3BVBA

Cystal structure of hiv-1 active site mutant d25n and inhibitor darunavir
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLNTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Effect of the Active Site D25N Mutation on the Structure, Stability, and Ligand Binding of the Mature HIV-1 Protease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease (Retropepsin)
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2008-01-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3bvbA00
3LNKA 1SMRA 1IZDA 2Q54A 5P0RA 3SABA 4GJCA 2OHUA 5P5TA 3EL4A 5P38A 1HTEA 5P3JA 5P4XA 4Y38A 4D88A 2ASIA 4Y39A 3QROA 5P87A 5P28A 4E43A 5UPJA 1HEFE 6FIVA 3HLOA 5P76A 5IVTA 1W50A 2V13A 5P6YA 5P13A 1EBYA 1MERA 3PMYA 4LBTA 5P6KA 4Y4AA 3ZLQA 5P6UA 5P48A 4DJOA 5P5FA 1CZIE 5OZKA 3NWQA 4JP9A 4Q1YA 5OZ9A 4L1AB 4Y4BA 5P84A 4J1HA 3IN4A 5P6RA 4Y3HA 5P1SA 2QI3A 3U71A 3MSKA 2QZWA 5SXNA 5IVRA 3MSJA 3NUOA 3PWWA 5DQ5A 4RRNA 2UXZA 1HBVA 4JPEA 2A4FA 5P10A 4CPQA 3RTMA 1Z1RA 1TW7A 5P34A 3PM4A 2IKOA 4RRSA 3PSUA 4J1IA 3SAAA 2ZJHA 3G70A 4Y44A 3DCKA 3KMYA 1HSHA 5DQCA 4I8WA 5AH8A 4Y4TA 5OZXA 3LHGA 5P8LA 3KMXA 5ISJA 3VSXA 5P6JA 4OBZB 3HBOA 5P2WA 4D89A 2H6TA 3QVIA 3SKFA 2OHPA 3INFA 1K6PA 5P7XA 4RGHA 3SA6A 1RPIA 2F80A 2HB4A 5P2EA 2PK5A 3UQRA 3D20A 5I3XA 3EL5A 4YD5A 2I4QA 2AQUA 4YD6A 5OYYA 1YM4A 5P23A 4Y3MA 5P50A 5P4YA 5HU1A 1K2CA 4NKKA 5P0LA 3DM6A 2Q11A 2FGUA 2QMGA 1W5VA 2AVSA 1A30A 2B7ZA 1ZPKA 2NXDA 2PYNA 3QBHA 1XE6A 1LF2A 4Y3ZA 4L6BA 5P17A 2APRA 3T11A 3L5BA 2BQVA 5OZNA 2B8VA 1BVEA 5P0EA 4GJ9A 4LAPA 1D4SA 2HPEA 2VS2A 4I0FA 3KA2A 4RCEA 4D83A 3ZMGA 3UDJA 1HSGA 5P4RA 1FQ8A 2AZ8A 2QMFA 5P81A 2A1EA 3B80A 5P14A 5P5RA 3SA8A 4QJ6A 4OBGA 3N3IA 4I0EA 3EL0A 5P3WA 5P8FA 3O9FA 2WKZA 4PEPA 3GI6A 4NJSA 4RLDA 4J1KA 3PVKA 5P03A 4FRJA 4HA5A 4RYGA 5P43A 1HPSA 3OOZA 1SIVA 1FEJC 2P8HA 2R9BA 5P7HA 3O9GA 1HVJA 1APUE 1D4LA 5OZPA 2V0ZC 1AJXA 1HTRB 2HIZA 4YOAA 2RSPA 3AUPA 1APTE 2OF0A 4OBDA 3NDTA 1YX9A 2BPYA 1HIHA 1HTFA 1OEXA 4EXGA 4Y48A 3U7SA 3VYEA 3O9LB 3OTSA 4J17A 4K4PA 1MIQA 5P4TA 3JW2A 3LITA 3D1YA 3VV6A 5P1NA 5P71A 3CICA 2NMYA 2G20A 2QI5A 4A6BA 1SH9A 3UFNA 4YD7A 4Y5GA 2WF4A 3UDNA 4RZ1A 3QP0A 5P7VA 2WEDA 2VA5A 3EKPA 3A2OA 5P0QA 5P5PA 3KDDA 3O9DA 5P8OA 3ZPSA 5P7ZA 2OHTA 4ZPFA 5P15A 5P5SA 5P4NA 2OHLA 4OBZA 5P2GA 5P2UA 5P80A 5OZVA 3TPJA 4GJAA 8HVPA 1NSOA 1FLHA 1PFZA 3L5DA 1DP5A 5P4WA 4EP2A 4COEA 9HVPA 5P1EA 4PHVA 5P3DA 5OZHA 5COOA 5E5JA 1W5XA 5OZBA 5P1ZA 4R93A 4TRWA 5P29A 1KZKA 3D3TA 5P63A 3LPIA 1C70A 5P55A 5P0DA 3KF0A 5E5KA 2F3KA 2CEMA 5P06A 3O9HA 3BXSA 5P4PA 4I0JA 4F73A 1EC1A 4CP7A 4J1EA 4GJ6A 5P4KA 5OYXA 5P51A 1ZAPA 4GZFA 1JLDA 4KB9A 2G26A 1HEGE 4HDFA 5AH7A 3UDMA 1TQFA 2WEBA 3UQPA 3PWMA 3VF7A 2QAKA 4FIVA 3GGUA 3BRAA 4DJRA 4QGIA 3OOTA 4NJVA 5P3MA 4FGXA 2WEAA 2ER0E 1LV1A 4Y58A 1IDAA 1B11A 3VEUA 1LYAA 5P1OA 5P0KA 3HDKA 2Q5KA 1FFFC 2AVOA 5OZCA 5P6SA 2WF0A 4Y4UA 5P1HA 3TH9A 1EPPE 5P4CA 5P8CA 4HZTA 3O9EA 1META 5P6LA 2NTRA 4Y3QA 4NJTA 4Y3GA 1ENTE 4B05A 1AZ5A 2BPWA 2UPJA 5ISKA 5P1XA 5P2AA 5IS4A 1IVPA 2WEZA 5KQZA 1QBUA 2QNQA 3OGPA 1ME6A 3RTHA 5P3OA 5P19A 2FDDA 3L59A 1NH0A 2VJ6A 5AHCA 5P7AA 5P7LA 3QVCA 4Y50A 4FRIA 4DJYA 1KJFA 5P5OA 2ZHRA 1BBSA 5P8JA 3F9QA 4DJQA 4Y53A 4RROA 3R0YA 1QBRA 3KFNA 5P1RA 2O4KA 5P4HA 3LINA 3URIA 4Y41A 3CKPA 1LYWA 5P8MA 2PK6A 4OD9B 5P1QA 1M0BA 5P6IA 3CYWA 3RVIA 3KT2A 1QBSA 3LPKA 1B6PA 5P3VA 4OBKA 2IEOA 5P2RA 3UDKA 2RKGA 5OZLA 2ANLA 4IVSA 3S85A 5P45A 5P5KA 1APVE 1K6VA 1EBZA 4Y35A 5P5GA 5P72A 4EXHA 5P1IA 1FQ4A 2O4LA 1IZEA 2I4XA 3NLSA 5OZ8A 4APEA 1FG8C 4R5NA 3HD8A 1MEUA 3OQKA 3QS1A 3I7EA 2RENA 1ZP8A 5DR8A 1GVTA 5ENMA 3PI0A 1HVLA 1FQ7A 4Q1WA 3INEA 1MTBA 5P24A 5P2HA 3ZKXA 4B0QA 2QMPA 5I3YA 2ZJMA 4S1GA 5P3XA 4EWOA 2NXLA 5P7JA 4MC1A 2P83A 2Q64A 4Y5MA 5P01A 3GI4A 5ER1E 5P2IA 5P8BA 5P3CA 5P7TA 4OBHA 3I8WA 4L7JA 4Y3LA 3OQ7A 5P3SA 5TOLA 5ENKA 4HDPA 4NPTA 1HPVA 3SLZA 4K4QA 5JFUA 5P12A 2F81A 3Q5HA 1EPLE 2P3BB 3S54A 1WBKA 2ZJJA 5P54A 3SM1A 1EEDP 5P6FA 5P4QA 1XN2A 2QP8A 3OXVA 3S2OA 5P6AA 5OZ5A 3ZKNA 1M4HA 3SM2A 2F8GA 5P7NA 1ODWA 1B6JA 4CPWA 4XXSA 3QRVA 1NPAA 4DFGA 2FDEA 3O99A 1TSUA 5OZDA 3INHA 5P32A 3NDXA 2G1SA 3UFLA 4L7GA 3SA5A 2QD6A 2NNKA 1RV7A 5HDVA 1NPVA 1PSNA 4OC6B 2I4UA 1HIIA 1Q9PA 2NNPA 3BGBA 4Y3XA 3ST5A 1ODXA 5P3YA 3GGXA 5P3TA 1IIQA 3OUAA 4RCDA 2H6SA 4GJ7A 5JG1A 3ER5E 3BUHA 4Y4EA 2QHYA 1BDQA 5P0YA 3TKGA 1HWRA 3HZCA 4KE0A 1HPXA 3VF5A 2JJIA 4Y43A 3PEPA 4Y3FA 2HS1A 5P8NA 1MTRA 5HCTA 2QU2A 2ZJIA 3EM6A 4Y3PA 3BHEA 3SKGA 5P5UA 5P22A 3VV8A 4BFBA 4Y3TA 1D4JA 5P2VA 3ZL7A 3WZ8A 1PPLE 1IVQA 3LPJA 2AOCA 2I4DA 3RSXA 2FS4A 4ZSPA 3T6IA 1U8GA 4FRSA 2P3DA 5P88A 5P5MA 3MSLA 3ZKQA 1F7AA 1HPOA 3NDWA 3URLA 4BEKA 1MPPA 2WF3A 5P0WA 1SP5A 4M8XA 1EPOE 4Y36A 1WBMA 5OZMA 5P7GA 3OWNA 2AOIA 5P7PA 2P3AA 1C6XA 3PBDA 4I12A 5OZIA 3PCWA 5AHAA 5P58A 4CKUA 1E81E 3UTLA 2WF2A 4EJDA 3KDBA 3K5DA 5P6HA 5SZ9A 4AMTA 1AIDA 1BDRA 2PYMA 3SPKA 1ODYA 2FLEA 3ZOVA 3WZ7A 3TNEA 3EL9A 3OTYA 5P4VA 5P0SA 1K1UA 2P3BA 1UH7A 1TZSA 5P4UA 5P1DA 1MRXA 4APRE 5P36A 1YTJA 1LS5A 3SA4A 1GVUA 1W6IA 1EPRE 5DPZA 3EKYA 2QU3A 5P0VA 3FIVA 4FLGA 4FRKA 5P1JA 3T7XA 5P5VA 4DVFA 4MC9A 3H0BA 3LZSA 2CENA 2FGVA 1BIMA 2IDWA 2P3CA 1ZTZA 2VKMA 5P1MA 2ER9E 1HVHA 4FM7A 3UDHA 2BJUA 3EKVA 3G6ZA 1B6MA 4X7IA 5HE7A 3NDUA 5P6MA 3LIVA 4Y5LA 5P2OA 5OYTA 3S56A 4OC6A 1FMXA 3O9IA 4HE9A 4R91A 2R43A 3UF3A 4Y5AA 3PHVA 1BAIA 4DH6A 3GGAA 2F3EA 3OQFA 1EC2A 5OZFA 5J25A 1B5FB 3OY4A 5OZUA 4ER4E 5KOSA 2G1YA 3NU4A 3OUDA 5P26A 3H5BA 2OHKA 2V10C 5C9FA 4F76A 5OZJA 3FX5A 1MT7A 4PZXA 1FKNA 3EMYA 5P3UA 4DPIA 3VUCA 1XS7D 4FSEA 5P69A 5COKA 4I10A 3HAWA 4ZPGA 4Y4DA 5OZZA 2MIPA 2IRZA 1IZIA 5P5WA 3PB5A 5P6OA 1B6KA 5P4GA 3MXEA 2AOJA 3FNSA 3VG1A 4Y5CA 5P2NA 1LYAB 5KQYA 2J9KA 1BWBA 5P8HA 3OK9A 2QI4A 4LC7A 3SACA 1D4IA 5HU0A 4GB2A 3FKTA 4Y3YA 5HDZA 1NPWA 4AA9A 5P09A 3RSVA 2OAHA 2JXRA 3FSMA 4B72A 3EKWA 3OQAA 2QHZA 5P6PA 1FB7A 3MXDA 3OXWA 2FIVA 3R4BA 5EZZA 2VNNA 3KFSA 5OYQA 2QZXA 1T7KA 5CONA 3UDRA 4KE1A 4QJAA 7HVPA 4KUPA 3LIQA 5BS4A 4ZSQA 4WTUA 3Q4BA 5P37A 4QJ8A 5P6VA 2G69A 1YTGA 1N49A 4YD4A 4BELA 3ER3E 4EHCA 1F34A 1YT9A 5P3KA 3OAGB 2ZHTA 1LYWB 3TOFA 1MUIA 5P82A 2NXMA 4J0TA 4BFDA 1YTHA 4EQ0A 1PROA 3IN3A 2WJOA 2JYSA 5P70A 1CPIA 2XYEA 1PSAA 2G1NA 4TVGA 2HPFA 4J0PA 3TTPA 2NPHA 1BXOA 1SBGA 1VIKA 1APWE 1GVXA 5FIVA 1XL5A 3NR6A 5P44A 5P42A 4R92A 4JECA 2QCIA 5DGUA 3QRMA 5ER2E 4LXKA 5P7UA 7UPJA 2I0AA 3C9XA 3PWRA 3TPPA 5P6GA 1HVRA 2AIDA 5AHBA 1RQ9A 5P3HA 1MESA 5P5XA 5P66A 1GKTA 3IVIA 1HHPA 3ZKIA 5P46A 4DJWA 5IVQA 5P7CA 5P61A 4F74A 5P25A 1AXAA 1B5FA 3O9CA 5KR2A 2ER6E 3I25A 5OZ1A 3IXOA 2FXDA 5P0AA 2VNMA 3CIDA 5IE1A 1DIFA 4U7VA 3PJ6A 1T6EX 5HDXA 2I4WA 4DJVA 3KFRA 4OBJA 1MSNA 4RVJA 4B1DA 2HAHA 5P8SA 5F01A 5P6XA 1G0VA 3JVWA 4X2LA 4J0YA 5P4IA 1EAGA 1FFIC 1G35A 3QBFA 4Q1NA 5P2ZA 4Y4GA 4Y5KA 2AODA 5P1LA 4B78A 4J1FA 5P68A 3L3AA 2EWYA 1FMBA 3DJKA 2NMZA 1T3RA 2B42A 2P4JA 4CPUA 1MT8A 4Y4JA 1MVPA 3D1XA 3EL1A 5KR8A 5P5AA 5P1YA 5P1KA 1PPME 3QAAA 4J0ZA 2IS0A 5P47A 2UY0A 5P0IA 1CMSA 3EC0A 2BPZA 4YCTA 4R95A 5COPA 1FGCC 5P20A 5P89A 4EJKA 4CPSA 3NU6A 2OHRA 4Y4ZA 6APRE 3IXKA 1DAZC 3APPA 3OHHA 3UCBA 2B7FA 5OYWA 1HXWA 3L58A 5P2SA 5P4AA 2B60A 2QD8A 4GJ8A 3TOHA 3I2LA 4EJLA 5DQ1A 5P2DA 3TKWA 1KJGA 5OZ4A 1T7IA 3OXXA 5P8PA 1D4KA 5P0CA 2BPVA 3OAGA 1E5OE 3SA3A 3UQUA 3KN0A 5P3IA 3CKTA 5OYSA 3O9AA 5P73A 3VFAA 2G22A 3R2FA 4NPUA 4D85A 1KJ4A 5P56A 3UHLA 4YHQA 2RMPA 5DR7A 5P0NA 1G6LA 2AOFA 1M43A 2BKSA 5P0FA 4ACXA 2ZHSA 5P86A 3WZ6A 5P3GA 2FDPA 1E80E 4FE6A 4Y4WA 4AZYA 2OHQA 4YD3A 4HDBA 4Y5EA 5C9BA 5P5DA 5P8VA 4FSLA 1FF0C 3RTNA 1BVGA 4Y57A 3GI0A 4Y5NA 5OYVA 4XKXA 5DR4A 5APRE 5P60A 5P7BA 2RKFA 1GNOA 5P33A 2VIYA 4PYVA 4Z4XA 1BV9A 1RNEA 1DMPA 2R5QA 5P4FA 4ZE6A 3GGVA 1W5WA 5P3FA 4N00A 3BUFA 5P35A 3EKQA 5OZ7A 5P6NA 1QRPE 5P2LA 1HVIA 5P7MA 3UQXA 3SQFA 1T6GA 2G94A 2WL0A 4R8YA 2G24A 2ZYEA 5P5BA 4AUCA 1DPJA 4IVTA 4DQBA 1A8KA 5KQXA 1HXBA 1AAQA 4J5JA 3WSJA 1MSMA 3VF3A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3LNK A;  1SMR A;  1IZD A;  2Q54 A;  5P0R A;  3SAB A;  4GJC A;  2OHU A;  5P5T A;  3EL4 A;  5P38 A;  1HTE A;  5P3J A;  5P4X A;  4Y38 A;  4D88 A;  2ASI A;  4Y39 A;  3QRO A;  5P87 A;  5P28 A;  4E43 A;  5UPJ A;  1HEF E;  6FIV A;  3HLO A;  5P76 A;  5IVT A;  1W50 A;  2V13 A;  5P6Y A;  5P13 A;  1EBY A;  1MER A;  3PMY A;  4LBT A;  5P6K A;  4Y4A A;  3ZLQ A;  5P6U A;  5P48 A;  4DJO A;  5P5F A;  1CZI E;  5OZK A;  3NWQ A;  4JP9 A;  4Q1Y A;  5OZ9 A;  4L1A B;  4Y4B A;  5P84 A;  4J1H A;  3IN4 A;  5P6R A;  4Y3H A;  5P1S A;  2QI3 A;  3U71 A;  3MSK A;  2QZW A;  5SXN A;  5IVR A;  3MSJ A;  3NUO A;  3PWW A;  5DQ5 A;  4RRN A;  2UXZ A;  1HBV A;  4JPE A;  2A4F A;  5P10 A;  4CPQ A;  3RTM A;  1Z1R A;  1TW7 A;  5P34 A;  3PM4 A;  2IKO A;  4RRS A;  3PSU A;  4J1I A;  3SAA A;  2ZJH A;  3G70 A;  4Y44 A;  3DCK A;  3KMY A;  1HSH A;  5DQC A;  4I8W A;  5AH8 A;  4Y4T A;  5OZX A;  3LHG A;  5P8L A;  3KMX A;  5ISJ A;  3VSX A;  5P6J A;  4OBZ B;  3HBO A;  5P2W A;  4D89 A;  2H6T A;  3QVI A;  3SKF A;  2OHP A;  3INF A;  1K6P A;  5P7X A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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