3EKYA

Crystal structure of wild-type hiv protease in complex with the inhibitor, atazanavir
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Extreme Entropy-Enthalpy Compensation in a Drug-Resistant Variant of HIV-1 Protease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase
source organism Hiv-1 m:b_arv2/sf2
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2008-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3ekyA00
3UDPA 4H3FA 3VF3A 3DK1A 4Y50A 3EL1A 5KOSA 3O9IA 5HCOA 5OYSA 1W5WA 5P4ZA 1HIHA 4D8CA 3FNTA 3OQFA 3LNKA 2HB3A 3IN4A 5P1WA 3EL0A 5P2NA 5OZDA 1W6IA 5IVSA 2OHQA 2V12C 3OQDA 5P06A 4I0IA 1XE5A 3VFBA 5P6GA 5OZCA 3IVIA 5HDZA 4OBFA 3L5EA 4Y3ZA 2PSVA 5DR1A 5P1PA 5P3UA 4L1AA 4ER1E 5APRE 4ACXA 5P7JA 2BPYA 1BV9A 5OZIA 4F76A 3EM6A 1ODXA 5P7ZA 1SMRA 3CKRA 3DOXA 5P2EA 5AH9A 4K4PA 1HSHA 4RVIA 3FX5A 4OBKA 2VIEA 5P84A 3KYRA 5P04A 5JG1A 5P3SA 2CEMA 3OU4A 4YCYA 5P8KA 4AA9A 1GNOA 2AOIA 3LIQA 1META 1KJ4A 3RTMA 8HVPA 3AUPA 3Q70A 5P6RA 3OUDB 3NU3A 1BV7A 5UPJA 1QS8A 1EPRE 3DV5A 4JPCA 4B1DA 5P3XA 5OZNA 2G1YA 5OZLA 2P3AA 1NPVA 3PJ6A 2VNMA 2B60A 4EPJA 1G35A 4D83A 4WY1A 1BDLA 3PVKA 5P3PA 5P4CA 2QI3A 5BRYA 1FKNA 5P1FA 5JFPA 3D20A 3UQXA 5P4PA 2XFIA 2P8HA 5P8VA 4J1IA 3LIZA 3IXKA 1T7IA 2O4NA 1B5FB 1WKRA 2BJUA 5P3JA 3RSXA 2QCIA 2ZHVA 3GGUA 2QMPA 5P6JA 2HS1A 3L59A 3QS1A 4FIVA 4Z4XA 5P4UA 3SA6A 3CKTA 1YTHA 4B77A 3UFNA 3N4LA 5P2DA 2WL0A 2VA5A 1PROA 1SDVA 3CYXA 2QMFA 1K6CA 3D1YA 5P0KA 3NXNA 2A4FA 3PWRA 5P4YA 1PPME 1LZQA 4Y38A 5OZ6A 1ENTE 3NSHA 2VIYA 3O99A 4L7JA 2AOJA 3LITA 3O9FA 3VUCA 3PSYA 1XN3A 4B0QA 5I3WA 1BXOA 5P7DA 3GGVA 1AJVA 1IZIA 2WJOA 3U71A 2WEBA 5IE1A 2ZYEA 2XYEA 1J71A 5P6AA 1LS5A 3LIYA 3QIHA 5P88A 4Y5PA 3HBOA 3JVWA 2HB2A 3KDDA 5P25A 3INFA 3OOZA 3SKGA 5P6PA 4OD9B 5P4WA 5P5CA 5P32A 4GJAA 6APRE 3PCWA 5P7UA 2BPZA 4J1CA 5P5AA 3U7SA 1E5OE 5P7HA 2Z54A 5P71A 5P3NA 2OHPA 4FAEA 2QI0A 3ZPUA 4Y3QA 4HZTA 5HTZA 1YTJA 4Y51A 4Y4XA 5P01A 4Y4DA 1ZPAA 2IRZA 2QD8A 5JFUA 3GI0A 3IVHA 4FS4A 2Q3KA 5P0YA 2VJ9A 2FMBA 1D4KA 4UPJA 4EQJA 3GI5A 1A8GA 5P37A 5P0XA 2IKUA 3QN8A 2WECA 4HA5A 3VFAA 2ZE1A 1RL8A 1FB7A 4OC6A 4Y39A 2BPXA 5P1LA 3URIA 4BFDA 5P3DA 5P8IA 4I0JA 5P8DA 5P5WA 5AH8A 4K4RA 5P1KA 2AOGA 3O9DA 4YD7A 1MT7A 2JYSA 3NU5A 5CLMA 5P3ZA 1ZLFA 5P7GA 5P5LA 3PHVA 7UPJA 2AOHA 2I4UA 3PM4A 4LAPA 1ZSRA 3R0WA 4Y41A 5P6NA 5P3AA 4DJVA 3LZSA 4N00A 5P2KA 5P4FA 2AVMA 2J9JB 3TPPA 3LZYA 1MTBA 4Y53A 1HTGA 5P4QA 3URJA 3TOFA 4ZPGA 4EHCA 4YBFA 1E80E 1CZIE 2RKFA 1G0VA 4Y5GA 4I0DA 5P6UA 2VJ7A 1XS7D 1QBTA 4LXKA 4RCEA 1ZBGA 4Y4AA 5OZKA 2PYMA 2NMYA 5P7NA 4YOAA 3ZKXA 1PSOE 5OZPA 5P7AA 5P7IA 1FF0C 1HTFA 5P24A 5P8CA 1NPAA 5P53A 4RCFA 5P7MA 3OGPA 2QI6A 2WF4A 5P4SA 4DV9A 3KMXA 5P1HA 3VV8A 2QI5A 2HPFA 2G26A 4RCDA 4DJXA 5P20A 4Z2ZA 5P7OA 5P8NA 3L5BA 3UTLA 5P45A 3INEA 5P6LA 4QJ7A 1QBSA 4Y4UA 1FG8C 5OZ4A 1GVTA 3PBZA 3R1GB 4JOOA 1APUE 2QHYA 1ZPKA 2JJJA 3EL9A 3GI6A 3TNEA 5OYVA 3WB5A 5SY2A 1FIVA 4CPRA 4XKXA 5HE5A 5P41A 2ZHRA 4DQFA 3O9LA 2P3DA 1D4HA 2QNPA 3GGXA 3KT5A 4M8YA 5P2LA 2OHKA 2H6SA 4R8YA 2PC0A 4GB2A 1IZHA 3OADA 3BGBA 3OHFA 2PH6A 5KAOA 1BVGA 3HLOA 5P0AA 3ZKQA 5P0WA 2O4PA 3I7EA 2AZ8A 4DVFA 5KR1A 4Y5NA 2QD6A 5OYXA 2R8NA 5OZ7A 5P68A 4Y4EA 3LIVA 1NSOA 2Q5KA 4NKKA 5AHAA 5C9DA 5HVPA 1GVXA 2F8GA 2NTRA 1EBZA 5P8EA 1F34A 1NPWA 2QZXA 3Q3TA 2HS2A 2G21A 3QAAA 1UPJA 1G6LA 3PMYA 1FFIC 5P7WA 5F01A 3HVGA 3SLZA 2PH8A 3FKTA 3UDKA 4RGHA 4FM8A 5P1DA 3SACA 5P0MA 4FE6A 2OHLA 2AVOA 3HD8A 3TOGA 1B6JA 4DJYA 3CIDA 2BBBA 4OC6B 3VEUA 4I10A 5JODA 5KQXA 4JPEA 3O9BA 5KOQA 4AA8A 4COEA 5P18A 1YX9A 4D88A 4LC7A 1MT8A 5P54A 5P0CA 5I3YA 5P5DA 3RSVA 4Y4GA 4K8SA 5P4IA 5P43A 4ZIPA 3UQUA 4NJUA 3PEPA 1OEXA 4Y3XA 1MIQA 2MIPA 1K6TA 2FDPA 5P2BA 4B72A 7HVPA 5HDVA 4B1EA 1YM4A 3I2LA 4K4QA 2NR6A 1SBGA 3OQ7A 3UDYA 4EQ0A 2ZJJA 3PSUA 5FIVA 2V11C 3BC4A 1HOSA 5OYRA 5P69A 9HVPA 2B8LA 1F7AA 3LHGA 3SQFA 1Q9PA 5PEPA 3R2FA 4M8XA 4KE1A 5J25A 1CMSA 5IS4A 5P8HA 5HCTA 5P5QA 3A2OA 3PSGA 5P7XA 2WKZA 3BXRA 5P8JA 1HBVA 1FQ8A 1HPOA 1EC1A 4YOBA 1MRXA 3G6ZA 4I8ZA 5P2OA 1HXBA 1MTRA 5P44A 3BVBA 3OTYA 2F3EA 3KA2A 6UPJA 1QDMA 4J0YA 4CPXA 3R4BA 4LHHA 1E82E 1W6HA 1ME6A 2CENA 5P3HA 1QBRA 5OZFA 5BWYA 4Y3FA 3PLLA 5P2RA 1HWRA 4OBHA 2PQZA 4Y4WA 5P8LA 3S54A 5OYYA 2I1AA 2ZJMA 5P7KA 2R3WA 5P1QA 5P4AA 2QHZA 5P5UA 2P3BB 2P83A 4DQHA 3O9GA 5DR0A 2ZJNA 1ER8E 5P3QA 2I4XA 3NU9A 4KUPA 5P35A 3BUGA 5P8AA 5P2VA 2PK6A 5P33A 2RSPA 1EC0A 5P12A 5SZ9A 3VYDA 3O9HA 3CMSA 3R0YA 4OD9A 1MUIA 3LIXA 2F3FA 1TSUA 5P0QA 5IVQA 2HPEA 1GKTA 4BFBA 2VA6A 3K4VA 5OZYA 2NXDA 2G24A 3RVIA 3CICA 5OZTA 3NU4A 3DCRA 3UFLA 5DPZA 1T3RA 5P3EA 3SAAA 1A9MA 4Y6MA 1M4HA 3PMUA 3TPJA 5P7RA 3UHLA 4B70A 5OZSA 1FQ5A 5P58A 2JJIA 3TTPA 2FNSA 4FRKA 1BAIA 3S56A 4X7IA 5P0DA 3L5CA 5P89A 4Y3WA 2OHNA 1B6LA 1WBKA 5P0IA 4CP7A 4Y43A 2HM1A 1HVCA 5P4VA 2QK5A 5P1BA 1HIVA 4EWOA 5P6DA 4ZSQA 5DQ5A 4NJTA 4H3GA 5P8TA 1LF3A 3OHHA 1W5XA 2BKSA 2ZJLA 4GJCA 5P31A 3ZPTA 1AIDA 4FRIA 5P60A 2O40A 5P2TA 3PRSA 2J9JA 4HEGA 5OZWA 5P4HA 3SA4A 3DCKA 5P1JA 2NPHA 3IXJA 4DFGA 4ZE6A 3OUAA 2ER0E 2F3KA 2J9KA 3EKQA 2JE4A 4Y9WA 5P5OA 4Y3YA 1IBQA 1HSGA 1IVPA 4NPUA 3G70A 2Q15A 3K4VC 2ER7E 5P6MA 3KT2A 5DGUA 3IXOA 1APWE 3O9AA 2IKOA 3VF7A 5P2YA 2PMAA 1W5VA 5SY3A 5ENKA 2BKTA 5P36A 2RENA 3OWNA 2QZLA 5P16A 3NDWA 5P6TA 3WZ8A 4CKUA 2IEOA 3EKVA 3ZKNA 3B7VA 4PYVA 3TPLA 1Z1HA 5P3IA 3EXOA 1HPXA 5OZ0A 3EL4A 1EPLE 1RQ9A 3O9CA 5P8OA 4EJKA 5P1YA 1HPSA 4Y4TA 5DR3A 3ZKMA 1LYWB 2ZDZA 2BQVA 3NUOA 3S85A 5P0SA 5P6FA 2QI1A 3S43B 2WEDA 3NDTA 1TCWA 5ENMA 2EWYA 1KJGA 3CIBA 1MT9A 1EBKC 4RROA 3HW1A 4R92A 5P5ZA 3EC0A 2Q55A 1XN2A 1HHPA 4GJDA 4OBGA 5P3WA 4QGIA 1FG6C 1A30A 4EJ8A 4YDFA 4YA8A 5P70A 5ISJA 3FIVA 4XX4A 4Y3AA 2Q63A 4DI2A 3QBFA 5P2JA 2ZHTA 4NPTA 1AZ5A 1LYAA 5P0ZA 4XX3A 1E81E 5OZOA 4DJUA 1EEDP 3UDNA 4Y5MA 1K6VA 4QJ9A 3QROA 4Y58A 5P2FA 5OZRA 5AGZA 5P38A 3NWQA 2PK5A 5P7YA 2R43A 4NJVA 5P5JA 2B42A 4LL3A 4Y3PA 1GVVA 4YHQA 3PI0A 1FLHA 2VIZA 5P4XA 3OXXA 3RU1A 1DAZC 5KR2A 4J1FA 1B6KA 2V16C 2FLEA 5P6BA 1EPME 1K2BA 1C6YA 1YT9A 1BXQA 5P23A 1BVEA 5SXNA 4Y44A 5HDXA 1TQFA 5OYQA 5P8BA 1HPVA 1FMXA 3VV7A 5P80A 3PBDA 1HRNA 4J54A 4Y4ZA 3VF5A 3OAGB 3MXDA 5P5GA 4Y3DA 2ASIA 5OZQA 3DUYA 3OUBA 3T7PA 4TVGA 1HIIA 5KQZA 4HE9A 1VIJA 5P11A 5P6OA 4DUSA 5E5KA 4GJ5A 2VIJA 5KQYA 5P1UA 4JP9A 5OZHA 1NH0A 5P2WA 2IGYA 1MRWA 5KR0A 4NJSA 5P34A 3VCMA 4FAFA 5P1TA 5P6WA 3UQRA 5P56A 4PPHA 5P2HA 5P0NA 3NDXA 3SO9A 4GIDA 5P1VA 5P08A 1C70A 1Z1RA 3UF3A 4I0HA 5P0FA 1BWAA 1FMBA 3WSJA 3OY4A 5OZXA 3UPJA 2R5QA 2G27A 2FXEA 3DJKA 3QRSA 1D4YA 5P2CA 1W50A 5P22A 2AVSA 5P00A 5T4SA 5P4KA 2WF3A 2R9BA 1RV7A 1EPOE 5P02A 1HEFE 4FM6A 3DV1A 2AOEA 2AOFA 4I8WA 3APPA 5AHCA 1HVJA 4I0EA 2HC0A 2VNNA 5P5VA 2XFKA 5OZ2A 5HU1A 5P8RA 1GVWA 5P0HA 3QVCA 4KB9A 4FRSA 4Q1WA 4BELA 2G1RA 1HEGE 2B7ZA 1OHRA 4YCKA 5P0EA 4HLAA 1FEJC 5DQ2A 3S53A 2NMZA 4Y56A 5P3KA 3ZL7A 3NUJA 1K6PA 5P78A 2P3BA 5P15A 4Z22A 2JXRA 5P3RA 3QPJA 5P5TA 5P51A 1M43A 4AMTA 4QJAA 5P55A 5P64A 3D1ZA 3OUCA 5P0RA 3VSXA 1XL2A 3QRMA 4BEKA 5P1CA 4IVSA 1D4LA 2QI4A 4GJ7A 5OZ1A 4Y5EA 4E43A 4LP9A 3INHA 1FGCC 5P6YA 5P5YA 3D1XA 5P79A 3GGAA 5P1OA 5P0PA 4QJ8A 2ZJIA 2IENA 2NNKA 5P6XA 1MSMA 5OZ9A 3SM1A 2FDEA 1KJ7A 5OZZA 5P76A 4DJRA 3ECGA 5P3LA 5P4NA 1XL5A 5P5BA 5P5PA 5P8UA 3FNUA 3BUHA 2RKGA 1LYAB 1D4SA 5P83A 2FGVA 1IVQA 3HAUA 2QZKA 4Y54A 3I25A 1YG9A 1PPKE 2QNNA 3TOHA 5P3GA 5P2UA 5P30A 4GYEA 3OTSA 2UXZA 4MC6A 4QJ6A 5P19A 3PCZA 2PYNA 5P5IA 5E5JA 2R5PA 5P5FA 3KM4A 1LYBB 3CKPA 2SAMA 4Z50A 5OZJA 3IN3A 2A1EA 2R3TA 5P49A 4OBZA 3SA9A 5P6HA 5OZGA 3SA5A 1IDAA 3BHEA 3C9XA 3O9EA 5P0JA 5P7CA 4DQBA 3T11A 4J1HA 2OHUA 5P2GA 3LPJA 1IZEA 3ZKGA 5BS4A 1T6EX 1SP5A 1TZSA 3T3CA 5P2AA 1A8KA 2O4KA 1BILA 4TRWA 3TPRA 3KFNA 2WEZA 2V10C 3URLA 2AIDA 4YD3A 1B6MA 5P4RA 1GNNA 1K2CA 5OZVA 1VIKA 4XXSA 1OEWA 3KDBA 4DJOA 5P1NA 3EKYA 5P3CA 5P46A 5P74A 2V00A 4J1KA 2FNTA 3BGCA 1HSIA 2G22A 5P2ZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3UDP A;  4H3F A;  3VF3 A;  3DK1 A;  4Y50 A;  3EL1 A;  5KOS A;  3O9I A;  5HCO A;  5OYS A;  1W5W A;  5P4Z A;  1HIH A;  4D8C A;  3FNT A;  3OQF A;  3LNK A;  2HB3 A;  3IN4 A;  5P1W A;  3EL0 A;  5P2N A;  5OZD A;  1W6I A;  5IVS A;  2OHQ A;  2V12 C;  3OQD A;  5P06 A;  4I0I A;  1XE5 A;  3VFB A;  5P6G A;  5OZC A;  3IVI A;  5HDZ A;  4OBF A;  3L5E A;  4Y3Z A;  2PSV A;  5DR1 A;  5P1P A;  5P3U A;  4L1A A;  4ER1 E;  5APR E;  4ACX A;  5P7J A;  2BPY A;  1BV9 A;  5OZI A;  4F76 A;  3EM6 A;  1ODX A;  5P7Z A;  1SMR A;  3CKR A;  3DOX A;  5P2E A;  5AH9 A;  4K4P A;  1HSH A;  4RVI A;  3FX5 A;  4OBK A;  2VIE A;  5P84 A;  3KYR A;  5P04 A;  5JG1 A;  5P3S A;  2CEM A;  3OU4 A;  4YCY A;  5P8K A;  4AA9 A;  1GNO A;  2AOI A;  3LIQ A;  1MET A;  1KJ4 A;  3RTM A;  8HVP A;  3AUP A;  3Q70 A;  5P6R A;  3OUD B;  3NU3 A;  1BV7 A;  5UPJ A;  1QS8 A;  1EPR E;  3DV5 A;  4JPC A;  4B1D A;  5P3X A;  5OZN A;  2G1Y A;  5OZL A;  2P3A A;  1NPV A;  3PJ6 A;  2VNM A;  2B60 A;  4EPJ A;  1G35 A;  4D83 A;  4WY1 A;  1BDL A;  3PVK A;  5P3P A;  5P4C A;  2QI3 A;  5BRY A;  1FKN A;  5P1F A;  5JFP A;  3D20 A;  3UQX A;  5P4P A;  2XFI A;  2P8H A;  5P8V A;  4J1I A;  3LIZ A;  3IXK A;  1T7I A;  2O4N A;  1B5F B;  1WKR A;  2BJU A;  5P3J A;  3RSX A;  2QCI A;  2ZHV A;  3GGU A;  2QMP A;  5P6J A;  2HS1 A;  3L59 A;  3QS1 A;  4FIV A;  4Z4X A;  5P4U A;  3SA6 A;  3CKT A;  1YTH A;  4B77 A;  3UFN A;  3N4L A;  5P2D A;  2WL0 A;  2VA5 A;  1PRO A;  1SDV A;  3CYX A;  2QMF A;  1K6C A;  3D1Y A;  5P0K A;  3NXN A;  2A4F A;  3PWR A;  5P4Y A;  1PPM E;  1LZQ A;  4Y38 A;  5OZ6 A;  1ENT E;  3NSH A;  2VIY A;  3O99 A;  4L7J A;  2AOJ A;  3LIT A;  3O9F A;  3VUC A;  3PSY A;  1XN3 A;  4B0Q A;  5I3W A;  1BXO A;  5P7D A;  3GGV A;  1AJV A;  1IZI A;  2WJO A;  3U71 A;  2WEB A;  5IE1 A;  2ZYE A;  2XYE A;  1J71 A;  5P6A A;  1LS5 A;  3LIY A;  3QIH A;  5P88 A;  4Y5P A;  3HBO A;  3JVW A;  2HB2 A;  3KDD A;  5P25 A;  3INF A;  3OOZ A;  3SKG A;  5P6P A;  4OD9 B;  5P4W A;  5P5C A;  5P32 A;  4GJA A;  6APR E;  3PCW A;  5P7U A;  2BPZ A;  4J1C A;  5P5A A;  3U7S A;  1E5O E;  5P7H A;  2Z54 A;  5P71 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1WBM A;  4CMS A;  5P29 A;  2O4S A;  1BBS A;  5ISK A;  2ER9 E;  4TRY A;  3ZPS A;  5P85 A;  2BPV A;  4U7Q A;  4ER4 E;  1EPN E;  2QU3 A;  5P03 A;  2FXD A;  5P8P A;  5P7E A;  3H5B A;  2F81 A;  5P1G A;  4AZY A;  3ZKI A;  4CPW A;  3EMY A;  3VV6 A;  4I12 A;  1T7K A;  3OOT A;  5DR4 A;  1OD1 A;  2ZJK A;  3KMY A;  5P47 A;  1C6X A;  4I11 A;  5P4G A;  1ZP8 A;  4B05 A;  3K5D A;  5P6S A;  5KQF A;  1HTE A;  1DIF A;  5I70 A;  3D91 A;  5I3X A;  2I4D A;  3Q6Y A;  4CPS A;  1N49 A;  5P5S A;  4ZSR A;  4OBD A;  2UY0 A;  2I0A A;  2H6T A;  3VLA A;  5P8Q A;  5P7V A;  3OUD A;  2V13 A;  3WZ6 A;  5P2X A;  4F73 A;  1UH7 A;  3EKT A;  3BUF A;  2ZHU A;  5P07 A;  1SGU A;  1DW6 C;  3VYF A;  4YE3 A;  4FGX A;  1RNE A;  4I0G A;  3MSK A;  1UH9 A;  2IS0 A;  2QZW A;  4ZEA A;  4MC1 A;  3F9Q A;  4GJ9 A;  5P1R A;  2QNQ A;  3I8W A;  5P86 A;  1HTR B;  4L7G A;  4B78 A;  3LPI A;  3LIN A;  4FRJ A;  1YM2 A;  4DPF A;  3EM4 A;  3T7X A;  2APR A;  3MWS A;  4YBI A;  4EP2 A;  1B5F A;  1MEU A;  2OF0 A;  3T7Q A;  1MPP A;  3ZMG A;  5P3F A;  3TKG A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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