3EKTA

Crystal structure of the inhibitor darunavir (drv) in complex with a multi-drug resistant hiv-1 protease variant (l10f/g48v/i54v/v64i/v82a) (refer: flap+ in citation.)
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPIVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIVGIGGFVKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPANIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Extreme Entropy-Enthalpy Compensation in a Drug-Resistant Variant of HIV-1 Protease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase
source organism Hiv-1 m:b_arv2/sf2
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2008-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3ektA00
4DQEA 2FDDA 2I4XA 3T3CA 2ZHVA 5P1WA 4YOAA 4I0JA 4ZSMA 1NH0A 2WEBA 5P83A 4YBFA 5P3LA 2R8NA 3NXNA 5P5QA 5KQZA 3O9CA 3OTSA 3K1WA 2G94A 2QMPA 2WECA 4GYEA 4F73A 5P5HA 3UDHA 5JG1A 2G27A 4Y5LA 3KA2A 4RCDA 4I11A 5DR7A 2R3WA 5P3RA 5P6KA 3EL4A 2ZJLA 5P55A 4I0IA 4Y3NA 3D91A 3EKYA 4Y50A 5P8AA 4QJ6A 2IQGA 5P57A 3Q5HA 1PSNA 5P32A 3EKVA 3OTYA 3TNEA 5P7IA 5KQXA 5P4JA 5P7UA 4EHCA 3OGPA 3PBDA 5DR1A 1MIQA 4Y4DA 4CPXA 2I4WA 4PPHA 5P4RA 4Q1YA 2O4PA 3H5BA 5SY3A 4WY6A 3QVIA 1T6EX 5P8DA 4Y4WA 5TOLA 4AA8A 3VYDA 4ER2E 2RKGA 4Y6MA 1LS5A 6APRE 2ER0E 4CPSA 5P0NA 1D4HA 4FAEA 1HRNA 2ER6E 3OXVA 3NDUA 5OZQA 5P4VA 2B42A 1GVXA 1T3RA 2AIDA 3BXSA 5P0SA 3LZVA 3SPKA 3JW2A 5P51A 5DR3A 3NUOA 3UFNA 1YG9A 5P5MA 1ZP8A 5P89A 3IN3A 5HDUA 5AH8A 5P1JA 5OZDA 5AH9A 1U8GA 3HVPA 3OUAA 5P4OA 4J17A 5P38A 5P2KA 2O4SA 3ZLQA 3EBZA 3QRSA 4Y3MA 3S43A 4YD5A 3D1YA 5P5VA 1UH7A 1BDRA 3U7SA 2AVSA 3KMXA 1D4YA 5P13A 5P39A 3KFNA 3D1ZA 3BC4A 5P7BA 5P3GA 5P20A 4FRSA 2FDPA 5P4QA 5P6TA 2R5PA 5P2MA 3Q4BA 3FNTA 3UTLA 4PZXA 1HXBA 3BHEA 2BB9A 5P8BA 4AUCA 3VV8A 5P1SA 1B5FB 4D85A 4Z50A 2Q3KA 3NWXA 3PI0A 2RMPA 4NJSA 3R4BA 4Y43A 5P0PA 4Y5PA 2WF0A 2HIZA 1SMEA 3L38A 5P5AA 5P60A 1B6PA 5P6IA 3UDRA 4EJLA 4B1DA 3FKTA 2WEDA 5P2EA 5P7YA 4PEPA 4MC1A 1TSUA 5P14A 3PCWA 5CLMA 2VIZA 2ZHUA 2WF1A 2ZDZA 3KDCA 4I12A 2G20A 1W5YA 1FQ8A 2P83A 5P3WA 3LINA 3EKWA 2OHKA 2RSPA 5P4FA 4LC7A 4EQJA 3NU4A 2BPYA 4GJ9A 4Y5BA 3O9LB 5P74A 3VEUA 2QNPA 4Y37A 2IKUA 3OQAA 2I4UA 3IAWA 4D89A 3PM4A 1EBWA 3RSXA 3KFRA 1APVE 3TOGA 3ZOVA 5BS4A 1BVGA 1HEFE 5P10A 2ZHSA 5P06A 2VS2A 3DM6A 3G6ZA 3NSHA 1KJGA 5HU1A 4K9HA 2HS1A 4DQFA 3CIBA 4F76A 3G72A 4Y5MA 5P42A 3EL1A 3I2LA 5P8UA 2OHUA 4FSEA 5P4GA 5P84A 5P8PA 2IRZA 1AVFA 5P4MA 1YT9A 4I8WA 4X2LA 1HHPA 3ZPSA 3GI5A 2ZYEA 5T4SA 4I1CA 3VFAA 1DMPA 1HSGA 5P7VA 3LIZA 3MXDA 1HVHA 5P72A 1YTGA 4JP9A 3PWWA 4OD9A 4J0PA 4BEKA 3O99A 5P0JA 1EC1A 1QBTA 2PWRA 4RRSA 1QBRA 1BWBA 4CPQA 4FRKA 3PHVA 3FNUA 3OXWA 4HZTA 5P03A 2QI1A 4J0ZA 2QI4A 2VJ7A 5P5TA 5OZGA 5P12A 5P29A 3K4VA 4EJ8A 7UPJA 5P81A 4Y4BA 4AMTA 5P3XA 3F9QA 5IS4A 3ER5E 2HS2A 3VV7A 2QD8A 1FFIC 2AVOA 3IXJA 1OEXA 5P2RA 1IZEA 5KR8A 2G1YA 2V10C 1K6TA 2OHNA 1HIIA 5P8FA 3T11A 3PRSA 5P2GA 5P3VA 5I3XA 2NPHA 5CONA 4L7HA 2BBBA 2VKMA 5P18A 3OXXA 4Y3LA 2WEAA 5P7XA 4GJCA 5P44A 3RTMA 2VIJA 5P2FA 1IVQA 1TZSA 1XN3A 4RLDA 3IGBA 2A4FA 3LZSA 5P8JA 4OC6A 1FQXA 3KDDA 5P1RA 3PCZA 4ZEAA 5P19A 2HPFA 4R91A 5EZZA 1APUE 4Y3QA 2IGXA 4NJTA 5OZIA 2FXDA 5P3JA 5P1QA 2VA6A 2V00A 4NPTA 2NMZA 5DGUA 3BGBA 4YD3A 4Y44A 5P35A 3MSKA 1YTJA 1LEEA 4B1CA 5P6EA 5P3DA 1HVKA 2PH6A 1HPOA 3T6IA 3OHFA 5OYSA 5F00A 3S2OA 1HVRA 3QS1A 4CP7A 2BPZA 4ER4E 3T7QA 5P4UA 3URJA 2G22A 5IVQA 4YCYA 1Q9PA 1MT8A 1IZHA 5AGZA 5AHBA 1A94A 4I8ZA 5P0GA 3KFPA 4NPUA 1K6VA 5KR1A 2ANLA 3EL9A 2AQUA 3PWRA 4H1EA 1MT7A 5P2SA 3GW5A 1MERA 1D4JA 1QRPE 5P3FA 3LIYA 1B5FA 5P43A 5P8CA 3LHGA 3S54A 5P5LA 3NU3A 2PSUA 5P0HA 5P3QA 5P2HA 3PVKA 5OZJA 5P0VA 1CMSA 3N3IA 4MC9A 1EPLE 1SP5A 5OYZA 1QS8A 3VSWA 4R8YA 3JVWA 5J25A 4OBZA 1SDUA 2AVMA 4HLAA 2FMBA 4EWOA 3CKPA 2FIVA 3SKFA 3ECGA 5AH7A 4I0FA 5P1YA 3TTPA 1NPAA 2PQZA 4PYVA 5I3YA 2WF2A 3DUYA 3SABA 1APTE 5P7TA 1MEUA 5SY2A 3L5CA 1FQ7A 2PK5A 2I4QA 1HEGE 3O9LA 3RTHA 2ZHRA 3RSVA 1RNEA 2JYSA 3KYRA 5P70A 2F80A 4DJPA 3UCBA 1ZPKA 3KFSA 2QZKA 3BVAA 1DAZC 2NXLA 1HSHA 1TCXA 4Y5GA 4B00A 4KE0A 1ODYA 2PYNA 3NDWA 3RTNA 3MXEA 2JXRA 1B6MA 4I0GA 4Y47A 5P7QA 2P8HA 5P5KA 3TH9A 3UPJA 3VYFA 5P1CA 2XYFA 4Y5KA 2F8GA 4HDBA 4J55A 5P7HA 4Y56A 3OU3A 2H6TA 1APWE 5P2WA 5P0LA 2OHMA 4J1EA 5P1LA 5OZBA 3FX5A 1BXOA 3NDXA 3URIA 5P4LA 4JECA 5P4DA 3EKPA 3R0YA 3OU4B 4J0YA 3QROA 4Y4XA 5ENKA 4ZSPA 5P2ZA 5EZXA 5P3TA 5P3OA 3OK9A 1FG8C 3FIVA 3KMYA 5JODA 3KF0A 3SA5A 1KJ7A 4Y54A 5KQFA 5C9BA 3NWQA 5P82A 2QK5A 3S56A 4OD9B 5P3NA 5P5JA 4XX3A 1A8KA 1JLDA 1ODWA 4BFBA 5IVRA 1EBYA 5SZ9A 5I70A 2G1RA 3PSGA 2Q63A 4ER1E 5OZ4A 5P3BA 3EL5A 5DQ5A 2R43A 3EM3A 3INEA 5P3KA 3OQDA 5P8IA 4LXMA 5P5FA 3UQPA 3TL9A 4JPCA 1MT9A 1SH9A 1BV7A 3MSLA 4K8SA 5P0DA 4YDFA 3ST5A 2HC0A 4DJQA 4JOOA 1FMBA 2MIPA 1AIDA 1B6LA 2V12C 5P1UA 2HM1A 3FSMA 5P75A 4N00A 4I0HA 5IVSA 2B7ZA 5P47A 5P2AA 5P6WA 3SA8A 1K6PA 1B11A 4J1KA 4CPWA 3JVYA 1FFFC 4GJDA 1W6HA 2OHSA 4AA9A 5COOA 5P2TA 3PEPA 4Y3FA 5P22A 5P4BA 3HBOA 1M43A 2QMDA 2IL2A 3T7XA 3OQ7A 3UQWA 4OC6B 3D1XA 1MPPA 4Y4ZA 4Y4JA 1GVTA 3CMSA 5UPJA 3PSUA 5P8RA 5KOQA 5P7ZA 6FIVA 1DIFA 4YD6A 4FAFA 5P2JA 5E5KA 5KOSA 3DV5A 1KJ4A 3GGAA 3WZ8A 3VLAA 4EPJA 3GI0A 5DR4A 5P08A 3MSJA 4JPEA 2ZJJA 1RV7A 2WF4A 2WKZA 2G1OA 4Y38A 3GI4A 2F3EA 4OBDA 4Y4EA 4J0TA 1HVIA 2NNKA 5OZVA 5P5NA 1MSNA 4DFGA 4ZLSA 3SA6A 3D20A 5P2YA 4GJ8A 5C9FA 5I3WA 2BQVA 2P4JA 3TPJA 3NR6A 4APEA 1XDHA 3OGQA 5P3YA 4Y3HA 3DV1A 1IZDA 5C9DA 3EXOA 5P0BA 4YDGA 4Y45A 1IZIA 3O9DA 5P7LA 1EPOE 4XKXA 1CPIA 4R93A 5P31A 5P6LA 3TKWA 4DJOA 4DJWA 2R5QA 5ER1E 1MSMA 1SIPA 4XXSA 5OYUA 1FQ6A 2H6SA 5P0MA 3TPPA 1TQFA 2XFKA 2V0ZC 5P61A 3U6AA 3ZL7A 5OZ2A 1ZJ7A 3EKQA 4H3GA 5KR2A 5AH6A 5P7JA 1QBUA 2QHCA 1FQ5A 3NU6A 1SGUA 2FS4A 2VIYA 3OWNA 4Y3RA 3IVHA 4TRWA 4OBZB 3CYWA 5P1FA 2VIEA 1MRXA 4GB2A 4GJ5A 5OZYA 3AUPA 5HD0A 3HZCA 5P87A 1E5OE 1G35A 3RVIA 1HTRB 2Z4OA 3HAUA 5P5WA 3ZKXA 4FM8A 5P6FA 2I4DA 4LL3A 1BILA 5DQCA 5P2CA 5P73A 1GNMA 5P2UA 3HVGA 2Q54A 1HPVA 4E43A 1RQ9A 5P1HA 1XN2A 3BGCA 1OEWA 2Z54A 4RZ1A 1XS7D 5P4ZA 5P86A 2IENA 5OZNA 4QJ2A 2AZ8A 5P6CA 1AJVA 1NPVA 5HDXA 5P8EA 4RCEA 2BPVA 3M9FA 5P0EA 2QU2A 2RKFA 4YCKA 4ZSQA 4OBGA 1XE6A 4CMSA 4QJAA 2JJIA 5P6DA 5P11A 5P7KA 5DR8A 3SM2A 4I0ZA 4Y58A 3UDYA 3QAAA 1PFZA 4Y5EA 4B72A 4NKKA 3OU4A 1D4IA 3PWMA 5P4CA 5P36A 5OYYA 5P3CA 2CEMA 5P5CA 4Y9WA 3INDA 1C6ZA 3ZKMA 5P6MA 3BUGA 4U7VA 1G2KA 2O4KA 4J1FA 2QI0A 2QNNA 2IDWA 5P1BA 3K5DA 4LBTA 5P8OA 3UDMA 2WF3A 1D4SA 4HE9A 3L5BA 3DJKA 4Y35A 5P48A 1MVPA 1SMRA 2NXMA 3PLDA 3OQKA 4A6BA 2HPEA 2I4VA 2AVVA 2NXDA 3UDNA 5P4SA 3QPJA 5B18A 3VUCA 4YCTA 3VF5A 5P2XA 1K2BA 3PBZA 4NJVA 4Y41A 5HU0A 1T6GA 5P1ZA 2G69A 2AOHA 5P1TA 2AOJA 3GGVA 1SIVA 1G6LA 2CENA 4KE1A 5JFUA 2VJ9A 5BWYA 2XFJA 4ACUA 4GJ6A 2P3DA 4EP2A 5P23A 3IXOA 5P58A 4HVPA 4RVJA 7HVPA 3NDTA 1ER8E 3UDQA 5P5SA 3QVCA 5P1IA 1D4KA 2P3CA 2I0AA 5P15A 3LZYA 5BRYA 5OZ5A 1IBQA 3UQXA 1PPKE 3WB5A 4R5NA 4OBKA 5P5IA 5DPZA 1B6KA 1BDLA 4OBHA 5P6UA 2FNTA 3TKGA 4Y3AA 1OD1A 4Y3XA 1EC3A 4Y3EA 4YD4A 5P7FA 5OZKA 4WY1A 4I0EA 3BUHA 4TRZA 1SDTA 2QMFA 4LAPA 4U7QA 1EC2A 4MC2A 4Y36A 3K5CA 1BDQA 4Q1NA 4S1GA 4APRE 2NMYA 1IIQA 3A2OA 1EPPE 4J1IA 1AZ5A 4FCOA 3UFLA 3O9IA 3SA9A 1Z1RA 3VF3A 3Q3TA 3WB4A 2AOEA 1EPME 3HDKA 5P7PA 4DQCA 1G0VA 1ZBGA 5P0WA 1SGZA 3VG1A 4B1EA 4Y5CA 5P7WA 1KZKA 3KT5A 1FIVA 5P1OA 5P33A 5PEPA 4J5JA 3SACA 5P6BA 3CKRA 1ZTZA 3SFCA 1GNNA 3K5FA 2QI6A 1TSQA 1YM4A 4HEGA 5P8LA 2OHQA 5HE5A 2AZBA 4CPUA 3KM4A 5P0OA 5P6PA 2J9KA 3B7VA 3CYXA 5P7OA 1HBVA 4D83A 2AOGA 4K4RA 4M8YA 3R2FA 5P26A 4LXKA 3OADB 1W50A 3TOHA 4RGHA 4Q5MA 1NSOA 5P4WA 4Y3JA 3QI1A 4U8WA 4DJYA 4H3IA 4Y4UA 5OZ9A 5P0ZA 5P2NA 4B05A 4NJUA 3SLZA 1UH8A 2PMAA 1EC0A 5P3IA 2O40A 5P46A 2BKTA 1E82E 1K2CA 1GVVA 4GMIA 5P85A 5P49A 4J1CA 3QN8A 4L1AA 4TVHA 3UDKA 4TRYA 3MWSA 4YD7A 4Y51A 3QBFA 3C9XA 1ENTE 2FLEA 2PSGA 2AOFA 2WJOA 5P0QA 2APRA 1VIKA 1LF4A 2R9BA 2OHTA 1Z8CA 1UPJA 1YTIA 2ZGAA 5P4HA 1K1TA 5OZ3A 1BIMA 4Z4XA 2SAMA 4Y3SA 2R38A 5P6RA 5HCTA 1VIJA 5P4XA 2JJJA 4Y3WA 1BV9A 2XYEA 4H3JA 4LP9A 3OU1A 1W5VA 5P6OA 5P05A 1FG6C 4DV9A 5OZWA 4KUPA 5P4YA 5P4PA 5P7EA 2NTRA 4FRIA 3SA4A 2G21A 4K4PA 2HB3A 2O4NA 5P7DA 4RCFA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4DQE A;  2FDD A;  2I4X A;  3T3C A;  2ZHV A;  5P1W A;  4YOA A;  4I0J A;  4ZSM A;  1NH0 A;  2WEB A;  5P83 A;  4YBF A;  5P3L A;  2R8N A;  3NXN A;  5P5Q A;  5KQZ A;  3O9C A;  3OTS A;  3K1W A;  2G94 A;  2QMP A;  2WEC A;  4GYE A;  4F73 A;  5P5H A;  3UDH A;  5JG1 A;  2G27 A;  4Y5L A;  3KA2 A;  4RCD A;  4I11 A;  5DR7 A;  2R3W A;  5P3R A;  5P6K A;  3EL4 A;  2ZJL A;  5P55 A;  4I0I A;  4Y3N A;  3D91 A;  3EKY A;  4Y50 A;  5P8A A;  4QJ6 A;  2IQG A;  5P57 A;  3Q5H A;  1PSN A;  5P32 A;  3EKV A;  3OTY A;  3TNE A;  5P7I A;  5KQX A;  5P4J A;  5P7U A;  4EHC A;  3OGP A;  3PBD A;  5DR1 A;  1MIQ A;  4Y4D A;  4CPX A;  2I4W A;  4PPH A;  5P4R A;  4Q1Y A;  2O4P A;  3H5B A;  5SY3 A;  4WY6 A;  3QVI A;  1T6E X;  5P8D A;  4Y4W A;  5TOL A;  4AA8 A;  3VYD A;  4ER2 E;  2RKG A;  4Y6M A;  1LS5 A;  6APR E;  2ER0 E;  4CPS A;  5P0N A;  1D4H A;  4FAE A;  1HRN A;  2ER6 E;  3OXV A;  3NDU A;  5OZQ A;  5P4V A;  2B42 A;  1GVX A;  1T3R A;  2AID A;  3BXS A;  5P0S A;  3LZV A;  3SPK A;  3JW2 A;  5P51 A;  5DR3 A;  3NUO A;  3UFN A;  1YG9 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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