3BUFA

Bace-1 complexed with compound 2
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
391
structure length
359
Chain Sequence
RGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGSVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVASIKAASSFPDGFWLGEQLVCWQAWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Tyramine fragment binding to BACE-1
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 95
structure length 359
sequence length 391
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2008-01-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3bufA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3bufA02
2WF0A 4DQCA 5P73A 1KJHA 3DCKA 2WF2A 5P7UA 1SDUA 2OHNA 2WKZA 5HDXA 5P8EA 3L59A 5P5KA 5P6VA 4CPQA 2OHSA 3K4VA 5OZ5A 3BUHA 1IZEA 1OEXA 4LXMA 4QJ9A 5P20A 5P3VA 4TVGA 4DUSA 5OZBA 5P71A 3OOTA 3CMSA 4KB9A 2P4JA 3QN8A 4Y4UA 3IVIA 1AJXA 2Z4OA 1EBWA 5P1PA 4D8CA 4FSEA 1AVFA 3LNKA 5P5GA 1FGCC 2QD6A 4Z2ZA 2HB2A 5P8GA 5COOA 3OXXA 5KR0A 5OZIA 5P4TA 4OBZB 3UF3A 3LIVA 1C6YA 1EC0A 1ER8E 5P43A 4Y3LA 5P3XA 4BELA 3LITA 1HSIA 4RYCA 1Z8CA 3L58A 1UH8A 3FX5A 4I0FA 5P54A 1CPIA 3NU5A 1IZHA 5HDUA 4CPWA 5P6ZA 1LYWA 1RV7A 2ASIA 1BXOA 4Y4TA 3S43B 4QJ6A 2HS2A 3VSWA 2ZJMA 5P1YA 5P4AA 1CMSA 2Q3KA 3S7LA 4PHVA 5P03A 2QHCA 5B18A 5P46A 1ZLFA 1EEDP 4DJVA 1FFIC 3BUFA 2BPZA 2P8HA 1T6EX 2QK5A 1LV1A 1HBVA 5DR1A 5P31A 1FG6C 2UPJA 1ZBGA 1LZQA 4Y50A 1HIHA 1W5YA 5PEPA 5P0QA 1TW7A 3HZCA 2AOHA 3TOHA 5HE5A 5P81A 3PLDA 3KFRA 4L7JA 2P83A 4TRZA 5OZ4A 3CKPA 5ISJA 3CYXA 5P25A 5P39A 1HVIA 1LYBA 1BAIA 2PK5A 4NJUA 1BDQA 5P1SA 4DPFA 4Y47A 3TKGA 4GB2A 5P8SA 4DI2A 2P3DA 4Y3RA 3VLAA 3O9LA 1NPWA 3LPJA 4Y37A 5P1AA 2HAHA 4XX3A 5COKA 4CPSA 5P0ZA 4JP9A 4EXGA 3PSGA 1XN3A 2QZWA 5P37A 5P7PA 5OZUA 5P1VA 4RCDA 1EBYA 5P7YA 4OD9A 5AH6A 2R43A 3EMYA 2NTRA 2QZKA 4Y36A 4Y5NA 2WF1A 2HIZA 2PK6A 2A4FA 4RCEA 1DIFA 1HSHA 4J0VA 4UPJA 4DJOA 3EL1A 1A9MA 5P4YA 1TZSA 5OYXA 5P2AA 4H3IA 2FXEA 3N4LA 5P5DA 4L7HA 4R8YA 4Y6MA 5KOSA 3CKTA 5P7HA 5T4SA 2OHMA 4YD5A 3JVYA 3ER5E 1BV9A 4RYGA 3EL0A 4Q1NA 4J17A 3O9BA 4DJQA 5P0DA 4COEA 1DMPA 3K1WA 3OGPA 5P7JA 3D91A 2CENA 5P5UA 4EJKA 3KFNA 5DR4A 5P0EA 5P2NA 5P7MA 5P47A 2ZE1A 3GI6A 3RSXA 3KM4A 2G1NA 1EPLE 1XE6A 3EKWA 2QNPA 2RKFA 5P38A 2O4NA 2IS0A 3EL4A 5IVQA 4Y3QA 5P7AA 3SM1A 3HAWA 3TPRA 2VIEA 3T7PA 1FMXA 5P23A 4DVFA 4M8XA 3SAAA 3VF7A 4Y3HA 1M43A 1IDBA 1E81E 4LC7A 7UPJA 4PPHA 3FSMA 5P6DA 3MSKA 3GGAA 3T7XA 3HVGA 4YE3A 5P3MA 2ZDZA 2QZLA 1LS5A 4J1EA 2XFKA 5P3OA 3S54A 2AOEA 5P7ZA 2NMZA 1MESA 3CYWA 5EZZA 2OHQA 1D4SA 1BV7A 1EC3A 1Q9PA 4CPTA 1SBGA 2FGVA 3KDBA 1HVSA 2AOIA 2J9KA 5P30A 1IVQA 3HD8A 1FQ6A 3OU4A 1IZIA 2WEZA 5IE1A 2I4WA 2VNMA 3GGVA 3A2OA 2ZYEA 3OQFA 5P6WA 2AVSA 3O9GA 2BJUA 5HVPA 5P64A 5P08A 3NDUA 5OZYA 4GJBA 2F3EA 1YM4A 2EWYA 1GVVA 1U8GA 1HPXA 1IDAA 4ER4E 4Y9WA 2G20A 4IVTA 2NXLA 5OZPA 5P5ZA 5IVSA 5CLMA 5P6SA 3TPPA 4ZIPA 5P1EA 5P0HA 5P4HA 3U6AA 3QPJA 3NWXA 3T11A 1ZJ7A 2P3BB 5P0RA 2QD8A 3D1YA 4XXSA 2FMBA 2G1RA 2QCIA 4YDFA 1HHPA 1SP5A 1UH7A 5P16A 2NXMA 2I4DA 3LHGA 2Q11A 3GI4A 3G6ZA 4EJDA 5P36A 5P00A 1FQXA 3IXKA 3QAAA 3SA7A 5P41A 1HXBA 5P6FA 5P6MA 7HVPA 3URLA 1MSNA 5OZRA 2QHZA 2BKSA 1BBSA 1OEWA 4LBTA 2ZHTA 5P5LA 2IRZA 2V0ZC 3O9EA 2IQGA 1BILA 3CIDA 2IEOA 1K6PA 3FNTA 3UFLA 4YHQA 1NH0A 3UDJA 1B6KA 4QJ8A 3UDMA 4DJPA 1J71A 3TTPA 1A94A 2QU2A 5P1QA 4J0TA 4GMIA 2FDPA 2P3AA 4GZFA 5P1WA 4A6BA 5APRE 1YTJA 3UQUA 3LIQA 3B80A 3L3AA 1HIIA 5P6JA 4DQFA 5P5OA 1MT7A 1E5OE 4YOAA 1A30A 5P4JA 5P80A 1HVCA 3VF3A 3VF5A 2ZJKA 1YM2A 3QRVA 1M4HA 3BUGA 3LPKA 4Y53A 2IGXA 3PBDA 2PH6A 5P4LA 2B7ZA 2NXDA 1D4KA 2VIZA 2NMYA 2I4XA 3TKWA 5P05A 2MIPA 1BVEA 1ODWA 4GJ5A 2QI6A 4Q1YA 3HAUA 4L7GA 3L5BA 3QBHA 5P2RA 5P3IA 5P3SA 2UXZA 3IN4A 2UY0A 2ZHVA 2IENA 3SLZA 5P4RA 1E80E 3BVAA 5F01A 4GYEA 3PSYA 4U7VA 3KT2A 3EKVA 2ZJJA 4FLGA 4FAFA 3VUCA 3INEA 3IXOA 3S43A 2CEJA 1MSMA 2ER7E 4QJ2A 3GW5A 2QD7A 5P42A 2RSPA 5JG1A 4F75A 5P78A 2WJOA 3G72A 5P4WA 4Y3PA 5P62A 5P2LA 4Y5LA 4JOOA 3S8IA 3VV8A 5P0FA 2R3TA 5P76A 5P5FA 2PWRA 1MEUA 1GVXA 1RNEA 5P58A 2G24A 5P3TA 3DK1A 4IVSA 2AZCA 1W6IA 1Z1HA 3K5DA 4Y3GA 5P7GA 4DQEA 5P0PA 4WY1A 1NPVA 4GJCA 4TVHA 2HB3A 2JXRA 2RMPA 5OZMA 2WEBA 2QMGA 3OQAA 1RQ9A 3H5BA 1ZTZA 1FG8C 1SGZA 4GJAA 5P1TA 1M0BA 1K1UA 3T3CA 4Y5EA 5DGWA 2OHRA 5P2TA 4RGHA 5P48A 1MT8A 5P7KA 1BDLA 5DQ4A 3VCMA 1YTGA 5P5VA 1ZSFA 4APEA 2BPVA 2I4UA 1KJ7A 3OQDA 5P4VA 4Y3ZA 4FL8A 4B1EA 4FS4A 3OXWA 4OC6B 5OYZA 5P2VA 4ZPGA 2IGYA 1K6CA 1APWE 5F00A 3SA3A 2V00A 5P3JA 1K6TA 5P7IA 4ACUA 2FXDA 2V16C 3I2LA 4I0ZA 4Y4AA 5IVTA 2ZHSA 3LZUA 3TOGA 1OHRA 5P8PA 1SIVA 5P88A 1K6VA 4YD7A 2ZJNA 2PYMA 2R38A 3ZKIA 2NNKA 2HS1A 3G70A 4RROA 2NR6A 1F34A 3Q3TA 2XFJA 4GJ8A 3R4BA 4CPRA 5P4DA 3ZKGA 2FS4A 3IA9A 5P33A 3PCWA 5P7WA 3NSHA 3PVKA 4I12A 2JJJA 2QHYA 1FEJC 3DCRA 5P8TA 3SPKA 5P6YA 4S1GA 5P83A 3OWNA 5OZSA 5P2JA 5P4UA 1FFFC 1G2KA 5P1HA 3BGBA 2AVMA 3VYFA 2QP8A 5P3GA 1LF3A 1ENTE 5DR8A 5KOQA 4EPJA 4FRJA 4B78A 1EC1A 1XS7D 3I7EA 2V10C 2FDEA 2O4PA 3H0BA 3UPJA 3Q6YA 1IIQA 1GNOA 5JFPA 5P1GA 5OZFA 2APRA 4PYVA 5SY2A 5P8RA 2F3KA 4R95A 5DQCA 5P0KA 4GJ9A 3VLBA 4Y4BA 1GKTA 2QI5A 3KF0A 5P2XA 3NXNA 3HVPA 3TNEA 5P8QA 3DOXA 4K8SA 1D4IA 3QBFA 2ZGAA 4I8WA 3TL9A 4Y5MA 5CONA 5HE7A 5P6AA 4FM7A 5P8CA 2HB4A 4Y3DA 5P8JA 2PC0A 2XYEA 5P77A 2Q64A 2H6SA 1EAGA 3R0YA 4F76A 4QLHA 3O9AA 3EKQA 2VKMA 2G21A 5SY3A 3TPLA 4OBFA 4J1FA 4Y44A 4J1IA 4ZSRA 3SA6A 5P3UA 5P8AA 3URIA 3LIYA 5P1DA 5P14A 1FKNA 2AODA 3VFAA 2WF4A 5P04A 1B5FB 1HPOA 4Y5AA 6FIVA 5P79A 3ZKSA 5P5YA 5ENKA 3S45A 4BFBA 3OY4A 5OZCA 4AUCA 2Q63A 3T7QA 2PH8A 4J1CA 5P2QA 4EQJA 5P50A 4GJDA 3KT5A 5P72A 3SO9A 2WEDA 5P34A 2OHPA 2IDWA 2AOJA 5P63A 5P8DA 2P3BA 4Y3AA 5P09A 1AIDA 5C9DA 5HE4A 5P7TA 5P7XA 2HC0A 3LPIA 5P3PA 4DJRA 5P53A 3EBZA 5BS4A 3QROA 2F3FA 5COPA 1ME6A 2G27A 5AHAA 4HDFA 5P8OA 4CKUA 3NDWA 5P2GA 5KQXA 3KYRA 3NU6A 3INDA 4B70A 4ZLSA 4YD3A 4RVIA 4F73A 3K4VC 5P61A 5OZ2A 2AVQA 4FM6A 4D85A 2VJ9A 3RTHA 3SFCA 5P5MA 3U71A 3VV6A 1GVTA 4Y3XA 2PWCA 5P5NA 1APVE 2IKOA 1EPPE 5P2DA 5P3BA 2PSVA 5P2YA 5P4NA 5P0GA 4HLAA 4Y35A 4EYRA 1D4HA 3PBZA 5P3LA 1GVUA 1ZPAA 3OU3A 1QBSA 5P1XA 5P1MA 5OZVA 2OHTA 2ZJLA 5P44A 4NKKA 3CIBA 3KMYA 1SGUA 2F80A 1XDHA 5P6GA 5UPJA 1AZ5A 1BWBA 5I70A 1QBTA 3L5FA 4R91A 4B77A 5P75A 5P3RA 1SIPA 5P4PA 1HIVA 3UDYA 4Y5PA 2AZ8A 4TRWA 5P0TA 3DV5A 4FGXA 3ZLQA 3EM6A 5AHCA 3M9FA 3JVWA 2QZXA 1XE5A 3SA5A 2RENA 4DJUA 1IZDA 5P1ZA 5P3QA 3S53A 1UH9A 1Z1RA 1MIQA 2FNTA 2FGUA 5OZ7A 5P6TA 2HPFA 4Y58A 5P27A 5P5JA 1HTEA 1KJFA 5KR8A 1K2BA 5OZ1A 3NU4A 5P60A 4FRIA 2VNNA 3APPA 5OYRA 3QRSA 5ER2E 3JW2A 2SAMA 5OZTA 2HPEA 2I4QA 5P7NA 5P65A 1FIVA 4H3JA 2ZHUA 3KN0A 2NNPA 4APRE 1FMUA 4Y3NA 4Y56A 3R2FA 5OZ8A 4Y39A 4J1HA 1JLDA 4HZTA 5P4SA 5P1RA 5HCTA 3QVIA 4TRYA 4YOBA 1SMEA 3PGIA 3PEPA 1HPVA 3UQWA 2IL2A 1YTIA 4Y5CA 5P8NA 2V12C 3IVHA 3L5EA 3VYEA 2AQUA 5AGZA 4H3GA 5P4CA 3RSVA 5P3KA 4AA9A 4J0YA 5P2IA 3UDRA 1QDMA 4GIDA 3B7VA 4DJYA 3QIHA 5P5HA 3BC4A 2G94A 3PCZA 5P0VA 4ZSMA 5OZLA 1XL2A 2H6TA 1EPRE 5P6UA 4Y4EA 1BVGA 3QP0A 5P0LA 5OZXA 2WECA 3UDKA 5P4KA 1B6LA 3GI0A 3QI1A 5P6IA 5P5IA 5P4XA 5P8FA 4ACXA 1SH9A 1W5XA 5P10A 4Y3MA 5P2UA 5P5RA 5P11A 3KDDA 4AZYA 1KJGA 3SQFA 1PFZA 5AH9A 5P2FA 1BIMA 5OZWA 4KE0A 2QI3A 4RRNA 4Y3FA 1ZSRA 3NYGA 4B72A 4EP3A 2QAKA 3RTMA 4Y3WA 1HVLA 4RCFA 5P3AA 1K1TA 1G6LA 4D88A 2Q15A 2WHHA 5P3YA 1HTFA 4OC6A 3ZKQA 3DM6A 3OQ7A 5P82A 2R3WA 3OUCA 3WB5A 1META 3WZ6A 4FE6A 1F7AA 3OUDA 4K4QA 4Y5GA 4K4RA 3NWQA 5OZQA 5P6QA 3EL9A 4Y48A 3APRE 4RRSA 5P0BA 2AZ9A 1HRNA 1HVJA 1W51A 4JPCA 2R5QA 4B00A 5P70A 1FQ8A 3L5DA 4BFDA 5P15A 2B60A 5P6CA 4HVPA 5P6PA 5C9FA 3HBOA 4EQ0A 1GVWA 3DJKA 5J25A 5BWYA 3LINA 2ER6E 3PM4A 1QRPE 2BPXA 4DJWA 1T7JA 3LIZA 2FDDA 3SA8A 1MTBA 5BRYA 1HVHA 4LXKA 3D20A 3PI5A 3QS1A 4Q1XA 3S7MA 1SDTA 4DJXA 5P56A 1D4LA 3PSUA 2QI1A 5P24A 3Q4BA 1WBKA 3CKRA 3R0WA 1K2CA 5P2MA 4EJLA 3NR6A 2BQVA 5P2CA 4RVJA 5OYUA 3SABA 3Q70A 4Z50A 2G26A 5I3YA 1CZIE 5FIVA 9HVPA 5P3DA 2Q5KA 5P0XA 4M8YA 1PSNA 4U8WA 1EPME 3PRSA 1C70A 4NJSA 1FB7A 2I4VA 1EBKC 3R1GB 4ZSQA 5P1KA 4I11A 2V13A 5OZDA 4LL3A 2AIDA 3EM3A 3RTNA 3AIDA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2WF0 A;  4DQC A;  5P73 A;  1KJH A;  3DCK A;  2WF2 A;  5P7U A;  1SDU A;  2OHN A;  2WKZ A;  5HDX A;  5P8E A;  3L59 A;  5P5K A;  5P6V A;  4CPQ A;  2OHS A;  3K4V A;  5OZ5 A;  3BUH A;  1IZE A;  1OEX A;  4LXM A;  4QJ9 A;  5P20 A;  5P3V A;  4TVG A;  4DUS A;  5OZB A;  5P71 A;  3OOT A;  3CMS A;  4KB9 A;  2P4J A;  3QN8 A;  4Y4U A;  3IVI A;  1AJX A;  2Z4O A;  1EBW A;  5P1P A;  4D8C A;  4FSE A;  1AVF A;  3LNK A;  5P5G A;  1FGC C;  2QD6 A;  4Z2Z A;  2HB2 A;  5P8G A;  5COO A;  3OXX A;  5KR0 A;  5OZI A;  5P4T A;  4OBZ B;  3UF3 A;  3LIV A;  1C6Y A;  1EC0 A;  1ER8 E;  5P43 A;  4Y3L A;  5P3X A;  4BEL A;  3LIT A;  1HSI A;  4RYC A;  1Z8C A;  3L58 A;  1UH8 A;  3FX5 A;  4I0F A;  5P54 A;  1CPI A;  3NU5 A;  1IZH A;  5HDU A;  4CPW A;  5P6Z A;  1LYW A;  1RV7 A;  2ASI A;  1BXO A;  4Y4T A;  3S43 B;  4QJ6 A;  2HS2 A;  3VSW A;  2ZJM A;  5P1Y A;  5P4A A;  1CMS A;  2Q3K A;  3S7L A;  4PHV A;  5P03 A;  2QHC A;  5B18 A;  5P46 A;  1ZLF A;  1EED P;  4DJV A;  1FFI C;  3BUF A;  2BPZ A;  2P8H A;  1T6E X;  2QK5 A;  1LV1 A;  1HBV A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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