3EKVA

Crystal structure of the wild type hiv-1 protease with the inhibitor, amprenavir
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Extreme Entropy-Enthalpy Compensation in a Drug-Resistant Variant of HIV-1 Protease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase
source organism Hiv-1 m:b_arv2/sf2
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2008-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3ekvA00
3VV7A 5P3SA 3LIXA 1YTJA 4BFDA 2Q3KA 1PSNA 4B78A 5P1WA 5OZLA 3NU3A 5P67A 2AIDA 2BKSA 1SMEA 2OHUA 4Z22A 3L38A 4H3JA 4U7VA 4YD5A 5P1TA 5P1SA 4L1AB 1EBKC 1IIQA 1EPME 1XL5A 3URIA 3Q70A 2UY0A 5P2SA 2G20A 5P1RA 5OZHA 2WEZA 1EC1A 5TOLA 5COOA 4I0JA 5OYZA 5P0AA 5OZEA 4YCYA 5OYYA 4I8ZA 4RRSA 2G27A 1IVQA 1EPOE 2QHZA 4D8CA 1HSIA 1NPWA 1FMUA 3PM4A 1DAZC 5P2FA 3PI0A 3G70A 3PBZA 2WJOA 1APTE 3TKGA 3EBZA 3UDJA 5DGWA 2XFKA 3GW5A 3T11A 5P65A 1PPKE 5DQ1A 1LYWB 3TKWA 2JJIA 4Y3XA 4AA8A 1OD1A 3CIDA 2B8VA 4UPJA 2IENA 3GI5A 1QBRA 2AOJA 3L5CA 4MC6A 2BKTA 2P3DA 4L7HA 5DR8A 4Y5PA 5DQ2A 3VYEA 5P0CA 4Y4WA 5P23A 3L58A 5IVSA 1MT7A 5P7SA 3KF0A 5P4ZA 1Z1RA 4R91A 3LNKA 2NNPA 2IDWA 5P55A 5P5KA 5P7WA 3R0YA 3DCRA 3LIQA 5P5DA 2OHLA 1K1TA 3PRSA 5P6VA 1B5FA 1SGZA 1QRPE 1HTEA 1AZ5A 1LF3A 2PK6A 4JPEA 1RV7A 1D4JA 5P5VA 3FKTA 5I70A 4I0DA 4DQHA 4DQBA 5COPA 4EJ8A 5P44A 2IGYA 1T6EX 1B6KA 3NU6A 1YTIA 5P2HA 5P01A 3OU1A 1B6PA 1LYAB 3Q6YA 5P09A 5P68A 1GKTA 2QD6A 5P2TA 5P11A 3SA6A 5P2VA 3BGBA 2VA5A 5P8CA 4FSEA 3VLBA 1ZLFA 5P1JA 1W6IA 2P3AA 4EP3A 5P4QA 4DJYA 4A6BA 4Y3JA 3ZKQA 2NMZA 3KDBA 6FIVA 1K6PA 4Y3QA 5P69A 5P33A 5P3XA 4Y3GA 3A2OA 4R93A 3QVCA 2WF2A 5P4KA 3LZSA 3C9XA 3BUGA 5OZWA 5P56A 5P1PA 5P12A 1APUE 3KFNA 2APRA 1LF2A 5P4DA 2QHCA 3B80A 2I4QA 3UQWA 4RRNA 5P76A 3S7LA 3QBFA 3SA3A 4Y4DA 2PQZA 4Y4AA 5OZ6A 5P4TA 2NPHA 3INHA 3OXCA 1SP5A 1AIDA 1DIFA 1W6HA 3DOXA 5P0VA 4Y4EA 5DR4A 2OHSA 1J71A 3FNTA 3OOZA 1PSAA 3IVIA 4Y5KA 4LP9A 1EPNE 1JLDA 3D3TA 1EBZA 4ZSQA 1NPVA 1T3RA 3OWNA 1A8KA 1K2CA 3NDUA 5P19A 4DUSA 5P6TA 3PWWA 4QGIA 1E82E 5OZDA 1A8GA 1XE5A 5P3NA 3SKGA 3EKWA 5P1KA 1MIQA 5P35A 3IAWA 4YDGA 2G22A 1HRNA 1EPQE 2I4VA 1Z1HA 5P0GA 1ZP8A 3OTYA 4EXGA 5P8KA 4RCDA 2Z4OA 3NUJA 2F80A 2O40A 3DV5A 2HIZA 2ER9E 3D1ZA 4I12A 3ZKGA 4PZWA 5P5ZA 4B70A 4YD3A 4MC9A 4L7GA 1MVPA 4J5JA 4Y9WA 4ACXA 1AM5A 2QAKA 4NKKA 2AOHA 3SAAA 1RNEA 4AMTA 2Z54A 5P79A 2HB3A 3Q4BA 3APPA 4GJ5A 3ECGA 1HHPA 2VKMA 4Y3SA 4Y47A 5OYRA 1G2KA 3UDRA 1FFFC 2QI3A 2ZJHA 3TLHA 2NNKA 5P0XA 3OXXA 1META 5P78A 2AZBA 3KFSA 3KYRA 4ZIPA 1XS7D 2ZJNA 5P14A 1MUIA 1MSMA 1QBTA 5FIVA 5P4CA 4ER1E 1LS5A 2R3TA 4A6CA 4E43A 2F8GA 5P57A 2P3BA 3OUDA 4Y3DA 5KR8A 4L7JA 4EJLA 5HE4A 5AH8A 2PK5A 2HC0A 4FL8A 3KMXA 5I3VA 5P34A 3T7PA 1GVUA 5OZKA 3I2LA 5KQYA 3SLZA 3ZLQA 3S45A 3AIDA 3BVAA 2QU3A 4GZFA 2PH8A 3TOGA 1LYBB 5P4VA 3OY4A 3HAUA 5P18A 5BRYA 2AVQA 5I3XA 1LEEA 4NJUA 3ER5E 4OC6B 3OAGA 2NR6A 4U7QA 5I3YA 1KZKA 2R9BA 1TQFA 5P3QA 5P3OA 3TL9A 4M8XA 5P03A 4YCTA 3NYGA 2G1SA 4A4QA 3EKXA 2QP8A 3LINA 5P2XA 3O9LB 3GGVA 5P08A 4FSLA 1FQ6A 5P6AA 4FAFA 1IVPA 1Q9PA 3M9FA 4J1HA 2OHPA 3T7QA 4I0ZA 1HEFE 2ANLA 3ZL7A 2FS4A 3TNEA 5P48A 2VJ9A 2QMGA 5P5WA 4NPTA 2Q15A 1SH9A 5P05A 4FRKA 2VA7A 3ZKXA 5P7EA 4FRJA 5P8GA 5P6KA 1IZDA 5P8TA 3OXWA 4Y5NA 4ZSPA 2V0ZC 1D4YA 2V11C 5P1CA 2FIVA 3RTMA 5OZ8A 3SPKA 2QMFA 4OBDA 3QROA 5OYVA 3SA9A 5OZ1A 4MC2A 3LZVA 3RTNA 5ER2E 5ENMA 4GJDA 1MESA 4RVXA 5P74A 3GGUA 5P7VA 5P7DA 3ZMGA 5OZJA 2JYSA 3SKFA 5P7UA 4DJUA 5J25A 1YT9A 1W50A 2WEDA 4OBJA 2VIJA 3VFBA 5OYSA 3CKTA 4Z50A 3KDDA 3PEPA 4CPUA 4FIVA 4Q1XA 2O4PA 5P72A 5KQXA 1HEGE 3D20A 4GJ7A 1E5OE 3UQXA 5P8FA 5P1ZA 4EJKA 4J54A 5OZVA 5I3WA 2B7FA 5P5SA 1SBGA 4DQCA 5P6UA 1BDQA 3NXEA 4I11A 4Y3ZA 1LF4A 3MXDA 4OD9A 3DV1A 4WY6A 5P4BA 5P8OA 4ER4E 1G35A 4J1CA 3OU4A 4F74A 5UPJA 5P42A 3VV6A 4K4PA 4DJVA 1IZIA 4XKXA 3SFCA 5P0EA 5P4AA 4CPXA 1VIKA 5OZTA 2SAMA 5P85A 3UDPA 4AUCA 2F3FA 5JFUA 5P6WA 1IZHA 5P2EA 4LAPA 2UPJA 3FNSA 1T6GA 2IGXA 5P1BA 3VSWA 4CPTA 5OZ4A 5P6HA 1EPRE 1NH0A 4Y4JA 5P5EA 2B7ZA 4KB9A 5HE7A 3KFPA 1MEUA 1EC0A 3EXOA 3S85A 3T3CA 4CKUA 5P5XA 5P0PA 5P2JA 5P6OA 2O4KA 3RVIA 1FQ5A 5KQFA 5P22A 5HU1A 2OHRA 4GJ6A 2B8LA 5P3ZA 5P66A 5P2IA 2ZJIA 2PYMA 4DFGA 3FV3A 5P5OA 2ZDZA 4WTUA 2V12C 4N00A 5HDZA 4COEA 4Y3FA 1FFIC 5OZXA 1W5YA 5P04A 3EL5A 1FF0C 4B00A 2HS1A 2VJ7A 3SA4A 3DCKA 1CZIE 5P3EA 4RLDA 5AHBA 4TRYA 5P5LA 2VA6A 3B7VA 5P3VA 5P32A 1W5XA 1MERA 3AUPA 5AHAA 5P7OA 5P0IA 2UXZA 4TVHA 4B1CA 5OZPA 3O99A 4RYCA 1MSNA 2BPVA 4NJVA 3IA9A 1OEXA 3FIVA 3MSJA 3OQFA 3N3IA 3BXRA 1UH8A 3QS1A 4J0VA 2ZHUA 3IGBA 4FRIA 2XFJA 3HW1A 5P1MA 2WF4A 5OYXA 2ER0E 5P36A 4ZPEA 3K1WA 2IS0A 3TPJA 2HAHA 1PPME 4FE6A 5KR0A 2AOIA 2QI6A 5P07A 4B72A 5P2UA 1BDRA 1GVXA 5P3CA 2AODA 1BV7A 4GYEA 1ZPAA 1B6MA 4APEA 1TW7A 4PPHA 3UDQA 5DR0A 1XE6A 1OEWA 3PVKA 5EZZA 5ENKA 2NXDA 1HVIA 3TTPA 5P4HA 4LL3A 2WL0A 3LZUA 5P3YA 2AOGA 1NPAA 3WZ7A 4H3IA 5P3TA 3HZCA 3D1YA 5IVRA 2AOCA 5P71A 2V00A 5P7RA 5P10A 1ME6A 2ZHTA 3N4LA 4U8WA 3LIZA 2A4FA 3KM4A 5JG1A 1DP5A 3UDYA 1TSQA 1TCWA 4D83A 3NU9A 6APRE 3PSUA 3KFRA 5P0JA 1CMSA 5P3KA 5P16A 5P7GA 2OHQA 1AJXA 2AVSA 2BQVA 3UCBA 4Y3NA 5P02A 4Y45A 4ZLSA 3FSMA 4PYVA 4Y58A 4QJ8A 2I0DA 5DPZA 4EPJA 2P8HA 1ENTE 4FM6A 1D4LA 2BB9A 4H3FA 4KE0A 3CYXA 5P6BA 3S43A 1YTGA 1GNMA 1D4HA 1ZSFA 5P8QA 1HVSA 3WZ8A 5P47A 5P25A 3IN3A 3PI5A 3NWXA 2PMAA 4Y5LA 3SACA 5P2QA 1EBWA 4ACUA 4XXSA 4YD4A 5P2AA 1BIMA 1EC2A 5P3AA 4CMSA 4EHCA 5OZRA 5P8PA 1WBMA 3H0BA 5P2CA 3I7EA 3UTLA 1D4KA 5T4SA 3PSYA 1HTRB 3QI1A 1KJ7A 3UDHA 2NTRA 4YA8A 4LXAA 2HPEA 5P3JA 2H6TA 1B5FB 3QP0A 2O4NA 1HBVA 3PWMA 4D88A 5C9DA 4Z2ZA 2FMBA 5P7FA 3S43B 3OU1B 5P6MA 3VEUA 1SDTA 2ZJKA 5OZZA 1EAGA 3IN4A 1C6ZA 3INFA 2O4SA 2FGUA 5P7CA 3DUYA 3IXKA 5P0NA 3OUAA 4HDPA 5DQCA 4Y4TA 1HPXA 3PHVA 3I6OA 3HDKA 4Q5MA 3WB4A 4J17A 1GVVA 4GB2A 1IDBA 3HAWA 5DR1A 2FGVA 3BRAA 1TSUA 4J1EA 3ZKNA 3SQFA 1FGCC 3OTSA 2G1RA 3ZPTA 4Y57A 4Y3MA 4RCEA 4OBZA 3KT5A 1HXWA 5IVTA 4XX3A 4ZSRA 2FDPA 2AOEA 3CKRA 3NXNA 5P1QA 5P39A 5C9FA 5HCTA 1M4HA 5KR2A 5P7IA 1HPVA 2AOFA 4LBTA 2QD8A 4Y37A 1IZEA 2HS2A 3OGPA 5F01A 5P62A 5P6QA 5EZXA 1T7KA 4KE1A 5P1XA 5E5JA 1MTBA 2B60A 2QCIA 3EKVA 1B6JA 5P5PA 4DJWA 2I4DA 5P5IA 3R0WA 4B1EA 5P3GA 3GI4A 1A30A 1BWAA 1GNNA 5P5JA 5HDUA 4X7IA 2PWCA 5P3LA 2J9JA 2OHMA 4PEPA 4QJ7A 4BEKA 3IXJA 4H1EA 2V16C 3G72A 5P5UA 5P3BA 4LXKA 5P5QA 3R2FA 1HVJA 3UQRA 1G0VA 3EL4A 2I4WA 1BV9A 3DJKA 4K4QA 5P70A 3U7SA 3QBHA 5AHCA 3TPLA 3ZPSA 5P5GA 1HIHA 4FS4A 3G6ZA 5P8DA 4NJSA 4Y4BA 3QPJA 4Q1WA 1UH7A 3I25A 4XX4A 5DR7A 1ODYA 3EL1A 1NSOA 4YBFA 5P83A 3JVWA 4I0HA 3GGXA 2G1YA 2NXLA 3OADA 4PHVA 3SM2A 3VYDA 4Y5GA 5P24A 5P8JA 3QN8A 1W5VA 1FQXA 3NR6A 4I0IA 1PPLE 4B05A 1MTRA 2BPWA 2QHYA 2IRZA 2IKOA 4Y5BA 2QNNA 5P4WA 2AQUA 4ZPFA 2P3BB 2P83A 3OUDB 1C70A 5P5TA 1IDAA 3O9AA 1C6XA 1KJ4A 1FMXA 1HOSA 5P6EA 3ZKMA 5P84A 4DI2A 4DPFA 3LIYA 2R5QA 4CPQA 2PSVA 4F75A 3NDXA 1MPPA 1BAIA 1ODXA 2ZYEA 4RVIA 5AH6A 5OZ9A 3OQKA 5P2MA 5OZAA 5P1GA 2R43A 4GMIA 5P27A 3UF3A 3PWRA 5P8SA 3ZOVA 3OAGB 3ZKIA 3PSGA 3PBDA 2QI5A 5P1IA 2PH6A 3HBOA 5P0DA 5KAOA 5OZMA 5OZ0A 3OADB 5P86A 4FM8A 5P28A 3UFNA 2ASIA 5P41A 3OUBA 4J1KA 2Q11A 3OOTA 2J9KA 2CEJA 3VG1A 2NXMA 3L5BA 2QI0A 3EKYA 1HIIA 5P0LA 2R3WA 4DQEA 5P5CA 1YX9A 3NUOA 5P6FA 4IVSA 5DGUA 3O9EA 5P60A 5P1VA 5P3UA 3H5BA 1E81E 2QZLA 5KOQA 4H3GA 5P40A 5P0QA 3EM6A 5P8UA 4OBHA 4JOOA 1AXAA 1OHRA 5P0WA 2RSPA 3UQUA 5P26A 1K2BA 5P4GA 4GIDA 3S8IA 4JECA 5P0OA 5P52A 2F81A 4Y35A 1BILA 1HVKA 1QBUA 2ZGAA 2G94A 2VIYA 3PLDA 5ISKA 3D91A 1RL8A 4I0FA 5P0YA 1WBKA 2OHTA 3K5DA 3UDNA 5OZ2A 3WZ6A 4HDBA 1TCXA 2AZ9A 2JE4A 1HPOA 5OYUA 3RTHA 3OQ7A 5P5RA 5P7TA 4Y3AA 4Z4XA 5P1YA 1D4SA 5AH7A 5OYWA 3HVPA 4CP7A 4Y3LA 4OD9B 1B11A 4Y39A 5JFPA 3OU4B 2QNQA 3PCWA 2RMPA 3TH9A 1MRWA 3JVYA 2XYEA 5P7NA 3O9FA 1YG9A 5ER1E 5P6YA 2ZJMA 3QRVA 5P6LA 4HA5A 5JODA 4CPSA 3SO9A 5P6PA 4L1AA 5P3MA 4Y36A 3DM6A 4HVPA 4DJPA 4Y43A 2RKGA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3VV7 A;  5P3S A;  3LIX A;  1YTJ A;  4BFD A;  2Q3K A;  1PSN A;  4B78 A;  5P1W A;  5OZL A;  3NU3 A;  5P67 A;  2AID A;  2BKS A;  1SME A;  2OHU A;  4Z22 A;  3L38 A;  4H3J A;  4U7V A;  4YD5 A;  5P1T A;  5P1S A;  4L1A B;  1EBK C;  1IIQ A;  1EPM E;  1XL5 A;  3URI A;  3Q70 A;  2UY0 A;  5P2S A;  2G20 A;  5P1R A;  5OZH A;  2WEZ A;  1EC1 A;  5TOL A;  5COO A;  4I0J A;  5OYZ A;  5P0A A;  5OZE A;  4YCY A;  5OYY A;  4I8Z A;  4RRS A;  2G27 A;  1IVQ A;  1EPO E;  2QHZ A;  4D8C A;  1HSI A;  1NPW A;  1FMU A;  3PM4 A;  1DAZ C;  5P2F A;  3PI0 A;  3G70 A;  3PBZ A;  2WJO A;  1APT E;  3TKG A;  3EBZ A;  3UDJ A;  5DGW A;  2XFK A;  3GW5 A;  3T11 A;  5P65 A;  1PPK E;  5DQ1 A;  1LYW B;  3TKW A;  2JJI A;  4Y3X A;  4AA8 A;  1OD1 A;  3CID A;  2B8V A;  4UPJ A;  2IEN A;  3GI5 A;  1QBR A;  2AOJ A;  3L5C A;  4MC6 A;  2BKT A;  2P3D A;  4L7H A;  5DR8 A;  4Y5P A;  5DQ2 A;  3VYE A;  5P0C A;  4Y4W A;  5P23 A;  3L58 A;  5IVS A;  1MT7 A;  5P7S A;  3KF0 A;  5P4Z A;  1Z1R A;  4R91 A;  3LNK A;  2NNP A;  2IDW A;  5P55 A;  5P5K A;  5P7W A;  3R0Y A;  3DCR A;  3LIQ A;  5P5D A;  2OHL A;  1K1T A;  3PRS A;  5P6V A;  1B5F A;  1SGZ A;  1QRP E;  1HTE A;  1AZ5 A;  1LF3 A;  2PK6 A;  4JPE A;  1RV7 A;  1D4J A;  5P5V A;  3FKT A;  5I70 A;  4I0D A;  4DQH A;  4DQB A;  5COP A;  4EJ8 A;  5P44 A;  2IGY A;  1T6E X;  1B6K A;  3NU6 A;  1YTI A;  5P2H A;  5P01 A;  3OU1 A;  1B6P A;  1LYA B;  3Q6Y A;  5P09 A;  5P68 A;  1GKT A;  2QD6 A;  5P2T A;  5P11 A;  3SA6 A;  5P2V A;  3BGB A;  2VA5 A;  5P8C A;  4FSE A;  3VLB A;  1ZLF A;  5P1J A;  1W6I A;  2P3A A;  4EP3 A;  5P4Q A;  4DJY A;  4A6B A;  4Y3J A;  3ZKQ A;  2NMZ A;  3KDB A;  6FIV A;  1K6P A;  4Y3Q A;  5P69 A;  5P33 A;  5P3X A;  4Y3G A;  3A2O A;  4R93 A;  3QVC A;  2WF2 A;  5P4K A;  3LZS A;  3C9X A;  3BUG A;  5OZW A;  5P56 A;  5P1P A;  5P12 A;  1APU E;  3KFN A;  2APR A;  1LF2 A;  5P4D A;  2QHC A;  3B80 A;  2I4Q A;  3UQW A;  4RRN A;  5P76 A;  3S7L A;  3QBF A;  3SA3 A;  4Y4D A;  2PQZ A;  4Y4A A;  5OZ6 A;  5P4T A;  2NPH A;  3INH A;  3OXC A;  1SP5 A;  1AID A;  1DIF A;  1W6H A;  3DOX A;  5P0V A;  4Y4E A;  5DR4 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3VF3 A;  3RSX A;  2VJ6 A;  1QS8 A;  2QZX A;  5IS4 A;  5P7L A;  5P2B A;  5P45 A;  1ER8 E;  2HB4 A;  4S1G A;  2ER7 E;  3KN0 A;  2QK5 A;  7HVP A;  3SA5 A;  3OU3 A;  5P77 A;  2REN A;  5B18 A;  5P0F A;  4LXM A;  5P1A A;  4OBG A;  1ZBG A;  1TZS A;  4Y4U A;  5OZC A;  2WKZ A;  1FQ8 A;  5P1H A;  2V10 C;  4QJA A;  5P7M A;  5P7X A;  3KA2 A;  5HDV A;  5P2D A;  1FEJ C;  5KOS A;  5P20 A;  5CLM A;  3O9D A;  4TRZ A;  5P2O A;  1XN2 A;  1ZAP A;  4Y4X A;  3BUH A;  5P49 A;  1HSH A;  4HZT A;  3R4B A;  2RKF A;  5P4N A;  3FX5 A;  2AZC A;  5P53 A;  2FXE A;  4DV9 A;  4QJ6 A;  3L59 A;  1BWB A;  4RZ1 A;  1F34 A;  3BGC A;  3BUF A;  4QLH A;  5OZ5 A;  1SGU A;  4JP9 A;  2G69 A;  3PCZ A;  4Y3E A;  5P5F A;  1BDL A;  5OZY A;  5P3H A;  3ZPU A;  1GVW A;  3O9C A;  1FKN A;  3TOF A;  5P4M A;  5P6D A;  5P64 A;  3MXE A;  2V13 A;  3K5F A;  3URJ A;  4QJ2 A;  4J0Z A;  5P38 A;  1QBS A;  2F3E A;  5P58 A;  1A94 A;  5P8I A;  2VNN A;  4Y5A A;  5P43 A;  2WEA A;  2NMY A;  5P3I A;  5P0U A;  3MSK A;  3OXV A;  1D4I A;  3TPR A;  4Y4G A;  2ZHV A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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