3CMSA

Engineering enzyme sub-site specificity: preparation, kinetic characterization and x-ray analysis at 2.0-angstroms resolution of val111phe site-mutated calf chymosin
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
323
structure length
320
Chain Sequence
GEVASVPLTNYLDSQYFGKIYLGTPPQEFTVLFDTGSSDFWVPSIYCKSNACKNHQRFDPRKSSTFQNLGKPLSIHYGTGSMQGILGYDTVTVSNIVDIQQTVGLSTQEPGDFFTYAEFDGILGMAYPSLASEYSIPVFDNMMNRHLVAQDLFSVYMDRNGQESMLTLGAIDPSYYTGSLHWVPVTVQQYWQFTVDSVTISGVVVACEGGCQAILDTGTSKLVGPSSDILNIQQAIGATQNQYGEFDIDCDNLSYMPTVVFEINGKMYPLTPSAYTSQDQGFCTSGFQSEQKWILGDVFIREYYSVFDRANNLVGLAKAI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Engineering enzyme subsite specificity: preparation, kinetic characterization, and X-ray analysis at 2.0-A resolution of Val111Phe site-mutated calf chymosin.
pubmed doi rcsb
molecule keywords CHYMOSIN B
molecule tags Hydrolase
source organism Bos taurus
total genus 83
structure length 320
sequence length 323
ec nomenclature ec 3.4.23.4: Chymosin.
pdb deposition date 1990-02-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3cmsA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3cmsA01
3O9EA 3OQKA 3BC4A 5KR8A 2G20A 3AIDA 5P7AA 4FE6A 3PMUA 5P6NA 4ZSMA 4MC9A 1OEXA 1AJVA 1FB7A 5P8TA 1B11A 1PROA 2O40A 4OBZA 4R8YA 1FMUA 1FFIC 5P6VA 1C6XA 4I0GA 5P6XA 1YX9A 3QVCA 3VSXA 2RKGA 2UPJA 4ZPFA 1GNOA 5P37A 5P4CA 4GJAA 1XE6A 1AM5A 3U6AA 5P0TA 5P81A 5P7TA 1MESA 2ER7E 5P2YA 5P41A 4L7HA 3ZMGA 5P48A 4CPXA 5P84A 2G27A 1MERA 4YBFA 4B70A 1NPWA 4ZE6A 1E82E 2PC0A 3VG1A 5P1KA 2WECA 4I0ZA 4FRJA 3M9FA 2WEZA 1AZ5A 4B78A 5P71A 2NTRA 3ZKGA 2ZJHA 3K4VC 5P0JA 5COOA 2NPHA 1BAIA 2AVVA 1Z1RA 5IS4A 5P19A 5P06A 3OQAA 5P8UA 2WF4A 5HU1A 3UQWA 1BDQA 3FV3A 2VJ9A 4RYCA 3KFRA 3QRMA 3QAAA 5P36A 4Y3JA 2ANLA 2VJ6A 5P77A 3D3TA 5P7PA 5P4ZA 1CPIA 1MTBA 3T6IA 3MSLA 4NJSA 4B72A 3LIXA 3F9QA 3OXVA 3FKTA 5P4LA 1BBSA 5P28A 4L7JA 2VIJA 3OU1B 4LXAA 4Y50A 5ER2E 4A6BA 3O9DA 5B18A 1Q9PA 5OZDA 2WF2A 5P8RA 3NU5A 3IAWA 3DOXA 5P3CA 5CLMA 2QZLA 1RQ9A 2QMGA 5P0BA 4Y5BA 4DV9A 4CPTA 5P8CA 5P1UA 4K9HA 3VF3A 1IBQA 5P7JA 1EEDP 5P7EA 5APRE 4TVHA 1TZSA 1RL8A 3EKVA 4Y5PA 1MT9A 2CEJA 3NDWA 2QZXA 5P67A 4TRZA 4LBTA 3OUDB 4Y3LA 1FF0C 1IDBA 5P79A 4YA8A 3OOTA 3TPRA 1XN3A 3DV1A 3QROA 4Y4TA 3UTLA 3WZ6A 1Z1HA 3EMYA 1IIQA 4I8WA 5P05A 2IRZA 1EPLE 5P1AA 4N00A 1C70A 5ENMA 4NPUA 3CICA 3O9HA 3KDCA 5P2AA 5P3JA 4TVGA 4R5NA 2PSUA 4LP9A 2NNPA 1TSUA 5SY2A 3R4BA 4QJ7A 2QCIA 3CYWA 3CKTA 3Q6YA 4Y4WA 4DQFA 2I4XA 3URIA 6APRE 5P8EA 3PHVA 3H5BA 5BWYA 4Y43A 4AUCA 4HZTA 4R95A 5P6HA 1HSGA 1T6GA 1B5FB 3DJKA 5P8OA 1MT7A 3EKWA 4JPEA 3NU4A 4OBFA 1CMSA 1FG6C 1WBKA 2IQGA 4QLHA 3ER3E 3TPLA 1PFZA 5P2TA 3PEPA 1HPXA 1LF2A 4DJRA 2I1AA 5TOLA 3GW5A 5P0ZA 5P3VA 5P3WA 5P56A 2ZHVA 5P62A 1NH0A 4OD9A 4I1CA 3EL5A 4EYRA 4PPHA 4RRNA 1B6JA 5P4TA 5P8AA 4PEPA 5P1LA 4I0DA 2HB4A 4Y3PA 1HEFE 4Y38A 3UDPA 2ZDZA 3O9BA 2QI4A 1IZHA 5OZXA 4Q1XA 1AXAA 1HXBA 1PPME 5P6FA 5P7NA 4NJTA 2G1OA 2QAKA 2WEDA 5P39A 4ZEAA 5P57A 4YBIA 5P1ZA 2BKTA 5P1WA 1J71A 3LZSA 3UDMA 3ZOVA 1APVE 1FLHA 3NXNA 1ZAPA 3HZCA 3UPJA 4GIDA 3LZYA 2WEAA 2IDWA 4BFBA 4FIVA 2R8NA 3S56A 2R5QA 4FS4A 2ZHTA 2QD7A 4J1CA 3S54A 5SZ9A 1M43A 4EXHA 2WF0A 4Y53A 3L58A 5KR2A 4YD4A 2FDDA 4J17A 5P2VA 3GGVA 3CIDA 3OAGA 4F76A 5P08A 5P4WA 1HOSA 2RMPA 5P59A 3DUYA 5P15A 3UDJA 2BPZA 5P6DA 1D4JA 1LYBA 5P0WA 5P2CA 1EAGA 2AOIA 5P1OA 4DJPA 3D1YA 2QHZA 4WY1A 5P4GA 5P07A 2PQZA 2F3EA 5OZ0A 1HIHA 5P66A 4JOOA 3LPIA 2OHPA 2R5PA 2QMDA 4Y3ZA 4J1FA 1C6ZA 3SA7A 1HPSA 4I0FA 1K6TA 3SAAA 2PH8A 5OZFA 3S8IA 1D4LA 5P3YA 5P7BA 5P4FA 5OZWA 5P2IA 4L1AB 2BBBA 3FNUA 5P50A 3HDKA 5KQFA 1EPOE 4Y3QA 2V00A 1YM2A 3NWXA 3ZKNA 2FS4A 4DQBA 4YOAA 7UPJA 4L6BA 2Q3KA 2P3BA 1W5VA 2ASIA 5UPJA 2HPEA 4APRE 2QZWA 3INHA 3TKGA 4F74A 2ZGAA 1MT8A 3DCRA 1GVVA 3PBZA 1HVKA 4ER1E 1HXWA 4GJ7A 4I0HA 3U71A 5JFPA 4I11A 1LEEA 3MWSA 2B7ZA 5P64A 5OYRA 4COEA 4Y51A 4HDFA 5P3XA 2PWCA 3LPJA 5P10A 4KE1A 2VIYA 3PLLA 4Y41A 2P3AA 2G21A 3O9IA 1ZJ7A 1SIPA 2H6TA 5P1FA 5P52A 1OEWA 2IGYA 5OYZA 2QU3A 4HDPA 4I12A 5KOQA 1AJXA 4RVJA 5DGWA 3GI0A 3APPA 2Q64A 2QI3A 3UCBA 1MEUA 3ZKXA 1KJHA 3C9XA 4CPWA 1N49A 5AHCA 3ZKMA 1MSNA 4LXMA 1ER8E 3KF0A 3BUFA 5OZNA 4CPRA 4FRKA 5AH6A 2ER0E 3NWQA 5P46A 5P2FA 1ZTZA 1PSNA 1BV7A 5P1PA 1HIIA 5P6JA 1CZIE 5P6RA 5P8QA 1EPPE 1E80E 3D91A 2AOJA 3OTSA 4I8ZA 3GI5A 5P01A 5OZVA 3ER5E 1EBWA 5AH9A 5P7FA 5P27A 3EC0A 3O9LB 5I3XA 4Y4JA 4ACUA 2BQVA 3JW2A 1EPNE 3OXCA 1B6KA 2VIEA 5COPA 5OZ1A 3Q5HA 3T7XA 3ZKSA 4Y5AA 1HVHA 2V11C 4Y3XA 1APTE 4Y6MA 5OZOA 5SY3A 3SA5A 3UDHA 2OHSA 1MUIA 4OBDA 3TPPA 3JVYA 4EHCA 1PSOE 4DJXA 4HDBA 1EC2A 1WBMA 2RENA 2AVQA 3VCMA 5OYSA 1EC3A 2ZJJA 4H3JA 2BKSA 5P8KA 3I8WA 3NUJA 4D85A 5P14A 4MC2A 5P2BA 1FQ5A 1MRXA 1HSIA 2OHRA 4OBGA 4YCKA 2ZE1A 5P0UA 3LPKA 2QI7A 4GJ6A 1GVTA 5OZ2A 5P8LA 1SDVA 5P1JA 3S2OA 3HBOA 3UHLA 5P03A 3VLAA 4EQ0A 3ZKQA 2AVOA 2NMZA 2R3TA 4MC1A 4Y9WA 5P2ZA 3R2FA 4E43A 5P7CA 1QRPE 1W5XA 4FGXA 5P2HA 3L5BA 2QI0A 4Y3EA 3BXRA 4NJUA 5P5ZA 3SACA 1TCXA 4YD6A 5P1RA 5P2UA 3CKPA 4IVTA 5DQCA 3PI0A 2XYFA 4Y45A 3RU1A 5C9DA 3LIYA 1GVUA 4DQGA 4RVXA 1KZKA 1B6PA 5P4EA 5P5LA 4OBZB 3QBHA 5P6ZA 3NU3A 3K5CA 3L5EA 4AA9A 3L38A 4OBKA 5P0GA 5OYWA 2Z54A 2Q63A 2G22A 2BPXA 5P5XA 1HWRA 3O9GA 5HDZA 5OZUA 1MIQA 5HCOA 3IA9A 1UH7A 2HB3A 4LAPA 4Y5NA 5OZ4A 2V10C 4EQJA 3QN8A 5P8IA 3SA4A 5OZSA 5P2RA 1BVEA 2FDEA 5COKA 3NR6A 3FX5A 4ZLSA 2H6SA 4FM8A 4K8SA 2JE4A 4ACXA 2FNTA 1YTGA 2VNNA 3S45A 3TOHA 4Q1WA 4YE3A 5P5YA 2V0ZC 2ZJIA 4H3GA 4LL3A 3PGIA 4APEA 5HVPA 5ENKA 3LHGA 4Y37A 4BFDA 3GI6A 4A4QA 3PM4A 1NSOA 2I4WA 3PCWA 4Y47A 3EKYA 1YTJA 5CONA 3N4LA 5FIVA 5ISJA 2G1YA 3EKPA 5P5PA 1E5OE 1T7KA 1FQ6A 5OZPA 1FIVA 3S7MA 2NXLA 3QS1A 5AHBA 5JG1A 5DQ2A 2HIZA 4Y3YA 1W50A 5AH8A 3QBFA 3L3AA 2JXRA 1GKTA 4FCOA 4I10A 3NYGA 3QP0A 4Y48A 2OF0A 5P1EA 2QHCA 2WHHA 5DGUA 1XDHA 3BGBA 5P0AA 7HVPA 5P2SA 3EM6A 5DQ1A 4NJVA 5P5VA 3B7VA 1IVPA 2AVSA 5P0FA 3WZ7A 5OZZA 4Y5EA 5P2MA 1C6YA 3TLHA 5HDXA 5P6TA 3SPKA 3HLOA 5P17A 2OHTA 5P3SA 2FGVA 1BV9A 2G1NA 1TSQA 1SDUA 1KJ7A 5HE7A 5HE5A 3SO9A 1SMEA 5DR1A 5P3PA 1FGCC 1B6MA 1RNEA 4FSLA 4ER2E 4Q1NA 1NPVA 2Q15A 5P3TA 3OU1A 1QBUA 5P4DA 3KFNA 4RCFA 3KN0A 1XL5A 3QVIA 5P1NA 5P1HA 5P4RA 2ZYEA 3QI1A 3IVHA 2ER6E 5P0CA 4PYVA 5IVSA 4NPTA 4TRYA 2G24A 5P29A 5P0KA 4YCTA 5P26A 4AA8A 3SKFA 1E81E 4J1EA 5P4VA 3K5DA 4QJ6A 5P31A 3KM4A 3WZ8A 4Y4ZA 3PJ6A 4LC7A 3INFA 3VUCA 2J9JA 3O99A 5P83A 5P4UA 3G6ZA 5P7SA 5P00A 5P34A 4WTUA 1HBVA 3DCKA 1BDRA 2R3WA 4RLDA 3HAUA 1ZP8A 2WEBA 4EP2A 3SA8A 5AHAA 5P1YA 4XX4A 3ST5A 3QPJA 1ZPKA 5P68A 2P8HA 4Y3NA 4J0ZA 2O4LA 4B77A 5E5JA 5P3AA 5P6EA 1W51A 2FXDA 3SLZA 3LZUA 1BIMA 3NSHA 5DR0A 1HVSA 5P7XA 3URLA 2PWRA 3UF3A 3D20A 5P8JA 5P76A 3CKRA 5P0MA 3NXEA 4GJ8A 1K6VA 4OD9B 5PEPA 5OZ3A 3IXOA 3NUOA 1ODYA 2OHMA 3TNEA 4GB2A 5P2EA 4TRWA 2UXZA 3PI5A 2I4UA 5P6LA 4Z4XA 3PCZA 1QS8A 2RSPA 5P72A 1D4IA 2VS2A 2OAHA 3K5FA 5IVRA 3EKTA 5DR4A 3TKWA 5IE1A 1EPRE 3VFAA 2QMPA 4FAFA 3OTYA 5P5OA 2R9BA 3BXSA 2ZJKA 5P7ZA 2HAHA 3LITA 4BEKA 5P5IA 3FNSA 5ISKA 3K1WA 5AGZA 3D1XA 5P33A 2G69A 2IS0A 2MIPA 3GGXA 5JFUA 3MSKA 1UH8A 2VJ7A 5P30A 1JLDA 4XX3A 4CPSA 3Q3TA 1YM4A 3LNKA 5P0YA 5P6MA 1KJ4A 1EPME 4I0IA 4Y5GA 2IGXA 1F34A 4Y4XA 4OC6A 3RTHA 3INDA 1T7JA 5HTZA 5P1GA 1MSMA 5P20A 2F3KA 3SA3A 3UDQA 1GNNA 1HHPA 1K1UA 5P40A 3CMSA 3OAGB 2NMYA 5P53A 1TW7A 1KJFA 5OYUA 3K5GA 5P78A 3WB4A 3AUPA 3NDUA 4DVFA 2A4FA 4DQEA 4RYGA 5P2KA 4Y3AA 4DPFA 1TCWA 3TOFA 3OUBA 5DQ4A 1LYBB 2OHNA 5OYXA 3PVKA 1LYAA 5P3IA 4YDGA 5KQZA 5P8MA 2BPVA 4B1CA 5I70A 4EWOA 2P83A 5P0SA 4GMIA 2BPWA 3PBDA 5C9BA 3O9AA 2NNKA 1APUE 1A94A 4Y4EA 5OZEA 3VF7A 3SM2A 1HEGE 5P49A 4H3FA 2VA7A 5P7KA 3KFPA 2VIZA 3L59A 5J25A 3OWNA 1HTEA 1G2KA 3NDXA 3LIZA 4RCEA 1LYWB 2AOGA 2PK5A 1IZEA 4Y3FA 5P3MA 4DI2A 4Y35A 4DQCA 5P63A 4S1GA 5P25A 5P0QA 1EBZA 4U7QA 3OOZA 5P0DA 5P8GA 5C9FA 5P1DA 1DIFA 2P3BB 5P7YA 3L5FA 3OHHA 5P3HA 1EC1A 5P1BA 3NU9A 1T6EX 2QNPA 3VEUA 5P4XA 4Y3GA 3EM3A 5OYTA 2J9KA 5P12A 5P2OA 3VLBA 2XYEA 2AIDA 1W6IA 3TPJA 1ZSRA 3NU6A 2V16C 4EXGA 3GI4A 5P5GA 3U7SA 5P6AA 1FKNA 1BXOA 1RV7A 4QJ9A 4J1HA 4GZFA 5OZHA 1XL2A 5P0PA 1YTIA 5P11A 3BHEA 3OADB 5P5TA 5P89A 1XS7D 4KB9A 5ER1E 4DUSA 5KR0A 2XFJA 2SAMA 3OGPA 5P5MA 5OZTA 3HVPA 1M4HA 3HW1A 5P65A 5SXNA 5P2DA 3S7LA 1ENTE 2ZHRA 1ZSFA 5P3KA 3S43A 3UQXA 5OZIA 3PMYA 2XFIA 5P1CA 2PMAA 2V13A 5P5SA 2IKUA 4R93A 1VIKA 3DK1A 5P69A 4RRSA 2JJIA 4L7GA 3IXJA 2HB2A 3KT5A 2P3CA 5P4MA 5P44A 3KA2A 4Y58A 5HCTA 3UQRA 5P04A 1SGZA 5P4IA 4IVSA 1HTFA 4M8YA 5P6GA 1BDLA 5P02A 4J5JA 3IXKA 4H3IA 5I3VA 1DPJA 2VKMA 3APRE 4HVPA 2HS2A 5P5FA 1DMPA 2P3DA 5P2XA 5HDUA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3O9E A;  3OQK A;  3BC4 A;  5KR8 A;  2G20 A;  3AID A;  5P7A A;  4FE6 A;  3PMU A;  5P6N A;  4ZSM A;  4MC9 A;  1OEX A;  1AJV A;  1FB7 A;  5P8T A;  1B11 A;  1PRO A;  2O40 A;  4OBZ A;  4R8Y A;  1FMU A;  1FFI C;  5P6V A;  1C6X A;  4I0G A;  5P6X A;  1YX9 A;  3QVC A;  3VSX A;  2RKG A;  2UPJ A;  4ZPF A;  1GNO A;  5P37 A;  5P4C A;  4GJA A;  1XE6 A;  1AM5 A;  3U6A A;  5P0T A;  5P81 A;  5P7T A;  1MES A;  2ER7 E;  5P2Y A;  5P41 A;  4L7H A;  3ZMG A;  5P48 A;  4CPX A;  5P84 A;  2G27 A;  1MER A;  4YBF A;  4B70 A;  1NPW A;  4ZE6 A;  1E82 E;  2PC0 A;  3VG1 A;  5P1K A;  2WEC A;  4I0Z A;  4FRJ A;  3M9F A;  2WEZ A;  1AZ5 A;  4B78 A;  5P71 A;  2NTR A;  3ZKG A;  2ZJH A;  3K4V C;  5P0J A;  5COO A;  2NPH A;  1BAI A;  2AVV A;  1Z1R A;  5IS4 A;  5P19 A;  5P06 A;  3OQA A;  5P8U A;  2WF4 A;  5HU1 A;  3UQW A;  1BDQ A;  3FV3 A;  2VJ9 A;  4RYC A;  3KFR A;  3QRM A;  3QAA A;  5P36 A;  4Y3J A;  2ANL A;  2VJ6 A;  5P77 A;  3D3T A;  5P7P A;  5P4Z A;  1CPI A;  1MTB A;  3T6I A;  3MSL A;  4NJS A;  4B72 A;  3LIX A;  3F9Q A;  3OXV A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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