 4YCKA 5P1SA 4ZEAA 3FIVA 5I70A 3DJKA 3ZPUA 3K4VC 5P2DA 3QVCA 1B6JA 4E43A 3SLZA 1IBQA 1PPKE 4RLDA 1EPQE 3OXXA 4EJDA 3IN4A 5P67A 1RPIA 5E5JA 4GJDA 2ZHUA 3MSJA 1APUE 1RL8A 5P6DA 4HZTA 3OXWA 5KR8A 4I8WA 1KJHA 2JXRA 4Y3SA 4NJUA 4I0DA 5P38A 3D1YA 1A8GA 3UQWA 2JJJA 3H5BA 1FMBA 1BDRA 1LYWB 4ZPGA 3VFBA 4HDPA 4DJXA 3PRSA 5P52A 4EQJA 1HIHA 1LYBA 3SA6A 3QBFA 1K6TA 2FS4A 5OZGA 3OWNA 1IZIA 3INEA 3JW2A 2ZHTA 3BGBA 1MTRA 5AH8A 4R95A 5P6MA 5OZHA 3KN0A 5C9BA 2B7ZA 4HE9A 2QZKA 4ZLSA 2BQVA 5P86A 5P7HA 3TPLA 5P46A 3OU4A 4OBGA 5P87A 3GI0A 4OBKA 1DAZC 3I6OA 4L1AA 3KDDA 1ZSRA 2CEJA 1T3RA 1B5FB 2OHMA 1HBVA 5P7WA 2P4JA 4Y3JA 3OQ7A 5P12A 5P5IA 2IENA 3LZSA 4JOOA 5HU0A 2WHHA 3VF3A 2OF0A 3KDCA 3O9AA 4Z50A 2QU2A 3VUCA 4Y41A 4Y3RA 2R3TA 4EP3A 5P0HA 3SFCA 1BDLA 3WB4A 5P5PA 2IKUA 1XE6A 3PWWA 3QS1A 1XN2A 3ZKQA 4L7GA 2AQUA 5P2UA 2XFJA 5P72A 1D4SA 5P0UA 2QI7A 3PLDA 1XDHA 5DR4A 5P00A 5OZ1A 1ZAPA 3OGQA 5P0EA 4B0QA 3NDWA 5P3HA 2ZE1A 4ZSPA 1DP5A 2P3DA 4Y3NA 3SA3A 4Y5CA 4X7IA 3EL0A 5EZZA 4YCTA 5P15A 5P3AA 4Q1NA 5P0FA 3LINA 3DM6A 1ODYA 2BPZA 2HAHA 5HD0A 1GVUA 3SA7A 5P7TA 3QN8A 4BEKA 3PWRA 2AVSA 5P70A 3OHFA 2QD7A 4J1FA 1BDQA 1D4IA 4B77A 3NUJA 2QI5A 5P7JA 4CPTA 2HM1A 1LS5A 1ENTE 2AOCA 5P80A 1QRPE 4UPJA 5P2WA 1EBYA 2FIVA 4OBHA 5P5QA 5P7DA 1HXWA 1ER8E 4S1GA 1CPIA 3BXSA 4CPSA 1LF4A 5P14A 5P0IA 5P29A 2XFKA 5P6FA 4FRIA 4J0VA 1W5WA 5P7XA 3G70A 5P03A 4I8ZA 5P8SA 5P59A 1BV9A 5AHAA 3LIYA 2VS2A 1Q9PA 5OZ9A 3PI0A 3EKTA 2VNMA 2BPWA 3DOXA 2NPHA 5P57A 4DQEA 1ODWA 3OUDB 5P4DA 2QZLA 3Q70A 3NU5A 3I8WA 8HVPA 2R38A 1FEJC 5HDVA 1FQ8A 4FRSA 4Y43A 4LC7A 4I0IA 5P04A 5OZSA 2ZYEA 3EC0A 4AMTA 3EKXA 5P5EA 1IIQA 5P5BA 4BFBA 5P7RA 2PWRA 3RTHA 3PHVA 2I4UA 5P6YA 3DK1A 3KM4A 2HC0A 3ZPTA 3SKGA 1MEUA 5KR2A 5P36A 2G20A 1D4JA 3FSMA 1QBUA 2AOJA 4RYCA 2OHNA 2QHCA 4CPUA 3OTSA 3KYRA 1PSAA 5P7VA 5P7UA 1QDMA 4GJ7A 3PBDA 4KUPA 4FAFA 5DGWA 2P3BA 5OYZA 2O4PA 5P34A 3QIHA 5P41A 1ODXA 5P2IA 5P1WA 3DCKA 2O40A 4A6BA 5P5GA 3DV5A 1HVHA 1ZP8A 3LITA 4Y5EA 3URLA 3GW5A 1HVCA 5P2MA 5P7PA 5P5LA 2IS0A 5P1CA 2QD6A 5P11A 2BKSA 3O9EA 5P23A 5P3NA 3VF5A 1RNEA 5JFPA 2R8NA 5P0DA 7UPJA 5P8TA 2V11C 4YD6A 3K5GA 3G72A 5P4CA 1FMUA 5P1FA 3VYFA 5P6XA 1YTIA 5DPZA 2QU3A 5P6VA 5P3TA 1TSUA 3VCMA 3NU6A 5P5FA 5P50A 2G1OA 4Y36A 1TQFA 1GVVA 3PCZA 4RZ1A 4GMIA 4D89A 1XN3A 5AHCA 4Y3LA 3KFRA 4Q5MA 3D91A 4I11A 1EEDP 5P1AA 3IN3A 4D88A 3F9QA 4Y45A 2I0DA 4OC6A 3ZKMA 1W6HA 4MC9A 3RTMA 3FNUA 1C6YA 4R93A 4Y5AA 5P6WA 1FIVA 2OHRA 5P1KA 3O9CA 1EBKC 4IVSA 5P5XA 1MT7A 5OZMA 5P0MA 1IVPA 5HDUA 9HVPA 5P1RA 5P1VA 2VIZA 3NWQA 4FE6A 5P66A 5P0YA 2QI4A 1IDBA 4B00A 1K6PA 1PPME 1AJXA 3OQAA 4AZYA 3T11A 4WY1A 2OHUA 3K5DA 4XKXA 4OBFA 4MC2A 4YD5A 4J1HA 3TNEA 4FM6A 4I0ZA 2IGXA 1HSIA 3PI5A 1G2KA 2QK5A 4I0EA 5JFUA 1GNNA 4I0JA 3TKWA 5P89A 5P0BA 2AOIA 2H6TA 5P3UA 5P5CA 1BXQA 3NU3A 5DR0A 5P7ZA 2UPJA 5P3WA 2QI0A 3QROA 4F73A 3SO9A 4GZFA 5P6RA 5I3WA 3NU4A 2IEOA 2AOHA 4YCYA 4NJSA 5DQ4A 2ASIA 5P33A 1BWBA 2R5PA 3VYEA 1U8GA 2QMPA 4RCEA 5P2OA 1BILA 2NXDA 5P5ZA 5P7AA 5P5KA 4R8YA 5DR8A 1FFFC 2ZGAA 5AH9A 3EM4A 4ACUA 5OZNA 1HSGA 2ZJJA 3EKPA 4LXKA 5P3GA 4Y4UA 4EJKA 4CPQA 3PMYA 3LIVA 4Y51A 4EYRA 4Y5MA 2VIJA 5P8GA 3FX5A 3H0BA 2WECA 3QVIA 4PHVA 3LPJA 2P83A 3D1ZA 3VSXA 1SDUA 5AH6A 3D1XA 3PSGA 5P8EA 2HS2A 2FGVA 4L7JA 3LIXA 4ER4E 2OHQA 3N3IA 1HRNA 3T7XA 3B80A 3NU9A 2VA6A 3OU1A 4DPIA 5C9DA 1D4YA 4EWOA 2AODA 4L6BA 5OZ8A 3KFSA 1EC0A 2OHPA 4Y4JA 5P7YA 2BB9A 3DCRA 3HLOA 4YD7A 5P47A 3PLLA 3TOFA 3APRE 3LZYA 4HVPA 3Q6YA 4TRYA 3L59A 1G0VA 3SM1A 4J17A 4Y3EA 3VSWA 4Y4AA 4KB9A 5OZ0A 3LIQA 4Y4GA 5P8QA 5P8UA 5OZBA 1T7JA 4NJTA 4BELA 1SMRA 5OZEA 1A9MA 2WEBA 1XE5A 5P7BA 4Y3TA 4X2LA 5P16A 5ISJA 5OYUA 1UPJA 1IZEA 4RRSA 1EC1A 3NWXA 5P3CA 1K2CA 2BPXA 2QMGA 1YM2A 1NSOA 5P01A 1WKRA 2B7FA 3RU1A 5SY2A 3B7VA 2RKFA 4F74A 4RROA 1HPVA 4CP7A 4I12A 3FNSA 1HIIA 4I1CA 5P1NA 2B8VA 4PEPA 5P49A 1HSHA 2VNNA 3OGPA 3GGUA 3T6IA 1LYAA 5OZUA 2ZJHA 5OYTA 5P56A 3MSLA 1FQ6A 1GVXA 3T7QA 1AZ5A 3OU4B 3HDKA 1UH8A 3IXKA 4FGXA 5P5VA 3I7EA 2QHYA 5P24A 3S43A 1OHRA 3L5BA 1EPNE 3OOZA 5P6PA 3OQKA 5HTZA 5P44A 3QBHA 2BPYA 3RVIA 2WEAA 4COEA 2FLEA 3NUOA 5P3EA 2G22A 1B11A 5P1PA 3INDA 3O9LB 1ZJ7A 5COPA 1XS7D 4ZSRA 3URIA 5OZRA 1EPME 3DV1A 4J0YA 2VIYA 1OEXA 4Y50A 5PEPA 1HIVA 3BRAA 4DJYA 1WBMA 1BIMA 4Y3AA 3A2OA 2V00A 5HDXA 3RSVA 3HBOA 1AM5A 4NPUA 4DJQA 3ZPSA 5OZIA 3UDHA 3NDXA 3UDQA 4LHHA 1MERA 3ZKXA 3BUHA 3IA9A 1B6LA 1HPXA 4H3JA 1MT8A 5P4ZA 5P2GA 3UF3A 3NLSA 3JVWA 5P4KA 4J1EA 3UHLA 4QLHA 5DR1A 5P1YA 4Y3MA 2EWYA 1K6CA 5P0AA 4K4QA 2AZ9A 1LV1A 1ZLFA 5P06A 5P8IA 3K5CA 5P6JA 3O99A 3T3CA 5P4LA 1CZIE 3UQPA 4TRWA 2A1EA 1PSOE 1RV7A 2G1RA 3OADA 3HAWA 4GJ9A 1YT9A 3S56A 2OHSA 3OU3A 1BVGA 3QPJA 4RYGA 5KAOA 1TZSA 5P10A 3QRMA 4QJ2A 1A94A 3SA5A 5P4BA 2FGUA 5P4XA 4OBZA 2PK6A 2PSGA 5HDZA 4M8YA 2XFIA 3UQXA 5P71A 4JECA 2NNKA 2G27A 5P79A 5P6ZA 5P5UA 5BS4A 4Y35A 4ER2E 1QBSA 3L5FA 1K6VA 5COKA 6APRE 2ZJIA 2HS1A 4CPWA 1XL5A 2I0AA 3SACA 1SGZA 5KR0A 2ER9E 1ME6A 5P45A 4RCFA 5OZZA 3PVKA 3UTLA 2AZCA 3MXDA 4DJOA 3BGCA 2QCIA 5P2KA 3VG1A 4RCDA 4YBFA 3IXJA 4F75A 2PYMA 3GI4A 5P39A 5HE5A 2OHLA 5JG1A 1META 2QI1A 5HCOA 2G1SA 7HVPA 2G69A 4YOAA 5OYQA 3Q4BA 4DPFA 3HZCA 4XX3A 2J9JA 5P19A 4K9HA 2P3BB 2PSUA 5KQYA 4RRNA 1BBSA 5P2LA 1EBWA 4H3IA 1KJGA 1KJFA 5P4UA 3OY4A 4FRJA 2QP8A 3PMUA 2Q55A 5P1XA 5DQ1A 5P3FA 4GJ8A 2B8LA 4Y3QA 4B1CA 4DJVA 5P74A 4OD9B 3UFLA 2ER0E 1YX9A 5P65A 2Q63A 3AIDA 1M0BA 2B60A 1LF3A 2OHTA 3APPA 2AVQA 3K1WA 2R3WA 4Y39A 4GJCA 1C70A 1EBZA 5P2JA 5IVQA 4Y58A 3UQUA 1HVKA 3ER5E 5P8KA 1LZQA 5P8JA 3S7MA 1B6KA 5OYSA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5IVT A;  3N4L A;  4HA5 A;  5P6O A;  5P0R A;  4OD9 A;  4IVT A;  5P8C A;  5P22 A;  2FDD A;  4Y4B A;  1BV7 A;  4YDF A;  1FF0 C;  1QBR A;  4K4R A;  3ZKS A;  4DQH A;  2JYS A;  4Q1W A;  4U7Q A;  3TOG A;  5OYV A;  1HVL A;  5P5O A;  4Y48 A;  1FFI C;  1MRX A;  4CMS A;  2NMY A;  4D85 A;  2PH6 A;  2PH8 A;  3TTP A;  4YHQ A;  5P2B A;  4HDB A;  1FQ7 A;  3KFP A;  1K1U A;  5SZ9 A;  4DJW A;  1LF2 A;  5P07 A;  1DIF A;  5JOD A;  5P8P A;  5P6B A;  5P5N A;  5P78 A;  3OXC A;  1FLH A;  2WF0 A;  3UDK A;  4DJP A;  4Z2Z A;  3ZMG A;  3OQD A;  5P6S A;  1APV E;  5OZ5 A;  2Q11 A;  1A8K A;  2WED A;  1D4H A;  3D20 A;  3EXO A;  5P08 A;  3EKY A;  5P35 A;  1T7I A;  5P1H A;  5P43 A;  3ZKG A;  2NXM A;  2IQG A;  5P30 A;  5P3K A;  1HHP A;  5P63 A;  5P61 A;  4J0T A;  1SH9 A;  5P0P A;  2R5Q A;  5OZQ A;  2QAK A;  5P64 A;  5P5A A;  5P6A A;  1GNM A;  2HPF A;  4OBJ A;  4AA8 A;  5C9F A;  4Y5N A;  2QNN A;  3WZ6 A;  2AVM A;  1HVJ A;  3QAA A;  4H3G A;  5KOS A;  3S45 A;  5SXN A;  4WTU A;  5P83 A;  4YD4 A;  5P8D A;  1EPO E;  2AID A;  4FL8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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