3BUF | Genus

Total Genus 95

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	95
sequence length	391
structure length	359
Chain Sequence	RGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGSVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVASIKAASSFPDGFWLGEQLVCWQAWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__167557399429038__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__167557399429038__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3BUF/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__167557399429038__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"167557399429038","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3BUF/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__167557399429038__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
source organism	Homo sapiens
publication title	Tyramine fragment binding to BACE-1 pubmed doi rcsb
molecule keywords	Beta-secretase 1
total genus	95
structure length	359
sequence length	391
ec nomenclature	ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date	2008-01-02

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00026	Asp	Eukaryotic aspartyl protease

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	3bufA01
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	3bufA02

1LYBB 2XYEA 4QJ7A 5HE5A 4LP9A 5HD0A 5DQ5A 4FIVA 1SDVA 1BBSA 1HXBA 2FDEA 3EKTA 4OC6A 1HPSA 4Y50A 1NPVA 3ST5A 1A9MA 2F81A 5OZIA 4WY6A 5P4TA 3N3IA 1G0VA 5ENKA 3TPJA 2Q11A 3IN3A 5P45A 1FIVA 3PI0A 3HLOA 3URLA 3OAGA 2QI0A 2FNTA 2AOGA 4NPUA 2PMAA 3MXEA 1FMBA 2I4UA 2Q55A 4HEGA 3ZKIA 1IVQA 3OU4A 5P3GA 2VIYA 5P33A 5OZQA 1FB7A 1SIVA 3KMXA 4YE3A 5P6MA 5P47A 4GJAA 4UPJA 1AJXA 2AZ8A 5P5KA 3VF7A 3VCMA 3SACA 3LIYA 3QVIA 3MWSA 5P54A 4QJ6A 5P3WA 4FSLA 5P82A 3EBZA 5BRYA 1EPRE 5P8GA 4TRWA 3SKFA 3EL9A 1MT7A 3TOHA 5P4MA 1HBVA 3KT5A 4IVSA 1W51A 5P0VA 4X7IA 2AOCA 1KJ4A 2Q3KA 3EM3A 3D1XA 4DJRA 4EJLA 3O9DA 5KQXA 2HC0A 2QZXA 3OADB 3LIVA 3B80A 4FRIA 1QDMA 4I0HA 5P04A 1EEDP 2P3BA 3LPIA 5P2IA 5DR7A 5P49A 2WECA 4PZWA 3VUCA 1TCWA 4Y3TA 5P55A 3UDNA 5P2TA 4YD3A 3CICA 4DV9A 2V0ZC 5COOA 4ZSQA 2EWYA 4YDGA 1IDAA 1NH0A 2PK6A 4R93A 4IVTA 4RVJA 5P1GA 3PM4A 1HVSA 2JE4A 5DR0A 7UPJA 1MT9A 1GNNA 5P5JA 3OQFA 4I0FA 1FMXA 2QHYA 5P3EA 5P06A 3BXRA 1FQ7A 1A30A 2BKTA 2VA7A 5P5OA 1D4KA 2G27A 5P8CA 2HB3A 5P1RA 3PSUA 2NXLA 1UPJA 4Y4ZA 1M4HA 2G1NA 3KMYA 4Y5BA 5OZAA 4CKUA 2F3FA 3L38A 1HHPA 3QPJA 4K4RA 5P2VA 3SA5A 1FQ5A 3OUBA 5P0OA 1DAZC 3VLBA 5P2WA 3VSXA 3PGIA 5P5UA 3I25A 4J1KA 2NXDA 5DR4A 1MIQA 3S43A 4Q1YA 3IXOA 3T7PA 5P2JA 5P5HA 2AOFA 3WZ8A 5SXNA 5B18A 5OZBA 2RKGA 1TSUA 5DGWA 1T3RA 1UH8A 1SGUA 4I11A 3BVBA 4Y3SA 4Y4EA 3DUYA 1DW6C 1U8GA 4J55A 4D8CA 1GKTA 3QVCA 1AIDA 2J9KA 1MSNA 3S8IA 6APRE 4N00A 1C6YA 4FL8A 1D4YA 2QI1A 5P7WA 3IN4A 1ZPKA 2I4QA 3B7VA 5APRE 4F75A 5OZLA 5DQCA 3INEA 4Y3AA 5P8DA 3SA8A 4QJ2A 1KZKA 5P39A 3INFA 5OZDA 2IGXA 1HPXA 1IZIA 3T3CA 3O9CA 4Y9WA 4DQBA 1YTHA 5P5TA 2ZYEA 4YD7A 5P3BA 2AOIA 1W5YA 5P7VA 3AUPA 4HZTA 5OYQA 2QHCA 4YA8A 1EBYA 4ZPFA 5P8JA 4DI2A 5P28A 5P69A 3EKYA 1M43A 4DQFA 1CPIA 3L5EA 3F9QA 5P30A 5FIVA 5P6IA 5P41A 4Y4BA 1XE5A 5P7GA 2QD6A 5P0DA 5P8UA 3T7XA 1APTE 2AVVA 5P5AA 3VV6A 3I7EA 1HWRA 5P0BA 3S56A 5P8EA 4Z50A 4CP7A 3BC4A 4D83A 3DCKA 4H3IA 3OU3A 1FGCC 5P07A 4LHHA 1JLDA 5P8AA 3RTHA 4Y5KA 3LPKA 4PPHA 2ZGAA 4H3JA 5P3ZA 5P7KA 5KR1A 5P3LA 3U7SA 1EPOE 3RVIA 5P46A 3O9LA 1ODWA 2WEAA 4LL3A 5P4UA 3GGXA 3ER3E 3QBHA 5OYXA 4K8SA 5P3IA 3O9AA 3OXVA 1LYAA 2F3EA 3FKTA 5KQFA 2IENA 4FM6A 2P83A 1EPQE 3UHLA 2AZBA 5EZXA 2IRZA 4J0YA 5P75A 4RYCA 5P8OA 3EKVA 5P2GA 5P1DA 1IBQA 2FLEA 4XX4A 4GJBA 5KOSA 2ZDZA 4Y45A 1E82E 4MC1A 2QD7A 5KR2A 2G1YA 4DJVA 3ZLQA 1WBMA 5HCOA 5P6TA 1BDLA 3UDYA 1MERA 3OUCA 5P59A 5P4QA 3OUAA 1EPLE 3OAGB 4J0PA 4YCYA 2V10C 3PB5A 2QNNA 3PHVA 3JVWA 5P8RA 5P10A 3UDPA 1EPNE 2F80A 2QI4A 5P3AA 1SDTA 4OBZA 4AMTA 5P17A 5IS4A 4NKKA 3AIDA 4Z4XA 3VSWA 2NR6A 3GI4A 4J1EA 4Y44A 1QBRA 5P1PA 2QHZA 2WF4A 1FFFC 3D3TA 8HVPA 4GJCA 2PH8A 4NJSA 5P4WA 3NU3A 3UQWA 4Y3YA 5P6GA 4RVXA 4K9HA 4Y4UA 2V16C 5HDXA 1RNEA 4OBFA 5P6CA 2QU2A 3Q70A 1ZTZA 3VEUA 5P11A 3JW2A 2OHUA 1SMRA 3CKRA 3H5BA 5P1TA 2HM1A 4J5JA 2ZHTA 7HVPA 4EJDA 5I3VA 5I3XA 5P3XA 4M8XA 5P0EA 1MSMA 5P2RA 4YBIA 4I0JA 4CMSA 1F7AA 2P3BB 5P1NA 5P8VA 4APEA 4R5NA 4Y3JA 1ZAPA 3LPJA 3LIQA 2PYNA 2RKFA 3PCZA 3QRSA 3R4BA 4TVGA 4I0IA 4J1CA 4DPIA 2AODA 1G2KA 5C9FA 2F3KA 1T6EX 4EYRA 1FF0C 1META 3MSLA 5P1OA 3SA6A 4FM8A 1EC2A 1K1UA 1YT9A 5P31A 1HIVA 1EBZA 5P2LA 1D4JA 3LZSA 5E5KA 5OZNA 4Q5MA 5P1QA 5P68A 4B72A 4Q1WA 3LIXA 3IVIA 1T7JA 2Q15A 2PSVA 3MSJA 1W6IA 5AH7A 1HOSA 2QCIA 4CPQA 4FRKA 3KDDA 1W5VA 5OZ5A 5CONA 3UQRA 4D88A 4DUSA 1K2BA 1FG6C 3OGPA 4RLDA 5P65A 4HDPA 5P0UA 5P0HA 1LV1A 3NYGA 4COEA 2O40A 4KE0A 1HTFA 3NDXA 2QK5A 5HU1A 5P6KA 3UTLA 3O9BA 5I70A 4Y6MA 1FLHA 5AGZA 1HRNA 1DMPA 3FSMA 2AVOA 1APVE 1QS8A 5P3TA 3RSXA 3GGUA 3DV5A 3QN8A 5P1EA 5KR8A 3LZUA 3KA2A 2NNPA 4DQCA 4EHCA 5P0KA 2I4XA 3S43B 2WEDA 2WF3A 2O4LA 3VYFA 2QI6A 5P4PA 4QJAA 4F74A 1A8KA 2ZE1A 5P5YA 2NMZA 3HDKA 4OD9B 4Y3NA 1BWBA 2J9JA 5P4DA 4YCKA 2B42A 1QBUA 6FIVA 3LIZA 1B6KA 3CYWA 3CIBA 1BXOA 2OHKA 6UPJA 3WZ6A 1LEEA 4GZFA 4ZSRA 2PYMA 4GYEA 5P3CA 4RRSA 2RENA 4Y3PA 1ZSRA 2G1RA 3NU4A 1LF3A 4AA9A 2QZKA 2QMDA 4R95A 2Z4OA 1K6CA 1XN2A 3NXNA 3IVHA 4DVFA 4B1CA 2VNNA 3BXSA 2XFJA 3ZPSA 2NPHA 4Y4GA 3UDQA 5HDZA 2WHHA 3OWNA 3SKGA 2OHMA 3PRSA 2ZHVA 1E80E 4ZIPA 5P8FA 4Y3ZA 1GVUA 1XL2A 2B7FA 1DIFA 1XS7D 4Y57A 4J0ZA 4DQGA 3URJA 2R3TA 5F00A 3A2OA 4Y3RA 3T7QA 1PSOE 4EQJA 1AZ5A 5P0RA 2AVMA 5P6OA 2G69A 5P3QA 3NDTA 5P1MA 2ER9E 1SDUA 5P6UA 3UQPA 5P4OA 4DJXA 1FMUA 3D20A 4Y37A 1FEJC 1YTGA 3FX5A 1GVWA 3KFPA 2I1AA 3NWXA 5HDUA 5P7XA 2H6TA 3PBZA 5P2DA 3NWQA 5P5XA 1MESA 5OYSA 2NMYA 3UFLA 2PSUA 2AVQA 1ZLFA 3L5DA 4PZXA 1HPOA 3WB4A 5KOQA 1KJFA 5P05A 3ER5E 1KJ7A 1PPKE 4JPCA 2G20A 2AVSA 3OUDA 4Y3QA 5P52A 2JYSA 5P79A 3C9XA 5P8HA 2G21A 1ODYA 3KF0A 3DOXA 2Z54A 5OZPA 4DJYA 2BPWA 4FM7A 3OU1B 5P7PA 5P14A 5P7HA 5P53A 5P7TA 5P1SA 2APRA 1YG9A 2IDWA 5P4GA 2FDPA 3PMUA 5P1IA 2R43A 2ER0E 4FE6A 5OZGA 3S45A 4LXAA 3O99A 5P0SA 2V12C 3OTSA 5OZSA 3SA4A 1QBTA 2QMGA 2G26A 4FLGA 2HAHA 4QJ9A 2VJ7A 2OHNA 5OZVA 4I12A 5OZTA 5OZ7A 4Y5CA 5P8IA 2AIDA 5OYRA 2VS2A 2OHTA 5P76A 5P20A 5P62A 5P80A 4BEKA 3CIDA 4Y3XA 5OZ6A 4Y48A 5DQ1A 4Y5LA 4GJ5A 3H0BA 9HVPA 5P8SA 5OYWA 2BBBA 5P4JA 2HS2A 5CLMA 3I6OA 4RZ1A 5E5JA 5P81A 4Y53A 3PCWA 1HSHA 2PK5A 5DQ4A 3K5FA 3NDUA 4RGHA 3ZPTA 2QI7A 4OBZB 5P1UA 5P5EA 3VLAA 2QAKA 5P3NA 5HVPA 4Y56A 3LNKA 3UQUA 3FNSA 3MSKA 4Y54A 5P25A 2WJOA 4KB9A 3TLHA 3FNUA 5AHCA 1YM4A 2AOJA 5P7SA 4I10A 5P0XA 2AOHA 5AH8A 4Y4XA 5P13A 1HVLA 1B11A 3ZKNA 3SFCA 4JPEA 4QGIA 3L5CA 2QZLA 3GI0A 3K1WA 1NPWA 1RQ9A 3U6AA 2BPYA 1MRWA 5P0CA 1PPME 5C9DA 3PI5A 5P7FA 4B00A 5P61A 3UDJA 1M0BA 3TKGA 3RTNA 5P85A 5P89A 4GB2A 5P3JA 4MC2A 5P00A 3JVYA 3S2OA 3FV3A 5IVRA 4I1CA 5P44A 5P4FA 1XN3A 4APRE 4OBJA 4YOAA 4QLHA 5P4HA 4I8ZA 4U8WA 3G70A 3OK9A 3NXEA 1G6LA 4EJKA 5P2XA 1E5OE 5P4NA 1HIIA 3KFNA 5P72A 5IVSA 1RV7A 3L58A 1B6MA 5P5PA 5P01A 5P7YA 2G24A 5P1HA 1KJGA 1T7IA 5P58A 3TTPA 5OZ2A 5P7EA 5P5NA 5OZ9A 4DJUA 2G1SA 3HAWA 4A4QA 5OZWA 5P7MA 4D85A 3ZKQA 3CMSA 1K6VA 3R0YA 5OZFA 2CEJA 2WF1A 5P3HA 3GI5A 2WEZA 3PEPA 5P5GA 1IDBA 5P0JA 1PROA 3TOGA 2RMPA 4TRZA 5P4RA 1ZPAA 4HLAA 4DH6A 5ER2E 5OZZA 3OOZA 5P2MA 4B78A 5I3WA 1YM2A 1HPVA 3K5DA 4GIDA 5OZ4A 3HAUA 4EWOA 2WKZA 4GJDA 1AXAA 2V13A 3NLSA 3SM1A 1Q9PA 1W5WA 3L59A 3IGBA 3TPRA 4F73A 4YD4A 3SO9A 5KQZA 5P3SA 3LINA 5P0AA 1AM5A 3EL4A 1YX9A 1B5FA 5OYUA 1DP5A 3K5CA 1LYWA 3ZKSA 4Y4DA 4YCTA 4CPSA 3PWRA 5P88A 5P7ZA 2MIPA 5ER1E 5P0TA 2Q54A 4EJ8A 4NPTA 2IKOA 1RL8A 3I8WA 3EKWA 5P77A 1TW7A 1ENTE 3DV1A 2VIZA 4YD5A 5P22A 5HU0A 2WF2A 2NNKA 3M9FA 2HPEA 1WBKA 5P6YA 3HZCA 5KR0A 2ZJJA 5KAOA 1MVPA 2JJIA 4NJVA 2FS4A 2ZJHA 5P2OA 2I4DA 4Y5PA 5SY2A 3CKPA 3SQFA 5P4ZA 2QP8A 4OC6B 1BDQA 1HSIA 2OHLA 1OD1A 5P4EA 2R8NA 2IQGA 5P64A 5P56A 2H6SA 4DJPA 2ZJLA 5P26A 1EC0A 1HVJA 4LXMA 2NTRA 4TRYA 3BUHA 1HTGA 5P34A 3WB5A 1VIJA 4QJ8A 4U7VA 2I4WA 2PSGA 5OYZA 3PJ6A 1YTJA 5P7UA 3S7LA 5P1VA 5P2CA 3OU4B 5P1YA 5P38A 1MT8A 5P7JA 5F01A 4Y4AA 4MC6A 4BFDA 4Y3GA 3VFBA 1HIHA 2QZWA 3LHGA 5P6VA 5P66A 2BPXA 3CKTA 3QRVA 4KUPA 3OOTA 4D89A 4OBHA 3TH9A 2IS0A 3NUJA 4DPFA 4LBTA 1LF2A 5P1BA 3VF5A 3KDBA 5P27A 2ZHUA 3DM6A 5P36A 1D4LA 5P35A 2P3AA 3BGBA 3PVKA 5AHBA 3T6IA 1UH7A 1XE6A 3IXJA 1ODXA 4ZPEA 5P23A 1PPLE 3K4VA 2V11C 2O4SA 5P3DA 5P6LA 3PWMA 1HXWA 2QMFA 5P7DA 3ZKXA 3GGVA 4JP9A 5HE4A 5JFPA 4EQ0A 3PSYA 1HVRA 4BFBA 5P4YA 5P6HA 3BRAA 4H3GA 2QU3A 3CYXA 5HTZA 3HBOA 4KE1A 2P4JA 5OZEA 2AOEA 2AZ9A 5P48A 2HS1A 1BIMA 2FGVA 5P4BA 3Q5HA 5P5MA 5P60A 5BS4A 3PMYA 4CPRA 1XL5A 4Y4TA 5P0PA 5P5BA 4Q1XA 3EM6A 3Q3TA 1C70A 2O4PA 4FAEA 3URIA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 1LYB B;  2XYE A;  4QJ7 A;  5HE5 A;  4LP9 A;  5HD0 A;  5DQ5 A;  4FIV A;  1SDV A;  1BBS A;  1HXB A;  2FDE A;  3EKT A;  4OC6 A;  1HPS A;  4Y50 A;  1NPV A;  3ST5 A;  1A9M A;  2F81 A;  5OZI A;  4WY6 A;  5P4T A;  3N3I A;  1G0V A;  5ENK A;  3TPJ A;  2Q11 A;  3IN3 A;  5P45 A;  1FIV A;  3PI0 A;  3HLO A;  3URL A;  3OAG A;  2QI0 A;  2FNT A;  2AOG A;  4NPU A;  2PMA A;  3MXE A;  1FMB A;  2I4U A;  2Q55 A;  4HEG A;  3ZKI A;  1IVQ A;  3OU4 A;  5P3G A;  2VIY A;  5P33 A;  5OZQ A;  1FB7 A;  1SIV A;  3KMX A;  4YE3 A;  5P6M A;  5P47 A;  4GJA A;  4UPJ A;  1AJX A;  2AZ8 A;  5P5K A;  3VF7 A;  3VCM A;  3SAC A;  3LIY A;  3QVI A;  3MWS A;  5P54 A;  4QJ6 A;  5P3W A;  4FSL A;  5P82 A;  3EBZ A;  5BRY A;  1EPR E;  5P8G A;  4TRW A;  3SKF A;  3EL9 A;  1MT7 A;  3TOH A;  5P4M A;  1HBV A;  3KT5 A;  4IVS A;  1W51 A;  5P0V A;  4X7I A;  2AOC A;  1KJ4 A;  2Q3K A;  3EM3 A;  3D1X A;  4DJR A;  4EJL A;  3O9D A;  5KQX A;  2HC0 A;  2QZX A;  3OAD B;  3LIV A;  3B80 A;  4FRI A;  1QDM A;  4I0H A;  5P04 A;  1EED P;  2P3B A;  3LPI A;  5P2I A; 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