3EBZA

High resolution hiv-2 protease structure in complex with clinical drug darunavir
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQFSLWKRPVVTAYIEGQPVEVLLDTGADDSIVAGIELGNNYSPKIVGGIGGFINTKEYKNVEIEVLNKKVRATIMTGDTPINIFGRNILTALGMSLNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural evidence for effectiveness of darunavir and two related antiviral inhibitors against HIV-2 protease
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus type 2 (isolate rod)
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2008-08-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3ebzA00
5P7PA 3UPJA 5P1AA 4OBFA 2VA7A 4N00A 5P4TA 2WF2A 3I25A 2AQUA 3PI5A 3PJ6A 1TW7A 3EXOA 5F00A 5OZDA 1PROA 4R91A 1KZKA 3KFNA 2OHRA 4CMSA 3WZ8A 5P0NA 4YD7A 3IVIA 3JVYA 4Y4UA 4J0ZA 2H6SA 3VCMA 3UQXA 1ZPAA 3SQFA 3UCBA 3BVAA 4I8WA 1Z1HA 3PCWA 5KQZA 1OEXA 4DJRA 2F8GA 2R9BA 1VIJA 5P2LA 5P33A 4J0VA 1ER8E 1W5WA 3KDDA 5P4QA 5OZNA 5P83A 5P8JA 4QJ7A 1QS8A 5AGZA 5P5JA 3K1WA 1LYBA 3I8WA 3QROA 4OBZB 2BPYA 1B6KA 1GVVA 2RENA 4ZPGA 5KR2A 4A6BA 5P3KA 1A94A 2F3KA 2QZWA 5COOA 5OZ6A 3K5FA 3BXSA 3HD8A 5P3AA 1AJVA 3HBOA 1GVWA 1KJHA 2ER7E 3IA9A 5P19A 1HTRB 5OYZA 2QAKA 1LYBB 3SA4A 2PK6A 2ZHUA 2QCIA 2QI0A 3NU6A 5P2WA 1IIQA 5ENMA 2WJOA 4I0DA 3CMSA 2O4NA 1EEDP 2QI1A 1KJ7A 1FG8C 3GW5A 2O4PA 5P8KA 4ZEAA 4OBDA 2PWCA 5P3PA 4DJWA 2AODA 4K8SA 4FAFA 3LPJA 3PEPA 2JYSA 4H3IA 4IVTA 3VV7A 3SO9A 2QZXA 3S43B 1SGZA 3IAWA 5P59A 4RCEA 2P3AA 2CEMA 5P6CA 5P87A 3UDRA 3NU3A 3AUPA 5P7ZA 3FIVA 4I10A 5P67A 1XDHA 2PMAA 5P54A 4MC1A 5KQXA 3OUCA 5P3OA 1ODYA 2QI6A 4ZSMA 5P4OA 5P3UA 5P2OA 3APPA 1FFIC 1BXOA 4NJVA 1GVXA 2R8NA 5P8RA 5PEPA 1HVKA 1WKRA 3LZYA 1SGUA 5P4IA 1IVQA 2ZDZA 5P6HA 2PSVA 2WF1A 4U8WA 2OHUA 5P55A 3PSUA 3UDNA 2AZBA 3O9BA 3SA5A 5P4KA 1G0VA 3SLZA 2FGUA 1SDTA 4EWOA 1HPSA 3I7EA 1BBSA 4BFBA 5P4SA 3S7MA 5KAOA 3TL9A 3O9AA 5P6IA 4I0FA 5P2IA 1ZLFA 2I4WA 4PHVA 5P5IA 4Z4XA 5P40A 5P6FA 3NDXA 1ZBGA 5OYTA 5P7CA 1ODXA 3U71A 3F9QA 1RNEA 5ER2E 4HDBA 4OD9A 4Y3EA 5P41A 2AVQA 3CKPA 5OZQA 3D1XA 1GKTA 8HVPA 2V10C 3VV6A 3R2FA 4BFDA 1G6LA 1BWAA 3OTSA 5P0OA 4LP9A 3ZMGA 3NR6A 4J0YA 2QNQA 3CICA 4DQCA 5P88A 3VSWA 4XKXA 2R3TA 4APRE 4JOOA 4Y5BA 1KJFA 3HVGA 5P5RA 1UPJA 2QMPA 2QP8A 1EBKC 2JXRA 2Q64A 2NPHA 4DJVA 2IQGA 2Q5KA 4Y35A 2HPFA 2B7ZA 2I4UA 3FSMA 3KDBA 2CENA 5OYVA 2AOJA 4F75A 2PYMA 3K5CA 4JPCA 1M43A 1F34A 5P5BA 5P0PA 2I0AA 5P3WA 2BBBA 3O9EA 4KE0A 2Q15A 3EMYA 1UH9A 4EQJA 1BWBA 1KJGA 2XYFA 1CMSA 5P66A 5P6WA 3Q4BA 3LZUA 2P3BB 4GYEA 2ASIA 3OGPA 5DQ1A 3S56A 3L5FA 5P4DA 5P1IA 5P01A 4K4QA 2ZJMA 1HBVA 2O4LA 1SBGA 4B70A 4YD6A 4LL3A 5P43A 3INEA 5P5SA 2F3EA 4OBKA 3KF0A 3OGQA 2OHPA 5DGUA 3GGUA 1BDRA 1XN3A 5P50A 3RTNA 4YE3A 4TVHA 3ZPSA 2NMZA 3L59A 3ER5E 5P11A 3T3CA 2RKGA 1D4SA 1B6JA 3IXOA 5AH9A 1A8GA 4A6CA 4DQGA 4TRYA 5P7AA 3G6ZA 3T7XA 3SA3A 3CKTA 2PK5A 4TRZA 1MRWA 3Q5HA 3WB4A 4R93A 4Y3QA 2QNPA 5P35A 5P3GA 3LIVA 1AJXA 4B72A 5P17A 2R38A 2QI4A 1IDAA 4J17A 3TOHA 1BV7A 3O99A 3TPJA 5P6UA 1IDBA 4NPTA 2WEDA 2QHZA 4GJCA 4Y4DA 5P3NA 4Y3AA 1HIVA 1M0BA 1XE6A 4LAPA 5P0GA 1EPME 5P0IA 3ER3E 5AHCA 5P1RA 3TPPA 3RU1A 3T6IA 2V16C 4OC6B 4HEGA 1OHRA 1GNMA 3TOGA 2UY0A 3B80A 3INDA 4QGIA 2QNNA 5P0MA 1EC3A 2JJJA 3SFCA 5IVSA 5P5TA 5P0FA 3DCRA 4HLAA 5HDVA 1K6PA 5P0RA 4KE1A 1IZEA 4EHCA 2RSPA 2FXDA 5OZBA 1EPLE 4I8ZA 5C9FA 3NDWA 2V00A 1ENTE 1Z1RA 5P5ZA 5P5GA 5P22A 4FL8A 3VF5A 5HU0A 1DPJA 1RPIA 3DJKA 2ZGAA 5P3MA 3QBFA 4FE6A 1EPNE 2PQZA 5P8TA 2G20A 2Z4OA 1DW6C 4NJUA 3URLA 4L7GA 5P29A 3NU9A 4R5NA 5P5EA 5P3YA 2WL0A 4XXSA 5P2NA 5P89A 5P4FA 1MPPA 2NMYA 4Y41A 2B8VA 3IXJA 5P7YA 3K5DA 3MSKA 5P4XA 5I70A 3NYGA 1B6MA 4D8CA 4YD3A 2FNSA 5P79A 1EBYA 4GJAA 1W51A 4RGHA 1FG6C 4L7HA 5P1LA 4AA8A 3A2OA 1LEEA 4Y50A 5P7WA 1HPXA 4JPEA 4Z22A 2P8HA 3LINA 5AH6A 4J1IA 3PB5A 1SDVA 4ZIPA 1FMUA 4I11A 4B78A 3SA6A 2ANLA 5P5CA 2ZE1A 5P6YA 3PBZA 5P39A 1YTGA 1PFZA 4CPRA 4RYGA 2AIDA 2WEAA 4I0HA 3BUFA 4Y3RA 5OZGA 3GGVA 1SIPA 2VIZA 2VJ7A 3D3TA 3NDTA 1PSOE 1B5FB 5P2VA 5DR4A 5P1VA 1FQ6A 1PPLE 1HIIA 3HAUA 4GJ5A 5EZZA 2I4VA 3O9GA 1LV1A 1HXWA 3PVKA 3OY4A 3B7VA 1SMEA 1HXBA 2VNNA 4DQBA 1XN2A 2R5QA 1FB7A 3ZKSA 3VLAA 2FIVA 2ZJKA 5P5VA 7UPJA 2QU2A 4EP3A 1A8KA 1MTRA 2HM1A 1D4HA 5BWYA 5DGWA 2H6TA 1NPAA 3EKWA 4Y3HA 1BDQA 5ER1E 2ZHSA 4I0JA 2BPXA 3TH9A 5P1DA 4DPFA 5P08A 3EC0A 4J1CA 3EKXA 5OZ1A 5P10A 5OZOA 1HWRA 4HVPA 2B60A 4YD4A 5OZUA 4B05A 5P73A 5I3WA 2QMGA 3BC4A 4EQ0A 1ZSRA 5AHBA 5OYSA 5P7OA 2F3FA 3OTYA 5CLMA 5BS4A 1OD1A 5P12A 5P70A 2OHLA 5P2DA 3S2OA 1HTGA 3VYFA 5OZCA 1EBWA 1C70A 4HE9A 4Y4TA 4HA5A 2B7FA 5OZPA 4CP7A 1AAQA 2FDPA 5P0WA 2R43A 4Y5EA 4DQFA 3LNKA 5P1XA 1Z8CA 3Q3TA 2WKZA 1HVHA 5KQYA 2NNPA 3OUAA 5P48A 1T3RA 2ER9E 3S45A 4PZXA 4Y43A 1MT7A 7HVPA 5P5DA 5P18A 3T7PA 5AH8A 5P7KA 5P0CA 5P8NA 2OHNA 5P5OA 3OAGA 1LYWA 3U6AA 5P84A 5P2MA 1M4HA 5P8LA 1SMRA 5P44A 3N4LA 4JP9A 3L5DA 4K9HA 5IE1A 2OHSA 2G1OA 3OWNA 4Y36A 4QJAA 5P4VA 4DFGA 4XX4A 5P1ZA 4D83A 2G27A 2IKUA 4LXKA 4K4PA 3OAGB 4Y37A 4YCTA 4EYRA 5OZWA 3OU4A 3SA8A 2AZCA 3LIYA 5P38A 2AOCA 2ER0E 3L58A 5P1NA 3JVWA 4J5JA 5P0KA 5P81A 5P7LA 4LXMA 5P1FA 4ER1E 3EL5A 2Z54A 5P4PA 3LZVA 5P0LA 5P6KA 3SM2A 2AZ8A 2BPVA 3IN3A 5P7BA 5P4WA 3CIDA 4Y56A 3O9LA 4M8XA 3WZ6A 3TNEA 3PWWA 5DR8A 3D20A 1K6CA 5P3EA 4H3GA 2BKTA 5ISJA 3OU1A 1BDLA 4YCKA 5OZ2A 5P6SA 1N49A 5P1UA 2BQVA 3BVBA 5OZZA 2FDDA 5P0DA 2IDWA 3R0WA 5P6DA 5P0ZA 1CPIA 3MSJA 4B1CA 1EPRE 4OBGA 3OUDA 3OU1B 1IZDA 5P4GA 2B8LA 5P4ZA 5HDXA 5P7TA 3KFRA 1RL8A 4FM8A 4Y3XA 3OADA 4J1HA 1DIFA 2XFKA 1GNOA 2PSUA 3K4VC 3R1GB 1XL2A 2BPWA 3CYXA 4DJQA 3GI0A 4QJ6A 1HRNA 3O9FA 3EKQA 3OUDB 2VJ9A 2FMBA 1W50A 3DM6A 1TQFA 4YCYA 5P57A 1GVTA 1ZP8A 4R92A 4Y3WA 5P0BA 5P82A 5P2QA 5P5QA 4CPUA 3SA7A 4Y5LA 5OZKA 2WECA 5P3TA 4MC6A 1ZAPA 2QMDA 4J54A 3UDYA 2QK5A 4Y5MA 5P3IA 3T7QA 3UQRA 3DK1A 2ZHRA 5P8QA 2Q11A 1EPQE 1MRXA 5P1MA 3C9XA 1W6HA 3UDKA 1BAIA 3MXDA 2XYEA 5JODA 1BXQA 1LYAA 2A4FA 2HB3A 3NSHA 3OOZA 1C6ZA 3EM4A 2G1RA 5P6EA 1APTE 1YTHA 4Y3MA 2VIJA 2ZJNA 2IGYA 6APRE 1LS5A 3QRVA 4DQEA 2ZJHA 1IZIA 5P6QA 4J1KA 5HU1A 1NSOA 4Y4GA 5C9BA 2ZJIA 4OD9B 3ZLQA 4I0IA 1MTBA 1K6VA 1RV7A 4ZSRA 3L5EA 4Y5AA 1PSNA 4PZWA 4Z2ZA 3IVHA 5P14A 5HDZA 5P42A 1J71A 1MUIA 5P2XA 4QJ8A 3SABA 3BUHA 5P45A 3ZKQA 5P7GA 4XX3A 2J9JA 2NXLA 4GJBA 4L1AA 5P5UA 5CONA 2ZHVA 3PI0A 5P0TA 1IVPA 4Y4ZA 1A9MA 2F80A 3O9HA 4Y5KA 4Y4BA 3EM3A 1QDMA 1HVLA 5OYRA 3UFLA 5HDUA 1FQ8A 1FQXA 3ZPUA 2FLEA 4CPQA 3OQFA 4FSLA 4ZE6A 3ZPTA 5HE5A 2PH6A 3JW2A 3N3IA 3ZKGA 1E81E 4Y6MA 2Q54A 3QVCA 3R4BA 5P3VA 5P2KA 1BILA 1AM5A 2RKFA 2QZLA 5P1QA 2F81A 2FGVA 2Q55A 4RLDA 5OZ3A 4ER4E 4GB2A 4YOAA 1MT9A 5P7FA 3VYDA 4D89A 5P4AA 3ZL7A 5P2FA 2WF3A 2ZHTA 1BV9A 3L5CA 2R5PA 3KA2A 3QP0A 5P4EA 4LBTA 5P3ZA 3HVPA 5OZ5A 5OYUA 3UQUA 3EM6A 1YM4A 3LPIA 4FRKA 4Y5CA 1QBRA 2J9KA 3FKTA 3PGIA 5DQ4A 2VS2A 2QU3A 3HZCA 2XFIA 4RRNA 4KB9A 4LC7A 2P3DA 4CPWA 5P0QA 5P3FA 3UDQA 4MC2A 5P2EA 1XL5A 2VKMA 3PWRA 3QRMA 3KFSA 3OQ7A 3PWMA 4Y5GA 4J55A 5P1YA 3S85A 5P1KA 2G21A 5P52A 3IGBA 4Y48A 3UQPA 5P24A 4J0PA 4I0EA 4F74A 3BXRA 5P8GA 4A4QA 2HB4A 4B0QA 3OHHA 1QBUA 5P4JA 5P06A 3KT2A 5P37A 4F76A 4WY1A 5P2YA 1EC2A 4JECA 5OZHA 3SACA 4YOBA 5P0JA 3ZKXA 4H3JA 5KR8A 1MIQA 2V0ZC 3FNSA 1FGCC 3UHLA 4ER2E 1APWE 4I1CA 5P1GA 4QLHA 1W6IA 3O9DA 3I6OA 3UDJA 5OYXA 5P23A 5B18A 2QD7A 1AXAA 2P3CA 1MSMA 4HDFA 5OZ7A 5FIVA 5OZTA 2EWYA 4EJLA 5P5HA 5JFPA 3S53A 3QPJA 4ZSPA 3FV3A 1HHPA 3SKGA 1T6EX 1PPME 3BGBA 4OBJA 3MXEA 1HVRA 4U7QA 4CPTA 5P3QA 4GZFA 1D4KA 4YBFA 3VSXA 5E5JA 5P6GA 1SDUA 2QZKA 3QS1A 1PPKE 3VYEA 5OZ4A 3SKFA 5P0SA 5OZ8A 5P8FA 4WY6A 2PC0A 5P3BA 1YT9A 2G1SA 5HVPA 3TLHA 3ECGA 1C6XA 2QHCA 3CIBA 1YTIA 3MSLA 5P2HA 1HVIA 5AH7A 1EPPE 3VF7A 4UPJA 4DUSA 4RCDA 1LZQA 2I0DA 1T7KA 2AVMA 4X7IA 2QI7A 3AIDA 4LXAA 5I3VA 5P1EA 1RQ9A 5P4BA 4RZ1A 3NWXA 4E43A 9HVPA 4IVSA 3I2LA 3QVIA 5P0UA 2HS1A 3KMYA 4J0TA 2G22A 4ZSQA 2NR6A 5OZSA 2WF0A 3L5BA 5P27A 5HCTA 5P8UA 3QRSA 1W5XA 4DJPA 2V13A 2HPEA 2I4XA 5P5YA 3IXKA 4GJ8A 4Y39A 3G72A 4R95A 4Y3ZA 2G1NA 3EKVA 4RCFA 2P4JA 3GGAA 3LZSA 5P5PA 1XE5A 1SIVA 5P03A 4RROA 2I1AA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P7P A;  3UPJ A;  5P1A A;  4OBF A;  2VA7 A;  4N00 A;  5P4T A;  2WF2 A;  3I25 A;  2AQU A;  3PI5 A;  3PJ6 A;  1TW7 A;  3EXO A;  5F00 A;  5OZD A;  1PRO A;  4R91 A;  1KZK A;  3KFN A;  2OHR A;  4CMS A;  3WZ8 A;  5P0N A;  4YD7 A;  3IVI A;  3JVY A;  4Y4U A;  4J0Z A;  2H6S A;  3VCM A;  3UQX A;  1ZPA A;  3SQF A;  3UCB A;  3BVA A;  4I8W A;  1Z1H A;  3PCW A;  5KQZ A;  1OEX A;  4DJR A;  2F8G A;  2R9B A;  1VIJ A;  5P2L A;  5P33 A;  4J0V A;  1ER8 E;  1W5W A;  3KDD A;  5P4Q A;  5OZN A;  5P83 A;  5P8J A;  4QJ7 A;  1QS8 A;  5AGZ A;  5P5J A;  3K1W A;  1LYB A;  3I8W A;  3QRO A;  4OBZ B;  2BPY A;  1B6K A;  1GVV A;  2REN A;  4ZPG A;  5KR2 A;  4A6B A;  5P3K A;  1A94 A;  2F3K A;  2QZW A;  5COO A;  5OZ6 A;  3K5F A;  3BXS A;  3HD8 A;  5P3A A;  1AJV A;  3HBO A;  1GVW A;  1KJH A;  2ER7 E;  3IA9 A;  5P19 A;  1HTR B;  5OYZ A;  2QAK A;  1LYB B;  3SA4 A;  2PK6 A;  2ZHU A;  2QCI A;  2QI0 A;  3NU6 A;  5P2W A;  1IIQ A;  5ENM A;  2WJO A;  4I0D A;  3CMS A;  2O4N A;  1EED P;  2QI1 A;  1KJ7 A;  1FG8 C;  3GW5 A;  2O4P A;  5P8K A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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