3D1ZA

Crystal structure of hiv-1 mutant i54m and inhibitor darunavir
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFMKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Effect of flap mutations on structure of HIV-1 protease and inhibition by saquinavir and darunavir.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 Protease
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2008-05-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3d1zA00
3TOHA 1GNNA 2VNMA 3VSXA 1FLHA 4Y38A 3O9BA 2QNNA 1BV9A 4D83A 2OHSA 3T11A 3TOGA 1EBZA 5I70A 3O9IA 1BDRA 2G1NA 4K9HA 1IIQA 5P4JA 3OTSA 1OD1A 3UFNA 1LS5A 3K5CA 1NPVA 1EBKC 1LYAB 4KB9A 3LZYA 2QZXA 5P8SA 1EEDP 4FM6A 4EXGA 1XN3A 4L7JA 3OU4A 3ZMGA 5OZYA 5P09A 3LITA 1AIDA 4Y5PA 2XYFA 4Z4XA 5P2TA 4FSEA 4I0IA 4EQJA 3LPIA 4XKXA 1BAIA 1ER8E 5HDXA 4DJXA 5P7JA 4Y3ZA 4F75A 1LF4A 1D4IA 5P8UA 3L5FA 5SY3A 2BB9A 1ZSFA 4RRSA 4GJAA 5P20A 3K5FA 4YOBA 5P7MA 5P8PA 3TKWA 5OZ3A 1IZHA 5P16A 3S43A 3VF5A 1EAGA 5BWYA 5P5CA 3VCMA 5P1LA 4I0EA 5P46A 4DQHA 5I3WA 5P66A 5P1OA 3EKPA 4XX4A 3OK9A 5OZ7A 4FE6A 5HDUA 1B5FA 2I4WA 3ST5A 3L38A 4QJ6A 1W5XA 5CONA 3O9AA 5OYYA 2AIDA 4D8CA 5P12A 2IDWA 2AVOA 5P29A 5ENMA 5P15A 4GJ6A 1EBWA 4YD5A 2G1RA 5P1MA 3VYEA 4EHCA 3OQ7A 5P32A 5P4TA 5P3CA 4I8WA 5JFPA 5KQXA 3RSVA 4Y3FA 1HEGE 3FNSA 3CIDA 5COOA 3SA3A 1M4HA 5KQFA 3TOFA 5IE1A 2BPWA 3OHFA 5P71A 3GGUA 1APUE 3MSKA 1YT9A 3FKTA 5P2AA 2R38A 5P0BA 3UQWA 5P81A 2IEOA 4R91A 1TQFA 4K4PA 3ZLQA 5P2OA 4GJBA 5P3BA 1EPPE 2BPVA 5KR0A 4RZ1A 4YD7A 1HPXA 1W6HA 4DQEA 3QI1A 6FIVA 4DQFA 4DPIA 2Q63A 2PH6A 5P10A 1HVJA 3SO9A 5P3GA 5P7WA 1FQXA 5OZKA 1XL2A 5P53A 2JXRA 2NXMA 3VV6A 5P5YA 4HVPA 1UH8A 4APEA 5PEPA 5P47A 3S54A 2OHTA 1FG8C 1IZDA 5OZJA 5IS4A 4Y39A 3INEA 2A1EA 2G27A 1IDAA 2P3DA 5OZMA 5P1XA 5P23A 3EXOA 5BS4A 2R9BA 2JJJA 2V10C 5P0KA 1MPPA 1W6IA 1AM5A 4PZXA 5OZVA 5P2MA 5P01A 3UFLA 3EKXA 4TRYA 1XN2A 5SZ9A 3G70A 1B6PA 2QI6A 5P7HA 3PSGA 2AOFA 5P2YA 5IVTA 4NJUA 5P7VA 1NSOA 2WL0A 2ZE1A 5P4RA 5P6DA 1DIFA 1BV7A 2B7FA 4B72A 4OBFA 1HSIA 4DQGA 1D4KA 3D1XA 4HE9A 5P3OA 4N00A 4Y5AA 4GJ9A 2QHYA 3EMYA 3LNKA 3PWWA 5P3PA 4OC6B 1KJGA 1KJHA 3PCWA 4ZE6A 4WY1A 3HAWA 5P1ZA 5P57A 1ZPKA 3NXEA 5P2EA 3KFSA 5P2GA 1T3RA 1PSNA 1APTE 5P73A 5OZXA 5P0AA 5AHBA 4MC2A 2QU2A 5P7XA 2VNNA 4Y5CA 2J9JA 2QMDA 2PWRA 3CIBA 2HS1A 1EC0A 4M8YA 3KT5A 1EC2A 3OQAA 3ZOVA 5P6ZA 2PYNA 5P0VA 4LHHA 2R3TA 1LEEA 4TVHA 4J5JA 2F3EA 2AOCA 4Y4ZA 4DVFA 3R4BA 1HVLA 5P4ZA 5P7NA 3KYRA 5P11A 1HTRB 3NU6A 2OF0A 4I0GA 3PBDA 4Y4TA 3QIHA 3O9LB 4OD9A 5DR4A 3VEUA 3QVCA 2PK5A 3UQXA 1BVEA 5P8FA 3CYXA 6UPJA 1GVUA 2WEDA 2PYMA 3APRE 3AIDA 4WTUA 2AVQA 3C9XA 4NJVA 4DPFA 1YTHA 5P7QA 4DQBA 2WF1A 1DPJA 2O4PA 3UQRA 1EPOE 2PSVA 3OY4A 5P5VA 1FQ8A 5P1EA 5B18A 5P4AA 3IN4A 2UPJA 3S2OA 1APVE 5HTZA 2OHNA 4DJYA 2ZHUA 2ASIA 3TTPA 3I25A 4I1CA 5DQ2A 1G0VA 5P2DA 3R2FA 3PHVA 3WSJA 1MERA 5OYUA 3UQPA 2MIPA 1MUIA 5P3NA 5P4GA 3VV8A 4R93A 1W5VA 4OBZA 5P27A 3IXOA 3M9FA 3OUCA 3Q4BA 2R43A 3MSLA 1PSAA 1HVSA 4A4QA 5P4NA 4AMTA 4YOAA 3HDKA 4D85A 2ZJNA 3N4LA 4U7VA 3PLDA 5P0PA 3OU4B 5P5IA 1CPIA 3ZPTA 3EKQA 5P4EA 2BQVA 2SAMA 2NNPA 2ZJLA 3PVKA 3BVAA 3TNEA 3URLA 1IBQA 2Q5KA 4Z50A 5ENKA 4Y3WA 2R3WA 2ZJJA 4COEA 1FFIC 5UPJA 4RVJA 3EKVA 4DJVA 1AVFA 2G1SA 5P2LA 3HLOA 4M8XA 4WY6A 5P84A 5P8NA 1HPOA 1PROA 1PPKE 1OEWA 2OHPA 5OZRA 5P4XA 1TZSA 4Y3JA 5HCTA 3S43B 5AGZA 5IVQA 3WB4A 5P6SA 5P0UA 4MC6A 3U6AA 4R8YA 2PSUA 5P1UA 2P4JA 2I0AA 3UDJA 2I4XA 1B11A 1LF2A 2V11C 1B5FB 5P3FA 2NTRA 1A8GA 2R5PA 2AZ8A 3SA7A 3K5DA 3KDDA 3R0WA 3UPJA 3OOZA 3T6IA 2F80A 3T7XA 2WF4A 1META 2AOJA 4X2LA 5SY2A 3UDHA 5OZCA 2G21A 2FDDA 4YD3A 5TOLA 1HRNA 4OBKA 5OZ2A 3PMYA 5P3EA 4ER1E 5HE4A 3EL1A 3LIVA 1EPRE 4JPCA 2AVMA 1AJXA 1MTBA 4JOOA 5ISKA 3KA2A 5P48A 4I0DA 1KJFA 1GVXA 5P43A 4CMSA 1M43A 2VJ9A 5P0QA 5P1GA 1W51A 4NJTA 4YCYA 3DJKA 4U7QA 1CZIE 5P7OA 5P41A 3LZUA 3K4VA 1AAQA 3OWNA 3S56A 5APRE 1YTIA 3PI5A 3UDMA 5P8GA 3QBFA 3G72A 4EWOA 4J1FA 2HB2A 3MSJA 5P5HA 5KR2A 1BDLA 4Q1WA 5P3HA 5P38A 3ER5E 5P0MA 5P59A 3B80A 3EM4A 3KN0A 3Q5HA 5P0YA 3UDKA 5F00A 5P86A 3ZKMA 4J0PA 4J1IA 5P3JA 3HVGA 3LZSA 5OZPA 4RCFA 5OYRA 5OZ1A 5DR7A 2O4KA 4JPEA 3BXRA 4Y3YA 1SP5A 3HBOA 3NDUA 4GJ5A 5HVPA 3I2LA 3D3TA 3ZKNA 2IQGA 3L3AA 3QPJA 5P31A 2PQZA 3R1GB 1HSHA 3PEPA 1D4HA 4J0ZA 4GJDA 4FRSA 3HD8A 3F9QA 1YM4A 2ZGAA 4CPSA 4J0YA 4AUCA 4ZEAA 3GW5A 5P19A 4PEPA 2O4SA 4KE0A 3BC4A 5P0RA 3FIVA 1HOSA 1B6MA 5P3DA 1HIVA 5P5TA 3ZKIA 5P2FA 2Q11A 2CEMA 4YA8A 4B0QA 1VIJA 3INHA 3NUOA 1SDTA 3ZKQA 5AHAA 2O4LA 1KJ7A 5P0WA 4EJ8A 5P2UA 4ER2E 1GVVA 3APPA 3SABA 1LYBA 2J9JB 2P8HA 1E82E 3UQUA 4QJ2A 5OZFA 2RKGA 5P72A 2WKZA 1HSGA 3URJA 2BBBA 1BWAA 3EL5A 1HPVA 1YTGA 3MWSA 1LZQA 1HVKA 2I4DA 2PSGA 4OD9B 4J55A 5P8JA 4FLGA 5P60A 5P8RA 4FIVA 3Q3TA 5P2ZA 2IKUA 5P2QA 5DR3A 5P17A 3VYDA 3JVYA 1K6VA 3PM4A 2WF0A 4Y5MA 3EM3A 3CKTA 5P0NA 4HDPA 2ANLA 4KUPA 5P65A 4CPQA 3OUAA 4AA8A 1D4SA 5P0JA 3OU1A 4Y58A 2XFIA 1SGUA 3CYWA 4Y3HA 4QLHA 1SIPA 3NSHA 3TPJA 3PLLA 3ZKSA 1HTFA 4ZSRA 3R0YA 3PI0A 4DFGA 4L1AA 3NWQA 4PZWA 5CLMA 3L5CA 3OGPA 4FAEA 3EM6A 2ZJIA 3OADA 3TPPA 1VIKA 3NDTA 1C70A 4J1CA 5P5QA 1W50A 5OZWA 1DMPA 4OBZB 2QHZA 4Y5EA 5P88A 4GIDA 3CKRA 1MT8A 5P6IA 1D4YA 1EPNE 1E5OE 5P7KA 5P7EA 1FMXA 1TCXA 4Y4GA 3EL9A 1SMRA 3U71A 5DQ5A 4AZYA 1UH9A 5SXNA 3DV1A 2AVSA 5P4DA 4L6BA 4Z22A 1F7AA 5P1KA 3DV5A 4I10A 4I12A 1BXQA 1IVPA 2Q15A 1UH7A 2QNQA 5IVSA 1E81E 3UDQA 5HE7A 5OZAA 5KOSA 1K6CA 1NPAA 3HAUA 1FQ7A 3SAAA 5P25A 1Z1RA 1MEUA 4E43A 1RV7A 3KFRA 4HEGA 4HZTA 3RTHA 1N49A 3EKYA 5OZSA 2XFJA 1YM2A 1A8KA 2I4VA 5P2WA 2QHCA 1HEFE 4J17A 5P7AA 5P3IA 4CPTA 4Y9WA 3H5BA 1GNMA 1SIVA 2QCIA 4Y43A 5I3XA 1HVIA 2QP8A 1AXAA 4Y44A 4Y35A 2NMYA 1U8GA 5OZTA 4MC9A 3K5GA 4DJOA 2OAHA 1GKTA 1FIVA 3PWMA 3N3IA 1OEXA 2ZJKA 3B7VA 5P4SA 2WEAA 3DK1A 3OXCA 2QD8A 1SDVA 2HM1A 2WEZA 1GNOA 1WBMA 4TRZA 4YCKA 3DCRA 4Y3XA 4HA5A 4YD4A 3NXNA 3SA6A 3O9FA 2NR6A 5P7UA 4LXKA 4F76A 3UTLA 2VA7A 2P3AA 2HB3A 3PGIA 4I0FA 1BILA 3A2OA 4TRWA 3TKGA 1M0BA 3TL9A 1BDQA 5P1AA 1HXWA 5HE5A 2ER7E 2ER6E 5P2RA 2HS2A 5P8TA 3KFNA 4Y3LA 1T7KA 5P6KA 4Y3DA 2IKOA 5HD0A 4EP3A 5P00A 4RCDA 1AJVA 5ER2E 5P1WA 5P5JA 1MRWA 3LIXA 1HTEA 1ZSRA 2FXDA 4LL3A 5P79A 4XX3A 5P3YA 4B70A 3S45A 2O4NA 2QI5A 4GJCA 1HTGA 1BIMA 5P6OA 5P75A 1AZ5A 4CKUA 2FDPA 5P7GA 2AZBA 3D1YA 4EP2A 2AOEA 3T7QA 1EPME 5DR0A 2IENA 1K1TA 5P5DA 4Y50A 1QBTA 2FNTA 4RYGA 4QJAA 3VLBA 5I3YA 2P3CA 1DAZC 4FL8A 4S1GA 4FM7A 2WJOA 5OZIA 5P74A 2B60A 5P5AA 5AHCA 1ZTZA 1ZLFA 2PWCA 2QI4A 5P37A 3SM1A 5F01A 5COPA 2HC0A 1FMUA 2ZHTA 1EBYA 2HPEA 3OUDA 4B05A 4HLAA 3IAWA 5P0TA 3QS1A 5EZZA 4R5NA 3HVPA 4HDBA 4EPJA 2VIYA 5OYVA 4Q1YA 5OZOA 5C9BA 4RGHA 4ZSMA 5P8EA 2BKSA 5P4OA 3JW2A 3PBZA 3BGBA 3QBHA 5P5XA 4FRIA 5P08A 4RYCA 5P2BA 3BUFA 3LINA 2FXEA 5OZ6A 5P64A 5P4HA 4YHQA 3VSWA 2JE4A 2NXLA 2F3FA 1FKNA 3OHHA 2VIEA 2RKFA 3WZ8A 1T7IA 3S7MA 1LYBB 4YBFA 5P7FA 2BJUA 5DGUA 5OZQA 5P1QA 2OHRA 5P5PA 3LPKA 2ZJHA 1YX9A 4Y53A 4FGXA 2IS0A 5P2KA 1B6LA 5P4YA 1XDHA 4ZIPA 3RSXA 3TPRA 4ZPGA 3QN8A 2JYSA 1BBSA 3NYGA 1T6EX 2QAKA 4LP9A 3I7EA 4J1HA 5P0CA 4ZSQA 5P7BA 1YTJA 1XL5A 4HDFA 5P69A 2G1OA 2VKMA 5P06A 3LIQA 5OZ8A 1GVTA 4RLDA 5P5FA 1MESA 5P5BA 1ZJ7A 3URIA 2V0ZC 2OHMA 4FRKA 2EWYA 1OHRA 5HDZA 5P6UA 1ODXA 3SA8A 3KMYA 3SACA 4Y3SA 3NU4A 1RQ9A 2OHLA 5P4UA 1K6TA 5P1TA 1FQ6A 5P3QA 3OU1B 4I8ZA 3IN3A 4RVIA 4YBIA 1MSNA 1K2CA 4DV9A 5P8KA 3PB5A 4BFDA 5C9FA 5P67A 2ZYEA 1TW7A 1D4LA 3KF0A 5HCOA 2FS4A 5P0FA 1A30A 3GI6A 4L1AB 3UDNA 1WBKA 3MXDA 2VS2A 4Y4UA 3BVBA 2I1AA 3OADB 3NU3A 5P5GA 5P6GA 3BUGA 4LAPA 5P6EA 5KR1A 5P04A 5P8LA 2AZ9A 3S85A 4FAFA 4Y6MA 4LXMA 5P6MA 5P7YA 3PJ6A 4K8SA 4OBHA 5P7RA 5BRYA 1HIHA 3EKTA 3FSMA 2IRZA 1FQ4A 5P6HA 4J0TA 2Q3KA 3JVWA 4NPTA 4R92A 5P22A 5P1DA 4NPUA 2G26A 3NU5A 4PHVA 5P8QA 5I3VA 5P2VA 2Z4OA 4GJ8A 3OQKA 3CMSA 4DQCA 4UPJA 1FQ5A 3OOTA 9HVPA 4LC7A 5P0GA 3VUCA 3TPLA 1MVPA 4EQ0A 3BUHA 4XXSA 2BKTA 5T4SA 1EC1A 4H3JA 4Y5KA 2ZHVA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3TOH A;  1GNN A;  2VNM A;  3VSX A;  1FLH A;  4Y38 A;  3O9B A;  2QNN A;  1BV9 A;  4D83 A;  2OHS A;  3T11 A;  3TOG A;  1EBZ A;  5I70 A;  3O9I A;  1BDR A;  2G1N A;  4K9H A;  1IIQ A;  5P4J A;  3OTS A;  1OD1 A;  3UFN A;  1LS5 A;  3K5C A;  1NPV A;  1EBK C;  1LYA B;  4KB9 A;  3LZY A;  2QZX A;  5P8S A;  1EED P;  4FM6 A;  4EXG A;  1XN3 A;  4L7J A;  3OU4 A;  3ZMG A;  5OZY A;  5P09 A;  3LIT A;  1AID A;  4Y5P A;  2XYF A;  4Z4X A;  5P2T A;  4FSE A;  4I0I A;  4EQJ A;  3LPI A;  4XKX A;  1BAI A;  1ER8 E;  5HDX A;  4DJX A;  5P7J A;  4Y3Z A;  4F75 A;  1LF4 A;  1D4I A;  5P8U A;  3L5F A;  5SY3 A;  2BB9 A;  1ZSF A;  4RRS A;  4GJA A;  5P20 A;  3K5F A;  4YOB A;  5P7M A;  5P8P A;  3TKW A;  5OZ3 A;  1IZH A;  5P16 A;  3S43 A;  3VF5 A;  1EAG A;  5BWY A;  5P5C A;  3VCM A;  5P1L A;  4I0E A;  5P46 A;  4DQH A;  5I3W A;  5P66 A;  5P1O A;  3EKP A;  4XX4 A;  3OK9 A;  5OZ7 A;  4FE6 A;  5HDU A;  1B5F A;  2I4W A;  3ST5 A;  3L38 A;  4QJ6 A;  1W5X A;  5CON A;  3O9A A;  5OYY A;  2AID A;  4D8C A;  5P12 A;  2IDW A;  2AVO A;  5P29 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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