3CIBA

Structure of bace bound to sch727596
Total Genus 104
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
104
sequence length
390
structure length
390
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Rational design of novel, potent piperazinone and imidazolidinone BACE1 inhibitors
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 104
structure length 390
sequence length 390
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2008-03-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3cibA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3cibA02
1BXQA 1YTGA 5P6KA 3EM4A 3BHEA 2OHPA 3PGIA 1PPKE 1RPIA 3K5DA 5P3EA 5P1BA 4EP3A 5E5KA 5KR0A 1K2BA 3QVIA 2G27A 5P3IA 5P1LA 1XS7D 2FNTA 3PJ6A 5P1CA 5OYVA 1LS5A 5P5TA 5AHBA 3EXOA 3O9EA 5P8SA 2QI7A 2AOGA 3SA5A 3PWRA 5T4SA 3I7EA 4Y3GA 5P27A 5HDXA 2J9KA 5JODA 1W51A 5P5DA 2BQVA 4DJVA 4K4QA 4DJUA 4GB2A 4I10A 5KQZA 5P5LA 2A1EA 4OD9A 2AODA 5COKA 1LYAB 1ZP8A 3IGBA 5P4MA 5P0TA 3O9HA 2QAKA 1NH0A 2NXLA 4J17A 4ACXA 2ZHRA 1BV9A 1BXOA 5OZZA 3NWXA 2OHSA 1Z8CA 5P7MA 1BVGA 5OYUA 1LV1A 1GNNA 5P5SA 5P83A 3PCZA 2Z4OA 2ZHSA 1PROA 1E5OE 1HRNA 2I4DA 4NJSA 2UXZA 5P5NA 3URIA 5P1EA 3VV6A 4X2LA 4Y3YA 1BBSA 1F7AA 7HVPA 3HAUA 1EBZA 3QN8A 5P8KA 3S8IA 5P1TA 2Z54A 1YG9A 3EKTA 5OYSA 2IQGA 3SPKA 2WEBA 1BWBA 4OBJA 1FKNA 1M0BA 5P33A 3INFA 3OAGA 5P7EA 2NXDA 3OU4B 3HVPA 1ZPAA 3MSLA 1DPJA 2Q54A 2FIVA 4DQBA 2QI4A 4APEA 3R1GB 1CZIE 5P0FA 3B7VA 5P61A 2AOIA 4D89A 5P6GA 5ISKA 5OZ5A 5OZSA 3DK1A 5OYXA 4D83A 4J0PA 1MT7A 2G1YA 5OZGA 2VA7A 4HDPA 5C9BA 5P8NA 3BGCA 4KB9A 3T7XA 2BKSA 5OZRA 1B5FA 1AXAA 5P29A 5SY2A 4H3JA 4RCDA 1FQXA 4GJ7A 4CMSA 5OZHA 5P75A 1D4SA 2QI0A 4ZSMA 4YCYA 4Y3FA 5OZQA 4ZIPA 2G1OA 5OZ4A 3L3AA 4OBGA 1AAQA 3O9AA 2QHYA 3QAAA 4RROA 2B8LA 5P1MA 4IVTA 4EJ8A 2AZ9A 1HPSA 1HXWA 4FLGA 4RVXA 3S53A 5COOA 4YBFA 1WBKA 3OQKA 2WF4A 2FDPA 3OUAA 4U7QA 3BRAA 4Y4ZA 4DV9A 4COEA 1HTEA 5P0XA 1U8GA 1KJHA 2ZHUA 3L58A 5P07A 4ZSQA 5P0HA 3VSWA 2VKMA 1EAGA 4ZSPA 4TRYA 3NDXA 3JW2A 1A9MA 3ZOVA 5P5JA 1XL2A 5P7IA 3EKYA 4D85A 3LHGA 1YT9A 4OBZB 5P4LA 2QK5A 3ZPTA 5P58A 1E81E 3URJA 4DJPA 1LF2A 4FRSA 5P8RA 5ISJA 5P72A 3DV1A 5OZJA 3VSXA 3BXSA 5TOLA 1FMBA 1LF4A 5P3KA 3PWWA 5P2MA 9HVPA 5ENMA 5P4DA 4I12A 3GW5A 3IVIA 5P4WA 4L7HA 1B11A 1GKTA 1RL8A 5P76A 5P2VA 4FM6A 5P0VA 4Y53A 3K5CA 4L1AB 4DQGA 4EP2A 3KT2A 3K5FA 4GJDA 5P1YA 3ZKGA 5KQXA 5HDZA 5DR3A 5P2UA 5P1FA 3L38A 1SH9A 5P3NA 2HS1A 1HVSA 5P3HA 3KM4A 5P8TA 1BILA 1EPLE 2QMDA 4GJ6A 5JFUA 5IVQA 3HW1A 1PSOE 5P3LA 2WJOA 5P0LA 2BKTA 2FDDA 3KMYA 4GZFA 5P6WA 5P7HA 1EBYA 5HDUA 2ZJLA 5P10A 5KOSA 1FB7A 3EM3A 5DR8A 1FLHA 4QGIA 4OBFA 4H3IA 5P7JA 5OZAA 4EYRA 3G70A 3ZPUA 5JFPA 2RENA 4H3FA 4FL8A 3OHFA 2QNQA 2IKOA 2IDWA 3OUCA 3VFAA 2VJ6A 5P0WA 3T3CA 2QMFA 5AGZA 2AOCA 1RNEA 2HM1A 5AH8A 1MT9A 2FXDA 2NR6A 1HPOA 1HTFA 3LIXA 1B6LA 4L7JA 5IVRA 3H0BA 3QPJA 2I0DA 5P7LA 2PK5A 4ZE6A 1SMRA 1QBUA 1RQ9A 4NPUA 3EKVA 4ACUA 1A30A 2I4VA 5P8OA 3VYFA 5FIVA 3PLDA 5P6TA 3BUHA 2VNMA 4K9HA 2V0ZC 3TPLA 4WY1A 5HE4A 5P1XA 2QNPA 3IXOA 3U71A 3S85A 5P5OA 1MTRA 1F34A 4OBKA 1E82E 2V00A 2ER6E 4DJRA 4B77A 4FRKA 5J25A 5OYQA 5KQFA 5P1UA 1LYBA 1EPQE 5P7WA 1AZ5A 1XL5A 5P81A 5P5QA 5P7GA 5P5PA 5P0IA 5P69A 2V16C 3VF7A 5C9DA 1FQ4A 2UPJA 1IZIA 4OC6A 5P63A 4Y5EA 5P7QA 4H3GA 5BS4A 4NKKA 8HVPA 4Y57A 1Q9PA 3EL0A 3TKWA 1HWRA 1QDMA 2NXMA 5P4GA 3MWSA 2ZJHA 2RKGA 5P4AA 2VA6A 2B8VA 4OBDA 5P8AA 3D3TA 1Z1RA 5P4FA 5P53A 2I4WA 5P4YA 5P1PA 4XX3A 1UH7A 2G69A 3JVYA 1C6YA 3H5BA 4RCEA 5P7KA 5P0RA 3K4VC 4DVFA 4GIDA 1KJFA 3LITA 3OGQA 3EC0A 4Q1NA 5KR1A 5P7SA 2PSGA 4L6BA 3EKQA 3FNUA 4DJWA 2VJ9A 2ER7E 2F3KA 1NPVA 4JOOA 5OZNA 4I0FA 3PSUA 1MSNA 5P8JA 4ER1E 4Y44A 5OYWA 1SDTA 1MT8A 3GI0A 4DUSA 2P3BB 1HIVA 3B80A 3PSGA 4LAPA 4Y5AA 4BELA 3SACA 5P4IA 5AHCA 3ZL7A 1EC0A 2J9JB 1BV7A 4NJUA 5P2IA 5P4XA 5P89A 3VLBA 5P0BA 4L7GA 4QJ8A 2CEJA 1B6MA 2WF2A 3BC4A 5HE7A 3HAWA 4HVPA 1APVE 4DPIA 1PSNA 5DQ4A 5HTZA 3QS1A 3UF3A 2VIEA 3SQFA 2B7ZA 3UDPA 2RKFA 3PBDA 5P8GA 2R8NA 4TVHA 5P6IA 2V11C 5P2BA 2VIYA 3UQWA 1MESA 3SM2A 5P7CA 1YTHA 5P2LA 1PSAA 3UCBA 5IVTA 2R5QA 3IA9A 3OUDB 5P80A 2ER9E 3UDYA 3O9BA 5P26A 1NSOA 3FV3A 2PWRA 2P3CA 4Y50A 3PI5A 3T7QA 2P4JA 4Y51A 2P83A 4Q1XA 3QBFA 3SA7A 1HPVA 2HB4A 5OZFA 2BPVA 3HDKA 3WSJA 3OADA 4JP9A 4Y4JA 1KJ4A 4Y3MA 4Y4XA 2IKUA 2QI6A 3TTPA 5P08A 5P1SA 1SDUA 5P0SA 2RSPA 2ER0E 3CKTA 4LXAA 5KR2A 4FSEA 3CICA 5DR1A 1AJVA 4OBHA 4Y48A 3IXKA 1FG8C 4Y3ZA 3APPA 1MVPA 3INHA 3IXJA 4HDFA 4Y6MA 3L5FA 3OU3A 2PK6A 4B1DA 5P73A 3Q70A 1DIFA 3G6ZA 4Y3HA 2APRA 4FS4A 4MC6A 5P23A 3N3IA 5P6VA 3IVHA 5OZPA 5I3WA 4YCTA 5ER1E 4LHHA 4F74A 1G2KA 4Y43A 4Y4UA 3GGVA 5P49A 2R43A 5EZZA 1K1TA 2HAHA 3PLLA 2FXEA 4Y9WA 3C9XA 4YCKA 5P5FA 4J1CA 3RTMA 3UDNA 3CIDA 5P4JA 5P4RA 2JJJA 3D1ZA 5OZCA 4I0EA 2Q63A 3QRMA 1EPME 3EL1A 5P6AA 5P7AA 3WZ7A 3VYEA 2AOEA 3NXEA 1A94A 5E5JA 5CLMA 3T7PA 3AUPA 4Y3AA 5F01A 1TCXA 1B6JA 2G1RA 4HEGA 2PYMA 4MC9A 2BPYA 2IRZA 3NU3A 1GVVA 3VV8A 5P0PA 5HVPA 5I3XA 4J0VA 2QHCA 1TZSA 5P0EA 5P42A 5P4QA 4ZSRA 1DAZC 1W6HA 2NNPA 2Q3KA 2IENA 3SAAA 3VV7A 3KMXA 4GJ9A 5P0MA 4GJCA 3I25A 3D1XA 2ZHTA 5P56A 4KUPA 3FX5A 3I2LA 3TOFA 3MXEA 1ZSRA 3SLZA 1D4JA 5P17A 5P1AA 1ZPKA 2I4XA 5P2OA 2G94A 2V10C 5P6RA 4DH6A 3VG1A 4HLAA 5P4BA 2PH6A 3QVCA 2ZJIA 3HLOA 1FMUA 3TNEA 4I0ZA 5P7UA 4EJKA 4B1EA 3OGPA 4FAFA 1OEXA 3ZKMA 4XX4A 4RRSA 4DJQA 1DW6C 2XFIA 3I6OA 4NJTA 4PEPA 2AVMA 4I0IA 4QLHA 5P5VA 2G26A 2ZJJA 3PI0A 5P6HA 5P02A 2XYFA 1QS8A 2QI1A 3U6AA 4NPTA 3CIBA 4F73A 1BDQA 2IEOA 3O9FA 4N00A 3O9CA 5P84A 4R8YA 1B6PA 3ZKNA 1IDBA 5HDVA 2QCIA 1META 3UTLA 1OD1A 2VJ7A 5OZMA 5P6ZA 5P34A 4Z2ZA 5P14A 4UPJA 2IL2A 4JPCA 3DV5A 5HE5A 5P2KA 5P13A 1XDHA 5P1HA 5P4KA 5P52A 2AVSA 5OZ3A 5P70A 1EC3A 3PRSA 1SBGA 4YD7A 3TPJA 5ER2E 4BEKA 1ER8E 4Y3DA 5OZOA 2B60A 4Y3EA 2O40A 5P8FA 4Z22A 5PEPA 1D4YA 5P5GA 3DJKA 5P4NA 3EL9A 1K1UA 4LL3A 5P39A 1WKRA 1D4KA 3D1YA 1YTJA 4KE1A 1T7KA 4APRE 1W5YA 4J0TA 5P4OA 4B72A 3UDJA 3DM6A 3LIYA 1MEUA 4I0DA 5OZ8A 5P6XA 3LZYA 5P8IA 3QI1A 5AH6A 1MSMA 4Y5NA 3SFCA 2QZXA 1A8KA 3OU1A 3UQUA 3GGAA 1LYWB 3WB4A 2F8GA 2I1AA 1IZEA 3LNKA 4RGHA 4Y4TA 1YTIA 3D91A 2AOFA 3SM1A 5P74A 2NTRA 5P1JA 1HTRB 4FCOA 2B42A 2IS0A 2QD6A 3OHHA 4RRNA 3INDA 4DQEA 5P4VA 2QZWA 5P65A 4Z50A 1G6LA 5HU0A 5P2YA 2O4KA 2NMZA 3S56A 1D4HA 1EBWA 2O4NA 5OZWA 4B0QA 5B18A 5HCOA 5P85A 4LXKA 5P2WA 5P20A 2R9BA 1T3RA 4EQJA 3KDBA 5P44A 1HTGA 3A2OA 3LPIA 5P24A 5P2HA 1LZQA 5P0CA 2FGVA 5P8CA 5P03A 5IVSA 3BVBA 3CKRA 5P6CA 3VUCA 4K4PA 2OHUA 2QNNA 4RYGA 3EM6A 4I11A 3WZ8A 2QZLA 4ZLSA 1MIQA 3S7LA 1MTBA 2BBBA 4Y38A 3SABA 2G21A 4YD3A 5OZUA 4DJXA 4Q1YA 4Y5BA 3I8WA 2HB3A 3ZKQA 3L5CA 3TPRA 5P6YA 5P64A 5P25A 4Y4GA 4JECA 2FDEA 3R0WA 1EPNE 2O4SA 1OHRA 5P86A 4B78A 4Y41A 3TL9A 5P50A 4Y5GA 3OQDA 1SIPA 1IVPA 1HVIA 2AVQA 4Y3RA 3FIVA 3O9LA 3OQAA 3NR6A 2Q64A 5OZYA 5P0QA 5BRYA 4CPSA 1T6EX 4FSLA 2ANLA 2NMYA 5P1RA 1QBRA 5P40A 5P67A 3NLSA 2PC0A 5P6EA 2QU3A 4OD9B 4R93A 4PZWA 4Y4WA 4Y5KA 1T6GA 3DOXA 3KFPA 3SA9A 5JG1A 3ZKSA 1QBTA 4CKUA 1D4LA 5P8BA 5P3JA 2VS2A 1EC1A 2Q5KA 1PFZA 4EXHA 3OXWA 2G24A 2I4QA 3OK9A 1CMSA 3KYRA 3VLAA 2QD7A 2AIDA 2I4UA 5P3BA 2O4PA 3NU9A 3R0YA 1FQ6A 3KFRA 3EMYA 3UQRA 1HVCA 4Y3WA 5P2GA 1IVQA 5OZ2A 3VF5A 3VEUA 3LPJA 4M8YA 3ZKXA 5P1QA 4J54A 3NDUA 2JJIA 4K8SA 5AH9A 2QI3A 3KFNA 4Z4XA 5P2ZA 3LZSA 1HVJA 4YBIA 1LYAA 5P5BA 5I70A 2RMPA 5P0OA 2OHLA 5P1VA 1YM4A 4TRZA 5P5MA 4LP9A 3OAGB 5HU1A 5P35A 5C9FA 1FFFC 1SP5A 5P3CA 5IS4A 5P3RA 5CONA 5P4UA 5P62A 3ZMGA 5P59A 5P7OA 1EPOE 2OHKA 4EPJA 4CPTA 1GNMA 3KN0A 4HZTA 3GGXA 5P8MA 1T7JA 2AQUA 4DQCA 2CEMA 5P6NA 2QI5A 1HIHA 5OYTA 3OUBA 2F81A 5DGWA 4Y45A 4PYVA 2PWCA 1IDAA 1MRXA 5P6DA 1W50A 1ME6A 4DQFA 5P06A 4RLDA 3VYDA 5I3YA 4DJYA 3IN4A 4DI2A 1PPME 3OU4A 3PCWA 4TRWA 1K6PA 2BB9A 1UH8A 1HPXA 3U7SA 3KT5A 2ZJNA 5I3VA 4R91A 5HCTA 2WL0A 1AVFA 3GI4A 5P2NA 3KF0A 1AM5A 5P3MA 4Y37A 3Q5HA 1C6XA 1KJGA 1FFIC 3S7MA 5P38A 4J0YA 5P2DA 4YA8A 1E80E 3WB5A 2ZJKA 5F00A 1W5XA 2G20A 5P3PA 3OOTA 5DPZA 2F3FA 3K4VA 1XN3A 2FLEA 2HS2A 4Y36A 1HVKA 5SY3A 3OXCA 2EWYA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1BXQ A;  1YTG A;  5P6K A;  3EM4 A;  3BHE A;  2OHP A;  3PGI A;  1PPK E;  1RPI A;  3K5D A;  5P3E A;  5P1B A;  4EP3 A;  5E5K A;  5KR0 A;  1K2B A;  3QVI A;  2G27 A;  5P3I A;  5P1L A;  1XS7 D;  2FNT A;  3PJ6 A;  5P1C A;  5OYV A;  1LS5 A;  5P5T A;  5AHB A;  3EXO A;  3O9E A;  5P8S A;  2QI7 A;  2AOG A;  3SA5 A;  3PWR A;  5T4S A;  3I7E A;  4Y3G A;  5P27 A;  5HDX A;  2J9K A;  5JOD A;  1W51 A;  5P5D A;  2BQV A;  4DJV A;  4K4Q A;  4DJU A;  4GB2 A;  4I10 A;  5KQZ A;  5P5L A;  2A1E A;  4OD9 A;  2AOD A;  5COK A;  1LYA B;  1ZP8 A;  3IGB A;  5P4M A;  5P0T A;  3O9H A;  2QAK A;  1NH0 A;  2NXL A;  4J17 A;  4ACX A;  2ZHR A;  1BV9 A;  1BXO A;  5OZZ A;  3NWX A;  2OHS A;  1Z8C A;  5P7M A;  1BVG A;  5OYU A;  1LV1 A;  1GNN A;  5P5S A;  5P83 A;  3PCZ A;  2Z4O A;  2ZHS A;  1PRO A;  1E5O E;  1HRN A;  2I4D A;  4NJS A;  2UXZ A;  5P5N A;  3URI A;  5P1E A;  3VV6 A;  4X2L A;  4Y3Y A;  1BBS A;  1F7A A;  7HVP A;  3HAU A;  1EBZ A;  3QN8 A;  5P8K A;  3S8I A;  5P1T A;  2Z54 A;  1YG9 A;  3EKT A;  5OYS A;  2IQG A;  3SPK A;  2WEB A;  1BWB A;  4OBJ A;  1FKN A;  1M0B A;  5P33 A;  3INF A;  3OAG A;  5P7E A;  2NXD A;  3OU4 B;  3HVP A;  1ZPA A;  3MSL A;  1DPJ A;  2Q54 A;  2FIV A;  4DQB A;  2QI4 A;  4APE A;  3R1G B;  1CZI E;  5P0F A;  3B7V A;  5P61 A;  2AOI A;  4D89 A;  5P6G A;  5ISK A;  5OZ5 A;  5OZS A;  3DK1 A;  5OYX A;  4D83 A;  4J0P A;  1MT7 A;  2G1Y A;  5OZG A;  2VA7 A;  4HDP A;  5C9B A;  5P8N A;  3BGC A;  4KB9 A;  3T7X A;  2BKS A;  5OZR A;  1B5F A;  1AXA A;  5P29 A;  5SY2 A;  4H3J A;  4RCD A;  1FQX A;  4GJ7 A;  4CMS A;  5OZH A;  5P75 A;  1D4S A;  2QI0 A;  4ZSM A;  4YCY A;  4Y3F A;  5OZQ A;  4ZIP A;  2G1O A;  5OZ4 A;  3L3A A;  4OBG A;  1AAQ A;  3O9A A;  2QHY A;  3QAA A;  4RRO A;  2B8L A;  5P1M A;  4IVT A;  4EJ8 A;  2AZ9 A;  1HPS A;  1HXW A;  4FLG A;  4RVX A;  3S53 A;  5COO A;  4YBF A;  1WBK A;  3OQK A;  2WF4 A;  2FDP A;  3OUA A;  4U7Q A;  3BRA A;  4Y4Z A;  4DV9 A;  4COE A;  1HTE A;  5P0X A;  1U8G A;  1KJH A;  2ZHU A;  3L58 A;  5P07 A;  4ZSQ A;  5P0H A;  3VSW A;  2VKM A;  1EAG A;  4ZSP A;  4TRY A;  3NDX A;  3JW2 A;  1A9M A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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