3CKTA

Hiv-1 protease in complex with a dimethylallyl decorated pyrrolidine based inhibitor (orthorombic space group)
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Two Solutions for the Same Problem: Multiple Binding Modes of Pyrrolidine-Based HIV-1 Protease Inhibitors
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2008-03-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3cktA00
4YDFA 5P0VA 1HPXA 3LITA 2R5QA 4HDPA 5P7LA 5P1BA 3ST5A 1F34A 2I4QA 1GVUA 3EM4A 5B18A 1LYWA 1ER8E 5P37A 5P87A 1EPME 1FEJC 4F75A 4XX4A 4Z4XA 5I3WA 3KM4A 5P72A 3NWQA 5P1XA 4CPUA 1K6CA 4J0VA 1DW6C 3NR6A 3L5BA 1BDRA 3L38A 3VV7A 5P0AA 5P3GA 5KR8A 1TZSA 4MC6A 1M4HA 5P3QA 2R9BA 1VIJA 4OBFA 4YCYA 2R38A 2G22A 4J1KA 3URLA 1B6KA 4Y5EA 5OZ3A 4AZYA 5P4FA 2IRZA 5I3YA 4FS4A 4DQCA 3UQUA 5P5WA 5P6PA 5OZOA 1W5XA 1C6YA 2AOCA 4RCDA 2J9JA 3R1GB 5P8FA 4J5JA 4RROA 1OD1A 2HIZA 3S8IA 3VF7A 3IXKA 5P6IA 5OYQA 3EL0A 4QJ2A 5DQ4A 4J0TA 3IN4A 3EL4A 3NU6A 4Y4EA 1IIQA 3HAUA 2OHMA 4LXKA 5P56A 1EPPE 4Z22A 1FLHA 1ZBGA 5ISKA 4U7QA 1LYBB 2OHPA 3KDDA 5P74A 4Q1WA 5P5GA 1AVFA 1HSHA 5ENMA 3IXOA 3JW2A 5OZ5A 4ACUA 3ER5E 3INDA 5OZYA 1KJFA 1PPKE 4EJ8A 4Y43A 5P2TA 1ZSRA 2AOEA 5P4KA 5P6WA 1SDTA 5IVRA 5AH7A 3LIQA 2F3KA 4Q1XA 5P5RA 3O9LB 3DK1A 5HU0A 2CEMA 3IN3A 3LZSA 1EPRE 5P3MA 1BXOA 3SA4A 1AJVA 4I0JA 3OU1B 3T7QA 4EQ0A 4J17A 2QNNA 2P3CA 5P1YA 5BWYA 1C6ZA 3MSLA 3TOFA 5P57A 2FXEA 3UDHA 3KMYA 5JFPA 5P1AA 1AZ5A 2I4DA 5P4DA 1W50A 5OZEA 2QD7A 3NWXA 4NPTA 5P53A 1A9MA 5AH8A 3K5CA 5OZFA 1EC1A 2Q11A 5P5OA 4LHHA 3OHFA 2VIJA 2ZHVA 4YOBA 1T6EX 5P1NA 5P8OA 4PZXA 4OC6B 3K5DA 2WF2A 5P6XA 2UXZA 1DAZC 1ODWA 5OZLA 1EAGA 3KFSA 4Y3QA 2PYMA 1MRXA 5P2LA 5P19A 1G6LA 2NXMA 2ZJLA 4Y4ZA 3OXVA 2ER0E 4Y58A 2WECA 4DJRA 2ZGAA 4Z2ZA 3O9DA 4DPFA 3BUFA 4LP9A 3SA5A 2HPFA 1FG6C 1QBUA 5P3RA 5P5AA 3UPJA 4OD9A 1OHRA 3URJA 5P6NA 2HB4A 3OK9A 3NU3A 5P25A 2AVOA 5FIVA 4DQFA 3EL1A 3OTSA 4Y3SA 1EPNE 5DR7A 3U7SA 4DJPA 3S85A 5P0XA 3KN0A 1D4LA 4QJ9A 5P0SA 3PWMA 4D83A 4Y57A 3KDBA 3EL9A 2IL2A 3S43B 2Q55A 1SMEA 3Q5HA 5AHAA 1APWE 3TPJA 3PVKA 5P0FA 1RQ9A 2HPEA 5P3IA 4NKKA 5IE1A 4JP9A 2IEOA 3EL5A 4DJVA 2QMFA 1BV9A 3EKQA 5P02A 5P86A 1APTE 1B11A 4APRE 1YTGA 4Y53A 3M9FA 2I4VA 5P29A 4H3IA 1WBKA 3K4VA 4IVSA 4QJ8A 1FMXA 4YCKA 2FDDA 2Q5KA 1EEDP 1RL8A 5I70A 4M8XA 2XFJA 4R5NA 5P42A 4YE3A 3C9XA 5P36A 1FQ7A 1LZQA 5P7DA 3TLHA 2F3FA 1AIDA 5OZSA 2I4UA 4L7GA 1RPIA 3ECGA 2APRA 3OQ7A 2JXRA 5OZ0A 2AVQA 5P4IA 1NSOA 2VNMA 2AZBA 1HVHA 5OZ9A 3OGPA 3KA2A 1HEFE 4Y3HA 4EP3A 1HBVA 1XE5A 4CKUA 5P67A 5P0IA 1QDMA 3EMYA 5KR1A 4RLDA 3L5CA 5P10A 5PEPA 5P5CA 5KR0A 5P4NA 5P7CA 2QU2A 2OHRA 3CIDA 4ER1E 4Y56A 4EQJA 5P80A 4OBZB 1MT9A 4I12A 5P2ZA 5JODA 5P3CA 1DP5A 1EPOE 1G2KA 3T11A 1GVWA 3DV1A 1B5FA 1YTJA 4Y4DA 5P6EA 4F73A 2PYNA 3KMXA 2FS4A 3GGAA 5P0CA 1HHPA 2FIVA 3HDKA 5DQ1A 5DR1A 4B1CA 2NMZA 1EBZA 3ZKMA 3PWWA 5P1FA 4EHCA 2JYSA 5J25A 4J1CA 4GJ7A 5P60A 4QJ7A 1Z1HA 2V16C 3OAGB 2PC0A 5HCOA 1HTFA 1ZJ7A 2PSUA 2G21A 5P15A 2F81A 4Y4UA 4Y5KA 4AUCA 3VSWA 4RVXA 1GNNA 4Y36A 4EPJA 4MC9A 3KT2A 3O9FA 5P5LA 4LL3A 5P6LA 2ZHSA 2IS0A 3TPRA 3RTMA 5P7OA 3QRSA 1W6HA 1MIQA 4FIVA 5P3OA 3PRSA 3L58A 3L5FA 3NUOA 1BVGA 5P16A 5P7PA 3NYGA 3ZKQA 4J0YA 2V11C 4J1HA 5P6MA 3O9AA 2FNTA 5P73A 2AODA 1JLDA 1OEWA 1K6TA 4K4QA 6FIVA 1YTHA 1K6VA 2B42A 5P4TA 2AZ8A 2IDWA 3IA9A 3VLAA 5HDZA 3EKYA 1IVQA 3PLDA 2G24A 2FLEA 2O4KA 2VA6A 5P6AA 5P75A 5UPJA 3I8WA 2XFKA 1ODXA 2HS1A 5P66A 3FSMA 4D89A 5P20A 5P5YA 1T6GA 3VYDA 4YD7A 1FIVA 9HVPA 5P2RA 2PK6A 4DVFA 2BPXA 2JE4A 2QD6A 4Y5NA 1DIFA 5P1IA 3GI6A 2EWYA 5P12A 5P0ZA 3DOXA 4DFGA 5P2MA 2V0ZC 5P3ZA 3LPJA 5P4LA 5P78A 3QIHA 4Y4GA 2VIYA 3NDXA 5OZGA 5P5MA 3DJKA 3PM4A 4GJ8A 1HSIA 1RNEA 3PMUA 1HVLA 4H3FA 3S7LA 2ER9E 5P32A 5P2UA 2OAHA 2H6TA 4TVGA 3OU3A 4DQHA 1LYBA 4U7VA 4E43A 5P7AA 2WF0A 2VJ9A 3ZPTA 4CPWA 1IZIA 2QHZA 5DGWA 4Q1YA 4A6CA 3WZ6A 1TW7A 1FMBA 4XKXA 1YT9A 5P1OA 3TNEA 4JPCA 3RSXA 5P4AA 4WTUA 1SH9A 3TPPA 2QMGA 2PQZA 5P30A 3WB5A 4I0DA 2QI7A 5P03A 1FGCC 5KOSA 5P3WA 5P6QA 2CEJA 3QROA 4Y3FA 1BVEA 5P7IA 2G1OA 2HM1A 5AH9A 1BXQA 3OU1A 4Y3XA 3HAWA 5OZDA 3AIDA 1MT7A 4Y39A 5P7BA 2HB3A 4FRIA 1K1TA 5P6CA 5P8NA 3S7MA 4B1DA 1C70A 1TQFA 5P82A 5P3AA 4L1AB 1HTEA 4Y3MA 1MVPA 4QJ6A 2WF1A 3QRMA 5P8PA 4J0ZA 5OZRA 3HD8A 5P2IA 4OC6A 4Y3YA 2O4SA 2WEDA 3OHHA 1MTRA 3OXWA 1HVRA 4TRYA 2VS2A 3SA3A 4EXGA 5F01A 1MEUA 4ZSQA 2AZ9A 5DGUA 3KFPA 5P09A 3B80A 1FQXA 2WEAA 4GZFA 2AVVA 2BPYA 2P3AA 4GJ5A 5SY2A 3RVIA 1HVIA 1D4SA 2P83A 2ZE1A 3EM6A 1MPPA 4DQEA 1T7IA 1M0BA 1HPVA 4B78A 3FNTA 2P3BB 4ZPFA 3VG1A 3ZKGA 1APVE 5P51A 3RU1A 4FE6A 1ME6A 2WJOA 5P0YA 4FRJA 5EZZA 5P31A 4EJLA 3SO9A 2HAHA 4YA8A 2V13A 5P22A 5P2HA 4I0IA 2FMBA 4Y54A 5P2FA 4RYGA 3R0WA 5P4MA 1HPOA 2F8GA 3OWNA 5P3TA 5P2KA 3UDRA 4OBJA 4QLHA 1G35A 5P83A 4FAFA 2OHNA 5DR0A 5P59A 4DJXA 2VIZA 4GIDA 5P11A 2G94A 2O40A 4CPQA 1D4JA 4OBHA 3TH9A 2FDPA 1RV7A 5P6BA 1LYAA 1NPWA 4CPTA 4K4RA 5P44A 2QMDA 3OY4A 5EZXA 5P5UA 4J1FA 1LF2A 3NDWA 3VF3A 5OZXA 3U6AA 3TOHA 4B72A 2ZDZA 4NJSA 5AH6A 5HE5A 3SM2A 3L5EA 3OADB 2RKGA 3D1XA 3KT5A 5F00A 3PWRA 2XFIA 4K9HA 3T7XA 2QU3A 5KR2A 3UQXA 4HLAA 3GGXA 1MRWA 3ZKNA 2BBBA 5P7ZA 3VSXA 3QVIA 3NU4A 1A94A 2NMYA 3GI4A 3CYXA 4YOAA 5P3EA 4Y5LA 2P3DA 5P7HA 4OBZA 4APEA 2QHCA 5HE7A 2ZJJA 8HVPA 5OZVA 5P3NA 2BQVA 4Y6MA 1UH7A 4I0ZA 3URIA 4FSLA 3JVWA 5P88A 1YTIA 2PSVA 3BGBA 3LPIA 1ZAPA 3GI5A 4GJCA 3VFAA 4HDFA 3SA9A 4J54A 3NDTA 3R4BA 3D91A 5P7GA 3OXCA 4RZ1A 5P69A 2I4XA 3SABA 5P5JA 2ZJKA 3FX5A 4U8WA 3OAGA 4Y37A 1YM4A 4Y5PA 5P7NA 4DJYA 4JECA 1MUIA 5P4CA 3OTYA 4DV9A 3UFLA 1MESA 5ER1E 4Y4XA 5P24A 2Q15A 4EJKA 1UH8A 1LF4A 5HTZA 1B6PA 3SLZA 1SDUA 2QZWA 5P38A 5P6GA 3UDNA 1KJGA 3KYRA 1TCWA 1G0VA 4RVJA 1CMSA 3S53A 5P01A 1GVVA 2AOJA 4FLGA 4RGHA 3CYWA 5P0JA 1QS8A 5P23A 3SKGA 1LYWB 3TTPA 1UPJA 4WY6A 4RCFA 3LZUA 5P1VA 3PI5A 1YM2A 2ER6E 1BAIA 2AZCA 4Y5BA 4ZSPA 5OYYA 5SXNA 3SA6A 3VEUA 5KQXA 5E5KA 2F80A 4ZIPA 4FRKA 4Y5AA 3IVHA 5BS4A 5P5VA 4B1EA 1E80E 4GJ6A 4DH6A 4A4QA 3PSYA 4H3GA 2WL0A 5P8CA 1SBGA 4HEGA 4I0FA 3G6ZA 4YBIA 5P81A 5P8DA 2HC0A 2OHUA 5P0QA 4RCEA 2XYFA 5P6OA 3BVBA 2FDEA 3LIXA 5P4ZA 2J9JB 1D4IA 5P8UA 4Y4JA 5OZUA 4Q1NA 1BBSA 2ZJHA 3VV8A 5P8SA 3NDUA 2BKTA 5P61A 2QP8A 5P7JA 1B6LA 1DPJA 2QMPA 1W51A 1EBYA 3QN8A 5P04A 5P0OA 5P0WA 5I3XA 3KFNA 1FB7A 3SACA 4Y3AA 1WKRA 3Q6YA 3H5BA 4L6BA 3LIVA 5P6ZA 3I6OA 5I3VA 2IKOA 4B77A 2JJJA 3OU4B 5KQFA 5P18A 1NPAA 5OZNA 4Y5MA 2I4WA 3O9IA 4I1CA 3QPJA 3VYEA 1SMRA 1SGZA 4HA5A 2IENA 4Y4BA 2G1YA 5OZQA 3INEA 5P8AA 4D88A 5P3UA 4X2LA 5P3KA 5P76A 2G26A 4NJTA 4KE1A 4Y3EA 3O9EA 3WB4A 2VA7A 2BB9A 5P8RA 4Y3DA 1SIVA 3HLOA 5P4HA 3RTNA 2NXDA 1E81E 2QNPA 1HVJA 4Y4TA 1CZIE 3K4VC 5HCTA 3TL9A 2G20A 4N00A 2O4NA 4LAPA 3WZ8A 2QZKA 1TCXA 1SGUA 2V00A 4YD6A 2BPZA 5P46A 3UDYA 1MSNA 2I1AA 3EKVA 4D85A 4Y3GA 3EBZA 5DQCA 1BWBA 5OZWA 3K1WA 2MIPA 1T7KA 3UQPA 5P27A 5P1CA 2BJUA 5P17A 2Z4OA 3MSJA 3OQAA 1IVPA 3VFBA 2ANLA 1N49A 3APPA 3UDJA 5P7YA 5OZ4A 4DQBA 7HVPA 3SPKA 4CPXA 4JPEA 4ZSMA 1FFFC 2OHQA 1XN3A 5P0HA 3TKGA 3EM3A 5HD0A 3T3CA 1EBKC 2BPVA 1CPIA 5P1RA 3BVAA 2QZXA 4F76A 3Q70A 1FQ5A 5P2AA 1BDQA 3UDPA 4OD9B 5CONA 3Q3TA 4Y3NA 2B8LA 5P62A 3BXRA 2P3BA 2Q64A 4B0QA 3PI0A 1FKNA 5OZ8A 3BC4A 2FGUA 3VUCA 1NPVA 5OZMA 2QI0A 4DPIA 3FNSA 2QCIA 1QBTA 4GJAA 1K2BA 1FQ8A 3SA7A 1FQ6A 5T4SA 1B6JA 4I0EA 3FIVA 4Y41A 5P84A 5P8GA 5P3SA 3SAAA 1GVXA 4ZE6A 2Q63A 4PEPA 3FKTA 5P3FA 1HEGE 3OUBA 1KJHA 5P33A 5P3BA 5P1GA 3CKRA 3PSGA 5P6DA 3IAWA 5P8EA 5P0LA 2HS2A 4ACXA 3NSHA 5KQYA 5P71A 2NR6A 3PBDA 4LC7A 2PSGA 4I0GA 1XL5A 5P5BA 4NPUA 5P89A 1MERA 3BHEA 3PLLA 4EYRA 5P2NA 4PPHA 5P07A 3ZKIA 1BILA 1HRNA 4HDBA 5P1ZA 1LV1A 5CLMA 3GGVA 5P5NA 3OQKA 4RVIA 5HDUA 1FF0C 2V10C 1A30A 5P65A 1EPQE 5P14A 2G27A 5P4QA 1QBSA 2H6SA 3PMYA 1M43A 3OADA 4J1EA 5P8IA 1HTRB 5BRYA 3PEPA 4Y3WA 4EXHA 3T7PA 3O9LA 3QVCA 5P3XA 1SDVA 1HIIA 3VF5A 3L3AA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4YDF A;  5P0V A;  1HPX A;  3LIT A;  2R5Q A;  4HDP A;  5P7L A;  5P1B A;  3ST5 A;  1F34 A;  2I4Q A;  1GVU A;  3EM4 A;  5B18 A;  1LYW A;  1ER8 E;  5P37 A;  5P87 A;  1EPM E;  1FEJ C;  4F75 A;  4XX4 A;  4Z4X A;  5I3W A;  3KM4 A;  5P72 A;  3NWQ A;  5P1X A;  4CPU A;  1K6C A;  4J0V A;  1DW6 C;  3NR6 A;  3L5B A;  1BDR A;  3L38 A;  3VV7 A;  5P0A A;  5P3G A;  5KR8 A;  1TZS A;  4MC6 A;  1M4H A;  5P3Q A;  2R9B A;  1VIJ A;  4OBF A;  4YCY A;  2R38 A;  2G22 A;  4J1K A;  3URL A;  1B6K A;  4Y5E A;  5OZ3 A;  4AZY A;  5P4F A;  2IRZ A;  5I3Y A;  4FS4 A;  4DQC A;  3UQU A;  5P5W A;  5P6P A;  5OZO A;  1W5X A;  1C6Y A;  2AOC A;  4RCD A;  2J9J A;  3R1G B;  5P8F A;  4J5J A;  4RRO A;  1OD1 A;  2HIZ A;  3S8I A;  3VF7 A;  3IXK A;  5P6I A;  5OYQ A;  3EL0 A;  4QJ2 A;  5DQ4 A;  4J0T A;  3IN4 A;  3EL4 A;  3NU6 A;  4Y4E A;  1IIQ A;  3HAU A;  2OHM A;  4LXK A;  5P56 A;  1EPP E;  4Z22 A;  1FLH A;  1ZBG A;  5ISK A;  4U7Q A;  1LYB B;  2OHP A;  3KDD A;  5P74 A;  4Q1W A;  5P5G A;  1AVF A;  1HSH A;  5ENM A;  3IXO A;  3JW2 A;  5OZ5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2NPH A;  5OZ1 A;  5P5Q A;  3OUC A;  5P52 A;  4Y38 A;  3EXO A;  4GJD A;  3UQR A;  5P0U A;  2SAM A;  5OZA A;  1BIM A;  5P8K A;  2PWR A;  2RSP A;  4R93 A;  5P5S A;  3HBO A;  3KDC A;  4Y3Z A;  5C9F A;  5P4W A;  1IDA A;  3L59 A;  3QP0 A;  5OZI A;  5P5T A;  1PRO A;  2AVM A;  4ER2 E;  4FM7 A;  3RSV A;  5P0G A;  3OXX A;  3LIZ A;  1A8K A;  5P7V A;  4Y48 A;  2QI3 A;  1VIK A;  2FGV A;  4L1A A;  3BRA A;  4HZT A;  1UH9 A;  4L7H A;  2FXD A;  5P1U A;  3HVG A;  1W5V A;  2ASI A;  2PH8 A;  1T7J A;  3PHV A;  1PFZ A;  5IVT A;  2R3W A;  5P6H A;  4FM6 A;  4AMT A;  3T6I A;  4RRS A;  3NXE A;  2BPW A;  5P7K A;  5P5D A;  3O9B A;  5P4B A;  4LXM A;  4BEL A;  4RYC A;  3SQF A;  5HDX A;  5P1K A;  5KQZ A;  5P2S A;  4Q5M A;  4I8Z A;  1EC3 A;  4Y3T A;  3ZPU A;  5P40 A;  1LS5 A;  4OBK A;  2CEN A;  4FCO A;  5P4J A;  3GI0 A;  4Y9W A;  5P6U A;  5IVQ A;  1LF3 A;  3HZC A;  4QJA A;  1W5Y A;  5P1H A;  5DQ2 A;  4J0P A;  1SP5 A;  5P5E A;  2IKU A;  3INF A;  2WEB A;  3S56 A;  4DUS A;  2QI5 A;  4UPJ A;  2QHY A;  4S1G A;  5OZJ A;  5OZC A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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