3DV1A

Crystal structure of human beta-secretase in complex with nvp-arv999
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
388
structure length
377
Chain Sequence
SFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Macrocyclic peptidomimetic beta-secretase (BACE-1) inhibitors with activity in vivo.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 95
structure length 377
sequence length 388
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2008-07-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3dv1A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3dv1A02
1K6CA 2ZHRA 3WZ8A 3L5FA 1D4KA 5P4DA 5P4MA 5HE4A 1DIFA 2V0ZC 4YOBA 5P7QA 5P5KA 5P27A 1PFZA 1BXQA 4OBJA 1PSOE 5T4SA 3LIYA 3L5EA 3U6AA 1D4YA 5P46A 3PCZA 3RTHA 3OQKA 1XS7D 3UPJA 4A4QA 3UQUA 2QNQA 4Y4GA 1FQ5A 5P87A 4YBIA 6FIVA 3NUJA 3MSJA 3BC4A 1N49A 3INEA 5P4JA 5P7EA 4RYCA 1ZTZA 3ZPTA 2ZJHA 5P42A 4Y3GA 5I3YA 1HPOA 4YCKA 5P5VA 5KR1A 5P1PA 4Y44A 3OXXA 1EPQE 3ZPUA 3KFRA 5P75A 5P8JA 4Y4ZA 6APRE 5P3EA 1A30A 4LC7A 4J0TA 3OQ7A 5P1GA 4HA5A 5P8NA 5F00A 2AVVA 2QI5A 5IVQA 5P6MA 2VIZA 2HS1A 1SBGA 3OUAA 3CYWA 3VFAA 3INHA 1MRWA 5IVSA 2WEZA 5P5GA 3N3IA 3O9FA 1DW6C 1QDMA 5P28A 3FIVA 5OZ7A 5OZ1A 1M43A 3KT5A 5P0TA 5P58A 4ZSQA 5P5QA 2ZJLA 4MC6A 3VUCA 5OZGA 1MUIA 3CKRA 3IAWA 5P2MA 1XE5A 2G20A 1APVE 5P6TA 3O9HA 5P1OA 1VIKA 2AVMA 2QZKA 5OZIA 2B7ZA 3OQAA 5P4IA 5P2DA 1ER8E 2V16C 3OTSA 2QK5A 4FE6A 4NJTA 3L59A 2O4PA 5P59A 5P2VA 4DQHA 1HVLA 1FMBA 1RNEA 1B5FA 5P0KA 5P0JA 1HRNA 2H6TA 3LZUA 5OZ5A 5P2FA 4Y3RA 4RVJA 1E82E 1YTHA 3UDYA 3ZKXA 3PJ6A 3WZ7A 3OADB 5P8CA 5JFPA 5P4XA 5P33A 4I0JA 5P1SA 3OUBA 5P14A 2WEBA 3TTPA 5OZMA 1KJGA 2BB9A 5KQZA 5OZAA 4FM8A 4FM7A 1BBSA 3O9IA 5P3PA 5P3CA 4DJXA 5P3VA 5P72A 5KOQA 2AOJA 3SA4A 5COPA 5J25A 4EP3A 4FL8A 3CIBA 5P61A 5P47A 2G26A 2PH6A 5JFUA 5P2UA 1XDHA 3NLSA 4TVGA 2J9KA 1D4JA 5P7KA 2ZHVA 1FMXA 1LZQA 3IGBA 4Y47A 1EC0A 4Y41A 3NXEA 5KR0A 2FGUA 1OD1A 2G27A 3LPKA 3UDMA 2V12C 5DR4A 1NPAA 5P3WA 2G21A 5P7IA 3JW2A 3OU1B 3UTLA 4Y4WA 2WF0A 2QHYA 4Y3DA 1OEWA 5P3IA 5AGZA 5AH9A 4K4RA 3S43B 2HAHA 3ZMGA 4FAFA 4BFBA 3FX5A 3SABA 3ZKNA 4I8WA 3I8WA 3JVYA 1AVFA 3HBOA 5P57A 5P2GA 2I1AA 4Y37A 5KOSA 4DPFA 3SM1A 3EKXA 4RVIA 3OU1A 3R2FA 2NXLA 2R3WA 5P7ZA 4QJAA 4NJVA 5P0VA 3CMSA 2BJUA 1BAIA 2R38A 4RVXA 3KDBA 3Q6YA 3A2OA 1AXAA 3NU3A 3S43A 3HVPA 1C6XA 1HSHA 3T7XA 5DQ4A 3BGBA 4Y4DA 4Y5GA 5P4CA 3PB5A 5P6EA 5P7UA 1HVCA 1APWE 4Y3LA 3O9AA 5DQ1A 4Y56A 5P6FA 3QN8A 5ER1E 3EM3A 5P1TA 4NKKA 5DPZA 4Y3AA 3IN3A 1EPRE 3KT2A 4JPCA 3VYFA 4DFGA 1EPLE 4CPXA 5P6HA 5P18A 5P7YA 2ZYEA 2HB3A 3VF7A 3PM4A 4Y5EA 3EMYA 3EKTA 5P7SA 1B6JA 3EM4A 5HDVA 5P5BA 5P6AA 1QBRA 1AM5A 5P1ZA 1FF0C 2F3FA 5P1HA 1ZPAA 2HS2A 5OZFA 5P5DA 5P4OA 3ZKIA 3VF3A 5DGUA 3ZPSA 1AIDA 2PWRA 3Q70A 3SM2A 4K4QA 1IIQA 5P6WA 4ER1E 1BWBA 4DH6A 3HD8A 4Q1NA 1MIQA 4B1DA 5IE1A 1HIVA 4FSLA 2ZE1A 2XYFA 2OHLA 5P1BA 3O9GA 1K1TA 4PHVA 2AOFA 4Y39A 5P3HA 5CLMA 5OZJA 5P0BA 2ASIA 5P2WA 3OGQA 5HE5A 4Y45A 1CMSA 3TPPA 2IGXA 3CIDA 3IXOA 3L5BA 3OOTA 1FFIC 2ZHTA 5P8EA 4X2LA 5P32A 1W5YA 3PLDA 5P7LA 5P0WA 5P2BA 5P05A 2NTRA 2ANLA 3SFCA 3OXWA 2QU3A 4H1EA 3PCWA 4Y3QA 5P04A 5P0UA 1HEGE 4ZSMA 2RMPA 2AOCA 3LIQA 5OZ9A 2FMBA 3LINA 5P4BA 1WKRA 2ER6E 3K5FA 2QI0A 5P23A 5DQ5A 1NPWA 1FQ8A 2QP8A 2Z54A 2VIYA 3SA3A 4Y4TA 3ZOVA 4E43A 1CZIE 3ZL7A 4UPJA 5I70A 4DQCA 2WEAA 5P78A 3QBHA 2I4QA 5P82A 3WB5A 5P4SA 4U7QA 5P07A 5OZ0A 2Q15A 2WEDA 4I0EA 5P5XA 5P5LA 5P4TA 4Y3WA 5P0EA 1EC2A 5ENKA 5P6SA 4AA8A 1HVRA 4RGHA 5P31A 1A9MA 5P3AA 3PI0A 2QZXA 1NH0A 1IDBA 2RKGA 1LYWB 2BPWA 1MT9A 1APTE 5P0HA 4HEGA 5P7GA 5TOLA 5P54A 1IZIA 3DV5A 4LXMA 5P0SA 4GJCA 3QPJA 4Y3MA 3DCKA 3LPJA 3D1YA 1F7AA 1ZP8A 4Y3SA 3T11A 1LYWA 4I0GA 5I3XA 3UFNA 1YTGA 1FEJC 1Z1RA 1BV7A 5P4EA 5P6QA 3APRE 1G35A 2RSPA 1D4HA 2ZDZA 2ZJJA 5P41A 4MC9A 3EL1A 1HHPA 1QBUA 4IVTA 4YOAA 5JODA 2OHMA 3PSUA 3CICA 5P1CA 4GJDA 5BWYA 4L7JA 1XL5A 3GI5A 3ZKGA 3EKWA 4LL3A 2JJJA 1LF2A 2VS2A 4J0PA 4F76A 4CP7A 3TPRA 4M8XA 2PQZA 3INDA 5P6ZA 2B42A 2OHUA 2IGYA 2NMYA 4B70A 5P6KA 5P5YA 2JYSA 5P1XA 1E80E 4WY1A 5HDZA 3S2OA 2Q11A 5AHCA 1PPLE 2VJ9A 2PYMA 3R0WA 2XFIA 4FAEA 5P38A 4Y5KA 1HPVA 4CKUA 2UY0A 1TZSA 1EPPE 5P29A 5P3QA 4CPWA 2FNSA 5P39A 1B6MA 1BDLA 3K5CA 2V11C 4Y5LA 4APRE 5HCOA 1SDUA 2R43A 3UQXA 1W51A 2WL0A 3PBZA 5P5OA 5OYRA 1LS5A 5P1QA 4ZLSA 1ZBGA 5OZ4A 4GIDA 4GJ5A 3QROA 5P8PA 5P5MA 3L5DA 2O4SA 2BPYA 1YX9A 1AZ5A 3DM6A 2G1SA 3WZ6A 2AZ8A 2VNNA 3INFA 4EJDA 4OBKA 5AHAA 5P3MA 5AH7A 1YG9A 3BVBA 4KE0A 2Q64A 2OHNA 1HWRA 4Y4AA 3EKYA 4Y51A 5DR8A 2QD6A 5P3NA 5DR3A 2PMAA 4J1CA 1IDAA 3ZKQA 4ZSRA 4U8WA 4ZPGA 2NMZA 5EZZA 2QI1A 3EXOA 3NDTA 2PK5A 5P8LA 3NDWA 2JXRA 2AVSA 5P53A 4TVHA 5P8OA 3KMYA 2XFKA 3VYDA 5P37A 2BPXA 4EP2A 1FGCC 5P1EA 1TCWA 2MIPA 2IDWA 4XKXA 5P6IA 3OWNA 3TL9A 1FKNA 5P7JA 4K8SA 5P2XA 1EC3A 5KQFA 5P8IA 1SP5A 4EJ8A 3MWSA 4EQJA 4RLDA 1BV9A 3VCMA 3OUCA 5P8KA 3HDKA 4ZE6A 5E5JA 3O9LB 3RU1A 3FNSA 1FFFC 5P3SA 1EAGA 1PSAA 4B1CA 3D1XA 4RYGA 1ENTE 5P6YA 3BXSA 4AA9A 1KZKA 1LYAB 5P83A 4EXHA 5P52A 2OHSA 3L58A 2AOGA 4A6BA 4Q1YA 3PBDA 3VFBA 2QU2A 3O9LA 4I1CA 4RRNA 3D20A 3MSLA 2BKTA 3KDCA 3ECGA 4HE9A 3IVHA 5P16A 3ZKMA 1OEXA 3VLBA 3URLA 5P7WA 5P0RA 1SIPA 5P3YA 1ME6A 2IRZA 1LYAA 4LXAA 3VV7A 4S1GA 3O9BA 4FRSA 4D88A 5P15A 1W5WA 3OXCA 5P20A 4BEKA 5SY2A 3TOGA 4L1AB 3GGAA 3HAUA 2A4FA 3VSXA 5P0ZA 4F73A 3PWMA 3M9FA 4ZIPA 5AH8A 5P4FA 3TPJA 3NYGA 3B7VA 4LBTA 5OZVA 5P1UA 1A8KA 5P2IA 3PMUA 4I0HA 5ISKA 1MEUA 4YBFA 1ODYA 1EBYA 3WB4A 1FQ7A 4L1AA 5P3BA 5AHBA 4CPSA 4H3IA 3KDDA 4B1EA 5DGWA 3F9QA 4JPEA 1K6VA 5P8UA 2FDEA 5P6BA 2HPEA 3KYRA 3EKPA 1A94A 2P8HA 3K1WA 3PVKA 4OBHA 4Q1XA 5P24A 1IVPA 2WF3A 4FCOA 5P26A 3NWXA 2CEMA 1MERA 5HU1A 3OADA 1HTFA 4Y3YA 2PWCA 1FG8C 4Y4EA 5P11A 3R4BA 1KJ7A 2I4UA 1GVVA 5P55A 1HIIA 2PH8A 4DJQA 4X7IA 3QAAA 5HCTA 1HEFE 1GNNA 3OU3A 4DJPA 2IEOA 2G1OA 1Q9PA 2AOEA 4Y5AA 5OZ2A 5P7XA 3Q3TA 1SDTA 2R5QA 5P7MA 5P7OA 5P4UA 1AAQA 3UCBA 2IS0A 3BRAA 1EC1A 1BIMA 2FXEA 3KFPA 4Y3TA 3IN4A 3LNKA 5P5FA 1K1UA 5P6UA 1K2BA 1LV1A 4KE1A 4Y3HA 5P80A 5KQXA 5P4RA 5P4NA 5P3LA 3SAAA 1PPME 1SIVA 3C9XA 1IZDA 2AVOA 2FIVA 2QZWA 1RQ9A 4YD6A 5P7TA 4QJ9A 3O9EA 1LEEA 3EM6A 4GYEA 5P2ZA 1LF3A 4Y3ZA 1K2CA 4GZFA 5P2KA 4ACUA 3URJA 1ODWA 4HDBA 5P66A 4GJ8A 5OZBA 3IVIA 3K5GA 5P1LA 5IS4A 1FQ4A 5P8BA 1TW7A 5HE7A 3I6OA 3QRVA 2UXZA 5P4HA 4J54A 5P5PA 1NPVA 3G70A 1YTJA 3R0YA 5P1FA 5FIVA 2QMGA 3SO9A 1QS8A 5P7NA 5E5KA 3WSJA 5P8GA 1MT8A 4Y48A 2I4WA 4OC6B 4MC2A 2P3CA 2VA5A 5P1RA 4DQBA 3NU9A 2PYNA 4OBZB 5P8TA 5P6GA 2SAMA 1G0VA 4Y43A 4XX4A 4BFDA 5P7DA 1HPSA 2G24A 1BDRA 5P86A 2BQVA 5P85A 4FM6A 4OBDA 1BDQA 3UF3A 4FSEA 5P1YA 5P8AA 1DPJA 2FLEA 3GGUA 5IVTA 3QI1A 4XX3A 5P6LA 3BXRA 4OC6A 2QI3A 4EJKA 4OBZA 1T7JA 2F3EA 1SMRA 4GJAA 3VV8A 7HVPA 3IXKA 2WF1A 2WJOA 4DVFA 2V00A 3UQPA 2AOHA 4NPTA 5OZ8A 3HLOA 1WBMA 4LXKA 1A8GA 3O9CA 4I12A 4LAPA 5P8RA 4L7GA 3IA9A 3T7QA 3PGIA 3OOZA 5P45A 5P5AA 5P3OA 1ZLFA 4QJ6A 3EL5A 5P40A 4PYVA 5P5WA 3SQFA 4FRKA 4DV9A 4JECA 4YDGA 3BHEA 3OXVA 5P5JA 5OYUA 5P08A 1M4HA 3GI6A 3UQRA 3L38A 4PPHA 2VIEA 1UH9A 2VJ7A 1HOSA 2AODA 2O4LA 5OZSA 5OZXA 3NU5A 4Y4JA 4EWOA 3HAWA 2WHHA 4RCDA 1BVGA 5P1KA 4Z4XA 4PEPA 1ZSRA 3RVIA 5OYXA 4B72A 5P81A 1T3RA 2Q55A 5P4LA 5AH6A 1NSOA 2QMDA 3EKVA 3BVAA 1EBKC 3QP0A 5OZTA 2APRA 4Y9WA 5JG1A 5P0PA 5F01A 3S7LA 1GVXA 4DUSA 2QCIA 4L6BA 3I25A 4M8YA 5DR0A 2NR6A 5P35A 2QNNA 4FRJA 1XE6A 4Y3XA 1HVIA 3SKFA 1MRXA 1JLDA 2P83A 4Z2ZA 1HVJA 2AVQA 3HW1A 4FLGA 4DJYA 4AZYA 3PLLA 3VV6A 3UDRA 5P76A 4CPRA 5OZUA 3TH9A 2FGVA 3D1ZA 3QRSA 3PMYA 3APPA 3UQWA 4I11A 4DQFA 5P7HA 3DJKA 3K5DA 1D4SA 3DOXA 3SA6A 1IZHA 3BUGA 3UDKA 1BILA 1C70A 4JOOA 5P1IA 1LF4A 2OAHA 1HXBA 3PWWA 1G6LA 1LYBB 4Y5CA 2VKMA 4D85A 1SGUA 3NUOA 4J1EA 4J17A 2NNKA 2AQUA 1E81E 3GI4A 4WTUA 3UDQA 3UFLA 4EJLA 5P8HA 4NJSA 4Y4BA 2BPZA 1ZSFA 1HSIA 1TSUA 5P0FA 5P19A 1B6PA 4ZPFA 1U8GA 2O4NA 5P30A 4YD3A 4B78A 4QJ2A 4YD5A 2PK6A 1FG6C 5P7CA 2VA7A 1LYBA 2FNTA 3SPKA 2XYEA 5P03A 3LIZA 1BWAA 1WBKA 3SKGA 1HPXA 5P50A 1TQFA 4EPJA 1CPIA 5P6JA 2F81A 5P5CA 2HB2A 5KR2A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1K6C A;  2ZHR A;  3WZ8 A;  3L5F A;  1D4K A;  5P4D A;  5P4M A;  5HE4 A;  1DIF A;  2V0Z C;  4YOB A;  5P7Q A;  5P5K A;  5P27 A;  1PFZ A;  1BXQ A;  4OBJ A;  1PSO E;  5T4S A;  3LIY A;  3L5E A;  3U6A A;  1D4Y A;  5P46 A;  3PCZ A;  3RTH A;  3OQK A;  1XS7 D;  3UPJ A;  4A4Q A;  3UQU A;  2QNQ A;  4Y4G A;  1FQ5 A;  5P87 A;  4YBI A;  6FIV A;  3NUJ A;  3MSJ A;  3BC4 A;  1N49 A;  3INE A;  5P4J A;  5P7E A;  4RYC A;  1ZTZ A;  3ZPT A;  2ZJH A;  5P42 A;  4Y3G A;  5I3Y A;  1HPO A;  4YCK A;  5P5V A;  5KR1 A;  5P1P A;  4Y44 A;  3OXX A;  1EPQ E;  3ZPU A;  3KFR A;  5P75 A;  5P8J A;  4Y4Z A;  6APR E;  5P3E A;  1A30 A;  4LC7 A;  4J0T A;  3OQ7 A;  5P1G A;  4HA5 A;  5P8N A;  5F00 A;  2AVV A;  2QI5 A;  5IVQ A;  5P6M A;  2VIZ A;  2HS1 A;  1SBG A;  3OUA A;  3CYW A;  3VFA A;  3INH A;  1MRW A;  5IVS A;  2WEZ A;  5P5G A;  3N3I A;  3O9F A;  1DW6 C;  1QDM A;  5P28 A;  3FIV A;  5OZ7 A;  5OZ1 A;  1M43 A;  3KT5 A;  5P0T A;  5P58 A;  4ZSQ A;  5P5Q A;  2ZJL A;  4MC6 A;  3VUC A;  5OZG A;  1MUI A;  3CKR A;  3IAW A;  5P2M A;  1XE5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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