3EKYA

Crystal structure of wild-type hiv protease in complex with the inhibitor, atazanavir
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Extreme Entropy-Enthalpy Compensation in a Drug-Resistant Variant of HIV-1 Protease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase
source organism Hiv-1 m:b_arv2/sf2
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2008-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3ekyA00
5P2VA 2V11C 1FFIC 5P0GA 3TPRA 5P33A 5AHAA 5P37A 4X2LA 1ZBGA 3GGVA 1AAQA 5P8FA 3WZ8A 1K6VA 5OYRA 2P3DA 3QVIA 5P5UA 5OZ0A 4DJYA 4JECA 4Y3LA 4APEA 4EQ0A 4IVTA 2AOIA 3NSHA 3LZYA 3CYWA 2WKZA 5F00A 3FIVA 3LPKA 4PHVA 5P3LA 4TVHA 5P3AA 3TKWA 2HIZA 5OZMA 5BWYA 3APPA 4B0QA 5P0BA 4RVIA 4YA8A 2ER9E 4FRKA 3VLBA 1NSOA 5P3XA 4I0JA 3PHVA 4I8WA 5P3WA 4I0GA 3KN0A 3UDQA 2F3KA 4RLDA 1TCXA 4KE0A 1KZKA 2R38A 5P65A 3KM4A 7HVPA 1WKRA 3CMSA 1FIVA 1PPME 1BWBA 1Z8CA 5P8TA 1EPME 2IEOA 5P7UA 1YT9A 2WF4A 4R95A 1APUE 1MIQA 2G26A 2VIJA 3NU5A 3L5DA 4GJ7A 3MXEA 4F75A 5P2CA 5OZIA 1EPQE 5P22A 4YD3A 5P8QA 2H6SA 4FL8A 3TH9A 1ER8E 3S43B 2AVOA 3DK1A 1GVXA 1UPJA 4ZEAA 5P6LA 1GNMA 5P02A 5P0XA 5P48A 3PGIA 1RPIA 3T7QA 4DJUA 3VF3A 1HBVA 5P0FA 4Y56A 2RSPA 3U6AA 2BKSA 5P3JA 5P4QA 1ME6A 5P2FA 3PI5A 2J9JB 3ZKSA 2F80A 3LPJA 4Y3YA 5P1MA 5P3DA 5P85A 2NMZA 3IAWA 5OZBA 2I4XA 4Y36A 3EC0A 5HU0A 1FG8C 4PYVA 1PPLE 3LITA 1M43A 2BB9A 3OWNA 2OHQA 3QBHA 3MSLA 4ZPFA 3SFCA 4Y4GA 5P4SA 5P8DA 5P46A 1YTIA 3PM4A 1BV7A 1W6HA 1IZEA 3TPPA 2R8NA 4Y58A 2Q64A 4DQHA 3SKGA 1EBZA 5OZ3A 5P03A 3VYFA 4EHCA 2VA5A 1A30A 3ZKIA 2QCIA 2NTRA 5P7OA 1W51A 5P4AA 5P5GA 2OHSA 2FDPA 3R0WA 5P59A 3QROA 1HHPA 1WBMA 5HE7A 4ACXA 5P5WA 5P5YA 5DR0A 5P0SA 1XN2A 5P6GA 2VIYA 5P4EA 1MTRA 3VV6A 3UDKA 4FM6A 1B11A 3URJA 1LV1A 3QPJA 4DJQA 2BJUA 4J1CA 5P3UA 4FAFA 4LXKA 4Y4DA 4ZE6A 5OZLA 1LYAB 5DQ2A 5P67A 1SIVA 4DQEA 3BUFA 4Y48A 5OYVA 3O9DA 1B6KA 5P3FA 2VJ9A 3L5CA 1PSNA 4XKXA 5P5EA 5P6TA 5P45A 1DMPA 4A6BA 1HIVA 1PSAA 3HDKA 1XN3A 3LIXA 3OU3A 3L3AA 4I11A 4J5JA 4EPJA 3D1YA 5P07A 4K4PA 3PLLA 4I0ZA 1IBQA 3KDBA 2OHKA 4CKUA 5P0CA 3Q4BA 2Q63A 4QJ6A 4QLHA 2QZXA 4J1KA 5OZAA 1EPLE 4CPUA 4EP2A 3EKWA 1EC2A 3KFSA 1T6GA 4YCTA 5P8MA 3OK9A 5P82A 4EQJA 1FLHA 3PWRA 2IDWA 5P3QA 2ZJHA 1HRNA 5P6RA 5P7MA 5P2ZA 2V00A 1W5XA 4K4QA 4FGXA 3FX5A 3IVIA 2HB3A 4J55A 5I3XA 5P1PA 5P1SA 2QD8A 3CKTA 4TRZA 3BGCA 3DV5A 5DR4A 4Y44A 5P5IA 5P5BA 5P1JA 3SA5A 4B1EA 4K4RA 1SH9A 4Y3WA 5P01A 5P19A 5ENMA 3KT5A 4Y3EA 3OQAA 5ISJA 3O9IA 3OXXA 1LF2A 3OQDA 5SY2A 3FNUA 3PSYA 5P1LA 4DI2A 5P16A 2B60A 5P8HA 1MTBA 2WHHA 5P3HA 3HBOA 4NJVA 3KT2A 2AZ8A 5P1IA 3PWWA 1W6IA 2FDDA 5P20A 5OZCA 1LEEA 3OU1B 3Q5HA 5AH6A 2IKOA 5P2XA 5P1QA 2FS4A 1MUIA 5P0YA 3OHFA 2NXDA 1HEFE 1EPOE 4Y3QA 2IQGA 2SAMA 5P54A 4FE6A 5P8CA 1W5VA 3BXRA 5OZPA 4Y5AA 3UDJA 4JOOA 3ER5E 2BPYA 1NPVA 3ER3E 3HW1A 3CIBA 2QNQA 2R3WA 3KMYA 5P04A 3UHLA 3MSJA 1SIPA 4JPCA 5P6UA 3DCRA 4YE3A 4D88A 5B18A 4Y57A 4FIVA 5P5NA 4B78A 2VJ6A 5SXNA 3UQPA 5P5KA 3I8WA 2AVQA 2HPFA 3KFRA 1FKNA 5CLMA 5OZTA 4Y41A 5P0QA 5P6NA 4J0PA 3SM2A 3T11A 5P31A 5P2DA 4Y3TA 4Y5PA 3URIA 3TNEA 5IS4A 2PC0A 3LIQA 3O99A 3PSUA 4WY6A 4Y3GA 5P4XA 5OZFA 5P3EA 5P7CA 3T7PA 3NWXA 3K5FA 1SMEA 3EMYA 2UY0A 3B80A 3Q3TA 5HDUA 3QRMA 3S43A 4GIDA 8HVPA 2RKFA 1A8GA 5P76A 4Y54A 5P6JA 3FSMA 3PB5A 4GMIA 3D20A 4OBJA 1ZJ7A 5P5PA 4FSLA 1G35A 5DGUA 4CPSA 2QHZA 5P5OA 4GJDA 4RCEA 1NH0A 4YHQA 5P8JA 3VLAA 3NDWA 3L38A 4YDGA 5P2LA 1C6XA 2J9JA 2PH6A 4ACUA 4J1EA 3EM6A 1SDTA 3SA3A 3LIVA 4Y3PA 2QD7A 5P53A 4GB2A 1HPXA 2PH8A 3BGBA 3IXKA 4Y51A 5BS4A 9HVPA 1MSNA 5P1ZA 3VSWA 1SDVA 5P55A 5P1BA 1HSGA 1C70A 1ZAPA 1JLDA 4Y4JA 5P1DA 3PBZA 3RTNA 5P7ZA 5P3MA 3VYEA 3TTPA 5P47A 5P8LA 4H3IA 5P3PA 4QJ8A 1T6EX 2V13A 5P7VA 3BXSA 3QN8A 3HD8A 2JJIA 3GW5A 5P1XA 1VIJA 1FGCC 2R9BA 5IVQA 4Y38A 3LINA 5P3RA 3OADB 2XFIA 5OZ4A 4Z50A 3O9GA 4FSEA 1FQ4A 4FAEA 3NU3A 3AUPA 2MIPA 5P5JA 3LZVA 2QMGA 3NLSA 2BPXA 5P5TA 1QBTA 3C9XA 5OZVA 3I6OA 3WB4A 1ZLFA 2WEZA 2UPJA 2JE4A 2ZJKA 3DJKA 4PZXA 2AIDA 4NJUA 4BFDA 5P5RA 3OHHA 3O9LB 5P5FA 1XE5A 3IXJA 5P6ZA 1LYAA 4Y5LA 5P78A 3LNKA 5P8KA 4WY1A 2I4WA 1BXQA 5P4HA 1HEGE 3PCZA 1CPIA 2I1AA 3PEPA 3KFNA 5P4RA 1G2KA 4Y4ZA 5APRE 3LIZA 3ZKMA 5P7BA 3HZCA 5DQ1A 2OHNA 4M8YA 3PLDA 1AIDA 5AH9A 5C9FA 3UQUA 2XFJA 5P0RA 2V10C 1D4SA 5P1FA 5P7EA 5P0WA 3QBFA 1AJVA 5P49A 3H5BA 3SKFA 4L1AB 2VNMA 3NUJA 2ANLA 5P8OA 5KQYA 1BV9A 3MSKA 4Y9WA 3VF5A 2PQZA 2PWCA 3NU9A 5JODA 4H3JA 3WZ6A 3PSGA 4WTUA 5P2WA 5P86A 1T3RA 4EP3A 5IVRA 4AZYA 5OZOA 2NXMA 3TLHA 3O9EA 3ST5A 3VFBA 1HTEA 3EBZA 2FXDA 2NPHA 5P8BA 3S53A 2AZCA 4Q1WA 1G6LA 4UPJA 2FLEA 4DQGA 5AHBA 5P4FA 5P84A 3JVYA 1HOSA 3QVCA 4HZTA 1K2CA 5P0NA 5P35A 4B00A 5P5MA 5OYWA 5COPA 5P7NA 1W5YA 5SY3A 5HDZA 4F76A 5OYSA 5OZ7A 1HPVA 4L7HA 5P6HA 1GVTA 4GJCA 1A8KA 5P8PA 5P13A 3JW2A 2ZGAA 4Y3AA 3PMYA 3QRVA 4ZPGA 2ZJNA 1DIFA 5P2EA 3OU1A 3Q70A 5P11A 4FRSA 4OBKA 5P80A 5P89A 1HVHA 2P3CA 1QBSA 1DW6C 5P63A 5P6FA 3BHEA 1IDAA 4DJOA 2HB2A 5P23A 5P2RA 1SBGA 1RL8A 4NKKA 2ER6E 3INHA 1T7JA 3Q6YA 4YOAA 5P3YA 4LC7A 5P2UA 1DAZC 3O9AA 4DH6A 3S2OA 5P52A 5DQ5A 4B70A 2VJ7A 1YTJA 3SA4A 1YM4A 5P1RA 1BBSA 4S1GA 1LZQA 3SPKA 2AOFA 5IVTA 3SLZA 2O4NA 2QI5A 5P5SA 4BELA 1WBKA 5P2OA 5P4GA 5P8EA 5P74A 5C9BA 5OZZA 2FMBA 5OZ9A 5COKA 4CMSA 3PCWA 1E5OE 4DFGA 2WEDA 2OHRA 2IENA 6FIVA 2ER0E 2RKGA 4R91A 2A4FA 5P28A 2PK6A 2ASIA 5P7AA 5P7PA 1PROA 4ZSRA 3RVIA 2Q55A 5P6PA 4U8WA 2FXEA 1EPRE 3VCMA 1TW7A 2HC0A 3QI1A 5P5VA 3VG1A 3PVKA 3ZKXA 5I3YA 2F8GA 2ZHTA 5OZ2A 4EWOA 4HDPA 1FQXA 1HVIA 4GJBA 4YBFA 4JP9A 4GJ8A 5P43A 5P3GA 4YBIA 3R0YA 5P3SA 5P2KA 5P6EA 5P73A 5P58A 5OZ1A 5P18A 5P1WA 5P6XA 3ZKQA 4ZSPA 5OZHA 5P6DA 2Q15A 4DV9A 5P77A 5P68A 3QP0A 2ZJMA 2Z54A 2QAKA 3PJ6A 5P39A 4DUSA 5P4YA 3R4BA 5OZWA 5OZKA 4QJ2A 5P60A 2G1SA 2WF3A 1NPWA 3EKXA 2G94A 3DOXA 5HTZA 2B7ZA 5P4CA 5P8UA 2QI4A 5KR1A 6APRE 5JFUA 4J1FA 3OADA 5P2BA 3GI6A 4CPTA 4I8ZA 5P1AA 5AH8A 3APRE 4FS4A 4Y50A 3EL9A 5P12A 4LHHA 4OBDA 5P34A 2G27A 1KJHA 2AZ9A 2AOHA 1BAIA 3SO9A 4B1CA 1AXAA 3O9LA 5P4UA 5P2QA 3QS1A 2APRA 1HXBA 5DPZA 1MRWA 1YX9A 3FKTA 1TSUA 3OUDB 1G0VA 4BEKA 1ZSFA 1RQ9A 5AHCA 4ER4E 2H6TA 1E81E 1HTRB 1GVUA 4GJ5A 1W5WA 5P0IA 3I2LA 4EJ8A 5KOQA 5P24A 5P6CA 5P6YA 2B8LA 2G69A 1T7KA 1FEJC 3IN3A 3T3CA 5BRYA 2HS1A 4PPHA 1F34A 3IA9A 1K6TA 4A4QA 4Y3NA 1PSOE 3PBDA 3EL1A 2G21A 5P6WA 1LF4A 2ZHVA 3NWQA 4MC6A 4L1AA 2VIEA 1FB7A 5P3OA 4CPRA 1DPJA 4R92A 3K5DA 5DQCA 4AA9A 1OEXA 4Y37A 3ZL7A 4APRE 1KJFA 2O4LA 1MEUA 4ZSQA 4I0DA 2QZLA 4Y5MA 2FDEA 5P0LA 4Y3MA 2PSVA 3OAGB 4B72A 4RVJA 1HWRA 2EWYA 3RTMA 5P5DA 3NXNA 5T4SA 2ZJIA 3A2OA 5P1HA 3QIHA 3RSXA 4DJWA 4Y6MA 1VIKA 1K6PA 5P42A 5P8VA 4AMTA 1EBWA 3DUYA 3HVGA 3CIDA 4R93A 2I0DA 1F7AA 1IVPA 4Y53A 1EC3A 3GGUA 4XX4A 4ZPEA 3NDUA 1EPNE 3EM3A 3LPIA 4Y5EA 2PYMA 4U7VA 1QBUA 3NYGA 3L5FA 1TCWA 1AZ5A 4Z2ZA 4LXAA 5KQXA 2XYFA 5KR0A 3I25A 1HSHA 3PI0A 3UQRA 1YM2A 3F9QA 2OF0A 1HVLA 3LIYA 5EZZA 4Y5CA 5P75A 4HDBA 4Q1XA 5P0JA 5I3WA 2FNSA 3IVHA 1ZPKA 1META 4QJAA 4H3FA 5HVPA 2I4DA 3D1ZA 2ZDZA 5P3BA 1HPOA 1XS7D 4DPFA 5P5XA 1UH9A 1IZDA 4Q1NA 2IS0A 5P8GA 3HVPA 1UH8A 4R8YA 3ZPSA 5P29A 2I4VA 2BKTA 3S8IA 5P3IA 3PRSA 3EL4A 2WECA 2BPZA 5COOA 5P4PA 5P0ZA 4D89A 5P71A 2QZKA 2P3BB 4DJVA 1BDLA 2Q5KA 1XL2A 3VFAA 4I0IA 4RZ1A 3GGAA 5P1VA 3AIDA 5FIVA 5P2YA 3CKRA 4N00A 1IZIA 5F01A 5P6KA 3ZPUA 5KOSA 4DJXA 3DCKA 2WEAA 3UDHA 2ZJJA 5P3ZA 1LYBB 5P4JA 1HTFA 2QD6A 1YTGA 2ZJLA 4MC2A 5P8AA 5J25A 4H3GA 2ZHUA 5P0PA 5P66A 3UQWA 4ZLSA 3D91A 3CYXA 2QK5A 4RROA 4H1EA 5P27A 2WL0A 3TPLA 5P0AA 1FQ6A 3UDPA 2QI1A 2AVMA 3I7EA 2O4SA 4CPWA 2R43A 4XX3A 2B8VA 4LBTA 2IGXA 1QRPE 3L58A 2ER7E 4Q1YA 1XE6A 5P44A 1ENTE 2ZHRA 1APVE 5P0VA 1E80E 4RYGA 3S7LA 3ZOVA 5OZDA 2R5QA 5P0UA 5P7YA 5P81A 2G1OA 4I10A 5DR3A 3IGBA 5P4KA 3OTYA 3OOTA 3QRSA 1UH7A 5P25A 1MT9A 3S7MA 3KF0A 1M0BA 3GI0A 4Y47A 5P5HA 1TQFA 1FMBA 2HB4A 2O4KA 1FFFC 3IN4A 1SGZA 1ZP8A 2QU2A 1EC0A 4LXMA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P2V A;  2V11 C;  1FFI C;  5P0G A;  3TPR A;  5P33 A;  5AHA A;  5P37 A;  4X2L A;  1ZBG A;  3GGV A;  1AAQ A;  5P8F A;  3WZ8 A;  1K6V A;  5OYR A;  2P3D A;  3QVI A;  5P5U A;  5OZ0 A;  4DJY A;  4JEC A;  4Y3L A;  4APE A;  4EQ0 A;  4IVT A;  2AOI A;  3NSH A;  3LZY A;  3CYW A;  2WKZ A;  5F00 A;  3FIV A;  3LPK A;  4PHV A;  5P3L A;  4TVH A;  5P3A A;  3TKW A;  2HIZ A;  5OZM A;  5BWY A;  3APP A;  4B0Q A;  5P0B A;  4RVI A;  4YA8 A;  2ER9 E;  4FRK A;  3VLB A;  1NSO A;  5P3X A;  4I0J A;  3PHV A;  4I8W A;  5P3W A;  4I0G A;  3KN0 A;  3UDQ A;  2F3K A;  4RLD A;  1TCX A;  4KE0 A;  1KZK A;  2R38 A;  5P65 A;  3KM4 A;  7HVP A;  1WKR A;  3CMS A;  1FIV A;  1PPM E;  1BWB A;  1Z8C A;  5P8T A;  1EPM E;  2IEO A;  5P7U A;  1YT9 A;  2WF4 A;  4R95 A;  1APU E;  1MIQ A;  2G26 A;  2VIJ A;  3NU5 A;  3L5D A;  4GJ7 A;  3MXE A;  4F75 A;  5P2C A;  5OZI A;  1EPQ E;  5P22 A;  4YD3 A;  5P8Q A;  2H6S A;  4FL8 A;  3TH9 A;  1ER8 E;  3S43 B;  2AVO A;  3DK1 A;  1GVX A;  1UPJ A;  4ZEA A;  5P6L A;  1GNM A;  5P02 A;  5P0X A;  5P48 A;  3PGI A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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