3EKXA

Crystal structure of the wild-type hiv-1 protease with the inhibitor, nelfinavir
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Extreme Entropy-Enthalpy Compensation in a Drug-Resistant Variant of HIV-1 Protease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase
source organism Hiv-1 m:b_arv2/sf2
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2008-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3ekxA00
2ZDZA 2I4VA 1Z8CA 1PROA 3I2LA 2P3AA 2AIDA 4APEA 4UPJA 3VLAA 3KFRA 1EBWA 4DJOA 4PZXA 4YD7A 3UDJA 5CONA 1E81E 3DCRA 5P56A 1APVE 2FMBA 2F3KA 5P5GA 3FV3A 4DV9A 2JJIA 5P5TA 5HTZA 4TVGA 2WHHA 5F01A 2WEZA 5P1GA 5P06A 2FDDA 4BFBA 3ZOVA 2OHPA 1ZJ7A 4J1EA 1BV7A 3TLHA 1FB7A 3U6AA 5P7QA 4FL8A 4JP9A 4RROA 1F7AA 1ZP8A 3IXOA 5P00A 4DH6A 5P4HA 1GNOA 3TTPA 1MRXA 3SA3A 3ZKMA 5P7NA 2QP8A 2WF0A 1MPPA 4Y51A 2ZHRA 3M9FA 3U71A 4Y3YA 2ZJNA 5P4TA 3NWXA 5OZLA 1T3RA 4FRSA 3PI0A 3UDNA 4J0ZA 2QI4A 5HDVA 5KAOA 4FCOA 5P53A 2PWCA 2V00A 1YTGA 4OBDA 1K6VA 4YCKA 5DR4A 5KQZA 2PYNA 5P2KA 5P1FA 4DJRA 1KJGA 3DUYA 2NNKA 5OZ3A 4A6BA 1LS5A 3NR6A 3O9AA 1BIMA 3TL9A 4WY1A 2FNTA 1LV1A 3OTYA 5P8GA 1XL5A 3Q4BA 4FLGA 5OZ0A 5P33A 4Y3LA 5FIVA 2VIZA 4QGIA 5OZAA 3CMSA 5BRYA 1VIKA 3B7VA 1IVPA 5P1VA 2AOHA 5C9BA 5IE1A 5P8QA 5HDZA 2ER6E 4Y3SA 5P89A 3S53A 4Y3GA 4Y5PA 3PGIA 2VNNA 4R91A 5P8JA 1LYBA 2F3EA 4YOBA 4RVIA 2VIEA 2OAHA 2EWYA 2WECA 3EBZA 5P4GA 5P85A 3OAGA 4JECA 3VCMA 3EXOA 1XL2A 2BBBA 5P6GA 2Q15A 3PVKA 5P28A 5OZ1A 2VA7A 3OADA 4QJ2A 5P6RA 1XE6A 4GMIA 3OADB 5P74A 7UPJA 5P4LA 2F81A 5COOA 2HM1A 3EL0A 1ODXA 4Y41A 5I3YA 1K2CA 1PPLE 2Q54A 3WZ8A 3UQXA 1W6IA 4LL3A 4DUSA 4CP7A 5P43A 3KFPA 2SAMA 1ZTZA 3ZKSA 4RYGA 3UQRA 3L5EA 4H1EA 3OY4A 3FIVA 5OZUA 2R5PA 4NJTA 4DJVA 5P1TA 5P7DA 2QNQA 1XS7D 2IKOA 1D4HA 4ZE6A 4Y6MA 4FS4A 4DQFA 4EQJA 5P3RA 5P0HA 5P7GA 3T7QA 1W5VA 1HEFE 4Y54A 1PSAA 3LIYA 2G1OA 2G1RA 5P5WA 5KR8A 1A9MA 5P47A 3O9EA 5HU1A 5P1MA 1FLHA 1LYWA 1FF0C 4YCTA 3EC0A 2FNSA 1LYWB 5P5ZA 4RCFA 2OHKA 2V13A 5ENKA 5P54A 4KB9A 4YBFA 1B6KA 4XX4A 4Y4EA 2OHLA 3SKGA 2PH6A 4NPTA 4R93A 2G69A 1FFIC 4I0ZA 1K6CA 2QMGA 4NJUA 5P6TA 2UPJA 2HIZA 2P8HA 4GJ5A 1TSUA 5AH8A 3URLA 5P2JA 2AVQA 6FIVA 1HVCA 3QRMA 4L7JA 3ZKGA 3S45A 4Q5MA 1BBSA 1FMXA 3KN0A 5P1YA 3HAWA 2G27A 5SZ9A 4CPRA 1OD1A 3SM2A 3O9CA 3GGAA 1JLDA 4QJ8A 1C6YA 4D89A 5P2VA 1FG8C 1PSOE 3NXEA 5P7UA 5SXNA 3PCWA 2G1YA 5P5VA 5P45A 3H5BA 1BVEA 5SY2A 5P0ZA 5OYRA 3S85A 5HU0A 2QHZA 2J9KA 3KT2A 4H3GA 4NPUA 4Y39A 4Q1XA 1GKTA 5P09A 2V10C 5P4NA 2UY0A 1D4IA 5P1PA 2WF4A 1N49A 1KJ4A 5SY3A 3BVAA 3OUCA 5P13A 1D4JA 4R8YA 5OZ2A 4FGXA 2G22A 1AZ5A 3OTSA 3S7MA 5P2SA 4Y5CA 5P64A 3OUBA 5P4IA 2I4DA 1HPXA 5ENMA 5P82A 4FM7A 2NMYA 4Y3JA 1CZIE 4HZTA 5BWYA 2QI7A 5P1SA 3OQAA 2OHTA 4YD5A 1CPIA 2PQZA 3L3AA 4DVFA 5P6ZA 1SMRA 3S54A 1OEWA 2WF1A 1FFFC 1MTBA 3LZSA 4ZEAA 1QBUA 3L5FA 1HVSA 4I1CA 1HVRA 1ZSFA 2AZ9A 3PSUA 4AZYA 5AHAA 5P3JA 4J54A 2NR6A 3UDHA 5P5QA 5P7RA 1EEDP 5P5FA 1BDRA 1MVPA 4BELA 3INDA 1B6PA 3R4BA 4YDGA 5P35A 1QBRA 4FM8A 1YX9A 3MSJA 2AZBA 4Y3PA 5P1XA 3T6IA 4HLAA 3OU1B 3TKGA 3O9BA 3FNTA 5AHBA 5P19A 3OU3A 4R95A 4RVXA 2QZXA 4GB2A 5P3XA 2I4UA 5P8EA 4PZWA 3VLBA 3G70A 4HE9A 4L7HA 4Y56A 1MT9A 5OZXA 3PBZA 1W51A 5KQFA 3IXJA 1DAZC 3JVWA 3IN3A 5OYTA 5APRE 5P2RA 5OZ5A 2G24A 3RU1A 3SPKA 2Z4OA 5P22A 5P5OA 3INHA 3PMUA 1SIPA 5P58A 5P29A 2QI6A 5P7SA 4Z22A 1B5FA 5P4MA 4TRZA 3SA4A 2QD7A 1DPJA 3OQFA 3QN8A 4DJPA 5P5CA 3FKTA 5P23A 3L58A 5P6PA 2QNPA 3VF5A 5DQ4A 4GJBA 3GI5A 2QZWA 2BJUA 4DPFA 1APWE 5P4UA 5P16A 3O99A 4GZFA 5P77A 5C9FA 4L1AA 2BQVA 1G2KA 3BXRA 2QAKA 1APTE 2G20A 2BKSA 2V11C 4ZPEA 5P41A 2HS1A 4Y3WA 1BWAA 4DJWA 5P6NA 5DGWA 1D4YA 4JPEA 3VV7A 3DM6A 2QZKA 2R5QA 1TSQA 5OZDA 3QS1A 1LF4A 3PHVA 1E80E 3SAAA 2ANLA 3TH9A 2Z54A 5HE4A 5AGZA 5F00A 3SA9A 5HVPA 1LYAA 5OZ9A 1E82E 4OD9A 4F74A 4GJAA 4IVTA 3KM4A 4N00A 5P25A 2ZHTA 1PSNA 4GYEA 3D91A 3UQWA 4FSLA 3SO9A 3PRSA 3UDMA 1D4LA 4Z4XA 4DJQA 5P3VA 1EC1A 3R0YA 4ZLSA 5P6FA 5P8UA 3TPPA 4EWOA 5P7TA 4Y3TA 5P73A 1LZQA 4J0PA 1G0VA 5P2AA 5P4XA 2H6TA 1FQ6A 2QI3A 3BGBA 4Y3MA 4I0FA 2P3BA 3K5DA 2VJ9A 4CPTA 2P3BB 3NSHA 1HTEA 4EHCA 5P0AA 4H3JA 5P39A 1MT7A 1EC3A 3VEUA 1DW6C 3T11A 5E5JA 5P0GA 5P1WA 5P4RA 3O9DA 2VS2A 1HTRB 2Q55A 3WB4A 5P5DA 3VV6A 2MIPA 4FIVA 5P0QA 2ER9E 3KDDA 5P5LA 3OOZA 3QRSA 5P0UA 2R43A 5P70A 3QROA 4NJVA 4I12A 3R1GB 4Y37A 3GGVA 4EPJA 4B78A 3URJA 4CKUA 2PSGA 5EZXA 3S56A 5OZQA 3HDKA 2PK6A 6UPJA 1DP5A 1LF3A 4RLDA 5OZ6A 2NTRA 5P5NA 5P83A 5P61A 4I0IA 1TW7A 4EYRA 5P8DA 5P50A 1EPQE 3HVPA 5P03A 5P4EA 1CMSA 5IVRA 2QMFA 2XFKA 3CYWA 3NDXA 4M8XA 1QDMA 5OYSA 4D8CA 3DK1A 1FIVA 5P5PA 2Q63A 5HCTA 4Q1WA 5P48A 1K6TA 5P78A 5P7KA 4LAPA 5OYYA 3BRAA 3ER3E 2FGVA 5P8FA 3D1YA 4KE1A 5P31A 4CPSA 4H3FA 5P6SA 4EXGA 5PEPA 2BKTA 4J1CA 5P5UA 1FQ8A 1A8GA 5P1EA 2B7ZA 3K4VC 3PJ6A 4ACXA 2AOCA 1LEEA 1EPOE 5DR7A 5P8HA 1IVQA 3APRE 4Y3QA 5P3YA 5P4VA 5OZZA 4Y5AA 4Y4BA 5P6WA 5P75A 5P0LA 2FIVA 2AZ8A 2F8GA 3VSXA 1AJXA 3NLSA 1UH9A 3CIDA 5P5KA 2CEJA 2WF3A 2CENA 3KF0A 4K9HA 1HIHA 5P8SA 2PK5A 5P63A 3TOGA 2OHMA 3IN4A 1NSOA 4B05A 1W5XA 5P6AA 2NPHA 5P7AA 5P1QA 1FQ7A 5P3FA 1G6LA 5HDUA 4Y3EA 4I0DA 2ZJKA 3LZVA 5P1JA 1K2BA 3D1XA 4ER1E 5P71A 3TNEA 5P7YA 5OZ4A 3OGQA 5P0WA 1LYBB 1YG9A 3UPJA 5OZYA 3SA6A 4F75A 2VJ7A 5P0TA 3OQDA 3OAGB 4LXKA 3EM4A 1HVJA 2BPXA 2QMPA 2PYMA 2Q5KA 1K6PA 5OZNA 1YTHA 5P2GA 5P59A 4GJ9A 1SGUA 5DGUA 2JXRA 2AVMA 5P0DA 4IVSA 1BWBA 3LHGA 5KR1A 2HPFA 3FX5A 5P5YA 3KA2A 5P8OA 4AA8A 2V0ZC 4NKKA 1GVWA 1HBVA 2ZYEA 1M43A 5OZGA 3O9LA 4RZ1A 3UDYA 2A4FA 3O9IA 5P69A 2AOIA 2HPEA 4U8WA 3OU4A 3VYEA 2R9BA 1FG6C 4FRJA 5IVSA 5OZ8A 3L5DA 5P3LA 2IGXA 4S1GA 4RCEA 1BXQA 3DV1A 5P7JA 4RRNA 5P7VA 4D83A 4A4QA 1ZPKA 4HA5A 3SACA 4DQGA 4F73A 1TCXA 2AODA 3NYGA 5P2ZA 5P08A 1XN2A 1GVXA 3VYDA 3QI1A 1HOSA 2I1AA 2ZJLA 1IZIA 4D88A 4GJ7A 5P8LA 4J5JA 1NH0A 1SDUA 3WB5A 5P0SA 1HPSA 5HDXA 5P7HA 2O4LA 3HD8A 5P24A 5P1RA 3KFNA 3O9FA 2FXDA 4EJDA 2AOEA 4HDBA 5P4KA 2ZJHA 5OZSA 2G1SA 2I0AA 4B00A 5P72A 2UXZA 3K5FA 5KR0A 5P18A 4XKXA 4OBGA 4RCDA 1A30A 3OXCA 5P8AA 3L38A 3AIDA 5P4SA 3QPJA 3CKTA 5P0MA 3RTNA 5P5XA 3S2OA 7HVPA 4B72A 3QVIA 5OYWA 3NWQA 5P3OA 2PWRA 5P8IA 2HC0A 2PSUA 4X2LA 1FQ5A 3UCBA 5P65A 1FMUA 2ZHSA 3DCKA 3EL4A 4FAEA 1KJ7A 4FE6A 3GGXA 5P0OA 5P8BA 3UQPA 3UFLA 1EPME 3NDUA 4MC6A 1M4HA 4DPIA 3IAWA 3OGPA 5P6YA 4KUPA 1SDTA 1NPWA 1MESA 3UDQA 3GW5A 5P3WA 5I70A 4DJXA 5HE5A 5P6KA 4J0VA 5P8KA 3QVCA 3NU4A 3TPRA 3TOHA 5P2IA 3S43A 3IVIA 1QRPE 4ACUA 4Y5BA 2OHRA 3S43B 1YTIA 5OZBA 2B8LA 3ER5E 1RQ9A 5KOQA 2PH8A 4Q1NA 5E5KA 5P1CA 5P2TA 1B6JA 5P3TA 5JFPA 3NDWA 3O9GA 5P4ZA 4Y3HA 3PCZA 5P8RA 4Y3AA 4GJ8A 5P2CA 4EJ8A 4I10A 5P01A 1RV7A 3KMXA 5IVQA 3ST5A 3SA8A 3L59A 4EP2A 1NPAA 2O4KA 5P0VA 5P6UA 2AOJA 1TCWA 1T6EX 4J0YA 3DV5A 1RNEA 1GNMA 2OHQA 2RSPA 1KJFA 5ISKA 4Y9WA 5P8MA 3BXSA 2QZLA 4Y5KA 1IBQA 1LF2A 4GIDA 1UPJA 2OHSA 2O4SA 2QI5A 3TKWA 3T7XA 1YM2A 2QHYA 4HDFA 3K4VA 5P3KA 4OC6A 1Q9PA 3OXVA 5P86A 5P6JA 3OK9A 3U7SA 5P1ZA 5P1UA 3PLLA 3SA7A 3H0BA 4Y35A 1SGZA 4EXHA 1HSIA 5P02A 3VFAA 3K1WA 1ZBGA 4Y5LA 2P83A 5P0BA 1K1TA 5OZEA 3UDPA 1F34A 2BPVA 4RGHA 1HIIA 4OBJA 1HVHA 1FKNA 1MRWA 2ZHVA 3UQUA 3CKPA 2IS0A 2ZE1A 5P79A 4JOOA 4NJSA 3NUJA 2I4XA 3LNKA 5P2QA 5COKA 1XE5A 4LBTA 1PPKE 1HWRA 3VF3A 1B5FB 4BFDA 4XXSA 3QBFA 5P1NA 4WTUA 5P4YA 1SP5A 2AOGA 4B1EA 1HVKA 5P3IA 5P87A 3LINA 5P5RA 1MSNA 2B60A 1GVTA 2F3FA 3KFSA 5P8TA 5P66A 5P34A 3OUDA 5P0JA 4Y4GA 1EPPE 3T7PA 5OZTA 4ER4E 5P36A 4EQ0A 5P2BA 5P11A 3EL9A 3Q3TA 3MXDA 5DQ2A 3SQFA 1BDQA 4L6BA 4B1CA 4L1AB 4Y3ZA 5P1HA 2JJJA 4Y47A 1APUE 3CYXA 5OZRA 1EBYA 2VIYA 3ECGA 3LITA 5OZFA 1ODYA 5P27A 1ZPAA 5P37A 3OOTA 5P6DA 4I0EA 1T6GA 5AH7A 3EL1A 3ZL7A 5P7MA 5DR0A 1UH7A 2NXLA 4K4RA 4B1DA 1IZDA 1EPLE 1AXAA 1LYAB 4M8YA 4LXMA 2J9JA 5AH6A 5P3NA 5P6XA 4RRSA 5P8PA 4OD9B 3SFCA 2PMAA 3T3CA 5P3AA 5P3CA 2P4JA 5P88A 4J1HA 2HAHA 4HVPA 2I0DA 4I8ZA 4WY6A 2CEMA 4JPCA 1OEXA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2ZDZ A;  2I4V A;  1Z8C A;  1PRO A;  3I2L A;  2P3A A;  2AID A;  4APE A;  4UPJ A;  3VLA A;  3KFR A;  1EBW A;  4DJO A;  4PZX A;  4YD7 A;  3UDJ A;  5CON A;  1E81 E;  3DCR A;  5P56 A;  1APV E;  2FMB A;  2F3K A;  5P5G A;  3FV3 A;  4DV9 A;  2JJI A;  5P5T A;  5HTZ A;  4TVG A;  2WHH A;  5F01 A;  2WEZ A;  5P1G A;  5P06 A;  2FDD A;  4BFB A;  3ZOV A;  2OHP A;  1ZJ7 A;  4J1E A;  1BV7 A;  3TLH A;  1FB7 A;  3U6A A;  5P7Q A;  4FL8 A;  4JP9 A;  4RRO A;  1F7A A;  1ZP8 A;  3IXO A;  5P00 A;  4DH6 A;  5P4H A;  1GNO A;  3TTP A;  1MRX A;  3SA3 A;  3ZKM A;  5P7N A;  2QP8 A;  2WF0 A;  1MPP A;  4Y51 A;  2ZHR A;  3M9F A;  3U71 A;  4Y3Y A;  2ZJN A;  5P4T A;  3NWX A;  5OZL A;  1T3R A;  4FRS A;  3PI0 A;  3UDN A;  4J0Z A;  2QI4 A;  5HDV A;  5KAO A;  4FCO A;  5P53 A;  2PWC A;  2V00 A;  1YTG A;  4OBD A;  1K6V A;  4YCK A;  5DR4 A;  5KQZ A;  2PYN A;  5P2K A;  5P1F A;  4DJR A;  1KJG A;  3DUY A;  2NNK A;  5OZ3 A;  4A6B A;  1LS5 A;  3NR6 A;  3O9A A;  1BIM A;  3TL9 A;  4WY1 A;  2FNT A;  1LV1 A;  3OTY A;  5P8G A;  1XL5 A;  3Q4B A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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