3D20A

Crystal structure of hiv-1 mutant i54v and inhibitor darunavia
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFVKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Effect of flap mutations on structure of HIV-1 protease and inhibition by saquinavir and darunavir.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 Protease
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2008-05-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3d20A00
2ASIA 5P4TA 5BS4A 4DPFA 5P7JA 3F9QA 3Q3TA 3OUDB 5F00A 4J0YA 3TPPA 5P0QA 4K8SA 2WECA 1UH7A 1UH8A 4Y4BA 4ER2E 3UDMA 5OZVA 1FEJC 4DVFA 3SA6A 4Z50A 2RMPA 5P27A 4CPXA 5P4BA 4A6CA 5P5BA 4IVTA 1PSAA 2OHMA 3EKWA 3ZL7A 2FXDA 1B6MA 3INEA 1LF4A 4Z2ZA 1MT7A 5P2AA 2FNSA 5P2QA 5P4GA 3NXNA 1GVTA 2QI6A 2BB9A 3OTYA 4FRJA 1AM5A 2FDPA 5P3SA 1RPIA 5P37A 1DW6C 5P1TA 1TCXA 1PROA 3PMYA 5P6BA 5P13A 2QZWA 3JVYA 3ZKGA 4NJTA 2V0ZC 5P6FA 4PEPA 5DQ2A 3O9EA 2I4UA 1FGCC 1BVGA 1FQ7A 3LINA 5OYVA 4K4RA 1FQ8A 2R5PA 1GNMA 1CZIE 1F7AA 4DQGA 5P6HA 1PSOE 3APRE 2Q55A 5P7GA 5P14A 3OHHA 4L7JA 4PHVA 5P2TA 5OZ7A 3TPLA 2A4FA 3I2LA 4R92A 3BHEA 3I6OA 4FM8A 1FQ6A 1Z1HA 5P8LA 5P49A 3PCZA 3DK1A 2QZXA 3UDRA 4GJCA 3UQPA 2R3TA 4B00A 3KDCA 5UPJA 1EC0A 5P8IA 5P4YA 1EC2A 3EC0A 3ZMGA 3PVKA 2NR6A 5P4CA 5P7PA 4Y35A 2XFJA 3LNKA 2I4WA 3KFNA 5J25A 3KT2A 1A8GA 2QD7A 5OZQA 2QCIA 2QMPA 2V16C 1IVQA 4RVIA 3OAGB 2F3FA 4LBTA 5P25A 1ENTE 3G6ZA 1W5XA 5P79A 5KOSA 5KR8A 2VIZA 5P6WA 4CPTA 5P33A 5P3UA 2R3WA 3VV6A 1ZJ7A 5DR4A 4Y5EA 1LF2A 3FV3A 2ER6E 3I25A 4KE0A 5OZDA 4D88A 5P29A 3LIVA 3O9IA 4EQJA 5HCOA 5P3AA 1APTE 1EEDP 5HVPA 1LYBB 1B5FA 4R91A 5P6NA 2ZYEA 3UDQA 1A9MA 2UXZA 4QJAA 3NLSA 4Y3HA 2VJ6A 2HB3A 1SGUA 3KN0A 5P2NA 5F01A 3NU9A 3D91A 3CICA 2NMZA 5P2EA 2WKZA 1EC3A 1RL8A 3RTHA 4RZ1A 2I4DA 1Z8CA 3GGAA 3EM4A 1TCWA 3R0YA 1LYAB 5P8DA 2V11C 3S85A 3UTLA 4HLAA 5P36A 5P3FA 2G26A 2I4VA 3NDTA 5OZJA 4BEKA 3QS1A 1SDVA 1EBZA 1HVRA 1YTIA 1G2KA 3LIZA 5P08A 2PC0A 3AIDA 2P3DA 3D1YA 3IN3A 4DPIA 4J5JA 4FAFA 2FDDA 4Y47A 1E82E 5P0TA 5P4FA 2B7FA 4QGIA 2VJ9A 5COOA 2OHLA 5P0XA 2R38A 3EL1A 4FE6A 5P89A 4COEA 3L58A 4FRSA 1IIQA 3MSKA 2P8HA 3QRSA 4Y4UA 4B1CA 2I0DA 4LAPA 4Y5LA 4LHHA 5EZXA 5DR8A 2ZGAA 3EKVA 4EJKA 1HIVA 1YTGA 4FRIA 2O4PA 5P5QA 4Y56A 4GJ7A 3EKTA 2P3CA 4ZIPA 1PPLE 3QVCA 3FX5A 5P0LA 5P6XA 4DFGA 1U8GA 2WF4A 2BPXA 2G1RA 4EHCA 3OU1B 3HAWA 5I3YA 5P2CA 5ISKA 5AHCA 5P0WA 1K6VA 5SY2A 5P55A 4CPWA 2RKGA 2V13A 5P6YA 5OZFA 5P84A 3G72A 5P1XA 1BWBA 3BUGA 3IA9A 1ODYA 5P2LA 1KZKA 4MC6A 4XX3A 3LIXA 1K6CA 1MEUA 2ER7E 5DQCA 3ZPSA 3T7QA 1BXOA 4Q1NA 4Y38A 3DV1A 5P1UA 5JFPA 1T6GA 1HVHA 3VLBA 4D83A 4ZPFA 5P5XA 2IDWA 3Q70A 1CPIA 4I0FA 5P7KA 1KJ4A 4Y5PA 5P0GA 2Q15A 4FL8A 5OZAA 3U7SA 1HPOA 1UH9A 4RGHA 3H0BA 4PZWA 5P77A 5P67A 4F73A 5P7ZA 2ZJNA 4Y54A 5IVRA 3MSLA 3PB5A 2NNPA 5P76A 2HS2A 4B05A 1A30A 5P88A 2NPHA 5I3VA 2VIEA 5KOQA 3UFNA 2AVSA 5P5SA 3L59A 5P5RA 2AOIA 3OQDA 2NTRA 3NUJA 2VIJA 3PSGA 3HLOA 3TKWA 3K5DA 1LYWA 1SGZA 4J1HA 5EZZA 2BBBA 2HM1A 5P7FA 1BDLA 2HB2A 3UF3A 1SP5A 4Y3DA 3H5BA 2Q63A 4I8ZA 3SLZA 5P7BA 5P3BA 5DQ4A 5P7IA 5P6UA 4TVGA 3SKFA 1EBYA 4Y3PA 3VF7A 3TPRA 2AVOA 1K2CA 2AODA 5P1HA 5I3XA 2QU3A 3TNEA 1D4SA 4A4QA 1SH9A 5P7XA 5P4LA 1E81E 3NU3A 4BFDA 4Y4EA 1KJFA 4DQBA 3O9AA 4Y39A 5P2YA 3GI4A 3S56A 3OUCA 4HEGA 1PSNA 3T3CA 1HTGA 3NYGA 5P7LA 1IZIA 1ME6A 5P5OA 2QZLA 3N4LA 5ENKA 5OZZA 3DUYA 4Y36A 4YBIA 5P31A 5P86A 1EBWA 5P2RA 2QNNA 4H3IA 3QBHA 4QJ8A 4YDFA 5P3CA 4Y41A 3QP0A 1FLHA 3DJKA 3EL0A 3PJ6A 2OAHA 2QI0A 4B0QA 1APVE 7UPJA 2IS0A 1D4LA 4GJDA 3OAGA 2IQGA 5P0DA 1NPAA 3ZPTA 4Y3RA 3G70A 1EPNE 5P7HA 4KB9A 5P69A 4KE1A 3WZ6A 4GJ6A 1IVPA 1D4YA 4OBGA 5OZ3A 5P2VA 5P44A 3C9XA 4YOBA 3A2OA 3OUAA 1TW7A 6APRE 3O9LB 2QI1A 1AAQA 3TKGA 2G69A 2QI5A 2R5QA 3LIYA 4DJUA 3QN8A 5P5YA 1DP5A 4YCKA 4B78A 3URLA 1FG8C 3EL4A 2Z4OA 5P8SA 5SXNA 2VJ7A 5P8AA 3UFLA 5P5FA 2AZCA 3ZKNA 1K1UA 2HAHA 5P3RA 5P3WA 3D20A 1MVPA 5OZMA 5P57A 3VG1A 4YHQA 5P53A 4GB2A 3KM4A 4EPJA 3EKXA 5P10A 3UQUA 2RENA 3K5GA 1LZQA 2VNNA 3INFA 2AOCA 2XYFA 3O9HA 4Y4ZA 2OHRA 3WZ7A 4JPEA 4Y4TA 5P68A 2ZJIA 5P3TA 5P8FA 2HB4A 1FB7A 1GVXA 4ZSQA 4CPQA 2UPJA 5OZ6A 3INHA 5P54A 3UDPA 3UDHA 2BKTA 3NU4A 1XN2A 4CPRA 4OBKA 5P5HA 1NH0A 3ZOVA 2QD6A 5ER2E 5P6VA 3OQ7A 4L1AA 3Q5HA 3GGUA 4Y53A 4NJUA 4EYRA 5OZ8A 3N3IA 4D85A 3CKPA 2AOJA 5TOLA 3ER5E 4Y4XA 5P1VA 4J0PA 3HVPA 4XKXA 2Q5KA 4DJQA 5P16A 5P80A 4LXAA 5P4VA 1IDBA 4AUCA 5P0IA 3PSYA 4Y3WA 3ZPUA 3PBDA 2O4NA 2AVMA 4R5NA 2FNTA 5HDXA 1M43A 5P7UA 2ER9E 4Z4XA 5P2DA 5P4HA 4DJWA 5P8JA 2F8GA 5P8OA 1GVUA 5P0PA 2QP8A 1W50A 2IGXA 1AIDA 4PZXA 2PMAA 5P4AA 4Y3EA 3SA8A 2B8LA 1BIMA 1TZSA 5SY3A 4DJYA 3D1ZA 5OZ4A 4DJXA 3PWRA 4LP9A 4A6BA 3UDYA 2WEBA 4MC1A 4LL3A 3EXOA 5AGZA 2FIVA 3T7XA 1QDMA 5P3VA 4J0TA 2P3BB 4EJ8A 5OZ9A 4EXHA 3L5EA 3O9BA 4R8YA 5P09A 3SA3A 1AJVA 5P4RA 1W6IA 3T6IA 2ZDZA 1DPJA 3K4VC 1FQXA 4Y3QA 1FKNA 3OU4B 5P5AA 5P3QA 1ZP8A 2PSVA 2G24A 1BAIA 1E5OE 5P5TA 5OYYA 3SFCA 5IVQA 4Y3LA 3UQWA 3NDUA 4EJDA 2I4QA 1HHPA 1LF3A 3EBZA 4Y45A 3TOGA 5T4SA 5P2OA 3UDNA 5P4SA 1A94A 1PFZA 5AH7A 3HZCA 5P5MA 2QK5A 5P6EA 5P28A 2QHCA 5P3JA 2PK6A 4Y5GA 4YA8A 5P5GA 4Y5MA 1GNNA 3L38A 4FM7A 2NXLA 3B80A 5P63A 3RTMA 2J9JB 3D1XA 3O9FA 4K9HA 5P0ZA 5P6GA 1D4IA 3LHGA 4Y57A 2P83A 4OBJA 2IGYA 5P3KA 3TOHA 1XE6A 5P4XA 5P0KA 5P3NA 5P87A 4HZTA 5P1MA 5KQZA 3SAAA 5P7EA 5JFUA 1G0VA 4N00A 2RSPA 1FF0C 4Y50A 1PPME 4QJ2A 5P02A 5P6OA 2AOHA 5E5JA 3UQXA 5P1KA 1YM2A 4U8WA 5P1EA 2Q64A 3PEPA 3MSJA 5OZCA 3FKTA 2ZE1A 5OZXA 5P15A 1NPWA 2R9BA 2I0AA 3PMUA 1BILA 2BPYA 4GYEA 3BXRA 5OYWA 3OQKA 3SA5A 1TQFA 5P1OA 4OBFA 2VS2A 1KJGA 5P61A 1YM4A 5P64A 5BRYA 5P00A 1ZPKA 1E80E 4Y9WA 3UHLA 5AH6A 1B6PA 4ZSMA 5SZ9A 2PWRA 4ACUA 4DJPA 2Q54A 4HE9A 5P6KA 3SM2A 4DV9A 5P18A 5P2XA 5P1CA 4Y5KA 4FSLA 5P5PA 1HTFA 5IVTA 3SQFA 3WSJA 5P66A 2PWCA 5P50A 3I8WA 4YE3A 3RSVA 5P2KA 3EKYA 3CKRA 1CMSA 2V12C 5P6CA 3BXSA 5P2UA 4Y3YA 5P4ZA 4I12A 5P7AA 4B72A 5P5LA 1AZ5A 2PSUA 2G1YA 5P0YA 2WHHA 5DGWA 1EAGA 3OUBA 5FIVA 1XS7D 3WB5A 1IZDA 1ER8E 1HVJA 3KMYA 3R2FA 4Y58A 2VKMA 3LZSA 1EPQE 5KQXA 4F76A 1RQ9A 3OXCA 4Y3ZA 2QI3A 2SAMA 5P38A 1EBKC 2WF2A 5P82A 4ER1E 2G94A 1OHRA 3MWSA 1SBGA 3BC4A 3ST5A 3PLLA 5P3XA 3OGQA 3UCBA 1QBSA 3BRAA 2JYSA 4J1IA 4QJ7A 5OZWA 3GI6A 4OD9A 4JOOA 4AMTA 1YG9A 5OYUA 5P1NA 3OQFA 3L5BA 5P3DA 4OBZA 3ZKIA 4DQFA 5OYTA 1B6KA 3OUDA 4DI2A 1M4HA 1B6LA 5P2FA 3VYDA 5CONA 1W5YA 1FMBA 2AZ9A 4HA5A 3NU5A 1FIVA 1YT9A 1NSOA 4DQEA 4Y43A 4I0GA 4TRYA 3OK9A 5P0SA 4H1EA 3PGIA 4RRSA 1QS8A 2OHNA 3JVWA 3S8IA 8HVPA 3UPJA 2QU2A 5OZRA 3BVBA 3QPJA 4PPHA 3PWWA 4MC2A 5P83A 3UDJA 5BWYA 1UPJA 5P22A 1QBUA 2IL2A 4GJ9A 5P75A 3U71A 5P41A 1C6YA 4B77A 3IN4A 2O4SA 3OU4A 3PRSA 2BJUA 3O9DA 4GJBA 3OADB 4HVPA 5KR0A 3S53A 1SIVA 1T7JA 3VYEA 4CKUA 4Y4DA 1GVWA 5HU0A 5C9BA 5DQ1A 5P5WA 4FM6A 5P34A 4Y48A 2EWYA 5OZ2A 1DIFA 4DUSA 4DQHA 5DR1A 4ZPGA 5JG1A 2WJOA 4YD4A 4FIVA 5P7MA 3JW2A 2CEJA 4I0EA 2WL0A 4YD6A 3VCMA 3K5FA 1MUIA 4ACXA 2WF3A 3SABA 4YBFA 4I8WA 3SA7A 2CEMA 4GJ5A 1FQ4A 4OBDA 1SMRA 3GI5A 4Y5BA 5P1FA 4EQ0A 1W51A 2AIDA 3NR6A 4FSEA 5DQ5A 5OZ5A 4ZPEA 1ZPAA 3UDKA 3O99A 4Y4WA 5OYZA 4CP7A 1BWAA 5HE4A 3S2OA 1JLDA 5P6QA 1T7IA 2VIYA 2G27A 3WZ8A 4I0HA 3L3AA 1MESA 3LZYA 5P03A 5P0AA 1PPKE 3INDA 2O4LA 3VFAA 2G1OA 4AA8A 5P2BA 3CMSA 1YX9A 1HOSA 3BUFA 4HDBA 5P6LA 1GKTA 5P45A 3CKTA 4NKKA 3S54A 1XL5A 5P6PA 3QRVA 5P6MA 1AXAA 2AOEA 3NUOA 5PEPA 2AZBA 1MSNA 2A1EA 5HU1A 4WY1A 1OEXA 5COKA 2R8NA 1G35A 3ZKXA 5P2HA 4D8CA 1ZTZA 1A8KA 5P4EA 1M0BA 2ZHRA 4LXKA 2FS4A 5B18A 1LYBA 4J54A 3OOTA 3VV7A 2ZJLA 1HSHA 5P60A 4EP2A 5P0JA 5P5CA 1B5FB 4DJOA 2XFIA 2HC0A 3OHFA 4RCDA 2VA5A 9HVPA 3NWXA 5P26A 1BBSA 1VIJA 3LPIA 2PYMA 3EM6A 3S43B 5P7NA 3PHVA 2WEDA 4CMSA 3QAAA 4M8YA 3KA2A 4TVHA 1LYAA 5OZPA 4Y3FA 3IVIA 7HVPA 1YTJA 4EWOA 5P4IA 5OZNA 5P6AA 1MTRA 2G1NA 2V10C 5P4JA 2VNMA 4QJ9A 3APPA 5P2IA 3PBZA 2NXMA 2CENA 5KAOA 2UY0A 2QZKA 2FXEA 5OZEA 5P74A 2NXDA 3FNUA 2OHPA 4GJ8A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2ASI A;  5P4T A;  5BS4 A;  4DPF A;  5P7J A;  3F9Q A;  3Q3T A;  3OUD B;  5F00 A;  4J0Y A;  3TPP A;  5P0Q A;  4K8S A;  2WEC A;  1UH7 A;  1UH8 A;  4Y4B A;  4ER2 E;  3UDM A;  5OZV A;  1FEJ C;  4DVF A;  3SA6 A;  4Z50 A;  2RMP A;  5P27 A;  4CPX A;  5P4B A;  4A6C A;  5P5B A;  4IVT A;  1PSA A;  2OHM A;  3EKW A;  3ZL7 A;  2FXD A;  1B6M A;  3INE A;  1LF4 A;  4Z2Z A;  1MT7 A;  5P2A A;  2FNS A;  5P2Q A;  5P4G A;  3NXN A;  1GVT A;  2QI6 A;  2BB9 A;  3OTY A;  4FRJ A;  1AM5 A;  2FDP A;  5P3S A;  1RPI A;  5P37 A;  1DW6 C;  5P1T A;  1TCX A;  1PRO A;  3PMY A;  5P6B A;  5P13 A;  2QZW A;  3JVY A;  3ZKG A;  4NJT A;  2V0Z C;  5P6F A;  4PEP A;  5DQ2 A;  3O9E A;  2I4U A;  1FGC C;  1BVG A;  1FQ7 A;  3LIN A;  5OYV A;  4K4R A;  1FQ8 A;  2R5P A;  1GNM A;  1CZI E;  1F7A A;  4DQG A;  5P6H A;  1PSO E;  3APR E;  2Q55 A;  5P7G A;  5P14 A;  3OHH A;  4L7J A;  4PHV A;  5P2T A;  5OZ7 A;  3TPL A;  2A4F A;  3I2L A;  4R92 A;  3BHE A;  3I6O A;  4FM8 A;  1FQ6 A;  1Z1H A;  5P8L A;  5P49 A;  3PCZ A;  3DK1 A;  2QZX A;  3UDR A;  4GJC A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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