3DOXA

X-ray structure of hiv-1 protease in situ product complex
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
203
structure length
198
Chain Sequence
PQVTLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGMTLNFPQVTLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title X-ray structure of HIV-1 protease in situ product complex
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus type 1 (isolate hxb2 group m subtype b)
total genus 47
structure length 198
sequence length 203
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2008-07-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3doxA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3doxA02
1YTGA 4I0FA 5P8MA 5P5BA 5P07A 2JXRA 4Y48A 5OZRA 3S2OA 5P0YA 3SAAA 5JODA 4PYVA 2PH8A 4DJPA 2ZHTA 1KZKA 5DQ4A 3LPIA 3PLLA 5P2ZA 1MEUA 4QJ2A 5P29A 2Q54A 5P6TA 1LYWB 3D1ZA 5OZTA 4Y4JA 4HA5A 5CONA 4EXGA 4R92A 1RNEA 1BDRA 5OYYA 1GNNA 4OC6B 4DVFA 2NPHA 3LPJA 1EC3A 1HXBA 2FGUA 4NKKA 4FM6A 1Z1RA 4Y51A 3ZPUA 1FEJC 1SGZA 1IBQA 1MPPA 5ISJA 5KAOA 4J0YA 5P3YA 2IS0A 3OU3A 3LIZA 3ZPTA 4LP9A 1MERA 5P3NA 4LBTA 1EC0A 5P4VA 3EL1A 2RSPA 2VNNA 1IVQA 2F3FA 4GJDA 3IN4A 4Y3NA 5P00A 5P4WA 3PI5A 4Y3WA 3SM1A 5P89A 3ZKGA 4Y4TA 5KR8A 2VKMA 1KJ4A 5BRYA 3EKVA 5P7WA 2O40A 4YD4A 2G24A 3R0YA 5P48A 2PMAA 2WEDA 3RVIA 1W5YA 2ZGAA 3D3TA 3MSJA 4YOBA 2P3BA 5F00A 1YT9A 5P7HA 4EJKA 1DMPA 3S43B 4JOOA 1NSOA 2R43A 4CMSA 3NLSA 3EM3A 5P25A 4B70A 4PPHA 1D4SA 3NU4A 3KFPA 4Y43A 4JECA 2AVOA 2QHZA 5HVPA 5P7KA 4J1KA 4EYRA 3BGCA 5P49A 4J1EA 3L5BA 2NTRA 1AJXA 3IN3A 3LNKA 5P54A 5P8DA 3TPPA 4HE9A 1SIPA 3NXNA 4DJYA 1FQ8A 2IEOA 5BS4A 5P26A 3TH9A 3OUDA 1W6HA 1TZSA 3INFA 5P5IA 3ZL7A 5P6XA 3ECGA 1ENTE 4L1AB 2QP8A 4FSEA 4OBKA 5KR2A 1HIIA 1IDBA 1B6PA 2F3KA 5OZFA 5P0CA 2B7ZA 2AZ8A 2AIDA 5P56A 2IKOA 1RL8A 3QP0A 2QNPA 5P04A 1A8GA 2XFIA 4Y6MA 2PH6A 2AOCA 3QBHA 3VUCA 3DCRA 3PHVA 4TRYA 5P5AA 1SDVA 2G69A 2ER6E 4DJXA 1PFZA 1EBYA 5OZMA 2SAMA 1MRXA 3LIYA 4BEKA 1K6CA 5P6QA 3SACA 2AZBA 5P5GA 5P4UA 4Y44A 1E82E 4Y4BA 5COKA 5P7LA 5P4TA 3S8IA 5COOA 2NR6A 4ER1E 5P1MA 1TCWA 3OAGB 2O4KA 2P83A 5E5KA 4PZWA 4Y35A 1OHRA 5HDXA 2R9BA 5P1HA 1A9MA 3NDTA 3Q6YA 1ZLFA 5P0LA 2VJ6A 5P4FA 2ZJLA 4Y3JA 3PI0A 5P57A 4OBJA 3K4VC 3OADA 3TPLA 3O9HA 2J9JA 3BVAA 4LXKA 5P1DA 1LF2A 4Y5NA 2G27A 5P2HA 4Y37A 5P3BA 3UDJA 3O9CA 5P8TA 3A2OA 2G21A 4FAEA 3PMUA 3WSJA 1APTE 4Y5CA 1BDLA 2Q55A 2VA6A 2FNSA 2OHTA 1HSGA 3SFCA 5DR1A 5OZNA 2VIJA 2QMPA 1GVVA 5AHAA 5HCOA 2XFJA 3FKTA 3QRSA 4J55A 4CPSA 4Y50A 3N4LA 1D4YA 3FNTA 4CKUA 4I8ZA 2I1AA 3QVCA 4B05A 1XN2A 1C70A 5P2XA 3HBOA 4FRSA 5P62A 5P3VA 4J0VA 1WBKA 4I1CA 3TL9A 2VA7A 5P6JA 5OZKA 3PWMA 1PSNA 3OXCA 2P3DA 1EC1A 2F8GA 2HB4A 2OHNA 4FS4A 2Q3KA 4EJLA 4FRIA 1AIDA 4HEGA 3CIDA 1FMXA 1HVKA 5P64A 1KJGA 1FGCC 4Y57A 5P02A 5P87A 3VSWA 5KOSA 4Y3RA 4EP3A 5P7IA 4DV9A 2ZE1A 4DQEA 3MSKA 4RRSA 4GZFA 3HLOA 3L38A 5APRE 5P17A 5P40A 5P18A 3RSXA 1UH8A 4GJ7A 1AZ5A 5P6OA 5IVRA 2O4SA 5P44A 5P3OA 5P1KA 2ZHVA 3CKTA 4HDFA 3WZ6A 3KFRA 4F74A 3GI4A 1T7KA 5HU0A 1TSQA 4H1EA 5P7DA 4OD9A 5OZLA 5AH8A 5P42A 4RYGA 5P61A 4F73A 1HPXA 4J17A 2RKFA 2NMYA 4U7QA 2Q64A 3D1YA 5P0UA 1BWAA 1GVXA 3FSMA 3GGAA 3TLHA 4NJVA 4QJ9A 5P15A 1FB7A 4Q5MA 5P0AA 5P1OA 5P5EA 4Y5GA 4WY1A 3QAAA 4JPCA 2OHLA 3DK1A 4DQHA 3K5DA 3LPKA 2FIVA 3OU1B 1BIMA 4OBFA 3IXKA 5P2QA 2OHPA 3SM2A 3ZKNA 5P1QA 3OXXA 1RQ9A 1HSIA 3HW1A 4R93A 1FF0C 5P7CA 5P85A 4PHVA 2IRZA 5P3KA 3SA7A 5P7BA 1EPPE 1LF3A 5P47A 4LXAA 2FGVA 5P5XA 1BVEA 1HVSA 1GNMA 4YCYA 2A1EA 3PWRA 5E5JA 1BXOA 4YDGA 2FDEA 4DQBA 4QJ7A 5KQYA 5P2OA 5P5VA 3AUPA 1WBMA 1BVGA 1META 2R3TA 3LIQA 2G94A 3LINA 5DR7A 3QN8A 3EM6A 1FQ7A 5P5DA 5P5MA 2F81A 4KB9A 4Y4DA 5P4QA 3NSHA 4K4RA 3Q4BA 4OBGA 5P83A 3APRE 1PSOE 2XYEA 5FIVA 2BBBA 4YBIA 4OBZB 5P3XA 1B6KA 5P82A 2JJJA 2H6SA 1SMEA 4GMIA 1HVCA 5AH7A 3O99A 5P6AA 3OOZA 4YD5A 1W5VA 4EQ0A 4HVPA 2IKUA 4GJ6A 1QBUA 4IVTA 4XXSA 5OYWA 1HEFE 3RTHA 4ZE6A 3ER5E 5P8LA 3EKQA 1ZJ7A 5P3DA 1Z8CA 5OYUA 1HTGA 4FSLA 4JPEA 1PPME 1A94A 2F80A 5P20A 4GJ9A 1NPAA 4L7GA 1RPIA 2ZHRA 5KR0A 4GB2A 4I12A 2HC0A 5P1LA 5P73A 2V13A 2CEMA 4ZSPA 4Y5LA 3OK9A 4NPTA 3F9QA 5P5FA 3VF5A 5P7NA 2QI7A 2G1YA 5PEPA 3I8WA 4PEPA 1HTEA 5JFUA 1AAQA 3UQXA 5P37A 2BQVA 5OZQA 5P76A 1ODWA 2NXLA 4Y56A 5OYSA 4Y3XA 4Y53A 3UDNA 6APRE 5P1JA 5P7GA 1PROA 3VFBA 5OYZA 3PSUA 3VEUA 1B6LA 1M0BA 3APPA 2QI3A 1K1TA 4Y5MA 2P3CA 5P2EA 5P2BA 4Q1XA 2I4WA 4DQFA 5P5HA 1ZAPA 5P2GA 3K4VA 4ACXA 4DUSA 2P4JA 4Y5BA 4Y54A 2QHCA 5P3MA 5P4SA 3L5FA 3TTPA 5P55A 2V11C 4YDFA 3UDYA 1EPNE 2ANLA 5P7OA 3TPRA 1AJVA 3R0WA 4DQGA 2B42A 4YD3A 3S45A 3HAWA 4Z4XA 2G1RA 5P67A 1AXAA 1HVHA 2QMGA 3PSYA 3OU4B 3SKFA 1SGUA 5P35A 2FNTA 4RLDA 5P65A 4F76A 2ZJHA 4Q1YA 1F34A 1ODXA 3CKRA 3SABA 5P1SA 1YTIA 3RSVA 1MSNA 5OZXA 2AVVA 5I3WA 3OTYA 4J5JA 5P3JA 2PWRA 3OWNA 4QJ8A 3MWSA 5P4HA 3TOGA 5P22A 2I4XA 3EL4A 1EAGA 5P8OA 3GGXA 3EXOA 3DV1A 2QD7A 3OOTA 4WTUA 1UH7A 5P43A 5P8SA 1JLDA 5P8AA 3SLZA 1HVLA 1HVRA 5P77A 3NUJA 4GJAA 5P27A 3O9BA 1C6YA 2HB2A 3T6IA 3L5DA 4Y5KA 3PVKA 4JP9A 3MXDA 4X2LA 4ZPEA 3PLDA 4LL3A 5DQ2A 5KQFA 1BBSA 5SXNA 2BKTA 2QCIA 1B6MA 1BDQA 4J0PA 5P4NA 1PPKE 1HBVA 2HAHA 3DV5A 3QVIA 2QHYA 2AZ9A 3TOHA 3KFSA 5P1CA 2NXDA 3UQPA 2WHHA 3BUFA 1K1UA 5P6GA 1QBTA 4ER2E 3SA3A 2BB9A 5P0GA 4H3GA 3UDKA 5P52A 2WEBA 5ENMA 5P8CA 3VV6A 5P0WA 1LV1A 4WY6A 3LZUA 5P7RA 3NXEA 5KQZA 3KM4A 4Y9WA 1D4LA 2ASIA 5P6MA 3O9EA 5P3FA 3R2FA 5T4SA 1D4IA 2IQGA 4D89A 5I3YA 5P01A 1ZSFA 5EZXA 3B80A 5P5QA 1LYAA 2IL2A 4EHCA 2OHSA 2O4LA 3HDKA 2P3BB 5UPJA 4QLHA 4ZSQA 3I7EA 4YBFA 1IVPA 2CEJA 3G72A 3NDUA 2ZDZA 5P0TA 2FXEA 1MSMA 5OYRA 1B5FA 4N00A 2PQZA 1GKTA 3VSXA 3OTSA 2VA5A 4AA9A 4X7IA 4GIDA 1LZQA 3S53A 5P8GA 2AVSA 4D83A 5P0QA 1RV7A 3UCBA 2VIZA 4I0JA 3UQUA 3IXOA 4BFDA 4Y3DA 4YD6A 2VJ9A 2ZJKA 4QJAA 4Y4XA 2QI1A 1MT8A 3OUDB 2JYSA 4Y4EA 1VIJA 5P6LA 5P45A 3HVPA 5P19A 3M9FA 5P3EA 5P5OA 1ZTZA 1DIFA 1BV9A 2P3AA 5DGUA 3IVHA 2PYMA 1BWBA 3ZPSA 3EC0A 2FLEA 5P1AA 2QU2A 2ZJMA 2HPEA 5HCTA 5P8JA 1XL5A 4E43A 4YOAA 3UF3A 3TKWA 1CPIA 2FDPA 4Y4AA 1FFIC 2R8NA 5CLMA 5OZBA 5JFPA 5P78A 2B60A 4EQJA 3GGUA 4LAPA 1BV7A 4TVHA 4L7JA 4A4QA 3D1XA 3S85A 5P5SA 1CZIE 5P66A 3PMYA 4Y38A 5P7QA 5P4EA 3RTNA 3O9LA 1APUE 2WECA 4KUPA 3OQKA 2FXDA 2H6TA 5P6ZA 1ME6A 2WF1A 5P09A 5P0SA 1T6GA 4H3IA 3PSGA 3RTMA 3KYRA 1K6VA 1HWRA 5P2WA 4PZXA 2I4DA 3ZLQA 4ZEAA 2QD8A 3OGPA 2QI4A 1M4HA 3Q70A 5P4BA 4FIVA 3UFNA 2V0ZC 5P81A 3UPJA 3VYEA 5OZHA 5P1GA 2QZKA 4XX3A 5P3GA 3NU6A 3Q5HA 4FL8A 4FM8A 3S7MA 2P8HA 2UXZA 3OADB 1D4HA 3DUYA 2ER0E 2J9JB 5OZCA 3O9LB 5P80A 5P63A 1LYBA 3CIBA 5TOLA 5HD0A 3SA4A 2AOJA 2AVMA 4Z22A 1M43A 2WF2A 5P0OA 4GJ5A 5OZ7A 2QD6A 2OAHA 2QK5A 3L3AA 3UQWA 2CENA 5DQ1A 4DPFA 5OZWA 4Y47A 5C9BA 5P7PA 1ZPKA 4GJCA 5P3CA 5COPA 3S7LA 5OZUA 3CYXA 1K2CA 4K8SA 5P4MA 4FCOA 2Q11A 3I2LA 2PK5A 2MIPA 4K4PA 4K9HA 4QGIA 5P2YA 4Y3FA 2Q15A 1HTRB 1DAZC 2QZXA 5P28A 5P5ZA 2HB3A 4BELA 3NU5A 2UPJA 3ZKSA 3OQAA 3SA9A 2PSUA 2BPWA 1IZDA 1DPJA 1SMRA 1U8GA 5P3ZA 5P6SA 5KQXA 5J25A 1UH9A 1K6TA 5P6WA 4Y3EA 1BILA 4H3FA 5P5CA 3HVGA 1HEGE 5F01A 2OF0A 3PCWA 3H0BA 1BAIA 5P7JA 4L6BA 2I4UA 3JW2A 3NDWA 3KDBA 1QS8A 5OZ2A 3QPJA 3O9AA 3FNSA 3R4BA 4AMTA 3UFLA 4NJSA 4B1EA 3UDHA 5P1TA 4EWOA 5P84A 2EWYA 3ZKXA 5P16A 1KJ7A 1ZP8A 4KE1A 2QU3A 2JJIA 3KDCA 2AOGA 3DJKA 5P6NA 3INEA 4DH6A 4OD9B 1FQ6A 2V12C 3OQ7A 4HZTA 2Q63A 5P2VA 3ZKQA 4Q1WA 4RZ1A 3U6AA 4LXMA 2A4FA 2QZLA 4J54A 5P5PA 5P7TA 2IENA 5C9FA 2B7FA 1MTBA 5OZYA 4AUCA 3NR6A 2J9KA 2HS2A 3EL5A 3PBDA 5P1BA 5P1FA 5P0KA 5P0RA 1DW6C 5BWYA 4HDBA 3DCKA 3UDRA 5P2JA 3O9FA 2V16C 5P31A 5P4YA 1HIVA 3LZSA 5P3UA 2FS4A 3LHGA 3TKGA 1B6JA 5DR3A 5P71A 5P1ZA 3GI0A 1FKNA 7UPJA 4RVJA 7HVPA 3LZYA 5P1NA 2G1SA 1HPVA 1UPJA 3WZ7A 4H3JA 3GI5A 1QBSA 1T7IA 2FMBA 1FQXA 5P8KA 3UDPA 3OUBA 4I10A 4YE3A 3VF3A 4I0GA 4CPRA 1E81E 3DOXA 4FGXA 3OUCA 3D91A 4Y5AA 5IE1A 4XX4A 2R5QA 2QZWA 1TSUA 4R91A 4U7VA 2ZYEA 4Q1NA 2R38A 5P1EA 3URJA 3HZCA 5EZZA 2G22A 4ZSRA 3GW5A 3VV8A 1G35A 5P3IA 1C6XA 3T7QA 5AGZA 2ER7E 1SDUA 2HPFA 1XE6A 5P08A 5P5KA 3URIA 5P36A 4APEA 3QIHA 3VLAA 3BHEA 4TRWA 6UPJA 2QAKA 1HVJA 4B77A 4DJOA 5P6KA 5P6FA 1LF4A 1HPSA 3LITA 3LZVA 3OY4A 2OHUA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1YTG A;  4I0F A;  5P8M A;  5P5B A;  5P07 A;  2JXR A;  4Y48 A;  5OZR A;  3S2O A;  5P0Y A;  3SAA A;  5JOD A;  4PYV A;  2PH8 A;  4DJP A;  2ZHT A;  1KZK A;  5DQ4 A;  3LPI A;  3PLL A;  5P2Z A;  1MEU A;  4QJ2 A;  5P29 A;  2Q54 A;  5P6T A;  1LYW B;  3D1Z A;  5OZT A;  4Y4J A;  4HA5 A;  5CON A;  4EXG A;  4R92 A;  1RNE A;  1BDR A;  5OYY A;  1GNN A;  4OC6 B;  4DVF A;  2NPH A;  3LPJ A;  1EC3 A;  1HXB A;  2FGU A;  4NKK A;  4FM6 A;  1Z1R A;  4Y51 A;  3ZPU A;  1FEJ C;  1SGZ A;  1IBQ A;  1MPP A;  5ISJ A;  5KAO A;  4J0Y A;  5P3Y A;  2IS0 A;  3OU3 A;  3LIZ A;  3ZPT A;  4LP9 A;  1MER A;  5P3N A;  4LBT A;  1EC0 A;  5P4V A;  3EL1 A;  2RSP A;  2VNN A;  1IVQ A;  2F3F A;  4GJD A;  3IN4 A;  4Y3N A;  5P00 A;  5P4W A;  3PI5 A;  4Y3W A;  3SM1 A;  5P89 A;  3ZKG A;  4Y4T A;  5KR8 A;  2VKM A;  1KJ4 A;  5BRY A;  3EKV A;  5P7W A;  2O40 A;  4YD4 A;  2G24 A;  3R0Y A;  5P48 A;  2PMA A;  2WED A;  3RVI A;  1W5Y A;  2ZGA A;  3D3T A;  3MSJ A;  4YOB A;  2P3B A;  5F00 A;  1YT9 A;  5P7H A;  4EJK A;  1DMP A;  3S43 B;  4JOO A;  1NSO A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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