3EKQA

Crystal structure of inhibitor saquinavir (sqv) in complex with multi-drug resistant hiv-1 protease (l63p/v82t/i84v) (referred to as act in paper)
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPIVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIVGIGGFVKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPTNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Extreme Entropy-Enthalpy Compensation in a Drug-Resistant Variant of HIV-1 Protease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Hiv-1 m:b_arv2/sf2
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2008-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3ekqA00
5P1YA 4YD3A 4Y3FA 5P8HA 5P64A 5P70A 2XFKA 4CPXA 5P1OA 2VJ6A 1HVRA 1MT9A 1ZPKA 3EKYA 2JE4A 5P4DA 5P6LA 4FM6A 5P5MA 4LXKA 5P3RA 6UPJA 4F75A 5P0YA 1AAQA 1BAIA 2IEOA 2G27A 4Y3PA 4EYRA 2VIYA 3DUYA 3DJKA 4PPHA 2I4WA 5P03A 1BDRA 1TSUA 1J71A 1BDLA 1WBMA 2G1SA 2QI5A 5P2BA 1XN3A 4YHQA 4R8YA 5P6DA 1W6HA 4LHHA 1A94A 4D85A 4FL8A 4DPFA 3DOXA 5P7JA 5JG1A 2V11C 4Y38A 3R2FA 2J9JB 5OZ9A 2F3FA 1T6EX 1XE5A 4I0DA 3OOTA 2ZHRA 1MPPA 1HEGE 5P0UA 3RU1A 4LP9A 3INDA 4DJQA 3HAUA 2PWRA 5COKA 3APRE 4I1CA 3CICA 2G22A 5P2NA 3O9CA 3OK9A 1FQ8A 3EM3A 4J5JA 1YTIA 5P60A 2OHUA 5P47A 6APRE 5OZUA 2ASIA 1G35A 4Y3RA 1JLDA 1IVPA 1ZAPA 5HDUA 4YD7A 1SIVA 5BWYA 3OQDA 1FMBA 4L7GA 5P31A 3T7PA 1IZEA 4RYGA 4Y4BA 4L7HA 4LL3A 3OXCA 4AA8A 2VIZA 2AZBA 5P8MA 1HTEA 4DQEA 3EKVA 3FNUA 2PH8A 5JFPA 2ZHUA 5P8AA 2BKSA 1LYAA 2BBBA 5HTZA 3INHA 3UCBA 5P5WA 1XN2A 4Y4XA 4GB2A 5OZTA 4K4RA 2AQUA 5P5LA 1YTHA 5AH6A 4FSEA 5P56A 3K1WA 5P2KA 5P4JA 1NSOA 5P0DA 1DAZC 2A4FA 4Y57A 5P73A 4DJPA 4ZPGA 5P06A 4OBZB 5P16A 5ENKA 3VF7A 3INEA 1FMUA 2V10C 3AIDA 5P3YA 5P8QA 5P7SA 3D1ZA 3H0BA 8HVPA 3EL4A 4AUCA 1PPLE 4EJLA 5P3WA 5KAOA 3TOHA 1FIVA 3HAWA 1XL5A 3LNKA 1QBSA 4U7QA 1FEJC 1BXQA 1UH7A 1T7IA 3NU3A 5P68A 2HB4A 4GYEA 4Y4JA 3KA2A 5COPA 1ER8E 5P41A 5P3IA 4Z50A 1EBKC 3SO9A 5SZ9A 3ZMGA 2ZGAA 2HB3A 5P61A 5DR7A 1PSNA 2P3BA 5P6UA 4YE3A 2ZJMA 4OC6A 3BHEA 3OTYA 4ZIPA 1D4HA 4H3GA 1E80E 1K6TA 4RROA 1TSQA 3OGPA 5J25A 5P49A 3TPJA 2VNMA 4QJ6A 5P28A 1HTRB 4CPSA 3QBFA 3FNSA 4Y3QA 2QMDA 4ZPFA 4OD9B 1APTE 1B6LA 5P7BA 2ZYEA 5P8GA 4D8CA 4YD6A 5P4NA 4EXGA 3PB5A 3LIQA 3GGXA 1MERA 1IZHA 5P4HA 4HLAA 1HVJA 1FGCC 4LXAA 5UPJA 5APRE 3HVGA 3R1GB 2IKOA 1LV1A 1W5WA 2WEZA 4XKXA 5AHBA 5P4QA 5PEPA 1TZSA 4Y4TA 4EPJA 2BPZA 3EKQA 1UH8A 2VA6A 5P1BA 5P1HA 2BKTA 3UFLA 3IAWA 4Y3SA 5P3AA 4YDFA 4GJ7A 5P2QA 3PLLA 5P5XA 1FQ4A 5KQFA 3BVAA 5HDVA 5P3VA 5P1TA 5P1EA 5DQ4A 5P35A 2P4JA 2NMZA 2HIZA 2RENA 4CMSA 2WF3A 5P07A 5P0IA 3PI0A 4DI2A 2FGVA 4Z4XA 2QD6A 2R3TA 3NWXA 3NXEA 3NWQA 1FLHA 1GVWA 4HEGA 5P78A 3QBHA 1IVQA 5P20A 1VIKA 1MTBA 5OZMA 4ER2E 2I4UA 3DCRA 3T7XA 4Y5CA 3LINA 3PEPA 3LIVA 2OHRA 4GJ8A 1BVEA 1LF4A 3PMYA 5P4SA 4Y3NA 5HVPA 1MT7A 3T11A 4FSLA 5P5VA 4OBFA 3OHFA 5OZHA 4AA9A 3ZL7A 3PHVA 4APEA 1ODYA 1FB7A 3Q6YA 4DFGA 5JODA 5P0HA 5P2FA 2NXDA 5P0VA 5P71A 3QN8A 3EC0A 3OQKA 4Y9WA 2G94A 4X7IA 5P7GA 4GJ5A 4Q1XA 5OZAA 1MIQA 2I1AA 2WEDA 4Y4GA 4TRYA 5P8PA 2ZJKA 3OUAA 3O9GA 3C9XA 5P5SA 3TKGA 1B11A 5AH7A 1FQ5A 3EXOA 2QI3A 1D4KA 5P4WA 3O9LA 3D3TA 2WF0A 2BQVA 2O4SA 2HB2A 3SAAA 1E5OE 4J1CA 2AVMA 3R0YA 2R3WA 4QLHA 5P2LA 1BXOA 1AJXA 4Y4AA 3PVKA 4TVHA 1RNEA 3NU5A 5P38A 1ZBGA 3IXOA 5OZWA 3LZVA 2WF2A 3OOZA 3OUCA 5P6FA 1Z8CA 2NTRA 1B5FA 5P2SA 1HIVA 3BVBA 2VIEA 3RSXA 2O4NA 3EKTA 1SMEA 5OZ1A 3PBDA 1HPXA 2FNSA 5P1CA 2IQGA 4EHCA 3ZPSA 3UDJA 1K1UA 5P1DA 4L7JA 3UDPA 1HIIA 4HDBA 5P1SA 4J0VA 5P5KA 5P7KA 3L59A 2AZ8A 4GJAA 3QVCA 2JJJA 2VIJA 3GI6A 2R8NA 3TPRA 2XYFA 2OHPA 2ER6E 3FIVA 7UPJA 4RRSA 3OADA 2AVSA 4LAPA 4PEPA 3VG1A 4TRZA 4BELA 2AVOA 2IDWA 2WHHA 1GVTA 3GI0A 3S43B 5OZOA 3BUHA 3VYDA 4J1HA 5P7ZA 4RCEA 5P6MA 2PSVA 5IS4A 5P80A 3NDUA 1SDTA 3OAGA 5P0EA 1ZTZA 5DQCA 2ER0E 4RVJA 2QHYA 1HHPA 3NSHA 4H1EA 2QP8A 3ZKGA 2QNNA 4COEA 4PHVA 2BPYA 3VUCA 4XXSA 4Y5KA 1IIQA 3VSWA 3WZ6A 1DW6C 3VLAA 3ZKXA 3S56A 1XL2A 5P5HA 3OUBA 4YCTA 2HPEA 5P52A 5P2MA 3IVHA 2QMPA 5DGWA 4MC9A 5OZ7A 5P2TA 5IVTA 3OXWA 2G24A 5P5BA 2VA7A 3UDQA 5OYYA 4DPIA 5P7HA 1FFFC 2XYEA 5P3NA 2P3AA 4YBFA 2ZJNA 3EMYA 5AGZA 1EPPE 3OTSA 2QI7A 4Y43A 5P86A 5P54A 4R91A 1EC2A 1EBYA 1D4JA 2BB9A 3PCWA 2RKGA 5P1WA 2OHTA 5P36A 3I2LA 5P2UA 5P18A 5P57A 3O9FA 5OZ8A 4CPRA 5T4SA 4I11A 4NJVA 4Y4EA 4Y5LA 3I6OA 5P3JA 2Z54A 5P8TA 4Y3AA 3OUDA 5JFUA 1AVFA 2AZCA 5P0OA 4Y3WA 1PSOE 4CPWA 4ER1E 3O9HA 5OZQA 1HEFE 1HTFA 1EPME 3PLDA 4IVTA 5P4LA 2V00A 5P5AA 3IXKA 3U6AA 4EP3A 5P0NA 1F7AA 4NPUA 5P3FA 3PSUA 5P46A 1FKNA 2Q54A 1A9MA 1GNNA 2QZXA 5OZBA 2WECA 1HVHA 5P7PA 3K5DA 4RCDA 2PH6A 4Y3DA 5P3PA 4H3JA 3KFRA 5P0KA 1D4IA 4Y3GA 5P75A 4ZSQA 4D88A 4BFBA 5P0TA 3ZKIA 1D4SA 5P3DA 5P8OA 5P66A 5KQZA 3EKPA 4XX3A 4YBIA 5P6WA 1MESA 4DUSA 1C70A 5P8NA 2ZE1A 2EWYA 2SAMA 5P7TA 3URIA 2QHZA 5OZPA 3S85A 1GVUA 1SGUA 1D4LA 3O9IA 1QBTA 1HVIA 1M4HA 3OQFA 5P5TA 2AOFA 5P4MA 3NU6A 1HVKA 5OZIA 1MRWA 4EQJA 3SM2A 2WEBA 1HVCA 5P08A 4L1AA 4Y48A 3OU4B 1C6XA 2FS4A 3BXRA 5ISJA 5P29A 2B7FA 4YOAA 2PSGA 3L3AA 7HVPA 2Q55A 2O40A 1EC1A 5P55A 3S7MA 2R43A 4DQFA 1K6VA 3M9FA 1ZSFA 3O99A 4N00A 5P0FA 3TPPA 4BEKA 3D1XA 5P4IA 3UHLA 5P6KA 4Y41A 3IN4A 1LS5A 4Y58A 4DJXA 4Y3EA 3DM6A 4EWOA 4Y4UA 3KDBA 1T7KA 2HS2A 2FXDA 4F73A 3MSJA 5P3XA 2QCIA 2QD8A 1B6PA 5P1MA 1HIHA 3SLZA 1Q9PA 4M8YA 5P5RA 5P7FA 3ECGA 3FNTA 3L5CA 4Y3HA 5DQ5A 3O9AA 3UFNA 1ENTE 1LYAB 5P7YA 4QGIA 3VSXA 1LYWA 4GJBA 9HVPA 3SM1A 4FLGA 1AZ5A 1QBRA 1FQXA 2QMFA 4J0ZA 1N49A 1GKTA 4FM8A 4X2LA 5P1LA 2XFIA 4OBZA 4PYVA 3T3CA 4Y3TA 5P3SA 5P8RA 3OXXA 5OZVA 3CYXA 3QS1A 5P87A 5P5YA 1XE6A 3HZCA 2AOCA 5OYWA 4I0IA 5P3CA 3S2OA 3KFNA 5P6SA 1HXWA 5P3UA 3D1YA 3TH9A 5P7AA 5OZSA 5KQXA 5OZRA 2B7ZA 2F8GA 2QU2A 3K4VA 5P7QA 4GJ9A 3NR6A 1G6LA 1B6MA 2FDEA 3UQUA 2I4VA 5P48A 3UDMA 3Q5HA 1FMXA 3LZYA 4Y36A 4A6CA 3TL9A 3ZPUA 5KR0A 5P1UA 2Q3KA 1ODXA 5P3QA 1K2BA 4J0TA 1EBWA 4B1DA 4Q5MA 2AOGA 4DQBA 2NPHA 1IDBA 5P8EA 1NPAA 3H5BA 3GGAA 2FIVA 5P3HA 2OHNA 5ENMA 3QVIA 1W51A 4YD4A 1NPWA 2P3BB 5P00A 2HAHA 3QAAA 1HVLA 3PJ6A 3VFBA 4RRNA 4KUPA 2RKFA 1EC3A 4K9HA 1TCXA 4Y6MA 2NXLA 2UY0A 5OZDA 1PPKE 3NUOA 3OQ7A 1DMPA 1BVGA 1HOSA 2WKZA 4OBGA 4DJRA 1OHRA 1BV9A 5P25A 1PSAA 3S45A 5P23A 4J17A 4OBJA 1GNMA 6FIVA 1RV7A 2WEAA 3L5DA 5C9FA 1BDQA 1MEUA 5P11A 4OD9A 2OAHA 4F74A 5OZ5A 1BV7A 4NPTA 4QJ7A 4L6BA 1SMRA 2CENA 4EJ8A 3BGBA 5P7EA 1RL8A 1QDMA 1HRNA 2Q15A 2F80A 3GW5A 1KZKA 4M8XA 5P53A 5OZGA 3K5FA 5P6IA 2QHCA 2VKMA 2AOJA 3L5BA 1EPRE 4RVXA 3URJA 2ANLA 4YCYA 5P13A 1LEEA 2PYNA 5OZ4A 3BGCA 5P7LA 4B1CA 3QRSA 4FM7A 3QROA 1MRXA 5EZZA 2P83A 1LYBA 1XS7D 4GJDA 5P2VA 5HE5A 1EAGA 2APRA 5P14A 2PC0A 5P0SA 2FDDA 2OF0A 1W50A 3PSYA 2VJ7A 1VIJA 5ER1E 4B05A 2Q5KA 4D89A 4Y45A 2QZKA 1HVSA 3KT2A 3PBZA 4Y47A 3LIXA 5P5EA 4EQ0A 5C9BA 5P27A 2AIDA 3I25A 4HA5A 4B72A 5OYTA 5P8SA 4DQCA 1LZQA 4JPCA 4I0JA 5OZ6A 4R93A 4A4QA 1SH9A 4PZWA 2FNTA 3LHGA 2P8HA 5OZ2A 2QU3A 3PRSA 2JJIA 3ZLQA 5P1RA 3BUFA 1A30A 5P1PA 5P0RA 5FIVA 3DV1A 1W5XA 4I0ZA 5P4UA 3NDWA 3B80A 2V12C 3VV6A 4DQHA 3GGVA 3FV3A 3ZKNA 4Y3JA 5OZKA 3BXSA 5P65A 3VV8A 1BWBA 2CEJA 2IKUA 4Y3MA 4PZXA 5OYXA 2VNNA 3FX5A 4AMTA 3SABA 3ZKSA 5P88A 4I10A 3ZPTA 1CPIA 3SFCA 4FAFA 4QJ2A 2JYSA 4NJUA 2IENA 4UPJA 1OEXA 4Y5NA 1K1TA 5P7RA 4Y51A 3KF0A 1EEDP 5P58A 2G1NA 2G20A 1IZIA 2V0ZC 5P2JA 4Y5BA 5P3MA 4Y5PA 5P7XA 5HU1A 3SA5A 2ER9E 2AODA 5I3YA 3CKPA 1HXBA 4NJSA 2BPXA 3VEUA 1T3RA 5P4ZA 1XDHA 2AOEA 5P6JA 1RPIA 5P1KA 4ZLSA 5KOQA 5P45A 5P02A 5HU0A 5P5CA 2F81A 4Y4WA 5P2HA 3HW1A 4JP9A 5AHAA 4R5NA 3UTLA 5P6ZA 3RVIA 3DCKA 5P6YA 2HM1A 3UDYA 2BPVA 5P6GA 4HVPA 1B5FB 5P6RA 2Z4OA 3JW2A 3ZOVA 4Z2ZA 1BBSA 5AH8A 3IN3A 5P6PA 1YTGA 4NKKA 3S53A 2JXRA 5AHCA 3NU4A 5DR0A 2IGXA 5P1FA 4S1GA 3QI1A 5P5IA 5P6EA 4ACUA 5P5OA 4GIDA 2QK5A 4YCKA 2OHKA 5P2AA 5P2OA 2G1OA 2O4PA 5P8IA 4Y56A 5P4RA 4WY1A 2H6TA 1GNOA 5P5NA 3EBZA 5P0GA 3T6IA 1W5VA 2AVVA 3BRAA 2ZHTA 1Z1RA 4MC6A 5P3OA 5P22A 3O9EA 3T7QA 3OQAA 3OU1A 4ACXA 1T7JA 3JVYA 3JVWA 4HDFA 1KJ7A 3K5CA 3S43A 5E5JA 3WZ8A 4Y54A 3EL1A 2FMBA 1DP5A 1QRPE 4YD5A 2Q63A 3L5FA 3HD8A 3OAGB 4Y35A 5P6HA 2R5QA 5P89A 4QJ8A 5SY3A 5P0QA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P1Y A;  4YD3 A;  4Y3F A;  5P8H A;  5P64 A;  5P70 A;  2XFK A;  4CPX A;  5P1O A;  2VJ6 A;  1HVR A;  1MT9 A;  1ZPK A;  3EKY A;  2JE4 A;  5P4D A;  5P6L A;  4FM6 A;  5P5M A;  4LXK A;  5P3R A;  6UPJ A;  4F75 A;  5P0Y A;  1AAQ A;  1BAI A;  2IEO A;  2G27 A;  4Y3P A;  4EYR A;  2VIY A;  3DUY A;  3DJK A;  4PPH A;  2I4W A;  5P03 A;  1BDR A;  1TSU A;  1J71 A;  1BDL A;  1WBM A;  2G1S A;  2QI5 A;  5P2B A;  1XN3 A;  4YHQ A;  4R8Y A;  5P6D A;  1W6H A;  4LHH A;  1A94 A;  4D85 A;  4FL8 A;  4DPF A;  3DOX A;  5P7J A;  5JG1 A;  2V11 C;  4Y38 A;  3R2F A;  2J9J B;  5OZ9 A;  2F3F A;  1T6E X;  1XE5 A;  4I0D A;  3OOT A;  2ZHR A;  1MPP A;  1HEG E;  5P0U A;  3RU1 A;  4LP9 A;  3IND A;  4DJQ A;  3HAU A;  2PWR A;  5COK A;  3APR E;  4I1C A;  3CIC A;  2G22 A;  5P2N A;  3O9C A;  3OK9 A;  1FQ8 A;  3EM3 A;  4J5J A;  1YTI A;  5P60 A;  2OHU A;  5P47 A;  6APR E;  5OZU A;  2ASI A;  1G35 A;  4Y3R A;  1JLD A;  1IVP A;  1ZAP A;  5HDU A;  4YD7 A;  1SIV A;  5BWY A;  3OQD A;  1FMB A;  4L7G A;  5P31 A;  3T7P A;  1IZE A;  4RYG A;  4Y4B A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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