3EC0A

High resolution hiv-2 protease structure in complex with antiviral inhibitor grl-06579a
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQFSLWKRPVVTAYIEGQPVEVLLDTGADDSIVAGIELGNNYSPKIVGGIGGFINTKEYKNVEIEVLNKKVRATIMTGDTPINIFGRNILTALGMSLNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural evidence for effectiveness of darunavir and two related antiviral inhibitors against HIV-2 protease
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus type 2 (isolate rod)
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2008-08-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3ec0A00
2J9KA 5P4IA 4EP2A 1TZSA 2VA5A 1RQ9A 4U7QA 4J54A 5P0RA 4I11A 1LYWA 1XS7D 2VNMA 2MIPA 5P51A 3FSMA 3LPKA 1APVE 1AXAA 4I0GA 5P6IA 3UDMA 5P4LA 3PB5A 2JJIA 1YM2A 5P1FA 1A8GA 3CYWA 5P0WA 5P0PA 5P7NA 2RKGA 1D4KA 5P7YA 5P7VA 5P7CA 4I1CA 1MTRA 1E80E 5KQFA 1EPOE 4Y3FA 2QMPA 5OZ4A 4Y3XA 5P6HA 4L7GA 3KDBA 2V00A 3TOGA 4J0ZA 4BEKA 3GGXA 1W50A 5TOLA 5OZFA 4DJQA 2F8GA 4N00A 2WF1A 4PZWA 3VSWA 1AIDA 5P41A 5P1AA 5HE5A 5P5ZA 5IS4A 1ZSFA 4ZE6A 3EC0A 5P8HA 5P2CA 1XDHA 3EM6A 5P22A 5P3GA 3UFLA 5P45A 3N4LA 3D91A 5P8MA 1GNMA 3RTNA 5P0SA 1M43A 5P12A 1ZTZA 5OYWA 4FS4A 5P4VA 3EL9A 4RROA 1UPJA 5P88A 3TTPA 2UXZA 2QHCA 5P0KA 5P7GA 3PCWA 3ZMGA 4J1FA 4Y3JA 5ENKA 1PPME 2WJOA 3NWQA 2I4DA 4Y3YA 2ZJMA 2BPVA 4FL8A 5P1YA 2QI7A 2G27A 1K6CA 4R8YA 3APPA 1UH9A 4HDBA 8HVPA 4J1IA 4LL3A 1FQ5A 2B8LA 3GI4A 4FAEA 3QBFA 3HAWA 1BDRA 2J9JB 3ZL7A 2HS1A 5P0LA 5P1KA 5P8BA 5P39A 2WEAA 5HE4A 3Q4BA 3GI5A 5P7WA 5P48A 4B1EA 5P7FA 5P66A 4F76A 3MXDA 1FQ8A 2QMFA 4Y4DA 5P64A 5P83A 4GJ6A 4F75A 5P3UA 4Q5MA 4L1AB 1HTFA 5P3AA 3C9XA 2G94A 3RTHA 1RV7A 5P09A 2G1RA 2WF0A 5P3MA 3ZKNA 2APRA 5P6YA 7UPJA 5P5YA 4Y4XA 3PWRA 5P0TA 1CMSA 5P8EA 3APRE 4B1CA 3TOFA 5OZBA 2FMBA 3OAGA 3QROA 3O9FA 5P6SA 1LF3A 2FXDA 5ISKA 5JFUA 3D1XA 1QBSA 4YBIA 4MC6A 3L5FA 4QLHA 5P8SA 2OHKA 5P4CA 4LAPA 2RKFA 3VF7A 3OU4B 2I4UA 5OZ6A 3EM4A 5DQ5A 5OZYA 5P6AA 2I4WA 3OWNA 5P1TA 3SA3A 5AHBA 4YD6A 5P0QA 3INDA 5P4YA 1K2CA 5OYVA 3UDNA 3K5FA 2PK6A 5IVSA 3LIQA 1XE5A 1K6TA 5EZXA 5P4JA 3HBOA 2VA6A 5P02A 1NPVA 1VIJA 5P7OA 5P2EA 5OZ1A 5P6PA 4Y5EA 1D4SA 1PFZA 2QMGA 4LXAA 1K2BA 3FNUA 5P5NA 3VF3A 3TPPA 4DJUA 2WEDA 1APWE 2FS4A 4KE1A 4YE3A 4DUSA 5P68A 1K6PA 5P49A 4YCYA 3L5CA 1ME6A 5P6UA 2IQGA 3H0BA 5DQ2A 5IVQA 3K4VC 1EBYA 2G21A 3SA4A 4Y5MA 3OOTA 2ER6E 2O4SA 1VIKA 5P5PA 3S54A 3LITA 5P6GA 3OQ7A 5P5RA 4EPJA 2PYNA 5P1EA 2PH8A 3OY4A 5P8TA 5ISJA 2ZHRA 4R93A 1MTBA 2AZ8A 1MVPA 1LS5A 5P58A 2QNPA 2QD8A 5P16A 5SY3A 2PC0A 3K5DA 5JODA 3PWWA 3O9IA 1HTGA 4HEGA 4ZLSA 4S1GA 4H1EA 2G69A 3ER3E 5I3YA 4YCKA 4HZTA 2BPXA 5OYRA 2BBBA 4AUCA 3R0WA 1HPVA 3VLBA 1ODXA 3A2OA 4FRKA 1GVTA 1FMUA 4Y3AA 3KMXA 3Q3TA 3VFBA 5P2BA 2IENA 3L38A 3BHEA 4QJ8A 3SAAA 4DJYA 2I0AA 3LIZA 2NPHA 3OK9A 3BXRA 2H6TA 5OYXA 2RSPA 3NU9A 5P76A 4YHQA 2ER7E 5P2LA 1YTIA 4EJ8A 2VJ6A 4DQEA 5P8PA 2FNTA 3PI0A 1HVRA 4ZPGA 5P52A 4Y3HA 5P2SA 3SACA 3O9LB 1NH0A 4K4PA 1GVWA 5KR1A 4GJ8A 4Q1WA 3FX5A 5P26A 1EBKC 5COKA 2IGYA 5CONA 5P3ZA 3IVHA 3O9HA 5IE1A 3VV8A 1WKRA 5P0IA 2VA7A 3PVKA 5P54A 1IDAA 2OF0A 5C9DA 1HIIA 4Y38A 3NR6A 4Y3WA 2IS0A 3TOHA 3KDDA 4L1AA 2QD6A 3SM1A 3O9CA 1BAIA 3HDKA 3M9FA 4H3JA 3S8IA 3NXNA 3QVCA 5OZAA 5P1NA 4GB2A 4Y3RA 3BUFA 4ZPFA 5P70A 3KF0A 3N3IA 2BPZA 5P10A 4MC1A 3AIDA 5OZMA 3OGPA 4EWOA 1W5YA 5P3JA 1LF2A 2IRZA 5P6MA 4GYEA 4CPSA 1RPIA 4OC6A 5P38A 5P29A 1HVKA 2FLEA 4PPHA 1ZAPA 3OU1B 5P01A 1D4LA 4J0TA 4YOBA 1SDTA 5KQXA 3HVPA 4Q1NA 3RTMA 3VYDA 1B5FA 3OOZA 5DQ1A 4I0JA 2PSGA 3G6ZA 4Y3SA 5DPZA 4DQBA 1EPME 1KJGA 5COOA 1NPAA 4RZ1A 1RNEA 3UDHA 1LYBB 3PSYA 4L6BA 3RSXA 3IAWA 5P80A 3S53A 5P08A 5P7XA 3SA7A 3LINA 3KYRA 2UPJA 3KM4A 4X7IA 3LPJA 3L3AA 3ZPSA 3WSJA 4U8WA 3T11A 1EC0A 3WZ8A 4GIDA 2PWCA 4Y50A 5P7KA 2XFJA 5P1MA 4E43A 5P0OA 1FB7A 5P4NA 3I6OA 5P04A 4DQHA 2F3KA 1FG8C 2WKZA 3D1ZA 3SO9A 1IVPA 4ZIPA 3CKTA 5P18A 4OBHA 1HSGA 5P2JA 4J0PA 9HVPA 5HCOA 5P2AA 5P3LA 2HB2A 2FDPA 4D88A 1GVUA 3DOXA 5HDZA 3LZYA 1SMRA 4K4QA 4Y39A 4EJDA 3DCKA 2AOFA 1BV9A 3TL9A 2OHPA 2P8HA 5P0BA 3GGUA 3I2LA 4Y56A 3GGAA 2JJJA 3EL5A 2QK5A 3EL0A 2ZYEA 3PRSA 2R3TA 3PEPA 5DGWA 4D83A 5P3HA 1RL8A 2Q5KA 3NU4A 2NNPA 5CLMA 5OZLA 5OZ2A 5P2MA 3UDJA 4DJVA 2HPFA 5OZRA 3AUPA 2P3AA 1IDBA 5P1LA 3NU5A 4FSLA 1B11A 3VYEA 4A4QA 2AODA 5OZIA 5P33A 3MXEA 5P4WA 5P1XA 3OQDA 5P4QA 2P3BB 2QCIA 5P37A 3NDUA 4QGIA 2WF4A 4EQJA 4L7HA 5HE7A 2QU2A 4Y53A 4CKUA 1FGCC 1W5XA 3OUAA 3LPIA 4JPCA 4RCEA 3UDPA 1KJFA 1IZHA 1FQ6A 3UQUA 4F73A 2BPYA 3VEUA 2WL0A 1ZPKA 1BXQA 1T6GA 2QZXA 1D4YA 4M8YA 3ZLQA 4Y4ZA 2G1OA 2HB4A 2PSVA 4JP9A 3O9LA 1MPPA 3FNSA 4I0FA 4CPRA 1ZLFA 4D8CA 5KR2A 2G1NA 2AZBA 4Y3GA 2G1SA 5P28A 5ER1E 3MSKA 5P07A 1QS8A 1HEGE 3ZKXA 1HWRA 1YX9A 2O4PA 3CKRA 5P0FA 5P47A 5P6FA 4DQFA 2NXLA 4I8ZA 3NXEA 4NJSA 1KJHA 3B80A 5P06A 2PH6A 3VYFA 5OYQA 1EPRE 3IN3A 4B0QA 3SM2A 2G26A 3RVIA 5P5JA 3IN4A 5F00A 3QIHA 5P0AA 5P7DA 2O4NA 4LC7A 5OZ8A 1YTJA 1FQ7A 3KDCA 3PGIA 1BILA 2WEBA 2QMDA 4U7VA 5P0UA 2P4JA 4TVHA 1G6LA 3JW2A 1GKTA 1HIVA 4CP7A 5P32A 1FF0C 2V0ZC 4FRJA 5P3VA 1IZDA 2R9BA 3S45A 5P6QA 1LZQA 5KAOA 4NJUA 4LXKA 5P8KA 2HM1A 1YM4A 2BJUA 4YD3A 5HDVA 4Y3MA 1ZSRA 5P3XA 4FRSA 5P4KA 2QHYA 4JECA 5P2UA 1HOSA 1TW7A 1CPIA 3OHHA 5P5QA 5P19A 4CPQA 5OZ7A 5P7RA 5HU0A 2FIVA 1ZJ7A 4KB9A 1K6VA 1ODWA 3EM3A 4ACUA 4XX3A 5OZ0A 5P0NA 2FXEA 5P03A 3EKWA 2V10C 2I0DA 3K4VA 5P6NA 4Z2ZA 4RVJA 2QI6A 3ZPUA 4BELA 2XFKA 1CZIE 3NLSA 5OYUA 1A94A 4OBJA 3D3TA 5P57A 1E5OE 4Y37A 1GNOA 3CKPA 4D85A 7HVPA 3QRSA 3DCRA 3VFAA 3NU6A 5P89A 3HZCA 2IEOA 2ZGAA 2V11C 4JPEA 5OZKA 4DJXA 4HLAA 5P00A 3KT2A 3GI0A 5E5JA 2FDEA 5OZXA 3PHVA 3L5DA 1FMBA 4RCDA 2B7ZA 3UDRA 5KR8A 3NWXA 4I0ZA 3IVIA 4IVTA 2VJ7A 1YTHA 5P5MA 1HSIA 1T7KA 2V16C 3UCBA 5I70A 2R5QA 1BBSA 3FNTA 4Y35A 3PSGA 3OTYA 5T4SA 3NSHA 3R1GB 1YT9A 3MSJA 5OZPA 3BUGA 3LZVA 4FM8A 5P7HA 2ZE1A 3OQKA 5P8VA 2Q55A 4Y3LA 1DPJA 5P6VA 1DW6C 3VSXA 5P84A 5KOQA 2QZWA 4FIVA 4J1KA 1T7IA 4OBFA 2HPEA 3IXJA 5P44A 3Q5HA 1LF4A 3TH9A 3MSLA 1D4HA 2R43A 2AQUA 3DK1A 5P5TA 2I1AA 4R92A 3LIXA 1QRPE 2H6SA 1OEXA 2HAHA 3L58A 3R4BA 3PI5A 5P81A 2BQVA 1BDLA 1FLHA 5P1OA 1TCWA 3IA9A 5P59A 4DJRA 4EJKA 1FKNA 5KQYA 1W6IA 2BPWA 1J71A 3OADB 5P1JA 4OBKA 5P2IA 1HPXA 4B1DA 1BIMA 1PSOE 5P75A 3HVGA 2VS2A 5P6OA 4YDFA 3GW5A 5P50A 5DR7A 4AA8A 4Z22A 3UDYA 3VG1A 5P4DA 2NXMA 4Y3ZA 4GJAA 3R0YA 3SQFA 4I10A 1FG6C 4L7JA 3TKGA 4QJ7A 1EC2A 2AOGA 2XYFA 4ER1E 2ZHSA 3HD8A 3QAAA 5P13A 5P4SA 3TPLA 3O99A 4FM6A 3SKGA 3S56A 4OD9B 2IGXA 3UHLA 4NPUA 4FM7A 2RENA 4Y3DA 3INEA 4GJCA 4Y5GA 1XL2A 1G35A 1E81E 2FGUA 2QI1A 5P31A 2WF2A 4YCTA 2F81A 3KFSA 3OGQA 1AVFA 2ANLA 1W5VA 4UPJA 3SLZA 1YG9A 5I3WA 4FCOA 5P8OA 4Y3NA 4I0IA 4QJ9A 1SBGA 5P0VA 3CIDA 4DVFA 5P0EA 1LEEA 3RU1A 3T7XA 5P2KA 2XYEA 5P5BA 2ZHVA 2R3WA 3BC4A 5APRE 1PSAA 5P2NA 2G24A 1FFIC 4XXSA 2NXDA 5P8NA 2ZJLA 1OEWA 5P7LA 5P87A 5P2TA 5OZEA 1LYWB 2ZJIA 3QS1A 2UY0A 2HIZA 4B00A 2VNNA 3QVIA 5AH8A 1M0BA 5P11A 5P5WA 2OHUA 4ZEAA 4Y4GA 5P3PA 5OYZA 5P6RA 2J9JA 4A6CA 2OAHA 4J1CA 5OZ5A 5P7QA 1SIPA 4LHHA 5P2GA 5P05A 1AJXA 4KUPA 4FSEA 4RYGA 1LYAB 5P5LA 2Q54A 5SXNA 3OQAA 4TRWA 5AH9A 5P4ZA 1BXOA 3ZOVA 4PYVA 3EKYA 2IKOA 1NPWA 4FLGA 3PM4A 5P63A 5P62A 3LIYA 4I0HA 3PCZA 4EHCA 3TLHA 3KMYA 4Y43A 3URIA 3NDXA 5P1CA 2QI0A 3PMUA 5P6XA 3VV7A 5P7BA 1HVIA 2G1YA 5P71A 1SDUA 1W5WA 5P6JA 5P7UA 5P4XA 3KT5A 2NR6A 5AHAA 5P5XA 5P6EA 4DQGA 1PPKE 1F7AA 3SA5A 5P5FA 1EC3A 4A6BA 4DJWA 4EXHA 5EZZA 4OBZB 2ER9E 3DV1A 2PWRA 1EEDP 4H3IA 2OHSA 4Y5LA 2IDWA 3UF3A 4I0EA 3OU4A 1AJVA 5P6WA 4Y5BA 4AA9A 5OZNA 4R91A 4Y4TA 3PWMA 4Y4EA 5OZGA 2Q3KA 3LIVA 5B18A 4K4RA 3PMYA 2QI3A 5P5KA 5P3CA 5SY2A 5OZWA 1HVCA 5P0MA 3QRVA 5P46A 3INFA 5P0ZA 1HSHA 3O9GA 4MC9A 4KE0A 2AVVA 2AZCA 1NSOA 4RVXA 5DQCA 3L5BA 2ZHUA 5P7IA 4Y9WA 5P8JA 2CEJA 5FIVA 4B70A 5P78A 3D20A 4GZFA 1QBUA 5HVPA 5P0GA 5P67A 4APRE 4WTUA 4Y4UA 3OQFA 5F01A 2AVMA 2QHZA 4DQCA 5P24A 3OADA 5P1IA 3VCMA 4Y5CA 1BV7A 5P1RA 2V12C 3UTLA 3EKXA 2EWYA 2NMYA 4LXMA 5P4TA 5P53A 2PK5A 5P0CA 1MRXA 2IKUA 3O9BA 5P4FA 3EMYA 4X2LA 2Q64A 5P2XA 1D4JA 3CIBA 1HVLA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2J9K A;  5P4I A;  4EP2 A;  1TZS A;  2VA5 A;  1RQ9 A;  4U7Q A;  4J54 A;  5P0R A;  4I11 A;  1LYW A;  1XS7 D;  2VNM A;  2MIP A;  5P51 A;  3FSM A;  3LPK A;  1APV E;  1AXA A;  4I0G A;  5P6I A;  3UDM A;  5P4L A;  3PB5 A;  2JJI A;  1YM2 A;  5P1F A;  1A8G A;  3CYW A;  5P0W A;  5P0P A;  5P7N A;  2RKG A;  1D4K A;  5P7Y A;  5P7V A;  5P7C A;  4I1C A;  1MTR A;  1E80 E;  5KQF A;  1EPO E;  4Y3F A;  2QMP A;  5OZ4 A;  4Y3X A;  5P6H A;  4L7G A;  3KDB A;  2V00 A;  3TOG A;  4J0Z A;  4BEK A;  3GGX A;  1W50 A;  5TOL A;  5OZF A;  4DJQ A;  2F8G A;  4N00 A;  2WF1 A;  4PZW A;  3VSW A;  1AID A;  5P41 A;  5P1A A;  5HE5 A;  5P5Z A;  5IS4 A;  1ZSF A;  4ZE6 A;  3EC0 A;  5P8H A;  5P2C A;  1XDH A;  3EM6 A;  5P22 A;  5P3G A;  3UFL A;  5P45 A;  3N4L A;  3D91 A;  5P8M A;  1GNM A;  3RTN A;  5P0S A;  1M43 A;  5P12 A;  1ZTZ A;  5OYW A;  4FS4 A;  5P4V A;  3EL9 A;  4RRO A;  1UPJ A;  5P88 A;  3TTP A;  2UXZ A;  2QHC A;  5P0K A;  5P7G A;  3PCW A;  3ZMG A;  4J1F A;  4Y3J A;  5ENK A;  1PPM E;  2WJO A;  3NWQ A;  2I4D A;  4Y3Y A;  2ZJM A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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