3EKXA

Crystal structure of the wild-type hiv-1 protease with the inhibitor, nelfinavir
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Extreme Entropy-Enthalpy Compensation in a Drug-Resistant Variant of HIV-1 Protease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase
source organism Hiv-1 m:b_arv2/sf2
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2008-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3ekxA00
2HPFA 5P5FA 5P0EA 4J1IA 1MT8A 4Y3YA 5P5JA 2P3BA 3LPIA 5P36A 1TSQA 3CIDA 5DR4A 1YG9A 3OOTA 5P41A 2ZJNA 4FRIA 5OZKA 3UDYA 1IZHA 4NKKA 4FSEA 3HW1A 4QGIA 4ZSMA 4B1CA 1FQXA 5P8DA 2HS2A 5P0DA 2I4XA 5P8HA 2RSPA 5P2VA 5OZQA 4BFBA 3LNKA 2PH6A 1APVE 2QI0A 5P77A 3KDDA 1T7KA 1APTE 1PPKE 4EP3A 4RZ1A 5ISJA 5P3EA 1YTHA 1XDHA 1A8KA 1NSOA 5P40A 3PSGA 5P54A 2FGVA 3NU4A 3VFBA 5P6RA 5DPZA 3NSHA 5P2SA 2ASIA 1BIMA 4J1KA 5P7DA 3B7VA 4F74A 4K4RA 4EHCA 2H6TA 4LXMA 1K2BA 3T3CA 5OZ3A 2IQGA 1HOSA 4NJSA 3U7SA 4I0DA 2Q3KA 1YTIA 3CICA 3S2OA 5P3NA 4I10A 5KR2A 5P5RA 4H1EA 4CPTA 4Q1YA 4Y3PA 5P8VA 2ER9E 5P7VA 2ZJHA 5JG1A 3R2FA 5P46A 4Y4EA 5P6QA 2RENA 1GKTA 2SAMA 3TPPA 2PWCA 2IENA 2G69A 3UFNA 3QIHA 4HE9A 3S7LA 3PCZA 5P0YA 5P4OA 2PSGA 4GJ7A 1W5YA 5P4BA 5J25A 4DJQA 2P4JA 1W51A 4APEA 2NMYA 3EKYA 3H0BA 5OYZA 5P01A 5P5CA 4D88A 3PM4A 2AOCA 5P5LA 4R8YA 2NR6A 3LIVA 5OZ5A 2P3CA 5C9DA 5P4KA 4FM8A 4K4PA 1B5FA 4JP9A 5HDVA 5P1CA 3VCMA 3ZPTA 2Z4OA 3ER3E 5P3HA 4ZSRA 5P4DA 3O9LA 1HSGA 5P7IA 5P63A 5SZ9A 4ZSPA 1GVVA 5JFPA 5IVSA 3QRSA 4NJUA 2WHHA 5EZZA 3LZVA 1T6GA 2NXDA 2V10C 5HCOA 5DR0A 2ZJIA 1IVPA 3VV7A 3NXEA 3FNUA 2ZJLA 3PBZA 5EZXA 4DFGA 3S45A 5I3VA 2QI1A 4J1FA 5P86A 4FRSA 1B11A 3M9FA 5P04A 5P64A 1HSHA 4Y4DA 3TKWA 1HXBA 2AVQA 4XX3A 3JVWA 1UH8A 5P1TA 4YD3A 3OY4A 5P03A 2UXZA 4Y3JA 5AH6A 5P29A 5P2KA 1BV9A 3UDHA 3DCKA 5P6LA 1K6TA 3NDTA 5P5WA 5P6HA 1FFIC 4J1CA 2OHQA 4QJ6A 3ZLQA 3KDCA 4LL3A 1W50A 4LAPA 4Y51A 5OZWA 3KT2A 1G2KA 3SKGA 2Q54A 5P7MA 1HVKA 4OBJA 1SDUA 5KR8A 2O4SA 5HCTA 5P72A 5P78A 4EQ0A 5P2YA 5P0NA 3OU4A 2V13A 2IGYA 4RRSA 4CPWA 4Y3LA 1MRXA 4GJ5A 5P5DA 1ODXA 1DIFA 3IN3A 5FIVA 1IBQA 2AVMA 2ZJMA 1XL2A 5P6OA 5OYRA 3C9XA 3I7EA 4M8XA 1B6MA 5P38A 3S56A 4Y3TA 4DJUA 1MTBA 3UF3A 1LYBA 1BVGA 3OXCA 2V00A 3UDMA 5COPA 3VLAA 4GJDA 3L38A 2B8LA 3SPKA 1TZSA 4PZXA 5P4YA 3IXKA 1AJXA 2NPHA 1MVPA 2I4VA 4E43A 4S1GA 3GGAA 3OHFA 5HDXA 1SGUA 5P1LA 5P0FA 1GVXA 2QZLA 3CKTA 2VIEA 1K2CA 1KJHA 2VJ7A 4OBFA 3O99A 1EC2A 2FXEA 4YE3A 5P0XA 5P1ZA 1A9MA 3PSYA 5DR3A 5P0VA 3TLHA 5P2NA 2VA7A 3UQXA 4QJ2A 5P6IA 3PEPA 5P4GA 5P2MA 5P2XA 4DVFA 1K1UA 4KB9A 5P2RA 5P4WA 4JPEA 4HDFA 2VA6A 4FM7A 3AIDA 2QHYA 4XX4A 4ACUA 5P8MA 1K1TA 5P7WA 2I4WA 1LYAB 3UQWA 1XL5A 5P5XA 3SAAA 4IVTA 1HTEA 3KA2A 4TRZA 4Q1XA 4FGXA 2QNPA 2G21A 5P0PA 3UQPA 5P2WA 3R0YA 3GI5A 2IL2A 5P87A 3QI1A 5P7GA 1EBZA 3EKPA 5P2TA 5P2ZA 2PC0A 5OZ9A 5P15A 5P44A 5P2IA 2QI4A 3IVHA 2AVOA 1FEJC 1QBUA 3L59A 4GYEA 1HPVA 5P60A 1YM2A 5P8AA 1T6EX 5P1PA 1FMUA 5P7QA 5P0GA 3D91A 3S43B 4L1AB 5P8BA 4Y3RA 2BKTA 4Y50A 5P0IA 4Y3AA 3ZOVA 5P6MA 5OZCA 4A6BA 1FG8C 3QRMA 1MPPA 1MSNA 1RPIA 2RKFA 3OU1B 4K9HA 5P7JA 3L5CA 3TTPA 4DJXA 1LEEA 5P1DA 2FDDA 3NDXA 5DGUA 5P8QA 2VIZA 2Z54A 5C9FA 5P74A 2PK6A 1E80E 5KAOA 1FIVA 2XFKA 3URJA 3QS1A 4Y3MA 3VG1A 1Z1RA 2I0DA 4ZE6A 5P1KA 2ZGAA 2OHPA 4FSLA 1GVTA 5DQ2A 3O9FA 2VIYA 1YT9A 2B60A 2WEDA 4MC9A 1BDLA 3PLLA 3TKGA 5P11A 2WJOA 5P3JA 5P2FA 3T6IA 4EXGA 2FNTA 5P34A 2V11C 1M0BA 4WTUA 3ZL7A 5OZZA 5KQZA 3DUYA 3T7XA 2R3TA 3CMSA 4YD4A 3UHLA 2QD7A 3QAAA 1B6LA 6UPJA 5P1RA 5P51A 2CEMA 2G1YA 1MT9A 4X2LA 3DJKA 4L7JA 4Y3EA 3SA5A 2AOGA 1W5WA 5P13A 1AXAA 2F3EA 4YCTA 5P2BA 5P8SA 3WB4A 3GW5A 4PPHA 3G72A 1GNNA 3DCRA 5P5ZA 4F76A 4Y5MA 3SFCA 2OHNA 3K1WA 3BXRA 5P2GA 2WECA 4ER4E 2G1SA 4Y47A 1SDTA 1RV7A 3OUAA 3UQUA 5P3UA 5DQ1A 2EWYA 3K5DA 1XN2A 1QDMA 3QRVA 2V16C 5APRE 3AUPA 4DQBA 5HDZA 1QBRA 3UFLA 3BVBA 2PQZA 4YOAA 1RL8A 1T7JA 3RTHA 1GNMA 3SM2A 1W5VA 3SABA 3VV6A 1EPQE 2WKZA 2ZHRA 4NPUA 5P35A 3FNTA 3SM1A 2B42A 4AUCA 3ZKGA 5KOQA 4Y5AA 4FM6A 3SA6A 1IIQA 3OTYA 1FGCC 4DQGA 3LZYA 3ZKQA 5P1BA 1SMEA 1SP5A 3Q70A 3NLSA 4Y4TA 1F7AA 2AODA 2P83A 2QMPA 3QPJA 5SY2A 2BPYA 3KFNA 3N4LA 5P1HA 1C6ZA 1SH9A 5P17A 3OADA 5OZRA 5P5TA 5HVPA 2NNKA 3OAGA 3MWSA 4Y3GA 2OHLA 4Y37A 1C70A 5P7LA 4OBKA 5P5UA 5P0WA 1E82E 1APWE 3ER5E 3OQKA 4J0TA 3S53A 2NXLA 3OHHA 9HVPA 3IGBA 3UPJA 4B1DA 3T7PA 1UH9A 1D4YA 4YHQA 3A2OA 1HVSA 2OHUA 5P7RA 5P2HA 4I0HA 5P6UA 4Y5NA 3WSJA 5P23A 4AA9A 3PBDA 4EPJA 2BPXA 4H3GA 3O9CA 5P49A 5OZHA 5P4IA 4RYCA 3EKTA 4EJLA 3IVIA 2OHMA 3OXXA 5IVRA 3VYEA 1LF4A 5P79A 3R1GB 5P5MA 3BGBA 4GMIA 1LS5A 4ZSQA 4FLGA 3L5FA 2FS4A 3OU3A 1BDRA 4R91A 2ZDZA 2B7FA 4APRE 1NPAA 3BRAA 4J0PA 4Y36A 1E81E 1KJFA 3ZPUA 4Q1WA 3FIVA 5P1NA 5DR1A 5OYTA 3EKWA 5P68A 5IE1A 4OC6A 3LPJA 3UDJA 4L7GA 5P65A 1MUIA 4CKUA 2VS2A 3CYXA 5P8IA 3VUCA 1EPLE 2CEJA 5P2CA 5P4HA 5P4SA 4K4QA 5P6SA 1FMXA 4MC2A 2BQVA 3TOGA 3N3IA 3LIQA 5KQFA 5P08A 4GB2A 3INHA 2HAHA 3KN0A 3OGQA 3CKRA 4CP7A 4Y41A 1GVWA 5AH9A 4OBDA 5P00A 4EQJA 5HE5A 4Y6MA 2ER6E 3NUJA 4OBZB 2WF3A 3F9QA 5P05A 2QAKA 4Y9WA 5P3YA 5DQ4A 5P58A 4DQFA 3OUBA 3EL4A 4QJ7A 1EPRE 2O40A 1SIPA 4Y3SA 4L6BA 1FQ8A 5P4VA 5B18A 2QI7A 5P3VA 2R9BA 1APUE 5P8OA 5HU0A 2AVVA 1HSIA 2VA5A 2QZKA 4ZPEA 5OYUA 2OF0A 3BXSA 3S43A 2PSVA 3HBOA 1ZAPA 1LYWA 5DR7A 5P4QA 5P5EA 1HTGA 4FRKA 4Q5MA 5OZ1A 3QVCA 3NWXA 3PMUA 4XXSA 3EKXA 3MXDA 1B6JA 5P14A 1K6VA 2QHZA 3PWWA 5P3XA 4Y5BA 3EM3A 5C9BA 4GJ8A 5OZFA 1A94A 2NXMA 4I0FA 5P3OA 5JFUA 1MEUA 4L7HA 2WEAA 5P7CA 1N49A 5P6YA 5P3AA 5P8RA 3SA8A 2FDEA 1EPNE 5OZ7A 5P32A 5P3LA 4UPJA 4LC7A 5P4RA 5P7NA 3HVGA 5P7AA 4R92A 4XKXA 5P31A 1Q9PA 1BVEA 4FE6A 1DAZC 6APRE 5P27A 3MXEA 2I1AA 3VSXA 2OHTA 2J9JB 1IZEA 3DV1A 1HEGE 1AVFA 2UY0A 5P1JA 5P0UA 1ER8E 3SACA 5HU1A 3SA3A 2OHSA 5P7HA 4GZFA 3JW2A 1PSAA 3O9GA 2WF0A 1IDAA 1SMRA 3TH9A 5P0QA 3QBFA 1ZP8A 1FFFC 1HWRA 1D4JA 3ST5A 4QJAA 3PJ6A 2G26A 5OYVA 1T7IA 4DJOA 3O9DA 2JJJA 3RSXA 4RGHA 1OHRA 4EP2A 3PHVA 4YA8A 2UPJA 2WF4A 1FQ6A 5P1EA 3BVAA 4GJCA 2V12C 5P25A 2Q15A 2ZJKA 2QI5A 3UQRA 1HPOA 4PZWA 1K6CA 1GVUA 1NPVA 2PYNA 3OGPA 4LHHA 2QK5A 5P0BA 5P7OA 1BWBA 1HVIA 4QLHA 4R95A 4Y4JA 1ODWA 4OBHA 4B70A 3K4VC 1LF2A 4Y3QA 3RTNA 3HDKA 5P19A 1HVJA 1FQ4A 5P70A 1MTRA 5P8CA 3SA9A 5P3DA 1IZDA 1HPSA 2JE4A 3I2LA 4JOOA 3IAWA 4RCEA 3R0WA 5P0AA 2QCIA 5P53A 3Q5HA 4H3IA 5P4ZA 1FQ7A 1QRPE 3DOXA 4A4QA 1JLDA 4HEGA 3GGVA 4DPFA 4EJ8A 3LIYA 3NUOA 2FXDA 4N00A 2FNSA 1PPLE 1HEFE 3FV3A 5P2UA 4KUPA 5OYSA 2P3BB 5P02A 2VNMA 1QBTA 3LZSA 1ZBGA 4Y3DA 4MC6A 3G70A 5P7PA 5P3GA 1IVQA 5P8GA 1YM4A 5OZXA 5P28A 4DJYA 5P0CA 4DJPA 1WBKA 2I0AA 4OD9A 5OZMA 5CONA 2A4FA 3NU6A 3APPA 4QJ9A 4TVGA 3VFAA 2H6SA 5CLMA 1AIDA 1C6XA 3PRSA 1OEXA 5P3PA 2VJ6A 2PWRA 5P26A 2AOJA 5P6AA 2NNPA 4RRNA 2HS1A 2QNQA 3PB5A 2WEZA 1ZSRA 2QNNA 2IEOA 7HVPA 4Y3FA 5P3MA 3VF7A 5P4FA 3PCWA 1HVRA 5OZ6A 1MT7A 3IA9A 1AZ5A 1NPWA 2HPEA 5P8KA 4Y58A 1MIQA 5P5QA 3SA7A 2ZHVA 4ZPFA 5P09A 3RTMA 3ECGA 4DUSA 4CPRA 5I70A 4J54A 5AHAA 3LPKA 3PI5A 4Y54A 5P0KA 4M8YA 5P1FA 4YCYA 3K4VA 2QD8A 4Q1NA 4D83A 4KE1A 1AM5A 2G1RA 5I3YA 3UDKA 1W5XA 2G1OA 2BB9A 2HM1A 1YX9A 4GJ6A 5P8LA 3KYRA 3WZ7A 4OBZA 1B5FB 4CMSA 3LZUA 1WBMA 3HZCA 3OQDA 5E5JA 2QU3A 3EC0A 1QS8A 4J55A 5P6WA 4HVPA 2PMAA 4I0JA 3O9LB 2NMZA 1EPPE 1HVHA 5DGWA 4YD5A 4JPCA 5P30A 5P84A 3UDNA 5P62A 5P57A 4Y44A 2I4QA 4YD7A 3OUCA 3LITA 3URLA 3QN8A 5IVTA 3DK1A 4BEKA 5ER2E 1KZKA 2VNNA 2I4UA 5P73A 3MSLA 1A30A 2QMDA 5P2QA 3EMYA 5P1MA 4J5JA 3D3TA 4I0GA 2B7ZA 4NPTA 5P5GA 4EJDA 2R43A 4HDBA 5COKA 5P1YA 1SBGA 1LZQA 1LF3A 4U7QA 1BWAA 5AH7A 4DJWA 3OQFA 4YDFA 3VV8A 4F75A 3TNEA 2Q63A 3BUFA 4Y39A 5OZJA 4PYVA 5P5PA 5P66A 1HBVA 1MSMA 2OAHA 4F73A 5P47A 5ENKA 4J0VA 3UDQA 4J0ZA 3INDA 5UPJA 2F81A 4Y38A 2Q5KA 1KJGA 5P2OA 5P07A 3EKQA 1HIVA 1CZIE 2O4KA 3PWRA 3OU4B 4D89A 3EBZA 4TVHA 5OZDA 3TOHA 4ZPGA 1XE5A 4GJ9A 3HAWA 1EPOE 3IXOA 5P3BA 2IKOA 1FMBA 5P6KA 4Y5LA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2HPF A;  5P5F A;  5P0E A;  4J1I A;  1MT8 A;  4Y3Y A;  5P5J A;  2P3B A;  3LPI A;  5P36 A;  1TSQ A;  3CID A;  5DR4 A;  1YG9 A;  3OOT A;  5P41 A;  2ZJN A;  4FRI A;  5OZK A;  3UDY A;  1IZH A;  4NKK A;  4FSE A;  3HW1 A;  4QGI A;  4ZSM A;  4B1C A;  1FQX A;  5P8D A;  2HS2 A;  5P0D A;  2I4X A;  5P8H A;  2RSP A;  5P2V A;  5OZQ A;  4BFB A;  3LNK A;  2PH6 A;  1APV E;  2QI0 A;  5P77 A;  3KDD A;  1T7K A;  1APT E;  1PPK E;  4EP3 A;  4RZ1 A;  5ISJ A;  5P3E A;  1YTH A;  1XDH A;  1A8K A;  1NSO A;  5P40 A;  3PSG A;  5P54 A;  2FGV A;  3NU4 A;  3VFB A;  5P6R A;  5DPZ A;  3NSH A;  5P2S A;  2ASI A;  1BIM A;  4J1K A;  5P7D A;  3B7V A;  4F74 A;  4K4R A;  4EHC A;  2H6T A;  4LXM A;  1K2B A;  3T3C A;  5OZ3 A;  2IQG A;  1HOS A;  4NJS A;  3U7S A;  4I0D A;  2Q3K A;  1YTI A;  3CIC A;  3S2O A;  5P3N A;  4I10 A;  5KR2 A;  5P5R A;  4H1E A;  4CPT A;  4Q1Y A;  4Y3P A;  5P8V A;  2ER9 E;  5P7V A;  2ZJH A;  5JG1 A;  3R2F A;  5P46 A;  4Y4E A;  5P6Q A;  2REN A;  1GKT A;  2SAM A;  3TPP A;  2PWC A;  2IEN A;  2G69 A;  3UFN A;  3QIH A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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