3CICA

Structure of bace bound to sch709583
Total Genus 104
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
104
sequence length
390
structure length
390
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Rational design of novel, potent piperazinone and imidazolidinone BACE1 inhibitors
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 104
structure length 390
sequence length 390
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2008-03-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3cicA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3cicA02
3U7SA 2VNNA 4Y50A 1APTE 1E82E 4OBGA 2H6TA 3OU4B 5P0JA 1GVTA 1YM2A 3IN3A 5P5YA 1QBTA 4TRZA 4B1CA 3NWQA 5KQZA 1KJHA 1C6ZA 3Q4BA 5P8QA 5P7QA 2P4JA 4YCKA 3UFNA 2NPHA 5P8DA 3ER5E 4LC7A 4Y4AA 2OHNA 1KJ4A 5OYRA 3VF3A 1BBSA 5P6NA 3NSHA 4BELA 5OZYA 3SKFA 1FQ6A 5P2DA 4Y53A 3G72A 3NXEA 1FQXA 4B0QA 5P2IA 1K2BA 4QJ8A 8HVPA 5P3OA 4FS4A 5P54A 3CYWA 1BDQA 4Y44A 4PYVA 4J0PA 5C9DA 1ZSFA 5P4DA 5P0QA 5UPJA 5P7OA 5P8UA 5P8PA 2FNTA 5HDXA 4U8WA 5F01A 1RV7A 2O40A 4KB9A 5P15A 5P3RA 3NU4A 1APUE 5P5SA 3BC4A 4ZE6A 3LNKA 4BEKA 1HVRA 1PROA 2XFJA 3L5DA 1FFIC 1VIKA 3O9AA 1HSHA 2VJ6A 3RTMA 4Y3JA 4Y5MA 1TCWA 3PSYA 5P2SA 4RZ1A 1LF3A 5P5PA 2SAMA 1QDMA 5P0OA 1HVLA 2B8LA 5IE1A 5P4YA 3VYEA 3GGAA 3WSJA 4TVGA 3UDMA 3RSXA 3KN0A 4MC6A 5P6VA 4Y47A 1XE5A 2Q15A 2RKGA 3GI0A 2WF3A 5OZ0A 4KUPA 5P4FA 3VF7A 3WZ8A 4APRE 3PWRA 5P30A 5PEPA 3LIQA 5FIVA 3RTHA 2F81A 3D1XA 5OZ6A 4LL3A 3OTSA 4J0YA 5JFUA 1UH8A 1SGUA 3T3CA 3UFLA 1SIVA 5P8NA 3QN8A 5P3JA 1ODXA 5P8VA 4YCYA 3Q6YA 2ZE1A 2Q54A 2Q64A 3M9FA 3OUAA 1LS5A 4AMTA 1A30A 5P1FA 1E80E 4R8YA 5P6ZA 3UDKA 5P0WA 2JJIA 1EPQE 3PLDA 5P2GA 2R8NA 3O99A 1M4HA 3OHFA 2FMBA 4YD3A 5HCTA 4F74A 3B80A 3OQKA 5P40A 2G24A 5P3DA 4DPIA 5OZXA 5OZZA 2IQGA 5P8LA 5P58A 4Y5AA 2OHKA 1CZIE 1HRNA 2HS2A 3VSXA 3LZVA 2ZDZA 3MSKA 4I12A 3UPJA 3KDDA 4ZSQA 2QNPA 5P4OA 3PI0A 5KOSA 3OGPA 5P3MA 3VCMA 1ZPKA 5P6PA 1T7JA 1EBWA 5P5EA 3S56A 5P1AA 3LZUA 5P61A 3A2OA 5AHCA 1DPJA 5P3ZA 3PCZA 1MT7A 2PK5A 5P8TA 5P5KA 1EPLE 1LYAA 3IA9A 2P8HA 4FLGA 4FGXA 1DP5A 1FMBA 2VIYA 5AHBA 4ZPEA 3URLA 3SA8A 5P2HA 1IZHA 5P7RA 4Y36A 5COPA 5P2YA 4YA8A 4OC6A 5P0TA 4OC6B 4NJSA 3UQXA 5I3VA 5OZQA 3NDTA 4NJUA 2V0ZC 1HVKA 2B60A 3HVPA 1XL5A 5P4WA 4FM7A 1BV9A 5P22A 2I1AA 3EL1A 4YD4A 4DH6A 4AA8A 2QD8A 4Y4TA 4Y3FA 4LXMA 2ZJIA 3HAUA 2G26A 5P75A 5P7MA 2R3TA 2MIPA 1K6TA 3AIDA 3SA3A 3DV1A 1MT8A 5ENKA 5OZLA 4D88A 1IZEA 3BUHA 1QBUA 4QJ2A 2F3EA 3HAWA 2IGXA 4FRIA 3QROA 3FNSA 2PH8A 2V10C 2PC0A 2FDEA 2BPZA 1U8GA 1DMPA 5P8EA 4DV9A 1T6GA 1FMUA 3LIXA 5OZ4A 4ZEAA 3QBHA 5I70A 1HPVA 5P1EA 4JECA 2ZJJA 2V13A 3AUPA 4U7VA 1LEEA 4ZSMA 3ECGA 2IKUA 1GVXA 3WZ6A 1EBKC 2QD7A 5P0UA 3TOFA 4LAPA 5P36A 1LF4A 1EPME 4Y6MA 1BILA 4NJTA 2UY0A 5P4JA 5P44A 2V12C 4R5NA 3VFBA 5P1IA 6APRE 5P12A 5P43A 1OD1A 1A94A 3OUBA 4GMIA 2WF0A 4DFGA 5P8AA 4KE1A 2VNMA 3LIVA 5HDZA 3PHVA 3D1YA 3EKVA 5OYTA 5P4LA 2VIZA 2J9JA 5HCOA 1BXQA 5P87A 1YTJA 7UPJA 3L5EA 3SKGA 3PBDA 4AZYA 5P1KA 2IEOA 5P85A 2QI1A 5P5TA 5P6QA 4J1CA 4N00A 2PH6A 2XYEA 5P0DA 2QMFA 3IAWA 1HTFA 5OZCA 2I4DA 5P71A 5OYZA 5P08A 3ZLQA 1HIIA 3INEA 5P4GA 4QJ7A 4CPQA 5P6BA 2G22A 1HVHA 4DQCA 3APRE 4Y3LA 5P4TA 2QI3A 3KM4A 1EC0A 3SM2A 3RU1A 1MRWA 2RKFA 4I8ZA 3L5FA 5P0YA 5P5ZA 4Y43A 4GJ5A 4GJ8A 3L3AA 1IDBA 2F80A 4FL8A 4M8YA 4RRNA 4AUCA 2PYNA 3CKRA 4DPFA 3PCWA 2R38A 3D91A 1KZKA 3ST5A 2HC0A 3ZKGA 5P0GA 5TOLA 3R2FA 5SZ9A 5P1WA 1F34A 1HXBA 1EC1A 3QRMA 3TTPA 4CPTA 2AOCA 3EL5A 3PGIA 2QI4A 2FGUA 5P7HA 2WHHA 1HPOA 1G6LA 5DR3A 5P1SA 1PSNA 4I8WA 4ZIPA 1GVUA 2G1NA 2PQZA 1D4HA 1HTGA 5EZXA 1TW7A 3SFCA 3SM1A 2EWYA 1EPRE 1CMSA 2NNKA 4JP9A 4RLDA 4LXAA 4Y5CA 4Y58A 3KFPA 5P0ZA 3EKXA 1FQ5A 2BQVA 2HPFA 1WKRA 3EM6A 3IVIA 5AH9A 3UDNA 3ZKSA 5JFPA 3NUOA 3EL4A 4H3IA 1XE6A 3I8WA 5P5GA 4Y3RA 3UDYA 3TLHA 2QNQA 4FAEA 4GB2A 1N49A 5P2FA 2AOIA 5P2UA 2VIJA 2AOEA 5P6IA 4J55A 4Y38A 3NU5A 1W50A 5P14A 1XL2A 4RCDA 5P04A 5P1ZA 3N4LA 5P7CA 1M43A 2R9BA 3ZOVA 4EJLA 5P5UA 1ODYA 4Y3EA 1D4JA 1GVWA 4RRSA 2R43A 3LPJA 4MC2A 4QGIA 5P6AA 4B05A 1GNNA 1W5WA 3EKYA 5P6UA 4X7IA 1SDUA 5CONA 2FNSA 1A8KA 5P03A 3LHGA 4WY1A 2P83A 3I6OA 1AM5A 1FG8C 2PYMA 3L59A 4EYRA 5P4SA 4YOAA 4ER2E 4Y56A 5P77A 5P2WA 3EKTA 2AVQA 4Y3TA 2WEBA 2OHTA 3LPKA 3GGUA 3QRVA 5P66A 1GKTA 5P1XA 4YBIA 3OU1A 5OZDA 3VEUA 3SPKA 1F7AA 5P3GA 1ODWA 3EMYA 3OU1B 4FRKA 4CKUA 3G6ZA 3UF3A 2AOHA 5P1LA 5HE5A 4YD5A 4Z50A 1DW6C 4I0DA 1TZSA 5P4MA 3EKPA 5P5VA 5KR2A 3HW1A 1BXOA 1D4SA 1EPNE 5HD0A 5P37A 2ZJMA 2JXRA 5P2KA 3SQFA 4H3FA 1BWAA 5P72A 3UQWA 1WBKA 3S43A 1BVGA 3K4VC 3UTLA 2HS1A 2VA7A 4J0ZA 4Y35A 3S43B 3S45A 5DPZA 5AH8A 3DM6A 5P5OA 4B1EA 5OZ1A 2O4SA 2OHSA 4S1GA 5P0PA 2G1OA 3PJ6A 4J5JA 3ZKIA 3OQAA 1META 3N3IA 2WEDA 2VJ9A 5P80A 4DI2A 5P5CA 2IGYA 2ZHRA 4YE3A 1B11A 2QU2A 5F00A 3FV3A 1QRPE 5P65A 5P23A 2QZWA 4JOOA 3PB5A 4R92A 2FXEA 3URIA 2QAKA 3NUJA 3CIDA 2Q55A 1YTIA 4GIDA 2QK5A 3S54A 3FNTA 1FB7A 5P0XA 5P11A 5P7EA 3UCBA 1G2KA 4Y51A 3KYRA 4RCEA 1TCXA 1TSQA 2QNNA 4J17A 2AVMA 3T7QA 4Y5NA 2WEAA 2A4FA 3GI4A 3VUCA 3OXXA 3QAAA 5IS4A 3D20A 3VV6A 3CMSA 2R5PA 5KQYA 1LV1A 5P13A 5P18A 1T7KA 2NXDA 3NDXA 3QS1A 5IVTA 2PSUA 5ENMA 5P2ZA 4F75A 5P38A 3QI1A 5DQ1A 1EPPE 5OZ7A 4Z2ZA 2B7ZA 1MERA 2VA5A 4I1CA 2I4UA 5P6GA 1ENTE 3OUCA 4A6CA 3IVHA 3NWXA 2VS2A 5KOQA 2O4NA 1T3RA 3R0YA 2IKOA 1BIMA 4I0EA 5P0HA 4I0IA 2AZ9A 3QIHA 4Y4XA 5P1NA 4DJOA 4DJWA 2WJOA 2BPWA 1KJ7A 3OADA 3EL9A 5P5JA 1W5XA 4Y3DA 5P81A 5AH6A 4ACXA 4BFBA 4Y3WA 3OADB 1FQ7A 1XN2A 4Y3MA 4EQJA 2OF0A 1PSAA 1SDTA 3CIBA 4DUSA 3L58A 5P2MA 1FF0C 3OY4A 2VKMA 3PSUA 1D4LA 1MTBA 1AIDA 2R5QA 3KFNA 2BKSA 5P4PA 1OEXA 3Q3TA 3UDQA 3IXOA 3PWWA 2PWRA 3CKTA 3PRSA 4YHQA 3S7LA 3K5GA 5P28A 5P3WA 2Q3KA 4Y4EA 3KF0A 4GJDA 4GJ6A 3ZKXA 1YM4A 5P42A 5P7BA 2F3KA 4I11A 2AVOA 4RVXA 3O9BA 2HB3A 4Y3GA 5DGUA 3QBFA 3K1WA 2QI7A 2AIDA 2V16C 5P7PA 1QS8A 3SA4A 3CICA 3TKWA 2NMYA 4Y5KA 5P68A 1BAIA 1LYAB 4OBJA 2V00A 3L5BA 5P0BA 1FFFC 4ZPGA 1D4KA 2JYSA 1APVE 5HDVA 1K1UA 5P45A 4EXGA 5P7UA 3URJA 3OXCA 2BPYA 3F9QA 2AVVA 5P7AA 1HIHA 4PPHA 2H6SA 3BUFA 3OXVA 4EJ8A 2P3DA 3T6IA 2IL2A 5OZ9A 1Z8CA 5P4IA 3KT5A 3EM3A 5P52A 5DR8A 2I4XA 5P3NA 3ZKNA 3VV7A 3S2OA 1BVEA 2BJUA 1NPAA 2BBBA 4ZPFA 2J9KA 3VG1A 4I0GA 5P3CA 1DIFA 2PSVA 3K5DA 4Y5PA 2AZCA 1E5OE 2Z54A 3DOXA 2HAHA 5P7TA 5B18A 2QHZA 3S53A 1FQ4A 3LINA 3MWSA 4HEGA 2BKTA 1OEWA 3O9FA 3OXWA 3OTYA 4I0HA 4YBFA 1RQ9A 3TOGA 4TRYA 4HLAA 4HA5A 5P5XA 4YDFA 3K5FA 1HVSA 5DR4A 2B8VA 5P5IA 4DJPA 1AXAA 2BB9A 4GZFA 1SMEA 2QMDA 1EEDP 4YD6A 4U7QA 4OBFA 5E5JA 1ZP8A 4K4RA 1MUIA 1PSOE 1B5FA 3QP0A 5P7JA 5EZZA 5IVSA 5COOA 2IENA 1B5FB 3KA2A 4APEA 1IZIA 5P0IA 5P5HA 1B6JA 2NR6A 5DR1A 5OZSA 2OHRA 1W51A 4HDFA 5P34A 5I3WA 3FX5A 1RL8A 4XX4A 5P4AA 1T7IA 4E43A 4PZWA 4L7GA 4EP3A 3KMYA 1HTEA 3QVCA 2JE4A 2ZJNA 5ER2E 1TSUA 1MVPA 3NLSA 4BFDA 2OAHA 4RVJA 5P2JA 3O9CA 5CLMA 5P4CA 1LZQA 4ZSPA 4Y45A 5P62A 2J9JB 5OZIA 3T11A 5P5LA 5P4UA 5BS4A 2FDDA 3NU9A 3KDCA 4QJAA 5P07A 5P4ZA 3ZMGA 5P01A 4WTUA 3IN4A 3PBZA 5P6OA 5OZFA 4XKXA 4B00A 5P6XA 3CYXA 2CEMA 5P3SA 3TPJA 4FCOA 1EC3A 5OYUA 3SABA 4DJYA 5P7ZA 2NXMA 1IIQA 5DGWA 2WKZA 3ZKQA 2V11C 4L6BA 4B78A 5P8JA 5P2NA 5P33A 3NDWA 4LBTA 4OBHA 1A9MA 3Q70A 3TPPA 5P8OA 2R3WA 1IZDA 1SBGA 5P1RA 3ZPTA 1TQFA 5P47A 3JVYA 5P3HA 2NTRA 1VIJA 5P8FA 4DJUA 4TRWA 3BHEA 3VYDA 1FLHA 3HD8A 1DAZC 1OHRA 4Y4UA 3CKPA 2ER7E 2P3AA 3QRSA 4OBKA 2Z4OA 3WZ7A 2XFKA 1APWE 4Z4XA 1BDRA 5T4SA 3QPJA 5OZVA 5OZWA 5P86A 5P1TA 5P3EA 3KT2A 3QVIA 1AZ5A 5P3YA 3KFSA 3TNEA 5P1HA 5P6HA 4TVHA 5P0KA 3LZSA 1EPOE 1W5VA 2FS4A 2ASIA 2OHPA 2QI5A 3PVKA 3UQUA 1FG6C 5P1CA 4AA9A 4GJAA 3KMXA 2PWCA 5ISJA 3NYGA 2ZHTA 2I4QA 4Y4DA 2P3BA 5HDUA 3OOTA 5P2QA 4PZXA 5P74A 2AOGA 5P19A 2P3BB 4XX3A 2FLEA 2O4KA 2VA6A 1FEJC 1HHPA 1YTHA 1C6XA 3TOHA 5OZJA 5OZBA 5P5BA 1Q9PA 5P8RA 5COKA 4CPWA 2NNPA 5P1DA 1T6EX 4EPJA 5KAOA 5P3XA 5P69A 5P2CA 5OZHA 5P2VA 4Y5BA 5P59A 4DJRA 2G20A 5OYQA 2A1EA 1FQ8A 4J1HA 5OZOA 3IXKA 4OD9A 4Y3QA 2QI6A 1JLDA 4ZSRA 5P5AA 5AHAA 2VJ7A 3LIZA 2CENA 3DUYA 5DQ5A 4D85A 1LYWA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3U7S A;  2VNN A;  4Y50 A;  1APT E;  1E82 E;  4OBG A;  2H6T A;  3OU4 B;  5P0J A;  1GVT A;  1YM2 A;  3IN3 A;  5P5Y A;  1QBT A;  4TRZ A;  4B1C A;  3NWQ A;  5KQZ A;  1KJH A;  1C6Z A;  3Q4B A;  5P8Q A;  5P7Q A;  2P4J A;  4YCK A;  3UFN A;  2NPH A;  5P8D A;  3ER5 E;  4LC7 A;  4Y4A A;  2OHN A;  1KJ4 A;  5OYR A;  3VF3 A;  1BBS A;  5P6N A;  3NSH A;  4BEL A;  5OZY A;  3SKF A;  1FQ6 A;  5P2D A;  4Y53 A;  3G72 A;  3NXE A;  1FQX A;  4B0Q A;  5P2I A;  1K2B A;  4QJ8 A;  8HVP A;  5P3O A;  4FS4 A;  5P54 A;  3CYW A;  1BDQ A;  4Y44 A;  4PYV A;  4J0P A;  5C9D A;  1ZSF A;  5P4D A;  5P0Q A;  5UPJ A;  5P7O A;  5P8U A;  5P8P A;  2FNT A;  5HDX A;  4U8W A;  5F01 A;  1RV7 A;  2O40 A;  4KB9 A;  5P15 A;  5P3R A;  3NU4 A;  1APU E;  5P5S A;  3BC4 A;  4ZE6 A;  3LNK A;  4BEK A;  1HVR A;  1PRO A;  2XFJ A;  3L5D A;  1FFI C;  1VIK A;  3O9A A;  1HSH A;  2VJ6 A;  3RTM A;  4Y3J A;  4Y5M A;  1TCW A;  3PSY A;  5P2S A;  4RZ1 A;  1LF3 A;  5P5P A;  2SAM A;  1QDM A;  5P0O A;  1HVL A;  2B8L A;  5IE1 A;  5P4Y A;  3VYE A;  3GGA A;  3WSJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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