3D20A

Crystal structure of hiv-1 mutant i54v and inhibitor darunavia
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFVKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Effect of flap mutations on structure of HIV-1 protease and inhibition by saquinavir and darunavir.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus type 1
molecule keywords HIV-1 Protease
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2008-05-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3d20A00
4QJ6A 1BAIA 5JFUA 2G69A 3IVHA 1HWRA 1SDVA 3PI0A 5P7IA 1HVLA 2QAKA 3BUGA 2OHLA 1HTGA 3BHEA 4Y3TA 4J54A 2FMBA 4ZEAA 2AOGA 4GIDA 1PPKE 1XN2A 3ZOVA 2VIZA 5OZLA 3UHLA 1G0VA 3D1XA 4FRIA 3OU3A 4I11A 1JLDA 3QIHA 5AHCA 5P6HA 5P0WA 1DMPA 5P7AA 1EPOE 3HVPA 4F73A 5OZPA 5P77A 5P3IA 1AJXA 1Z8CA 3VF3A 2G1SA 4FM8A 4Y4TA 1FFIC 2IDWA 3OXCA 2UXZA 5HCOA 5P1SA 3TOGA 5P1LA 3UDRA 4RCFA 5P74A 3IA9A 2I0DA 3SA9A 4CPSA 1BIMA 3ZKGA 1E82E 1D4JA 2ZJIA 5P6GA 1QBUA 5OZIA 5P4RA 2ZHSA 3IN3A 2QD7A 4GJ5A 4Y3AA 5OZWA 5HDXA 1BBSA 1G2KA 3BC4A 3SM1A 3OU1B 5P8HA 1XL5A 3PBZA 3HDKA 2HPFA 1NSOA 5P4BA 1VIJA 2ZJNA 4RVJA 4BFBA 4Y6MA 3B7VA 3UQPA 2O4PA 2RMPA 3O9IA 4DJVA 2ZHVA 5P69A 5EZZA 5P56A 5P5XA 4Y4EA 5P0QA 3MSLA 4Q5MA 2G1YA 3KT2A 4D88A 1SDTA 1TQFA 5DR8A 3UQRA 5SZ9A 5P7LA 3DV1A 4Y3NA 1IIQA 1HTRB 5J25A 3HW1A 4OBDA 4PZWA 2ZGAA 3R4BA 4MC1A 5P3ZA 1ZP8A 1D4KA 3O9GA 3Q3TA 5P7MA 1SMRA 5P4XA 2WEDA 2BBBA 4ZLSA 1RPIA 4X2LA 3K4VA 1HPSA 5OZZA 2NMZA 5P2FA 5P4HA 4ZE6A 5P1MA 4RLDA 3S7MA 5P4YA 4LL3A 3BVBA 1BWBA 3IXJA 3WZ8A 4ER4E 2IKUA 4J0TA 4FM6A 5P44A 3SA5A 3LNKA 4EJLA 5SY2A 5P2ZA 4OC6B 5OZ0A 1YM2A 5P7NA 3PLLA 4Y3QA 2CENA 2Z4OA 3TH9A 4R5NA 4LXKA 4K4PA 5P6JA 2AZ8A 3CYXA 5P7FA 1HPXA 3HVGA 4WY1A 3ECGA 3NUJA 2BKSA 1Q9PA 5P2WA 5OYZA 5P40A 4K4QA 5E5KA 5P7DA 2VIYA 4MC6A 3QS1A 4Y5LA 5AHAA 4Q1NA 3PBDA 5P5YA 5P73A 3NXEA 5P61A 5P1YA 5OZNA 3I6OA 5P1BA 5P4ZA 3OUAA 3BGCA 4ZSQA 1C6XA 5IVRA 5P10A 5CONA 5P59A 2WEAA 4I8ZA 4B00A 3CIDA 5OZYA 1MVPA 5P72A 3ZKQA 3EKXA 2ASIA 4FSLA 4FGXA 4KE0A 2ZJHA 1GVVA 4RVXA 1ZSFA 1MT8A 3VV6A 2NR6A 4J1HA 1EBKC 5P3XA 3TKGA 1LF3A 3OXWA 3O9LB 5P3FA 4YCYA 2ER0E 2V16C 2ZJJA 5DQ4A 2O4KA 5P5RA 1KJGA 5ENKA 5P3MA 2P83A 4EJ8A 5P03A 5P76A 4DJXA 1FQ6A 3ZKMA 1FMXA 3L5DA 4M8XA 1QBTA 1XL2A 5OZEA 4QJ9A 2PC0A 3PSUA 5P3SA 5P1NA 4ZSMA 3OHFA 3O99A 4J0PA 5P4JA 3EL0A 2QI3A 3GI6A 3DUYA 2O4LA 4Y4WA 3QVIA 3UF3A 5P82A 2PMAA 4Y3GA 2FXEA 1HSGA 5DR4A 3HZCA 3C9XA 3TOHA 2P3DA 5P3JA 3OQDA 5P3EA 2FXDA 2P3BA 3LIXA 5P34A 5DQ5A 4FE6A 3UFNA 4DJOA 3WZ6A 3Q6YA 4OC6A 2I4XA 4Z2ZA 2P3CA 5KQFA 3G70A 1PROA 4YCTA 5DPZA 3BXSA 5P50A 3UDHA 5OYQA 4OD9A 5P5IA 4IVTA 4DQGA 5P20A 4Q1WA 4DVFA 5P4IA 5P6EA 4N00A 3ST5A 4RRSA 4J5JA 1K2BA 5OZ3A 3PSGA 5P1WA 5P79A 3UTLA 3L3AA 5P7UA 4DI2A 3BGBA 4FS4A 3BUFA 2G26A 1BV7A 2NXMA 3OWNA 1EBYA 4I0DA 2ZDZA 4Y58A 4GB2A 3VUCA 3DOXA 5P29A 2I4VA 3URIA 5ISJA 2FDPA 2VJ6A 1K6PA 5P1CA 3KM4A 2H6TA 3KYRA 5DQCA 5KR0A 2VA5A 3ZLQA 4LBTA 1YM4A 3HLOA 3SFCA 5OYWA 5P7ZA 2ZYEA 5P3LA 4AMTA 2PYNA 4Y54A 5C9BA 5P0NA 2QI0A 4ZSRA 5P8MA 2AVMA 4XX4A 1ZBGA 3OQAA 2AZ9A 1IZDA 4YDGA 4I0IA 3SKGA 5AH7A 5P4GA 5P64A 3OUDB 5DR3A 1Z1HA 5P5TA 5OZDA 4RGHA 3UDYA 1AVFA 1APUE 3APPA 1GNNA 5IS4A 1K6VA 3LINA 1HVKA 4JECA 3PGIA 5P2GA 1T3RA 2QNNA 5P58A 3R1GB 4DH6A 5PEPA 5P2MA 1ZSRA 3LPIA 5P1GA 2PSVA 5BRYA 1RNEA 5P4PA 5C9FA 3K5GA 3PM4A 5P7PA 4B05A 4J0VA 2OHMA 4U8WA 1KJHA 2BPYA 4LAPA 5P3KA 2OF0A 4PYVA 5P01A 2QHYA 4YOAA 6UPJA 5P6PA 2RSPA 3I7EA 3DK1A 4CPQA 5P57A 5P0CA 5P7QA 4OBZB 1SIPA 1GKTA 1YTHA 2PK6A 3VF5A 1EAGA 4QJ2A 5P5ZA 4EXGA 1HVIA 2JXRA 3GGVA 5P3RA 3OAGB 5SXNA 4DJRA 1FF0C 1KZKA 2ZJKA 5P7XA 2QZXA 4ZPFA 3O9CA 3EM6A 2XFKA 3S85A 3EKWA 3S56A 2B7FA 4K8SA 1FQ7A 5P5CA 3K5DA 1SIVA 2IGYA 1C6YA 5I70A 1MTRA 1QBSA 1OHRA 2G1RA 1MEUA 2XFJA 5OZKA 5AH6A 5C9DA 5OYSA 5P75A 4Q1XA 4AA8A 1G35A 5P38A 3S43B 3VYFA 4J17A 1C70A 3EL5A 2V11C 2BPVA 3Q70A 3JW2A 1A9MA 2HB4A 1HVCA 3KF0A 1FMUA 5OZXA 5P6IA 5P43A 2IKOA 3OUDA 5P0UA 4COEA 5P7JA 3PWRA 4GJDA 2PWCA 2VNMA 1FLHA 5P8RA 3OGPA 5P2JA 1HVHA 1XE5A 1HOSA 5DR1A 5ISKA 3QP0A 5ENMA 5OZ5A 2IQGA 2OHQA 3INHA 5P37A 3T11A 3TNEA 3L59A 2FIVA 4S1GA 1ZAPA 1FQ8A 3PRSA 1B5FB 3O9HA 4K9HA 4ZPEA 3U6AA 2BPXA 3R2FA 1IVPA 1ZLFA 3CKTA 2HS1A 3KDCA 1IDBA 4R95A 1MIQA 1ODYA 4RYCA 5OZ1A 5P8JA 4L6BA 4XKXA 3N3IA 1MTBA 2ZE1A 4RVIA 3QPJA 3IAWA 2VA6A 4RROA 5P2DA 3EBZA 3HAWA 5IE1A 3L5EA 4EP2A 5P00A 5P1XA 3IXOA 4Y5AA 1KJ4A 2G1NA 5P0XA 4YE3A 1CZIE 5P8VA 2NNPA 1YTGA 5HE7A 1W51A 3IVIA 2HM1A 4OBZA 2BPWA 2HPEA 1EPRE 2B8VA 4Y3DA 3NDWA 2ER9E 3DJKA 3RU1A 4JP9A 4DJUA 1ODWA 3GGXA 4APRE 1LYAB 3NDTA 4J1IA 5P3GA 2R5PA 1K6TA 5P7GA 1B6JA 2OHRA 3UDKA 4Y9WA 5P4TA 1W5YA 4L1AB 3LIZA 3NU3A 1FIVA 4I0JA 2R3WA 5HTZA 3MWSA 4Y5BA 3RTNA 4DV9A 1ZTZA 3KA2A 2G27A 3G6ZA 4QJ8A 2HC0A 2NXLA 1ZPAA 4NPUA 5P6WA 3S54A 4Y4ZA 3R0WA 5P0MA 2V0ZC 2V00A 2PH6A 4EPJA 4GJ6A 3PSYA 5P5GA 5OZBA 3QBHA 3VV8A 4Y4AA 1HEFE 1E80E 5P8CA 3EKYA 2OHUA 3HD8A 5P09A 2AZCA 2IS0A 5P7WA 3T7PA 5HE4A 2BPZA 3KFPA 2WKZA 4AUCA 4TRYA 5P5EA 2B8LA 3OU4B 5IVSA 5P8BA 3L5FA 3I2LA 5OZJA 1RL8A 1W6IA 2ANLA 1XDHA 4J1KA 4DQFA 5P14A 5P87A 1FFFC 4Y5NA 5DQ1A 4GJ7A 2IL2A 1SMEA 4NKKA 1FG6C 4XX3A 5P4VA 4DUSA 5BWYA 4DQEA 1EC2A 5KAOA 3QI1A 2PYMA 1D4HA 1LZQA 4Y3XA 4BFDA 4EP3A 4B77A 3INEA 1WKRA 2EWYA 3K1WA 5P68A 5P3NA 4Z50A 5P1DA 4I10A 3PHVA 2VJ9A 3NSHA 3D1ZA 1HVRA 3T3CA 4D89A 5AGZA 1T7IA 1IVQA 4HDBA 2QHCA 5P6RA 1MPPA 1RV7A 2O4SA 5IVQA 3ZPTA 4CPXA 5OZSA 3ZKIA 5P6CA 3L38A 5P71A 1T6EX 4R8YA 2QU3A 3GGAA 5OZRA 2ZJMA 5P55A 1APVE 5P66A 4Y4GA 1XS7D 1OD1A 5P41A 2QNPA 5P36A 5P35A 2QU2A 3DM6A 5KR8A 5P7TA 2J9KA 3RTHA 3WZ7A 4BEKA 5KR1A 5P7EA 1DW6C 5COOA 5P39A 1T7JA 5DQ2A 4Y3LA 5F00A 4CPWA 5OYTA 4EJDA 3PJ6A 1D4LA 2FGUA 3SQFA 1NH0A 5P8OA 3TOFA 1QBRA 2XYFA 2QMDA 2WF3A 5P04A 5P2SA 3MSKA 3S7LA 4Y44A 4CP7A 3U71A 1PSAA 4YCKA 2AZBA 1MT9A 2WEZA 1HVSA 3VFBA 2Q15A 5P0VA 4ER2E 5P23A 3S2OA 4Y37A 2AQUA 3EXOA 3L58A 2IEOA 4PHVA 1SDUA 2IRZA 1YG9A 3OU1A 4CPTA 5P0YA 2QD8A 5P3VA 3NLSA 5HDUA 5P0EA 3TPLA 2F81A 2AVOA 4OBKA 5P6TA 2VJ7A 2BB9A 5P4EA 5P1OA 5P0PA 2F3EA 3NXNA 2I4WA 3FNSA 5P0AA 5P5FA 3GI0A 2BJUA 4HE9A 3K5FA 1DP5A 5P4OA 2QP8A 9HVPA 3SA4A 1GNOA 1BDLA 1E81E 4Y39A 4B72A 5P6XA 5P3AA 1D4YA 1W6HA 4Y3SA 5P2XA 4FRKA 4Y5MA 2I4UA 3DV5A 3TPPA 5P5VA 5P1JA 2HB2A 5P4SA 4EQ0A 3OUBA 5P1ZA 4Z4XA 5P62A 3T7QA 3MXEA 2XYEA 4CPRA 5P1UA 4B70A 5F01A 3INDA 1CMSA 3F9QA 5P3WA 1F34A 3SA7A 2Q5KA 4PPHA 2QMFA 4Z22A 2RKFA 8HVPA 2MIPA 3KDBA 4Y5EA 4YDFA 2FNTA 3HBOA 3CIBA 4BELA 3PEPA 4CMSA 1E5OE 2WL0A 5P28A 3SA6A 4I0ZA 5OYUA 3VLAA 4F74A 5P07A 4D85A 3EKQA 4YD5A 3PB5A 5P6YA 5COKA 3NU6A 1W5XA 4WTUA 3U7SA 5P5NA 5P6UA 4B0QA 4L7HA 1PSNA 2ZHTA 5OYXA 3VG1A 2QHZA 1Z1RA 4IVSA 5P16A 3NDUA 3PVKA 2G21A 1ME6A 3OADB 4YOBA 5P2YA 5HVPA 4I8WA 1SGZA 2QD6A 1HTEA 5P8NA 5JODA 5OZ9A 5P1AA 3Q5HA 1G6LA 3LHGA 5KQXA 4QJAA 5P12A 3FNTA 2RKGA 3KMYA 3PWWA 5P3OA 1LYBB 5P33A 1FEJC 4Y38A 5P3QA 3IXKA 1AIDA 3APRE 4A6BA 3O9AA 4B1EA 4YA8A 4YD3A 5OYYA 1TZSA 5P7CA 5P80A 4LXMA 4Y4DA 4QJ7A 2AOIA 5P2BA 5B18A 5OZQA 4D8CA 5P06A 4TRZA 2IGXA 5P4NA 2G22A 5KOSA 5P67A 1DAZC 1LYWB 5JG1A 2V12C 2HB3A 3HAUA 3WSJA 3O9LA 1ENTE 2G94A 5P3YA 3EKVA 2F80A 4FCOA 5P2NA 3TL9A 3WB4A 3UQWA 5P51A 3ZMGA 5P1QA 4NJTA 5OYRA 5OZ6A 3ER5E 1F7AA 3NU4A 3ZPUA 3S53A 5P5AA 2OHSA 4B1DA 5HCTA 2AVQA 4Y43A 1FQ4A 5P8EA 3QVCA 5P2AA 2NTRA 2P8HA 5AHBA 5P2EA 4ACUA 1EEDP 3VFAA 1IBQA 1ER8E 4FAFA 4YD6A 4FRJA 5P31A 1MRWA 5P19A 1LS5A 4HLAA 1D4SA 5P4LA 2AVVA 4FAEA 5P7VA 5OZHA 1APWE 3O9BA 2G20A 4YD4A 4GJAA 3PMYA 1NPAA 5P1IA 2V13A 1M0BA 5P47A 1B6PA 4Y50A 2I4QA 5P0FA 3BVAA 4R93A 5OZ2A 2PH8A 1HIIA 1QS8A 2NNKA 3FX5A 4Y4XA 3TTPA 2B42A 1W5VA 3CKRA 5P3TA 4OBFA 3LIVA 5P0BA 1UH8A 1BWAA 3Q4BA 5KQZA 3KFSA 3OOTA 4EYRA 2WHHA 1KJ7A 3OHHA 5P18A 3UDPA 2R5QA 4DPIA 3FV3A 4B1CA 5DGWA 1NPWA 2P3AA 1FQ5A 1HIVA 1U8GA 5P1FA 4FSEA 3SLZA 4TVGA 5P5LA 2PQZA 4YD7A 3EL9A 1TW7A 3OQKA 4APEA 5P60A 4H3IA 5P8AA 4GYEA 1UPJA 5P0LA 1NPVA 3VEUA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4QJ6 A;  1BAI A;  5JFU A;  2G69 A;  3IVH A;  1HWR A;  1SDV A;  3PI0 A;  5P7I A;  1HVL A;  2QAK A;  3BUG A;  2OHL A;  1HTG A;  3BHE A;  4Y3T A;  4J54 A;  2FMB A;  4ZEA A;  2AOG A;  4GID A;  1PPK E;  1XN2 A;  3ZOV A;  2VIZ A;  5OZL A;  3UHL A;  1G0V A;  3D1X A;  4FRI A;  3OU3 A;  4I11 A;  1JLD A;  3QIH A;  5AHC A;  5P6H A;  5P0W A;  1DMP A;  5P7A A;  1EPO E;  3HVP A;  4F73 A;  5OZP A;  5P77 A;  5P3I A;  1AJX A;  1Z8C A;  3VF3 A;  2G1S A;  4FM8 A;  4Y4T A;  1FFI C;  2IDW A;  3OXC A;  2UXZ A;  5HCO A;  5P1S A;  3TOG A;  5P1L A;  3UDR A;  4RCF A;  5P74 A;  3IA9 A;  2I0D A;  3SA9 A;  4CPS A;  1BIM A;  3ZKG A;  1E82 E;  1D4J A;  2ZJI A;  5P6G A;  1QBU A;  5OZI A;  5P4R A;  2ZHS A;  3IN3 A;  2QD7 A;  4GJ5 A;  4Y3A A;  5OZW A;  5HDX A;  1BBS A;  1G2K A;  3BC4 A;  3SM1 A;  3OU1 B;  5P8H A;  1XL5 A;  3PBZ A;  3HDK A;  2HPF A;  1NSO A;  5P4B A;  1VIJ A;  2ZJN A;  4RVJ A;  4BFB A;  4Y6M A;  3B7V A;  3UQP A;  2O4P A;  2RMP A;  3O9I A;  4DJV A;  2ZHV A;  5P69 A;  5EZZ A;  5P56 A;  5P5X A;  4Y4E A;  5P0Q A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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