3BXSA

Crystal structures of highly constrained substrate and hydrolysis products bound to hiv-1 protease. implications for catalytic mechanism
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
97
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPVEIGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structures of Highly Constrained Substrate and Hydrolysis Products Bound to HIV-1 Protease. Implications for the Catalytic Mechanism
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase
total genus 17
structure length 97
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2008-01-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3bxsA00
1FLHA 3S43B 4Y4ZA 4Y3FA 4FRKA 6UPJA 2CENA 5P6OA 1OD1A 3OADB 5P6FA 1LZQA 3ER5E 1B11A 3T7XA 3RTMA 5P76A 2VJ6A 4D8CA 2ZJNA 1EPPE 5P7PA 2I4VA 1MSNA 1U8GA 3QBHA 2NMYA 2QHYA 4ZPEA 1PFZA 2VA7A 5OZIA 5P04A 1K6CA 3VYEA 2HPEA 1PSNA 2J9JA 4Y9WA 4FCOA 5P0WA 2APRA 3UDJA 5P2JA 4FGXA 3NU5A 1EEDP 4PZXA 4Y4AA 5P6XA 3TKWA 2PH6A 2XFKA 1MTBA 3ZKXA 3UDQA 4J0YA 5P00A 5OYQA 5BRYA 4I11A 1HSGA 1KZKA 3BRAA 3IXKA 3HD8A 4HE9A 5P7FA 4Q1XA 2VA5A 5P08A 2AVOA 1FQ4A 5P8EA 5P8UA 2B60A 2B7ZA 2BKTA 1IVPA 2P3BB 2Q11A 2VA6A 2WKZA 3U6AA 3QAAA 3O9IA 5P6PA 2R5QA 4YBFA 5P1ZA 1IDAA 2FS4A 4DJYA 5DR0A 5P2ZA 5P0PA 5P33A 1QBRA 3OGQA 4DH6A 3S7LA 1ZPKA 5OYVA 3CICA 4ZEAA 5AGZA 2QI7A 4DJQA 2B7FA 4J0TA 3I8WA 3MSKA 4GJ8A 3MSJA 4Y5PA 3UDKA 4AA8A 1ZTZA 4Z50A 5P0AA 3OAGB 3D20A 2NNKA 5P2IA 3IXJA 5P4DA 3EKXA 4HZTA 2WF3A 5P6BA 1GVWA 3UF3A 1YTIA 5OZ7A 2VJ7A 3CIBA 4DJUA 2G69A 4L1AA 3S54A 2QP8A 1DMPA 1IZDA 5P57A 2AIDA 5OZ6A 3LPKA 1MT7A 3O99A 5COKA 5DQ5A 3FKTA 4FL8A 3TOFA 2NNPA 5HE4A 3VLAA 2QHCA 2WECA 4EJ8A 2NXDA 1MIQA 5OZKA 5I3WA 1MRWA 4LC7A 1DPJA 3DJKA 3PJ6A 2RENA 1HVHA 5P0DA 2HS2A 1BDRA 5ENKA 5P7CA 5P0XA 3ZMGA 4EYRA 5EZXA 4QGIA 5P0RA 5P4XA 5P3LA 4CPTA 4RYCA 1FIVA 4WY6A 2AVQA 1GNOA 2OHRA 4FRSA 5HVPA 1AJVA 5P8CA 4NJVA 5P5QA 3OQ7A 1XN2A 2OHNA 3ZKGA 2ZJKA 1MT8A 2R43A 3UFNA 5OYZA 3EKQA 3INFA 5P37A 2JXRA 5P5TA 3UDPA 1CPIA 4Y3JA 2AZCA 4K9HA 1T6GA 1K6PA 7HVPA 5P6RA 4J1HA 4RRNA 5P77A 2UXZA 2ZJHA 5P43A 4E43A 3R4BA 1HTGA 3NU4A 1HRNA 2AOGA 4GIDA 1D4IA 2I4DA 5P1XA 5P3AA 3KDCA 1XN3A 1EC2A 3UDMA 5AH6A 3NDWA 4A4QA 3S8IA 1RV7A 5P5NA 3JVYA 3I6OA 3EKPA 1FQ7A 5I3VA 4QJ9A 5P89A 5P8RA 5P13A 5P2NA 4GB2A 2FXEA 3WB5A 4Y38A 1HWRA 5C9FA 5P2FA 4TRYA 5ER2E 3HAUA 3ZPSA 4NPTA 5P1CA 1A30A 3NSHA 1W51A 3DV5A 1W6HA 4YD5A 1VIKA 2BB9A 4JECA 1EBKC 5P5YA 1ZSFA 2WHHA 3OU1A 3TTPA 1IZEA 5P8PA 4FM6A 1ODYA 3BXSA 3KFSA 1NPAA 4Y53A 4AA9A 4GMIA 2Q54A 4DQEA 5IVQA 4HVPA 1META 5DPZA 3WSJA 5P3TA 5P1DA 5P6WA 4GJDA 3TPLA 5OZXA 4RZ1A 3UDRA 2AQUA 3ZKIA 3NDTA 1EBWA 5P6ZA 1G6LA 1B5FB 1YTGA 1EPRE 2QU2A 4JPCA 1E80E 4KE0A 4DJVA 3EM6A 5P3GA 5P2XA 2ZGAA 5P47A 3VFAA 2F8GA 5P4OA 2AOCA 5P1YA 4I12A 5P2DA 3BUFA 4Y4JA 2G26A 5P3DA 5KQYA 3VEUA 3AUPA 3INDA 1SDUA 2O4PA 4Y50A 5P6KA 3MXDA 4R95A 2H6SA 3OUDB 4A6BA 1IZHA 4LL3A 3KYRA 1C6ZA 5P3BA 3I25A 4DV9A 4MC1A 5P38A 3PSUA 5OZVA 5P1AA 5P1OA 1LF2A 1MEUA 5P27A 1Z1HA 5HD0A 2Q3KA 3OTSA 2ZYEA 3QS1A 3IXOA 5P8LA 5P7DA 4YCKA 4HEGA 4S1GA 2HM1A 5P5RA 4FE6A 6FIVA 4L6BA 4OBZB 3PHVA 4GJ9A 4I8WA 4B72A 1AJXA 2VNMA 2OHTA 1HIHA 1KJ7A 5IVTA 4AMTA 3SFCA 1BDLA 2QNQA 5P4RA 3R1GB 2NXLA 5IS4A 1D4JA 3T6IA 3Q5HA 1TCXA 1G0VA 4RCFA 1WBMA 2R3TA 3SAAA 4ZPFA 3SM1A 5P84A 4A6CA 3T11A 1FMUA 2V0ZC 3NXEA 4DQBA 1B6JA 5P61A 4XXSA 4TVGA 2Q63A 3QVIA 2JYSA 3T3CA 3D1YA 5F01A 3HW1A 2QI3A 3URIA 4J1CA 1ME6A 2PH8A 3OQFA 4L7HA 1BWAA 1HVRA 3TLHA 1LS5A 5SY3A 1NPVA 4X7IA 2HAHA 2QZXA 3EM3A 1XL2A 1PROA 4CP7A 2HB4A 1XS7D 2IRZA 5OZNA 1EPQE 1ZP8A 5P6EA 5P4NA 4ZIPA 5P1IA 5P3PA 1M4HA 1HIIA 5P5KA 4ACUA 5P1UA 3QRMA 3DM6A 2P8HA 3S43A 3IVHA 5P7TA 5JODA 2ZHSA 3OXWA 3VF7A 3GGXA 1IIQA 3GGVA 5P40A 3KFNA 5P0KA 3OADA 1YM2A 3O9EA 4YD4A 5P8IA 3ZKMA 1FQXA 2F3KA 4YDFA 4Y54A 5P0ZA 4M8XA 5P7MA 3O9DA 5P4AA 3FX5A 3MWSA 4OBKA 3OQKA 3EL4A 3IVIA 5P1BA 5BS4A 2AVMA 4EWOA 2O40A 2Q15A 3OGPA 4I0JA 3O9FA 1D4SA 3VSWA 4B77A 3RVIA 5OYXA 3PM4A 5ISKA 4Y5LA 3JVWA 3SLZA 3LZSA 5P4GA 2QI4A 5P4WA 4QJ2A 4Y3TA 3S7MA 3WZ8A 5P4EA 5P5JA 5P1KA 5P3QA 1FQ5A 3PRSA 4OC6B 2QMGA 2F3FA 5P0NA 3QP0A 1K6TA 2FNSA 6APRE 5HTZA 4F76A 3VG1A 5DR3A 1EPME 1LF3A 2P3BA 1G35A 5P17A 5PEPA 2I0DA 5P06A 3OU4B 5OYYA 4ZE6A 1LF4A 4R91A 1HTRB 1XDHA 5AH8A 5P5FA 4BELA 3NWXA 2I1AA 4FRJA 2VIJA 4EJKA 1K1UA 2PK6A 5DQ4A 4JOOA 3T7QA 3OUBA 5OZFA 2ZHVA 4Y48A 5P46A 1UPJA 3OAGA 2HPFA 3VV6A 4GJBA 3PMYA 2ZDZA 5P6MA 2PYNA 1C6YA 5P0TA 1FEJC 5P0GA 3NLSA 2FGVA 3TPPA 4FM8A 5P80A 5P7QA 1MUIA 2OHLA 2WF0A 3F9QA 3EC0A 5P1WA 1BIMA 1BVGA 3Q4BA 2QMFA 1RL8A 3EL5A 2QI0A 5P3NA 3L5DA 5P3ZA 5P3WA 3RTHA 5P7SA 5P85A 4F74A 5KAOA 3BC4A 5IE1A 4OD9B 2HB2A 2G1RA 4L7GA 3S53A 1OHRA 4GJ7A 3VCMA 1BAIA 1FB7A 2G94A 1SGUA 3NR6A 2VJ9A 1HPOA 3APPA 7UPJA 5P4JA 3K5FA 5P1MA 5P5MA 4CPWA 4F73A 5P0EA 3G72A 4I8ZA 5P4UA 4EPJA 5P5CA 3NDXA 5P0MA 5P39A 1TW7A 2IGXA 1W5XA 1A8GA 1MESA 1MERA 3M9FA 4Y3ZA 5P8DA 4Y4EA 1VIJA 3JW2A 3DCKA 5P4CA 3OXCA 5P3HA 1ZBGA 3SM2A 1LV1A 4U7QA 4HA5A 5P7LA 4Y3WA 5P19A 1HPVA 4ZSQA 1HVSA 1ZLFA 3K5GA 4B0QA 3PB5A 3APRE 3NDUA 4RLDA 4J5JA 2SAMA 4YOBA 1C6XA 5P3FA 4CPUA 3BUGA 2NTRA 1LYBB 5IVSA 3NU3A 4ZSMA 3I7EA 3OHHA 3H5BA 5OZZA 4BFDA 4HDPA 2G20A 3OUCA 4CPQA 2ER0E 5P4FA 5P3UA 1A94A 1IDBA 5P56A 3PMUA 2UPJA 5E5JA 3L5BA 3KFPA 3ZKNA 1AIDA 5P6QA 4Z2ZA 2PMAA 5P02A 3NU9A 2QI6A 5P2GA 4MC6A 1SMEA 3QVCA 5P6UA 3UQUA 2QZKA 5SXNA 3L58A 5OZRA 4I10A 5P8SA 5P2MA 5OZQA 5P87A 1W5WA 5P83A 5P32A 4B1CA 4DJXA 2ZJIA 2VIYA 5KQFA 4PHVA 4KE1A 1ZSRA 2G1YA 5COOA 5P4BA 3QROA 5P20A 5P71A 3HLOA 5P0HA 5P5GA 2QNNA 3VF3A 2PC0A 4B78A 5P78A 5P7AA 1TZSA 1UH9A 1UH8A 8HVPA 4J1EA 1B5FA 5F00A 1GNNA 5P66A 5P2QA 2QD7A 4Y5KA 3QPJA 4ZSRA 3DK1A 2IKOA 1APWE 2FGUA 1HPXA 4M8YA 2I4XA 4Y4XA 2BJUA 2NPHA 2XFIA 4J17A 4X2LA 3VV8A 3UPJA 5DQ2A 4GJ6A 3PLDA 3EKYA 3OUDA 5P6GA 5P70A 5P1NA 5P2RA 5BWYA 3KT2A 4B05A 1DW6C 5P8VA 5P4IA 5P23A 2QMPA 4Y5MA 2IKUA 5P5EA 4Y57A 1SP5A 4MC2A 3R0WA 5JFPA 3PBDA 3R0YA 3IN3A 4H3IA 4JP9A 4D89A 2OHPA 4OBZA 5KR1A 3GW5A 4RROA 3OK9A 3LIQA 4J54A 5P45A 5P4ZA 5P5LA 4DJRA 2PSUA 2QZWA 5CLMA 3KFRA 1NPWA 2QHZA 5HDZA 4H3GA 1B6KA 3L5EA 3Q6YA 5P36A 5OZPA 3L5CA 4DFGA 2FDDA 1FKNA 2O4KA 3BVAA 1T3RA 4EQ0A 1ZAPA 4Y47A 5P5HA 5TOLA 2Q64A 3PEPA 4Y3XA 5P1JA 4I0HA 5P55A 3QRSA 4DPFA 1EAGA 4IVSA 4LXAA 3UQRA 2RSPA 3QBFA 3VFBA 4EXHA 4B1DA 2WF1A 5P7YA 2AOHA 5KQZA 1E81E 4YD7A 1DP5A 2HIZA 5P69A 2XFJA 2I4QA 5P28A 2O4NA 4PZWA 3UTLA 3UQXA 3FSMA 4FSEA 4UPJA 5P2AA 1QBUA 2PWCA 1T6EX 4K4QA 5P8AA 5OZUA 3LNKA 5P5XA 2ZJMA 3LIVA 1TQFA 1RQ9A 3K5CA 1ENTE 4HDFA 3OQDA 3D1XA 4EXGA 1FQ8A 3RTNA 1SH9A 5P1PA 2QI1A 3NUJA 2EWYA 5P0OA 1HHPA 3PVKA 3ZPUA 3TPJA 1Z1RA 3PSGA 3PLLA 4R5NA 5DR7A 5P1QA 5P7VA 3SA7A 2QCIA 3SKFA 2P3AA 3ZOVA 5P60A 3WB4A 4DQGA 4Z22A 4Y37A 3KMYA 1FGCC 1ODWA 3SA4A 1CZIE 4K4PA 2AZBA 2V11C 1A9MA 1PSOE 5OZ3A 2VS2A 3NYGA 5P50A 2I4WA 3ZLQA 3K1WA 5OZ4A 3A2OA 4QJ7A 3BXRA 5P72A 2ASIA 4QLHA 1PPLE 5P25A 2QD6A 1LYWB 1KJFA 5P6SA 2MIPA 2QK5A 4Q1WA 4Y4WA 4J55A 1YM4A 5P1LA 2BQVA 3T7PA 5P8QA 5DGUA 1EC3A 4I1CA 5P4YA 3U7SA 2B8LA 5JFUA 5P4MA 1GNMA 5P5PA 4Y39A 3O9BA 5P0VA 4OC6A 4YOAA 4N00A 2G22A 3INHA 3HZCA 4DQFA 1SDTA 3HVGA 3NXNA 1J71A 4NJTA 5P2BA 5P6CA 4B70A 5ENMA 1APUE 1MPPA 3OU4A 5P3CA 3B80A 3PI5A 2J9KA 1DIFA 2B42A 3DOXA 3URLA 4EP3A 5OZGA 3VLBA 1LYAB 2WEBA 5P74A 3EM4A 5P0JA 3OWNA 3SA6A 1BBSA 5P6JA 1SBGA 1E82E 5CONA 4EQJA 4QJAA 5P3JA 2WJOA 5OZEA 1QBSA 3HVPA 1ZJ7A 2PSGA 1BILA 4ER4E 2ANLA 2IDWA 3KM4A 5EZZA 1K2CA 2G1SA 3BHEA 4FSLA 2H6TA 4B00A 4Y5CA 1EC1A 3GI4A 5P12A 4RVXA 5KOSA 4J0ZA 5P6NA 2V16C 4ZLSA 4Y4DA 3OXXA 4Y4GA 4Y45A 3O9CA 3GGUA 4K8SA 3C9XA 5P53A 5P8GA 5P6LA 5P6YA 4Y3NA 5P2KA 4DJWA 4OD9A 1FG6C 1CMSA 2OHQA 4R92A 4KUPA 1Z8CA 5P1FA 4LBTA 5P18A 3LINA 3VV7A 5HDVA 1HOSA 5P2CA 2P4JA 1M0BA 4XKXA 4F75A 5HDXA 5P5BA 5AH7A 5P63A 3ZPTA 1K1TA 3D1ZA 3EKTA 1EPOE 3SPKA 4RGHA 5P2WA 3FIVA 4EP2A 5HE7A 5P75A 3LPIA 2BPYA 3AIDA 1HTEA 5P3IA 2IS0A 1QRPE 3GI6A 4Y3HA 5P22A 3B7VA 5P4QA 1QDMA 5P59A 5P31A 2RMPA 2V12C 3LPJA 1TSQA 5OYTA 5SZ9A 5P49A 5P52A 2JE4A 4Y5GA 1KJHA 2I4UA 2XYFA 2ER6E 4LXMA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1FLH A;  3S43 B;  4Y4Z A;  4Y3F A;  4FRK A;  6UPJ A;  2CEN A;  5P6O A;  1OD1 A;  3OAD B;  5P6F A;  1LZQ A;  3ER5 E;  1B11 A;  3T7X A;  3RTM A;  5P76 A;  2VJ6 A;  4D8C A;  2ZJN A;  1EPP E;  5P7P A;  2I4V A;  1MSN A;  1U8G A;  3QBH A;  2NMY A;  2QHY A;  4ZPE A;  1PFZ A;  2VA7 A;  5OZI A;  5P04 A;  1K6C A;  3VYE A;  2HPE A;  1PSN A;  2J9J A;  4Y9W A;  4FCO A;  5P0W A;  2APR A;  3UDJ A;  5P2J A;  4FGX A;  3NU5 A;  1EED P;  4PZX A;  4Y4A A;  5P6X A;  3TKW A;  2PH6 A;  2XFK A;  1MTB A;  3ZKX A;  3UDQ A;  4J0Y A;  5P00 A;  5OYQ A;  5BRY A;  4I11 A;  1HSG A;  1KZK A;  3BRA A;  3IXK A;  3HD8 A;  4HE9 A;  5P7F A;  4Q1X A;  2VA5 A;  5P08 A;  2AVO A;  1FQ4 A;  5P8E A;  5P8U A;  2B60 A;  2B7Z A;  2BKT A;  1IVP A;  2P3B B;  2Q11 A;  2VA6 A;  2WKZ A;  3U6A A;  3QAA A;  3O9I A;  5P6P A;  2R5Q A;  4YBF A;  5P1Z A;  1IDA A;  2FS4 A;  4DJY A;  5DR0 A;  5P2Z A;  5P0P A;  5P33 A;  1QBR A;  3OGQ A;  4DH6 A;  3S7L A;  1ZPK A;  5OYV A;  3CIC A;  4ZEA A;  5AGZ A;  2QI7 A;  4DJQ A;  2B7F A;  4J0T A;  3I8W A;  3MSK A;  4GJ8 A;  3MSJ A;  4Y5P A;  3UDK A;  4AA8 A;  1ZTZ A;  4Z50 A;  5P0A A;  3OAG B;  3D20 A;  2NNK A;  5P2I A;  3IXJ A;  5P4D A;  3EKX A;  4HZT A;  2WF3 A;  5P6B A;  1GVW A;  3UF3 A;  1YTI A;  5OZ7 A;  2VJ7 A;  3CIB A;  4DJU A;  2G69 A;  4L1A A;  3S54 A;  2QP8 A;  1DMP A;  1IZD A;  5P57 A;  2AID A;  5OZ6 A;  3LPK A;  1MT7 A;  3O99 A;  5COK A;  5DQ5 A;  3FKT A;  4FL8 A;  3TOF A;  2NNP A;  5HE4 A;  3VLA A;  2QHC A;  2WEC A;  4EJ8 A;  2NXD A;  1MIQ A;  5OZK A;  5I3W A;  1MRW A;  4LC7 A;  1DPJ A;  3DJK A;  3PJ6 A;  2REN A;  1HVH A;  5P0D A;  2HS2 A;  1BDR A;  5ENK A;  5P7C A;  5P0X A;  3ZMG A;  4EYR A;  5EZX A;  4QGI A;  5P0R A;  5P4X A;  5P3L A;  4CPT A;  4RYC A;  1FIV A;  4WY6 A;  2AVQ A;  1GNO A;  2OHR A;  4FRS A;  5HVP A;  1AJV A;  5P8C A;  4NJV A;  5P5Q A;  3OQ7 A;  1XN2 A;  2OHN A;  3ZKG A;  2ZJK A;  1MT8 A;  2R43 A;  3UFN A;  5OYZ A;  3EKQ A;  3INF A;  5P37 A;  2JXR A;  5P5T A;  3UDP A;  1CPI A;  4Y3J A;  2AZC A;  4K9H A;  1T6G A;  1K6P A;  7HVP A;  5P6R A;  4J1H A;  4RRN A;  5P77 A;  2UXZ A; 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 3DCK A;  5P4C A;  3OXC A;  5P3H A;  1ZBG A;  3SM2 A;  1LV1 A;  4U7Q A;  4HA5 A;  5P7L A;  4Y3W A;  5P19 A;  1HPV A;  4ZSQ A;  1HVS A;  1ZLF A;  3K5G A;  4B0Q A;  3PB5 A;  3APR E;  3NDU A;  4RLD A;  4J5J A;  2SAM A;  4YOB A;  1C6X A;  5P3F A;  4CPU A;  3BUG A;  2NTR A;  1LYB B;  5IVS A;  3NU3 A;  4ZSM A;  3I7E A;  3OHH A;  3H5B A;  5OZZ A;  4BFD A;  4HDP A;  2G20 A;  3OUC A;  4CPQ A;  2ER0 E;  5P4F A;  5P3U A;  1A94 A;  1IDB A;  5P56 A;  3PMU A;  2UPJ A;  5E5J A;  3L5B A;  3KFP A;  3ZKN A;  1AID A;  5P6Q A;  4Z2Z A;  2PMA A;  5P02 A;  3NU9 A;  2QI6 A;  5P2G A;  4MC6 A;  1SME A;  3QVC A;  5P6U A;  3UQU A;  2QZK A;  5SXN A;  3L58 A;  5OZR A;  4I10 A;  5P8S A;  5P2M A;  5OZQ A;  5P87 A;  1W5W A;  5P83 A;  5P32 A;  4B1C A;  4DJX A;  2ZJI A;  2VIY A;  5KQF A;  4PHV A;  4KE1 A;  1ZSR A;  2G1Y A;  5COO A;  5P4B A;  3QRO A;  5P20 A;  5P71 A;  3HLO A;  5P0H A;  5P5G A;  2QNN A;  3VF3 A;  2PC0 A;  4B78 A;  5P78 A;  5P7A A;  1TZS A;  1UH9 A;  1UH8 A;  8HVP A;  4J1E A;  1B5F A;  5F00 A;  1GNN A;  5P66 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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